大報恩寺塔矗立在南京城南長達400多年，直到1856年才毀掉。大報恩寺塔的消失，「責任人」是太平軍——「咸豐六年，遭洪楊焚燬，並磚庫亦被炸去。」
「鹹年六年」，就是公元1856年。當年秋天，太平軍發生了嚴重的內訌，洪秀全、楊秀清之間矛盾爆發。時督師江西的北王韋昌輝，接到天王密詔(一說無密詔)後，率兵3000連夜回天京誅殺楊秀清及其家眷。韋昌輝圖謀不軌，有意擴大事態，株連殺戮楊部屬二萬餘人，史稱「天京事變」。翼王石達開聞訊冒險趕回天京，指責韋昌輝的濫殺行徑。韋昌輝殺心又起，決定謀害石達開。石達開見情況不對，連夜逃往安徽的安慶，調集部隊討伐韋昌輝，要求洪秀全殺韋昌輝「以謝天下」。同年十月初五，洪秀全下詔討韋，處死了韋昌輝，削其封號，貶為「死孽」。
大報恩寺塔就是在石、韋對峙中毀掉的。當時，韋昌輝在城內，害怕石達開利用寺塔之高，向城門開炮，遂下令將塔炸毀。這座「第一塔」，就這樣從世人的視野中消失掉了。
大報恩寺的消失見證了近現代中國的多災多難。在此之前，已被英國人洗劫了一次。1840年鴉片戰爭期間，英國人強迫清政府在南京靜海寺簽訂了中國近代史上第一個不平等條約《南京條約》。就在這期間，聽說「大磁塔」(大報恩寺塔)內有很多寶貝，英軍遂先後多次前去搶劫，金佛、金飾等可以拿到的裝飾器物、塔內擺設，都讓他們作為「紀念品」搜刮去了。又聽說物件表面鍍金，有的英軍拿出隨身攜帶的刀子，一塊一塊割「金皮」。後來遭中方強烈聲討，英軍為此賠點款了事。
塔被韋昌輝炸毀後，塔頂的兩隻巨型「鐵盤」也墜落到地面上。這可不是一般的鐵盤，實質是「金盤」，外面裹了寸把厚的金皮(另一說是銅質)讓太平軍取走了。後來遺存一隻在原址，被人移至塔基東南面「金陵製造局」(李鴻章在南京所建兵工廠)門口。盤頂朝天放在一個磚石平台上。在1937年中日戰爭全面爆發前，還放在門口。
已去世的南京博物院老文物工作者張正祥先生曾考察過，2004年筆者去張先生家採訪時，他曾提到過此事。抗戰勝利後，頂盤就不見了，據說被日軍砸壞，熔化後造槍炮了。曾有當地居民證實，1943年時還看到過，此後就不見了。
從日軍侵華史上發現，頂盤失蹤那一年，由於戰略資源匱乏，日軍開始在南京到處徵集「廢銅爛鐵」。