隆慶三年十二月，內閣中的大波來了。吏部尚書楊博致仕，穆宗召高拱復入內閣，兼掌吏部事。從此內閣和吏部的大權集中到高拱手裡，他成為事實上的首相。
高拱的復起，據王世貞《首輔傳》及《明史·張居正傳》，完全出於居正的策動，居正和司禮監李芳勾結，由李芳提出高拱入閣，兼掌吏部。據說居正的計劃，不但要引進高拱，抵制趙貞吉，而且要借此剝奪首輔李春芳的大權。其實春芳在位，始終不曾獨攬政權，居正對於薊遼的佈置，也始終不曾受到春芳的牽制。貞吉入閣以後，因為個性倔強，居正當然感到不快，但是引進高拱，抵制貞吉，簡直引虎拒狼，居正不會做這樣的笨事。而且穆宗二年十一月間，李芳因忤旨已交刑部監禁待決，四年四月，發充南京淨軍。(1)要說刑部監禁的內監，能夠推薦內閣大臣，這實在是一件駭人聽聞的故事。
高拱這一次入閣，出於內監的力量，是無可疑的。穆宗是一位寬厚的人，但是因為他和大臣失去了應有的聯繫，左右的內監處處影響他的主張。隆慶初年最得意的內監是滕祥、孟沖、陳洪。引導穆宗游幸、玩鰲山燈、作長夜飲的，都是他們。隆慶二年，徐階致仕，便是因為和內監不和，也許便是滕祥、孟沖、陳洪這一群人作祟。高拱入閣以後，司禮掌印太監出缺，馮保認為應由自己頂補，偏偏高拱推薦陳洪。以後陳洪又出缺了，高拱推薦孟沖，再給馮保一次失望。因此馮保和高拱結下不共戴天的大仇，成為隆慶六年居正勾結馮保、推翻高拱的張本。假如我們認識徐階失敗的原因，同時再推求高拱甘心結怨馮保，一再推薦孟沖、陳洪的原因，顯然地便會知道高拱第二次入閣，完全得力於滕祥、孟沖、陳洪這一群人；而且因為以後的故事，也知道高拱入閣與馮保無涉，與居正也無涉。那麼，為什麼隆慶元年高拱會罷相呢？事情也很顯然，一則徐階的首輔大權尚在，二則高拱和內監們，還沒有發生相當的關係。隆慶三年，徐階和高拱失職家居，丹陽「大俠」邵方先和徐階接洽復職的事，徐階不用；邵方再和高拱接洽，妥當以後，邵方立刻入京，不久高拱也入閣了。(2)這是當時「名傾中外」(3)的故事。所以這一次高拱入閣，推薦的人有了，居間的人也有了，一切都見於《明史》，但是《明史·居正傳》卻認為居正策動，不能不算是荒謬。「大俠」只是一個交通中外的惡棍，隆慶六年六月居正當國以後，吩咐應天巡撫張佳胤把邵方殺去，確是一件痛快的事。
居正對於高拱的入閣，雖然沒有什麼策動，但是也沒有任何的反感，毋寧說，他對於高拱，還有相當的期待。自己和徐階的關係，這是公開的事實，但是自己和高拱，不是也有相當的關係嗎？在國子監同事的時候，他們有過相互的瞭解，他們也知道日後在政治界應有的地位。高拱死後，居正說：「追惟平昔期許，蕭、曹、丙、魏，今一旦遂成永訣，每一念之，涕泗盈襟。」(4)又說：「不榖與玄老為生死交，所以疏附後先，雖子弟父兄，未能過也。」(5)這時居正已經當國多年了，用不到諱飾，所言自有可信。即在高拱炙手可熱的時候，居正也曾說過：「今天子基命宥密，孰與成王賢？其委任公，不在周公下，薄海內外，皆蹺足抗手，歌頌盛德。即余駑下，幸從公後，參預國政，五年於茲，公每降心相從，宮府之事，悉以諮之，期於周、召夾輔之誼，以獎王室，此神明所知也。」(6)高拱六十歲生日，是隆慶五年十二月十三日，這時內閣只有高拱、居正二人。「周、召夾輔」，恰恰適合，也可看出高拱對於居正，還給予相當的地位，所以居正提到周、召的故事。但是高拱錯了，「周公為師，召公為保，相成王為左右，召公不說」(7)，何嘗不是經傳的成文？「專權」雖然成為史冊的貶詞，但是大權獨攬，便不願意共攬，留著一個有政治抱負的人在左右，而自己又沒有卓越的地位，可以籠罩一切，必然會引起政治上的不安。居正親眼看到了，所以後來當國的時候，只肯引進呂調陽、張四維、馬自強這一群三等的人材；他引進的申時行，也許高明一些，但是時行是嘉靖四十一年的進士，和居正的輩行，差得太遠，不能構成威脅。高拱的失敗，正是居正的借鑒。
高拱入閣，同時兼掌吏部，用人行政的大權，一手包辦，在政府裡，成為最大的勢力。內閣中最感受威脅的是趙貞吉。恰巧左都御史王廷在隆慶四年正月致仕，貞吉和首輔李春芳說明了，在二月中兼掌都察院。一邊是行政權，一邊是監察權，真是旗鼓相當。從隆慶三年十二月高拱入閣以後，到四年十一月趙貞吉致仕為止，他們是內閣中兩個對峙的勢力。首輔李春芳和陳以勤只是旁觀，居正比較和高拱接近。這是這一年中內閣的大勢。
高拱真是第一流的吏部尚書。以前吏部當局，照例不和外間來往，算是避嫌疑。到徐階為吏部侍郎的時候，才打破這種慣習。高拱到部，吩咐吏部司官，把一切官員的姓名籍貫，編造成冊，同時在下邊註明賢否，所以對於當時的人材，竟是按圖索驥，一求便得。他認定國防的重要，以後兵部侍郎出為總督，總督入為兵部尚書的計劃，便從此確定。他認為軍事行政，需要專門人才，所以對於兵部司官，不輕加更動，以後兵備道和邊方督撫，也常用兵部的人員。這是他的主張。
在國家大政方面，他的第一著便是和徐階為難。他還記得徐階不經商量，發表世宗遺詔的故事！等待三年了，現在他要報復。世宗因為大禮，曾經貶竄許多人，徐階用遺詔起用了，高拱對於他們，再來一次罷黜。他疏稱：「明倫大典，頒示已久，今議事之臣，假托詔旨，凡議禮得罪者，悉從褒顯，將使獻皇在廟之靈，何以為享？先帝在天之靈，何以為心？而陛下歲時入廟，亦何以對越二聖？臣以為未可。」世宗垂死的時候，相信王金、陶仿、陶世恩、劉文彬、高守中這一群人的醫藥，他們一個個陞官。世宗死了，徐階發表遺詔，歸罪他們，於是他們一齊入獄，等待死刑的執行。從隆慶元年到隆慶四年，事態遷延下來了，也許是皇天上帝的「保祐」吧，高拱入閣以後奏稱：「人君隕於非命，不得正終，其名至不美。先帝臨御四十五載，得歲六十有餘，末年抱病，經歲上賓，壽考令終，曾無暴遽。今謂先帝為王金所害，誣以不得正終，天下後世視先帝為何如主？乞下法司改議！」穆宗批准了，王金等因此免死，改編口外為民。遺詔當然只是大臣們的主張，但是主持世宗遺詔的，除了徐階，還有居正。現在遺詔推翻了，我們看到居正的文章，「肅皇帝(8)憑玉幾而授顧命，天下莫不聞，而論者乃罪及方士，污蔑先皇，規脫己責，公為抗疏分辨之，君臣父子之義，若揭日月而行也。」(9)這是隆慶五年的事；一杯苦酒，居正慢慢地嚥下。隆慶六年政變的種子，正在他胸中逐日滋長。
