崇禎十七年(1644)三月十八日，李自成軍隊直逼紫禁城，形勢萬分危急，皇宮內一片混亂。陷於絕境的思宗，令太子、定王、永王出逃，以期來日再興復明朝。從此，這幾位皇子逃往何處，是死是活，成為當時一大疑案。稍後，在南明和清初又接連發生了幾起「偽太子案」，使得此案愈發變得撲朔迷離。
太子下落的傳聞真偽難辨
思宗共有七個兒子，到甲申之變時，太子十六歲、皇三子定王十二歲、皇四子永王十歲，其他皇子都已早逝。遵照思宗的旨意，太子、定王、永王分別前去投奔成國公、嘉定侯、田皇親：由於時間倉促，太子來不及到成國公府，隱藏於民間。永王、定王則一起到了嘉定侯府。
三月十九日，闖王李自成進入北京，下令搜尋皇太子及二王。二十日清晨，思宗的岳父嘉定侯周奎把永、定二王交出。據說，太子也被李自成的軍隊搜獲，並且太子與李自成之間還有一段對話。太子挺立不屈，鎮定自若，問李自成：「為何不殺了我？」李自成說：「你無罪，我豈能妄殺！」太子道：「既然如此，那麼請聽我言：一，不可擾我祖宗陵寢;二，速葬我父皇母后;三，不可妄殺我百姓。」
四月十三日，李自成東征吳三桂時，太子曾被封為宋王，定王、永王也隨軍前往。
李自成兵敗山海關後，太子、定王、永王的下落誰都不清楚，或說曾被吳三桂奪去，或說定王已在城南遇害。清軍入京後，也未見到太子及二王。明末清初諸多史料中也記載不一，甚至在《明史》中，也只是記載：「賊挾太子西逃，不知所終。」不得不承認有關太子下落的傳聞實在是真偽難辨。
思宗死後，太子及二王的下落，關係著明朝國祚的延續，成為明朝遺老遺少關注的焦點，以至於南明、清政權都視為棘手的問題。對於反清復明的志士來說，也不失為一面好的旗幟。因此，稍後的北京、南京都曾出現過太子，民間也流傳著太子出家為僧的故事，有關太子的真偽就成了明末清初的一個大議題。
「燙手的山芋」：
多爾袞將北京「太子」殺害於獄中
崇禎十七年(1644)十一月的一天夜裡，一個貌似太子的男子，在常侍太監陪同下，來到嘉定侯周奎府中。周奎佯裝不識，讓他的侄子周鐸喊長平公主前來相識。長平公主一見，兩人就抱頭痛哭。長平公主與太子均是周皇后所生，周奎為其外祖父。甲申之變時，氣急敗壞的思宗親手揮刀砍傷女兒長平公主後，公主便一直在周府中養傷。長平公主為太子的親姐姐，不可能認錯，可見太子不是假冒的。
於是，周奎舉家向太子行君臣之禮。禮畢後，周奎詢問太子連日來的經歷。太子說：「城陷當天，我一個人藏在東廠門外。一天夜裡，又潛至東華門，投奔到一家豆腐店中。店小二收留了我，讓我換了衣服，在灶前燒火。唯恐敗露，待了五日，將我潛送至崇文門外的尼庵中，說我貧困無處可去，尼僧不曾懷疑，遂留我居住了半月。常侍(太監)偶然來見尼僧，發現了我，覺得這也不是久留之地，於是將我帶回，藏在密室，所以至今得以無恙。聽說公主在此，特前來相見。」說罷，與公主哭別而去。
幾天後又來，公主送他一件錦袍，告誡他：「(你)每次前來，皇親上下都以禮相待，外面肯定會生疑，今日出去了，千萬不要再來了。」十九日，太子又來周府，周奎暫留他住下。
