清朝八旗制度是清太祖努爾哈赤於明萬曆二十九年(1601年)正式創立的，初建時設四旗：正黃旗、正白旗、正紅旗、正藍旗。明萬曆四十二年(1614年)，努爾哈赤在原有的四旗之外又增設鑲黃旗、鑲白旗、鑲紅旗、鑲藍旗，合稱八旗。其中鑲黃旗、鑲白旗、鑲藍旗均鑲紅邊，鑲紅旗鑲白邊。
清朝旗人不全是女真人
八旗制度是在女真人狩獵時所實行的牛錄組織基礎上演變而來的。牛錄既是一種社會組織，也是作戰時的一個單位編成，每三百戶為一牛錄，五牛錄為一甲喇，五甲喇為一固山，每固山即為一旗。
女真人都編入滿洲八旗，但是，旗人卻不一定是女真人。後金天命九年(1624年)，努爾哈赤把被征服的蒙古人編成五個牛錄，隸屬於滿洲八旗;天聰三年(1629年)，皇太極把五個蒙古牛錄擴編成兩個蒙古旗;天聰九年(1635年)，又把兩個蒙古旗擴編成八個蒙古旗。至此，從滿洲八旗中徹底分化發展出了蒙古八旗，旗人中有了蒙古人。
隨著八旗士兵佔據遼沈地區，大批漢人歸降，努爾哈赤將這些降服的漢人編成十六個牛錄，隸屬滿洲八旗;天聰五年(1631年)，皇太極為平衡八旗旗主的軍事勢力，以漢人精於火器為名，撥出漢人另置一軍，名「烏真超哈」(滿語，「烏真」即漢語「重」之意，「超哈」即漢語「兵」或「軍」之意);崇德二年(1637年)，將這支漢軍分為兩旗;崇德七年(1642年)，又將兩旗擴編為八旗，即為漢軍八旗，旗人中出現了漢人。至此，清朝三軍正式組建完成，蒙古八旗和漢軍八旗的建制、旗幟等均沿用滿洲八旗。
皇太極創建蒙古八旗和漢軍八旗後，滿、蒙、漢八旗共二十四旗構成了清朝八旗制度的整體。之後，無論是蒙古八旗的成員，還是漢軍八旗的成員均為旗人，亦稱為蒙古旗人、漢軍旗人。不僅如此，在八旗中還有早期歸附的錫伯族人等都稱為旗人。因此，旗人是由多個民族組成的，不能說旗人就是女真人。
八旗排序體現旗主地位
據《滿文老檔》記載，努爾哈赤時期八旗的旗主及排序情況是：一是正黃旗、二是鑲黃旗，旗主均為努爾哈赤;三是正紅旗、四是鑲紅旗，旗主均為大貝勒代善 (努爾哈赤第二子);五是鑲藍旗，旗主為二貝勒阿敏(努爾哈赤弟舒爾哈齊第二子);六是正藍旗，旗主為三貝勒莽古爾泰(努爾哈赤第五子);七是正白旗，旗主為四貝勒皇太極 (努爾哈赤第八子);八是鑲白旗，旗主為四大貝勒之侄杜度(努爾哈赤長子褚英的長子)。這是遵循著尊卑長幼之序，按照旗主的身份地位排序的。
在皇太極當政時期，八旗的排序幾經改動。天聰六年(1632年)後八旗的旗主和排序是：一是正黃旗，旗主為皇太極;二是鑲黃旗，旗主為豪格(皇太極長子);三是正紅旗，旗主為代善;四是正白旗，旗主為多鐸(努爾哈赤第十五子);五是鑲紅旗，旗主為岳托(代善長子);六是鑲白旗，旗主為多爾袞(努爾哈赤第十四子);七是鑲藍旗，旗主為阿敏;八是正藍旗，旗主為莽古爾泰。這一排序並未遵循宗法的長幼有序，而是改為按「旗分」排序，將兩藍旗置後，這與皇太極繼位後打擊兩藍旗的目的統一。
天聰十年(1636年)，皇太極稱帝，對八旗排序又進行了一次變更，此次變更後八旗的排序再未更改一直沿用到清末。八旗的最終排位定為：鑲黃旗、正黃旗、正白旗、正紅旗、鑲白旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲藍旗。
兩黃旗與兩白旗曾換旗
按照滿族慣例，年長的兒子成年後分家單過，父親和小兒子在一起生活，去世後也把餘下家產都分給小兒子。因此，努爾哈赤早年便把八旗中的六旗分給年長的子侄，自己僅領兩黃旗。在最後一次分家產的時候，努爾哈赤把兩黃旗的60牛錄，分給阿濟格、多爾袞、多鐸三兄弟各15牛錄，自己留15牛錄，阿濟格和多爾袞一旗，自己和多鐸一旗。努爾哈赤死後，多爾袞曾向皇太極要求把父汗留下的15牛錄由三兄弟均分，被皇太極拒絕，均給了最小的兒子多鐸。這樣，阿濟格和多爾袞領正黃旗，因阿濟格年長便成了旗主，多鐸獨領鑲黃旗。
