世宗在位的時候，穆宗在裕王府，娶妃昌平李氏，後來謚為孝懿皇后。嘉靖三十七年四月，李妃死了，八月裕王娶繼妃通州陳氏，穆宗即位以後，封皇后，後來謚為孝安皇后。昌平李妃生子翊，五歲死了。翊之下，便是翊鈴，母氏無考，不滿一歲也死了，所以嘉靖四十二年裕王第三子翊鈞出生的時候，因為他是獨子，特別得到裕王的寵愛。
裕王愛女人，最得意的是漷縣李氏，後來謚為孝定皇后。李氏入宮的時候，只是一個宮娥；當時稱為都人。這是翊鈞的母親，隆慶元年，穆宗即位以後，封貴妃。李貴妃是一位有能力、有辦法的人。她的父親李偉，漷縣人，因為鄉間不安靜，避到北京，後來索性把女兒送進裕王府，做一名宮娥，卻想不到以後的富貴，都從這裡來了。穆宗即位，禮部尚書高儀請立皇太子，大臣們都認定翊鈞是一位聰明的皇子。事實是顯然的，這一位五歲的孩子已經讀書了，在明代皇帝不甚注意皇子教育的情形下面，這是一個特例。隆慶二年，內閣大學士合疏公請立翊鈞為太子，三月間，實行冊立。穆宗也委實喜歡。他記得一天自己正騎著馬在宮中遊玩，皇太子和他說：
「爸爸，你一個人騎著馬，摔下來怎麼辦？」
穆宗看見兒子的關心，真愉快，連忙下馬，著實撫慰一下。這時期陳皇后因為多病，住在別宮裡，每天早晨，李貴妃挈帶太子，到皇后宮中請安，皇后聽到小靴子在階道上「橐、橐、橐」便連忙起來。自己沒有兒子，但是看見這樣聰明的孩子，也實在高興。皇后把經書取出來，一句一句地問他，太子對答如流，因此更加討得皇后的歡心。皇后和貴妃中間，儘管有一些利害衝突，但是當陳皇后看到李貴妃的知禮，和皇太子的聰明，心地也平靜下來。皇太子的稚弱的心理，正在逐漸意識到政治的作用。
隆慶六年四月，高拱推薦前禮部尚書高儀入閣。是月穆宗命儀為文華殿大學士，入閣辦事。一切都很正常。
最大的禍變來了，五月的一天，穆宗在坐朝的時候，突然站起來，走了幾步，不知說了什麼，只是嘴上不斷地歪動，(1)顯然地這是中風，內監馮保在旁，趕上扶住，居正也搶前去扶。在大眾誠惶誠恐的當中，穆宗入宮。隨即召大學士高拱、張居正、高儀至乾清宮，穆宗斜倚在御榻上，皇后、皇貴妃都在，皇太子立在御榻的左邊。三位大學士跪在御榻前面。穆宗困乏了，由內監馮保宣詔：
朕嗣統方六年，如今病重，行將不起，有負先帝付託。太子還小，一切付託卿等。要輔助嗣皇，遵守祖制，才是對於國家的大功。
真是一幅慘淡的景象。看見朋友托孤，尚且目不忍睹，何況他們是裕王府中的講官，六年以來的內閣大臣！但是乾清宮不是他們痛哭的地方。高拱、張居正含了滿眶的熱淚，和正在嗚咽的高儀，叩了頭，回到內閣，這是五月己酉。次日庚戌，穆宗皇帝逝世。大臣們在內閣裡痛哭。高拱嚎啕地嚷著：「十歲的太子，怎樣治天下啊！」他益發感覺到責任的重大。
穆宗逝世以後，政治上躍起一個新興的勢力。這是馮保。馮保在世宗朝已經是司禮秉筆太監，穆宗登極，馮保屢次想升掌印太監，但是因為高拱反對，始終沒有達到目的，所以他和高拱，結下了不解之仇。明朝的政治，本來充滿了彈性，因此司禮監的職權，沒有確定的範圍。名義上司禮掌印太監是「掌理內外章奏及御前勘合」，秉筆太監「掌章奏文書，照閣票批朱」。事實上他們的職權，可以無限地擴大。掌理章奏是一個「上下其手」的機會。照閣票批朱，是對於內閣票擬的諭旨，用硃筆加以最後的判定。這本是皇帝自己的事，(2)後來皇帝不負責任，「批朱」的事落到司禮秉筆太監手裡，於是大學士雖是皇帝的私人秘書，而秉筆太監成為皇帝的機要秘書。《明史·職官志》(3)稱「內閣之擬票，不得不決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人」，在明代政制裡，這正是變態中之常態。武宗時候，司禮監劉瑾甚至把章奏帶回私宅，和妹婿孫聰、食客張文冕共同批答。皇帝的機要秘書，可以隨時邀集親友同參國政，更是變態中的大變。武宗正德二年到五年間，劉瑾成為事實上的皇帝，五年八月，劉瑾失敗以後，武宗下詔自正德二年後，所更政令，一概如舊；其實只是對於這三年中劉瑾的地位，加以實際的認識。
從五月庚戌穆宗逝世，到六月初十甲子神宗即位，這十五天中，是馮保活躍的時期。馮保的策劃，是驅逐司禮掌印太監孟沖，奪取他的位置：因為皇后、皇貴妃的同情，這一個策劃實現了。(4)但是實現的時期卻不能確定。《馮保傳》稱為剛剛在穆宗逝世以後，(5)《胡涍傳》(6)稱為在神宗即位的第六天，中間有二十天的距離。其實神宗即位以前，執行詔旨的機構，尚未完成；至於神宗即位的第六天，這是大政變的一日，沒有馮保事前的活躍，根本不會發生政變。所以我們不妨假定馮保升掌印太監在神宗即位之日，或其後，至遲必早於第六日。這個策劃的完成，大致在神宗即位以前，只待神宗即位，履行發表的手續。
《明史·馮保傳》稱：「保又矯遺詔，令與閣臣同受顧命。」《明史紀事本末》則稱馮保矯傳大行遺詔云：「閣臣與司禮監同受顧命。」這也是一個駭人的記載。內監和大臣同受顧命，在明代本來不是一件沒有的事。嘉宗天啟中，御史王允成劾魏進忠疏：「內廷顧命之鐺，犬食其餘，不蒙帷蓋之澤；外廷顧命之老，中旨趣出，立見田里之收。」(7)確實指出大臣、內監同受顧命的故事。但是高拱、居正、高儀同受顧命，並無他人在內，這是事實。穆宗逝世的時候，孟沖尚為掌印太監，亦無越過孟沖、托孤馮保的理由。所以馮保矯遺詔是有的，但是只是矯遺詔用為司禮掌印太監，並不是矯遺詔同受顧命。最切實的證據見居正文集：
