嘉靖三十六年的秋天，居正從江陵入京，再投入政治的漩渦。這一次他的出山，多分是因為不甘寂寞。整個的政治局面，絲毫沒有改進，世宗還是一意修玄，嚴嵩還是大權在握，徐階還是精心結撰青詞，不動聲色。新起的政治勢力還有嚴世蕃——嚴嵩的兒子。嚴嵩老了，逐日要到西內伺候世宗，一切的官員，要和他接洽政務的，他都吩咐和他的「小兒東樓」商量。東樓是世蕃的別號，父親對人稱呼兒子的別號，在當時是一件詫異的事。世蕃從太常卿升工部左侍郎；這是一個名義，事實上，他是嚴嵩的代表。當時的政治社會裡，嚴嵩是「大丞相」，世蕃是「小丞相」。
在這個時期裡，對外的方面，還是沒有辦法。俺答不斷地向北京外圍——古北口、通州、薊州、大同、宣化——進攻，國家的政治中心，成為他的最後的目標。東南的倭寇，也是不斷地進犯。他們沒有遠大的計劃，但是全國富庶之區，長時期受到他們的蹂躪。內政方面，當然也談不上什麼地方治安。居正回到翰林院以後，曾經說起：
長安碁局屢變，江南羽檄旁午，京師十里之外，大盜十百為群，貪風不止，民怨日深！倘有奸人乘一旦之釁，則不可勝諱矣。非得磊落奇偉之士，大破常格，掃除廓清，不足以弭天下之患。顧世雖有此人，未必知，即知之，未必用。此可為慨歎也。(1)
這個磊落奇偉之士，正在那裡等待時機。徐階是他的知己，但是徐階沒有用他的機會。嚴嵩把他當一個文士，沒有注意。世蕃認為自己和陸炳、楊博，是天下三大奇才，也沒有注意。居正對於嚴嵩父子，只是一味地恭維。後來嚴嵩的夫人死了，居正在祭文中稱頌他們父子：
唯我元翁，小心翼翼，謨議帷幄，基命宥密，忠貞作干，終始唯一，夙夜在公，不遑退食。……篤生哲嗣，異才天挺，濟美象賢，篤其忠藎，出勤公家，入奉晨省，義方之訓，日夕惟謹。(2)
這是後事，但是很可看出居正對於嚴嵩父子是怎樣地應付。
正和居正所說的一樣，翰林院是一個「敦本務實，以眇眇之身，任天下之重，預養其所有為」(3)的地方。在這裡他做過培養的工夫，也曾想到實際的事業。儘管別人當他一個文士看，但是他的個性，在書牘裡，已有不少的流露：
中世以後，大雄之法，分為宗、教二門。凡今吾輩之所講研窮究，言語印證，皆教也。若夫宗門之旨，非略象忘詮，真超玄詣，詎可易言。然宗由頓契，教可依通，譬之法雨普沾，隨根領受。而今之學者，皆捨教言宗，妄意揣量，執之為是；才欲略象，而不知已涉於象；意在忘詮，而不知已墮於詮。此豎拳喝棒、狗子矢橛之徒，所以紛紛於世也。(4)
近日靜中，悟得心體原是妙明圓淨，一毫無染，其有塵勞諸相，皆由是自觸。識得此體，則一切可轉識為智，無非本覺妙用。故不起淨心，不起垢心，不起著心，不起厭心，包羅世界，非物所能礙。(5)
《易》所謂「困亨」者，非以困能亨人，蓋處困而不失其宜，乃可亨耳。弟甚喜楊誠齋《易傳》，座中置一帙，常玩之。竊以為六經所載，無非格言，至聖人涉世妙用，全在此書，自起居言動之微，至經綸天下之大，無一事不有微權妙用，無一事不可至命窮神。乃其妙，即白首不能殫也，即聖人不能盡也。誠得一二，亦可以超世拔俗矣。兄固深於易者，暇時更取一觀之，脫去訓詁之習，獨取昭曠之原，當復有得力處也。(6)
