嘉靖三十七年，居正曾經看到父親一面。十九年的日月了，居正從一個平凡的翰林院編修，成為當國的首輔，文明也從一個平凡的府學生，成為首輔的父親。在北京的掌握政權，在江陵的掌握利權。誰能說文明的不是呢？遼王府到手了，重行翻造，純忠堂、捧日樓都蓋好了，沙洲來了，劉總兵送來的銀子，也從瞿塘三峽下來了。快得很，李太白不曾說過嗎？「兩岸猿聲啼不住，輕舟已過萬重山」，這一位七十歲的府學生想起。其餘的，還有許多許多數不清的事件。七十歲的人，應當休息一下，但是這一家的事，交給誰呢？不錯，還有居易、居敬，但是文明究竟放心不下。居正也談起要迎養到北京，可是老年人擱不下江陵的山水，擱不下自己的姬妾，擱不下一切的家事。
萬曆三年神宗忽然問起左右的人來：「張先生的父母還在嗎？」「先生的父母已經七十幾歲了，」大家說，「還是好好的。」
神宗高興得很，吩咐準備賞賜，一面親筆寫信給居正：
聞先生父母俱存，年各古稀，康健榮享，朕心喜悅。特賜大紅蟒衣一襲，銀錢二十兩；又玉花墜七件，綵衣紗六匹，乃奉聖母恩賜：咸宜欽承，著家僮往繼之。
大致是萬曆五年夏間，文明病了，有時連走路都困難，居正準備請假省親，偏偏神宗大婚的問題來了，後來婚期決定在萬曆六年三月，居正看到暫時走不得，索性定在大婚以後再行回去。他在給王之誥的信上提起：「老父頃患甚劇，今雖暫愈，然聞動履尚屬艱難，桑榆暮景，風燭可虞。顓擬主上大婚後，乃敢乞身。(1)今定婚期於來歲三月，則陳情之舉，當在夏初矣。遙望此期，以日為歲，奈何？」(2)
文明這一年七十四歲，疾病纏綿，(3)終於在九月十三日逝世了。那時從江陵到北京，交通困難，九月二十五日，居正才得到訃聞。內閣同僚呂調陽、張四維奏明神宗，神宗頒賜御筆給居正說：
朕今覽二輔所奏，得知先生之父，棄世十餘日了，痛悼良久。先生哀痛之心，當不知何如裡！然天降先生，非尋常者比，親承先帝付託，輔朕沖幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父靈，必是歡妥，今宜以朕為念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。(4)
神宗賜銀五百兩、紵絲十表裡、新鈔一萬貫、白米二十石、香油二百斤、各樣碎香二十斤、蠟燭一百對、麻布五十匹。兩宮皇太后也是照樣賜唁。二十八日禮部奉聖旨，文明「著照例與祭葬，仍加祭五壇」，身後恤典，一切從厚。
但是重大的問題來了。明代內外官吏人等有丁憂的制度，在遇到承重祖父母、親父母的喪事，自聞喪日起，不計閏，守制二十七月，期滿起復。英宗正統七年令，「凡官吏匿喪者，俱發原籍為民」；十二年令，「內外大小官員丁憂者，不許保奏奪情起復」。「丁憂」指親喪二十七個月中，必須解職的事；期滿而後，照舊做官，稱為「起復」。在二十七個月中，由皇上特別指定，不許解職，稱為「奪情」。奪情之事，平常很少見，但是在軍隊中，尤其是在作戰的時候，原談不到「丁憂」，這一類的事，古人稱為「墨絰從戎」，又稱「金革之事不避」。在宗法社會裡面，政治就是教化，官吏就是師長；主持教化的師長，在教忠、教孝的社會裡，自己先行履行對於亡父、亡母的義務，不能不算是一種合理的行為。
居正照例咨行吏部，題請放回原籍守制。吏部隨即奉到聖旨：
朕元輔受皇考付託，輔朕沖幼，安定社稷，朕深切依賴，豈可一日離朕？父制當守，君父尤重，准過七七，不隨朝，你部裡即往諭著，不必具辭。(5)
居正九月二十五日得訃，這道不許守制的上諭，也在九月發下，一切都是四、五日間之事，沒有迴旋的餘地。本來居正奪情的事情太嚴重了，居正身後，經過神宗十年到四十八年這個很長的階段，一般人因為後來神宗對於居正的反感，無從追求正確的結論；等到神宗死後，討論可以自由的時候，奪情的經過已經成為長遠的過去，時日不清楚了，事實不清楚了，偽造的根據，曲解的現實，到處作祟。於是奪情的是非，遂成為一個謎。
據說第一個主張奪情的是戶部侍郎李幼孜，馮保主張奪情，居正也有意奪情，因此造成奪情的局勢。其實幼孜第一個提出這個呼聲，只提出時代的要求，而造成這個時代要求的，卻是居正本人。
自從隆慶六年六月，居正當國以來，這五年三個月的時間，整個國家安定了。政治上了軌道，經濟有了把握，太倉粟支十年，太僕寺積金四百餘萬；北邊的俺答屈服了，土蠻雖然沒有屈服，但是不斷地潰敗，解除了東北方的威脅；內閣裡面，安靜到沒有一點波浪，更是嘉靖、隆慶以來沒有的現象；這一切是誰的大功？居正去了，這個局面，交付那一個？徐階七十五歲了，高拱更和馮保結下生死大仇，都談不到回朝，在野的還有哪一個幹練的大臣？呂調陽是一個忠厚老實的人，他自己沒有大的抱負；張四維也許還有些才氣，但是資歷太差，而且也沒有人望，在朝的又交給誰？居正固然有三個主人，但是慈聖太后和馮保，都說不到自己掌握政權，明代根本沒有太后臨朝和宦官執政(6)的前例；至於神宗，這時才十五歲，慈聖太后還把他當小孩看待呢，更說不到自己負責。一切的形勢竟造成居正非留不可的局面。這一個局面是居正自己造成的，居正自己也看到。
其次大學士丁憂起復，不是沒有故事的。成祖永樂六年六月楊榮丁憂，十月起復。宣宗宣德元年正月金幼孜丁憂，隨即起復。四年八月楊溥丁憂，隨即起復。景帝景泰四年五月王文丁憂，九月起復。憲宗成化二年三月李賢丁憂，五月起復。這都是故事。五人之中，唯有李賢是首輔，而李賢所處的時代，是一個太平的時代，成化二年，憲宗已經二十一歲，即使李賢丁憂，也還和現在非留不可的局面，有些不同。這一切，慈聖太后、神宗、馮保，連同居正也都看到。
不許守制的上諭下來了，居正再行上疏請求，自稱「是臣以二十七月報臣父，以終身事皇上」，但是語氣並不十分堅定，他甚至說：
臣聞受非常之恩者，宜有非常之報。夫非常者固非常理之所能拘也。臣一介草茅，忝司政本，十有餘年，受先皇顧托之重，荷聖主倚毗之專，無論平日所承，隆恩異數，超軼古今，即頃者聞憂之日，兩宮聖母為臣憫惻，聖心感動，為臣淒惋，慰吊之使，絡繹道途，賻賵之賚，充溢筐篚，又蒙皇上親灑宸翰，特降璽書，中間慰藉之勤篤，勉喻之諄切，尚有溢於聖言之外者。臣伏而讀之，一字一淚，雖旁觀近聽之人，亦無不傷心酸鼻者。夫自古人臣，以忠結主，商則成湯之於伊尹，高宗之於傅說，周則成王之於公旦，漢則昭烈之於諸葛亮，其隆禮渥眷，辭命誥諭之文，載在史冊，至今可考，固未有謙抑下巽，親信敬禮，如皇上之於臣，若是之懇篤者，此所謂非常之恩也。臣於此時，舉其草芥微軀，摩頂放踵，粉為微塵，猶不足以仰答於萬一，又何暇顧旁人之非議，徇匹夫之小節，而拘於常理之內乎？且人之大倫，各有所重，使幸而不相值，則固可各伸其重，而盡其所當為；不幸而相值，難以並盡，則宜權其尤重者而行之。今臣處君臣、父子，兩倫相值，而不容並盡之時，正宜稱量而審處之者也。況奉聖諭，謂「父制當守，君父尤重」，臣又豈敢不思以仰體，而酌其輕重乎？(7)
無疑地，居正是在考慮應否守制的問題了。十月初二日奉聖旨：
卿篤孝至情，朕非不感動，但念朕昔當十齡，皇考見背，丁寧以朕屬卿，卿盡心輔導，迄今海內乂安，蠻貊率服，朕沖年垂拱仰成，頃刻離卿不得，安能遠待三年？且卿身繫社稷安危，又豈金革之事可比？其強抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委託之重，勿得固辭。(8)
奉旨以後，居正上《再乞守制疏》，十月初五日復奉聖旨：
覽奏，詞益哀懇，朕惻然不寧。但卿言終是常理，今朕沖年，國家事重，豈常時可同？連日不得面卿，朕心如有所失。七七之期，猶以為遠，矧曰三年！卿平日所言，朕無一不從，今日此事，卻望卿從朕，毋得再有所陳。(9)
神宗甚至和呂調陽、張四維說起，即使居正再上百本，亦不能准。守制的請求，已經成為僵局，居正只得再從旁面提出，他說：
仰窺皇上之心，不過以數年以來，舉天下之重，盡屬於臣，見臣鞠躬盡瘁，頗稱意指，將謂國家之事，有非臣不辦者。此殆不然也！夫人之才識，不甚相遠，顧上用之何如。臣之不肖，豈真有卓犖超世之才，奔軼絕塵之力，惟皇上幸而用之，故臣得盡其愚耳！今在廷之臣，自輔臣以至於百執事，孰非臣所引薦者？觀其器能，鹹極一時之選。若皇上以用臣之道而用諸臣，諸臣以臣心之忠而事皇上，將臣平日所稱聖賢道理，祖宗法度，此兩言者，兢兢守之，持而勿失，則固可以端委廟堂而天下鹹理。是臣雖去，猶未去也，何必專任一人，而使天下賢者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二歲，素嬰多病，昨有家人到，致臣母意，囑臣早歸。田野之人，不知朝廷法度，將謂臣父既沒，理必奔喪，屈指終朝，倚閭而望，今若知臣求歸未得，相見無期，鬱鬱懷思，因而致病，則臣之心，益有不能自安者矣。皇上方以孝養兩宮，何不推此心以及臣之母乎？(10)