公昔以勤誠敏練，早受知於肅祖(8)，常呼為「大寫字」而不名。無何，即超拜司禮，管內政。嘉靖丙寅，迎立穆宗皇帝，以功蔭其弟、侄數輩。穆宗不豫，召輔臣至御榻前，受顧命。公宣遺詔，音旨悲愴。今上踐祚，奉先帝遺命，以公掌司禮監事。(9)
這一篇文章，作於萬曆二年，正在居正掌握政權，結好馮保的時候，假如馮保曾經矯詔同受顧命，記中何以不把他的地位提清；而且後段又稱馮保掌司禮監，「宮中府中，事無大小，悉諮於余而後行，未嘗內出一旨，外干一事」，更和同受顧命的身份，完全不合。所以根據居正的記載，可以證實馮保沒有矯遺詔同受顧命，同時也可以證實馮保為掌印太監，在神宗即位以後。《馮保傳》又稱：「穆宗得疾，保密囑居正豫草遺詔，為拱所見，面責居正曰：『我當國，奈何獨與中人具遺詔？』居正面赤謝過。」(10)顯然也是一件莫須有的故事。穆宗突然中風以後，隨即召大臣入宮，面授顧命。(11)第二天隨即逝世，其間更無猶豫的時期，可以給馮保密囑居正豫草遺詔的機會。而且以居正那樣地精細，決無密草遺詔，更容高拱看見的道理；同樣地，以高拱那樣地強幹，也不會在揭破居正勾結馮保的秘密以後，隨即把自己推翻馮保的計劃，更和居正商榷。(12)處處都露出矛盾。本來這一次政變，是一件突如其來的大事，以後居正當權，不免引起一部分人的反感，馮保更加是眾矢之的，於是以訛傳訛，發明成為發見，傳說成為事實。到了清初修史，沒有整理史實的決心，所以在記載裡，不但充滿許多矛盾，而且描寫高拱、居正，有時竟至忘去本來的面目。
從隆慶六年六月初十日甲子起到十六日庚午止，這七天之中，整個朝廷，沉沒在滔天的波浪之中。在政治機構方面，是司禮監和內閣的對立，在人的方面，是馮保和高拱的對立。馮保的後盾，是皇后、皇貴妃，尤其是皇貴妃，神宗只有十歲，當然和母親站在一面。高拱的後盾，是六科給事中，和十三道監察御史。高拱是政治界的老鬥士了，他戰勝了幾位元老，當然看不上一個新進的掌印太監。他後面有的是輿論和群眾；內閣的內部，他知道除了自己，只有高儀和張居正。高儀是自己引進的，入相僅僅兩月，當然唯自己「馬首是瞻」，至於居正，高拱認定這是十幾年以來的同僚，而且和自己志同道合。「『周、召夾輔』，居正不是曾經說過嗎？」高拱想著。後方的佈置，沒有任何的缺隙，高拱正準備和馮保作一次生死的決戰。
最使高拱痛恨的，便是中旨。中旨是皇上的手諭。在現代的立憲君主國，一切的詔令要經過內閣的副署。中國古代也是如此。有中書省等的時代，詔令要經過中書省等，明代改為內閣，詔令便要經過內閣。唐朝武後在位，政治算是混亂了，但是當時人還能提出「不經鳳閣鸞台，何名為詔」的口號。(13)明代在內閣以外，有通政司和六科，對於皇帝的詔令，都有隨時復奏封駁之權，因此皇帝隨時頒布手諭的自由，更受到重重的約束。不過法制是法制，事實是事實，在不上軌道的政治狀況中，手諭仍舊不免出來，成為史冊所記的「斜封墨敕」和「中旨」。這正是負責任的大臣所最痛恨的事。
神宗一經即位，中旨隨即頒到內閣，其中的一件，便是引用穆宗遺詔，授馮保為司禮掌印太監。高拱痛恨極了，對傳旨的太監說：
「中旨是誰的旨意？皇上的年齡小得很呢！一切都是你們做的，早遲要把你們趕走。」一番聲色俱厲的言論，小內監都傳達給馮保。這可使馮保怔住了。他到皇后、皇貴妃那裡去攛掇。他指出穆宗逝世那一天，高拱在內閣裡嚷著：「十歲的孩子，怎樣做皇帝啊！」
「這是什麼意思？」馮保把高拱的語句改造以後，又提出質問。皇后、皇貴妃都吟味著「這是什麼意思？」她們感到悚惕，連十歲的皇帝，也突然變色。在這方面，馮保正在佈置他的陣線。
高拱取的攻勢，當然一刻也不懈怠。他認定自己和居正、高儀，是顧命大臣，他要報答穆宗皇帝，也要輔佐神宗皇帝；自己是首輔，更加責無旁貸。馮保的氣焰一天大似一天，他是司禮掌印太監，現在又用中旨提督東廠。司禮掌印管的宮內，提督東廠便管到宮外來了。特務工作又落到他手裡，馮保不是成為獨裁嗎？高拱容不得，他決定進攻了。第一道火線由六科給事中程文，十三道御史劉良弼等一齊向前。他們的奏疏和排炮一樣地發出了，共同的目標只是一個馮保。第二道火線是禮科都給事中陸樹德，吏部都給事中雒遵。樹德攻擊馮保掌司禮監一事，他的奏疏說：
先帝甫崩，忽傳馮保掌司禮監。果先帝意，何不傳示數日前，乃在彌留後？果陛下意，則哀痛方深，萬幾未御，何暇念中官？
這是用的最合邏輯的論法。唯一的答案，當然是既非穆宗，又非神宗，而只是馮保矯詔。矯詔便有矯詔的處分，高拱正準備著。雒遵是高拱的門生，更是一員大將，他看到神宗坐朝的時候，馮保站在御座旁邊，於是提出攻擊。
「保一侍從之僕，乃敢立天子寶座。文武群工拜天子邪？抑拜中官邪？欺陛下幼沖，無禮至此。」
兩道奏疏又一齊發出了，共同的目標也只是馮保。這時已經是六月十五日己巳，是神宗即位的第六日。奏疏接二連三地發出了，馮保是司禮掌印太監，掌理內外章奏，沒有不知道。不關事，戰爭是戰爭，用不到秘密。一切的計劃，是高拱發動的，給事中和御史們，也受高拱主使，這也用不到秘密。隆慶四年以來，高拱和言官們打成一片，久已是公開的事實，何況馮保提督東廠，偵緝的特權和機構，都在他手裡，那還有什麼秘密？高拱只準備用「堂堂之陣，正正之旗」，打倒一個橫行跋扈的內監。他曉得奏疏上去了，皇上便會發交內閣擬旨，權柄在自己手裡，不愁馮保有什麼辦法。他自己也曾上疏，請把司禮監掌理章奏的大權，交還內閣。他準備負全責，當然他可以要求攬全權。他認定在縝密的佈置之下，這一來可把馮保打倒了。
