維新運動剛開始，光緒皇帝頒布《明定國是》詔書後的第四天（1868年6月14日），翁同龢即被罷官，開缺回籍。絕大部分人認為，這是慈禧太后的陰謀，是她反對變法的重要安排，而光緒皇帝是出於被迫下旨廢黜翁同龢。那麼真實的情況是怎樣的？
慈禧一開始不反對變法
維新運動中，慈禧太后發動政變，下令捉拿康有為弟兄，殺害譚嗣同等六君子，軟禁光緒皇帝，盡罷新法。慈禧太后的這些舉措，鑄就了一個鐵桿頑固派的形象，也將自己永遠釘在歷史恥辱柱上。人們想像，慈禧太后一開始就反對變法，老謀深算，之所以從光緒皇帝身邊趕走翁同龢，目的在於削弱維新派的力量，警告光緒。人們的這種想像是合理的。然而，問題的關鍵是，慈禧太后並不是一開始就堅決反對變法？
翁同龢在1898年6月11日(四月廿三日)日記中提到：光緒帝奉慈禧諭旨，指出楊深秀和徐致上奏要求變法維新，施行新政，改革舊習的要求「良是」，並指示「今宜專講西學」。老成持重的翁同龢認為「過頭」，指出「西法不可不講，聖賢義理之學尤不可忘」。
《康有為自編年譜》記載：6月16日(四月二十九日)，宋伯魯(芝棟)上《請改八股為策論折》，痛斥八股文的空疏無用，要求光緒皇帝特別下詔，在科舉考試中「改試策論」。光緒帝在五月初五日下旨廢除八股文，遭到了大臣的反對。光緒皇帝和頑固派大臣剛毅之間激烈辯論：皇帝要立即降旨，而剛毅則堅決反對，惹得皇帝動怒，但是剛毅仍不屈服，抬出「請懿旨」相抗。6月20日(五月初二日)，光緒皇帝到頤和園請示。23日，頒布詔書，自下科始，「一律改試策論」，維新派取得了一次重要勝利。《康有為自編年譜》的記載此事本意是想說明光緒皇帝「上扼於西後，下扼於頑臣」的情況，但是，恰恰是這條材料，說明了在「廢八股，改策論」這一問題上，慈禧太后支持的是光緒皇帝，而不是頑固派剛毅。
關於慈禧太后一開始並不反對變法的情況，近人筆記中多有記載。蘇繼祖《清廷戊戌朝變記》記載：「正月，康初上之書，上呈於太后，太后亦為之動，命總署王大臣詳詢補救之方，變法條理，曾有懿旨焉。」「康初上之書」，指1898年1月29日(正月初八日)康有為所上《請大誓臣工，開制度新政局折》。在該折中，康有為陳述埃及、土耳其、高麗、安南、波蘭、馬達加斯加等國被侵略、受欺侮，以至被宰割、瓜分的慘狀，警告光緒皇帝，「恐自爾之後，皇上與諸臣雖欲苟安旦夕而不可得矣！」列強侵略、欺侮清王朝，慈禧太后與清王朝共命運，康有為的這段話打動慈禧太后是完全可能的;甲午戰後，中國割地賠款，慈禧太后從維護滿洲貴族和自身利益出發，在一定程度上同情或支持變法也是合理的。費行簡《慈禧傳信錄》稱：「適德人假細故，擾我膠澳，舉朝無一策，帝復泣告後，謂不欲為亡國之主。後曰：『苟可致富強者，兒自為之，吾不內制也。』」值得注意的是戊戌政變屬於宮闈高層機密，人們所知甚少，蘇著所述大多來自「訪詢」，必然真偽雜糅。
翁同龢1867年(同治六年)2月，奕訢提議以徐繼畬為同文館事務大臣，當天就得到批准。3月，御史張盛藻、大學士倭仁先後上折，反對設立天文算學館，認為「根本之圖，在人心而不在技藝」，形成中國近代史上一次著名的改革與反改革論爭。在這場論爭中，慈禧太后支持奕訢，「上諭」稱：「同文館招考天文算學，既經左宗棠等歷次陳奏，該管王大臣悉心計議，意見相同，不可再涉游移，即著就現在投考人員，認真考試，送館攻習。」頑固派仍不肯罷休，通政使於凌等人繼續上折反對，楊廷熙更利用旱災，要求兩宮皇太后收回成命，撤銷同文館。6月30日，慈禧太后命軍機處起草上諭，指斥楊奏「呶呶數千言，甚屬荒謬」，一場爭論得以平息。
