天命十一年(1626)，六十八歲的馬上皇帝在寧遠城遭到了明大將袁崇煥的頑強抵抗，兵退盛京(瀋陽)，不久便撒手人寰。突然駕崩的努爾哈赤為自己的子孫們留下了未竟的大業，同時，也給後人留下了許多不解之謎。關於他的死因，史學界爭論不休，始終沒有定論。
努爾哈赤，姓愛新覺羅，號淑勒貝勒，明嘉靖三十八年(1559)出生在建州左衛蘇克素護部赫圖阿拉城(遼寧省新賓縣)的一個滿族奴隸主的家庭。二十五歲時，為報父、祖之仇，以十三副先人遺甲起兵，開始了他的戎馬生涯。五十八歲時在赫圖阿拉城(即興京)建立了女真少數民族政權——大金(史稱後金)。天命十一年(1626)，六十八歲的馬上皇帝在寧遠城遭到了明大將袁崇煥的頑強抵抗，兵退盛京(瀋陽)，不久便撒手人寰。突然駕崩的努爾哈赤為自己的子孫們留下了未竟的大業，同時，也給後人留下了許多不解之謎。關於他的死因，史學界爭論不休，始終沒有定論。而爭論的焦點主要集中在，他是被袁崇煥的炮火所傷，鬱悶而死，還是因為身患毒疽不治身亡。
據史料，天命十一年(1626)，努爾哈赤親率六萬大軍(號稱十四萬)南征，一路勢如破竹，不戰而得八座城池，很快兵臨寧遠城下。明朝寧遠城守將袁崇煥嚴詞拒絕努爾哈赤的招降，親率兵民萬餘人頑強守城。他們在寧遠城上架設了十一門紅衣大炮，隨時準備迎接來犯之敵。據北京社會科學院滿學研究所閻崇年研究員認為，這種紅衣大炮為英國製造的早期加農炮，炮身長、管壁厚、射程遠、威力大，特別是擊殺密集騎兵具有強大火力，是當時世界上最先進的火炮。紅衣大炮在寧遠之戰中確實發揮了它的極大威力。據記載，後金軍隊的攻城行動在明軍猛烈炮火的攻擊下嚴重受挫。寧遠城下，八旗官兵血肉橫飛，屍積如山。在攻城的第三日，後金軍隊便撤兵而去。
在威力極大的西洋火炮猛烈攻擊的情況下，作為後金大軍統帥而親臨城下督戰的努爾哈赤有沒有受傷呢？對此，明朝和後金的史書中均無明確記載。金國平和吳志良在合寫的《澳門與入關前的滿清》一文中認為，由於對明軍使用的新式火器毫無精神準備，寧遠之戰中努爾哈赤受傷的可能性極大。經過潛心研究，金國平和吳志良終於從朝鮮人李星齡所著的《春坡堂日月錄》中找到了一條明確記載努爾哈赤在寧遠之戰中受「重傷」的珍貴史料。
據該書記載，朝鮮譯官韓瑗隨使團來明時，碰巧與袁崇煥相見，袁很喜歡他，寧遠之戰時曾把他帶在身邊，於是韓瑗得以親眼目睹了這次戰役的全過程。寧遠戰事結束後，袁崇煥曾經派遣使臣帶著禮物前往後金營寨羞辱譏諷努爾哈赤：「老將橫行天下久矣，今日見敗於小子，豈其數耶！」據韓稱：努爾哈赤「先己重傷，及是俱禮物及名馬回謝，請借再戰之期」，最後終於「因慈懣恚而斃」。這條史料明確記載努爾哈赤是在寧遠之戰中受了「重傷」，並由於寧遠兵敗，精神上也受到很大的創傷，再加上袁崇煥的羞辱，最後終於鬱鬱而終。
除朝鮮方面的記載而外，明朝其他的一些史籍也有類似的描述。據明薊遼經略高第奏報：在後金軍隊攻城時，明朝軍隊曾炮斃一個「大頭目」，敵人用紅布將這個人包裹起來抬走了，還一邊走一邊放聲大哭。這個大頭目，有人認為是努爾哈赤。明人張岱在其所著的《石匾書後集·袁崇煥列傳》中記載，紅夷大炮打死敵人不計其數，還擊中了「黃龍幕」，傷一「裨王」。敵軍認為出師不利，用皮革裹著屍體，一路號哭著撤退了。金國平和吳志良據此分析，上述史料中提到的「大頭目」、「裨王」即為努爾哈赤本人。