他所顧慮的還是內閣的同僚。四月中高儀入閣的時候，他就稱病，再三推阻。居正也曾給他去信：「辱教，知東山情切，高駕夷猶，殊失朝野之望。茲溫綍再頒，敦勸愈篤，恐上命不可屢抗，物望不可終孤。」(14)後來高儀果然來了，然而他也果然病了。在同受顧命的時候，高儀曾經豫聞，但是現在他確是病倒了，在這一方面，高拱看不到什麼援助。還有張居正呢！在皇上即位以後，他奉詔到大峪嶺視察葬地，這是準備穆宗皇帝的葬事，當然應由一位得力大臣去的。天又熱，路上又辛苦，據說他回來以後又病倒了，這幾天正在請病假，沒有到內閣。高拱看到兩位同僚都病倒了，一切的責任都在自己肩上。不要緊，他準備一個人擔負著。
居正這幾年以來，逐漸地感到岌岌不安的情況。內閣中的同僚都去了，這是為的什麼？六年三月間，禮部尚書潘晟又去了，又是為的什麼？潘晟去位以後，曾經來一封信，居正答覆道：
辱別諭，一一領悉。白首相知，猶按劍也，況他人乎？然義命之學，竊嘗聞之矣。自檢平生，不敢有一事負國家，不敢有一念負於天下賢士大夫，至於去就，有命存焉，惟靜以俟之而已。猥辱至愛，中心藏之。(15)
那時他認為高拱的目標，只是自己，鬥爭沒有把握，劉奮庸、曹大埜又去了，所以只得靜以俟命。他的心緒正從煩悶轉為恬淡。萬想不到穆宗逝世以後，政治方面又躍起新興的勢力，演成內閣和司禮監的決鬥。「什麼內閣？」居正想到，「只是高拱一人！」他明白馮保和自己沒有什麼淵源，高拱的策略，馮保不是沒有耳目，自己也犯不著去告密。(16)他採取的方式，只是坐觀成敗。高拱勝了，居正自然還有他的「義命之學」；馮保勝了，居正明白收拾政局，便非自己不可，而且對於馮保，居正也自信還有對付的本領。穆宗逝世只有二十天，神宗即位只有五、六天，空氣已經緊張的了不得，暴風雨就要發作了，等著吧。在這個情況之下，居正只說是受了暑，在內閣請假幾天。
六月十六日庚午，天還未明，神宗召集大臣到會極門。高拱去了，滿心以為這一次就是驅逐馮保的機會。居正還在假中，沒有去。(17)高拱向上一看，少年的皇帝旁邊，正立著自己的敵人馮保。這一剎那的注視，高拱知道已經失敗了。馮保傳皇后、皇貴妃和皇帝的諭旨道：
告爾內閣、五府、六部諸臣：大行皇帝賓天先一日，召內閣三臣御榻前，同我母子三人，親受遺囑曰：「東宮年少，賴爾輔導。」大學士拱攬權擅政，奪威福自專，通不許皇帝主管，我母子日夕驚懼。便令回籍閒住，不許停留。爾等大臣受國厚恩，如何阿附權臣，蔑視幼主！自今宜洗滌忠報，有蹈往轍，典刑處之。(18)
高拱果然失敗了。高拱的後盾是外廷，馮保的後盾是深宮；高拱只能主使言官，直攻馮保的罪惡，馮保便能攛掇后妃，懷疑高拱的忠誠。高拱這一次失敗，深深地給居正一個教訓，以後居正當國，在主持國政以外，對於奉承後宮和聯絡內監兩件事，都化費不少的工夫。
明朝大臣解職回裡的時候，有給驛的故事；所謂「給驛」，便是在驛站裡支使車馬人夫，由國家供給。這本來是特許，但是後來慢慢成為常例了。偏偏這次高拱卸任，限定立刻回籍，不許逗留，驛站的馬車談不到了，他只得自己僱車，有的說是乘牛車出北京，(19)有的說是騾車，(20)押行的兵役還在後面一路追逐，成為當時的新聞。六月十九日，居正入見以後，再為高拱請恩，幸而成功，高拱才免去道途間無謂的困頓。七月間居正有信給王崇古說：
主少國疑，艱難之會，正宜內積悃誠，調和宮壺，外事延接，收攬物情，乃可以扶危定傾。而元老一切皆易其道，又暱比讒佞，棄絕石交，語之忠告，不惟不納，反致疑怒，竟至於此，豈非天哉！當其時，人情洶洶，禍且不測，僕猶冒死為之營訴，為之請驛，僅得解脫，然國體士氣，所損多矣。嗟乎，自古讒人亂國，可勝痛哉！幸新皇聰穎異常，雖幼沖已具大有為之度，區區愚忠，幸蒙俯鑒。方今宮府一體，上下一心，內外事情，幸已大定，但邊事虜情，日夕在念，腹心雖安，四肢安可忽哉？萬望留神，以慰宵旰。辱教云云，誠高見淵識，石畫鴻謨，非公愛我之深，曷得聞此？三復三歎，敬佩良箴。(21)
所謂「冒死為之營訴」，必有所指。據王世貞《首輔傳》，馮保在皇后面前，曾經提起高拱謀廢太子，迎立周王的謠言；又說馮保還買通其他的內監，造成同樣的空氣，所以皇后震怒，事情不可收拾。這一件故事，《明史紀事本末》和《明史》都不載，但是證以六月十六日傳諭「通不許皇帝主管」，和居正「人情洶洶，禍且不測」兩句，後面的情形，決不簡單。萬曆六年高拱死後，妻張氏請求恤典，神宗將奏疏發下內閣，派文書官田義口傳聖旨：「高拱不忠，欺侮朕躬，今已死了，他妻還來乞恩典，不准他。欽此！」居正再行上奏，神宗始准開復原職，給與祭葬，但是還說：「高拱負先帝委託，藐朕沖年，罪在不宥。」這時神宗已經十六歲，他對於高拱的痛恨，真是深切。假使不是馮保造出廢立的謠言，不會給神宗這樣一個不可磨滅的印象。