二十二日，周奎與侄子周鐸商量：太子不可久留，否則必將受牽連，不如讓他逃走。於是要求太子自稱姓劉，扮成書生，否則就將他送往官府。當晚，周奎便命家人把太子逐出門外。太子一出去，就被京城巡邏的清兵以「犯夜」罪逮捕，送交給刑部，草草審理後，斷為假冒太子，押入獄中。
對於這個「燙手的山芋」，清廷確實很為難，無論是殺是留都很麻煩。若是留他，前明的忠臣義士就會打著他的旗號前赴後繼反清;若是殺了他，清朝精心炮製出來的「為爾雪君父之仇」的幌子就會不攻自破。
清朝攝政王多爾袞不愧是精明的政治家，十二月初十，他出來表態了：我自有安排，你們又何必苦苦相爭？太子真偽都無妨，如果真是太子，當以禮相待，封為王爵;如果是假冒的，則嚴懲不貸。然後宣佈：太子繼續押於監獄。
結果，凡是爭言太子為真的官員，如刑部主事錢鳳覽、御史趙開心等都處以死刑。可見他所謂的「優以王爵」，只不過是冠冕堂皇的幌子罷了，清廷絕不願意真太子的出現與繼續存在。後來由於廷臣的一再請求，趙開心得以免於死刑，錢鳳覽斬首改為絞刑。第二年四月初十，清朝公開榜示天下，斷定太子是假的，同時卻秘密將太子殺害於獄中。
這件事情的始末，詳細記載於明末遺老錢士馨編的《甲申傳信錄》，與《明史》中李自成封太子為宋王的情節有所出入。當然這也只是關於崇禎皇太子傳聞的一種說法，太子究竟死了沒有，依然是個謎。而且，稍後南京又出現了一個「太子」。
大敵當前：
南明朝廷因「太子」真偽的爭議導致內訌
清朝入主北京後，馬士英擁戴福王朱由崧在南京建了南明小朝廷。雖然福王政權自稱是繼承明朝的正統，但是對於崇禎太子，他們和清廷一樣，也仍然認為是「一個燙手的山芋」。皇太子一出現，福王的地位勢必會受到威脅，這當然是他們不願見到的。因而福王即帝位後，為安撫人心，口口聲聲稱要恭迎大行皇帝梓宮及皇太子，但也只是雷聲大雨點小，根本沒採取任何措施。
不久，福王政權就傳出皇太子、定王、永王都遇害的消息，並且在大學士馬士英的一手策劃下，將大行皇帝追諡號為烈皇帝、廟號為思宗，接著趕緊追諡太子為獻愍，永王為悼、定王為哀，弄得有模有樣，似乎太子真的亡了。
然而當時的遺民並不相信皇太子真的已死，人們仍在期待太子有朝一日突然復出。在這種背景下，關於皇太子的傳說愈加變得撲朔迷離，較為流傳的一種說法，大致如下。
吳三桂從李自成手中奪走太子後，曾經曉諭臣民，不久即將奉太子入京即位。但由於清朝不准吳三桂進京，他便在途中放了太子。太子被人引導進入皇姑寺，然後與太監高起潛一起逃往天津，浮海南下，前往揚州。
高起潛打聽到南明並不歡迎太子，不知所措。為了避免禍事纏身，欲加害太子。他的侄子高夢箕(原任鴻臚寺少卿)認為不妥，於是便帶著太子渡江，輾轉來到蘇州、杭州。一路顛簸勞累，在元宵節觀燈時，看到四處歡慶的場面，想著自己身在異鄉。不禁浩然長歎，不小心被路人發現。高夢箕害怕此事會連累自己，立即趕往南京向馬士英告密。於是馬士英派太監李繼周前往迎接太子。
順治二年(1645)三月初一，皇太子被接回了南京，福王先派人把太子安置到興善寺暫住，並派兩名太監去見太子，以辨認真偽。結果，兩個太監一見太子，就抱頭痛哭，見天寒地凍，太子衣裳單薄，便急忙脫下衣服給太子穿上。福王得知後，大怒，說：「真假未辨，如何能這樣？即使太子是真，讓位與否，還要看我願不願意，這廝竟敢如此！」接著，福王以迅雷不及掩耳之勢，處死了兩名太監，賜死李繼周，企圖殺人滅口，掩蓋事實真相。