隆慶三年，高拱起用的時候，居正曾經說過：「喜高老起用，素在同心，世事尚可為也。」(10)四年之初，他也曾說：「中元再相，未及下車，區區即以忘怨布公之說告之。幸此公雅相敬信，近來舉動，甚愜輿情。區區在位一日，當為善類保全一日，但其中人心不同，而區區去留，亦不能自必也。」(11)這一封信，便是非常地閃爍。什麼是「其中人心」？何以去留「不能自必」？高拱的勢力，正在逐日發展，居正已經感覺到威脅，然而他要掙扎，他不肯放棄政權。
第一個放棄政權的是陳以勤。在混斗的內閣中，他永遠是中立。酣鬥的戰士們，高拱是裕邸的舊同事，趙貞吉是同鄉，張居正是自己的門生，你教我怎樣辦？當國家大事的人多著呢，自己也不眷戀這一個地位。隆慶四年七月，以勤致仕了。
這年十月，高拱提議考察科道，科是六科給事中，道是十三道監察御史。高拱上次去職，失敗在言官手裡，現在便要考察言官。考察當然是一種臨時京察，照例由吏部和都察院會同舉行的，於是兼管吏部的高拱，便和兼管都察院的趙貞吉來一次正面衝突。貞吉疏稱：「頃因御史葉夢熊言事忤旨，陛下嚴諭考核言官，並及升任在籍者，應考近二百人。其中豈無懷忠報主，謇諤敢言之士，今一以放肆奸邪罪之，竊恐所司奉行過當，忠邪不分，致塞言路，沮士氣，非國家福也。」穆宗接受高拱的提議，事情還得辦。考察的時候，高拱主張斥逐貞吉的左右，貞吉當然有他的辦法，凡是高拱的左右，主張一概斥逐。僵局形成了，需要調解，調解的結果，雙方人員，一概保留，但是高拱的政敵，只要與貞吉無關，還是貶斥。這一次考察，貶斥二十七人；御史王圻貶斥了；曾為給事中已遷大理少卿的魏時亮去了；曾為御史已遷大理寺右丞的耿定向去了，曾為給事中已遷廣東巡撫右僉都御史的吳時來也去了。其他還有因為曾劾高拱，此時不待考察，自行去職的御史郝傑。一切都很痛快。高拱手下，有的是言官：韓楫、宋之韓、程文、塗孟桂。誰不同意，便給誰一次彈劾。居正到了現在，慢慢地有些「去留不能自必」了！吳時來是徐階的門生，耿定向是自己的朋友，他們都去了，居正當然有些不安。但是高拱還得先行對付趙貞吉。這一次是韓楫出馬。調解儘管調解，攻擊還得攻擊。韓楫彈劾貞吉庸橫，考察有私。貞吉上疏答辯，自稱：「臣自掌院務，僅以考察一事，與拱相左；其他壞亂選法，縱肆作奸，昭然耳目者，臣噤口不能一言，有負任使，臣真庸臣也。若拱者，斯可謂橫也已。臣放歸之後，幸仍還拱內閣，毋令久專大權，廣樹眾黨。」貞吉決定致仕回籍了，他只是請求解除高拱兼掌吏部的大權，以免私黨的建立。但是在他解職之前，國家大計，因為意外的轉變，一切還待貞吉的贊襄。
中國北邊的韃靼，從明代開國之初，直到隆慶年間，永遠和中原處在戰爭的地位。韃靼的領袖是小王子，但是從世宗以後，領導權落到俺答手中。進攻北京的是他；京師屢次戒嚴，為的是他；世宗殺兵部尚書，殺薊遼總督，也為的是他。他手下有的是韃靼武士，但是同樣也有漢人。在已往的時代，四鄰的文化，比中原低，各個戰士的戰鬥力，也許比中原強，但是組織的能力，不如中原，所以戰事還是處於劣勢。漢人去了以後，組織力加強了，更加影響到戰鬥力，中原的地位，便從優勢轉到劣勢。這便是內奸的「成績」。明世宗的時候，邱富、趙全這一群人投了韃靼，慢慢地誘合沿邊的漢人，一直到幾萬人，成為內奸集團。他們在豐州築城堡，開水田。這個地方稱為板升，板升是韃靼語的房屋。他們替俺答計劃戰爭，有時也領導敵人進攻長城。
邱富死在進攻祖國的戰役裡，但是，還有趙全。趙全引導俺答進攻大同。趙全計劃尊俺答為帝，自己也準備稱王，一切的進行，順利得和流水一樣。但是禍難來了，趙全終於失敗在一個女人身上。
俺答的第三個兒子鐵背台吉死了，遺下一個小孩把漢那吉。俺答把他交付妻子一克哈屯，長大以後替他娶妻比吉。偏偏把漢那吉還不滿足，他又愛上姑母的女兒三娘子，把她娶了。事情應當滿足了，不幸俺答也愛上他的外孫女。三娘子便轉移到外祖的懷抱裡。嫉妒、羞憤、慚恨、怨毒，都集中到這一個青年的身上。韃靼的帳幕，容不下失戀的痛苦。他詛咒韃靼，終於攜同比吉，和乳母的丈夫阿力哥一共十幾個人脫離了北邊。
十月的霜風裡，十幾匹韃靼馬匆匆地趕到長城的邊界。他們要到大同，和大同巡撫方逢時見面。最近的過去，宣大邊外，勉強偷安了幾時，現在降人到了，大家曉得後邊必有追兵，所以方逢時通知宣大總督王崇古的時候，便有人主張不受，他們認為孤豎無足重輕，但是逢時以為機不可失，崇古也以為奇貨可居。在督撫同心的情態下面，終於由方逢時派了騎士五百人迎接把漢那吉。這一個失戀的青年，暫時成為巡撫衙門的上賓。
崇古、逢時都是這一年調到宣大的。崇古還記得在從三邊總督調任的時候，居正和他說過：
但此中事情，與關西稍異。虜強，一也。雲中北直虜廷，板升叛逆，倚虜為患，二也。士無鬥志，惟務賄免，三也。卒惰而玩，將令不行，四也。密邇畿甸，畏避情深；小入則大虜勢以為解脫之地，小勝則張虛聲以邀式遏之功；積習故套，牢不可破，五也。夫世必有非常之人，然後有非常之事，有非常之事，然後有非常之功。公所謂非常之人也，五者之患，庶其有療乎！願熟計而審圖焉。(12)