居正對於六月十六日的政變，事前定有所聞。高拱的作風，他是知道的。馮保雖然只是一個生疏的內監，但是內監們那一貫的陰賊險狠的手段，居正也不會不知道。他看定暴風雨要來了，所以他只是托病請假。等到風暴過去，十九日居正上朝的時候，高拱久已離開北京，內閣中的資望，更沒有比居正深的，因此他便循序坐升，成為首輔，而且因為高儀隨即於二十三日逝世的原故，居正成為唯一的顧命大臣，他在政治上的地位，更加鞏固。這一次政變的結果，居正是最大的收穫者。對於雙方的策劃，他不是不知道；對於馮保的誣蔑，他不會不明白；高拱固然沒有擁立周王的陰謀，而且從宗支親疏的關係方面講，周王也沒有入承大統的可能。從政體的立場講，司禮監一部分的職權，應當交給內閣，「宮府一體」，原是居正的口號。從友誼的立場講，居正更應當援助高拱，他們不是十幾年的同僚嗎？然而他們的友誼已經生疏了！這不能不責備高拱，但是也何嘗能放過居正？他只是坐觀成敗，希望高拱的失敗，以完成自己掌握政權的目標。他給王崇古說：「冒死為之營訴」，是一句遁辭，為什麼要請假規避呢？不在會極門營訴而只憑事後的空言，要想博得外人的同情，希望不免太奢了！話又說回來，徐階失敗以後，居正曾經自咎以為「中人內構，不能剖心以明老師之誠節」。對於曾受大恩的老師，還談不到剖心營訴；那麼對於中經生疏的同僚，更從哪裡說起！「政治家」不是聖賢，而只是「政治家」；誰願意為著別人，犧牲自己的政權呢。
這一次的政變，高拱的政權推翻了，居正的政權樹立起來，一切只是人事的變動，不是政策的變動。高拱是一個強幹的「政治家」，自兼吏部尚書，上午到內閣，下午到吏部，沒有一件積案，這是他辦事的能力。居正不兼部，但是對於內閣和六部的事情，沒有一件不曾洞察，他的精明，正抵上高拱的強幹。高拱對於同僚，不免高亢，居正稍為謙抑；高拱對於政敵，照例是不能容忍，有仇必報，居正稍知容忍，甚至量材錄用。不過這個分別，只是一個大概。最初掌握政權的時候，居正還有一些籠絡人才的意味，以後便日漸高亢，到了萬曆六年以後，簡直和高拱一樣。在這方面，他們中的區別，只是年齡的區別，等到居正過了五十以後，他的行為，便和高拱沒有分別。在應付宮廷和內監方面，居正比高拱高明多了，他知道敷衍和遷就，他知道走曲線，然而他永遠認清政治目標，宮廷和內監對於實際的政治，沒有過問的餘地。高拱提高內閣政權的目標，在居正手裡完成，但是居正沒有遇到高拱所遇的挫折。不過這是高拱失敗以後，居正所得的教訓：假使高拱有第三次入閣的機會，以他那樣的能力，不是辦不到的。簡單一句，高拱和居正，只是同一範疇的人物，因為環境的不同，不免有少許的差異。不明白實際政治的人，也許因為他們不能合作，發生詫異，其實整個的政權不能容許兩個「政治家」共同掌握，正和整個的家庭不能容許兩個主婦共同主持一樣。
六月十六日過去了，十九日神宗召見居正。這時是辰刻，比平常的早朝，稍微遲一點。神宗吩咐居正跪到寶座面前，他說：
「先生為父皇陵寢，辛苦受熱，國家事重，只在內閣調理，不必給假。」
居正叩頭，承認在閣調理，神宗又說：
「凡事要先生盡心輔佐。」
在神宗提起穆宗對於居正的言論，稱為忠臣之後，居正感激涕零，不能仰視，俯伏奏稱：
「臣叨受先帝厚恩，親承顧命，敢不竭材盡忠，以圖報稱。方今國家要務，惟在遵守祖宗舊制，不必紛紛更改。至於講學親賢，愛民節用，又君道所當先者，伏望聖明留意。」
「先生說的是。」神宗說。
「今天氣盛暑，望皇上在宮中，慎起居，節飲食，以保養聖躬，茂膺萬福。」居正說。
「知道了。」神宗又說，「與先生酒飯吃。」(22)
居正在召見以後，有《謝召見疏》，歷稱：「臣之區區，但當矢堅素履，罄竭猷為，為祖宗謹守成憲，不敢以臆見紛更；為國家愛養人才，不敢以私意用捨：此臣忠皇上之職分也。仍望皇上，思祖宗締造之艱，念皇考顧遺之重，繼今益講學勤政，親賢遠奸，使宮府一體，上下一心，以成雍熙悠久之治，臣愚幸甚，天下幸甚。」
這一次的召見，是居正為首輔以後，第一次的召見。他發表大政方針，只說「遵守成憲」。這是居正和王安石不同的地方。宋神宗的時候，安石充滿了一頭腦的理想，他要改革，要創製；但是明神宗的時候，居正只是充滿了一頭腦的「成憲」，他只要循名，要核實。安石是理想的政治家，而居正是現實的政治家。居正所稱的祖宗舊制，便是太祖的舊制，一年以前，他為會試主考的時候，曾經說過：
夫高皇帝之始為法也，律令三易而後成，官制晚年而始定，一時名臣英佐，相與持籌而算之。其利害審矣！後雖有智巧，莫能逾之矣！且以高皇帝之聖哲，猶俯循庸眾之所為，乃以今之庸眾，而欲易聖哲之所建，豈不悖乎？車之不前也，馬不力也，不策馬而策車，何益？法之不行也，人不力也，不議人而議法，何益？下流壅則上溢，上源窒則下枯：決其壅，疏其窒，而法行矣。今之為法壅者，其病有四：愚請頌言而毋諱，可乎？夫天下之治，始乎嚴，常卒乎弛；而人之情，始乎奮，常卒乎怠。今固已怠矣，干蠱之道，如塞漏舟，而今且洩洩然，以為毋擾耳。一令下，曰：「何煩苛也？」一事興，曰：「何操切也？」相與務為無所事事之老成，而崇尚夫坐嘯畫諾之惇大，以此求理，不亦難乎？此病在積習者一也。天下之勢，上常重而下常輕，則運之為易。今法之所行，常在於卑寡，勢之所阻，常在於眾強。下挾其眾而威乎上，上恐見議而畏乎下，陵替之風漸成，指臂之勢難使。此病在紀綱者二也。夫「多指亂視，多言亂聽」，言貴定也。今或一事未建，而論者盈庭，一利未興，而議者踵至：是以任事者多卻顧之虞，而善宦者工遁藏之術。此病在議論者三也。夫屢省考成也，所以興事也，故采其名，必稽其實，作於始，必考其終，則人無隱衷而事可的績。今一制之立，若曰「著為令矣」，曾不崇朝，而遽聞停吧。一令之施，若曰「布海內矣」，而畿輔之內，且格不行。利害不究其歸，而賞罰莫必其後。此病在名實者四也。四者之弊，熟於人之耳目，而入於人之心志，非一日矣。今不祛四者之弊以決其壅，疏其窒，而欲法之行，雖日更制而月易令，何益乎？(23)