有意思的是，慈禧太后不僅要求部分文官和知識分子學習西學，而且也要求光緒皇帝學。自1891年(光緒十七年)12月1日起，光緒皇帝即奉慈禧太后「懿旨」，每日上午在勤政殿學習英文，由同文館的兩位洋教習授讀。這項學習，一直堅持到1894年(光緒二十年)11月，才由慈禧太后下令，與「滿書房」同時停止。
歷史事實表明，慈禧太后與倭仁、徐桐、剛毅等頑固派畢竟有別，因此，當光緒皇帝開始維新時，她能表示同意，並且提出「專講西學」的主張。在這一情況下，她自然沒有急於從皇帝身邊趕跑翁同龢的必要。至於她後來鎮壓維新派，那是由於維新活動超越了她許可的底線，觸犯了滿洲貴族集團的利益和她個人的權力，並不能證明她一開始就處心積慮地反對變法。
梁啟超《戊戌政變記》稱：「自四月初十以後，皇上日與翁同龢謀改革之事，西太后日與榮祿謀廢立之事。四月廿三日皇上下詔誓行改革，廿五日下詔命康有為等於廿八日覲見，而廿七日西後忽將出一朱諭強令皇上宣佈……皇上見此詔，戰慄變色，無可如何！」梁啟超並非榮祿營壘中人，何所據而云然？說「西後忽將出一朱諭」，光緒皇帝「戰慄變色」，梁啟超當時並不在光緒皇帝身邊，何從知道？另外，清制，只有皇帝才可用「朱諭」，慈禧雖貴為太后，也絕不能突破禁令。光緒皇帝罷免翁同龢的「朱諭」現存中國第一歷史檔案館，確為光緒親筆，足以證明梁啟超之誤。《戊戌政變記》以慈禧太后和袁世凱為主要攻擊目標，政治和個人感情色彩濃烈，科學性不足。
《清廷戊戌朝變記》還有一條記載，被視為慈禧太后在變法伊始就有意破壞的鐵證。該書稱：6月8日(四月二十日)之後，翁同龢罷官之前，慈禧太后曾召見奕、榮祿、剛毅等人，聲稱「皇上近日任性亂為，要緊處汝等當阻之」。奕訢等同答：「皇上天性，無人敢攔」，剛毅則伏地痛哭，聲稱「奴才婉諫，屢遭斥責」。慈禧太后又問：「難道他自己一人籌畫，也不商之你等？」榮祿、剛毅答稱：「一切只有翁同龢能承皇上意旨。」剛毅並哭求太后勸阻。慈禧太后稱：「俟到時候，我自有法。」其實，這段記載的謬誤是很明顯的。當時，變法尚未開始，或者剛剛開始，光緒皇帝還幾乎什麼都沒有做，慈禧太后何來「皇上近日任性胡為」之憤？如果是這樣，她怎麼可能在差不多同時又肯定楊深秀、徐致靖要求變法的奏折，訓示光緒皇帝：「今宜專講西學」？仔細考察晚清文獻，關於翁同龢被罷官出於慈禧太后意旨的各類記載，不是出於傳聞，就是出於猜測，無一可以視為確鑿有據的信史。
人們之所以易於認定慈禧太后是「罷翁」事件的主謀，原因在於認定慈禧太后是鐵桿頑固派，前人的一些記載也引導了人們的這種認識傾向。其實翁同龢與光緒皇帝這一對師徒之間關係有一個發展與變化的過程，瞭解這一過程就能看出廢黜翁同龢本身是光緒的本意。
罷免翁同龢出於光緒皇帝本意
要知道是誰罷了翁同龢的官，首先要看一下翁被罷前後的朝局和人事安排。維新運動進入高潮前，翁同龢身兼軍機大臣、總理各國事務衙門大臣、協辦大學士、戶部尚書等職，權傾一時。這一時期，翁同龢做了兩件「吃力不討好」的事情：(1)舉借外債、內債。《馬關條約》規定，清政府須向日本賠款兩億三千萬兩白銀。翁同龢身為戶部尚書，籌款還債是其職責。《馬關條約》簽字後不久，翁同龢即開始向俄、法、英、德等國借款。1898年2月，翁同龢派張蔭桓為代表，與英商匯豐銀行簽訂條約，借款1600萬英鎊。此外翁同龢又發行國債，以昭信股票為名向國內官民各界借貸，同時加征鋪稅、房捐等稅。(2)處理膠州事件。1897年11月，德國以兩名傳教士被殺為由，派遣軍隊搶佔膠州灣，向清政府提出六項照會。交涉中，翁同龢擔心事態擴大，採取「低顏俯就」的軟弱態度，所擬答覆德方的「照會稿」不僅奕？不以為然，連慈禧太后都覺得「甚屈」。12月11日，翁同龢在上朝時為自己的主張辯護，語氣激烈，引起同僚驚愕。翁同龢日記云：「詞多憤激，同列訝之，余實不能不傾吐也。」