學問既知頭腦，須窺實際。欲見實際，非至瑣細，至猥俗，至糾紛處，不得穩貼，如火力猛迫，金體乃現。僕頗自恨優遊散局，不曾得做外官。今於人情物理，雖妄謂本覺可以照了，然終是紗窗裡看花，不如公等只從花中看也。聖人能以天下為一家，中國為一人，非意之也，必洞於其情，辟於其義，明於其分，達於其患，然後能為之。人情物理不悉，便是學問不透。孔子云：「道不遠人。」今之以虛見為默證者，僕不信也。(7)
居正的時代，恰是陽明之學盛行的時代。這一派的學問，融合儒家、釋家的言論，而最後的目標是在事功方面的表現。居正所謂「本覺可以照了」，正是陽明學派的啟示。但是他對於這一派的講論，始終採取不妥協的態度。嘉靖三十二至三十四年間，聶豹在北京講學的時候，居正直謂「近時論學者，或言行頗不相復，僕便謂其言盡不足信，是以孤孑迄於無聞。竊謂學欲信心冥解，若但從人歌哭，直釋氏所謂『閱盡他寶，終非己分』耳」(8)。其後居正當權，禁止講學，只是這個態度的演變。但是他說「信心冥解」，其實還是心學的學風。用這個學風治經，當然只有「脫去訓詁之習，獨取昭曠之原」。萬曆八年，居正答朱睦論春秋雲，「春秋本魯史舊文，仲尼稍加筆削，蓋據事直書，而美惡自見，非有意於褒貶也。自三傳啟穿鑿之門，世儒襲見聞之陋，聖人記事之意，寖以弗存。所謂以小人之腹，度君子之心！」(9)主張還是如此。
嘉靖三十七年，戊午，崇端王翊襲封，居正奉命到汝寧冊封崇王。汝寧去江陵不遠，居正便道回家，這是他最後一次看到他的父親。萬曆六年三月居正上《再乞歸葬疏》：「痛念先臣生臣兄弟三人，愛臣尤篤。自違晨夕十有九年，一旦訃聞，遂成永訣。」其言指此。在他回家的時間，依然免不了遼王憲的糾纏。《種蓮子戊午稿序》，是一篇奉命的文章。序言「今年秋，以使歸謁王，王手詩三冊曰：『此近稿也。』不佞受而讀之」，可證。「種蓮子」是遼王憲的別號。
就在這一年，嚴嵩和徐階的鬥爭，逐漸具體了。嘉靖三十七年三月，刑科給事中吳時來、刑部主事張翀和董傳策同日上疏，彈劾嚴嵩。時來疏稱：
頃陛下赫然震怒，逮治僨事邊臣，人心莫不欣快。邊臣群軍朘軍實，饋執政，罪也。執政受其饋，朋奸罔上，獨得無罪哉！嵩輔政二十年，文武遷除，悉出其手，潛令子世蕃出入禁所，批答章奏，世蕃因招權示威，頤指公卿，奴視將帥，筐篚苞苴，輻輳山積。猶無饜足，用所親萬寀為文選郎，方祥為職方郎，每行一事，推一官，必先秉命世蕃而後奏請。陛下但知議出部臣，豈知皆嵩父子私意哉！他不具論，如趙文華、王汝孝、張經、蔡克廉，以及楊順、吳嘉會輩，或祈免死，或祈遷官，皆剝民膏以營私利，虛官帑以塞權門。陛下已洞見其一二。言官如給事中袁洪、張璒，御史萬民英，亦嘗屢及之。顧多旁指微諷，無直攻嵩父子者。臣竊謂除惡務本，今邊事不振，由於軍困，軍困由官邪，官邪由執政之好貨，若不去嵩父子，陛下雖宵旰憂勞，邊事終不可為也。(10)
