慈禧一直在臨死前，腦子都十分清楚，這個《清史稿》有記載，《慈禧光緒病逝記實》也有記載，當慈禧安排溥儀進宮之時，她就知道光緒已經不可能復出了，因為她已經決定了痛下毒手。所以慈禧毒殺光緒，不可能是在神智昏亂情況下做出的，毒殺光緒，是她經過深思熟慮過的決定。
慈禧毒殺光緒，應該出自於以下理由：
(1)身後不留仇敵
慈禧手段的毒辣，這個不需要浪費文字舉證、說明，因為這個人人都相信。以慈禧狠毒霸道的心性，如果她確信光緒對自己十分仇視，那麼僅這一條就足夠讓她在臨死前動殺心了。而光緒恨不恨慈禧，幾乎不需要思考就能回答。
慈禧發動政變，中止了光緒寄予厚望的維新變法，並將光緒帝幽禁起來，這一幽禁就是十年，這十年，不論是在肉體上還是在精神上的折磨，對光緒都是刻骨難忘的，何況在這十年之中，慈禧並不是讓他安安寧寧的在幽禁之處消磨時間，慈禧有的是折磨光緒的辦法。送給光緒的飯菜多是發餿的，瀛台的窗戶紙是爛的，連光緒蓋的被子也破舊污髒。《述庵秘錄》上說在光緒去世後，「有人見其病室中陳列極陋，睡—大床，安段北京泥土火爐，裱糊之壁紙破裂霉爛，蓋下等百姓家所居也。」光緒還要時不時地被慈禧叫去訓斥，尤其在慈禧看戲時，她要叫光緒坐在她的旁邊，一邊看著戲，慈禧一邊拿戲上的人物指桑罵槐，說那個忤逆不孝，應該遭受怎樣的折磨，如此等等。
在幽禁之中，光緒曾被慈禧一掌打落了牙齒(見本書第四章第二節的引文)，光緒在瀛台不能出來，無法與外面聯繫，慈禧又不許別人去看他，光緒鬱悶難遣，就設法用紙條和弟弟載灃交談，但慈禧連這個也不允許，《述庵秘錄》對此有記載：
光緒既被西後之虐禁。不得與臣工交語，其近支土公，亦無敢私謁者。帝乃久喑思語，秘置一小箱於南書房中，私與其弟醇王書，令彼此以書面交換。通信鑰匙，則二人各一。外人不得開之。其書面大抵言外間瑣屑事。以此筆談而已。此事後亦為西後所知，怒而禁止。此後並此筆談之自由，亦剝削矣。
光緒被囚禁的瀛台對光緒本人虐待，那還不夠，狠毒的慈禧還要整死光緒最心愛的珍妃，害死珍妃，是慈禧所做的最令人痛恨的事情之一。
光緒皇帝有一後二妃，即隆裕皇后，瑾妃、珍妃。隆裕是慈禧的親侄女，而瑾妃、珍妃倆是同胞姐妹。在這一後二妃中，光緒最為寵愛的是珍妃，珍妃不但長得漂亮，而且性情活潑，興趣廣泛，她喜歡玩，在宮中時而扮成宮女，時而扮成少年，光緒忙碌的時候，她還能協助光緒處理政務。但她的脾氣耿直、性格倔強，因看不慣慈禧的所做所為，偶爾有頂撞的言行。慈禧也看不慣珍妃的活潑好動，另外，光緒不怎麼愛慈禧的侄女，鍾情於珍妃一人，這也讓慈禧非常不滿，慈禧在戊戌政變幽禁了光緒之後，對珍妃也施以杖責，並撤去簪環，將她幽禁在偏僻的鍾粹宮後北三所，下令永不許她再見光緒。但最殘忍的是，在八國聯軍進京，慈禧行將西逃時，竟不許珍妃隨行，下令要她跳井殉國。
關於慈禧逼死珍妃，各種記載極多，幾乎各種記載都認定是慈禧下令害死珍妃的。《述庵秘錄》對此事的記載是：
