史書上講得很清楚，朱棣為報母親的養育之恩而建。
但具體誰是他的母親，這裡就很有學問了。近來出版的學術著作似乎為此事定了論，「明成祖朱棣為紀念其生母槓妃而建」。如中國古建築權威潘谷西先生主編的《中國古代建築史·元明卷》(第四卷)就持有這種觀點，不久前筆者去拜訪潘先生時，他還是這樣說。
但《明史·成祖本紀》(卷5)明確稱：「成祖啟天弘道高明肇運聖武神功純仁至孝文皇帝諱棣，太祖第四子也。母孝慈高皇后。洪武三年，封燕王。」這「孝慈高皇后」就是朱元璋的原配、著名的大腳皇后馬秀英，而不是來自朝鮮的槓妃。
這樣的記載是負責任的，朱棣生於元至正二十年四月十七(1360年5月2日)，地點在應天(今南京)，其時朱元璋不要說皇帝(1368年才稱帝)了，連「王」都不是(1363年擊敗陳友諒後，次年才稱「吳王」)，所以，大報恩寺及塔是朱棣為紀念其生母槓妃而建，有捕風捉影之嫌。
「為紀念其生母槓妃而建」一說，根源於野史。上篇中提到，傳說槓妃是冤死的，作為親生兒子朱棣本人又不能公開張揚，於是借報答母親的養育之恩之名，建寺、塔紀念她。而這種說法的直接證據都是《南京太常寺志》上的文字，其中所載孝陵神位：「左一位淑妃李氏生懿文太子、秦愍王、晉恭王，右一位槓妃生成祖文皇帝，是皆享於陵殿，掌於祠官，三百年來未之有改者。」但是民間當時另有一說法，朱棣篡位，借「靖難之變」把侄兒朱允炆趕下皇位的一事，朝野上下都有牴觸反感情緒，誹謗聲音四起。其中有一種聲音就是罵朱棣不是馬皇后生養的，血統有問題，是雜種，不然不會對親侄下此狠招。
在這種社會輿論壓力下，朱棣一方面進行言論鎮壓，另一方面做出姿態。為了表明自己是馬皇后所生，在遷都北京之際，於永樂十年(公元1412年)大興土木，建大報恩寺、塔，以感謝馬皇后的養育之恩，洗去身上的歷史是非。
這種說法為正統學者認可。《金陵大報恩寺塔志》是1937年民國時期的出版物(南京出版社新近再版)，作者是學者張惠衣，書中搜集了各種版本的說法，其中有這樣的文字：「永樂十年，北遷，因欲報高皇帝深恩，於六月十五日午時起工，至宣德六年八月初一日完工，共19年。敕工部侍郎黃立恭依大內圖式，造九級五色琉璃寶塔一座，曰第一塔，以揚先皇太后之德。」
但歷史就是這麼回事情，各種說法一多，特別是大家都說槓妃是朱棣生母，事情就複雜了，這個報恩寺塔為誰而建，真相便難辨了。實際上，在朱元璋當皇帝時，工部侍郎黃立恭奏請修葺，但因為國力問題，一直未能動工。這樣，一直拖到朱棣遷都北京時，方准。從這裡也可以看出，朱棣借建塔「揚先皇太后之德」是有道理的。