神宗的聖旨又下了，他說：
朕為天下留卿，豈不軫卿迫切至情，忍相違拒？但今日卿實不可離朕左右。著司禮監差隨堂官一員，同卿子編修、嗣修，馳驛前去，營葬卿父；完日，即迎卿母，來京侍養，用全孝思。卿宜仰體朕委曲眷留至意，其勿再辭。(11)
這道聖旨，由內閣傳下，神宗再命司禮監太監何進帶去親筆諭旨：
諭元輔：朕以幼沖、賴先生為師，朝夕納誨，以匡不逮。今再三陳乞守制，於常理固盡，於先帝付託大義，豈不鮮終？況朕學尚未成，志尚未定，一日、二日萬幾，尚未諳理；若先生一旦遠去，則數年啟沃之功，盡棄之矣。先生何忍！已有旨，特差司禮監官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，來京侍養，以慰先生孝思，務要勉遵前旨，入閣辦事，豈獨為朕，實所以為社稷，為蒼生也。萬望先生仰體聖母與朕惓惓懇留至意，毋勞又有所陳。(12)
這時御史曾士楚，給事中陳三謨都上疏，請留居正了。吏部尚書張瀚奉上諭慰留居正，連忙和左侍郎何維柏商議。
「丁憂守制，」維柏說，「是天經地義的事，遷就不得的。」張瀚的宗旨決定了，索性給他一個不理。吏部司官們和尚書說，請他復奏，張瀚只是一味地裝糊塗。他說：
「大學士奔喪，應當加恩；這是禮部的事，和吏部有什麼相干！」
皇帝奪情的詔書屢次下來了，官員們正在紛紛請留居正，張瀚只是捶著胸膛歎息，他認為從此以後，綱常掃地，對於奉命慰留居正的上諭，始終置之不理。給事中王道成、御史謝思啟上疏彈劾張瀚、何維柏，其結果張瀚勒令致仕，維柏罰俸三月，一切都是十月初的事。
奪情的局勢既成，居正沒有迴旋的餘地，他只有承認了。他說：
凡朝士大夫，見者聞者，無不恫切歎頌，皆以大義責臣，謂殊恩不可以橫干，君命不可以屢抗，既以身任國家之重，不宜復顧其私。臣連日枕塊自思，且感且懼，欲再行陳乞，恐重獲罪戾。且大婚期近，先帝之所付託，與國家之大典禮，莫此為重，乃一旦委而去之，不思效一手一足之力，雖居田里，於心寧安？用是茹忍哀悰，不敢再申前請，謹當恪遵前旨，候七七滿日，不隨朝，赴閣辦事，隨侍講讀。(13)
他提出五個條件，（一）所有應支俸薪，概行辭免；（二）所有祭祀吉禮，概不敢與；（三）入侍講讀，在閣辦事，俱容青衣角帶(14)；（四）章奏具銜，准加「守制」二字；（五）仍容明年乞假葬父，便迎老母，一同來京。條件提出以後，奉聖旨：「卿為朕勉出，朕心始慰，這所奏，俱准。歸葬一節，還候旨行。」(15)
居正奪情之事，雖然是局勢造成的，但是造成這個局勢的，何嘗不是居正？張瀚勒令致仕的時候，居正還沒有承認在閣辦事，但是他已經推薦王國光繼任吏部尚書了。他和國光說：「銓衡重任，非公不足以當之。比時孤方乞歸，然不敢以去國之故，而忘謀國之心，故敢以公進。然公之忠亮，實素簡於帝心，故疏上即荷俞允，非俟孤言以為用捨也。」(16)在苫塊昏迷的當中，居正何嘗有一日忘去政權？居正稱道伊尹，(17)也許他看上伊尹以天下自任的那一點，但是以天下自任，正是熱中政權的一個解釋。
從居正十九年沒有看見文明一面的事實看來，父子之間的感情，委實已經生疏了。居正和文明中間，無論在志趣上，在事業上，都看不出一些共同的場所。十九年的日月，三千里的距離，在父子之間，造成最大的隔閡。居正當然知道丁憂只是二十七個月的請假，在這個時間以後，隨時可以起復。但是起復只是一個理論。徐階致仕了，陳以勤、李春芳致仕了，高拱、殷士儋也致仕了，除了高拱偶然一度重來以外，其餘沒有一個再看到北京的城闕。政權正和年光一樣，是不輕易回轉的。居正自從二十三歲舉進士以後，經過三十一年的政治奮鬥，才取得現在的政治地位，他怎能不留戀呢？
明朝的故事，首輔去位三日以後，次輔便把座位，從內閣的右邊遷到左邊，翰林院後輩和內閣僚屬都穿紅袍到內閣道賀。這一次他們穿紅袍到內閣來了，大家向次輔呂調陽道賀。調陽是一個老實人，他雖然沒有把座位移到左邊，但是居然接受大眾的道賀。一切增加居正的恚忿。他認識自己還沒有去位，人情已經變了，將來當真去位，那還了得！夏言、嚴嵩對於當日的政權，都曾經支付血腥的代價；以後徐階、高拱，也都經過最大的危險。現在會不會需要自己償還這一筆血債！
留戀、畏懼，這兩種強烈的情緒，佔有居正的胸中。但是最大的原因，還是他捨不得當時的國家。在自己當國的五年三個月中間，整個明朝，已經從困頓的狀態中解放出來，成為富強的國家；自己去位以後，會不會重行回到困頓中去？這一切，只為了一個十九年不曾見面的父親，代價未免太大了。居正覺得李幼孜的語句還在自己耳朵裡響著：
「皇帝沖齡，天下不可一日無相公，相公怎樣忍得回去守制呀！」
這樣他才決定辭俸守制的辦法。萬曆八年他在奏疏中說過：
臣又查得前代典禮與本朝律令，凡奪情起復者，皆居官食祿，與見任不殊。故先年大學士楊溥、李賢等，皆從服中陞官考滿，以事同見任故也。今臣乃辭俸守制，皇上原未奪臣之情，臣亦未嘗於制中起復，比之諸臣，事體原自不同。(18)
居正辭俸守制，但是神宗沒有讓他枵腹從公的道理，所以萬曆五年十月傳旨：
元輔張先生，俸薪都辭了。他平素清廉，恐用度不足，著光祿寺每日送酒飯一桌，各該衙門每月送米十石、香油三百斤、茶葉三十斤、鹽一百斤、黃白蠟燭一百支、柴二十扛、炭三十包，服滿日止。(19)
居正曾和順天巡撫陳道基談起當日的心境：
唁貺再臨，又辱別諭云云，敢不敬承雅意。但孤暫留在此，實守制以備顧問耳，與奪情起復者不同；故上不食公家之祿，下不通四方交遺，惟赤條條一身，光淨淨一心，以理國家之務，終顧命之托，而不敢有一毫自利之心；所謂或遠或近，或去或不去，歸潔其身而已。此孤之微志也。(20)
「辭俸守制」是居正發見的名辭，但是一般人目光中，只看到他不奔喪，不守制，怙權貪位。居正曾經談到「聖賢道理，祖宗法度」，這句話更引起他們的反感。《論語》是一部家喻戶曉的書，哪一個不曾讀過？在宰我提出要把三年之喪更行縮短的時候，孔子生了大氣，《論語》裡還記著：
宰我出，子曰：「予之不仁也！子生三年，然後免於父母之懷。夫三年之喪，天下之通喪也。予也，有三年之愛於其父母乎？」
孔子的邏輯，認定小孩在出身以後的三年中，全靠父母的愛護，因此在父母身死以後，應當守制三年，報答父母的恩愛。現在居正照舊入閣辦事，還說什麼守制，照舊賜酒賜飯，還說什麼辭俸？一切只是名辭的簸弄，還談什麼聖賢道理？最可恨的是負著言論責任的御史、給事中，現在不但不曾彈劾，反而陳請慰留，甘心成為權門的鷹犬！一般人正痛恨著。
萬曆五年十月初五日，天上發見彗星，從西南方直射東北，蒼白的色彩，像一道幾丈長的白虹，從尾星、箕星，越過牽牛，一直掃射到織女星。這真是一個很大的變異。不錯，荀子曾經說過：「夫日月之有蝕，風雨之不時，怪星之黨見，是無世而不常有之。上明而政平，則是雖並世起，無傷也；上暗而政險，則是雖無一至者，無益也。」(21)但是荀子的話，一般人不一定讀過，他們看到的只是這個非常的大變。彗星出見以後，神宗下詔修省。修省是一種反省的工作，皇帝要百官修省，百官當然也可以請皇上修省。第一個上疏的是翰林院編修吳中行，他說：
居正父子異地分睽，音容不接者十有九年，一旦長棄數千里外，陛下不使匍匐星奔，憑棺一慟，必欲其違心抑情，銜哀茹痛於廟堂之上，而責以訐謨遠猷，調元熙載，豈情也哉？居正每自言聖賢義理，祖宗法度。宰我欲短喪，子曰：「予也，有三年之愛於其父母乎？」王子請數月之喪，孟子曰：「雖加一日愈於已。」聖賢之訓何如也？在律，雖編氓小吏，匿喪有禁，唯武人得墨衰從事，非所以處輔弼也。即雲起復有故事，亦未有一日不出國門而速起視事者。祖宗之制何如也？事系萬古綱常，四方視聽，唯今日無過舉，然後後世無遺議，銷變之道無逾此者。
中行隆慶五年進士，是居正的門生，上疏以後，進謁老師，連同底稿也遞上了。
「這一道奏疏，」居正愕然地問道，「已經奏上了嗎？」「沒有奏上以前，不敢和老師提起的。」中行說。
中行上疏的第二天，居正另外一個門生，隆慶五年進士，現任翰林院檢討趙用賢上疏：
臣竊怪居正能以君臣之義效忠於數年，不能以父子之情少盡於一日，臣又竊怪居正之勳望積以數年，而陛下忽敗之一旦！莫若如先朝楊溥、李賢故事，聽其暫還守制，刻期赴闕，庶父子音容乖睽阻絕於十有九年者，得區區稍伸其痛於臨穴憑棺之一痛也。國家設台諫以司法紀，任糾繩，乃今嘵嘵為輔臣請留，背公議而徇私情，蔑至性而創異論，臣愚竊懼士氣之日靡，國事之日淆也。