上述二事都受到言官和個別地方官僚的批評。1898年3月，御史何乃瑩、徐道、高燮曾等人陸續上奏，批評發行昭信股票過程中的弊端。同年4月，安徽藩司於蔭霖上奏，指責翁同龢辦理膠州灣事件之不當，指責翁同龢以江蘇、江西等四省釐金作抵向英、德借債的失策，批評翁「獨任私智，釀成巨禍」，要求他與李鴻章、張蔭桓共同「讓賢」。5月29日，御史王鵬運上奏，指責翁同龢與張蔭桓：「辦理洋務，偏執私見，不顧大局，既欲遇事把持，又復性成畏葸。」該折並指責二人在借洋債過程中有私納回扣行為，要求將二人「聲罪罷斥」。
言官彈劾對光緒皇帝和慈禧太后都有影響。6月10日(四月二十二日)，光緒發佈上諭決定：榮祿著補授大學士，管理戶部事務;剛毅著調補兵部尚書、協辦大學士，刑部尚書著崇禮補授。光緒皇帝宣佈變法前的這一人事安排，必然經過慈禧太后同意，或者甚至是慈禧太后的意旨。它的要點是，在翁戶部尚書一職之上加了一個「管部大臣」榮祿，顯然與言官對翁舉借外債、內債的批評有關，但「上諭」並不曾免去翁的任何職務，更不曾觸動翁的其他權力，可見光緒皇帝和慈禧太后對言官的彈劾並不過分重視，還不想對翁採取大動作。只是在5天後，情況才突然發生變化。6月15日(四月二十七日)，光緒皇帝再次發佈上諭，將翁同龢「開缺回籍」，同時命王文韶迅即來京陛見，直隸總督著榮祿暫行署理。這兩道上諭相距時間極近，可見罷免翁同龢是突然起意，而非早有預謀，因此，不得不採取緊急措施：調王文韶來京以填補翁同龢的空缺，以榮祿署理直隸總督，填補王文韶入京後留下的空缺。倘使6月10日發佈第一道上諭時就有罷翁之意，就沒有必要分成兩步，更沒有必要命榮祿「管理戶部事務」，過幾天再挪到「署理直隸總督」的位置上。
如果上述分析可以成立，那末，罷免翁同龢的直接原因就要從光緒皇帝發佈6月10日的上諭以後找。據翁同龢日記，這以後幾天發生的事情又確實大有關係。6月12日，翁同龢與光緒皇帝之間發生嚴重衝突。翁同龢日記云：「上欲於宮內見外使，臣以為不可，頗被詰責。又以張蔭桓被劾，疑臣與彼有隙，欲臣推重力保之，臣據理力陳，不敢阿附也。語特長，不悉記，三刻退。觸幾有聲，足益弱矣，到館小憩。」可見，翁同龢和光緒皇帝當日的衝突有兩方面內容：一是接見外國使節的禮儀，一是推薦提拔張蔭桓問題。
清初以來，清朝皇帝會見外國使節的禮儀一直有重大爭論，雖不斷改進，但始終沒有將「洋人」平等相待。光緒皇帝久有進一步改革的願望，但屢屢受到翁同龢的反對。1898年春，光緒皇帝批准外國使臣的車馬可以直入禁門，但翁同龢反對。同年4月，德國亨利親王訪問北京，光緒皇帝準備在毓慶宮接見，同時批准其乘轎進入東華門，仍然受到翁同龢反對，以致惹得光緒皇帝「盛怒」，逐條駁斥翁同龢意見，並且借指斥剛毅為名發洩了一通對翁的不滿。6月初，光緒皇帝擬在乾清宮接見外國使臣，翁同龢再次反對。12日，光緒皇帝重申此意，翁又一次反對，因而「頗被詰責」。從翁自己記下的這短短4個字，不難想見當年君臣互相辯駁以及光緒皇帝動怒的情況。
