萬曆三年遼東大捷，遼東巡撫張學顏還沒有奏報的時候，巡按御史劉台的捷奏先到北京。從程序上說，這是一種手續的錯誤。然而不僅是錯誤，這是越權。巡按既可越權，巡撫便可卸責，對於封疆大事，當然發生不良的影響。從「綜核名實」的立場看來，這是一個不能容許的錯誤。因此居正擬旨嚴加申斥。居正記得就在這一年，三邊總督石茂華，曾因御史督戰太急，魯莽進兵，以致受到不小的挫敗。自己還曾去信誥誡過：「今之時政，與先年異。公受分陝之寄，凡事當守便宜，謀定而後發，亦不必汲汲求解於群議也。」(1)居正認定邊疆督、撫，不應受御史的牽掣。
劉台也有劉台的看法。遼東巡按御史固然是御史，但是張學顏是右副都御史、巡撫遼東地方，也是御史。明代官制的演變，形成監察權高於一切的狀態。地方長官文的有布政使司左布政，右布政；武的有都指揮使司都指揮使，以及鎮守衝要的總兵官：這是最初的官制。但是後來添了巡按以及巡撫和總督。巡按、督、撫雖然各有疆域，但是他們只是都察院的官，不是地方官。他們的官階不一定高，但是地方官不能不受他們的節制，這是監察的權威。劉台看到同是代表監察權的中央官，為什麼一個可以調度軍隊，一個連報捷都不可呢？所以他的捷奏還是發出去。
但是在法制上，巡按和巡撫究竟不同。英宗正統四年巡按御史出巡事宜有這樣的規定：「總兵、鎮守官受朝廷委任以防奸禦侮，凡調度軍馬，區劃邊務，風憲官皆無得干預。」所以巡按不得過問軍事，曾有明文的規定。遼東巡撫的全銜是「巡撫遼東地方，贊理軍務」，因此調度軍隊，正是巡撫的職權。一切都有法制的依據。明代巡撫和巡按的職權最容易混淆，居正對於這一點，時時感覺到有糾正的必要。萬曆九年他說過：
竊謂撫、按職掌不同，政體亦異。振舉綱維，察舉奸弊，摘發幽隱，繩糾貪殘，如疾風迅雷，一過而不留者，巡按之職也。措處錢糧，調停賦役，整飭武備，撫安軍民，如高山大河，奠潤一方而無壅者，巡撫之職也。近來撫、按諸君，不思各舉其職，每致混雜，下司觀望，不知所守，以故實惠不流。至於直指使者，往往捨其本職，而侵越巡撫之事，違道以干譽，徇情以養交，此大謬也。(2)
居正認為封疆大吏，不應受到牽掣，在法制有成規，在事理有根據，不能不認為正確。假如我們想到萬曆四十七年，楊鎬經略遼東，因為受到兵科給事中趙興邦紅旗督戰的迫蹙，以致倉皇進兵，造成遼東空前大敗的事實，我們更不能不承認居正的主張。
劉台經過這一次嚴旨申斥，充滿怨憤，就在萬曆四年正月上疏彈劾居正。這是居正當國以來所受的第一次打擊，也是他平生所受的最大的打擊。原疏如次：
臣聞進言者皆望陛下以堯、舜，而不聞責輔臣以皋、夔。何者？陛下有納諫之明，而輔臣無容言之量也。高皇帝鑒前代之失，不設丞相，事歸部、院，勢不相攝而職易稱。文皇帝始置內閣，參預機務，其時官階未峻，無專肆之萌。二百年來，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大學士張居正偃然以相自處，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。諫官因事論及，必曰：「吾守祖宗法！」臣請即以祖宗法正之。
祖宗朝，非開國元勳，生不公，死不王。成國公朱希忠，生非有奇功也，居正違祖訓，贈以王爵。給事中陳吾德一言而外遷，郎中陳有年一爭而斥去。臣恐公侯之家，布惠厚施，緣例陳乞，將無的極。祖宗之法若是乎？
祖宗朝，用內閣、塚宰，必由廷推。今居正私薦用張四維、張瀚。四維在翰林，被論者數矣，其始去也，不任教習庶吉士也。四維之為人也，居正知之熟矣，知之而顧用之，夫亦以四維善機權，多憑借，自念親老，旦暮不測，二、三年間謀起復，任四維其身後托乎！瀚生平無善狀，巡撫陝西，贓賄狼藉，及驟列銓衡，惟諾若簿吏，官缺必請命。所援引者非楚人親戚知識，則親戚所援引也，非宦楚受恩私，則恩故之黨助也。瀚惟日取四方小吏，權其賄賂，而其他則徒擁虛名。聞居正貽南京都御史趙錦書，「台諫無議及塚宰」：則居正之脅制在朝言官，又可知矣。祖宗之法如是乎？
祖宗朝，詔令不便，部臣猶訾閣擬之不審。今得一嚴旨，居正輒曰：「我力調劑，故止是。」得一溫旨，居正又曰：「我力請而後得之。」由是畏居正者甚於畏陛下，感居正者甚於感陛下。威福自己，目無朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，台、省奏陳，部、院題復，撫、按奉行，未聞閣臣有舉劾也。居正令撫、按考成章奏，每具二冊，一送內閣，一送六科：撫按延遲則部臣糾之，六部隱蔽則科臣糾之，六科隱蔽則內閣糾之。夫部院分理國事，科臣封駁奏章，舉劾其職也。閣臣銜列翰林，止備顧問，從容論思而已。居臣創為是說，欲脅制科臣，拱手聽令。祖宗之法若是乎？
至於按臣回道考察，苟非有大敗類者，常不舉行，蓋不欲重挫抑之。近日御史俞一貫以不聽指授，調之南京，由是巡方短氣，莫敢展佈。所憚獨科臣耳，居正於科臣，既啖之以遷轉之速，又恐之以考成之遲，誰肯捨其便利，甘彼齮齕，而盡死言事哉？往年趙參魯以諫遷，猶曰外任也；余懋學以諫罷，猶曰禁錮也；今傅應禎則謫戍矣，又以應禎故，而及徐貞明、喬巖、李禎矣。摧折言官，仇視正士，祖宗之法如是乎？