用賢上疏的第二天，刑部員外郎艾穆，主事沈思孝又聯名上疏了。中行、用賢上疏請令居正奔喪歸葬，事畢回朝；艾穆、思孝則請令居正回籍守制。他們說：
陛下之留居正也，動曰為社稷故。夫社稷所重，莫如綱常，而元輔大臣者，綱常之表也。綱常不顧，何社稷之能安？且事偶一為之者，例也，而萬世不易者，先王之制也。今棄先王之制而從近代之例，如之何其可也？居正今以例留，腆顏就例矣，異時國家有大慶賀，大祭祀，為元輔者欲避則害君臣之義，欲出則傷父子之親，臣不知陛下何以處居正，居正又何以自處也。徐庶以母故辭於昭烈曰：「臣方寸亂矣。」居正獨非人子而方寸不亂耶？位極人臣，反不修匹夫常節，何以對天下後世？臣聞古聖帝明王勸人以孝矣，未聞從而奪之也；為人臣者移孝以事君矣，未聞為所奪也。以禮義廉恥風天下猶恐不足，顧乃奪之，使天下為人子者皆忘三年之愛於其父，常紀墜矣。異時即欲以法度整齊之，何可得耶？陛下誠眷居正，當愛之以德，使奔喪終制以全大節，則綱常植而朝廷正，朝廷正而百官萬民莫不一於正，災變無不可弭矣。
北京御史、給事中請留居正的奏疏來了，南京御史、給事中請留的奏疏來了，南京尚書潘晟也上疏請留了，偏偏居正的門生和刑部兩個屬官上疏請令奔喪，甚至請令守制。這是為的什麼？是反動的勢力，還是另外有什麼陰謀？居正正在痛恨和憤慨。外邊的風聲愈來愈緊張了。從嚴嵩時代起，凡是攻擊輔臣的，常得廷杖的處分，高拱時代不是也準備廷杖言官嗎？一切都在人們的記憶中。居正在七七以內，本來沒有入閣辦事，他在出處方面，原有周旋的餘地，神宗要留居正，便不能不給居正滿意。杖、杖、杖，唯有廷杖才是滿足居正的辦法。然而廷杖是怎樣一種處分呢？受刑未畢，隨即死在廷中的故事，大家也還記得。血腥又蕩漾起來。
禮部尚書馬自強晉謁居正，居正匍匐在孝幃裡面。自強極力為中行等解釋，他說這一群少年人，固然是年少氣盛，冒昧無知，但是他們只是為的國家，並不是有意攻擊首輔；他說皇上盛怒之下，唯有居正上疏，為他們營救，才可免去一場大禍。自強真有些黯然了。
「居喪之中，管不了外面的事，請馬尚書原諒吧。」居正匍匐著回答。
翰林院的官員們一齊上疏救援了。侍講趙志皋、張位、於慎行、張一桂、田一俊、李長春，修撰習孔教、沈懋學都具名，但是這一次上疏，只是石沉大海，一點影響也沒有。眼看吳中行等四個都要受刑了。他們焦急的了不得。新科狀元沈懋學想起居正的兒子嗣修，他寫信給嗣修，請他和居正說情，一連去了三封信，但是嗣修不敢向居正說。懋學惶急了，他知道李幼孜和居正接近，幼孜不是提倡講學的嗎？和他談一些綱常之道，一定可以生效，因此懋學又去信了。幼孜的答覆只是這幾句：「若所言，宋人腐語，趙氏所以不競也。張公不奔喪，與揖讓、征誅，並得聖賢中道，豎儒安足知之！」居正最初請求守制，現在簡直是有意不奔喪，從被動成為主動，甚至認為聖賢中道。幼孜這一番言論，更引起一般人的不滿。
廷杖的執行更加迫切了。翰林院掌院學士王錫爵約齊十幾位翰林院同僚，拜訪居正。居正托辭不見，眼看又成僵局。錫爵急了，一直奔到孝幃前面，他又向居正疏解了。他為吳中行等辯護，他請居正申救。
「聖怒太嚴重了，說不得。」居正說。
「即是聖怒嚴重，」錫爵侃侃地說，「也是完全為的相公。」
居正伏著叩頭道，「大眾要我去，偏是皇上不許我走，我有什麼辦法？只要有一柄刀子，讓我把自己殺了吧！」(22)
錫爵駭然地退出了。就這樣決定吳中行等受杖的命運。十月二十二日行刑。中行、用賢各杖六十，杖畢，拖出長安門，再用門板抬出北京。中行已經氣絕，幸虧中書舍人秦柱率領醫士把他救活，大腿上的腐肉割下幾十塊。用賢是一個胖子，總算受得起，但是大腿上割下來的腐肉有手掌大，後來他的妻索性把這塊肉風乾，留給子孫，作為傳家的教訓。在他們兩人逐出北京的時候，日講官右庶子許文穆送給中行一隻玉杯，上面鐫著幾行字：
斑斑者何卞生淚，英英者何藺生氣，追追琢琢永成器。
用賢所得的是一隻犀角杯，上面也有幾行字：
文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，寧辭碎首？黃流在中，為君子壽。
艾穆、沈思孝所受的待遇更慘了。廷杖八十以後，手足加了鐐梏，收監三日，再得到充軍的處分，艾穆遣戍涼州，思孝遣戍神電衛。艾穆、平江人，在湖南、湖北沒有分省以前，和居正算是同鄉。居正痛切地說：「從前嚴分宜(23)當國的時候，沒有同鄉對他攻擊，如今我比不上嚴分宜了。」他回想到門生和同鄉都向自己攻擊，真有些感慨系之。
氣量寬宏的大臣，遇到這個局面，用不到憤激，更談不上廷杖，爭是非本來是很平常的，為什麼要流血呢？但是明朝的政局，本來不是一個心平氣和的局面，居正也不是一位氣量寬宏的大臣。他總以為這樣便可以壓抑當時的輿論，偏偏中行等四人血流滿地，氣息僅屬的形態只激起了一個志士的憤慨。這是萬曆五年新科進士，觀政刑部的鄒元標，後來嘉宗天啟年間一位有名的大臣。元標看到廷杖以後，隨即上疏：
陛下以居正有利社稷耶？居正才雖可為，學術則偏，志雖欲為，自用太甚。其設施乖張者：如州縣入學，限以十五、六人，有司希指，更損其數，是進賢未廣也；諸道決囚，亦有定額，所司懼罰，數必取盈，是斷刑太濫也；大臣持祿苟容，小臣畏罪緘默，有今日陳言而明日獲譴者，是言路未通也，黃河氾濫為災，民有駕蒿為巢，啜水為餐者，而有司不以聞，是民隱未周也；其他用刻深之吏，沮豪傑之材，又不可枚數矣。伏讀敕諭：「朕學尚未成，志尚未定，先生既去，前功盡隳。」陛下言及此，宗社無疆之福也。雖然，弼成聖學，輔翼聖志者，未可謂在廷無人也。且幸而居正丁艱，猶可挽留，脫不幸遂捐館舍，陛下之學將終不成，志將終不定耶？臣觀居正疏言：「世有非常之人，然後辦非常之事，」若以奔喪為常事而不屑為者：不知人唯盡此五常之道，然後謂之人；今有人於此，親生而不顧，親死而不奔，猶自號於世曰，「我非常人也」，世不以為喪心，則以為禽彘，可謂之「非常人」哉？
奏疏上去兩天以後，元標廷杖八十，謫戍都勻衛。天啟年間，元標為左都御史，一次在進侍經筵的時候，跌倒下去。燕宗連忙派內官去慰問，大學士朱國祚說道：「元標在先朝，因為直言受杖，至今步履猶艱。」四十餘年的事了，這一次的廷杖，留下不滅的遺跡。元標後來也曾說過：「大臣和言官不同：言官只要風裁卓絕，大臣非大利害，即當護持國體，哪能和少年一樣地輕動？」大致他對於萬曆五年的建言，感覺到一些懊悔。萬曆十年，居正身死，次年，革除官蔭謚號，直至天啟年間，才能追復官職，那一次卻完全得力於元標的建議。
在這兩次廷杖中間，福建巡撫龐尚鵬有書到居正，為諸人營救；南京操江御史張岳上疏請令居正奔喪。西南方的彗星，還是直射到東北，蒼白色的光芒，造成萬曆五年十月間的恐怖。群臣都感覺不安，謠言好比沒有根蒂的柳絮一樣，正向四圍激盪。有的甚至說居正豫備造反，情形離奇到不成樣子。神宗的上諭又下了：
朕承天明命，為天下君，進退予奪，朕實主之，豈臣下所敢自擅。元輔張居正，受皇考顧命，輔朕幼沖，攄忠宣猷，弼成化理，以其身任天下之重，豈容一日去朕左右！茲朕體其至情，厚加恩恤，凡人子所以榮親送終之典，備極隆異，元輔孝思，已無不盡，亦不在此一行。且綱常人紀，君臣為大，元輔既受皇考付託，義不得復顧其私，為朕倚任，義不得恝然自遂。朕為社稷至計，懇切勉留，群臣都當助朕留賢，才是同心為國。叵耐群奸小人，藐朕沖年，忌憚元輔忠正，不便己私，乃借綱常之說，肆為擠排之計，欲使朕孤立於上，得以任意自恣，殊為悖逆不道，傾危社稷，大傷朕心。茲已薄示處分，用懲奸罔，凡爾大小臣工，宜各明於大義，恪共職業，共成和衷之治。如或黨奸懷邪，欺君無上，必罪不宥。欽哉，故諭。(24)
這一道鎮壓的上諭，果然奏效，不但謠諑寧靜下來，連群臣進言，也因此稍息。誰願意「乃借綱常之說，肆為擠排之計」呢？居正隨後疏稱：
今言者已詆臣為不孝矣，斥臣為貪位矣，詈臣為禽獸矣，此天下之大辱也，然臣不以為恥也。夫聖賢之學，有遁世不見是而無悶者，人臣殺其身，有益於君則為之，況區區訾議非毀之間乎？苟有以成臣之志，而行臣之忠，雖被惡名，不難受也。臣之所懼，獨恐因是而益傷皇上之心，大虧國體之重，鑿混沌未萌之竅，為將來無窮之害耳。今諸臣已被譴斥，臣不敢又救解於事後，為欺世盜名之事；前已奏稱遵諭暫出，今亦不敢因人有言，又行請乞，以自背其初心：但連日觸事驚心，憂深慮切，故敢陳其縷縷之愚。伏願皇上恢宏天地之量，洞開日月之明，察兆心仰戴之誠，憫迂儒拘攣之見，卓然自信，盡揮群疑，今後凡有言者，諒其無知，勿與較計，寧使愚臣受辱，毋致有傷聖心。仍乞鑒臣初請，俟大禮既成，放臣歸葬，則紛紛之議不俟禁諭而群喙自息矣。(25)
