洪承疇降清後隸屬鑲黃旗漢軍，皇太極將他視為入關奪取中原的「引路者」，對其「恩養有加」。據《清史稿》記載：「凡值大祭祀、宴會，必令親隨，賜房屋莊田男女有差，服食無虛日。」但皇太極生前，洪承疇的作用並未得到充分發揮。
崇禎十六年(1643年)八月九日，皇太極突然病逝，年僅6歲的福臨繼位。崇禎十七年(1644年)三月十九日，李自成率領的大順軍佔領北京，崇禎帝上吊自殺。消息尚未傳至瀋陽，四月四日，大學士範文程根據明軍、大順軍、清軍三股勢力博弈的情形，認為明朝衰朽不堪，「四面受敵」，得出「我國雖與明爭天下，實與流寇角也」的結論，建議清軍把握時機，入取中原。四月九日，清軍在攝政王多爾袞的率領下大舉南伐。
此次出兵，規模空前，滿洲、蒙古八旗出動三分之二，漢人八旗傾巢出動，其中就有降清兩年但一直沒有委任官職的洪承疇。十餘萬之眾的大軍向山海關進發，北京被李自成所率大順軍攻克的消息很快被探馬報知。對手由不堪一擊的明軍，變成從未交戰的大順軍，本來信心滿滿的多爾袞頓時疑慮重重，隊伍前行的速度因而變得十分緩慢，十三日抵達遼河，四天時間只走了一百多里。
直到駐軍遼河，多爾袞才想起隨軍而行的洪承疇：李自成曾是他手下敗將，請他出謀獻策，大順軍當不在話下。
洪承疇降清兩年「悄無聲息」，一則明清處於相持和談之際，難有「拋頭露面」之機;二則可能還有一定的心理障礙，畢竟，要從明朝、漢人的角度轉向清廷、滿族，尚需一定時間與過程。報效「恩養」的機會終於來臨，洪承疇自然不肯放過，他向多爾袞建言：「流寇」有著十多年的作戰經驗，不可輕敵，不要輕易攻打山海關，應像過去那樣繞道長城，突入關內;嚴明紀律，「不屠人民，不焚廬舍，不掠財物」;招降納叛，「有開門歸降者，官則加升，軍民秋毫無犯」;並在具體戰術方面對清軍予以「指導」，如何利用精兵出其不意，步兵、騎兵如何配合作戰等。
就在這時，駐守山海關的明將吳三桂致信多爾袞，向清軍求援。原來，吳三桂本欲投降李自成，率部眾進京途中，得知父親被拘，愛妾陳圓圓被大順軍將領劉宗敏搶奪，他「衝冠一怒為紅顏」，重新奪回山海關。李自成親率大軍前往征討，吳三桂抵擋不住，迫不得已向清軍求助。清朝曾多次招降吳三桂沒有成功，此次來信，也非降清，而是請求多爾袞出兵，共同對付大順軍。面對吳三桂的「送貨上門」，多爾袞猶疑不決。洪承疇建議清軍改變方向，即刻向山海關進發。多爾袞予以採納，下令清軍日夜兼程，迅速趕至山海關。吳三桂曾為洪承疇舊部，在洪的引見下，吳三桂與多爾袞祭天盟誓，兩軍聯手對付李自成。
山海關之戰以清軍完勝、李自成大敗告終。洪承疇建議清軍不得停留，應抓住時機，加速前進，目標北京。吳三桂受多爾袞脅迫，剃髮投降，成為清軍的急先鋒與大順軍的第一殺手。洪承疇起草告示，沿途廣為散發，將清軍裝扮成救民倒懸的仁義之師，號召明軍與清軍聯手，共同圍剿農民起義。受此蠱惑，清軍不僅沒有遇到抵抗，反而受到歡迎，長驅直入，很快佔領北京。洪承疇前往帝王廟，跪在崇禎皇帝的靈牌前「哭靈」。為了籠絡人心，多爾袞下令「官民人等為崇禎帝服喪三日」。清軍的這些行為，特別是洪承疇的特殊身份，給舊臣遺民造成一種假象，以為清軍是來替明朝報仇的，以致南明政權有過聯合清軍，共同對付農民軍，「合師進討，問罪秦中」的幻想。受此誤導，漢人不禁放鬆了戒備警惕，加速了清軍問鼎中原、滅亡明朝的歷史進程。
由此可見，洪承疇作為明廷職位最高的降官，只要他一「出手」，就招招厲害，直指漢人及殘明「死穴」。就當時的人口而言，滿人約一百萬，漢人約一億。滿人能一以當百征服漢人，除有利於作戰的八旗制度外，實則利用了漢人的力量，以漢制漢。清軍佔領北京後，對有功之臣洪承疇備加重用，以明太子太保、兵部尚書兼都察院右副都御史原銜，入內院佐理機務，授秘書院大學士。洪承疇不負所望，處心積慮地為清朝統治者出謀劃策。一年前，愛新覺羅·福臨已在關外即位，為了證明清朝不是一個區域性政權，而是「君臨天下」的統治者，在洪承疇、範文程等漢族大臣的精心安排下，福臨在北京又舉行了第二次登基大典，一應禮儀全按中原典章辦理。
爾後，多爾袞便開始著手統一中國的行動，但「留頭不留發，留發不留頭」的做法，讓行動處處受阻。此時，洪承疇再次進入多爾袞視野。順治二年(1645年)閏六月十三日，洪承疇以原官總督軍務，招撫江南各省地方。多爾袞看中的，是洪承疇在南明故臣中的影響與號召力。清軍入關，洪承疇不斷招撫舊部或舊同僚歸順清朝，如明薊鎮總兵唐通、明寧夏花馬池副總兵董學禮、南明四鎮將之一劉澤清、南明提督李本深等人都是他的舊部，他們投降清朝多由洪承疇籠絡與招撫。於是多爾袞說道：「我亦見他做得來，諸王也薦他好，故令他南去。」並賜他衣帽，鑄印一方——「招撫南方總督軍務大學士」。洪承疇當即表態道：「感王上厚恩，敢不竭盡心力！」
洪承疇降清後第一次面對故人，多少還有一點廉恥之心。據陳洪範《北使紀略》記載，南明使團進京和談時，洪承疇見到使團成員王言，「似有不安之色，含涕欲墮」。而心理一旦適應，就變得坦然、決然乃至冷酷、殘忍了。
若論漢人文臣對清廷的貢獻，入關前數範文程最大;入關之後，洪承疇便搶了範文程的「風頭」，以致享有「清朝開國第一功臣」之類的頭銜。當然，洪承疇畢竟是漢人降臣，清廷在重用、倚靠的同時，又給以一定的牽制：任命多羅貝勒勒克德渾為平南大將軍，以固山額真葉臣佐之。也就是說，洪承疇招撫江南，只能算個「三把手」，還得受命於勒克德渾與葉臣兩人。