涼露燕山秋自偏，高梧十尋殊可憐，蕭蕭落葉當寒井，瑟瑟悲風起暮煙。疑有鳳凰鳴碧干，不堪哀怨付清弦，皎月夜窗閒對汝，外人誰識子雲玄！(13)
這一首詩裡「鳳凰碧干」是期望，「哀怨清弦」是失望：從期望到失望，正是最大的痛苦。「外人誰識子雲玄」，一語道破。居正只是怨切地說，「你們不認識，不認識啊！」究竟年輕，他還不免有些躁急。顧璘對於居正十六歲中舉的事，認為太早，倘使再遲五六年，也許他可以更沉著一點。
其實徐階把居正留在幕後，一切的政治秘密，居正都有與聞的機會。嘉靖四十二年三月，吳維岳調任貴州巡撫，在明代貴州還是蠻荒，維岳一肚皮不高興，居正給他說：
師翁絕才冠世，卓行范俗，當路且欲虛接席以待，貴陽開府，只暫借耳。比奉手教，乃有東山之懷，豈群材所望乎？(14)
這裡很可看出居正說話的地位。關係更大的是景王奪嫡之事。徐階掌握政權是嘉靖四十一年以後的事，景王雖然已經歸藩，(15)但是因為裕王的名分，始終沒有確定，所以還是不斷地計劃。居正說過：
原任少師大學士徐階，當世宗時，承嚴氏亂政之後，能矯枉以正，澄濁為清，懲貪墨以安民生，定經制以核邊費，扶植公論，獎引才賢，一時朝政修明，官常振肅，海宇稱為治平，皆其力也。是時先帝潛居藩邸，世廟一日忽有疑於先帝，命檢成祖之於仁宗故事，階為之從容譬解，其疑乃釋。此一事則惟臣居正一人知之，諸臣皆不得聞也。(16)
成祖曾經一度決心廢太子，立漢王高煦，所謂「故事」者指此。宮廷的秘密，徐階都和居正商論，他們間的關係可知。景王死於嘉靖四十四年，這是四十一至四十四年中間的事。
嘉靖四十二年，是一個多難的年代，福建、浙江的倭寇還是不斷地進攻，幸虧劉顯、俞大猷、戚繼光幾個名將，打了幾次勝仗，把他們堵住了。北方的韃靼，正月裡在俺答領導下，進攻宣府，南掠隆慶。十月把都兒和俺答的兒子辛愛，破牆子嶺入寇，北京戒嚴，直到十一月解嚴，中間他們曾經大掠順義、三河。嘉靖年間，北京經過幾度戒嚴，這是最後的一度。
世宗還是沒有忘情文物制度的事。正德十六年，他從安陸州入都即位。嘉靖十年，升安陸州為承天府，命文學侍從之臣，為《承天大志》。徐階當國的時候，再修《承天大志》，大學士徐階、袁煒，都是《承天大志》總裁。四十二年，徐階荐居正為副總裁。居正集中留下一篇《承天大志紀贊》(17)，還是些不痛不癢的文章。(18)
嘉靖四十三年，《承天大志》完成，居正進官右春坊右諭德，（從五品）為裕邸日講官。諭德是一個虛銜，居正的職務是裕王府講官，為日後進官大學士，留下一個基礎。一切看出徐階為居正作一個從容不迫的佈置。其後居正給徐階兩子書中，一再說：「僕受太翁老師厚恩，未有以報」(19)，流露了他心中的感激。
裕邸進講的事，居正自己曾經留下下列的記載：
臣追思皇上昔在藩邸，臣因進講漢光武殺直臣韓歆事，反覆開導，言人臣進言之難，歎息光武以明聖之主，不能容一韓歆，書之史冊，甚為盛德之累。荷蒙皇上改容傾聽。(20)
這是隆慶二年的奏疏，所稱皇上，即是嘉靖年間的裕王。《文忠公行實》稱「太師每進講，必引經執義，廣譬曲諭，詞極剴切，以故皇考(21)往往目矚太師，加禮焉」，指此。
嘉靖四十三年，御史林潤再劾嚴世蕃，逮世蕃下獄。四十四年，林潤上疏數世蕃父子罪，世宗發三法司審訊。世蕃只是得意地說，「任他燎原火，自有倒海水！」他的計劃，認定自己的罪狀，只要承認受賄的事，其餘還不難洗刷，最好是要三法司上疏的時候，提到嚴嵩坑陷沈煉、楊繼盛的事實。兩人的被殺，固然是嚴嵩的策動，但是都取過聖旨。一經提到，世宗想到前事，必然發怒，這樣一來，一切的判決都推翻了，世蕃不但會免罪，而且還有蒙恩的可能。計劃好了，世蕃的黨徒只是一味地數說，「啊，不好！要是三法司提起沈煉、楊繼盛的前事，嚴世蕃沒有活命了。」空氣在北京城裡激動，刑部尚書黃光升、左都御史張永明、大理寺卿張守直，果然中計，他們正要上疏，把嚴世蕃父子陷害沈煉等的罪狀，痛快地數責一番。草稿起好了，三個人去拜訪徐階。