至若為固寵計，則獻白蓮、白燕，致詔旨責讓，傳笑四方矣；規利田宅，則誣遼王以重罪而奪其府地，今武岡王又得罪矣；為子弟謀舉鄉試，則許御史舒鰲以京堂，布政施堯臣以巡撫矣，起大第於江陵，費至十萬，制擬官禁，遣錦衣官校監治，鄉郡之脂膏盡矣；惡黃州生儒議其子弟幸售，則假縣令他事，窮治無遺矣；編修李維楨偶談及其豪富，不旋踵即外斥矣。蓋居正之貪，不在文吏而在武臣，不在內地而在邊鄙。不然，輔政末幾，即富甲全楚，何由致之？宮室、輿馬、姬妾、奉御，同於王者，又何由致之？在朝臣工，莫不憤歎，而無敢為陛下明言者，積威之劫也。
臣舉進士，居正為總裁；臣任部曹，居正薦改御史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢訟言攻之者，君臣誼重，則私恩有不得而顧也。願陛下察臣愚悃，抑損相權，毋俾僨事誤國，臣死且不朽。
劉台的奏疏上去了，居正想起明朝開國二百餘年，從來沒有門生彈劾座主的故事，偏偏自己在隆慶五年所取的進士，竟對自己提出彈劾，這是一個異常的刺激。三、四年來，當國的苦辛，劉台不一定明白，但是劉台既請皇上抑損相權，自己以後怎樣辦事？最使居正痛心的，是劉台所提出的幾點，不一定是對的，然而也不一定全無根據。是劉台的誣蔑呢，還是他的不能體諒？自己的門生，一手提拔的人，還不能體諒，以後又怎樣辦事？自己是大臣，當然談不到和劉台辯駁，他和神宗說：
「依法，巡按御史不得報軍功；去年遼東大捷，劉台違制妄奏，法應降謫，彼時臣僅請旨戒飭，劉台已經憤憤不已。後來御史傅應禎妄言下獄，請旨窮詰黨與，當時並不知道劉台和傅應禎同鄉親近，從中主持，因此劉台妄自驚疑，全不顧忌，對臣洩恨。二百年來，沒有門生彈劾座主的故事，如今臣唯有一去以謝劉台。」
神宗看到居正跪在御座前面，眼淚簌簌地直下，只有自己扶他起來，和他說：
「先生起，朕當責台以謝先生。」
居正仍是具奏請求致仕，神宗下旨慰留道：
「卿赤忠為國，不獨簡在朕心，實天地祖宗所共降監，彼讒邪小人，已有旨重處，卿宜以朕為念，速出輔理，勿介浮言。」
皇上的恩意很顯然了，但是居正還是感覺到辦事的困難，他再疏乞休道：
臣捧讀恩綸，涕泗交集，念臣受先帝重托，既矢以死報矣。今皇上聖學，尚未大成；諸凡嘉禮，尚未克舉；朝廷庶事，尚未盡康；海內黎元，尚未鹹若；是臣之所以圖報先帝者，未盡其萬一也，臣豈敢以去？古之聖賢豪傑，負才德而不遇時者多矣，今幸遇神聖天縱不世出之主，所謂千載一時也，臣又豈可言去？皇上寵臣以賓師不名之禮，待臣以手足腹心之托，相親相倚，依然藹然，無論分義當盡，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去為請者，非得已也！蓋臣之所處者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣為擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也則福也。自今以往，將使臣易其塗轍，勉為巽順以悅下耶，則無以逭於負國之罪；將使臣守其故轍，益竭公忠以事上耶，則無以逃於專擅之譏。況今讒邪之黨，實繁有徒，背公行私，習弊已久，臣一日不去，則此輩一日不便，一年不去，則此輩一年不便。若使臣之所行者，即其近似而議之，則事事皆可以為作威，事事皆可以為作福，睊睊之讒日嘩於耳，雖皇上聖明，萬萬不為之投杼，而使臣常負疑謗於其身，亦豈臣節之所宜有乎？此臣之所以輾轉反側，而不能不惕於衷也。伏望皇上憐臣之志，矜臣之愚，特賜罷歸，以解群議：博求廊廟山林之間，必有才全德備之士，既有益於國而又無惡於眾者，在皇上任之而已。臣屢瀆宸嚴，無任戰慄隕越之至。(3)
神宗隨即再下聖旨：
卿精誠可貫天日，雖負重處危，鬼神猶當護佑，讒邪陰計，豈能上干天道。朕亦知卿貞心不貳，決非眾口所能動搖，已遣司禮監隨堂官往諭朕意，卿宜即出視事，勉終先帝顧托，勿復再辭。
這是正月二十六日的事。神宗還不放心，再差司禮監太監孫隆前往慰留，並降手諭：
諭元輔：先帝以朕幼小，付託先生。先生盡赤忠以輔佐朕，不辭勞，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鑒知。獨此畜物，為黨喪心，狂發悖言，動搖社稷，自有祖宗法度。先生不必介意，只思先帝顧命，朕所倚任，保安社稷為重，即出輔理。朕實惓惓佇望。特賜燒割一份、手盒二副、長春酒十瓶，用示眷懷，先生其欽承之，慎勿再辭。
在這個情形之下，居正沒有再辭的理由，他只有重行出來輔理國事。居正對於政治，有自己的理想和抱負；政權是貫徹這個理想和抱負的工具，他決不輕易放棄政權。在他認定神宗對於自己的信任，不但沒有動搖，而且更加堅定的時候，他慨然地說：
夫事惟求諸理之至當，心豈必於人之盡知。況臣區區之愚，既特孚於昭鑒，則諸呶呶之口，誠無足為重輕。謹當仰體聖懷，益殫赤悃，冰霜自保，雖嫌怨以奚辭，社稷是圖，何髮膚之敢惜。(4)
政權在自己手中，居正準備繼續貫徹自己的主張。「你們諒解也好，不諒解也好，我的行為，自然有我的標準。」他想。
神宗說起對於劉台，自有祖宗法度，果然派文書官邱得用，口傳聖旨：「劉台這廝，讒言亂政，著打一百充軍，擬票來行。」擬旨是內閣的職務，但是交付廷杖，究竟有些困難。居正具疏論救，其結果劉台免去廷杖，只得「除名為民」的處分。這一點，當時頗有人認為是居正的寬宏。但是居正卻堅決地否認，他說：
