600多年前，朱元璋將自己的陵寢選定在鍾山南麓的獨龍阜，自此，鍾山獲得後世帝王的特殊關愛，就連清朝皇帝康熙、乾隆南巡時，也特地前往明孝陵祭拜。另一方面，鍾山王氣也引來無數文人探秘，他們在遊玩時和祭拜之餘，對皇室的八卦津津樂道，並堂而皇之地將其訴諸文字。
朱元璋為自己
在鍾山南麓選定陵寢
有人請奏遷走旁邊的孫權墓，朱元璋說：「孫權亦是好漢，留他守門。」
明人張岱在他的《鍾山》一文中，記述了自己遊玩鍾山的經過。
張岱寫道：「鍾山上有雲氣，浮浮冉冉，紅紫之間，人言王氣，龍蛻藏之。高皇帝與劉誠意、徐中山、湯東甌定寢穴，各志其處，藏袖中。三人合，穴遂定。門左有孫權墓，請徙。太祖曰：『孫權亦是好漢，留他守門。』」當初，明太祖朱元璋帶領劉伯溫、徐達、湯和前往鍾山，讓他們幫自己選陵。三個人各自選好地方，藏在袖子裡。結果，三人不約而同地選中了同一個地方，皇陵的位置就定了下來。選定的皇陵左邊有孫權墓，有人請求將它遷走。太祖卻不同意，說：「孫權亦是好漢，留他守門。」
根據張岱的記載，明太祖陵破土動工後，挖到了梁代高僧志公和尚塔。志公和尚的真身居然保存完好，指甲繞身體好幾圈。軍士想把它搬走，卻怎麼也搬不動。於是，太祖舉行儀式，許諾給他金棺銀槨，田地三百六十畝，奉香火，並另造靈谷寺塔。這樣，才將志公和尚的真身遷走。
張岱前去遊玩時，明孝陵建成已有200多年。張岱看到，孝陵的饗殿內，供奉有成祖生母槓妃的位子。張岱由此想到皇宮的一段秘聞：成祖本是槓妃的兒子，但他出生後，卻被孝慈皇后（馬皇后）秘密地據為己有，很長一段時間裡，成祖的身世不為人知。
朱棣多次親往靈谷寺為百姓祈福
靈谷寺塔顯靈，出現了兩個金光燦燦的塔影
張岱所寫的八卦是否屬實，後世爭議頗多，成祖的親生母親到底是誰，至今也沒有定論。不過，朱元璋鍾情鍾山，倒是千真萬確。當初，他親自定名的靈谷寺建好後，他還寫下《靈谷寺記》以表紀念。
朱元璋如此描寫自己的靈谷寺之行：「然一日潔已而往禮視，去將近剎餘裡，俄谷深處，嵐霞之抄，出一浮屠，又一里，即將近三門，立騎四顧，見山環水迂，禽獸之所以，果然左群山右峻嶺……」朱元璋筆下的靈谷寺，是一個風景優美、山環水繞，佛塔高聳的佛教勝地，朱元璋去之前，還要焚香沐浴，將自己收拾得乾乾淨淨，整整齊齊。
父皇朱元璋敕造的靈谷寺，成祖朱棣在奪得天下後，也時常駕臨。《鍾山詩文集》中，收集了一篇朱棣的《致大寶法王書》，記錄了他在靈谷寺一段奇特的經歷。
永樂五年（1407年）四月十五，朱棣駕臨靈谷寺，尋找曾經顯靈的靈谷塔影。到了靈谷寺，朱棣默念「願祝如來大寶法王西天大善自在佛吉祥如意，若果鑒朕誠心，則示塔影一」。說完，就出現了一個塔影。朱棣又默念「願天下太平，五穀豐登，家給人足，民不夭閼，物無疵癘。若果遂朕心，更示塔影一」。令人稱奇的是，朱棣這番為民祈願的話落地，便真的又出現了一個塔影。一座塔兩個影，都放射出光芒萬丈，眼前一片金燦燦，看得朱棣如癡如醉。此後，朱棣又多次來到靈谷寺，觀賞許願。種種奇異的顯靈事件，讓朱棣忍不住大讚吉祥，並感歎「朕心歡喜，難以名言」。
雖然朱棣文章裡講得煞有介事，但是《鍾山詩文集》的編纂者吳小鐵認為，這多半是朱棣為粉飾太平、標榜正統而作。
愛江山更愛美人的順治帝欲祭拜明孝陵
未親臨，派遣翰林學士白胤謙前往祭奠