崇古看定這一次是非常之事。把漢那吉來了，其實是一個俘虜，崇古的計劃是交換俘虜。一個韃靼少年的失戀，值不得考慮，他和方逢時決定要趁此索回趙全。逢時準備派百戶鮑崇德出雲石堡，和俺答接談。事情正在進行，居正已經得到消息，他立刻和崇古說：
昨有人自雲中來，言虜酋有孫，率十餘騎來降，不知的否。俺答之子見存者，獨黃台吉一人耳，其孫豈即黃台吉之子耶？彼何故率爾來降？公何不以聞？若果有此，於邊事大有關係，公宜審處之。望即密示，以信所聞。(13)
居正的情報很快，但是還不甚精確。等到崇古的報告到了，居正才決定對策：
虜種來降，雖朝廷有道，能使遠人向化，亦公威德所及也。慶幸慶幸！顧此事關係至重，制虜之機，實在於此。往年桃松寨事，廟堂處置失宜，人笑之，至今齒冷。(14)今日之事，又非昔比，不宜草草。頃據報，俺酋臨邊索要。僕正恐彼棄而不取，則我抱空質而結怨於虜，今其來索，我之利也。公第戒勵將士堅壁清野，扼險守要以待之，使人以好語款之曰：「吾非誘汝孫來降，彼自慕吾之化，丑彼之俗故耳。中國之法：『得虜酋若子孫首者，賞萬金，爵通侯。』吾非不能斷汝孫之首以請賞，但以彼慕義而來，又汝親孫也，不忍殺之，且給賜衣服飲食甚厚。汝欲得之，自當卑詞效款，或斬吾叛逆趙全等之首，盟誓於天，約以數年，騎不入吾塞，乃可奏聞天朝，以禮遣歸。今乃肆其凶逆，稱兵挾取，吾豈畏汝者？今宣大人馬，非復往年之比，汝來則來，吾有以待之！……」虜之入犯，乃其常事，即其孫不降，彼亦必入，我亦必防。公宜堅持初意，審定計謀，毋為眾言所淆。……但那吉數人，置之鎮城，宜加防範，毋令與外人相通，厚其給賜，毋使復萌歸念。續降之人，真虜分配將士，華人各與寧家，亦不宜聚於一處，恐生他虞。(15)
一切都應了居正的策劃。崇古、逢時聯名上疏：「俺答橫行塞外，幾五十年，威制諸部，侵擾邊圉。今神厭凶德，骨肉離叛，千里來降，宜給宅舍，授官職，豐餼廩、服用，以悅其心，嚴禁出入，以虞其詐。」這個奏疏上去以後，朝廷立刻起了一次激烈的辯論。御史葉夢熊、饒仁侃、武尚賢主張不受降：他們認為宋代受郭藥師、張瑴之降，以致引起最大的戰禍。現在應當送把漢那吉回去，以免引起北方的戰禍。但是王崇古、方逢時主張受降，張居正主張受降，高拱也主張受降。事情決定了，把漢那吉授指揮使，阿力哥授正千戶，各賞大紅紵絲衣一襲。
葉夢熊等的見地並沒有錯。果然韃靼騎士來了！俺答統領大軍進攻平虜城，同時分令兒子辛愛統兵二萬入弘賜堡，侄兒永邵卜統兵趨威遠堡。整個的北邊緊張起來。死亡和擄掠的空氣又在蕩漾。但是當初為什麼用王崇古、方逢時呢？薊遼有的是譚綸、戚繼光；陝西三邊有的是王之誥，也是一個不怕戰爭的總督。那麼，來吧！這裡已經有了最好的準備。居正知道，自從隆慶以來，對於北邊的國防，正在逐日加強，準備和他們決戰。
俺答何嘗不知道。他要把漢那吉，他禁不住一克哈屯的催促。事情也怪不得，這個孫兒，是妻撫育大的，怎能怪她的迫切要求呢？但是他對於戰爭沒有把握，也沒有決心。這個時候，方巡撫派的鮑崇德來了。
「我的大兵一到，你們的將領立刻便會死亡。」俺答憤然地說。
「不錯，」崇德說，「但是我們的將領，究竟不比你自己的孫兒。朝廷待你的孫兒，真是寬厚，戰事一動，你的孫兒便沒有了。」
俺答還不知道把漢那吉的消息。他派人打聽，把漢那吉果然活著。鮑崇德進一步和他提議，只要俺答交還趙全這一群內奸，把漢那吉隨時可以回去。俺答雖然不肯承認，但是對於崇德表示非常的好感，臨別的時候，吩咐他選擇一匹韃靼的好馬。這些消息，由崇古傳到居正，居正又有一番佈置。他覆信說：
承教，謂宜乘老酋欲孫之急，因與為市。誠然！但朝廷納降和戎，須自有體。今既與之以官，即為吾人，若謾然而納之，率然而與之，事屬挾取，跡同兒戲，損威傷重，取輕外夷，非計之得者也。據巡撫差人鮑崇德，親見老酋云云，回時又令自揀好馬，其言雖未必皆實，然老酋舐犢之情，似亦近真。其不以諸逆易其孫者，蓋恥以輕博重，非不忍於諸逆也。乳犬駑駒，蓄之何用？但欲挾之為重，以規利於虜耳。今宜遣人先布朝廷厚待其孫之意，以安老酋之心。卻令那吉衣其賜服，緋袍金帶，以誇示虜。彼見吾之寵異之也，則欲得之心愈急，而左券在我，然後重與為市，而求吾所欲，必可得也。……或慮虜久住不退，兵連財費者，此不揣於利害者也！今日之事，幸而成，即可以纖數年邊患，其所省豈直數十百萬而已哉？而又何惜於目前之少費哉？恐公為眾議所格，措畫少失，遂棄前功，故敢陳其愚。(16)
明王朝和韃靼都有作戰的準備，但是都沒有絕對的把握。在朝廷方面，內閣和督撫都不願意開啟邊釁。韃靼方面，俺答進攻是不難的，但是戰事一動，朝廷便會立即殺去把漢那吉；自己不是為索取孫兒動兵嘛，決沒有自行置之死地的道理。戰爭與和平，是一個難以解決的問題。趙全的主張沒有錯，他勸俺答屯兵邊外，以資要挾。但是趙全估錯了王崇古。崇古不但不怕要挾，而且把漢那吉在手，隨時可向俺答索取一個不太小的代價。趙全知道只有兩個辦法：第一個辦法是放棄把漢那吉，但是他不敢和俺答提起；第二個辦法趙全想起了，他打一個寒噤，不敢往下再想。這一個辦法，王崇古、方逢時想到，鮑崇德說到，最後俺答也居然承認了。但是居正還不放心，他和王崇古說：