古之聖賢所遇之時不同，而處之之道亦異。《易·大過》棟橈。《彖》曰：「剛過乎中。」當大過之時，為大過之事，未免有剛過之病；然不如是，不足以定傾而安國，棟橈而本末弱矣。伊、周當大過之時，為大過之事，而商、周之業賴之以存，雖剛而不失為中也。僕以一豎儒，擁十餘齡幼主，而立於天下臣民之上，威德未建，人有玩心。況自嘉、隆以來，議論滋多，國事靡定，紀綱倒植，名實混淆。自僕當事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，開眾正之路，杜群枉之門，一切以尊主庇民，振舉頹廢為務，天下始知有君也。而疾之者乃倡為異說，欲以抑損主威，搖亂朝政，故不得不重處一、二人，以定國是，以一人心，蓋所謂剛過乎中，處大過之時者也。而丈乃以為失士心，誤矣。吾但欲安國家，定社稷耳，怨仇何足恤乎！……僕今所處何時也？主上舉艱巨之任，付之於眇然之身，今權璫貴戚，奉法遵令，俯首貼耳而不敢肆，狡夷強虜，獻琛修貢，厥角稽首而惟恐後者，獨以僕攝持之耳，其出處去就，所繫豈淺淺哉？彼讒人者不畏不愧，職為亂階，且其蓄意甚深，為謀甚狡，上不及主上，旁不及中貴，而獨剚刃於僕之身，又無所污蔑，而獨曰「專擅，專擅」云云，欲以竦動幼主，陰間左右，而疑我於上耳。賴天地宗廟之靈，默啟宸衷，益堅信任。不然，天下之事，豈不為之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寢不安席，以痛恨於忌者，蓋大舜疾讒說之殄行，孔子惡利口之復邦，故去此人以安僕也，以安社稷也。離明允斷，誠理法之正，而僕所以懇懇救之者，蓋以仰答聖恩，下明臣節耳，非欲為沽名之事也。(5)
同期中，居正又有上徐階書，(6)答胡邦奇書。(7)他說：「顓蒙之見，果於自信，但知竭忠捐軀，可以報國，更不思身。」(8)他又說：「蓋僕素以至誠待人，絕不虞人之傷己：至於近日之事，則反噬出於門牆，怨敵發於知厚，又適出常理之外。」(9)經過三四年的政局，居正對於自己，充滿了自信，他認定唯有自己，才能擔當國家的大任。因此從居正看來：攻擊居正，便是攻擊國家；摧毀居正，便是摧毀國家。這是必然的邏輯。居正說：「其出處去就，所繫豈淺淺哉？」自信力的擴大，已經到達驚人的地位，但是倘使把居正當國十年的政局，和萬曆十年以後直到明末的政局比較，我們不能不承認居正見地的正確。
居正對於劉台的怨憤，真是深刻萬分。救止廷杖的事，只是政治手腕的運用。他不願意給一般人以強烈的刺激，所以劉台倖免廷杖的處分。萬曆八年，張學顏為戶部尚書，揭發劉台在遼東受賄的事實，再經過遼東巡按於應昌，江西巡撫王宗載的徹查，劉台終於得到流戍潯州的處分。嫌疑的陰影，又投射到居正身上。居正說：「古雲，『寧人負我，無我負人』，況冤親平等，悉歸幻妄，今轉盼之間，已成陳跡矣，何足掛之懷抱乎？」(10)話雖說得淡泊，但是事實上居正不是一個淡泊的人。孔子說過：「以直報怨。」什麼是「以直報怨」呢？《禮記·表記》又記孔子之說：「以德報德，則民有所勸；以怨報怨，則民有所懲。」「直」只是應得的價值，因此「以怨報怨」和「以直報怨」，適成為同義的語句。也許居正認為劉台只得到他應得的價值吧！從近代的政治風度看來；不能不算是可以惋惜的事。
劉台攻擊居正的貪污，不是沒有根據的誣蔑。居正當國以後，曾說：「僕自當事以來，閉門卻掃，士大夫公言之外，不交一談。」(11)又說：「僕近來用人處事，一秉公心，謬持愚見，旁人無所關其說，士大夫公見之外，不延一客，公談之外，不交一語，即有一、二親故，間一過從，不過相與道舊故，遣客懷而已，無一語及於時政。」(12)居正對於自己的生活，不算沒有把握。在操守方面，正因為居正對於政權的熱中，我們更可想像他對於貨利的淡泊。在言論自由的時期，一旦貪污有據，經人指摘，往往不但成為終身的玷辱，而且會引起政權的動搖。這是一個熱中政權的人所不願意的。然而明代腐化的空氣，已經瀰漫了，腐化的勢力，侵蝕一切，籠罩一切，何況一個全權在握的首輔，更易成為腐化勢力的對象。北京只是居正的寓所，他的家在江陵；居正可以潔身自好，但是居正有僕役，有同族，有兒子，有弟弟，還有父親。腐化的勢力，在北京找不到對象，便會找到江陵。居正也許還能管束子弟，他能管束父親嗎？尤其張文明那一副放蕩不羈的形態，更不會給一個十幾年不曾見面的兒子以說話的機會。
明朝的政治，充滿無數腐化的因素。現代認為不應存在的事實，在當時只是一種習慣。最痛苦的是在未經指摘的時候，儘管認為習慣，但是一經指摘以後，立刻又成為貪污。因此從事政治生活的人，隨時隨地，都受著物質的誘惑，也就隨時隨地，會蒙到仇敵的指摘。這是政治生活的創傷。隆慶六年，湖廣巡撫、巡按提議為居正建坊。大學士建坊，在明代只是一個尋常的事，但是建坊的工料，一切又落到湖廣民眾身上。居正極力辭免，他說：「敝郡連年水旱，民不聊生，乃又重之以工役，使萬姓睊睊，口詛祝而心咨怨，將使僕為榮乎？辱乎？」不建坊也可以，他們便準備照工料折價，送給張家，這可算是異想天開，不過居正並不覺得離奇，他只說：