以上所說的是制度方面。在人才方面，居正說過，「為國家愛養人才，不敢以私意用捨」，這一點見出居正的精明。高拱掌握政權的時候，異己的人一概排斥，這是高拱的偏私，以後高拱得到攬權擅政的惡名，未始不由於此。居正從這方面，得到教訓，決不重蹈覆轍，這是一。其次高拱是一個幹練的吏部尚書，他所提拔的人，沒有不是當時的人才。隆慶三年的冬天，內閣決定進攻廣西古田「叛」僮的時候，高拱用殷正茂為廣西巡撫。正茂有才，但是貪污是免不了的。高拱說：「給他一百萬，正茂也許吞沒一半，但是只有正茂會把事情辦好。」後來正茂果然「平定」古田。隆慶五年遼東巡撫李秋去職，高拱主張任用張學顏。旁人不以為然，高拱說：「張學顏的才具，大家沒有知道，遇到盤根，自然會認識利器。」正在說著，吏部侍郎魏學曾來了，高拱向他要遼東巡撫。學曾思索很久以後，答覆道：「張學顏去得。」高拱得到這個印證，隨即提出學顏，後來在遼東也有極好的成績。高拱賞識的人才，不用，那才糊塗，這不是居正做的。居正曾經說過：
孤雖不肖，其於人之賢否，略窺一斑，內不敢任愛憎之私，外不輕信毀譽之說。自當事以來，鑒前人之失，首陳皇極之論，以開悟上心，消弭偏黨。(24)
最有興趣的是張佳胤。佳胤是當時有名的才子，也是有名的能臣。但是他和高拱關係太深，又因為在應天巡撫任內，辦事棘手，他很有些消極，居正接連去過兩次信：
自公在郎署時，僕已知公，頻年引薦，實出鄙意。不知者，乃謂僕因前宰之推用為介，誤矣。天下之賢，與天下用之，何必出於己？且僕於前宰(25)素厚，頃者不恤百口，為之昭雪，區區用捨之間，又何足為嫌哉？「蔡人即吾人」，況前宰非蔡人，而公又吾人也？何嫌何疑之有？願努力勳名，以副素望。(26)
惟公俊才厚蓄，又富於春秋，不以此時取旗常，勒鐘鼎，乃顧戀庭闈，忘「在公」之義，非所望也。茲屬休明之會，方將招遺佚於薖軸，寧肯縱鸞鶴於雲林？大疏已屬部復，而雅志必不得遂。願勉奉簡書，以徇國事。(27)
但是居正對於高拱的爪牙，決然不能容忍。他和汪道昆說：「二、三子以言亂政，實朝廷紀綱所繫，所謂『芝蘭當路，不得不鋤』者，知我罪我，其在斯乎！」(28)
高拱去了，政治中樞當然重有一番佈置。要求幹練如高拱的吏部尚書，是不可能的，但是當時有一個最負重望的大臣，這是管兵部尚書事的楊博。楊博自嘉靖三十四年以來，三任兵部尚書，嘉靖四十五年，調任吏部尚書，隆慶五年復以吏部尚書起用，在資望方面沒有比楊博再高的了。因此提出楊博仍還吏部尚書。居正說過：
今上登極，首命公還秉銓衡，余受先帝遺托，方欲與公同心戮力，共佐休明。(29)
居正又說到楊博歷佐三朝，以及自己和楊博始終相與的關係：
桓桓世廟，經武緯文，公媚天子，耆定策勳。穆穆莊皇(30)，垂衣拱手，公佐太平，聲色不有。迨於今皇，兩作繼明，詢茲黃發，還公宰衡。我求一德，惟公是與，不吊昊天，奪我心侶。有謀孰諮，有難孰夷，山頹木壞，愴矣其悲。(31)
楊博調回吏部，遺下兵部尚書，照高拱定下的原則，應由總督繼任。當時的口號是國防第一，北邊第一。北邊三位總督：前任薊遼總督譚綸、現任宣大總督王崇古和前任三邊總督王之誥，都有重望。楊博和居正商定，起譚綸為兵部尚書。居正給崇古去信說：
昨本兵虛席，公論鹹歸公與西石(32)，乃太宰(33)謂渠復銓之始，嫌於首用其親，且貢市方殷，猶借重望以鎮之，計非久當別有簡命也。(34)
正在佈置的當中，高儀死了。內閣只剩居正一人。問題又到了面前，應當補怎樣一個人呢？在不知明朝政體的人，也許以為既是楊博的資望最好，當然應補楊博。但是事實不是如此的。明朝的中樞，是二元制：吏部尚書的地位，本來在內閣大學士以上，即使到了內閣權重以後，吏部尚書，終於不曾落到內閣以下。當時的故事，吏部尚書在路上遇到大學士，照例不避道，便是顯然的證據。(35)孝宗弘治年間，吏部尚書王恕的聲望，始終不受內閣的壓制，更是實例。還有，由吏部尚書入閣的，不是沒有，但是這是特旨。在推舉的時候，通常是禮部尚書、吏部侍郎，或是翰林學士。因此，神宗吩咐居正推舉閣員的時候，居正不能推舉吏部尚書楊博，(36)只能推舉禮部尚書呂調陽。其實居正的經驗多了，他知道內閣裡除了自己，只需要一位忠厚老實、和衷共濟的長者，並不需要一位雄才大略、氣度恢宏的重臣。這是居正的私心，但是這是隆慶年間內閣混斗的經驗。為國求賢，固然是對的，但是為內閣謀安定，也何嘗不是為國家？居正對於調陽，在辛丑會試主考的時候，已經認識了，現在正準備和他長期合作。萬曆七年調陽死後，居正說過：
余與公同政府，知公深。公為人，外溫而心辨，中毅而貌和，於事吶吶不輕為可否，於人恂恂不苟為異同；嘗曰：「大臣協心體國，苟利社稷，嫌怨共之，安事羯羠其間？無論彼己懻忮，即賢者各是所見，政本之地，齦齦而爭，如國體何？世儒嘐嘐，猥小曹參而卑丙吉，然則，虞廷云『寅恭』者非邪？」自余柄政，與公共事者六年，內奉沖聖，勤緝熙，外贊密勿，定計劃，莫逆於心，莫違於口，六年如一日也。(37)