及拳匪事起，七月念夜召見軍機畢，兩宮暨后妃易微服將行，慈禧謂珍妃曰：「予將帥爾行，拳匪如蟻，土匪漸起，爾年尚韶稚，倘遭污，莫如死。」時宮中擾攘，內監總管崔某，邃牽珍妃氈裹推諸井。
除此之外，《清稗類鈔》中也有珍妃被慈禧賜死的記載。解放後，《故宮週刊》還曾採訪過親眼目睹珍妃被害的太監唐冠卿，唐冠卿也力證是慈禧下令害死了珍妃，執行這個命令的是太監崔玉貴。崔玉貴清亡後，也坦然承認是自己奉慈禧之命推珍妃下井的，他還說：
我不會忘掉那一段事，那是我經歷的最慘的最慘的一段往事。回想過去，很佩服二十五歲的珍妃，說出話來比刀子還鋒利，死在臨頭，一點也不打顫，我罪不該死！皇上沒讓我死！你們愛跑不逃跑，但皇上不應逃跑！這三句話多在理，咽得老太后一句話也回答不上來，只能耍蠻，在冷宮裡呆了三年，能說出這樣的話，真是了不起。(出自《宮女談往錄》)
崔玉貴覺得珍妃了不起，光緒自然更覺得她如珍如寶，對她的摯愛難以用言語來形容。
光緒或許能原諒慈禧對自己的十年幽禁，畢竟慈禧作過他名義上的娘，在宮中養大了他，並將他扶上皇位，這些對他的「好處」就和十年的幽禁相抵消，但光緒絕對無法原諒慈禧害死自己心愛的女人。即便是一個普遍男人，在無力保護自己的女人，而讓她遭遇橫禍時，也是痛心疾首肝腸寸斷的，而光緒作為帝王，大清的皇帝，卻無法保護自己的女人，恐怕此後每想起此事，光緒的心都在滴血，要說光緒不恨慈禧，天下真的不會有人相信。
珍妃被害時，年僅24歲，正是如花似玉的年齡，卻命喪慈禧毒婦之手。在光緒得知珍妃被害時，「悲憤之極，至於戰慄」(黃鴻壽：《清史紀事本末》，第67卷)，「懸妃之舊帳於密室，不時徘徊帳前，飲泣而已。」(王樹栴《德宗遺事》)這是任何一個正常男人都會有的反映，而對慈禧的仇恨，從此刻起，便永世也不會磨滅。
珍妃死後，為她惋惜的人極多，《光緒帝外傳》的作者惲毓鼎就寫有《落葉詞》哀悼珍妃，其詞為：
金井一葉墜，
淒涼瑤殿旁。
殘枝未零落，
映日有輝光。
溝水空流恨，
霓裳與斷腸。
何如澤畔草，
猶得宿鴛鴦。
童年、少年時對光緒的嚴酷和不近人情，戊戌政變對光緒的幽禁，西狩前對珍妃的殘害，迴鑾後仍將光緒羈押在瀛台。凡此種種，光緒怎能不恨她，光緒對她恨得深、恨得持久，恨得咬牙切齒永世難忘，這樣才是正常的，而光緒不恨她，在她稍微示以寬鬆親善，就把一切的深仇大恨都忘了，這才是不正常的。
不過光緒雖恨慈禧，以光緒磊落的個性，正派的為人，絕不會在慈禧死後對她進行污蔑侮辱，更不會剖棺戮屍，究竟他們自間還有那一層母子名分。但慈禧是個惡毒婦人，自然以她的心腸來衡量別人，她自己幹過剖棺戮屍的惡行，怎能不提防別人也這樣子來整自己呢。
(2)殺心早萌，殺機常在
戊戌政變之後，慈禧就明白，僅僅這個政變，光緒與她之間就沒有了重新和好的可能，所以從那時起，慈禧就一直謀劃著廢黜光緒，這個計劃因種種原因未能實施，慈禧只好先維持現狀，之所以維持現狀，是因為慈禧確信，只要自己活著，光緒就翻不過她的手心，所以她也不急，可以慢慢再想辦法、再等機會。當庚子年八國聯軍進逼北京，清兵屢戰屢敗無力阻止洋兵，慈禧感覺走頭無路，準備自殺時，她就決定不能讓光緒活在世上。此事《景善日記》有記載，其內容如下：