若欲給與折價，尤不敢當。家有薄田數畝，足為俯仰之資，僕又時時以其祿入，奉上老親，擊鮮為賓客費，家不患貧。而諸公所饋，銖兩皆民膏也，僕何功以堪之，何德以享之？頃已有書懇控二公，恐未見諒。願公再以鄙意固請，必望停寢，乃見真愛。若不可止，如向者面瀆云云，准作廢府納價，貯庫作數，僕亦受惠多矣。僕雖無德於鄉人，而亦懼叢怨以重吾過。諸公誠愛我者，宜視其所無者而與之，奈何益其所有以滋毒於僕。恃公道誼骨肉之愛，故敢瀝竭肝膽，直露其愚。若謂僕心或欲之，而姑飾辭以沽名，則所謂穿窬之徒，不可以列於君子之林矣。(13)
我們不能認居正為「穿窬之徒」，但是我們也沒有看到堅決的拒絕。他只是不要建坊，不要折價，而希望以建坊之費，准作廢府納價。在運用的方面，縱使不同，但是接受只是接受，還不是同樣的民脂民膏？廢府即遼王府，隆慶二年遼王憲被廢以後，張家據為己有，直到隆慶六年，才想起納價的事。《明史紀事本末》卷六十一和《明史》原本稱「居正攘以為第」，指此。居正曾孫張同奎對於此事的否認(14)只是沒有根據的說話，其後《明史》根據同奎的言論，重行刪訂，便上了一次大當。
建坊不僅是建坊，坊價送到張家，立刻修建第宅，建築工人，由錦衣衛軍士包辦。這個原是明代的敝風，但是在這一點，似乎居正也不覺得離奇。他說：
新構蝸居，三院會計欲有所助。諸公厚意，豈不知感，但僕本心，原不敢以一椽一瓦勞費有司，故雖督造錦衣，亦止便差用借，誠恐驚擾地方也。今堤工方興，疲民無措，公私嗷嗷，困敝至此，豈復有餘羨為僕營私第乎？僕雖無德於鄉人，實不敢貽累以賈怨。且去歲諸公所賜坊價，已即給付工匠，即有不足，以後逐年賜賚，及俸入田租，陸續湊辦。需以二、三年，可得苟完矣。若諸公創行此意，則官於楚者，必慕為之，是僕營私第以開賄門，其罪愈重。萬望俯諒鄙衷，亟停前命，俾僕無惡於鄉人，無累於清議，則百朋不為重，廣廈不為安也。(15)
這是萬曆元年的事。這一座第宅的規模，著實不小。居正自言：「小宅，原擬賜金構一書捨耳。不意錦衣龐君遂摹京師第宅，大事興作，費至不貲。屢屢垂念，給與頻蕃，既乖本圖，復益罪過，赧怍之衷，口不能悉。」(16)第宅之中，有堂有樓，神宗賜名為純忠堂、捧日樓，又頒御筆大字二幅，對句一聯，御前銀一千兩。(17)這次建坊、建第的計劃，發動的是湖廣巡撫汪道昆，(18)完成的是繼任巡撫趙賢(19)，恰恰做到「官於楚者，必慕為之」的地步。「給與頻蕃」，適成為「營私第以開賄門」的註腳。以後萬曆六年，有人提議替張家創山勝；(20)萬曆八年，提議建三詔亭；(21)萬曆九年，提議重行建坊表宅，(22)而且一切動工進行，都不待居正的同意。所以無論居正是否默認，這一個賄門，在他當國的時期，永遠沒有關上。
賄門當然不僅在此。荊州江濱的沙灘出水，荊州府落得做人情，便攛掇張家出來報領。居正自己說起：「又昨王太常言，府中有一淤洲，公欲寒家人領，極知公厚意，但利之所在，人爭欲之，擅眾所利，則怨必叢積，家有薄田數畝，可免饑寒，老親高年，子弟駑劣，誠不願廣地積財以益其過也。」(23)居正的話沒有說錯，但是廣地積財的事，仍是不斷地進行。居正身後，福王常洵奏乞居正所沒產，(24)恰恰證實居正積產的成績。
最直接的辦法，是把賄賂一直送到江陵張家。居正書牘裡，屢次提到。(25)最闊綽的是兩廣的長官。萬曆七年，居正曾說：「自不穀待罪政府以至於今，所卻兩廣諸公之饋，寧止萬金，若只照常領納，亦可作富家翁矣。」(26)大致古來兩廣一帶，腐化的空氣，特別濃厚，所以岑參看到朋友往廣東做官，仔細吩咐他，「此鄉多寶玉，慎勿厭清貧。」(27)明朝的腐化空氣，本來很盛，最盛的還是廣東，(28)吏治的腐化，當然影響到人民的生活，和地方的治安。兩廣動亂最多，這是一個最大的原因。
在賄賂的進行中，也有幾次特別的趣事。一位知縣的賄賂送來，居正拒絕了，知縣認為嫌少，便設法加添。經不起再來一次拒絕，他索性借上一條玉帶，一併獻上。居正覆信說：
往者別時曾以守己愛民四字相規，故屢辱厚惠，俱不敢受，蓋恐自背平日相規之言，有虧執事守己之節。而執事乃屢卻不已，愈至愈厚，豈以區區為嫌少而加益耶？至於腰間之白，尤為殊異，顧此寶物，何處得來，恐非縣令所宜有也。謹仍璧諸使者。若假之他人，可令返趙。執事從此，亦宜思所以自勵焉。(29)
這僅是小小的誥誡，還不嚴重。最離奇的是一位鄖陽巡撫。他在解任以後，到處活動，聲名已經不佳，偏偏又活動到居正門上來了。這是一件笨手笨腳的事，居正怎樣提出呢？他只有開一次玩笑，說道已經給吏部提起，但是吏部因為空氣不利，只有極力避嫌，不敢起用。說過以後。居正更重重地教訓一頓：
僕之求士，甚於士之求己，雖越在萬里，沉於下僚，或身蒙訾垢，眾所指嫉，其人果賢，亦皆剔滌而簡拔之，其為賢者謀也，又工於自為謀。公聞之往來之人，豈不誠然乎哉？胡乃不以賢者自處，以待僕之求，而用市道相與，饋之以厚儀，要之以必從，而又委之於私家，陷之以難卻，則不知僕亦甚矣。古人言，非其義而與之，如寘之壑中，誠不意公之以僕為壑也！以公夙所抱負，又當盛年，固時所當用者，此後闔門養重，靜以俟之，弓旌之召，將不求而自至。若必欲如流俗所為，捨大道而由曲徑，棄道誼而用厚賄，僕不得已，必將言揚於廷，以明己之無私，則僕既陷於薄德，而公亦永絕向用之路矣，是彼此俱損也。恃在夙昔至契，敢直露其愚，惟公亮而宥之，幸甚。(30)
