崇禎十七年正月初一，李自成在西安稱帝。
正月初八日，李自成的百萬大軍自西安出發，東渡黃河，兵分兩路，直撲北京：其一路山西，經太原、寧武、大同、宣化等地，趨居庸關；另一路出河南，經衛輝、彰德諸府，入河北，經邢台、河間，趨保定。約定會師於北京。崇禎心憂如焚，對諸臣不無抱怨地歎氣說：「你們怎麼不知道為朕分憂！」。左中允李明睿在散朝後悄悄給崇禎支招，說：「闖賊氣焰囂張，直逼京師，此誠危急存亡之秋，惟有遷都南京，才可以解除目前之急，從而再圖征剿之功。」
李明睿所說的遷都，並不是要象明成祖朱棣將國都從南京遷到北京一樣，大興土木，幾十萬、乃至上百萬軍民，浩浩蕩蕩，一起搬家。所謂「遷都」，不過是說著好聽，其實，就是逃跑。崇禎一走，大臣百姓跟著走，走得多少是多少，走到哪算哪。當年，宋高宗趙構為了逃命，「遷都」都不知遷了多少次，宋州、揚州、建康、越州、杭州，都是他曾經停留過的「行在」，都後才把都城定在了杭州。而宋高宗當年的情況根本就不能與現在的崇禎同日而語。至少，大明政府所能控制的地盤，就比當年的宋高宗多出好幾倍。而且，在南京，大明朝廷還設置有一套完好的後備行政班子。實際上，在崇禎十六年六月，周皇后就提過遷都的建議了，她「以寇急」，曾試探崇禎說：「吾南中尚有一家居。」這句話的深層次含義乃是「蓋意在南遷也」。
應該說，崇禎是有遷都意向的了。可是，無論如何，遷都都是個極其敏感的話題，後來就出現了輔臣周延儒因提議遷都慘遭下獄的事。現在舊議重提，崇禎憂心忡忡地對李明睿說：「這件事，事關重大，你不要輕易對別人說。」當然，他也坦白，說：「此事我早有所想，只是沒有人襄助才推延到了現在。你和我想一塊去了，但外邊諸臣不贊成，奈何？此事重大，你先保密，切不可輕洩。」改日，崇禎廣徵大臣們的意見。他這一廣徵群臣意見的行為，曾被許多不瞭解明朝政治制度的人以為是他是愛惜自己的名聲，不肯落下「逃跑」之名，所以想由有名望的大臣來提，好讓群臣做替罪羊。
其實這是一種很深的誤解。
雖然，明太祖朱元璋開國之初所追求的是君主獨斷的政治模式，為此，還特意廢除了宰相之職。但隨著歷史的發展，君主的權力還是受到了越來越大的限制，內閣還是朝著宰相機構的職能靠近，且因為明朝內閣所擁有「票擬」之權，使得其對皇帝權力的限制超過了過去的宰相。所謂票擬，便是代皇帝草擬各種文書，主要是關於六部、百司各類政務奏請文書的批答。其中不乏是與皇帝共同討論後作出決定所擬成的，但絕大多數是內閣先擬好批答文字，連同原奏請文書一起送皇帝審批。
不難看出，這種方式跟唐、宋朝那種由中書、門下、翰林院等多種機構結合一起草擬下行詔令和審核上行奏章的方式要集中、簡便和有效得多。但由此一來，雖然宰相已廢，表面上皇帝直接指揮六部、百司政務；實際上許多關於國計民生的大事都得依靠「票擬」定奪，皇帝的意志和權力受到了內閣諸臣極大的左右限制。
可以說，明朝每一項政治措施都在內閣票擬的控制之下。這一方面可以用來解釋為什麼萬曆可以多年不上朝，而國家機器卻能正常運作的原因。反過來，也可以理解到正德皇帝在南巡時所遭遇的阻力為何這麼大，嘉靖的大禮儀事件為何這麼激烈，萬曆的國本之爭中，要另立一個太子是多麼難。
可以說，越到明朝晚期，皇帝手中的權力越弱，皇帝甚至已經變成了退居幕後的國家最高統治者，而行政權已經幾乎完全落在了內閣和六部的手裡。所以，要遷都，就必須取得內閣和六部眾官員的同意。
然而，朝堂上反對聲如潮。廷上的袞袞諸公，全都熟知「土木堡之變」的那一段舊事，在當時的北京保衛戰前夕，不是有人曾經提議和支持過遷都嗎？那些人的名字，都被牢牢地釘在了歷史的恥辱柱上。而反對遷都的于謙，則成了光照千秋的大英雄。
英雄和狗熊之間，你會怎麼選？退一萬步說，很多大臣內心這麼打算的：就算李自成真的推翻了大明王朝，改朝換代，我們也不過改換門庭，換個主子而已。所以，內閣大學士陳演、魏藻德不斷授意兵科給事中光時亨給予激烈諫阻。一時間，「不殺明睿，不足以安人心」之論喧囂塵上。
最後，崇禎不得不表態，說：「祖宗辛苦百戰，定鼎於此土，如果因為闖賊來了，朕一人獨去，怎麼對得起宗廟社稷？怎麼對得起京師百萬生靈？即使事不可為，國君死社稷，乃是大義之正。朕決不南遷！」（徐鼒《小腆紀年》卷三）遷都之議就此流產。後宮的周皇后大為感歎，說：「南中我家裡甚可居，惜政府無有利持之者！」