呂調陽入閣，遞遺禮部尚書，居正便起用陸樹聲。樹聲嘉靖二十年會試第一，嘉靖中，屢掌南京翰林院、南京國子祭酒，後來召為吏部右侍郎，稱病不拜。隆慶中，再起故官，仍不就。這是一位聲望隆重的大臣，現在居然來了，居正用後輩進見先輩之禮待遇他。
七月間戶部尚書張守直、刑部尚書馬自強致仕。守直在封貢的一件事，意見和居正不一致，自強也有些不滿意，他們去了，居正便補進王國光、王之誥。王國光原來以戶部尚書，總督倉場，現在調回管部，後來在任內完成《萬曆會計錄》，是一部有關國計的著作。王之誥是居正的親家，(38)但是之誥隆慶三年總督陝西三邊軍務，進南京兵部尚書，資望久已夠了，而且卓然自守，並不附和居正，因此更得一般的推重。
諸人以外，工部尚書朱衡，左都御史葛守禮留任；朱衡在河工方面的成績，和守禮的操守，都是當時物望所歸。明朝的內閣，當然不是現代的內閣，對於閣中同僚和六部首長以及都察院的人選，首輔沒有進退的大權，但是居正對於人選的佈置，確曾費了一番苦心，而且也確曾達到自己的主張。後來他曾經自負地說：
書曰：「無侮老成人，皤皤良士，膂力既愆，我尚多有之。」宓子賤治單父，孔子使人覘之，見與老者二十餘人議政，孔子喜曰：「吾知不齊能辦單父矣。」今以幼主當陽，而朝多長者，豈非盛事乎？(39)
大政方針既經發表，中樞人選也分別確定，居正準備負起國家的重任。從隆慶六年六月起，到神宗萬曆十年六月為止，這整整的十年當中，他逐漸完成他的政治理想。在他掌握政權的期間，除了當前的政治問題以外，他還得應付三個重要的人物：第一，皇貴妃——後來的慈聖皇太后；第二，馮保；第三，神宗。這三個都是他的主人，三個人各有自己的立場，因此在應付方面，不時地發生困難，幸虧居正有他的政治天才，總算安穩度過了，但是畢竟因為沒有應付完全得當，在他身後，發生意外的波折。
皇貴妃是一個有辦法的人。居正還記得穆宗病重，馮保宣讀遺囑的時候，皇妃在帷中的口諭：
「江山社稷要緊，先生每要盡忠為國。」(40)
這是一個有決斷的呼聲。神宗即位以後，不久召居正至平檯面諭：
「皇后是朕嫡母，皇貴妃是朕生母，尊號上先生可多加幾字。」
問題立刻提出了，皇后當然尊為皇太后，但是皇貴妃也要稱皇太后！這個還不要緊，以往還可以對一位皇太后加上尊號，以示分別，但是現在辦不到了。居正疏稱：
仰稽我祖宗舊典，惟天順八年憲宗皇帝尊嫡母為慈懿皇太后，生母皇貴妃為皇太后，則與今日事體，正為相同，但於嫡母特加二宇，而於生母止稱皇太后，則尊尊親親之別也。然今恩德之隆，既為無間，則尊崇之禮，豈宜有殊？且臣居正恭奉面諭，欲兼隆重其禮，各官仰體孝思，亦皆樂為將順。今擬兩宮尊號，於皇太后之上，各加二字，並示尊崇，庶於祖制無愆，而於聖心亦慰。(41)
就這樣決定了，皇后陳氏尊稱仁聖皇太后，皇貴妃李氏尊稱慈聖皇太后，一切透露居正遷就事實的心理。居正是一個幹練的政治人才，但是他在政治方面所受的訓練，還是世宗嘉靖年間的訓練，對於皇室，永遠是那樣誠惶誠恐，有時竟不免有些阿諛附和。萬曆元年翰林院產生白燕，居正把它和內閣所開並蒂蓮花一併進獻。神宗隨即下一道手諭：
白燕、蓮花俱進獻聖母，甚是喜悅，卻獨產翰林院中，先開於密勿之地，上天正假此以見先生為社稷祥瑞，花中君子。朕賴先生啟沃，固不敢顛縱，何德之有！(42)
《明史余懋學傳》(43)稱居正進《白燕頌》《白蓮頌》。《白蓮頌》不可考，《白燕頌》大致即是《白燕曲》：
白燕飛，兩兩玉交輝，生商傳帝命，送喜傍慈闈。有時紅藥階前過，帶得清香拂繡幃。(44)
這是一篇貢諛慈聖太后的詩句。詩集中如《恭頌母德詩》：
猗欽我聖母，世德宜重光，扶天致昇平，毓聖纂靈昌，履盛彌勤恪，秉禮日矜莊。內庭政無嘩，外家恩有常，明達信如此，馬鄧豈足望？(45)
如《皇上祝聖母詩》：
女中頌德稱堯舜，膝下承歡有帝王。(46)
文集中如《神母授圖萬年永賴頌》(47)《聖母圖贊》(48)都是同樣的作品。居正受的訓練太久了，他自己無法擺脫這個形態，然而也正憑這種訓練，博得慈聖太后的好感。
馮保是司禮掌印太監，在內廷他只是一個奴才，但是正因為掌握章奏的大權，他也成為居正的主人。馮保的大權，全靠慈聖太后，所以居正更不能不結好太后，借此減輕馮保的壓迫。李太后要做功德，建涿州二橋，馮保主持，居正便有一篇《敕建涿州二橋碑文》，李太后建承恩寺、海會寺、東嶽廟、慈壽寺、萬壽寺，又是馮保主持，居正又是每一處來一篇碑文。(49)他甚至說：
臣以是益信佛氏之教，有以陰翊皇度，而我聖母慈光所燭，無遠弗被，其功德廣大，雖盡恆河沙數，不足以喻其萬分也。(50)
居正不是不曉得這是胡誑，但是他只有胡誑。隆慶初年，江西龍虎山張真人的道號革去了；萬曆五年張國祥入京，透過馮保，走通李太后的路線，復封張真人，居正無可如何，只說：
張真人事，委為過舉，初時發自慈闈，不穀未敢驟諫。(51)
居正對李太后是將順，對馮保是敷衍。正因為在太后方面，居正也得到信任，所以在居正當國的十年之中，內閣和司禮監沒有任何的衝突。馮保不是一個安分守己的人，他在北郊郊祭的時候，甚至傳呼直入，北面拈香。(52)在當時委實有些駭人聽聞，但是居正不管，他只要馮保不干政，就滿足了；他曾說：
主上雖在沖年，天挺睿哲，宮府之事，無大無小，鹹虛己而屬之於僕，中貴人無敢以一毫干預，此公在北時所親見也。僕雖不肖，而入養君德，出理庶務，鹹獨秉虛公以運之，中貴人無敢有一毫阻撓，此亦公在北時所親見也。(53)