張蔭桓是康有為同鄉，長期在總理各國事務衙門任職，又曾出使美、日、秘三國，見識開通，支持維新，是光緒皇帝企圖重用的人物之一。但受到一些大臣的參劾，光緒帝不為所動，要翁同龢「推重力保」，意在為重用張蔭桓掃除障礙。不料翁同龢很倔強，就是不肯推薦張蔭桓，以致和光緒皇帝長時間頂撞，「臣據理力陳，不敢阿附也。語特長，不悉記。」從這短短的幾句話中也不難想像翁頂撞光緒皇帝的激烈程度。
之後又相繼發生翁同龢阻擋光緒皇帝召見維新派人員的事。據《翁同龢自訂年譜》記載：6月13日(四月二十五日)徐致靖奏保康有為、張元濟、黃遵憲、譚嗣同、梁啟超為「通達時務人材」，求才若渴的光緒皇帝意欲即日召見，但翁同龢卻主張「宜稍緩」。14日早朝，翁在是否賞給張蔭桓「寶星」獎章問題上又和光緒皇帝鬧起彆扭，他聲明「只代奏不敢代請」，意在說明他本人不贊成嘉獎張蔭桓，但是，光緒皇帝卻馬上決定，「張某可賞一等第三寶星」，當面否定了翁的意見。
翁同龢雖然推薦過康有為等維新黨人，但是，翁同龢的維新理念、學術觀點和康有為等始終存有差距。1898年2月，光緒皇帝向翁同索閱黃遵憲的《日本國志》，翁的回答不合光緒皇帝的心意，很受光緒皇帝「詰難」。康有為的《新學偽經考》早就被翁視為「說經家一野狐」，及至翁讀到康的《孔子改制考》，更有意拉開和康的距離。5月26日(四月初七)，光緒皇帝命翁同龢傳諭康有為，命其將此前進呈的書籍再抄一份，但翁同龢居然回答「與康不往來」。這自然引起光緒皇帝的驚訝，追問緣故，翁答：「此人居心叵測。」第二天，光緒皇帝再次索要康書，翁同龢回答如前。兩個人都很執拗，在光緒皇帝「發怒詰責」的情況下，翁同龢將此事推給總理各國事務衙門，但光緒皇帝仍然寸步不讓，要翁親自傳知張蔭桓，不料翁仍然拒絕，反問皇帝：「張某日日進見，何不面諭？」光緒皇帝貴為天子，何能忍受翁同龢的這種執拗和搶白！
翁同龢頂撞光緒皇帝的事件非僅上述數例，也非僅一時。光緒皇帝不可能事事忍耐。頒布《明定國是詔》後，光緒皇帝急於任用新人，迅速推行變法，卻一再受到翁同龢的阻撓和反對，這樣，儘管翁同龢與光緒之間有多年的「師生之誼」，甚至有過「情同父子」的經歷，然而在翁同龢一次又一次地頂撞之後，他已被光緒皇帝視為維新變法的障礙，其被「開缺」的命運就是必然的了。「開缺」上諭寫道：「協辦大學士翁同龢近來辦事多不允協，以致眾論不服，屢經有人參奏，且每於召對時，咨詢事件任意可否，喜怒見於詞色，漸露攬權狂悖情狀，斷難勝樞機之任。」
大家知道戊戌政變前夕，當光緒皇帝感到大事不妙，危險在即時，曾通過楊銳、林旭帶出密詔，要「諸同志」妥籌「良策」，並向康有為解釋要他迅速離京，「將來更效馳驅」。同樣，如果罷免翁同龢出於慈禧太后意旨，而光緒皇帝只是被迫，他一定會盡一切可能，尋找機會，向翁有所說明，至少，要做出某種暗示，或給予某種安慰，然而，種種事實說明，光緒皇帝表現得很嚴酷。
頒發「開缺」上諭當天，光緒皇帝就不讓翁同龢有和自己見面的機會。《翁同龢日記》載，當日晨，翁入朝後，「看折治事如常。起下，中官傳翁某勿入，同人入，余獨坐看雨。」只是在「同人」退朝之後，翁才「恭讀」到那道決定自己命運的「上諭」。第二天，翁照例要向皇帝謝恩。《翁同龢日記》載：「午正二駕出，余急趨赴宮門，在道右叩頭。上回顧無言，臣亦黯然如夢。」此時，翁同龢可謂傷心之極，而光緒皇帝卻「回顧無言」，任何表示也沒有。當日傍晚，光緒皇帝命南書房王太監給翁送去紗葛，但這是端陽節的「例賞」，此外仍然「無言」。以上種種，說明光緒皇帝在竭力避免當面向「師傅」宣佈這一出自本意的殘酷決定時所必然會有的尷尬，也說明，光緒皇帝除了「開缺」上諭所列舉的理由之外，沒有其他「隱情」須向「師傅」表白。