居正疏中雖請神宗恢宏聖度，但是居正的度量，委實亟待恢宏。假如他認識吳中行等只是「迂儒拘攣之見」，那麼為什麼不能救解於事後？為什麼認為上疏救解，只是欺世盜名之事？居正只是心地窄隘，談不上容人之量。
在七七之中，居正雖然不入閣辦事，但是對於國事，始終不曾放手，內閣的公文，一直送到孝幃批閱，十月過去，到十一月初，七七已滿，聖諭於初六日吉期，入閣辦事。這一天，文書官孫斌宣召居正到平台入見皇上。
「臣父不幸，仰荷聖恩，賜吊賜賻，」居正叩頭以後，面奏道：「又遣官治葬，恤典殊常。臣於國家，未有尺寸之功，叨此隆恩，感洞心膂。」
「先生孝情已盡了，」神宗說，「朕為社稷，屈留先生。先生只想父皇付託的意思，成全始終，才是大忠大孝。」
居正的眼淚落下了，他說：「伏奉皇上前後諭旨，委曲懇切，臣愚敢不仰體？又昔承先帝執手顧托，誓當以死圖報，今日豈敢背違？但臣賦性愚直，凡事止知一心為國，不能曲徇人情，以致叢集怨仇，久妨賢路。今日若得早賜放歸，不唯得盡父於微情，亦可保全晚節。」
「先生精忠為國的心，」神宗說，「天地祖宗知道，聖母與朕心知道。那群奸小人乘機排擠的，自有祖宗的法度治他，先生不必介懷。」
殿上沉默了半晌，神宗又繼續地說：「今日好日子，先生可就閣辦事。」(26)
居正叩頭謝恩。神宗加賞銀五十兩、綵緞四表裡、酒飯一桌；同時再著文書官孫斌送居正到閣。張文明這一死，經過幾度的波折，終於在十一月初六日，居正青衣角帶，仍回內閣辦事。
在奪情起復的中間，還有一件意外的故事。寧國府生員吳仕期聽說首輔不奔喪，認為這是人心世道的大變。也許是一種好名的衝動，也許只是衷心的刺激，他決定上疏諫止。事情還沒有做，太平府同知龍宗武知道了，立刻告給操江御史胡檟，胡檟再轉告居正。恰在此時，南方流傳海瑞《劾張居正疏》。海瑞自從隆慶四年罷官，久已回到瓊山，只因在應天巡撫任內，聲名太大，所以這篇惝恍離奇的奏疏，居然流傳一時。居正、胡檟當然知道沒有海瑞上疏的事，但是在揣摩偽疏作者的時候，大家都想到吳仕期。居正一面把胡檟的奏疏擱起。一面再和他說：
承示狂犯之獄，不勝駭異，詐傳詔旨，律有明條，彼自罹於辟，誰得而貰之！但詳其偽疏之意，不過以海君為世望人，故托之以陰鼓異類，窺竊虛名，而不知先陷於大辟之罪，所謂噴血以自污，求名而不得，可惡也，亦可哀也。近年以來，人心不正，邪說橫行，包藏禍心，欲傷善害正者何限，特斯人不幸而敗露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求黨與，其所芟除，將恐不止斯人，雖群小自作之孽，無所歸咎，然於宇宙太和之氣，得無少損乎？吾聞國君不仇匹夫，蟣虱之流，殺之不武。公若不以告我，死生唯命，不敢與聞，今既已知之，則願以解網之仁，乞之於左右。大疏特令差人停進，惟高明裁之。(27)
仕期這時已入太平府獄中，胡檟正在等待上疏的結果。居正復書來了以後，胡檟看清居正不願株連的意思，當然他再給信宗武。七天以後，仕期果然在太平獄中被笞身死。一件刑事重案就算用政治處分結束了。對於這一件事，胡檟、龍宗武都應當負責，就是居正也不免要負道義的責任，但是他最初只是不願株連，卻想不到會發生嚴重的後果。
萬曆五年十一月到了，彗星的蒼白色的光芒，還是向東北直射。就在這一月，再由神宗下詔考察京官。本來京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，舉行京察的，稱為「閏察」。武宗時代，宦官劉瑾當權的時候，閹黨吏部尚書張彩請不時考察京官，留下一個惡例，現在是居正運用這個惡例的時候了。居正本來不相信自然界的現象對於人事會有什麼關係的。他自己不曾說過嗎？「夫天道玄遠，災祥之應，皆未可知。孤嘗學此於天官氏矣，考其占驗，鹹屬茫昧。」(28)所以他假借星變的名義，舉行閏察，排除異己，不能不算是一種褊狹的行為。在這一次京察，主張維持綱常名教的調任南京禮部尚書何維柏罷職了，請令居正馳驛奔喪的南京操江御史張岳罷職了，疏救吳中行等的侍讀趙志皋，調任南京國子司業張位也罷職了。居正死後，吏部尚書楊巍疏稱「六年京察、祖制也，若執政有所驅除，非時一舉，謂之閏察，群情不服，請永停閏察。」萬曆十三年，永停閏察，便是這一次的後果。
萬曆五年九月以後，居正在百感俱集的當中，決定了兩件大事：第一是河漕機構的合併；第二是各省田畝的清丈。
明代對於河、漕的事務，最初分屬於兩個機構，河道總督專管黃河，漕運總督專管漕運。其後漕運總督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍屬河道總督。但是從淮安到茶城，借河為漕，河道總督的職權，只能管到這一段的黃河，對於河南以上的黃河，其實沒有管到，當時也沒有整理黃河上游的主張。因此河、漕兩個機構，永在摩擦的當中。這是一向的事實。萬曆四、五年間，河道總督傅希摯更和漕運總督吳桂芳不斷地爭執。五年九月，調山東巡撫李世達為河道總督。調河道總督傅希摯為陝西巡撫。居正以為有了辦法，但是隨即發現這是制度的問題，不是人的問題。十月中，再把世達調開，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳為工部尚書，兼都察院右副都御史，總理河、漕、提督軍務。(29)河、漕兩個機構，到此正式合併。六年之初，居正有信給桂芳說：
治河之役，朝廷以付託於公者甚重。……承示，恐流言之搖惑，慮任事之致怨。古人臨事而懼，公今肩巨任事，安得不為兢兢？若夫流議怨謗，則願公勿慮焉。孤淺劣無他腸，唯一念任賢保善之心，則有植諸性而不可渝者。若誠賢者也，誠志於國家者也，必多方引薦，始終保全，雖因此冒險蒙謗，亦無悶焉。顧近一、二當事者，其始未嘗不銳，至中路反為人所搖，自乖其說，或草率以塞責，或隳障於垂成。此豈廟堂不為主持而流謗之果足為害耶？子產曰：「政如農功，日夜以思之，思其始而圖其終，行無越思，如農人之有畔。」願公審固熟慮，集思廣益，計定而後發，發必期成。至於力排眾議，居中握算，則孤之責也。使孤得請而歸，後來之事，誠不可知；若猶未也，則公可無慮矣。(30)
不幸就在六年正月桂芳病死，隨後再命潘季馴為右都御史兼工部左侍郎、總理河漕，至此河、漕方面得到一個正當的解決。
明代以前，國家歲入，以賦役為大宗，賦是田賦，役是丁役。要整頓國家的收入，便要從調查田地和戶口入手。滕文公要行仁政，使畢戰問孟子，請他指示井地的辦法。孟子說：「子之君將行仁政，選擇而使子，子必勉之。夫仁政必自經界始。經界不正，井地不鈞，谷祿不平，是故暴君汙吏必慢其經界。經界既正，分田制祿，可坐而定也。」孟子這幾句話，固然透露他對於井田的理想，但是行仁政必自經界始，是一句顛撲不破的話。當時惟有把田地、丁口，調查清楚以後，人民的擔負才能平均，不至於有一部分逃避責任，另一部分加重擔負的流弊。
太祖洪武二十六年的調查；戶一千六百五萬二千八百六十，口六千五十四萬五千八百十二，田八百五十萬七千六百二十三頃。到孝宗弘治四年重行調查的時候，中間經過九十八年的休養生息，貴州又經開闢，無論丁口和田地方面，都應當有巨額的增加，但是實得的只有戶九百十一萬三千四百四十六，口五千三百二十八萬一千一百五十八，田六百二十二萬八千五十八頃。(31)這裡的結論不是丁口、田地的減少而只是擔負賦稅的丁口、田地減少了。豪門的家奴，兩京的匠役，都免除了役的義務，於是便有賣身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行賈四方，舉家舟居，調查戶口的也就無從著手。至於田地，也有撥歸王府的，也有隱托豪宗的；再不然，在治安有問題的地方，當然更談不上徵收。擔負賦稅的丁口、田地減少，一切的責任又加到其餘的人民身上，更加造成政治上的不平。萬曆五年十一月，居正疏請調查戶口、田地，凡莊田、民田、職田、蕩地、牧地，一概從實丈量，限三載竣事。(32)這一件事業的完成，在居正歸葬以後，姑且不談。萬曆九年，蕭廩為陝西巡撫，儘管詔書嚴催調查隱田，蕭廩吩咐部下只要和舊額相等，無須多報。(33)史冊流傳，以為美談。其實對於少數人的寬容，恰恰增加多數人的擔負，這一點最簡單的政治常識，當時人沒有看到，反而認為居正的主張，過於苛刻，不能不算是歷史上的怪事。
萬曆六年到了，大婚改在二月，籌備的程序，著著進行。正月間司禮監文書官邱得用口傳聖旨，奉聖母慈諭：「這大禮，還著元輔一行，以重其事。」又說：「忠孝難以兩盡，先生一向青衣角帶辦事，固是盡孝；但如今吉期已近，先生還宜暫易吉服，在閣辦事，以應吉典，出到私宅，任從其便。」大婚便得欽定問名納采使兩人：按當時的資望，正使當然是英國公張溶，副使便是居正。慈聖皇太后賜居正坐蟒、胸背蟒衣各一襲，吩咐自正月十九日起，吉服辦事。不料戶科給事中李淶上疏，認為居正有服，不宜參加吉禮，請求改命。神宗隨即諭示居正：