這次居正的地位真是尷尬，所以只有痛快地數責。所謂「委之於私家，陷之以難卻」，也許是指送到江陵張文明的手裡，但是這只是懸想，沒有證明。
文明是一個放浪不羈的人，居正當國以後，當然增加文明的威風。萬曆初年御史李頤前往廣西，路過江陵，看見文明氣焰太大了，和他頂撞一下，居正便取消李頤的御史。居正不是不曉得文明的放恣。他說過：「老父高年，素懷坦率，家人僕輩，頗聞有憑勢凌鑠鄉里、混擾有司者，皆不能制。」(31)在「子為父隱」的社會中，居正只能這樣說，但是文明的放恣，已經顯然。參與這一切的有居正的弟弟，有他的兒子敬修，也有他的族人子弟。萬曆二年，居正說過；「敝族家人，雖頗知奉法，然小小擾混，未必盡無，銜勒鈐制，不敢一日釋也。」(32)這裡透露族中的情態。至於僕役的橫肆，在書牘中看到的更不止一處。
從這許多方面看來，劉台所稱「居正之貪，不在文吏而在武臣，不在內地而在邊鄙」，又稱居正「輔政未幾，即富甲全楚」，不是沒有根據的。但是這是明代的風氣。在腐化的空氣中，居正曾經和兩廣總督劉堯誨談起：
尊示謂稽察吏治，貴清其本源，誠為要論，顧積習之弊，亦有難變者。一方之本在撫按，天下之本在政府。不穀當事以來，私宅不見一客，非公事不通私書，門巷闃然，殆同僧捨，雖親戚故舊，交際常禮，一切屏絕，此四方之人所共見聞，非矯偽也。屢擬嚴旨，獎廉飭貪，欲庶幾以身帥眾，共成羔羊素絲之風，而終不可易。乃苞苴之使，未嘗絕也；鑽刺之門，未嘗墐也，雖饗荼茹堇，徒自苦耳，何裨於治理耶？雖然，不穀固不敢以人之難化，而遂懈其率之之心也，早夜檢點，惟以正己格物之道，有所未儘是懼，亦望公俯同此心，堅持雅操，積誠以動之，有冥頑弗率，重懲勿貸，至於中傷毀排，則朝廷自有公論，可勿恤矣。(33)
人是畢竟不免受環境支配的。假如居正不生在腐化的空氣中，或即生在這個空氣之中，而沒有那樣的父親，也許他在「正己格物」的方面，會有更大的成績。
居正當國以來，整頓財政，到現在已經有了相當的成就。在他整頓的時候，追比田賦積欠，每年帶徵三成。納稅的百姓，看到增加三成，當然認為負擔太重。萬曆三年，居正的門生，御史傅應禎疏稱「小民一歲之入，僅足給一歲，無遺力以償負也。近乃定輸不及額者，按、撫聽糾，郡、縣聽調，諸臣畏譴，督促倍嚴，致流離接踵，怨咨愁歎，上徹於天。」這是一種讜論。在應禎上疏的時候，居正當然有許多不快，但是到了萬曆四年，他知道財政方面，已經穩定，同時他也看清賦稅方面，有改革的必要。七月居正疏稱：
臣等又查得隆慶六年六月詔書一款，自嘉靖四十三年、四十四年、四十五年，並隆慶元年錢糧，除金花銀不計外，其餘悉從蠲免，其二年、三年、四年，各量免十分之三。至於淮安、徐州以水旱，廣東惠、潮二府以兵傷，則並隆慶二年、三年，亦從蠲免，恩至渥矣。乃該地方猶不能追納，至萬曆二年，戶部乃議於拖欠七分之中，每年止帶徵三分而民猶以為苦。何也？蓋緣各有司官不能約己省事，無名之徵求過多，以致民力殫竭，反不能完公家之賦。其勢豪大戶，侵欺積猾，皆畏縱而不敢問，反將下戶貧民，責令包賠。近來因行考成之法，有司官懼於降罰，遂不分緩急，一概嚴刑追並，其甚者又以資貪吏之囊橐，以致百姓嗷嗷，愁歎盈閭，鹹謂朝廷催科太急，不得安生。夫出賦稅以供上者，下之義也；憐其窮困，量行蠲免者，上之恩也；於必不可免之中，又為之委曲調處，是又恩之恩也。今乃不知感戴而反歸過於上，則有司官不能奉行之過也。然愚民難以戶曉，損上乃可益下，頃賴皇上力行節儉，用度漸紓，又以北虜納款，邊費稍省，似宜曲垂寬恤，以厚下安民。合無敕下戶部，查各項錢糧，除見年應徵者，分毫不免外，其先年拖欠帶徵者，除金花銀遵詔書仍舊帶徵外，其餘七分之中，通查年月久、近，地方饒、瘠，再行減免分數，如果貧瘠不能完者，悉與蠲除，以蘇民困。至於漕運糧米，先年亦有改折之例，今查京、通倉米，足支七、八年，而太倉銀庫，所積尚少，合無比照先年事例，將萬曆五年漕糧，量行改折十分之三，分派糧多及災傷地方徵納。夫糧重折輕，既足以寬民力，而銀庫所入，又藉以少充，是足國裕民，一舉而兩得矣。臣等待罪輔弼，日夜思所以佐皇上，布德元元，輯寧邦本，計無便於此者。伏乞聖明採納施行，生民幸甚。(34)
疏中所稱，除豁免積欠以外，還有漕糧改折的事。糧是實物的徵收，因為北京、通州一帶存糧已足，所以居正提議在漕糧定額太重和災荒的地方，折價收銀，減輕人民的痛苦，同時也增加銀兩的存儲。這一年積糧足支七八年，積銀四百餘萬，(35)國家財政，遂造成不可動搖的基礎。
萬曆四年，在水利方面，也有相當的成績。當時管理水道的大臣，一位是河道總督，一位是漕運總督。漕督本來是管漕糧的，但是水道發生問題，漕船便無從北上，所以對於黃河和運河水利，都不容不過問。二月間漕運總督吳桂芳疏稱：
淮、揚二郡，洪潦奔沖，災民號泣，所在淒然，蓋濱海汊港，歲久道湮，入海止恃雲梯一徑，致海擁橫沙，河流泛溢，而鹽、安、高、寶，不復可收拾矣。國家轉運，惟知急漕而不暇急民，故朝廷設官，亦主治河而不知治海。臣請另設水利僉事一員，專疏海道，而以淮安管河通判，改為水利同知，令其審度地宜，講求捷徑，如草灣及老黃河皆可趨海，何必專事雲梯？
