車廂峽突圍後，李自成的實力大為膨脹，他成為了高迎祥麾下的實力派人物。手中擁有了數萬軍隊，這一年恰是河南大旱，大批饑民加入農民軍，河南當地的農民軍總數一下破了四十萬。但河南是中原腹地，正好方便明軍圍困。崇禎立刻調集了十萬大軍，從東南西北四個方向齊向河南壓來，再次施行鐵壁合圍戰略。在明軍的連續打擊下，各路農民軍損失慘重。
到了崇禎八年（1635年）五月，各路農民軍被集體壓制在河南洛陽地區，嚴峻形勢下，農民軍齊集河南榮陽商議對策，在大多數主張撤出河南北進，甚至有人提出投降的時候，李自成卻獨具眼光的提出新戰略：從明軍包圍的縫隙裡衝出去，南下明朝的中都鳳陽。這個瘋狂的建議一出口，就幾乎遭到集體反對，支持他的人只有兩個，一個是他的老上級高迎祥，一個是他的老戰友張獻忠。結果，當其他各路農民軍或北逃山西，或東進湖廣時，高迎祥，李自成，張獻忠三人合兵，一舉攻克鳳陽，不但將當地劫掠一空，更刨了朱元璋的祖墳，燒了朱元璋曾寄居的皇覺寺。
如此奇恥大辱，崇禎當然憤怒。憤怒之後，就想起了之前被他「戴罪」的曹文詔。刨完朱元璋祖墳的李自成，早在明朝大軍到來前揮師北進，又竄進了陝西境內，在他背後緊緊追趕的，就是之前無數次陷他入死地的曹文詔。李自成一路北上狂奔，從陝西寧州一直跑到真寧，曹文詔死追不放，為了奪剿滅李自成頭功，他竟然拋下大部隊，僅帶麾下三千精銳追趕，結果正中李自成下懷，李自成以三萬兵馬在真寧伏擊，在付出六千多人的傷亡代價後，終於全殲曹文詔部三千人，全軍覆沒的曹文詔在李自成的包圍下揮劍自刎，這位將軍先打努爾哈赤，又打皇太極，再打李自成，戎馬半生間，這是他唯一的一場敗仗，卻要了他的命。
擊斃曹文詔，是李自成軍事生涯的一場輝煌傑作，但此時的農民起義，卻正是低潮期。與李自成分兵後在湖光活動的高迎祥，遇到了此時明朝另一位名帥---主持江北，河南，湖廣，四川，山東五省軍務的又一個「五省總督」盧象升。
盧象升手裡有一支他親手訓練的，戰鬥力足夠和此時滿清八旗相媲美的王牌軍---天雄軍。
「刨祖墳」事件後，盧象升先在勳陽擊敗高迎祥，之後連戰十餘次，相繼給高迎祥，張獻忠殲滅性打擊，到了崇禎八年（1635年）的汝陽之戰，盧象升在總兵力只有對手十分之一，且斷水斷糧的絕境下，再度擊破高迎祥。從崇禎八年五月到十一月，他在六個月裡先後斬殺高迎祥部三萬多人，作為農民軍中最強一支的高迎祥幾乎被打殘了。同時，在榮陽大會後進入山西，陝西，湖廣地區的其他各路農民軍，也大部被明朝殲滅，整個中原地區主要的農民軍勢力，就剩下高迎祥，張獻忠，李自成三支。
到了次年，即崇禎九年（1636年），農民軍的處境更雪上加霜，先是高迎祥繼續戰敗，在滁州與七頂山連續被盧象升重創，殘存的十萬人幾乎被打光。接著李自成的部下高傑叛變，投降了陝西總督洪承疇，接著與洪承疇合兵，斬殺李自成部上萬人。
幸好偏偏在這時，皇太極再次入寇山西，因為曹文詔已經犧牲，所以在抵抗皇太極的人選上，崇禎圈定了盧象升。這樣做的結果，就是高迎祥成功的從湖廣地區逃脫，開始了他最後的努力---北上與李自成會合。但這時候的明王朝，又為他準備了一個新的圈套。
是年七月，高迎祥從漢中入陝西，遭到了陝西巡撫孫傳庭的阻擊，受挫後的高迎祥企圖從子午谷入境，卻正中了孫傳庭的埋伏。七月二十日，全軍覆沒的高迎祥被俘，隨後被明王朝處死。這場農民軍巨大的挫折，卻讓同時在陝西苦苦等候高迎祥的李自成「上位」。他被高迎祥的部下擁立，繼承了高迎祥「闖王」的稱號，也收編了他的殘部。
從這時候起，李自成變成了明末農民起義的第一領袖。