降虜事，前已悉。若彼果能執送諸逆，則當以禮遣歸那吉，厚其賞賚，以結其心，卻責令奉表稱臣，謝朝廷不殺之恩，賜賚之厚，因求講和，納款效貢。俟其誠心向化，誓永不犯，乃可議其封爵貢額耳。但僕猶有意外之防，不敢不告。趙全諸人，背華即夷，為日久矣，彼豈不預結於俺酋之左右，邊墩之人，亦豈無為之耳目者？今我明以此要求，彼亦慨然允許，此輩豈得全不知覺？若知之，彼亦安肯坐而待縛如雞狗乎？萬一語洩，彼得而謀，或聊以脅從數人塞責，而朝廷明旨，一出不可復返，輕棄重質，但獲其毛賊數人，則於國家威重，豈不大損？此其可慮者一也。據鮑崇德所傳，俺酋之言，雖若哀懇，然猶身駐近邊，擁兵自強，平虜城外，游騎不絕，轉餉哨探，俱屬艱難，名雖哀求，事同強挾，未見其為誠款也。今必責令將有名逆犯，盡數先送入境，返其巢穴，掣回游騎，然後我差官以禮遣歸其孫，則彼之誠款既伸，我之懷柔有體。若擁兵交質，兩相交易，則夷狄無親，事或中變，唐時吐蕃劫盟之事，取笑強胡。此其可虞者二也。今之議者皆以小酋為禍媒，急欲遣之，圖眼前無事耳，至於封爵、貢市二事，皆在可、否之間。若鄙意則以為今邊防利害，不在於那吉之與不與，而在彼求和之誠與不誠。若彼果出於至誠，假以封爵，許其貢市，我得以間修戰守之具，興屯田之利，邊鄙不聳，穡人成功。彼若尋盟，則我示羈縻之義；彼若背盟，則興問罪之師：勝算在我，數世之利也。但恐其孫一歸，彼願已遂，求和之意，必乖本圖：或請乞多端，難於聽許，明年當復來侵，雖獲趙全等數人，恐於彼無大損益。此可慮者三也。大疏早晚即復，其中委曲，難以一一指授，望公與金湖(17)兢兢圖之。(18)
一切的處置都很機密，但是消息已經透露了一半。巡按御史姚繼可上疏，彈劾方逢時通敵，事情又意外地緊張起來。幸虧高拱、張居正都是局中人，總算安然無事。居正再吩咐王崇古安慰逢時：「姚子之言甚妄，恐金湖聞之，意或灰阻，願公曲加慰勉。」(19)俺答營中，也正在機密進行。趙全奉召來了，他有許多的計劃，要和俺答商量。但是俺答無須趙全的計劃了，他吩咐手下出其不意地把趙全、李自馨十幾個漢人，(20)在十二月的朔風裡送到雲石堡。這一次他們回國了，由雲石堡送到大同，由大同轉送北京。穆宗在午門樓受俘以後，祭天，告太廟，以後才把他們磔死。受俘，祭天，告太廟，都是當時最隆重的典禮。趙全、李自馨經過幾度隆重的儀式，最後傳首九邊，也許不懊悔吧！
因為這一次的成功，王崇古升太子少保、兵部尚書，宣大總督如故；方逢時升兵部右侍郎兼右僉都御史。兵部尚書郭乾，侍郎谷中虛、王遴，一概升賞。連帶加恩輔臣李春芳、高拱、張居正、殷士儋。趙貞吉已經在十一月致仕了，但是因為贊襄這次的大計，所以一同加恩。士儋，歷城人，和居正同年進士，隆慶二年禮部尚書。高拱入閣以後，士儋想起陳以勤、高拱、張居正，都因為裕邸講官的關係，先後入閣了。自己不曾也在裕邸，和他們同僚嗎？他希望高拱提攜，但是高拱正預備提攜翰林學士蒲州張四維，談不到提攜殷士儋。他知道四維恭順，士儋倔強，當然要用一個恭順的同僚。這條路顯然不通，但是另外還有一條大路。士儋終於取得內監陳洪的援助，十一月間由穆宗特旨入閣了。高拱厭惡士儋，士儋也怨恨高拱，隆慶五年的內閣，仍舊充滿不平靜的氣氛。
隆慶四年的成功，完全出於意外。把漢那吉的投降是意外，俺答承認以趙全這一群人交換把漢那吉，也是意外，然而意外的終於實現了。把漢那吉經過方巡撫的款待以後，穿著特製的紵絲大紅袍，再回到韃靼的帳幕。祖父、祖母都感動的了不得。三娘子久已是祖父的人了，現在不管她。俺答的眼角，掛著感激的眼淚。他派人感謝王崇古，他說從此以後，不再侵犯大同了。居正、崇古本來不曾希望講和，居正還和崇古說過：「彼亦人也，能不懷感，他日有事，卒相遇於疆場，知軍中有『王太師』(21)，亦必避公三捨矣。」(22)俺答立誓不侵大同，當然又是一個大意外。一切都走上了崇古的計劃，他只是踏穩一步，再踏上第二步。他派人和俺答說，要他請求入貢，重行開市。打仗，有什麼好處呢？擄掠的好處，是部下的，不是俺答的；失敗的危險，是俺答的，不是部下的。那麼為什麼要冒極大的危險，替部下爭取一些與己無關的好處呢？一切的主張，都是替俺答打算。俺答也明白崇古是好人，不然，他會讓孫兒穿著簇鮮的紅袍回來嗎？他決定入貢了。崇古要他和土蠻、昆都力哈、吉能一齊入貢。土蠻是自己的主人，原談不得；昆都力哈是弟弟，吉能是侄兒，俺答都代他們承認了。
意外當然是意外，然而也何嘗不是意內？朝廷和韃靼，永遠是對立的：韃靼強了，可以進攻中原；朝廷強了，也可以脅制韃靼。這是實力的問題。其次，我們不要以為俺答屢次進攻北邊，有什麼極大的野心。他和英宗時代的也先一樣，他有武力，他可以屢次進攻北邊，但是他只是韃靼中的一個首領。也先上邊有脫脫不花，俺答上邊也有土蠻小王子。假如他們的野心太大了，野心便應當先從韃靼部落以內發展。但是他們所爭並不在此。他們只要保全自己的利益，不妨承認主人的存在。那麼，趙全不曾尊俺答為帝嗎？其實這只是趙全的一種做法，俺答並沒有因此要取消小王子。俺答既然承認主人的存在，王崇古、張居正的主張便容易實現了，他們要俺答請求入貢，只是要他承認明朝是他的主人。也許有一些不舒服嗎？但是，不妨事，主人換了姓名，關係原屬不大，而且還有重行開市的好處在後面。只要值得，俺答當然願意。
困難不在韃靼而在朝廷。正在王崇古誘令俺答入貢的時候，朝廷方面的議論一齊發動。他們認為封貢不便，他們記得仇鸞開馬市的故事，他們要做楊繼盛，他們也提起世宗最後曾經禁開馬市，最後的最後，他們要主張封貢的人，擔保百年之內，邊境不至生事。然而他們卻忘去現在不是世宗的時代，高拱、張居正不是嚴嵩，王崇古不是仇鸞。至於擔保百年以內，不至生事，那麼世界上除去不負責任的預言家，誰能保證呢？居正真激動了，他兩次和王崇古說：
僕竊祿無補，濫被恩私，夙夜省循，顛躋是懼，乃辱華翰遣賀，益增其愧耳，感謝感謝。封貢事乃制虜安邊大機大略，時人以媢嫉之心，持庸眾之議，計目前之害，忘久遠之利，遂欲搖亂而阻壞之。國家以高爵厚祿，畜養此輩，真犬馬之不如也。僕受國厚恩，死無以報，況處降納叛，既以身任之，今日之事，敢復他諉！待大疏至，仍當極力贊成，但許貢之後，當更有一番措畫。金湖既去，代者恐未必相成，須借公威望，屈留數月，庶可免事後之慮耳。(23)