雲梯關是當時黃河入海的海口，老黃河、草灣都在附近，是黃河屢次決口的所在。桂芳主張多開黃河入海之道，黃水去了，淮水隨同出海，高郵、寶應的水患，便可減輕。多開海口，不是整理黃河的根本大計，但是在當時淮、揚一帶民生痛苦的時候，不能不算救時的方法。居正沒有治河的經驗，但是他有治河的決心。在他看到吳桂芳的奏疏的時候，他決定發動整個的力量，做桂芳的後盾。他說：
淮、揚之民，歲苦昏墊，朝廷未嘗一日忘，顧莫有任其事者。茲讀大疏，明白洞徹，底績可期。夫治水之道，未有不先下流者。年來但講治水，不求治海，雖費何益？但海口之淤，當必有因，似宜視水必趨之路，決其淤，疏其窒，雖棄地勿惜，礙眾勿顧，庶幾有成也。設官及留餉諸事，一一如教，屬所司復允，惟公堅定而力圖之。(36)
得到居正支撐以後，桂芳便開始做疏浚草灣的工作。這時議論來了，大家唯恐草灣一開，對於漕運發生問題。居正再給桂芳一度支持，他說：
淮、揚之民，方苦昏墊，被髮纓冠而救之，猶恐不及，豈能豫憂運道之難處耶？今且拯此一方之民，從容講求平江遺跡，為國家經久之圖。今內外儲積，幸已漸裕，法紀漸張，根本漸固，此等事他日自有賢者任之，公毋慮也。(37)
在疏浚黃河入海水道的當中，桂芳曾經有一個大膽的提議，他認為要救上游的水災，唯有犧牲安東縣城(38)，他請求交工部議復，疏中說道：
語雲，「救一路哭，不當復計一家哭」。今淮、揚、鳳、泗、邳、徐，不啻一路矣。安東自眾流匯圍以來，獨文廟縣衙，僅存椽瓦，已不成邑，即使全河趨之，亦不過一家哭耳。況勢又不得不然耶？創始為作事所難，獨任乃人情共忌，乞下所司議。
工部尚書郭朝賓復奏：「委一垂陷之安東，以拯全淮之胥溺，漕臣言可聽。」上諭立即俞允。(39)居正對於國家大事，只有果斷，沒有推諉；只有全力的推進，沒有兩可的游移。在這個情形之下，桂芳當然可以放手辦事。萬曆四年七月，草灣功成；八月工部復奏。上諭賞吳桂芳銀幣，居正去信說：
海口疏通，淮、揚之間，歡聲雷動，從此人得平土而居，翳誰之力與？以此知天下無不可為之事。「人存政舉」，非虛語也。比者暫行薄賚，俟元圭既告之日，仍當有殊錫焉。(40)
草灣功成以後，桂芳便進行修築高郵湖堤的工作。但是在工作進行的當中，淮水沖下來了，興化、泰州一帶，又是一片汪洋。居正說：
高郵堤工聞已告成，乃久未完報者，想以大工甫就，新水暴漲，慮有變態，欲俟其堅定，乃完報耳。但微聞興、泰之間，河塘潰決，復成巨浸，未審何以拯之？河流既自復故道，當無俟開浚。承教挽淮入河之策，甚善。考其泛地，多屬河道衙門，然公欲為國家萬年之計，救淮、揚目前之急，想當視為一家，同心共濟也。議定，幸即疏聞，此既關係來歲漕計，自不容不預圖也。年來方內乂安，庶幾小康，獨河漕一事，時往來於懷，而當事諸公亦既殫厥心力矣，乃竟不獲的於平成，豈所謂可能者人，不可能者天耶？奈何！(41)
桂芳提議挽淮入河，牽涉到河道總督傅希摯身上來。居正再給希摯去信：「河、漕意見不同，此中亦聞之。竊謂河、漕如左右手，當同心協力，以期共濟。如所見必不能合，亦宜各陳，以俟高斷，不宜默默而已。國之大事，不妨公議。事君無隱，豈為失忠厚之道耶？」(42)這是萬曆五年的事。但是希摯和桂芳的主張，絕對不能融洽，到萬曆六年初，居正不得不出以斷然的處置，這是後話。關於淮水的問題，自從至元二十年，黃河改道以來，黃河奪了淮水出海的水道：在黃河水落的時候，黃、淮並流，一切沒有妨礙；但是到了黃河水盛的時候，淮水被逼，倒灌運河，再加以高郵、寶應諸湖的激盪，遂成淮、揚一帶的大禍。因此在萬曆五年便有兩派不同的主張。一派主張挽淮入河，吳桂芳便是其中的一個。萬曆六年潘季馴總理河漕，徹底貫徹這個主張。一派如給事中湯聘尹等，主張縱淮入江，他們要黃、淮分背而行，黃河不再妨礙淮河，淮、揚地方，便有相當的安全。在地方言地方，這個不失為一種有力的主張，但是黃、淮兩條水道，中間不能沒有運河。假如沒有運河，四百萬漕糧，怎樣北上？假如保留運河，即使築堤設閘，如何能使黃河在洪水期不至倒灌入運，重新破壞淮河的水道？居正真有些茫然了。他聽了淮、揚京官的主張，也認為縱淮入江，是一個方法。他立刻告給桂芳，但是他還是說：「但僕自來未經此地，不悉其曲折，獨以意度如此，謾呈以備采擇。」(43)桂芳當然是明白情形的，他看到黃河洪水已退，淮水歸流，便據實見告，根本打銷縱淮入江之議。居正取消自己的動議，只提出治水的苦心。他說：
辱翰示，知淮已歸流，水勢漸退，慰甚。河患自古記之，有非人力所能勝者，但僕今謬當大任，一聞愁歎哀號之聲，痛心疾首，雖智力短淺，濟時無策，然不忍坐視民之失所，而不思以拯救之也。淮水既已會河，則導江之說，無煩再議。(44)
居正的負責和虛心，在這一次裡，完全表現出來。他不是水利專家，但是他能任用專家，並且發動政治的力量，做專家的後盾。因為不是專家，所以他的主張，不一定正確，但是在他發現錯誤以後，他立刻修正，這正是他的優點。關於黃、淮水利的事，萬曆六年，潘季馴提出他的定律。他說：「淮清、河濁，淮弱、河強。河水一鬥，沙居其六，伏秋則居其八，非極湍急，必至停滯。當借淮之清，以刷河之濁，築高堰束淮入清口，以敵河之強。使二水並流，則海口自浚，即桂芳所開草灣，亦可不復修治。」到季馴手裡，理論方面有了根據，事業方面也有了成績，這才不愧為水利專家，而任用季馴的，也是居正。
