朱由檢對於內城已經陷落似乎將信將疑，帶領心腹太監王承恩跑到煤山(景山)，四處瞭望，但見烽火燭天，確信內城陷落無疑，才返回乾清宮佈置應急善後事宜，他要在自己殉國之前，命令家屬先殉國。
他對周皇后說：大勢已去，你身為「母儀天下」之人，應該選擇光彩而節烈的死。周皇后傷心地痛哭，說道：妾身跟隨陛下十八年，今日一同死於社稷，死而無憾。兩人淚流滿面，相對無語。
接著，他要左右侍從傳旨給嬪妃和懿安太后(天啟皇后)，命她們自盡，不要壞了皇祖爺的國體。然後吩咐：傳主兒來。所謂「主兒」，就是他的三個兒子——太子及定王、永王。
三個兒子趕來，他叫宮女取來舊衣服，親自給他們換上，繫上衣帶，告誡他們：你們今日是太子、親王，城破以後，就是小民了，各自逃生去吧！不必懷戀我，我必定要為社稷而死，否則沒有面目見祖宗於地下。你們千萬要小心謹慎，如果遇到做官的人，年老的稱呼老爺，年輕的稱呼相公;如果遇到平民，年老的稱呼老爹，年輕的稱呼老兄;文人稱呼先生，軍人稱呼長官。然後交代一句：萬一不死，將來不要忘了報父母之仇，不要忘了我今日的告誡。這是他作為一個父親對兒子的臨終囑托，在深宮之中長大，不瞭解外界世俗民情的皇子，如何在這個亂世安身立命。父子親情中流露出無限的感慨，終於在臨別時爆發出來，大聲地嚎叫：你們三人為何不幸而生在我家！說罷無所顧忌地大哭起來，左右的侍從都被這生離死別的情景感動得失聲痛哭。
周皇后在訣別三個兒子後，痛哭著返回坤寧宮。朱由檢目送太監帶著三個兒子出宮，急忙來到坤寧宮，看到周皇后已經上吊自盡，連聲說：好！好！十六歲的長平公主(朱由檢的長女)在一旁哀傷地哭著。這樣一位婷婷玉立的花季少女，落入敵人手裡，後果不堪設想;但是又不忍心叫她自殺，朱由檢只得自己下手，結束她的生命。歎息著對她說：你為什麼生在我家？乘她不備，拔劍向她砍去，公主本能地用手臂擋了一下，手臂被砍斷，血流如注，當即昏厥過去。
農民軍進入紫禁城後，以為她已經死了，把她抬到外公周奎家，料理後事。不料五天以後，她甦醒了。順治二年，長平公主請求出家為尼，清朝當局沒有批准，要她與朱由檢選定的駙馬都尉周世顯完婚。次年，她因思念父母，過度悲傷，吐血而死，年僅十八歲。松江人張宸深深為之感動，寫了一篇《長平公主誄》，用典雅的文字來哀悼這位不幸的公主。
卻說朱由檢從坤寧宮趕往南宮(仁壽殿)，命令宮女動員懿安太后張氏自縊，便倉促離去。張太后並不知道外界的情況，沒有自縊。次日凌晨，宮女喧嘩，慌亂一片。張氏知道大事不好，便懸樑自盡。宮女把她救下，送入側室休息。幾個時辰以後，張氏在側室自縊。農民軍先頭部隊進入宮內，砍斷繩索，張氏逐漸甦醒。這時農民軍將領李巖進來，他一向敬佩太后，命令士兵不可對她凌辱。當天晚上，張氏從容自縊。後來，清朝當局把她安葬於熹宗的德陵。
朱由檢從張太后那裡出來，已經是深夜了。留給自己的時間不多了，他必須盡快為自己安排光彩而體面的死。輪到他選擇去路了，他要壯烈地告別人世，告別他臨朝十七年的紫禁城，告別他的「皇祖爺」朱元璋一手打下的天下——大明王朝。
然而，這種壯烈的告別，實在冷冷清清、淒淒慘慘慼慼，天空一片黑暗，一片寂靜，沒有任何的旁觀者和見證者。朱由檢在司禮監太監王承恩陪同下，來到煤山(景山)，在壽星亭附近一顆大樹下，上吊自盡，王承恩隨後也上吊殉葬。他們兩個在黑暗陰冷的夜空中，形影相吊，終於和紛繁擾攘的人世永遠告別了。
這是一個值得歷史銘記的重要的時刻，即：崇禎十七年(1644)三月十八日後半夜，也就是十九日的子時(午夜一點左右)。