金湖是方逢時，在把漢那吉回去以後，逢時因為丁憂回裡了，沿邊的責任都落到王崇古身上，在言官們眾議紛紜的時候，崇古也感覺棘手，但是居正一力挽留，直到萬曆元年，居正當國，才把他調回北京為戎政大臣，擔負一個更重要的責任。逢時離任以後，繼任者是劉應箕，巡撫都帶都察院職銜，或是副都御史，或是僉都御史，下文稱劉院者指此。
今之議者皆謂講和示弱，馬市起釁，為此言者，不惟不忠，蓋亦不智甚矣。夫所謂和者，謂兩敵相角，智丑力均，自度未足以勝之，故不得已而求和，如漢之和親，宋之獻納，是制和者，在夷狄而不在中國，故賈誼以為倒懸，寇公不肯主議。今則彼稱臣納款，效順乞封，制和者在中國而不在夷狄，比之漢、宋之事，萬萬不侔，獨可謂之通貢，而不可謂之講和也。至於昔年奏開馬市，官給馬價，市易胡馬，彼擁兵壓境，恃強求市，以款假駑罷，索我數倍之利，市易未終，遂行搶掠，故先帝禁不復行。今則因其入貢之便，官為開集市場，使與邊民貿易有無，稍為之約束，毋得闌出中國財物及應禁者，其期或三日、或二日而止，如遼開原事例耳，又豈馬市可同語乎？……至於桑土之防，戒備之虞，此自吾之常事，不容一日少懈者，豈以虜之貢不貢，而有加損乎？今吾中國親父子兄弟相約也，而猶不能保其不背，況夷狄乎？但在我制御之策，自合如是耳，豈能必虜之不吾背乎？數十年無歲不掠，無地不入，豈皆以背盟之故乎？即將來背盟之禍，又豈有加於此者乎？利害之歸較若黑白，而議者猶呶呶以此為言，故僕又以為不智甚矣。劉院既知此事顛末，又與公同心，必能共襄大事，幸採取其議，及鎮守、兵備以下所呈，折以高見，併圖上貢額、貢期、市易事宜，僕與元老，當備聞於上，請旨行之，浮議雖多，不足恤也。(24)
朝廷和韃靼的關係到了現階段，共有三個關鍵：（一）是封，指封俺答為王及其昆弟子侄為官之事；（二）是貢，指俺答及其部下入貢之事；（三）是互市，指封貢以後，明代北邊和俺答所屬諸部在限定的日期，指定的貨物以內，實行擇地通商之事。這三個關鍵，又有當前種種不同的難題。俺答只是一個首領，固然不能指揮土蠻，就是對於自己的子弟，也不一定都能絕對指揮。假如一部通市，一部不通市，那麼因為韃靼是整個的，難免以交易所得的資源，供給尚在敵對狀態中的部落。而且即使對於俺答直接的部下，誰也不能擔保將來不發生意外的變化，所以互市以後的困難，還是不少。從好的方面講，要顧慮到封貢、互市成立以後，中國的邊防，不至因此頹廢，以致引起後來的外侮。從壞的方面講，也還有一部分邊將，指望每年秋天向韃靼方面抄掠，以飽私人的欲壑。顧慮愈多，障礙愈多，事情困難了。但是為整個國家的利害計算，不能不有一個切實的決定。兵部尚書郭乾指出世宗禁止馬市的故事，反對互市；給事中章端甫指摘王崇古「邀近功，忽遠慮」。但是居正在內策動，再由崇古上疏。崇古說：「朝廷若允俺答封貢，諸邊有數年之安，可乘時修備。設敵背盟，吾以數年蓄養之財力，從事戰守，愈於終歲奔命，自救不暇者矣。」又說：「夫先帝禁開馬市，未禁北敵之納款。今敵求貢市，不過如遼東開原、廣寧之規，商人自以有無貿易，非請復開馬市也。俺答父子兄弟，橫行四五十年，震驚宸嚴，流毒畿輔，莫收遏劉功者，緣議論太多，文網牽制，使邊臣無所措手足耳。昨俺答東行，京師戒嚴，至倡運磚聚灰，塞門乘城之計。今納款求貢，又必責以久要，欲保百年無事，否則治首事之罪。豈惟臣等不能逆料他時，雖俺答亦恐能保其身，不能制諸部於身後也。……夫投之時勢，既當俯從，考之典故，非今創始，堂堂天朝，容荒服之來王，昭聖圖之廣大，以示東西諸部，傳天下萬世，諸臣何疑憚而不為耶？」崇古這一次上疏，和居正平時的主張相同的太多了。他同樣地要省議論，(25)同樣地指摘隆慶四年的守城之策。(26)是居正的手筆嗎？我們不敢說，但是不免給我們一種曾經商討的印象。
崇古的奏疏裡，又議封貢八事：（一）議封號；（二）定貢額；（三）議貢期；（四）立互市；（五）議撫賞；（六）議歸降；（七）審經權；（八）戒狡飾。內閣方面，李春芳、高拱、張居正贊同了，殷士儋不反對。兵部尚書郭乾認識有關國防的事，都是兵部的事，但是沒有方法解決，最後還是由皇帝下詔，召集廷議。廷議是當時的大臣會議，每人都有發言權，但是決定權卻屬於皇帝。這一次的大臣會議當中，定國公徐文璧、吏部右侍郎張四維等二十二人以為封貢、互市可許；英國公張溶、戶部尚書張守直等十七人以為不可許；工部尚書朱衡等五人以為封貢可許，互市不可許。用現在的術語說，封貢是多數通過了，但是互市還是不能通過，一切又成了僵局。郭乾把會議的結果奏明皇上，只候皇帝的決定。
這是穆宗裁決的時候了。他和大學士商量：居正是策動人，當然認為可許；高拱也在後邊策動；通過封貢，全是高拱指揮，張四維四處活動的結果。在這幾個人的慫恿之下，穆宗決定「外示羈縻，內修守備」，——便是一面詔許封貢、互市，一面整頓國防的政策。政府的大政方針決定了：詔封俺答為順義王，賜紅蟒衣一襲；昆都力哈、黃台吉授都督同知，各賜紅獅子衣一襲；其餘授官的，一共六十一人，把漢那吉封昭勇將軍，指揮使如故。都督同知是現代的中將，指揮使是現在的上校。從此以後，韃靼騎士都成為中國的貴族和軍官，有王，有中將，有上校。他們的鐵蹄，不再踐踏中國的田野；他們的刀槍，不再濡染中國的膏血。當然，朝廷談不到使用韃靼作戰，但是朝廷也用不到對於韃靼作戰。高拱、王崇古、方逢時是嘉靖二十年的進士；譚綸是嘉靖二十三年的進士；李春芳、張居正是嘉靖二十六年的進士。他們回想到在自己出身的時代，正是俺答屢次南下，北京屢次戒嚴的時代：京師九門被圍，僥倖沒有失守；如今的國家，在他們手裡甦醒過來了，整個的北邊，解除了敵人的威脅，而且在人力和物力不再感受壓迫的時候，可以從容佈置。他們感覺到一種特有的愉快。朝廷方面，所費的只是幾十件紅袍；讓紅蟒、紅獅子安慰韃靼吧，當時所得的是北方的安全。