萬曆四年十月，居正因九年考滿，奉旨加特進左柱國，升太傅，支伯爵俸。一切當然只是循例的升轉，但是居正四賜恩命，中間還曾一度奉到神宗手詔：
諭元輔，先生親受先帝遺囑，輔朕沖年。今四海昇平，四夷賓服，實賴先生匡弼之功。先生精忠大勳，朕言不能述，官不能酬，惟我祖宗列聖，必垂鑒知，陰祐先生子孫，世世與國鹹休也。茲歷九年考績，特於常典外，賜銀二百兩，坐蟒、蟒衣各一襲，歲加祿米一百石，薄示褒眷，先生其欽承之，勿辭。(45)
最後居正還是堅決地辭卻，他說：
緣臣前歲以遼東大捷，荷蒙聖恩，欲加升蔭，臣具疏辭免，中間引古俠士酬報知己之義，以及人臣敬事後食之心，每欲事過所受，功浮於食，犬馬之誠，於是乃安；自今凡非分之恩，逾格之賞，無復濫及，庶大義克盡，微志獲伸等因，已荷聖明，俯垂矜允，又特加綸獎，風勵臣工，是臣之微忱，既已仰孚於聖鑒，臣之愚忠，又已盟心而自許矣。乃今未有尺寸之效，以自副其功浮於食之心，而非分之恩，逾格之賞，又復濫及，則臣向之所以陳辭者，不過矯飾之虛言，而皇上之所以許臣者，亦未為相信之深矣。臣不敢自背其言，上以欺主，外以欺人，故不避煩瀆，瀝血陳誠，必望聖慈，特垂俞允。倘微志終伸，即通侯之爵未為榮，萬鍾之樂不為富矣。臣屢冒天威，無任戰慄隕越之至。(46)
經過這樣地懇切陳辭，神宗准予辭免太傅及伯爵俸，其餘特囑接受。這一次居正的奏疏，令人聯想到諸葛亮《與李嚴書》。諸葛亮的大志，是輔佐後主，討平曹魏，在大功沒有完成的時候，李嚴論為諸葛亮宜受九錫，封王。諸葛亮和他說道：「吾與足下相知久矣，可不復相解。足下方誨以光國，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本東方下士，誤用於先帝，位極人臣，祿賜百億，今討賊未效，知己未答，而方寵齊、晉，坐自貴大，非其義也。若滅魏斬睿，帝還故居，與諸子並升，雖十命可受，況於九耶？」(47)居正的屢辭恩命，也許不是模仿諸葛亮，但是也許竟是模仿。他們同樣地輔佐幼主，同樣地有絕大的抱負。在抱負沒有實現以前，他們同樣地拒絕過分的恩賜。假如居正竟是模仿諸葛亮，畢竟他找到一個絕好的榜樣。正因為自己力辭厚賞，始可以督促一般政府官吏的上進。在這一點，更發生政治的作用。居正曾因為宣府巡撫吳兌請求恩賜部屬，和他說起：
辱翰示，一一領悉，即囑本兵為之區處。但有功必敘，有勞必酬者，朝廷厚下之仁；敬事後食，先勞後祿者，人臣自靖之義。若銖銖兩兩，計功程勞，以責望於上，似非所謂懷仁義以事君者也。僕以菲薄，待罪政府，每日戴星而入，朝不遑食，夕不遑息，形神俱瘁，心力並竭，於國家豈無尺寸效？然自受事以來，力辭四蔭，獨守舊官，每一蒙恩，輒夔夔慄慄，不能自寧，非矯也，誠以國恩難報，而臣子雖鞠躬盡瘁，不過自盡其所當為，本無功之可言也。公所欲為諸君處者，自見鼓舞用人之道：而區區所云，似亦為人臣之所當知也。冒昧吐瀝，惟高明采之。(48)
在萬曆四年、五年的中間，國家大事須提及者尚有邊防和條編。
實際講，到了這個時候，邊防的局勢已經大定。韃靼首領俺答已經歸順了，因此北方減少一個最大的威脅。固然俺答部下不是沒有些少的侵擾，但是對於小小的出入，居正只是抱定耐煩的宗旨。他認為即在本國，不時還有「盜賊」突發，對於韃靼武士的小騷擾，他有時竟是置之不問，不過大棒還在手中，他準備隨時出擊，因此宣大北邊，永遠得到安寧。一切的勝著，都在把握之中；他和宣大總督方逢時說：
往時廟堂無定見，一聞浪語，即為之動搖，譬之低棋，隨敵嚮往，應手即下。今則不然，吾審勢已定，窺敵觀變，或無事而自補，或棄子而求先，此今日之局面也。諸公當事者，宜審計焉。(49)
但是儘管勝算在握，他對於俺答還是主張待之以誠。為什麼待之以誠？因為俺答已經不是明朝的敵人，所以居正主張開誠佈公。山西的窮民，逃到韃靼去了。山西巡撫崔鏞和居正說，要向俺答討回：他還豫備萬一俺答拒絕送回的時候種種的對策。居正只和他說：「蓋今之虜情，與昔不同。昔未臣服，故可用計處，今既為一家，又當待之以信，諭之以理。」居正提出怎樣派人向俺答討回；他要通事對俺答說：「王如曉事，宜將此人及其黨與，執送軍門。朝廷必鑒王之誠款，和好益堅，賜賚愈厚：何為納此無用之人，聽其妖妄之說，而壞已成之功，失永久之利哉？」居正又說：
彼聞此言，勢必聽從。即彼不從，我常持此以責讓之，使曲在彼，則我之威信，亦無所失。量此麼幹得甚事！今板升之人如此輩者，何啻千萬，即索之而不得，亦惡足為輕重乎？彼雖犬羊，亦不可欺。用術以求之，或未必得，而彼反持此以誑我矣。(50)
居正對於俺答，完全是一邊開誠，一邊佈置，因此在威德兼濟的形態下面，俺答和明朝，永遠處在和平相安的地位。至於他對整個韃靼的形勢，還是抱定分化的政策。他和方逢時說：「大約虜情，只要渙之，無令得合而已。」(51)萬曆四年，俺答和察罕鬧反了，居正便說：「近聞虜酋與察罕，構隙日深，此正吾用奇之日，使之禍結而不可解，則薊遼之間，可以安枕，而西鎮之貢市愈堅矣。宜多方以間之，他日奇功偉績，必為公所收矣。」(52)總之韃靼部落愈加分散，每一部分的力量便愈加薄弱，而對於朝廷的依賴便愈加深刻。這是這一個時期中居正對外的政策。在執行這個政策的時候，他甚至吩咐沿邊督撫，遇到俺答和其他部落發生戰禍的時候，給他假道的便宜。(53)