昨李淶說，大婚禮不宜命先生供事。這廝卻不知出自聖母面諭朕說，先生盡忠盡不的孝。重其事，才命上公元輔執事行禮。先生豈敢以臣下私情，違誤朝廷大事。先朝奪情起復的，未聞不朝參居官食祿，今先生都辭了，乃這大禮亦不與，可乎？看來今小人包藏禍心的還有，每遇一事，即借言離間。朕今已鑒明瞭，本要重處他，因時下喜事將近，姑且記著，從容處他。先生只遵聖母慈諭要緊，明日起暫從吉服，勿得因此輒事陳辭。(34)
這是正月十八日的事，經過一度疏辭以後，居正暫從吉服，照常辦事。
穆宗逝世以後，慈聖皇太后一向住在乾清宮，對於神宗，盡監護的責任。現在大婚期近，皇太后退居慈寧宮，一面諭示神宗：
說與皇帝知道，爾婚禮將成，我當還本宮，凡爾動靜食息，俱不得如前時聞見訓教，為此憂思。爾一身為天地神人之主，所繫非輕。爾務要萬分涵養，節飲食，慎起居，依從老成人諫勸，不可溺愛衽席，任用匪人，以貽我憂。這個便可以祈天永命，雖虞舜大孝，不過如此。爾敬承之，勿違。(35)
同時慈聖太后賜居正坐蟒、蟒衣各一襲、綵緞八表裡、銀二百兩，又頒慈諭：
皇帝大婚禮在邇，我當還本宮，不得如前時常常守著照管，恐皇帝不似前向學勤政，有累盛德，為此深慮。先生親受先帝付託，有師保之責，比別不同。今特申諭交與先生，務要朝夕納誨，以輔其德，用終先帝付託重義，庶社稷蒼生，永有賴焉。先生其敬承之，故諭。(36)
慈聖太后把監護的責任，完全移交居正。居正對於神宗，是擔當國事的大臣，同時也是朝夕照管的監護人。直到神宗大婚以後，居正的雙重職責，依然存在。奉到慈諭以後，居正疏稱：
茲奉誥諭，以慈駕還宮，慮看管之少疏，恐聖德之有累，委臣以師保之責，勉臣以匡弼之忠，寵錫駢蕃，開諭懇切。臣捧讀未竟，涕泗橫流。念臣昔承先帝顧托之重，既矢以為國忘家，捐軀徇主矣，其在今日，敢不益擄忠藎，圖報國恩。但內禁外廷，地勢自隔；臣謨母訓，聽納懸殊：尚冀我聖母念祖宗基業之重，天位保守之難，凡所以擁護聖躬，開導聖學者，尤望時加訓迪，勿替夙恩；臣知皇上純孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至於進盡忠言，弼成聖政，則臣分義所宜自盡者，雖微慈諭，猶當思勉，況奉教督諄諄，敢不罄竭愚衷，對揚休命，臣誠不勝感激祈望之至。(37)
大婚典禮正在進行的時候，遼東巡撫張學顏的捷報到了。土蠻約同泰寧衛速把亥進犯遼東開原，大營紮在劈山，遼東總兵李成梁得到消息，隨即出寨二百里，進搗劈山，斬敵四百三十，這便是所謂「劈山大捷」。捷報到了，神宗奏知慈聖皇太后，太后對神宗說：
「賴天地祖宗默祐，此時正爾行嘉禮之際，有此大捷，乃國家之慶，我心甚喜。元輔運籌廟謨，二輔同心協贊，才得建此奇功。我勉留張先生，這是明效。」
「聖母慈諭的是。」神宗恭敬地答覆。(38)
在大捷聲中，神宗婚禮舉行了，所娶的王皇后，後來謚為孝端皇后。大捷和大婚，對於輔臣，都有照例的賞賜，經過謙辭以後，居正兩次各受銀一百兩，綵緞六表裡，對於升蔭，仍堅辭未受。
現在是居正力援前疏，請求給假歸家葬父的時候了，但是神宗還是不允，上諭說：
卿受遺先帝，輔朕沖年，殫忠宣勞，勳猷茂著。茲朕嘉禮初成，復奉聖母慈諭惓惓，以朕屬卿，養德保躬，倚毗方切，豈可朝夕離朕左右？況前已遣司禮官營葬，今又何必親行？宜遵先後諭旨，勉留匡弼，用安朕與聖母之心，乃為大忠至孝，所請不允。(39)
居正再行上疏，辭旨非常迫切，他說：
夫盡忠所以盡孝，而死者不可復生，臣豈不知今日之歸，無益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，為之造葬，送終之禮，已為極至，臣今雖去，亦復何加，但區區烏鳥私情，惟欲一見父棺，送之歸土，以了此一念耳。若此念不遂，雖強留於此，而心懷蘊結，形神愈病，必不能專志一慮，以圖國家之事；公義私情，豈不兩失之乎？比得家信，言臣父葬期，擇於四月十六日，如蒙聖慈垂憐，早賜俞允，給臣數月之假，俟尊上兩宮聖母徽號禮成，即星馳回籍，一視窀穸，因而省問臣母，以慰衰顏。儻荷聖母與皇上洪庇，臣母幸而康健無病，臣即扶侍同來。臣私念既遂，志意獲紓，自此以後，當一心一慮，服勤終身，死無所憾。是今雖暫曠於數月，而後乃畢力於終身，皇上亦何惜此數月之假，而不以作臣終身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞憐，而不能自已者也。若謂臣畏流俗之非議，忘顧托之重任，孤負國恩，欲求解脫，則九廟神靈，鑒臣之罪，必加誅殛，人亦將不食其餘矣。(40)
這次神宗准奏了，但是因為不能遠離居正，所以限期回京，上諭說：
朕勉留卿，原為社稷大計，倚毗深至。覽卿此奏，情詞益迫，朕不忍固違，暫准回籍襄事。還寫敕差文、武官各一員護送，葬畢，就著前差太監魏朝，敦趣上道，奉卿母同來，限五月中旬到京。往回都著馳驛。該省撫、按官仍將在籍起身日期，作速差人奏報。(41)
三月初，仁聖皇太后加尊號仁聖貞懿皇太后，(42)慈聖皇太后加尊號慈聖宣文皇太后。事情都停當了。居正想起回去以後，閣中只剩呂調陽、張四維兩人，誠恐聞見有限，辦事不易，隨即疏請簡用閣臣。奉御批：「卿等推堪是任的來看。」據說居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宮內有奧援，都不敢推，最後決定推薦徐階。居正已經發信給徐階了，後來想起徐階還朝以後，官階和科第都在自己之上，自己葬畢回京，只有把首輔奉讓；所以還把這個計劃打銷。(43)揣測之詞，不甚可信。居正想起在萬曆三年八月請求增補閣員的時候，除張四維以外，曾經陪推馬自強、申時行二人，因此再行上疏，內稱：「今臣等公同評品，堪任是職，似亦無逾於二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞聖明，再加審酌。」神宗隨即批准，馬自強以禮部尚書兼文淵閣大學士，申時行升吏部左侍郎，兼東閣大學士。「俱著隨元輔等在內閣辦事。」萬曆六年的內閣，人才充實了，但是其實還只是居正一人。
自強，同州人，嘉靖三十二年進士，萬曆三年為吏部左侍郎，九月升禮部尚書，是一個老成幹練的人物。平時自強的主張，和居正不一致，所以這次入閣，自強覺得有些出於意外，因此對於居正，十分感激。時行，長洲人，嘉靖四十一年進士第一，萬曆三年為詹事府少詹事兼翰林院侍讀學士，後來升吏部右侍郎。這一位蘇州狀元，在萬曆十一年至十九年間，曾任八年有餘的首輔，此時只是後生新進，經過居正兩次推薦，所以對於居正，更是非常親近。萬曆六年的內閣，一切只是居正的局面。六年七月，調陽病重回籍，十月自強病卒，於是內閣只剩居正、四維、時行三人，一直維持到萬曆十年。
居正回籍的日期決定在三月十三日。神宗賜路費銀五百兩、紵絲六表裡，仁聖太后賜銀三百兩、紵絲六表裡，慈聖太后賜銀五百兩、紵絲六表裡。之外，神宗又給「帝繼忠良」銀印一顆，另賜手諭：
朕大禮甫成，倚毗先生方切，豈可一日相離？但先生情詞迫切，不得已，准暫給假襄事，以儘先生孝情。長途保重，到家少要過慟，以朕為念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，萬勿遲延，致朕懸望。又先生此行，雖非久別，然國事尚宜留心，今賜先生「帝繼忠良」銀記一顆，若聞朝政有闕，可即實封奏聞。(44)
司禮監太監王臻到居正宅中，口傳聖旨，著居正於三月十一日到文華殿面辭。這一天居正到文華殿，神宗在西室裡坐著。居正面奏道：
「臣仰荷天恩，准假歸葬，又特降手諭，賜路費銀兩、表裡及銀記一顆。臣仰戴恩眷非常，捐軀難報。」
「先生近前來些。」神宗吩咐道。
居正向前挪近幾步。
「聖母與朕意，原不肯放先生回，」神宗說，「只因先生情辭懇切，恐致傷懷，特此允行。先生到家事畢，即望速來。國家事重，先生去了，朕何所倚托？」
居正叩頭稱謝，又說：「臣之此行，萬非得已。然臣身雖暫違，犬馬之心實無時無刻不在皇上左右。伏望皇上保愛聖躬。今大婚之後，起居食息，尤宜謹慎。這一件，是第一緊要事，臣為此日夜放心不下，伏望聖明，萬分撙節保愛。又數年以來，事無大小，皇上悉以委之於臣，不復勞心；今後皇上卻須自家留心，莫說臣數月之別，未必便有差誤。古語說『一日、二日萬幾，』一事不謹，或貽四海之憂。自今各衙門章奏，望皇上一一省覽，親自裁決。有關係者，召內閣諸臣，與之商榷停當而行。」