在大體上把握住了，居正在其他方面都可以遷就。馮保引用錦衣指揮同知徐爵入宮，代閱章奏，擬詔旨；居正吩咐僕人游七和徐爵結為兄弟，以資聯絡。徐爵、游七，後來都成為炙手可熱的人物。馮保要在故鄉深州建坊，居正甚至吩咐保定巡撫孫丕揚代建。馮保自建生壙，居正便有一篇《馮公壽藏記》，稱為仁智忠遠。在記中他又說：
語曰：「人貌榮名，豈有既乎？」今以公建立，視古巷伯之倫何讓焉？誠由此永肩一心，始終弗替，雖與霄壤俱存可也，又奚俟於壽藏而後永乎？(54)
這裡在推許以外，便有一層期望。他期望馮保繼續努力，永保令名。居正身後，他的兒子懋修收集居正遺著的時候說起：
懋修謹案先父之與馮司禮處也，亦宮府相關，不得不然，謝世之後，言者用為罪端。今觀其於豫藏文，惓惓勉以令名，固非阿私賄結者。……可見先父當主少之時，於左右侍近，其調處之術，可謂深矣。不然，以先父之嚴毅，使左右不服其調處，亦將奈之何哉！苦心國事者，自當有推諒其衷者矣。
居正當國的時候，他要應付三個重要的人物，——李太后、馮保、神宗。從表面看，當然是十歲的神宗，最容易應付了，但是事實上這是最大的困難。居正身後發生種種的波折，完全因為這一方面的失敗。
神宗這時只有十歲，無論高拱當時在內閣裡怎樣說的，「十歲太子」畢竟只是「十歲孩子」。但是神宗年齡雖小，已經開始明瞭政治；他知道他是主人，然而他也知道在他沒有支配實際政治的時候，他還得受人支配，甚至對於他的支配者，還得博取應有的好感。在當國的十年之中，居正是首輔，是獨裁者，是皇帝的師傅，實際上他是神宗的支配者；神宗當然時時感到博取居正好感的必要，但是同時他也知道他是居正的主人。他對於自己的地位，正感到一種不平，他甚至要希圖報復；所以他對於居正的好感，因為自卑心理的缺陷，日後突變為對於居正的惡感。居正是一個精明不過的人，但是正因為神宗年紀太小，一切都被瞞過了。假如歷史的重演可信，我們不妨說居正和明神宗的關係，很有一些與霍光和漢宣帝的關係類似，但是正因為重演不會是完全的重演，所以還有許許多多的不同。
穆宗和他的父親世宗全不一樣，但是神宗和他的祖父便有許多類似的地方。這是所謂「隔代遺傳」。世宗十六歲即位，享國四十五年，神宗十歲即位，享國四十八年；世宗是一個全權的統治者，神宗親政以後，也是如此；世宗自嘉靖二十年以後，不親朝政，神宗中年以後，也是怠於國政。在這些方面，神宗正和他的祖父一樣，然而他也是李太后的兒子。他從母親那裡所得的是謹慎小心，是膽怯，是恭順，但是在政權到手的時候，他便知道怎樣運用。他一步不肯退讓，甚至因為滿足自己的慾望，他可以打破慣例，給對方以不必要的難堪。母親不是曾領導自己，在清晨的雨道上，走到嫡母皇后那裡去請安嗎？但是現在母親和嫡母還不是同樣的皇太后？這小小的心靈，正在遺傳的本能以外，又加上一些習得的經驗。
李太后對於神宗，正是一個最能幹、最負責任的母親。穆宗逝世以後，皇上所住的乾清宮，照理只能由皇帝住了。仁聖太后本來是住在別宮的，現在退居慈慶宮；但是慈聖太后因為神宗年幼的關係，仍舊陪著兒子住在乾清宮，直到神宗大婚為止。平時她督責兒子讀書，在書沒有讀熟的時候，便罰在地下長跪。皇帝跪在地下，還像什麼皇帝，但是這是太后的懿旨，所以他還是跪下了。在講官們講書以後，神宗回到宮中，李太后又得下令復講，當然還得復講。三、六、九這幾天，是早朝的日期，天亮還遠得很呢，一聽到五更「柝、柝」的聲音，李太后自己來了，把十歲的孩子，從睡夢矇矓中喊起，宮娥給洗過臉以後，便得趕緊坐上肩輿上朝。做皇帝真不是一份好差使，但是神宗也明白，「誰敢違背母親的意旨呢」？
居正在神宗即位以後，隨即請御日講，他和呂調陽疏稱：
臣等謬以菲陋，職叨輔弼，伏思培養君德，開導聖學，乃當今第一要務。臣居正又親受先帝顧托，追惟憑幾之言，亦惓惓以講學親賢為囑，用敢冒昧上請。今一應大典禮，俱已次第修舉，時值秋涼，簡編可親。(55)
明代皇帝的教育，一種是經筵，一種是日講。經筵是最隆重的，每月逢二的日期舉行。照例盛暑和嚴寒的時候都停止經筵，用現代術語，就是放寒假、暑假。舉行經筵的時候，勳臣、大學士、六部尚書、都御史、翰林學士等都要到齊，由翰林院春坊等官及國子監祭酒進講經史。一切的典禮很隆重，不過皇帝不御經筵，自動放假的事，不是沒有。但是神宗的最初十年，談不到自動放假。由萬曆元年規定以後，每年春講以二月十二日起，至五月初二日止；秋講以八月十二日起，至十月初二日止，不必題請。簡單說，就是上學期九講，下學期九講，都有固定的日期。
神宗的經筵，雖自萬曆元年二月起，但是隆慶六年八月間，日講就開始了。日講在文華殿舉行，不用侍衛、侍儀、執事等官，只用講讀官、內閣學士侍班。開始日講的功課，居正給神宗規定如次：
一、伏睹皇上在東宮講讀，《大學》至傳之五章，《尚書》至《堯典》之終篇。今各於每日接續講讀，先讀《大學》十遍，次讀《尚書》十遍，講官各隨即進講畢，各退。
一、講讀畢，皇上進暖閣少憩，司禮監將各衙門章奏，進上御覽，臣等退在西廂房伺候。皇上若有所諮問，乞即召臣等至御前，將本中事情，一一明白敷奏，庶皇上睿明日開，國家政務，久之自然練熟。
一、覽本後，臣等率領正字官恭侍皇上，進字畢。若皇上不欲再進，暖閣少憩，臣等仍退至西廂房伺候。若皇上不進暖閣，臣等即率講官再進午講。(56)
一、近午初時，進講《通鑒節要》，講官務將前代興亡事實，直解明白，講畢各退，皇上還宮。
