大明王朝到了1644年，也即崇禎十七年走到了盡頭。這個曾經是漢人驕傲的王朝在京城陷落後，已經名存實亡，外有滿清，內有大順，流民四起，國已不國。三月十九日，崇禎皇帝見大勢已去，逼迫周皇后自殺，又親自動手將妃、嬪、公主們殺掉後後，一仰脖，在萬歲山（今景山）的一棵老闆樹上吊死。臨死前發出：「……勿傷朕百姓一人」，令人感動。而明朝就此滅亡。有骨氣的皇帝自然是令人敬重的，雖然他也有不足，人們總是懷著美好的願望去猜測皇帝的子女們哪兒去了？
金庸小說《鹿鼎記》中描繪的「白衣俠女纖塵不染，神功蓋世浪跡江湖」的尼姑。據說她乃是大明崇禎皇帝的公主長平，但這畢竟是小說故事。據《明史》記載：崇禎皇帝在皇宮中砍傷十六歲的長平公主後，長平公主暈死在血泊中，後來被人發現，抬到周皇后的父親周奎家中，五天後甦醒過來時，北京城已經改姓了。周奎把她交給了李自成，長公主居然死而復甦，李自成感到很意外，將她交給劉宗敏救治。「大順」只在北京城裡呆了兩個月，李自成沒有來得及帶上長平公主，就在清軍的追擊下敗逃遠去。
清順治二年，長平公主向順治帝及攝政王多爾袞上書要求出家為尼，但順治帝下詔：讓她與崇禎為她選定的駙馬周顯完婚，並且同時賜予府邸、金銀、車馬、田地。幾個月後，十八歲的長平公主病逝，賜葬廣寧門外。《明史·諸王傳》中記載崇禎帝有7個兒子。李自成攻陷北京之時，皇太子朱慈烺16歲，皇三子定王朱慈炯14歲，皇四子慈炤十歲。除了這三個兒子外，崇禎帝的其他的兒子都是早夭。崇禎帝為給大明保留一絲血脈。他讓兒子們都換上平民的衣服，由太監護送逃出北京城。臨死，他還寫下遺詔，要求各地的官員協力輔佐太子，重振大明。那麼，崇禎帝的這些兒子們逃到哪裡去了呢？
《國壽錄·崇禎太子》、《甲申傳信錄》中認為是被清廷捕獲殺害。李自成戰敗，太子趁機逃脫，被吳三桂部下捕獲，後來太子又逃到外舅周奎家，周奎擔心私藏太子會惹來禍端，就將太子獻給了清攝政王多爾袞，經過一番辨認，最終被害。
《明史紀事本末》中認為被吳三桂殺害。太子慈娘與定王慈炯、永王慈招一起被起義軍所擄獲。李自成不敵，與吳三桂議和，吳三桂提出用歸還太子與二王並離開北京城為條件，換取停戰。李自成同意，就將太子等人交給了吳三桂。
《明史紀事本末》、《明季遺聞》跟隨李自成敗退，不知所終。崇禎三兒子等在北京陷落後，均未逃脫，一併為李自成軍俘獲。李自成封明太子為宋王，永王和定王也改封他爵。後來，吳三桂在山海關反叛，李自成率軍親征時，身邊還帶著明太子及兄弟，招降吳三桂。但沒有效果。李自成受挫，決定離京西撤時，將他們三兄弟一起帶走。從此太子便杳無音信，不知死活。
跟隨李自成敗退，後逃出做了和尚。李自成軍隊敗退，劉宗敏受重傷，放鬆了對他的看管，他就找了個機會和他以前的老師李士淳從闖王的軍中逃了出來，後來到了李士淳的老家廣東嘉應州陰那山出家當了和尚。他們在人跡罕至的深山裡建了一座寺廟叫做「聖壽寺」，大殿就取名叫「紫極殿」，處處都顯示了寺中和尚的神秘出身。據說太子死後，廟裡就開始供奉一尊「太子菩薩」的神位。這尊神位始終保留著，直到辛亥革命後，清王朝覆滅了，人們才知道原來供奉的這尊塑像就是明朝的逃亡太子。李士淳的後人也聲稱他們的先祖確實在亂軍之中救了太子，並把太子帶回自己的家鄉，兩人還一同出家做了和尚。種種說法，不一而足，清康熙時期有人借崇禎太子之名舉行反清起義，牽連並死了很多人，結果也被證實是假的。崇禎的三個兒子到底下落何處，到今天仍是解不開的謎團。