「先生忠愛，朕知道了。」神宗說。
「臣屢荷聖母恩慈，以服色不便，不敢到宮門前叩謝，伏望皇上為臣轉奏。」居正說。
「知道了，」神宗說，一邊又叮嚀道，「長途保重，到家勿過哀。」
居正感動的了不得，伏地嗚咽，話也說不得了。
「先生少要悲痛。」神宗安慰他，但是神宗也嗚咽了。
居正叩頭，退出西室，在他退出的時候，聽得神宗和左右說：「我有好些話，要與先生說，見他悲傷，我亦哽咽說不得了。」(45)
一直到十六歲，神宗還是一個天真的孩子。他看到這個當國多年的老臣，長長的一綹長鬚，現在精神困憊，形容摧朽，(46)眼看又要回去，固然二三月以內，居正還要回朝，但是神宗心裡，畢竟有一點戀戀不捨。居正辭出以後，神宗再著文書官孫斌等賜居正食品八盒。慈聖太后也派慈寧宮牌子太監李旺賜居正銀八寶豆葉六十兩，途中賞人。李旺口傳皇太后聖諭道：「先生行了以後，皇上無所依托。先生既捨不得皇帝，到家事畢，早早就來，不要待人催取。」(47)
三月十三日居正出京，神宗特著司禮監太監張鯨，到郊外餞送，又賜甜食二盒、幹點心二盒。文武百官一概出郊遠送。
據王世貞的記載，居正這一次回去，真有些威風。轎子是特製的。前面是起居室，後面是寢室，兩廊一邊一個書僮焚香揮扇。三十二名轎夫抬著一架大轎，赫赫煊煊地從北京南下，一路還有薊鎮總兵戚繼光派來的銃手、箭手隨同保護，沿路巡撫和巡按御史出疆迎送，府、州、縣官跪著迎接，開路辦差，更加忙得不亦樂乎。三月十九日過邯鄲，隨後入河南界，開封城內的周王已經派人迎到界上，禮物奠品，一齊送上，居正收了奠品，其餘一概璧謝。渡過黃河，路經新鄭，高拱住在這裡，這是二十年來的舊交，六年以來的政敵。高拱有病，帶病出來迎接。他病得太厲害了，說話都不十分清楚，這兩個敵對的政治家，只有對面痛哭。居正記得上年嗣修匆匆南歸的時候，曾派他到高拱那裡問候，彼時已經聽說有病，真想不到竟是這樣地狼狽。
三十二名轎夫的膂力，就在四月初四日，把這一位首輔送到江陵了。到家以後，他有一封信給高拱：
相違六載，只於夢中相見，比得良晤，已復又若夢中也。別後歸奔，於初四日抵捨。重辱遣奠，深荷至情，存歿銜感，言不能喻。使旋，草草附謝，苦悰痛切，不悉欲言。還朝再圖一披對也。(48)
四月十六日，張文明下葬，地址在太輝山。會葬的官員有司禮監太監魏朝、工部主事徐應聘，這兩位是欽遣經營葬事的；有禮部主事曹誥，這是諭祭的；還有護送居正回籍的尚寶司少卿鄭欽、錦衣衛指揮僉事史繼書；地方官有先任湖廣巡撫、升刑部右侍郎陳瑞，撫治鄖襄都御史徐學謨及司、道等官。一切都很煊赫，也許這一位不第秀才、荊州府學生可以瞑目吧。
四月眼看過去了，神宗限定五月回朝，居正想起七十三歲的老母，經不起暑天的跋涉，只得請求寬限，準備八、九月間，天氣涼爽，扶侍老母，一同赴京。這一來可把神宗急壞了，神宗一面吩咐內閣擬旨，著太監魏朝留待秋涼，伴送張母入京，仍著居正務須於五月下旬，回閣辦事，一面另下手諭：
諭元輔張先生：自先生辭行之後，朕心日夜懸念，朝廷大政，俱暫停以待。今葬事既定，即宜遵旨早來，如何又欲寬限？茲特遣錦衣衛堂上官，繼敕催取。敕到，即促裝就道，以慰惓惓。先生老母畏熱難行，還著太監魏朝將先生父墳未盡事宜，再行經理，便候秋涼，護送先生老母同來。先生宜思皇考付託之重，聖母與朕眷倚之切，早來輔佐，以成太平之治，萬勿耽延，有孤懸望。先生其欽承之。(49)
居正還南，整個的政府機構停止下來，神宗吩咐揀重要的公事，送到江陵，其餘都待居正入京處理。次輔呂調陽感覺到有些難堪，從前有過伴食中書，自己不成為伴食大學士嗎？因此他索性請了病假，難得到內閣辦事。例行公事由張四維處辦，稍關緊要的公事，都送到江陵，聽候居正決定。得、得、得！從北京到江陵的大路上，正有無數的公文，在馬背上送來送去。
三月間，遼東又報大捷了，這是所謂「長定堡之捷」，捷報一到北京，神宗高興極了，立即告謝郊廟，感謝天地和祖宗的保祐，同時吩咐內閣大行賞繼。神宗和內閣提起慈聖太后的話：「賴天地祖宗默祐，乃國家之慶，元輔平日加意運籌，卿等同心協贊之所致也。」(50)四月十一日，神宗派兵部差官把上諭送到江陵，他還說起：「著兵部馬上差人，星夜前去與張先生看，將一應敘錄，比前再加優厚。」(51)同時呂調陽等四位大學士的信也來了，內閣的題稿，遼東的捷報，都送給居正看。這一次真是一個驚天動地的大捷，怪不得神宗高興。事情是這樣的。韃靼的武士們，大致是七、八百人吧，帶了牛羊向遼東邊界像風暴一樣地衝過來。他們口口聲聲說是投降。誰相信！韃靼的詭計多得很，這一定是詐降。遼東副總兵陶成嚳看定以後，一馬當先，率領部下的將士，也是狂風一樣地殺過去。這一次的韃靼真無用，像割草，像切菜，殺、殺、殺！一共殺去四百七十幾個韃靼，陶副總兵的刀柄濺滿了血腥，手腕也有些酸痛，看看只剩少數的敵人，哭喪著臉，狼狽地抱頭鼠竄，這才點驗人頭，三百，四百，斜斜的韃靼眼，半睜半閉地在血泊裡瞧著長定堡的青天。最奇怪的是自己的部下一些損傷也沒有！自古以來，有過這樣的勝仗嗎？這才把陶副總兵樂得忘去了殺人的疲倦。經過幾次申報以後，現在這些公文完全在江陵張府的案上。
居正沉吟了，皇上已經告謝天地祖宗，還有什麼說的！他上疏說：「竊照遼東一鎮，歲苦虜患，邇賴聖明加意鼓舞，屢奏膚功。乃今以裨將偏師，出邊遏剿，斬馘至四百七十餘級，而我軍並無損失，功為尤奇。況當嘉禮美成之會，兩月之間，捷報踵至，而今次所獲，比前更多，此誠昊穹純祐，宗社垂庥，我皇上聖武之所致也。」(52)皇上要他從優敘錄，他只有從優擬議。陶成嚳陞官，遼東總兵李成梁升蔭世襲指揮僉事。薊遼總督梁夢龍，遼東巡撫周詠升級，兵部尚書方逢時，和左、右侍郎也加俸加級，連帶內閣大學士呂調陽、張四維特加武蔭，馬自強、申時行特加文蔭，其餘照例升賞的大小官員，尚不在內。四百七十幾位韃靼武士啊，你們不是枉死的了，你們那半開半閉的眼睛，會從血泊裡看到別人得了這麼多的賞賜！
但是這一次的勝仗，未免勝得太容易，太離奇了，居正總有些不放心。他一面函囑薊遼督、撫查究，一面函詢兵部尚書方逢時。他給逢時說起：
遼左之功，信為奇特，伏奉聖諭俯詢，謹具奏如別揭。但細觀塘報，前項虜人有得罪土蠻，欲過河東住牧等語，雖其言未可盡信：然據報彼既擁七、八百騎，詐謀入犯，必有準備；我偏師一出，即望風奔潰，駢首就戮，曾未見有抗螳臂以當車轍者，其所獲牛、羊等項，殆類住牧家當，與入犯形勢不同。此中情勢，大有可疑。或實投奔之虜，邊將疑其有詐，不加詳審，遂從而殲之耳。今奉聖諭特獎，勢固難已，但功罪賞罰，勸懲所繫，萬一所獲非入犯之人，而冒得功賞，將開邊將要功之隙，阻外夷向化之心，其所關係，非細故也。(53)
居正在奏疏裡留著一句：「雖其中有投降一節，臣未見該鎮核勘詳悉。」這是一個活著。明朝是監察權高於一切的時代，遼東有巡按御史，未經核勘以前，其實算不得定局。遼東巡按安御史一經查實，隨即函告居正，這才明白真相。韃靼七、八百名武士是真的，他們因為得罪土蠻，所以攜帶牛、羊，拚命東奔，準備向朝廷投降，卻想不到遇著一位殺人不眨眼的陶副總兵，給他們一個死不瞑目。但是怎麼辦呢？天地祖宗都謝過了，恩賞一直蔭到大學士的子、孫，難道都要推翻。居正還準備息事寧人，但是口口聲聲，抱怨呂調陽等的糊塗。他和薊遼督撫說起：
向者南歸，奉聖諭遼東大捷，命孤擬議恩賞，比時心竊疑之，曾以請教，隨具一密疏入告，及孤入朝，則業已處分矣。近得安道長(54)一書，據其所訪，則與小疏一一符合，何當事諸公之不審處，一至於此也！今大賚已行，固難追論，但賞罰勸懲所繫，乖謬如此，殊為可恨。謹錄疏稿及安君書奉覽，幸惟秘存。(55)
這是萬曆六年居正還朝以後的事。不久，給事中光懋上奏，指實陶成嚳殺降要功，請求治罪，並請將大學士，兵部尚書、侍郎及薊遼總督、遼東巡撫、總兵恩賞一併剝奪。這真是一個有力的奏疏，事情已經揭開，當然只有徹查。居正立即函致巡按御史，切實說起：
去歲，承示長定事，鄙意以其事已成，可置勿論矣，不意該科又有此疏，已奉旨並勘。今惟當據實分別真偽，以俟宸斷，量其虛實大小，以為予奪厚薄。明主懸衡鑒以裁照，決不致有枉抑也。辱示事情，一一領悉。去歲之事，不榖到京，聞人言嘖嘖，不獨執事言之，今雖欲曲隱，而人之耳目，可盡塗乎？近日彼中督、撫書來，又言執事雲，見不榖奏對稿中，有投降等語，不敢具核冊，須使人密探而後行者。此必執事畏諸人之怨恨而托之不榖以自解也。然執事有糾察之責，為朝廷明功罪，慎賞罰，何嫌何畏，惟當核實，作速勘明，則公諭自昭，人心自定矣。(56)