一、每日各官講讀畢，或聖心於書義有疑，乞即下問，臣等再用俗說講解，務求明白。
一、每月三、六、九，視朝之日，暫免講讀。仍望皇上於宮中有暇，將講讀過經書，從容溫習。或看字體法帖，隨意寫字一幅，不拘多少，工夫不致間斷。
一、每日定以日出時，請皇上早膳畢，出御講讀；午膳畢，還宮。
一、查得先朝事例，非遇大寒大暑，不輟講讀。本日若遇風雨，傳旨暫免。(57)
這是神宗的課程表。後來《通鑒節要》講完，續講《貞觀政要》。
神宗這時還不足十歲，但是居然擔負這樣繁重的課程。他對於張居正，真是十分親近和尊崇。在這一年，居正曾經屢次說到神宗和自己的關係：
所幸主上年雖幼沖，聰睿異常，又純心見任，既專且篤，即成王之於周公，恐亦未能如是也。但自愧菲劣，不足以堪之。目前景象，似覺穆清，自今而往，惟當益積悃誠，恆存兢業，恪循軌轍，按轡徐行耳。(58)
幸主上雖在沖年，已具大有為之度，近又日御便殿講讀，因而商榷政事，從容造膝，動息必咨，僕亦得以罄竭忠悃，知無不言，言無不信。(59)
近來朝政愈覺清泰，宮闈之內，藹然如春，肅然如冬。主上銳意學問，隆寒不輟，造膝諮訪，史不殫書。(60)
隆慶六年十二月，居正進《歷代帝鑒圖說》，自稱：
謹自堯舜以來，有天下之君，撮其善可為法者八十一事，惡可為戒者三十六事。……每一事前，各繪為一圖，後錄傳記本文，而為之直解，附於其後，分為二冊，以辨淑慝。(61)
這是一種繪圖立說的故事書，對於不滿十歲的皇帝，不能不認為富有教育意義的著作。神宗在文華殿看到居正捧著這兩冊故事書，快活得站起來，忙教左右把《圖說》揭開，居正從旁指點講解。一次講到漢文帝勞軍細柳的故事，居正說：「皇上應當留意武備。祖宗以武功定天下，如今承平日久，武備日弛，不可不及早講求。」神宗聽到，只是一連地稱「是」。居正把自己整飭武備、抵禦外侮的主張，完全提出。
還有一次關於居正進講的事實，在萬曆四年二月二十九日。這一年神宗十四歲。神宗早些時在習字的時候，進講官寫好太祖的《大寶箴》作為影格，居正看見便說：
「這一篇文章，和君德治道都很關切。皇上不僅是摹寫，還要能背誦；不僅是背誦，還要能講解。」
隨後居正進《大寶箴註解》一篇。二十九日神宗在文華殿，召居正到御座面前，自己站起來，高高地舉起《大寶箴》交給居正。居正站著，神宗把全文高聲背誦一遍。背誦以後，居正再行講解，關於《大寶箴》引用的故事，神宗全明白。最後講到「縱心乎湛然之域」一句，「這不過說人應當虛心處事。」神宗說。
居正拱起兩手稱賀說：「正是虛心兩字，可以解釋這一條的意義。人心所以不虛的原故，全是因為私意的混雜。水是最清的，混了泥沙以後，水便不清；鏡是最明的，蒙上灰塵以後，鏡便不明。皇上只要涵養此心，除去私慾，和明鏡、止水一樣，自然好惡刑賞，無不公平，萬事都辦好了。」(62)
居正對於神宗，正和一位尊嚴的小學教師一樣，利用一切的機會，要把自己的學生，領上理想的境界。他看到小學生正在一步步地跟著自己邁進，心裡感覺到無限的喜悅。然而他忘去學生只是一個人，是人便有人的無限的光精，同樣也有人的必然的缺陷。何況神宗是世宗的孫子，穆宗和李太后的兒子，在他的血管裡，正動盪著倨傲，頹廢，和那委曲遷就，伺機圖逞的血液！
神宗在講官們的教導中，逐日成長了，但是小學教師的眼光裡，只看到一個馴伏聽話的學生。一次神宗朗誦論語的時候，失於檢點地竟把「色勃如也」讀作「色背如也」。在旁站著的居正厲聲說：「應當讀作『勃』字。」這一下神宗真有些「勃如」，但是居正沒有看到。
性質倔強的人，遇到壓迫的時候，常會感到非常的煩悶，成人如此，小孩子也如此。有時小孩子受到父母和師長的壓迫以後，便對弟妹發作一番；再不然，看到小狗、小貓，也得踢一腳，這是方向的移轉，發作還是發作。神宗對於居正，真是恭敬到萬分，慈聖太后要他這樣，他能不恭敬嗎？還有司禮監馮保呢！這是管理宮內一切事務的人，慈聖太后都聽他的話，自己更得聽話了，神宗稱他「大伴」，連名字都不便提，正和只稱居正為「先生」一樣。小小的心靈，對於「大伴」已是非常悚敬，何況在文華殿的時候，連「大伴」也肅然地站在那裡，自己能不用心聽話嗎？居正講到國家大事，「大伴」又那樣耳提面命地道：「『先生』是先帝托孤的忠臣，『先生』說的話，皇上要得仔細聽啊！」於是居正面上，又蒙上一重特有的莊嚴，把神宗馴服得和小羊一樣。
但是神宗時常感到異常的煩悶。十歲的時候，慈慶宮後房毀了，御史胡涍請放歸後宮宮人，內稱「唐高不君，則天為虐」。神宗大怒，要他明白回奏，經過居正再三解釋，胡涍還得到斥逐為民，永不敘用的處分。十二歲的時候，內監張進醉酒放肆，言官交章彈劾，神宗勃然大怒，認為言臣干涉宮內瑣事，完全是欺蔑皇上。(63)十四歲的時候，看到奏疏中提到江洋大盜「縛王劫印」一句，神宗震怒非常，認為撫按處罰太輕。居正說：「蓋主上恆以沖年，惡人之欺己，故以失事為可道，而以隱匿為深罪也。」(64)居正看到神宗因為自己年幼，時常痛恨諸人之相欺，但是居正沒有豫料到這和萬曆十年以後，神宗痛恨居正，是有同樣的心理根據。
經過隆慶六年的政變，居正所得的是國家的重任，同時他還得應付慈聖太后、馮保和神宗，——這三位不能輕易應付的主人。
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