雍正四年(1726年)，雲貴總督鄂爾泰數次上書，全面闡述改土歸流的必要，奏請立即推行。他建議對不法土司用計擒為上，以兵剿為次;使其自動投獻為上，勒令納土為次;既要用兵，又不專恃用兵。以武力相震懾，力爭以政治手段解決。他要求調整雲﹑貴﹑川等省邊境的不合理的行政區劃，以便統一事權，使地方官相機行事。雍正帝對此甚為讚賞，令其悉心辦理。
同年五月，首先平定貴州長寨土司的叛亂，設立長寨廳(今貴州長順)。不久，清廷將原隸屬四川的烏蒙﹑鎮雄﹑東川三土府劃歸雲南。鄂爾泰派游擊哈元生領兵摧毀了叛亂的烏蒙土知府祿萬鍾﹑鎮雄土知府隴慶侯的勢力，改設烏蒙府(後改稱昭通府，今雲南昭通)﹑鎮雄州。
雲貴改土歸流的巨大聲勢，很快衝擊到廣西地區。五年，清廷以威懾力量革去泗城土知府岑映宸的職務，在其屬南盤江以北地區設置永豐州(今貴州貞豐布依族苗族自治縣)，劃歸貴州統轄。
雍正帝為使雲貴廣西的改土歸流事務得以統一籌劃，特於雍正六年(1728年)底任命鄂爾泰為雲﹑貴﹑廣西三省總督。同年，命貴州按察使張廣泗在黔東南推行改土歸流政策。張廣泗帶兵深入黎平府古州(今貴州榕江)﹑都勻府丹江(今貴州雷山)苗﹑侗等族村寨，設廳，置同知，理民事。與雲貴廣西接界的湖南﹑湖北﹑四川等省的土司，本來就靠近內地，勢力有限，在形勢壓力下，紛紛請求交出世襲領地及土司印信，歸政中央。於是在各該省長吏經營下改設村縣。
在廢除土司世襲制度時，對土司本人，根據他們的態度給以不同的處理。對自動交印者，酌加賞賜，或予世職，或給現任武職。對抗拒者加以懲處，沒收財產，並將其遷徙到上述六省以外的內地省份，另給田房安排生活。在設立府縣的同時，添設軍事機構，如雲南增設烏蒙鎮﹑昭通雄威鎮﹑普洱元威鎮，貴州增加古州鎮﹑台拱鎮，廣西另設右江鎮，湖廣添永順協﹑永綏協等。清政府在改土歸流地區，清查戶口，丈量土地，徵收賦稅，建城池﹑設學校，原來土司只交納很少的貢賦，而將殘酷掠奪屬民所得的大量銀兩盡收於己。改土歸流後，變革賦役方法，廢除原來土司的徵收制度，與內地一樣，按地畝徵稅，數額一般少於內地。土民所受的剝削稍有減輕。改土歸流的地區，包括滇﹑黔﹑桂﹑川﹑湘﹑鄂六省，其中貴州省改土歸流的地區之廣，大約相當於原設府縣的面積。改土歸流所涉及的民族很多，有壯族、彝族﹑苗族﹑哈尼族、布依族﹑侗族﹑瑤族﹑水族等。