經過居正的支持以後，安御史的奏疏來了，一切和光懋的話一樣。兵部尚書和薊遼督、撫還在設法隱飾，但是事情已經隱飾不來了。最後的結果，內閣、兵部、督、撫、總兵的恩賞一齊革除。居正在萬曆七年曾經說起：「賞、罰明當，乃足勸懲，未有無功幸賞，而可以鼓舞人心者！」又說：「近日遼左虛冒功級，雖督、撫、大將，已降之恩皆追奪。」(57)經過這一番整飭，韃靼武士們可以瞑目了。
居正這一次的作風，真有些操切，莫說已降之恩一概革奪，似乎不近人情，最初報捷的梁夢龍，題請的方逢時，擬旨的呂調陽等，不感覺難堪嗎？這裡有的是內閣多年的同僚，心腹相共的朋友，和一手提拔的門生，然而居正顧不得，在為朝廷整飭綱紀的前提下面，居正不顧私人的關係。國家賞罰倒置，還成什麼國家，居正在這方面，當然有他的決心。
話又說回來了，在文明葬事既畢以後，居正又匆促地準備入京。從前人說：「身在江湖，心在魏闕」，正是居正這時的心境。御史周友山給他的信上，說他「戀」。居正坦然地答覆道：
孤之此行，本屬初意，今荷聖慈特允，獲遂夙行，所謂求仁而得仁也。他何知焉？茲奉翰示，「戀之一字，純臣所不辭。今世人臣，名位一極，便各自好自保，以固享用。」至哉斯言，學者於此，能確然自信，服行勿失，便可為天地立心，為生民立命，為萬世開太平，非譾見該聞所可窺也。(58)
「戀」是不肯放棄。在古代的政治術語上，不肯放棄成為一種罪惡，所以罵人久於祿位，說他「戀位」，「戀棧」。在「戀」字的意義，經過這樣地轉變以後，政治界最高超的人生觀，便是那優遊不迫、漠不關心的態度。做小官的說是「一官如寄」，做大官的便想「明哲保身」。至於國家的事，倘使有人在那裡切實負責，那麼，罵他一聲「戀位」，背後也可以指手劃腳，詛咒「俗吏」；倘使沒有人負責，那麼，也好，天下事自有天下人負責，風雅的官長們不妨分韻賦詩，何必管這麼多的俗務？居正對於「戀」字，直認不諱，正在那裡提倡當時政治界的一種新人生觀。
在辭別老母和吩咐司禮太監魏朝護送太夫人秋季入京以後，居正又從江陵出發了。從此以後，他再沒有看到江陵。三十二人的大轎，在五月二十一日，仍向北京開拔。但是夏天的道路，經過淫雨以後，更不易走，眼看五月的入京的限期無法遵守，居正只得再請寬限道：「臣已於本月二十一日，更服墨縗，星馳就道。伏念臣違遠闕庭，已逾兩月，今恨不能一蹴即至，仰覲天顏。但臣原籍去京師，幾三千里，加以道途霖潦，每至迍邅，哀毀餘生，難勝勞頓，今計五月中旬之限，已屬稽違，私心惶惶，不遑寧處。除候到京之日，伏稿待譴外，謹先奏知，以仰慰聖母、皇上懸念。尤冀聖慈曲垂矜憫，特寬斧鉞，稍假便宜，俾孱弱之軀，獲免困僕，裂肝碎首，殺不敢辭。臣無任惶悚隕越之至。」這一奏疏上去，神宗下諭：
覽奏，知卿已在途，朕心慰悅。炎天遠道，宜慎加調攝，用副眷懷，便從容些行不妨。(59)
居正還京的行程，因此從容下來。路過襄陽，襄王出城迎接；以後再過南陽，唐王也同樣迎接。明朝的故事，臣民遇見藩王，都行君臣之禮，但是現在不同了，只行賓主之禮。從南陽向北，不久便到新鄭。居正再去訪問高拱，這一次高拱更頹唐了。居正到京以後，還去過一次信：
比過仙裡，兩奉晤言，殊慰夙昔，但積懷未能盡吐耳。承教二事，謹俱祗領。翁第專精神，厚自持，身外之事，不足縈懷抱也。初抵京，酬應匆匆，未悉鄙悰，統容專致。(60)
這是他們最後一次的見面了。所說二事，大致是指高拱立嗣，和身後請求恤典的事。高拱的暮年真淒涼，六十幾歲的人了，連嗣子還沒有確定；身後的恤典，一切還得仰仗自己的政敵。立嗣是高家自己的事，恤典畢竟要由居正維持，在這方面，居正沒有忘去多年的交誼。
從新鄭北上，渡過黃河，六月十五日未時以後，居正到達北京郊外真空寺，神宗已經派司禮監太監何進在那裡賜宴。本來在居正上疏請求寬限以後，皇上固然盼切，內閣、六部、都察院、各寺、六科，連同南京部、院、寺、科，聯名請求催促居正還朝。現在果然到了，皇上派員設宴，兩宮皇太后也派管事太監賜銀八寶，賜金錢、川扇，賜點心、果餅、鮮果、清酒。何進口傳聖旨：
若午時分進城，便著張先生在朝房伺候，朕即召見於平台。若未時分進城，著先生徑到宅安歇，次日早，免朝召見。(61)
十五日來不及入朝，居正回宅安歇。第二天十六日是早朝的日期，上諭免朝，神宗到文華殿，仍在西室召見居正。
「臣以前者蒙恩准假葬父，」居正叩頭道，「事竣，臣母老，未能同行，又蒙聖恩，特留司禮監太監魏朝，候秋涼伴行。臣一門存歿，仰戴天恩，不勝感切。」
「先生此行，忠孝兩全了。」神宗說。
「臣一念烏鳥私情，若非聖慈曲體，何由得遂？感恩圖報之忱，言不能宣，唯有刻之肺腑而已。」居正說。
神宗安慰居正說：「暑天長路，先生遠來辛苦。」
居正叩頭謝恩，一面又請求違限之罪。
神宗把請罪的事擱下，只說：「朕見先生來，甚喜。兩宮聖母亦喜。」
「臣違遠闕庭，倏忽三月，」居正慨然地說，「然犬馬之心，未嘗一日不在皇上左右。不圖今日重睹天顏，又聞聖母慈躬萬福，臣不勝慶忭。」
「先生忠愛，朕知道了。」神宗說。經過一度停頓以後，神宗又問：「先生沿途，見稼穡何如？」
居正奏明往來道路所經畿輔，河南地方，二麥全收，秋禾茂盛，實豐登之慶。
神宗又問道：「黎民安否？」
「各處撫、按、有司官來見，臣必仰誦皇上奉天保民至意，諄諄告誡，令其加意愛養百姓。凡事務實，勿事虛文。臣見各官兢兢奉法，委與先年不同。以是黎民感德，皆安生樂業，實有太平之象。」居正說。
「今邊事何如？」皇上又關心地問道。
「昨在途中見山西及陝西三邊督、撫、總兵官，俱有密報，說虜酋俺答西行，為挨落達子所敗，損傷甚多，俺答僅以身免。此事雖未知虛實，然以臣策之，虜酋真有取敗之道。夫夷、狄相攻，中國之利，此皆皇上威德遠播，故邊境乂安，四夷賓服。」居正又在下面叩頭稱賀了。
神宗說：「此先生輔佐之功。」
居正看定這是一件重大的事件，所以愈說愈高興，連古代那些聖王之道，都說上了，語句中間，也越發文縐縐的。他說：「虜首若果喪敗，其運從此當日衰矣。但在我不可幸其敗而輕之。蓋聖王之制夷狄，惟論順逆，不論強弱：若其順也，彼勢雖弱，亦必撫之以恩；若其逆也，彼勢雖強，亦必震之以武。今後仍望皇上擴並包之量，廣復育之仁，戒諭邊臣，益加恩義。彼既敗於西，將依中國以自固，又恐乘其敝而圖之。若我撫之，不改初意，則彼之感德益深，永為藩籬，不敢背叛，此數十年之利也。」
神宗聽到這一篇議論，很高興地點頭道：「先生說的是。」停了一下以後，又說：「先生沿途辛苦。今日見後，且在家休息十日了進閣。」
居正叩頭稱謝，神宗賜銀一百兩、紵絲六表裡、新鈔三千貫，還有兩隻羊、兩瓶酒，連帶茶飯一桌，燒割一分。神宗又差司禮太監張宏，引導居正到慈慶宮、慈寧宮叩謝兩宮皇太后。
居正回內閣辦事之先，第一還得辦自己的事。在居正葬父的時候，湖廣的大官都來會葬，偏偏湖廣巡按御史趙應元沒有到。應元自稱出差已滿，正在襄陽和新任巡按郭思極辦理交代，所以不能來。理由儘管舉得出，但是居正總有一點不舒服。應元巡按事畢，照例當回都察院聽候考察。明朝是一個重視監察權的時代，巡按御史當然有巡按御史的本分；但是中期以來，把這個聽候考察的故事，視為具文的，不止一人，在逐漸鬆懈的局面下，這並不是意外。應元告了病假，回籍養病，沒有回院。都察院左都御史陳烗是主管官，負有整頓紀綱的責任，立即提出彈劾，認為托病規避，應予罷斥。應元隨即受到除名的處分。這是居正還朝以前的事。但是問題來了。據說這一次陳烗提出彈劾，受了僉都御史王篆的指使，王篆是居正的門客，平時和應元不睦，現在更要討好居正，以致挑逗出這一個局面。於是事情又集中到居正身上。戶部員外郎王用汲上疏攻擊陳烗，但是主要的對象還是居正。他說：
陛下但見烗論劾應元，以為恣情趨避，罪當罷斥，至其意所從來，陛下何由知之？如昨歲星變考察，將以弭災也，而所挫抑者，半不附宰臣之人：如翰林習孔教則以鄒元標之故；禮部張程則以劉台之故；刑部「浮躁」，獨多於他部，則以艾穆、沈思孝而推戈；考後劣轉趙志皋，又以吳中行、趙用賢而遷怒。蓋能得輔臣之心，則雖屢經論列之潘晟，且得以不次蒙恩；苟失輔臣之心，則雖素負才名之張岳，難免以「不及」論調。臣不意陛下省災塞咎之舉，僅為宰臣酬恩報怨之私；且凡附宰臣者，亦各藉以酬其私，可不為太息矣哉！孟子曰：「逢君之惡其罪大。」臣則謂逢相之惡，其罪更大也。陛下天縱聖明，從諫勿咈，諸臣熟知其然，爭欲碎首批鱗以自見。陛下欲織錦綺，則撫臣、按臣言之；欲采珍異，則部臣、科臣言之；欲取太倉光祿，則台臣、科臣又言之：陛下悉見嘉納，或遂停止，或不為例。至若輔臣意之所向，不論是否，無敢一言以正其非，且有先意結其歡，望風張其焰者，是臣所謂逢也。今大臣未有不逢相之惡者，烗特其較著者爾。以臣觀之，天下無事不私，無人不私，獨陛下一人公耳。陛下又不躬自聽斷，而委政於眾所阿奉之大臣，大臣益得成其私而無所顧忌，小臣益苦行私而無所訴告，是驅天下而使之奔走乎私門矣！陛下何不日取庶政而勤習之，內外章奏，躬自省覽，先以意可否焉，然後宣付輔臣，俾之商榷，閱習既久，智慮益弘，幾微隱伏之間，自無逃於天鑒。夫威福者陛下所當自出，乾綱者陛下所當獨攬，寄之於人，不謂之旁落，則謂之倒持；政柄一移，積重難返，此又臣所日夜深慮，不獨為應元一事已也。