然而南京城內的官員們聽說太子已到，無不歡欣鼓舞，紛紛前來拜訪，向太子遞送名片的人絡繹不絕。當時，南京市民都傳聞弘光朝廷欲絕先帝血脈。他們對於馬士英把持弘光朝廷非常不滿，普遍加以抵制，馬士英以為太子是假的，輿論越以為是真的。因此，到最後，弘光政權雖然不承認太子的真實性，卻也不敢加害太子。
南明混亂的局勢，使得對馬士英早已不滿的寧南侯左良玉，乘機大做文章，責問：「滿朝文武大臣只知道逢迎君主，不顧大體，流賊李自成尚且能對太子禮遇，不敢加害，為何一家人反倒視為仇敵了呢？明明知道窮究下去無用，為什麼非要輾轉追問，加以株連，使得普天同怨呢？皇上聽信少數人的言論，只與二三奸臣守天下，決無此道理。」於是左良玉在發佈了一通聲討宣言後，便以此為借口，打著「清君側」的旗號發兵東下，聲稱是奉了太子的密詔帶領隊伍來救援的。
大敵當前，南明小朝廷卻因為太子真偽的爭議導致內訌，事態愈發不可收拾。
清軍南下：
統帥多鐸處死南京「太子」
正當南京糾纏於太子的真偽，鬧得不可開交時，清軍乘機大舉南下，進逼南京，一時間形勢危急。五月初十，福王在太監與衛兵的簇擁下，從通濟門逃出南京城，前往太平府避難。次日，馬士英倉皇逃離南京。南明福王小朝廷至此土崩瓦解。南京市民數百人衝進監獄，救出太子，擁至武英殿，群呼萬歲，儼然又成立了一個小朝廷。
只可惜五天之後，五月十五日，清軍就進入南京城。當時，清軍的統帥豫王多鐸問：「太子在何處？」降清的忻城伯趙之龍說：「太子是假的，真名叫王之明。」多鐸不以為然：「逃難之人，自然改姓易名，若說姓朱，早就被你們殺了。」已降清的保國公朱國弼解釋：「太子原也不承認，是馬士英策劃的。」多鐸笑道：「奸臣！奸臣！」當天晚上，趙之龍就帶著太子來到多鐸的軍營，多鐸離席迎接，要太子坐在自己的右側，相去不過丈許。
多鐸命令已降清的劉良佐前往黃得功軍營捉拿福王。五月二十五日，劉良佐押解福王回到南京。福王乘坐一頂無幔小轎，蒙著包頭布，身穿藍布衣，用油紙扇遮著臉，昔日弘光皇帝的威風已蕩然無存。路旁民眾個個唾罵，甚至投擲瓦礫。
多鐸設宴招待剛擒獲的福王，並將他的位置安排在太子之下。席間，多鐸屢屢責問朱由崧，為何妄稱位？朱由崧被問得汗流浹背，一言不發。
太子也發難：「皇伯親自下令召我來，卻不認，又改我姓名，對我用刑，難道是奸臣所為，皇伯還不知嗎？」朱由崧支支吾吾，不敢出聲，一直俯首到終席。多鐸對太子故作親暱姿態，顯然是出於政治上的需要，目的是徹底孤立福王，分化和瓦解反清力量。
據傳說，幾個月以後，多鐸北上，將太子、福王都帶走了，隨後均被清廷處死。至於太子真偽尚未定，但清朝還是將他處以極刑，致使太子一案更加難辨真偽。
思宗死後的短短幾個月中，北京、南京先後出現了兩個太子，孰真孰偽，眾說紛紜。明史專家孟森認為北京出現的太子是真的，只是清朝站在改朝換代的立場，不願承認前明的皇太子，以避免政權交替之際引起動盪與不安。至於南京出現的太子是假的，但百姓痛恨弘光政權朱由崧，所以寧願相信是真太子。
