戊戌政變之後，慈禧就明白，僅僅這個政變，光緒與她之間就沒有了重新和好的可能，所以從那時起，慈禧就一直謀劃著廢黜光緒，這個計劃因種種原因未能實施，慈禧只好先維持現狀，之所以維持現狀，是因為慈禧確信，只要自己活著，光緒就翻不過她的手心，所以她也不急，可以慢慢再想辦法、再等機會。當庚子年八國聯軍進逼北京，清兵屢戰屢敗無力阻止洋兵，慈禧感覺走頭無路，準備自殺時，她就決定不能讓光緒活在世上。此事《景善日記》有記載，其內容如下：
七月十八日，洋人愈逼愈近。裕祿之兵在北倉楊村蔡村等地，大敗三次，裕祿逃入一棺材店，繼而自殺。李秉衡於十四日到河西，務用盡心力，以收集軍隊。而張春發、陳澤霖二人均不願戰，李遂仰藥以死。榮祿入宮，報此消息於太后，君臣相對而泣，皆諸王公及拳匪所釀之禍，使吾國家至於此也。榮祿乃極聰明之人，自此並不表曝己之先見。老佛(即指慈禧)言：出走不如殉國，並令皇帝亦殉之。
這段記載最重要的有兩處，一處是最後一句：「老佛言，出走不如殉國，並令皇帝亦殉之。」就是說，還在此時，慈禧就已經決定，她自己若死的話，決不會留光緒皇帝活在世上。由此可見，殺光緒並不是將死之時的臨時決定，而是一貫方針，就是不許光緒逃脫自己的掌握，自己要死，必將要拉上光緒，不會給他獨自執政的機會。
這處記載的另一重要之處，是「榮祿乃極聰明之人，自此並不表曝己之先見。」榮祿是一直反對用義和團攻打洋人使館的，認為那樣必會惹出大麻煩，慈禧卻沒聽榮祿的話，一意孤行，既同時向十二個列強國宣戰，又命義和團與清兵一起攻打洋人使館，事情終於鬧得無法收場，洋兵節節進逼京城，此刻，面對榮祿時，慈禧的心中肯定是既羞且愧，這時如果榮祿宣稱自己早就說過如何如何，雖然沒責備慈禧的意思，但宣揚自己的先見之明，也足以讓慈禧在羞愧難以化解之下，對榮祿生出厭惡甚至殺心，這叫「惱羞成怒」，榮祿很聰明，小心翼翼的不觸動慈禧的羞愧之處。
在八國聯軍入京，慈禧倉皇西逃，繼而感覺按老一套無法走了，國家必須維新方有出路，在此時，慈禧面對光緒時，心中自然也有羞愧的感覺，當然，慈禧絕不能當著光緒的面表露出羞愧，即便面對群臣有所表示，如《庚子國變記》中所寫的「太后每見臣工。恆泣涕引咎。臣下請行新政，多所採納。」那也是為挽回人心的一種需要，一種工作方法，決不是慈禧真的潘然悔悟，從此要洗心革面、發奮圖強，另外，慈禧的「泣涕引咎」，假裝十分痛悔，那也是掩飾羞愧的方法之一。而光緒並沒有如老奸巨猾的榮祿那樣，小心翼翼的呵護慈禧的羞愧，例如《近代稗海》的這一段記載，寫慈禧在洋人走後重新回到北京時的作為以及光緒的表現：
迴鑾未數日，大臣即議籌款建正陽門樓。光緒曰：「何如留此殘敗之跡，為我上下儆惕之資。」而慈禧卻以諸臣之議為是。還召外優演劇。光緒說：「這是何等時光，還唱得什麼戲。」被一小太監聽到，怒曰：「你說什麼？」光緒趕緊說：「我胡說，你千萬莫聲張。」
這樣一個愛說真話的光緒，估計經常在不留意時，讓慈禧羞愧，慈禧以群臣之議為是，支持重修正陽門樓，除過她愛好奢華的特點外，恐怕也有護羞的逆反心理在作怪。光緒沒有榮祿的心機，光緒也對慈禧恨得太深，儘管時時掩飾，但那種從內心深處的仇恨是很難完全掩飾住的，在一些小事上不經意的就會露出來，時時刺激慈禧的羞惡之心，使她時時牢記不能放過光緒，這樣，在她自知將死之時，首先想到的便是先殺害光緒。