努爾哈赤去世前將鑲白旗旗主杜度調到鑲紅旗，皇太極繼位後就趁機奪取了鑲白旗，加上原領的正白旗，皇太極便成為了兩白旗旗主。滿族以黃色為尊，皇太極繼位就需要進行一次權力的再分配，把原領的兩白旗換為兩黃旗，來符合自己作為大汗的身份，並將自己所領之旗排到最前，以提高自己在諸旗主尤其是幾大貝勒旗主中的地位。這樣，皇太極就在代善父子的支持下把兩黃旗與兩白旗旗幟互換。把自己所領的正白旗換給多鐸，鑲白旗換給阿濟格，後因阿濟格獲罪旗主改為多爾袞。
這次改旗的順利實現一是因為僅是旗色的改變，原旗下屬人不變;二是因為皇太極為眾旗主推舉之汗，其所領旗色應該是最尊貴的黃色。同時，按照長幼有序的原則，阿濟格三兄弟較小排位應該靠後，也不應佔有最尊貴的黃色。
皇太極先後打壓三貝勒
皇太極繼位後，派鑲藍旗旗主阿敏駐守永平、灤州、遷安、遵化四城。由於明軍反擊，阿敏慘敗棄城而逃，逃跑前他將城中漢族降官降民全部屠殺，財產洗掠一空。皇太極利用此事，以「自視如君」、「心懷不軌」等罪名囚禁了阿敏，將鑲藍旗交與其弟濟爾哈朗統領。
阿敏獲罪後，皇太極又把目標轉向正藍旗旗主莽古爾泰。天聰五年(1631年)，圍困大凌河時，莽古爾泰因兵丁損失嚴重與皇太極發生衝突，並在「御前露刃」。戰後眾貝勒公開議處莽古爾泰「御前露刃」的罪名，削其大貝勒名號。第二年底，莽古爾泰暴斃，皇太極將正藍旗交給其弟德格類。天聰九年(1635年)，德格類又離奇暴斃。在其死後不久，莽古爾泰胞妹莽古濟一名屬下告發莽古爾泰生前謀逆，從而爆發了吞併正藍旗事件。吞併了正藍旗後，皇太極把正藍旗與正黃旗混編後，重新組成新的正黃旗、正藍旗，並把正藍旗交與長子豪格統領。
皇太極改元稱帝后，為了限制諸貝勒權力，嚴格限制護衛數，規定每旗可選護衛20人，代善違背定制，多選了20個護衛。此事被揭發後，皇太極大肆發揮，於崇德二年(1637年)七月，召集諸貝勒大臣，當眾指斥代善「陽為恭謹，陰懷異心」。皇太極通過這一系列的行動，沉重打擊了代善，使其勢力受到嚴重削弱，威望也大大下降，皇太極打壓兩紅旗的目的也最終實現。
順治將八旗劃分為上三旗和下五旗
皇太極離世後，清世祖福臨繼位，但實際掌握國家最高統治權的是攝政王多爾袞。
順治五年(1648年)，多爾袞將豪格下獄，將正藍旗轉給多鐸。這時，加上多爾袞兄弟原領的兩白旗，多爾袞兄弟實領三旗，對皇權構成了巨大壓力。順治七年(1650年)，多爾袞病逝，順治親政後，倚恃堂叔濟爾哈朗對多爾袞一系展開反擊。順治八年(1651年)，阿濟格因企圖攝政被削爵幽禁賜死，多爾袞也因政敵翻案，被追論悖逆之罪下詔追奪一切封典，毀墓掘屍，並把原隸屬多爾袞的正白旗(多爾袞原領鑲白旗，後與多鐸換旗成為正白旗旗主)劃歸皇帝。從此鑲黃旗、正黃旗、正白旗歸「天子自將」成為上三旗，地位高貴，人員眾多，構成八旗的核心;其他五旗正紅旗、鑲白旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲藍旗由親王所領成為下五旗。上三旗是皇帝親兵，擔任禁衛皇宮等任務;下五旗除守衛京城外，被大批派往各地駐防戍衛。
上三旗與下五旗的分治，是八旗制度的一次重大變革，體現了以皇權為代表的專制主義中央集權進一步加強，諸王旗權的削弱乃至消失，也使得以旗色配旗主的長幼之序、以旗主的長幼之序決定所領旗之排位成為歷史，下五旗之間的排序也不再具有政治意義。上三旗和下五旗制度，還衍生了清朝一項特殊的制度——抬旗。所謂抬旗就是由漢軍八旗和蒙古八旗抬入滿洲八旗，或由下五旗抬入上三旗，但僅僅是本支子孫方准一同抬旗，其胞兄弟仍隸原旗。