陳寅恪先生認為，萬歷時代「爭國本」時，東林人士支持太子常洛反對福王常洵(即朱由崧的父親)，所以在思宗死後，東林人士必然與福王朱由崧相抗衡。馬士英以為假，輿論越以為真，其間或多或少夾雜著「黨爭」色彩，是東林、復社人士故意與馬士英唱對台戲。這種說法為南京假太子案提供了一種解釋思路，但畢竟缺乏實證，難以令人信服。
難解之謎：崇禎太子出家為僧？
政治風雲變幻莫測，使得崇禎皇太子案成為一個難解之謎。一波未平，一波又起，北京出現的太子與南京出現的太子不論孰真孰偽，都已經處死。在這樣的形勢下，即便真太子在世，也不敢拋頭露面。因而民間還流傳，崇禎太子在粵東嘉應陰那山靈光寺出家為僧。
李自成攻破北京擒獲太子後，將他與東宮侍讀李士淳等人一起交給劉宗敏關押。大西軍西撤途中節節敗退，自顧不暇，他倆乘戰亂結伴逃了出來。為了躲避各種勢力的追尋捉拿，兩人歷盡艱辛，終於逃到了李士淳的家鄉粵東嘉應州(今廣東梅縣)的陰那山。崇禎太子眼見清朝鐵騎席捲江南、明朝復興的希望逐漸化為泡影，自己偏處一隅，沒有什麼可資憑借，心灰意冷之下，只好面對現實，削髮為僧。
這種說法的依據是，梅縣地區長期以來流傳著一個「太子菩薩」的故事。在明光寺中，長期供奉一位和尚的神位，名字很怪，叫做「太子菩薩」。每當新谷登場，該寺住持便僱人挑著「太子菩薩」的神牌到鄉間化緣募捐，以所得供「太子菩薩」。久而久之，「太子菩薩」被訛傳為「稗子菩薩」。據稱他的原身是明末一位和尚。李士淳編的《陰那山志》收錄了兩首詩：
誰人伸臂劃虛空，裂碎迷雲千萬重。掌握明珠山吐月，周天星斗五輪中。
天畫棋盤星作子，指彈日月照將軍。不知何處神仙著，花落棋聲迅耳聞。
詩的作者期待有一位能人幫助自己「裂碎迷雲」，實現「天畫棋盤星作子」的抱負。這一抱負頗有帝王之氣，恐非一般僧人所能為。
在《嘉應州志》裡，有關於李士淳的記載，他曾任山西翼城令，因為治行卓異，授翰林院編修，充東宮講讀。後來闖王陷都，潛遁歸里。另外，在清朝康熙年間劉廣聰修的《程鄉里志》中也說李士淳「逆闖陷都，身受刑笞，不污偽命，潛遁歸里」。這些記載都表明李士淳曾經被李自成俘虜，並且受過刑，隨後又逃回廣東。太子因與他有舊，很可能也一同逃回。
由於崇禎太子的身份實在過於特殊，加之政治上的原因，李家也沒敢說出事情的真相。辛亥革命後，清朝滅亡了，太子一案才不必再顧及政治上的風險，禁忌漸少。李士淳(又名李二何)的後人李大中在《二何先生事略》一文中公開宣稱，其祖曾救過崇禎太子。他不僅提到了李士淳回到家鄉後的所作所為，而且指出那位和尚就是崇禎太子。但這種說法畢竟只是一家之說，沒有什麼相關的佐證。
由此可見，崇禎皇太子之謎在當時對於清朝、南明或者一般民眾，都是一個不可等閒視之的重大政治問題。當政者，無論是南明小朝廷，還是清廷都不認太子，唯恐太子威脅到自己的地位。而民間，對明朝有感情的遺民們又企圖保護太子，那些反清復明的義士也一次又一次地以此為旗號。至於太子究竟飄零何處，至今仍是一個謎，恐怕不同的人有不同的解釋吧。