考慮到清代官書提及努爾哈赤之死時，都說他是得病而死，至於得的是什麼病，則往往諱莫如深。金國平和吳志良對此則分析認為：努爾哈赤在寧遠攻城戰中中炮受傷，隨後又受了袁崇煥這個「小子」的冷言譏諷，回到瀋陽後一直耿耿於懷，怒火中燒，導致傷口惡化，後來前往清河洗湯浴，致使傷口進一步惡化，終於併發症而死。炮傷是努爾哈赤致死的最重要原因。
正在人們對努爾哈赤之死不再提出異議時，有的學者卻堅持認為，努爾哈赤沒有在寧遠之戰中負傷。《中國歷史文獻叢刊》1980年第1期載孟森先生遺著《清太祖死於寧遠之戰不確》及商鴻迪教授附《贅言》等文，均對努爾哈赤在寧遠城下負傷這一結論持異議。李鴻彬在《滿族崛起與清帝國建立》一書中，對努爾哈赤炮傷而死論者的關鍵依據——《春坡堂日月錄》提出了質疑。
疑點一：既然朝鮮譯官韓瑗都知道努爾哈赤「先己重傷」，那麼守衛寧遠的最高統帥袁崇煥就應更加清楚，何況袁崇煥還曾派遣使臣前往後金營中察看過呢！如果努爾哈赤確實身負「重傷」，這當然是袁崇煥的特大功勞，也是明軍的重大勝利，不僅袁祟煥本人，而且朝廷上下、文武百官都將對此事大書特書，以便激勵軍民的士氣。但是，無論是袁崇煥本人報告寧遠大捷的折奏，還是朝廷表彰袁崇煥的聖旨抑或朝臣祝賀袁崇煥寧遠大捷的奏疏，其中都隻字不提努爾哈赤受傷之事。
疑點二：努爾哈赤戰敗於寧遠，是天命十一年(1626)正月，至八月二十日死，中間有八個多月。從大量史料記載看，在這八個多月中，努爾哈赤正在「整修舟車，試演火器」，並且到「遠邊射獵，挑選披甲」，積極準備再進攻寧遠，以復前仇。四月，還親率大軍，征蒙古喀爾喀，進略西拉木輪，「獲其牲畜」。五月，毛文龍進攻鞍山，後方吃緊，這才回師瀋陽。六月，蒙古科爾沁部的鄭巴洪台吉來朝，他親自「出郭迎十里」，全無「重傷」之人之病象。
因此，李鴻彬認為，努爾哈赤在寧遠之戰中有沒有身受「重傷」，是不是「懣恚而斃」，很值得懷疑。
而對於努爾哈赤死因，明朝方面是有記載見於文字的。遼東巡撫袁崇煥向明廷報告努爾哈赤死因時說：「而四鄉絡繹皆雲，奴酋恥寧遠之敗，遂蓄懾患疽死。」明御史汪若極也說，因寧遠大捷，使「奴焰大挫，一旦疽發，而伏天誅矣！」沈國元《兩朝從信錄》記載：「老奴酋疽發背死」。彭孫貽《山中聞見錄》亦記載：「建州國汗，疽發於背殂」。同時朝鮮方面亦有類似的記載：朝鮮捉獲後金部民則說，「奴酋去(按應為「今」)七月間得肉毒病，沐浴於遼東溫井(即溫泉)，而病勢漸重，回向瀋陽之際，中路而斃。」朝鮮《丙子錄》也記載，「建州虜酋奴兒赤，疽發背死。」
李鴻彬通過對這些材料的分析，認為：努爾哈赤回到瀋陽以後，由於寧遠兵敗，赫赫有名的沙場老將敗在初歷戰陣的青年將領手中，精神上受到很大的刺激，整日心情郁忿，加上長期馳騁疆場，鞍馬勞累，積勞成疾。同年七月中，努爾哈赤身患毒疽，並非炮傷，二十三日往清河湯泉療養。到了八月七日，他的病情突然加重。十一日，便乘船順太子河而下，轉入渾河時，與前來迎接的太妃納喇氏相見後，行至離瀋陽四十里的級靉雞堡死去。