隆慶五年辛未會試，居正為主考，吏部左侍郎翰林學士呂調陽為副主考。居正嘉靖三十二年曾為同考官，那一次的進士如龐尚鵬、梁夢龍、陳瑞、曾省吾都是居正的門生，以後成為有名的人物。辛未科第一名進士張元汴，和第三名進士鄧以同入《明史·儒林傳》，但在事功方面，同樣沒有什麼表現。同科唯有徐貞明留下一部有名的著作和一件偉大而始終沒有完成的事業。他認定北方只知水害，不知水利。他也認定水害未除，正由於水利未興。在他謫居潞河的時候，著《潞水客談》，列舉修北方水利十四利。萬曆十三年，貞明遷尚寶司丞，兼監察御史，奉詔墾田永平，於是招南人，大興水利，次年墾田三萬九千餘畝。一切計劃，正在逐步完成，但是北方人唯恐水田成功以後，江南的漕糧，必定派到北方，於是御史王之棟奏稱水田必不可行，又稱開滹沱河不便者十二事。經過這一個打擊，貞明的計劃，終於功敗垂成，但是他不能不算是辛未科傑出的人才。最有表見的是劉台、傅應禎、吳中行、趙用賢。他們都是隆慶五年進士，都是居正的門生，其後對於居正，都曾經提出彈劾，因此在歷史上都留下不朽的盛名。居正的不樹立黨羽，和劉台等的不阿附座主，都是可以稱道的事件。不過從大體講起，辛未一科的人才，還是貧乏；這一科裡，任何方面，都沒有第一流的人物。
俺答封貢的決策中，兵部尚書郭乾的表現太差了；沒有辦法，沒有決斷。五年三月，郭乾免職。高拱想起第一流的軍事專家楊博，但是楊博曾經做過吏部尚書，他已經是六部的領袖，也許不願意回兵部。不妨事，官銜仍是吏部尚書，由他管理兵部的事。整個的政局，因為高拱以大學士管理吏部事，楊博以吏部尚書管理兵部事，顯見得畸形，但是高拱和楊博都算是用當其才。
政權是高拱的了，首輔李春芳一切放任，自己既不眷戀政權，為什麼要爭權呢？而且春芳也明白，大學士只是皇帝的私人秘書，首輔的地位，在政治制度上，沒有明顯的規定，一切都是演變的結果，既然是演變，根本就說不上固定，那麼，由他去吧。但是高拱決定不能容許春芳的存在。高拱想起自己和徐階的夙仇，正要報復，都被春芳擋住了，因此決定攻擊春芳。春芳也看見了，認得高拱不能相容，索性上疏請求致仕，一次不行，再來一次。穆宗還在留他，經不起南京給事中王禎又提出一次彈劾，五月間，春芳終於致仕而去，他從隆慶二年七月至五年五月，一共做了二年十一個月的首輔。據說王禎這次的彈劾，完全是仰承高拱的意旨。從此高拱是首輔兼管吏部尚書事。憑著穆宗的信任，和他自己的才具，以及那有仇必報的氣度，他已經成為事實的獨裁者。
在封貢、互市的爭論中，居正佔據主要的地位。這次決策的大功，當然應由高拱、王崇古，和居正平分，但是居正卻盡了最大的努力。在郭乾徬徨歧路的時間，向皇帝請旨召集廷議的是他。封俺答一事尚未決定的時間，檢出成祖敕封和寧、太平、賢義三王的故事以為前例的是他。決定以後，擬旨敕行的也是他。他正在和王崇古計議四件事：（一）開市之初，民間不願和韃靼交易，所以最初必須由官中佈置，使人知有利，自易樂從。（二）韃靼要求買鍋，鍋是鐵鑄的，日後便是武器的來源，輕易賣不得。廣鍋不能鑄造兵器，不妨出賣廣鍋，但是買的時候要拿破舊的鐵鍋調換。（三）韃靼使者一概不許入朝，也不許入城，只許在邊堡逗留。（四）朝廷和韃靼休戰，沿邊將士失去擄掠的機會，不免生怨，應當加意防備。種種方面，他都顧慮到了。講和也罷，封貢也罷，這是一個名稱；居正只認為是停戰。停戰是繼續戰爭的準備，他要修城堡，開邊荒；他要消滅趙全這一群漢奸的餘黨，他要訓練將士以防韃靼的進攻。(27)
居正對於國事的籌措，沒有使他忘去對於老師的維護。徐階是一位有能力，有辦法的首輔，但是對於自己的三個兒子，竟是毫無辦法。隆慶三年應天巡撫海瑞到了，這是有名的鐵面御史，他對於屬內的大紳巨室，一概不買賬。最先感覺威脅的便是徐階的三位少君。他們寫信給居正，居正一邊誥誡，一邊安慰他們說：
辱翰貺，深荷遠情。近來人情風俗，誠為可駭，俟海公人至，當作一書善譬之。太翁老師年高，恐不能堪此，望公朝夕保護。事有可了者，宜即自了之，勿致貽戚可也。恃在通家，敢爾妄及。(28)
這一陣風波過去以後，高拱再相，徐階更感覺不安，居正和應天巡撫朱大器說：
存齋老先生，以故相家居，近聞中翁再相，意頗不安，願公一慰藉之。至於海剛峰（瑞）之在吳，其施雖若過當，而心則出於為民。霜雪之後，少加和煦，人即懷春，亦不必盡變其法以徇人也。唯公虛心劑量之，地方幸甚。(29)
隆慶五年，事態更加嚴重。這年，徐階生日，居正去信，自稱「不敢走介，畏行多露」。又說：「鄙懷種種，亦噤不敢言，臨楮惆悵而已。」(30)內閣的大權，完全在高拱手裡，言官們又聽他指揮，一步走錯不得，一句說錯不得，這是隆慶五年居正所處的地位。徐階的地位更壞了。三個兒子同時被逮，田產充公了，兩個兒子也問了充軍的大罪，只留得徐階慢慢地回味會不會得到和嚴嵩一樣的結果。在嚴重的局勢下面，居正還是苦心調護。他不願得罪高拱，但是他要保障徐階；集中留著下列幾封信：
憶公昔在姑蘇，有惠政，士民所仰，故再借憲節以臨之。乃近聞之道路雲，「存翁相公家居，三子皆被重逮」，且雲，「吳中上司揣知中元相公(31)，有憾於徐，故為之甘心焉」，此非義所宜出也。夫古人敵惠、敵怨，不及其子。中元公光明正大，宅心平恕，僕素所深諒，即有怨於人，可一言立解。且中元公曾有手書奉公，乃其由中之語，必不藏怒，而過為已甚者也。且存翁以故相終老，未有顯過聞於天下，而使其子皆駢首就逮，脫不幸有傷霧露之疾，至於顛隕，其無乃虧朝廷所以優禮舊臣之意乎！亦非中元公所樂聞也。僕上惜國家體面，下欲為朋友消怨業，知公有道君子也，故敢以聞，惟執事其審圖之。(32)