用汲這次奏疏，完全是對準居正的。在他上疏的時候，居正還沒有回朝，內閣諸人，呂調陽在病假中，張四維擬旨，用汲革職為民。居正六月十五日入京，十六日召見，事後會見張四維、馬自強、申時行，知道事情原委，這才調出用汲原疏細看。不看猶可，看了增加不少的憤慨。居正隨即上疏請求鑒別忠邪。他指明用汲微意所在，只在居正一人；他說用汲的本心，只在離間君臣；他甚至說用汲請皇上獨攬乾綱，只是要皇上為剛愎自用之秦始皇，讒害忠良之隋文帝。然後他慨然地說起：
夫國之安危，在於所任，今但當論輔臣之賢不賢耳。使以臣為不肖耶，則當亟賜罷黜，別求賢者而任之。如以臣為賢也，皇上以一身居於九重之上，視聽翼為，不能獨運，不委之於臣而誰委耶？先帝臨終，親執臣手，以皇上見托，今日之事，臣不以天下自任而誰任耶？羈旅微賤之臣，一旦處百僚之上，據鼎鉉之任，若不得明主親信委用，又何以能肩知負重，而得有所展佈耶？況今各衙門章奏，無一不經聖覽而後發票，及臣等票擬上進，亦無一不請聖裁而後發行，間有特出宸斷，出於臣等智慮所不及者：今謂皇上漫不經意，一切委之於臣，何其敢於厚誣皇上耶？臣自受事以來，排赤心以盡忠帝室者，神明知之矣。賴我皇上神聖，臣得以少佐下風，數年之間，紀綱振舉，百司奉職，海內之治，庶幾小康，此市人田夫，所共歌頌而欣慶者也。今乃曰，「人人盡私，事事盡私」，又何顛倒是非一至此耶？然用汲之言如此也，而意不在此也，其言出於用汲也，而謀不止於用汲也。緣臣賦性愚戇，不能委曲徇人，凡所措畫，惟施一概之平；法所當加，親故不宥，才有可用，疏遠不遺；又務綜核名實，搜剔隱奸，推轂善良，摧抑浮競；以是大不便於小人，而傾危躁進之士，游談失志之徒，又從而鼓煽其間，相與慫恿攛嗾，冒險釣奇，以覬倖於後日，為攫取富貴之計，蓄意積慮，有間輒發；故向者劉台為專擅之論，今者用汲造阿附之言。夫專擅阿附者，人主之所深疑也，日浸月潤，鑠金銷骨，小則使臣冒大嫌而不自安，大則使臣中奇禍而不自保。明主左右，既無親信重臣，孤立於上，然後呼朋引類，借勢乘權，恣其所欲為，紛更變亂，不至於傾覆國家不已。此孔子所以惡利口，大舜所以疾讒說也。臣日夜念之，憂心悄悄，故敢不避煩瀆，一控於聖明之前，遂以明告於天下之人：臣是顧命大臣，義當以死報國，雖赴蹈湯火，皆所不避，況於毀譽得喪之間！皇上不用臣則已，必欲用臣，臣必不能枉己以徇人；必不能違道以干譽；台省紀綱，必欲振肅；朝廷法令，必欲奉行；奸宄之人，必不敢姑息，以撓三尺之公；險躁之士，必不敢引進，以壞國家之事；如有捏造浮言，欲以熒惑上聽，紊亂朝政者，必舉祖宗之法，請於皇上，而明正其罪。此臣之所以報先帝而忠皇上之職分也。尤望皇上大奮乾斷，益普高明，大臣之中，有執法奉公如陳烗者，悉與主持裁斷，俾得以各守其職業而無所畏忌，則國是不移而治安永保矣。臣誠不勝懷忠奮義，憤發激切之至。(62)
奏疏上去以後，奉上諭：
朕踐祚之初，方在沖幼，賴卿受遺先帝，盡忠輔佐，以至於今，紀綱振肅，中外乂寧，此實宗社之靈，所共昭鑒。唯是奸邪小人，不得遂其徇私自便之計，假公伺隙，肆為讒譖者，纍纍有之。覽奏，忠義奮激，朕心深切感動。今後如再有訛言侜張，撓亂國是的，朕必遵祖宗法度，置之重典不宥。卿其勿替初心，始終輔朕，僅臻於盛治，用副虛己倚毗至懷。(63)
居正這次上疏，是一篇獨裁者政治立場的宣言。居正有綜核名實、整頓綱紀的決心；同樣也有修明庶政、安定內外的能力：然而居正採取的政治路線，在當時不是平常的政治路線。他曾經希望穆宗實行獨裁政治，現在付諸實行，獨裁者便是他自己。居正的路線，實際是從一般的君主政治走向獨裁政治，但是對於這一點，居正自己沒有意識到。他只覺得這是「報先帝而忠皇上之職分」。其實他那種「皇上以一身居於九重之上，視聽翼為，不能獨運，不委之於臣而誰委耶」的口吻，從神宗聽來，未必怎樣悅耳。當然，十六歲的皇帝，談不到和居正爭權，但是事態正在逐日地演變，神宗也正在逐日地長大。獨裁者和君主的對立，成為必不可免的結果。假使萬曆十年，居正不死，我們很難推測他的前途，而居正一死，神宗立即成為他的最大的敵人，從政治關係看，正是最易理解的現象。這一切，在萬曆初年，神宗、居正都沒有看到；而劉台、王用汲這一流人只覺得居正太專擅了，希望神宗給他一些應有的制裁。
九月間，居正母趙夫人入京。司禮太監魏朝一直伴送到京，神宗又命司禮太監李佑出郊慰勞，隨即護送趙夫人直至居正私宅。兩宮皇太后都派宮中管事太監一同慰勞。不久以後，皇上和太后的賞賜頒下了。皇上賜金累絲鑲嵌青紅寶石長春花頭面一副，銀八寶豆葉一百兩、紅紵絲蟒衣一匹、青紵絲蟒衣一匹、紅羅蟒衣一匹、青羅蟒衣一匹、裡絹四匹、甜食二盒。仁聖皇太后賜金累絲首飾一副、織金閃色紵絲六表裡、葷素盒八副。慈聖皇太后賜金累絲鑲嵌青紅寶石珍珠花頭面一副，珍珠寶石環一雙，紅羅蟒衣一匹，青公絲蟒衣一匹，紅綢蟒衣襖兒、綠膝襴裙一套，青紵絲蟒衣襖兒、綠紵絲暗花裙一套，銀八寶豆葉三包、每包二十兩，葷素盒八副。居正感激涕零，在上疏稱謝的時候，說起：
驚傳閭巷，榮感簪紳，實臣子不敢覬之殊恩，亦載籍所未聞之盛事。欲酬高厚，唯當移孝以作忠，苟利國家，敢惜捐軀而碎首。(64)
趙夫人年齡太高了，而且疾病連綿，沒有入宮叩謝，仍由居正至會極門叩頭代謝。(65)王世貞說神宗和皇太后慰諭居正母子，幾用家人禮，假如趙夫人入宮，這是很可能的待遇。
居正的感激，在書續中時常流露。五年十月，他和致仕的王崇古說起：
別來一歲中，奔命驅馳，憂瘁萬狀，重蒙聖主垂念烏鳥私情。老母入京，又荷兩宮聖母慰問勤惓，賜賚優渥，夫士感知己之分，一飯之恩，猶欲以死酬報，況如不肖者，將何以仰答聖恩於萬一乎？自是當永肩一心，矢死靡他，雖舉世非我，亦有所不暇顧矣。(66)
在居正歸葬、入京的中間，曾經兩次和高拱會晤。到十月間，高拱死了。隆慶六年和萬曆之初，政治界的三大人物是徐階、高拱和張居正。徐階是前輩，隆慶元年，年六十四歲，他已經開始感覺到政治生活的厭倦，所以不久便致仕了，剩下高拱、居正。他們是多年的朋友，六年的政敵。在能力方面，他們正是敵手，在性情方面，他們也許有一些不相同，但是這僅是很幾微的一點，在大體上，他們是一致的。這樣的兩個人物，倘使在同一的局面裡，他們必然會從摩擦而衝突；但是在不同的局面裡，他們也許會從瞭解而傾慕。隆慶六年六月以後，高拱失敗了，他好比一匹負傷的猛獸，回到草莽間呻吟，他那部《病榻遺言》，對於居正加以攻擊，原在意中。但是居正對於高拱的情感，從隆慶六年到萬曆六年，正在不斷地移轉，道過新鄭的訪問，流露出內心的好感，在他目中只看到一位二十年的舊交。現在高拱死了，居正寫信給他的弟弟，談到恤典的事：
三十年生死之交，一旦遂成永隔，刺心裂肝，痛何可言？猶幸比者天假其便，再奉晤言，使孤契闊之悰，得以少布，而令兄翁亦遂長逝而無憾也。今嗣繼既定，吾契且忍痛抑哀，料理家事，至於恤典諸事，須稍從容，俟孤於內廷多方調處，俾上意解釋，孤乃具疏以請。旦夕有便，當告之貴省撫、按，托其具奏報也。(67)
高拱的嗣子務觀確定了，恤典還沒有把握。居正是高拱的政敵，但是居正始終沒有仇視高拱。仇視高拱的馮保，也還有轉圜的餘地：最困難的是這一位「十歲孩子」。居正所謂「多方調處」者指此。最後決定由高拱妻張夫人上疏請求恤典，果然神宗拒絕了。
居正這才委婉上疏：
看得高拱賦性愚戇，舉動周章，事每任情，果於自用，雖不敢蹈欺主之大惡，然實未有事君之小心，以此誤犯天威，死有餘戮。但伊昔侍先帝於潛邸，九年有餘，犬馬微勞，似足以少贖罪戾之萬一。皇上永言孝思，凡先帝簪履之遺，猶不忍棄，況系舊臣，必垂軫念；且當其生前，既已寬斧鉞之誅，今值歿後，豈復念宿昔之惡？其妻冒昧陳乞，實亦知皇仁天復，聖度海涵，故敢以匹婦不獲之微情，仰干鴻造也。……夫保全舊臣，恩禮不替者，國家之盛典也，山藏川納，記功忘過者，明主之深仁也：故臣等不揣冒昧，妄為代請，不獨欲俯存閣臣之體，實冀以仰成聖德，覃布鴻施，又以愧死者，勸生者，使天下之為臣子者，皆知竭忠盡力，以共戴堯舜之君也。(68)