大旱不斷
自崇禎元年(1628年)起，中國北方大旱，赤地千里，寸草不生，《漢南續郡志》記，「崇禎元年，全陝天赤如血。五年大饑，六年大水，七年秋蝗、大饑，八年九月西鄉旱，略陽水澇，民舍全沒。九年旱蝗，十年秋禾全無，十一年夏飛蝗蔽天……十三年大旱……十四年旱」。
崇禎朝以來，陝西年年有大旱，百姓多流離失所。崇禎二年五月正式議裁陝北驛站，驛站兵士李自成失業。崇禎三年(1630年)陝西又大饑，陝西巡按馬懋才在《備陳大饑疏》上說百姓爭食山中的蓬草，蓬草吃完，剝樹皮吃，樹皮吃完，只能吃觀音土，最後腹脹而死，崇禎六年，「全陝旱蝗，耀州、澄城縣一帶，百姓死亡過半」。
崇禎七年，家住河南的前兵部尚書呂維祺上書朝廷：「蓋數年來，臣鄉無歲不苦荒，無月不苦兵，無日不苦挽輸。庚午(崇禎三年)旱;辛未旱;壬申大旱。野無青草，十室九空。……村無吠犬，尚敲催征之門;樹有啼鵑，盡灑鞭撲之血。黃埃赤地，鄉鄉幾斷人煙;白骨青磷，夜夜似聞鬼哭。欲使窮民之不化為盜，不可得也」。
旱災又引起蝗災，使得災情更加擴大。河南於崇禎十年、十一年、十二年、十三年皆有蝗旱，「人相食，草木俱盡，土寇並起」，其饑民多從「闖王」李自成。崇禎十三、十四年，「南北俱大荒……死人棄孩，盈河塞路。」
瘟疫爆發
崇禎十四年，左懋第督催漕運，道中馳疏言：「臣自靜海抵臨清，見人民饑死者三，疫死者三，為盜者四。米石銀二十四兩，人死取以食。惟聖明垂念。」
保定巡撫徐標被召入京時說：「臣自江推來數千里，見城陷處固蕩然一空，即有完城，亦僅餘四壁城隍，物力已盡，蹂躪無餘，蓬蒿滿路，雞犬無音，未遇一耕者，成何世界！」這時華北各省又疫疾大起，朝發夕死。「至一夜之內，百姓驚逃，城為之空」，崇禎十四年七月，疫疾從河北地區傳染至北京，病名叫「疙瘩病」，崇禎十六年，北京人口死亡近四成，十室九空。
崇禎十六年八月，天津爆發肺鼠疫：「上天降災，瘟疫流行，自八月至今(九月十五日)，傳染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下數百人，甚有全家全亡不留一人者，排門逐戶，無一保全。」
崇禎十七年，天津督理軍務駱養性說，「昨年京師瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。」
江南在崇禎十三年遭大水，崇禎十四年有旱蝗並災，十五年持續發生旱災和流行大疫。地方社會處在了十分脆弱的狀態，盜匪與流民並起，各地民變不斷爆發。
內憂外患
為剿流寇，朱由檢先用楊鶴主撫，後用洪承疇，再用曹文詔，再用陳奇瑜，復用洪承疇，再用盧象升，再用楊嗣昌，再用熊文燦，又用楊嗣昌，十三年中頻繁更換圍闖軍的將領。這其中除熊文燦外，其他都表現出了出色的才幹。然用人存疑，以至責無成效皆功虧一簣。李自成數次大難不死，後往河南聚眾發展。
此時北方皇太極又不斷騷擾入侵，明廷苦於兩線作戰，每年的軍費「三餉」開支高達兩千萬兩以上，國家財政早已入不敷出，缺餉的情況普遍，常導致明軍內部騷亂嘩變。朱由檢求治心切，《春明夢余錄》記述：「崇禎二年十一月，以司禮監太監沈良住提督九門及皇城門，以司禮監太監李鳳翔總督忠勇營」;中後金反間計，自毀長城，冤殺袁崇煥。
隨著局勢的日益嚴峻，朱由檢的濫殺也日趨嚴重，總督中被誅者七人，巡撫被戮者十一人。朱由檢亦知不能兩面作戰，私底下同意議和。但明朝士大夫鑒於南宋的教訓，皆以為與滿人和談為恥。
因此朱由檢對於和議之事，始終左右為難，他暗中同意楊嗣昌的議和主張，但一旁的盧象升立即告訴皇帝說：「陛下命臣督師，臣只知戰鬥而已！」，朱由檢只能辯稱根本就沒有議和之事，盧象升最後戰死沙場。明朝末年就在和戰兩難之間，走入滅亡之途。
崇禎十五年(1642年)，松山、錦州失守，洪承疇降清，朱由檢又想和滿清議和，兵部尚書陳新甲因洩漏議和之事被處死，與清兵最後議和的機會也破滅了。崇禎十七年(1644年)明王朝面臨滅頂之災，朱由檢召見閣臣時悲歎道：「吾非亡國之君，汝皆亡國之臣。吾待士亦不薄，今日至此，群臣何無一人相從？」在陳演、光時亨等反對之下未能下決心遷都南京。
此時，農民軍起義已經十多年了，從北京向南，南京向北，縱橫數千里之間，白骨滿地，人煙斷絕，行人稀少。崇禎帝召保定巡撫徐標入京覲見，徐標說：「臣從江淮而來，數千里地內蕩然一空，即使有城池的地方，也僅存四周圍牆，一眼望去都是雜草叢生，聽不見雞鳴狗叫。看不見一個耕田種地之人，像這樣陛下將怎麼治理天下呢？」崇禎帝聽後，潸然淚下，歎息不止。
於是，為了祭祀難民和陣亡將士和被殺的各位親王，崇禎帝便在宮中大作佛事來祈求天下太平，並下詔罪己詔，催促督師孫傳庭趕快圍剿農民軍。