松江事，高老先生業已寢之，似不必深究。仲尼不為已甚，報怨亦自有當。牽牛以蹊人之田，而奪之牛。蹊者固有罪矣，而奪之牛，無乃過乎？今全吳亦所以愛鄭也，公有道者，故敢以此言告，幸惟裁之。(33)
往者奉書云云，蓋推元翁之意以告公也。辱回示，業已施行，自難停寢，但望明示寬假，使問官不敢深求，早與歸結，則訟端從此可絕，而存老之體面，元翁之美意，兩得之矣。僕於此亦有微嫌，然而不敢避者，所謂「老婆心切」也，望公亮之。辱教，有欲告我者，此僕之所欲聞也，傾耳以承，幸勿終靳！(34)
這三封信，都很閃爍，尤其是後面的兩函。高拱和徐階結怨，急圖報復，久已成為公開的秘密。所指高拱給蔡國熙的信，大致是解釋仇怨的話，這是表面文章，居正認為「宅心平恕」，「必不藏怒蓄恨」，只是順水難舟，一種無可奈何的辦法。《答梁鳴泉函》，不知是否誤題，梁夢龍（即鳴泉）為居正門下士，函中語氣，似不類。徐階，松江人，高拱，新鄭人，所謂「全吳」「愛鄭」者指此。答應天巡撫函所謂「辱回示，業已施行」，正指來函「無可挽回」的表示，至於「有欲告我者」一句，是不是對於居正的一種謠言，正取一種欲說不說的姿勢？現在不管他，但對於居正，還是一種威脅。「是僕之所樂聞也」，是一句掙扎的話。
高拱入閣以後，居正所處的是一個最困難的地位，一步一步都需要最大的審慎。熱中的人不肯輕易放棄政權，但是要想維持政權，便不是一件容易的事。隆慶五年居正還遇到一個問題，然而也居然被他度過了，這是膠萊河的問題。
隆慶四年九月，黃河在邳州決口，從睢寧到宿遷一百八十里河水驟淺，江南來的糧船，一概不能北上。在明代這是一個異常重大的問題。明代的政治中心在北京，但是明代的經濟中心卻在南京。一切的資源出在南方，尤其是四百萬石糧食，全賴南方的接濟。從南方到北方，唯一的生命線是運河，運河發生了問題，南方和北方失去聯絡，整個的國家，立刻受到影響。偏偏運河不是我們所想像到的那一條安全的水道，從瓜洲渡江，要經過邵伯湖、高郵湖、氾光湖、寶應湖、白馬湖，這些地方還好；再上去便是洪澤湖，淮水從安徽來，在清口和黃河交匯，這是最大的難關。再上去，從清口到徐州茶城，黃河就是運河，運河要靠黃河的接濟。水量太大了，南方來的糧船隨時有漂沒的危險；可是水量太小了，糧船便要膠擱半途。國家的前途，完全寄頓在這一條毫無辦法、不可捉摸的水道上面，真是太危險了。因此明代一面重視河道總督和漕運總督的職責，一面仍是不時提出海運的問題。海運是從太倉、嘉定沿東海繞成山角，入天津的一條航線。在現代當然是一條很簡單、很安全的航線，但是十六世紀的中國，航海和造船的技術不比現代，所以一路的危險還是很多。有了危險，便不免要犧牲。犧牲人命，不是一件簡單的事，在明代，連皇帝殺一個罪犯，還要經過法司五次的執奏，何況是平常的官吏！隆慶年間，漕運總督王宗沐運米十二萬石，自淮入海，直抵天津，不能不算很大的成功，但是因為八舟漂沒，失米三千二百石，引起南京給事中張煥的彈劾。三千二百石只是不足百分之三的損失，本來不算太大，但是張煥質問：「米可補，人命可補乎？」便無從答覆了。運河既然時常發生困難，海運又危險太大，因此便有縮短海程、避免成山角的提議。這便是膠萊河。
膠萊河出自山東高密縣，分南北二流：南流至膠州麻灣口入海，北流至掖縣海倉入海，這是天然的水道。單憑這一條水道，當然談不上漕運，因此便有人提議在中間另鑿新水道，溝通南端的膠河，北端的萊河，這便是所謂膠萊新河。膠萊新河始終不曾完成，但是卻不斷地湧現在明人的腦際。隆慶五年，給事中李貴和舊事重提，上疏請開膠萊新河。恰恰在隆慶四年黃河再決，高家堰大潰，運河水量不足，漕運中斷以後，這一個問題，重新引起很大的注意。高拱極力主張重開膠萊河，這不是他的好大喜功，而是他的公忠體國。有了膠萊河，漕運便可以由淮入海，由膠州灣入膠萊河，再由海倉口出海直入天津，漕運便利了，北邊的糧餉有了把握，國防問題、經濟問題、跟著膠萊河一同解決，為什麼不要開！居正的公忠體國，和高拱一樣，但是他不能不顧慮到水源的問題。膠河和萊河的分水嶺要鑿，已經夠困難了，還不算是困難的中心；有了水道，便要有水，水從哪裡來？山中不是沒有水，但是不夠行船，更談不到刷沙；在河水不能刷沙的時候，海沙侵入河身，那又怎樣辦？這些問題，居正都顧慮到，但是他更不能不顧慮自己的問題。他的境遇已經困難，他不願意和高拱衝突，最後他想起胡檟。胡檟也是給事中，是高拱的一系，不過他是一個有定見、不隨聲附和的人。居正提議派胡檟查勘，高拱當然同意。胡檟到了山東以後，事情看清楚，他也主張不開膠萊河。居正又安穩地度過一次難關。他和胡檟說起：
新河之議，原為國計耳。今既灼見其不可，則亦何必罄有用之財，為無益之費，持固必之見，期難圖之功哉！幸早以疏聞，亟從寢閣。始者建議之人，意蓋甚美，其說雖不售，固亦無罪也。(35)
始慮新河水泉難濟，臆度之見，不意偶中。辱別揭所云，剴切洞達，深切事理。自勝國以來，二百餘年，紛紛之議，今日始決，非執事之卓見高識，不能剖此大疑，了此公案。後之好事者，可以息喙矣。書至，即過元翁，言其不可成之狀，元翁亦慨然請罷。蓋其初意，但憂運道艱阻，為國家久遠計耳，今既有不可，自難膠執成心。蓋天下事，非一人一家之事，以為可行而行之，固所以利國家，以為不可行而止之，亦所以利國家也。此翁之高爽虛豁，可與同心共濟，正在於此，誠社稷之福也。(36)