徐階早知道了。「三位的疏稿，可以看得嗎？」他說。
三位法司把疏稿遞給徐階。
徐階只是說：「法家的斷案，再好沒有了，欽仰得很。」一邊領著三人到內室裡去。大家靜靜地坐下，左右支使出去了，門也掩上。
「諸位的意思，還是要嚴公子死呢？還是要他活？」徐階問。
「這是死罪，」三位都說，「當然要他死。」
「那麼，辦這件案子，」他又問，「還是殺他，還是救他？」
「在奏疏裡，提到沈煉、楊繼盛，正是給他死罪的根據。」他們都說。
「話是不錯的，」徐階慢吞吞地說著，「可是另外有一層道理。殺沈煉，殺楊繼盛，誠然是犯了天下的眾怒。但是沈煉攻擊嚴嵩以後，嚴嵩把沈煉的名字，放在白蓮教徒的供詞中，只算殺了一個白蓮教徒。這是聖旨。楊繼盛，因為疏中『召問裕、景二王』一句，嚴嵩認為『詐傳親王令旨』，聖上大怒，傳旨定罪，成為日後被殺的張本。這是皇上的特旨。皇上是最英明的，不會認錯。諸位的奏疏一上，皇上疑心三法司借此歸罪皇上，必定勃然震怒，恐怕大家不免問罪，嚴公子也自在地回家了。諸位以為怎麼樣？」徐階又問。
這一問，大家愕然了。最後決定還是由徐階主稿，不提沈煉和楊繼盛，只說世蕃「交通倭寇，潛謀叛逆」。一切都是非常機密，非常敏捷。終於由世宗降旨，把世蕃殺了。不久嚴嵩也抄了家，得銀二百萬兩以外，在當時幾乎和國家一年的總收入相等。
有人稱讚徐階剷除大奸，徐階蹙了眉頭，慨然地說：「嚴惟中（嵩）殺夏公謹（言），惟中的兒子，又由我殺了，必然有人不會見諒，我的心境，只有上天知道吧。」嚴嵩的政權完全沒落了，整個的政局，都在徐階手裡。
嘉靖四十五年，居正由右春坊右諭德進翰林院侍讀學士(22)，掌翰林院事。在官階上沒有進展，但是在翰林院的地位提升了。《翰林院讀書說》(23)大致是這一年的作品。
在四十四年和四十五年的中間，內閣又起了變化。本來是徐階、袁煒二人的內閣。四十四年三月，袁煒病重罷歸，四月，補嚴訥、李春芳二人；就在這年十一月，嚴訥又病了，內閣只剩徐階和李春芳。春芳是一個好好先生，一切都很安定。但是到了四十五年的三月，徐階又引進郭璞和高拱。郭璞從嘉靖四十年起，已經是吏部尚書，在資歷上，久已應當入閣；高拱在當時是數一數二的人才，而且曾經做過裕王府講官，大學士本來是他的本分，徐階及早引進，認為這是一種政治手腕。他看定高拱對他必定感激，至少也是政治上的友人。但是徐階卻看錯了。
這一年，世宗更加衰老了，因為多病，齋醮得更積極，一切的目標只是長生。「啊，長生，長生！只有生命是值得追求的，朝章國政，自然有人擔負著！」世宗這樣想。二月裡戶部主事海瑞委實看不過，決定上書直諫。直諫！一切直諫的榜樣都在那裡，世宗的朝廷裡，正充滿了血腥。海瑞買好棺材，準備後事，一邊吩咐妻子，「這條性命，就獻給皇上吧！」他慨然地說。他回頭一看，書僮和長隨都跑掉了，大禍臨頭，他們平時伺候主子，現在用不到逗留，什麼人願意陪主子坐監呢！海瑞點點頭，他很明白。終於他上疏了，他還記得最激昂的幾句：
陛下誠知齋醮無益，一旦翻然悔悟，日御正朝，與宰相侍從言官講求天下利害，洗數十年之積誤，置身於堯舜禹湯文武之間，使諸臣亦得洗數十年阿君之恥，置其身於皋夔伊傅之列，天下何憂不治，萬事何憂不理！此在陛下一振作間而已。釋此不為，而切切於輕舉度世，敝精勞神以求之於系風捕影，茫然不可知之域，臣見勞苦終身而終於無所成也。