康熙和乾隆南巡的故事在民間廣為流傳，而據正史書記載，這兩位皇帝確實多次南巡。南巡途中，他們均多次在南京逗留，並親自率領大臣祭拜明孝陵。大清皇帝會以什麼樣的禮儀來祭奠大明皇帝呢？清代戶部尚書張玉書曾隨康熙祭拜明孝陵，他在《聖駕詣明太祖陵頌》中，詳細記載了康熙二十三年，皇帝祭拜明孝陵的經過。
「冬十一月癸亥，法駕詣陵。及門降輦。既入，升自右階。入殿，行三跪九叩禮。既興從殿後入神路門。所司設薌幾於升仙橋，侍臣奉爵，上親酹酒三，仍拜如前。」
康熙二十三年冬，康熙率人來祭拜明孝陵。快到大門時，康熙就命人落轎。進大門之後，康熙沿著右邊的台階上去。進入大殿後，行三跪九叩的大禮。隨後，康熙從大殿後進入神道大門。這時候，早有人擺好了祭桌，康熙接過侍臣捧上來的酒杯，以酒澆地三次，以示祭拜。隨後，康熙再次行三跪九叩的大禮。
康熙祭奠明孝陵的行為，讓漢人很是感動。清人王士禎《親謁孝陵》中記載，康熙在拜謁明孝陵後，謙卑地沿著甬道旁行而出。隨後，他對守陵人加以封賞，並明令禁止在鍾山採伐樹木，還讓地方官派人加以巡查保衛明孝陵。漢族百姓聽到康熙的諭旨後，都感動得落淚。
如今，在明孝陵的碑殿內，有五方石碑，就是康熙與乾隆先後南巡時所立。實際上，早在康熙之前，那位愛美人勝過愛江山的順治帝就很重視明孝陵。《康熙江寧府志》所收的《遣祭文》就出自順治皇帝之手，祭文說：「順治八年，歲次辛卯，四月丁未朔，越七月癸丑，皇帝謹遣內翰林弘文院侍讀學士白胤謙，致祭於明太祖。」
原來，順治帝因各種原因，未能親往明孝陵祭拜，就特地派遣漢族大臣白胤謙代往祭拜。這位白胤謙是明朝翰林，入清後，雖然因性格耿直、秉公執法多次得罪順治帝，但又頗得順治信任。派他來祭奠明孝陵，是再合適不過了。
洪秀全祭拜明孝陵
誓言北征
北征夢想最終被老對頭曾國藩徹底粉碎
清代道光年間，國家面臨內憂外患，廣西書生洪秀全趁機起義。一路北征，在咸豐三年攻克南京，並定都南京，改名為天京。
定都南京後，洪秀全親自率領文武百官拜謁明孝陵。此時的洪秀全，一統天下的大業只完成了一半。他是抱著什麼樣的心情去祭奠明孝陵的呢？
《鍾山詩文集》中收錄了洪秀全當時所寫的《祭明太祖陵寢文》，開頭一句，洪秀全便自謙為「不肖子孫洪秀全」，隨後，他對朱元璋的在天之靈訴說道：「昔以漢族不幸，皇綱覆墜，亂臣賊子皆引虎、引狼以危中國，遂使大地陸沈，中原板蕩。朝堂之地，行省之間，非復吾有，異族因得以盤踞，靈秀之胄，雜以腥膻，種族淪亡，二百年矣。秀全自惟涼薄，不及早除異類，慰我先靈。今藉吾皇在天之靈，默為呵護，君臣用命，百姓歸心，東南各省，次第收復。謹依吾皇遺烈，定鼎金陵。秀全不肖，以體吾皇之心，與天下附托之重，東南既定，指日北征，驅除異族，還我神州。上慰吾皇在天之靈，下解百姓倒懸之急，秀全等不敢不勉也。敢告。」
洪秀全發下了北征的誓言，然而此後的他，並沒有像朱元璋那樣「高築牆、廣積糧、緩稱王」，而是沉溺於酒色與榮華富貴，並掀起了血雨腥風的內鬥。
太平天國的衰敗不可遏止，同治三年（1864年），天京城最終被曾國藩遣其弟曾國荃率人「於鍾山南麓用地道克之」。湘軍士兵從地道進入，用炸藥炸開了堅固的城牆，並一鼓作氣，收復南京。7個月後，曾國藩派人修復城牆缺口，並寫下《修治金陵城垣缺口碑記》，在這篇短文的結尾，曾國藩說：「窮天下力，復此金湯。苦哉將士，來者勿忘。」
細細讀來，這位久經沙場的老將，竟然生出了些許對戰爭的厭倦。