李貴和提議的時候，梁夢龍尚在山東巡撫任內。地方官當然有地方官的立場，照例是不願多事，他曾經上疏反對。現在事情是決定打銷了，居正給他一函，因為這是自己的門生，所以把政治上的秘密，一齊告訴他：
膠萊新河，始即測知其難成，然以其意出於元翁，未敢遽行阻閣，故借胡掌科(37)一勘，蓋以胡固元翁所親信，又其人有識見，不隨眾以為是非，且躬履其地，又非臆料遙度者，取信尤易也。昨觀胡掌科揭呈，明白洞切，元翁見之，亦慨然請停，不必阻止而自罷。以是知執事向者之言，雖極痛切，未免預發其機也。區區今處天下事，大率類此，雖竭盡心力，不過小補而已，終無能有所建明，此易所謂「屯其膏，施未光」者也。王敬所在齊中，政事何如？兩司及諸郡長吏，孰為可用？統希見教，不悉。(38)
王敬所即王宗沐，時為山東左布政使，也是反對開膠萊新河的一個。
隆慶五年的冬天，內閣中又是一次風浪，這一次卻發在殷士儋身上，士儋入閣，完全倚仗內監的力量，因此和高拱形成對立。高拱正要提攜張四維，偏偏御史郜永春給四維一次彈劾。是誰主使的？高拱計算到士儋。於是他的部下動員了，御史趙應龍彈劾士儋由陳洪進用，不可以參國政。士儋正在答辯，高拱部下第一員大將都給事中韓楫出動。韓楫還沒有提出彈劾，他先行揚言威脅。士儋忍耐不住了，終於在一個適當的機會，任情爆發了一次。
明朝的故事，每月初一、十五，給事中都到內閣和大學士們見面，大家作一個揖，稱為「會揖」，原是一個溝通聲氣的辦法。這一次都給事中韓楫到了，會揖以後，士儋對韓楫說：
「聽說科長對於我不滿意，不滿意是不妨的，可是犯不著給別人利用！」
真想不到大學士會在內閣裡發出這樣的議論，韓楫倒有些愣住了。高拱看看不像話，只是忿忿地說：「這算什麼體統！」
高拱一發言，事態立刻單純化，不成體統的體統多著呢！少保、武英殿大學士殷士儋撩起袖子，一手指著少師、建極殿大學士、兼署吏部尚書高拱，痛痛快快地大罵：
「驅逐陳閣老的是你，驅逐趙閣老的是你，驅逐李閣老的也是你；如今因為要提拔張四維，又來驅逐我！內閣永遠是你一個人的！」
就在內閣裡面，少保提起雙拳，準備給少師一頓毒打，少傅、建極殿大學士張居正看不下了，正要替他們勸解，冷不防少保也給少傅迎頭一頓痛罵。真熱鬧，堂堂的內閣變成全武行的戰場。幸虧穆宗是一個懈怠而且寬大的君主，假使他在文華殿，看到少師、少傅、少保們的活劇，不知道會給怎樣一個處分。
經過這一次的武鬥，御史侯居良對於士儋又提出一次彈劾。士儋也厭倦了，一再上疏請求致仕，終於在十一月間，這位山東來的大學士，悄然離開內閣。
士儋一去，內閣便成為高拱、張居正二人的聯立內閣，一直維持到六年四月高儀入閣為止。「周、召夾輔」，真正只剩周公、召公了！高拱一連驅逐了四位大學士，氣概正是逐日發揚。居正單憑那套謹慎小心的作風，還是時時感覺到不安於位。殷士儋這一場痛罵真冤枉，高拱手下這一群人的目光，正在轉移到居正的身上。
居正和高拱的私交，本來不錯，但是現在他們的地位太逼近了。逼近便是一種威脅，高拱當然不會愉快，而且高拱有他的一群人，他們要立功，便要先替高拱製造敵人，然後再把敵人打倒。政治的主張，是由黑暗走向光明，但是政客的陰謀，是由光明走向黑暗。高拱死後，居正和高拱的親戚說：「不榖與玄老為生死交，所以疏附後先，雖子弟父兄，未能過也。叵柰中遭憸人，交構其間，使之致疑於我，又波及於丈，悠悠之談，誠難戶曉。」(39)黑暗中的動物，永遠在黑暗中蠢動。
高拱對於居正，固然感到威脅，但是居正對於高拱，也時時感到危險。「爾詐我虞」，成為高、張聯立內閣的標語。最容易引起誤會的，還是徐階的家事。居正已經是一路提心吊膽，「畏行多露」了，但是，「不行，為什麼他要幫助徐階說話呢？」黑暗中的聲音要問。黑暗中的動物沒有道義，沒有感情；他們也不相信人類還有道義和感情。「勢利呀！」他們要說，「一切都是勢利，在朝的首輔便捧他一把，在野的首輔便踢他一腳：這是人情。再不然，便有另外的動機！」黑暗中的動物又動員了，他們要報效高閣老，便得搜求居正幫助徐階的動機。他們把發明當做發現，終於認定已經發現居正的動機。
很順利地這個消息傳達到高拱。事情是這樣說的。徐階的兒子送三萬兩銀子給居正，於是居正承認替他們維持。在大學士的朝房裡，高拱看見居正，便半真半假地譏刺了一頓。這一個刺激太大了，居正變了色，指天誓日地否認這件事。經過這樣剖白以後，高拱承認誤會，事情勉強結束。
內閣的政潮，正在準備著新的發展。隆慶六年三日尚寶卿劉奮庸上疏條陳五事：（一）保聖躬；（二）總大權；（三）慎儉德；（四）覽章奏；（五）用忠直。第二條和第四條都很活躍。奮庸說：「今政府所擬議，百司所承行，非不奉詔旨，而其間從違之故，陛下曾獨斷否乎？國事之更張，人才之用捨，未必盡出忠謀，協公論。臣願陛下躬攬大權，凡庶府建白，閣臣擬旨，特留清覽，時出獨斷，則臣下莫能測其機，而政柄不致旁落矣。」他又說：「人臣進言，豈能皆當，陛下一切置不覽，非惟虛忠良獻納之誠，抑恐權奸蔽壅，勢自此成。望陛下留神章奏，曲垂容納；言及君德則反己自修，言及朝政則更化善治。聽言者既見之行事，而進言者益樂於效忠矣。」奮庸請穆宗總大權，大權旁落，必有所在；又說權奸蔽壅，「權奸」二字，必有所指。同時給事中曹大埜上疏劾高拱不忠十事，據說這是居正的主使。政治的鬥爭，從言官發動了。高拱的部下立刻應戰，給事中塗夢桂劾劉奮庸動搖國是；給事中程文再劾奮庸、大埜「漸構奸謀，傾陷元輔，罪不可勝誅」。結果奮庸謫興國知州，大埜謫乾州判官。高拱又得到小小的勝利。
在不斷的政治戰爭中，端拱無為的穆宗皇帝，終於感覺厭倦，在隆慶六年五月中逝世了。是年穆宗年三十六歲。
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