七月十八日，洋人愈逼愈近。裕祿之兵在北倉楊村蔡村等地，大敗三次，裕祿逃入一棺材店，繼而自殺。李秉衡於十四日到河西，務用盡心力，以收集軍隊。而張春發、陳澤霖二人均不願戰，李遂仰藥以死。榮祿入宮，報此消息於太后，君臣相對而泣，皆諸王公及拳匪所釀之禍，使吾國家至於此也。榮祿乃極聰明之人，自此並不表曝己之先見。老佛(即指慈禧)言：出走不如殉國，並令皇帝亦殉之。
這段記載最重要的有兩處，一處是最後一句：「老佛言，出走不如殉國，並令皇帝亦殉之。」就是說，還在此時，慈禧就已經決定，她自己若死的話，決不會留光緒皇帝活在世上。由此可見，殺光緒並不是將死之時的臨時決定，而是一貫方針，就是不許光緒逃脫自己的掌握，自己要死，必將要拉上光緒，不會給他獨自執政的機會。
這處記載的另一重要之處，是「榮祿乃極聰明之人，自此並不表曝己之先見。」榮祿是一直反對用義和團攻打洋人使館的，認為那樣必會惹出大麻煩，慈禧卻沒聽榮祿的話，一意孤行，既同時向十二個列強國宣戰，又命義和團與清兵一起攻打洋人使館，事情終於鬧得無法收場，洋兵節節進逼京城，此刻，面對榮祿時，慈禧的心中肯定是既羞且愧，這時如果榮祿宣稱自己早就說過如何如何，雖然沒責備慈禧的意思，但宣揚自己的先見之明，也足以讓慈禧在羞愧難以化解之下，對榮祿生出厭惡甚至殺心，這叫「惱羞成怒」，榮祿很聰明，小心翼翼的不觸動慈禧的羞愧之處。
在八國聯軍入京，慈禧倉皇西逃，繼而感覺按老一套無法走了，國家必須維新方有出路，在此時，慈禧面對光緒時，心中自然也有羞愧的感覺，當然，慈禧絕不能當著光緒的面表露出羞愧，即便面對群臣有所表示，如《庚子國變記》中所寫的「太后每見臣工。恆泣涕引咎。臣下請行新政，多所採納。」那也是為挽回人心的一種需要，一種工作方法，決不是慈禧真的潘然悔悟，從此要洗心革面、發奮圖強，另外，慈禧的「泣涕引咎」，假裝十分痛悔，那也是掩飾羞愧的方法之一。而光緒並沒有如老奸巨猾的榮祿那樣，小心翼翼的呵護慈禧的羞愧，例如《近代稗海》的這一段記載，寫慈禧在洋人走後重新回到北京時的作為以及光緒的表現：
迴鑾未數日，大臣即議籌款建正陽門樓。光緒曰：「何如留此殘敗之跡，為我上下儆惕之資。」而慈禧卻以諸臣之議為是。還召外優演劇。光緒說：「這是何等時光，還唱得什麼戲。」被一小太監聽到，怒曰：「你說什麼？」光緒趕緊說：「我胡說，你千萬莫聲張。」
這樣一個愛說真話的光緒，估計經常在不留意時，讓慈禧羞愧，慈禧以群臣之議為是，支持重修正陽門樓，除過她愛好奢華的特點外，恐怕也有護羞的逆反心理在作怪。光緒沒有榮祿的心機，光緒也對慈禧恨得太深，儘管時時掩飾，但那種從內心深處的仇恨是很難完全掩飾住的，在一些小事上不經意的就會露出來，時時刺激慈禧的羞惡之心，使她時時牢記不能放過光緒，這樣，在她自知將死之時，首先想到的便是先殺害光緒。