這不僅是一個刺激，簡直是一個霹靂！世宗把海瑞的奏疏扔在地下，大聲地說：「把他捉住，不要讓他走了。」內監黃錦接著道：「奏明皇上，這人不會走的。」他把海瑞上疏以前的行為，一切奏明。世宗待他把奏疏撿起，讀了一遍又是一遍，長歎了一聲：「我雖不是紂王，此人可方比干了。」
世宗的衰邁，顯然地增加了。有時他想傳位裕王，讓自己安心養病。他和徐階商量。他說：「海瑞說得也不錯，但是我病久了，事情怎樣辦得？」徐階是明白的，他不敢勸皇帝退位，只是請皇上顧念祖宗基業，天下蒼生。當然世宗不再談傳位了，他只是一意修玄。事情不是很明白嗎？前年五月的夜裡，正當世宗坐在天井裡的時候，御座上「降」下一個仙桃。內監們都看得清清楚楚，從空中降下的。你不相信？五天以後，又「降」下一個。這不是上天的賞賜是什麼？五月的天氣，北京會有仙桃麼？以後的以後，白兔生子了，白鹿又生子了，這是瑞兔瑞鹿。翰林院進過奏章，還不相信麼？上帝的恩賚多著呢！只要耐心等著。
皇上正在修玄，道士們的工作，越發積極。王金、陶仿、陶世恩、劉文彬、高守中紛紛地進仙丹，進丸藥。他們是道士，也有的是醫士。不管他，自古不是說巫醫嗎？一概陞官。太醫院使、太醫院御醫、太常寺卿、太常寺博士：一切齋戒禱祀，望聞問切的官兒都給他們。然而皇上的病只是一天一天的沉重。除了從這些道士和太醫的嘴裡，看不出一點痊癒的現象。
皇上在西苑病重的時候，大學士們都在各人的辦公室裡徘徊。徐階的直廬裡，常看到居正的蹤跡。他們是在那裡計劃。一天，長隨報告，「高閣老從直廬搬出去了。」徐階只是微笑。他曉得高拱自到西苑直廬以後，把家眷接到西安門外，得空的時候，便偷偷地回去。「大致這幾天宮內的消息不好，不曉得他想什麼心事，也許以為有些長短，要準備搬家吧。」徐階一邊想著，一邊搖頭，「也難怪，肅卿（拱）是五十以外的人了，兒子沒有一個，誰能怨他偷空回去呢？」
這一年的冬間，世宗的病勢越發沉重了。十二月，世宗禁不住徐階的忠諫，終於搬回大內乾清宮。徐階想起武宗死於豹房的故事，知道皇帝死在宮外，究竟是一件不光彩的事，所以一力奉勸世宗回宮。當然，在昏沉的中間，世宗不會知道這事的究竟。就在這一天，在位四十五年的世宗皇帝經過無數的齋醮，服過無數的仙丹，同樣地也蒙過無數的上帝「恩賚」，終於在寒風凌厲的中間，捨棄了六十年的歲月而逝世了。
皇帝逝世以後，第一件事是發表遺詔。在明朝，遺詔常是大臣們的手筆。遺詔草成的時候，皇帝早已一瞑不視，所以實際和皇帝沒有什麼交代。但是在一個混亂的局面以後，久負重望的大臣，常常能趁皇帝逝世的當中，把前朝的一切弊政，用遺詔的名義，來一個總清算，因此在政治上，遺詔往往發生重大的影響。武宗逝世以後，楊廷和草遺詔：罷威武團練諸軍，散遣入衛邊軍，守京城九門及南北要害，罷遣番僧，釋南京逮系罪囚，放遣四方進獻女子。這是一個最好的例證。
現在是徐階的機會了。他和居正計劃一切。在遺詔中間，他們決心要掃清嘉靖一朝的弊政。齋醮是一件，土木是一件，求珠寶、營織作也是一件，一切都用遺詔的名義停止了。嘉靖初年，追尊興獻王，朝中發生爭執，這是所謂「大禮」。嘉靖五年，李福達因倡彌勒佛教，「誘惑愚民」，被逮入京。刑部尚書顏頤壽主張殺李福達，但是武定侯郭勳為福達代辯，引起政治中的大波，這是所謂「大獄」。大禮、大獄兩案，連累了許多的大臣，死的已死，遣戍的遣戍，僅僅罷官遣歸的還算是大幸。徐階用遺詔的名義，把大禮、大獄兩案言事得罪諸臣一概復官。這都是世宗遺詔的德政。
一切的好感，集中到徐階身上，然而徐階忘去了同僚的高拱和郭璞。他們痛切地感到徐階的疏忽，他們的憤怒，慢慢地凝結成怨恨和仇視，終於在穆宗一朝，種下內閣紛爭的種子。
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