張翀疏稱：「臣每過長安街，見嵩門下，無非邊鎮使人，未見其父，先饋其子，未見其子，先饋家人。家人嚴年，富已逾數十萬，嵩家可知。私藏充溢，半屬軍儲，邊卒凍餒，不謀朝夕，而祖宗二百年豢養之軍，盡耗弱矣。邊防既隳，邊儲既虛，使人才足供陛下用，猶不足憂也。自嵩輔政，藐蔑名器，私營囊橐，世蕃以駔儈資，倚父虎狼之勢，招權罔利，獸攫鳥鈔，無恥之徒，絡繹奔走，靡然從風，有如狂易，而祖宗二百年培養之人才盡敗壞矣。」傳策疏中，更列舉嚴嵩壞邊防、鬻官爵、蠹國用、黨罪人、騷驛傳、壞人才六罪。三人同日上疏，同樣著重邊防，很容易引起嚴嵩的猜疑。
嚴嵩看見吳時來、張翀，都是徐階的門生，董傳策是徐階的同鄉，認定有人主使。便一力在世宗面前挑撥。世宗不聽，後來時來遣戍橫州，張翀遣戍都勻，傳策遣戍南寧，比楊繼盛的慘禍，顯然不同。徐階的地位，已經逐漸提高了，對於他們，隱隱地成為保障。以後穆宗即位，徐階當權的時候，三人都起復原官。
嘉靖三十八年五月，徐階晉吏部尚書。這是一個崇銜，因為實缺的吏部尚書還有吳鵬。三十九年徐階再從少傅晉太子太師，就在這一年，居正從翰林院編修，升右春坊右中允，管國子監司業事。
翰林院編修正七品，右中允正六品，在官階上進了一品。明代有左春坊、右春坊，管太子奏請、啟箋及講讀之事，長官為春坊大學士，其次則有庶子、諭德、中允、翊善，司直郎等官。但是後來都成為翰林官升轉的虛銜，沒有一定的職務。所以居正實際的職務，只是國子監司業。明代南北兩京都有國子監，是當時的國立大學，但是因為只有兩個國子監，所以比現在的國立大學，地位更加隆重。國子監的長官是祭酒，其次是司業，就是國立大學校長和副校長。在居正當司業的時候，國子監祭酒是高拱。徐階、高拱、張居正，是嘉靖末年直到隆慶六年政治界的三個主要人物。
高拱新鄭人，字肅卿，又號中元。嘉靖二十年進士。曾為裕王侍講九年，和裕王的關係很深。世宗自莊敬太子死後，不立太子，裕王便是實際的太子。東宮宮僚，照例是大學士的候補人，所以嚴嵩、徐階當政的時候，對於高拱，都是非常地器重，以後高拱升國子監祭酒，便是他們的主張。高拱和居正在國子監同事的時候，他們互相瞭解，都看到日後兩人在政治界的地位。
嘉靖四十年春，俺答自河西踏冰入寇，七月犯宣府，九月犯居庸關。十一月俺答的侄兒吉能犯寧夏，進逼固原。十二月他的弟弟把都兒犯遼東蓋州。這一年韃靼的攻勢雖不特別緊張，但是範圍很廣泛，正面的北方以外，東北和西北都受到他們的蹂躪。敬修《文忠公行實》，特別提到「四十年犯薊」的記載。這一年韃靼的進攻，給與居正一個新的刺激，大致他和敬修父子間常時談到，後來便留下這個記載。
四十年十一月，西苑大火，世宗因為所住的永壽宮被毀，只得暫住玉熙殿。他看到地方又窄又小，和嚴嵩、徐階計較。嚴嵩勸世宗仍還大內，不料觸動了世宗無限的傷感。十九年以前，嘉靖二十一年十月的夜間，世宗宿在曹端妃宮裡的時候，宮婢楊金英定謀，幾乎把世宗勒死，幸虧方皇后來了，才把世宗救活。那時他在驚惶的中間，話都說不出來。方皇后傳聖旨，把楊金英、曹端妃都殺了。楊金英的死不說了，世宗眼看端妃被殺，連申辯的機會也沒有。端妃的冤枉，世宗是明白的，但是卻怨不得救命的皇后。一個溫馨的好夢，剩得血腥的回憶。從此以後，他不再回宮了，西苑是他的世界。「啊，嚴嵩，」世宗想，「大內是回不得的了！」在世宗沉吟的當中，徐階早看到神態的不安。
「那倒不必，」徐階說，「最近重蓋奉天殿、華蓋殿、謹身殿，所餘的材料很多，交給工部尚書雷禮，用不到很久，盡可重蓋一座。」
「就這樣吧。」世宗高興地說，一邊加派徐階的兒子徐璠為工部主事，負責督工。
嘉靖四十一年的春天，萬壽宮蓋好了，世宗住進以後，很得意，升徐階為少師，兼食尚書俸，徐路也升太常少卿。從此嚴嵩的勢力，逐漸地低落；徐階的勢力，便逐漸地高漲。
就在這年，御史鄒應龍給嚴嵩一個嚴重的打擊。初夏是多雨的時節，一個陰雨濛濛的日期，應龍在內監家裡躲雨。淅淅的雨聲在窗外打個不住，應龍和內監說：「近來內裡有些什麼事咧？」
內監當然知道的。但是說：「啊，說不得，說不得！」
這一來便引起鄒應龍的追問。內監只得說道：
「事情是這樣的。內裡來了一個藍道士，叫藍道行，扶得一手好鸞。皇上相信的了不得。一天皇上問乩仙：『天下為什麼不治呢？』那時乩盤沙沙地動，你看上面留著幾個什麼字？啊，說不得，說不得！九個大字，『賢不竟用，不肖不退耳！』皇上吃了一驚，便問賢不肖是哪幾個。乩仙判著：『賢如徐階、楊博，不肖如嵩。』皇上又問：『那麼乩仙為什麼不除他呢？』沙，沙，沙！又是一陣，乩盤上還是六個字，『留待皇帝自殛。』相公，你看怎樣？當時皇上著實沉吟了一下，不知道是個什麼意思。」
一場雨聲，透漏了內裡的消息。看看雨也小了，鄒應龍謝過主人，在風雨料峭中回去。這一晚他對著燭光發愁。嚴嵩是奸臣，凡是御史、給事中，都得替皇上除害。但是想起沈煉、楊繼盛、吳時來的前途，何嘗不值得擔心？一封奏章，要是倒不了奸臣，至少便得充軍三千里。可是也許皇上已經動心，只要再動一下，還愁倒不了一個嚴嵩！應龍真有些躊躇。朦朧之間，他竟昏昏地睡去了。他做了一個夢。據說是在東風中，他帶著隨從出去打獵。遠遠地看見一座高山，他對準放了一箭，那箭颼颼地不知哪裡去了。加上一鞭，他騎著馬迎著東風走去，當前又是一座山，可是小得多了。山旁一座樓，下面全是田。田里只看到一堆米，米上蓋了草。他曉得北方沒有稻田，就算有一點吧，也不會在春天把米苫在田里。奇怪得很。不管他，且發一箭。不發還好，一發以後，只聽到嘩喇一聲，像天塌下一樣，米堆倒了！樓倒了，小山倒了，連帶大山也倒了。這一場大亂，嚇得應龍渾身大汗，原來是做了一個夢。
燭光在東風中搖晃，因為燭花長了，顯見得黯淡了許多，滿桌都是燭淚。應龍把燭花剪過，重新對著燭光沉思。據說當時他在桌上亂畫著「高山，高山」幾個字。模糊中他看到「山」字連到「高」字，正是嚴嵩的「嵩」！「好啊！」應龍拍著案，得到了新的啟示。事情是容易了。東面的樓是「東樓」。他在桌上寫一個「田」字，上面是「米」，「米」上加「艸」，明明是一個「蕃」字。他明白了，這一枝箭，不讓它颼颼地落空，一定對準了射去。在燭光搖晃的當中，他起草，他謄清，一分鐘沒有放過。這是御史鄒應龍的奏章：
工部侍郎嚴世蕃憑借父權，專利無厭，私擅爵賞，廣致賂遺，使選法敗壞，市道公行，群小競趨，要價轉巨。刑部主事項治元，以萬三千金轉吏部；舉人潘鴻業，以二千二百金得知州。夫司屬郡吏賂以千萬，則大而公卿方岳，又安知紀極！平時交通贓賄，為之居間者，不下百十餘人，而其子錦衣嚴鵠、中書嚴鴻、家人嚴年、幕客羅龍文為甚。年尤桀黠，士大夫無恥者至呼為鶴山先生，遇嵩生日，年輒獻萬金為壽，臧獲富侈若是，主人當何如！嵩父子故籍袁州，乃廣置良田美宅於南京、揚州，無慮數十所，以豪僕嚴冬主之，抑勒侵奪，民怨入骨。外地牟利若是，鄉里又何如！尤可異者，世蕃喪母，陛下以嵩年高，特留侍養，令鵠扶櫬南還；世蕃乃聚狎客，擁艷姬，恆舞酣歌，人紀滅絕；至鵠之無知，則以祖母喪為奇貨，所至驛騷百故，諸司承奉，郡邑為空。今天下水旱頻仍，南北多警，而世蕃父子，方日事掊克，內外百司，莫不竭民脂膏，塞彼溪壑；民安得不貧，國安得不病，天人災變安得不迭至也？臣請斬世蕃首，懸之於市，以為人臣凶橫不忠之戒。苟臣一言失實，甘伏顯戮。嵩溺愛惡子，召賂市權，亦宜亟放歸田，用清政本！
嘉靖四十一年五月，嚴嵩的政權倒了。世宗一面降旨安慰嚴嵩，一面卻叫他回籍休養；嚴世蕃交法司訊問，最後判決世蕃、嚴鵠、羅龍文，充軍邊遠。世宗對於嚴嵩還是不時地眷戀，在西苑奉道修醮的時候，永遠捨不下這一個撰進青詞的老臣。但是徐階和新進的大學士，那個慈溪才子袁煒，不還是一樣嗎？
嚴嵩的政權終於倒了。從嘉靖四十一年到四十四年三月，內閣中只剩徐階、袁煒兩人。袁煒是徐階的門生，但是這是老遠的過去了，袁煒當然不再退讓，一切的章奏，他要過問。徐階的經驗多了，在微笑中，一切的事務，都和袁煒商量。徐階在大學士直廬貼著標語，「以威福還主上，以政務還諸司，以用捨刑賞還公論。」他不做嚴嵩，他只要做賢相。他贏得一般的好感，但是他也正在計劃怎樣殺嚴世蕃，怎樣餓死嚴嵩。對於袁煒，他只是一味地微笑；「小孩子啊，」他想，「待我慢慢地計劃。」無疑地，在風和日暖的狀態中，整個的政權是徐階的了。
在嚴、徐政權的遞嬗中，我們不要忘去張居正。他曾經勸過徐階和嚴嵩明白地幹一下。他的計劃失敗，然而徐階的計劃成功了。他正在重新跟老師學經驗。徐階認識居正是國家棟樑之材，他捨不得讓他做楊繼盛、吳時來，甚至也捨不得讓他做鄒應龍，冒著最後一次的危險。他只讓居正在幕後活動。嚴嵩失敗以後，居正感覺到無限的高興，對於自己的政治前途，抱著無限的希望。四十一年的秋天，他有這樣幾句詩：
狂歌嫋嫋天風發，未論當年赤壁舟。(11) 佳辰已是中秋近，萬里清光自遠天。(12)
這年他才三十八歲，究竟還是年輕。他的希望激動了，但是「天風」只是一層虛響，「清光」也不免有些遲疑。「是老師忘去了嗎！」他立刻又感到失望，他把希望和失望都交給詩卷。