居正感到棘手的，還是遼東。這方面的土蠻和中國處在敵對的地位，他們隨時可以聯絡俺答的部下，但是在韃靼可以並成大幫，進擊遼東的時候，薊鎮和遼東，因為三衛所隔，始終不能呵成一氣，這是地形上的劣勢。因此萬曆四、五年間，居正的目光，完全集中到遼東。他在隆慶初年注重薊鎮，隆慶中年注重宣大，現在注重遼東，一切都是時局的結果。在注意到遼東的時候，遼東巡撫張學顏、遼東總兵李成梁，都成為心目中的人物。他和學顏說：
辱示虜情，俱悉。公所以應之者，誠為得策矣。今全虜之禍，鹹中於遼，連歲彼雖被創，我之士馬，物故亦不少矣。彼既憤恥，必欲一逞，今秋之事，殊為可虞。昨已屬意本兵，於貴鎮兵食，比他鎮尤當留意。臨期若的知虜賊所向，當令薊人助守寧前，使公等得專備東方。如犯寧前，則東西夾擊。再一創之，則彼破膽而不敢東窺矣。公幸時時喻意李帥，大將貴能勇能怯，見可知難，乃可以建大功，勉之慎之。為國任事之臣，僕視之如子弟，既獎率之，又寶愛之，唯恐傷也。惟公垂亮焉。(54)
居正對於韃靼的政策，有利誘，也有威脅。在鬥爭的狀態中，朝廷有的是大將和邊牆，進可以攻，退可以守；這是威脅。朝廷有的是韃靼日常生活必需的物資，在和平的狀態下，可以互市；韃靼以剩餘的馬匹，換取必需的物資，博得絕大的利益；這是利誘。俺答和河套韃靼在這個狀態中屈服了。但是遼東邊外的土蠻採取一種和俺答相反的政策。他們也要開市，但是不肯屈服。他們有弓矢和其他的武器，要憑他們的武力，壓迫朝廷開市。這不是居正受得了的。為什麼要開源節流，練兵籌餉呢？居正不但準備抵抗，而且準備隨時出擊。這是他對付土蠻的政策。也就是他重用李成梁的由來。不過他對於武人，儘管重視，只是親如子弟，和思宗以後那種尊如父兄的態度，根本上便不同。在尊如父兄的時代，便談不上指揮；當一國的武人，不聽指揮的時候，這個國家已經走上亡國的路線。
居正對付土蠻的主張，在萬曆五年上半年他給張學顏的信裡可以看到：
西虜俺答之求貢，自嘉靖十六七年始矣，我畏之而不敢許。然當其時，廟堂失策，制御乖方，雖許之，固未如今日之款順也。比以那吉來降，歸之以禮，彼遂感思慕義，執我叛人，復申前款，我乃因而許之，蓋機緣湊合，名義正大。故當時紛紛之議，皆以為不可許，僕獨以為可，皆以盟約為不久，僕獨保其無他，蓋度彼既感吾放麂之恩，而又適愜其平生之願，芳餌入口，不能自脫。夫事美成在久，惡成不及改。今東虜於我，非有平生懇款之素也，非有那吉納降之事也，非有執叛謝過之誠也，侵盜我內地，虔劉我人民，其迫脅無禮如此，堂堂天朝，何畏於彼而曲徇之乎！且西虜以求之懇而後得之，故每自挾以為重：今若輕許於東，則彼亦將忽而狎視之，他日且別有請乞以厚要於我，啟釁渝盟，必自此始，是威褻於東而惠竭於西也。故在今日，宜且故難之，以深鉤其欲，而益堅西虜之心。異日者，東虜之敢大舉深入，以西虜為之助也。今東虜有求而不獲，則西虜以我之重之也，亦挾厚賞以自重，必不從東虜矣。虜不得西虜之助，則嫌隙愈構而其勢愈孤，而吾以全力制之，縱彼侵盜，必不能為大患；是吾一舉而樹德於西，耀威於東，計無便於此者矣。昔人云：「自非聖人，外寧必有內憂。」今主上衝年，國家幸而無事，宴安鴆毒，將發於不虞，益姑釋此以為外懼乎？僕懷此意，未敢語人，茲因詢及，敢略陳其概。雖然，遼人病矣。語曰：「頭痛治頭，足痛治足。」今虜禍方中於遼，遼以一鎮當全虜之勢，病在足之時矣。不急治之，且將為一身憂！遼人素稱忠勇，但苦兵寡耳，然欲足兵，必先足食，兵食既足，乃可言戰。一戰而勝，則東虜之氣挫，而西虜之好益堅，此數世之利也，願公熟慮之。(55)
萬曆三年，部院曾有一些變更。六月都察院左都御史葛守禮致仕，以陳瓚為左都御史，九月禮部尚書萬士和致仕，以馬自強為禮部尚書，刑部尚書王之誥致仕，以王崇古為刑部尚書。老成調謝，是一件無可奈何的事，但是居正的地位，已經穩定，這些變更，對於政局不發生重大的影響。但是萬曆五年，卻發生一件與兵部有關的變更。四月兵部尚書譚綸死了，改刑部尚書王崇古為兵部尚書，以戎政尚書劉應節為刑部尚書。譚綸是一位威名卓著的督撫，調任兵部尚書以後，因為居正負的責任太多了，似乎沒有多大的成就。但是他這一死，引起一點小小的波瀾。自從明代注意邊防，著重薊遼和宣大方面以後，薊遼和宣大隱隱成為兩個系統的對立。這個決然不會有近代直系、皖系，或是日本長閥、薩閥那樣嚴重，而且相差的程度，還是非常之遠，但是隱隱約約地有一些淡微的影子。這個當然不是國家之福，眼光銳利的政治家，便應當立即把這個影子沖淡。薊遼出身的譚綸死了，居正便用宣大出身的王崇古入兵部，同時更調薊遼順天巡撫王一鶚為宣府巡撫。起用致仕的陳道基為順天巡撫。居正給一鶚說：
宣、薊唇齒之勢，異時兩鎮視如秦、越，虜禍中於薊，則宣人安枕，雖得虜情，不以實告。今移公於宣者，所以為薊也。撫鎮協和，文武輯睦，邊境之利也，而好事者反以此為忌，往者南中之謗，未必不自此中啟之。去歲微聞閱視君(56)亦有此言。今去公於薊者，所以全公也。近日薊台有缺，每從司道中進，以其習於薊事也，而好事者亦用此為忌，每言薊中之任，皆取總兵所欲者而用之。昨見公移鎮，輒私語曰，代者必某人也，是總兵所喜者也。斯言也，不惟不利於總兵，且不利於司道也，故出其不意，而遠求於林下之人。乃陳公又僕素所援用者，其人達於事理，不吐不茹，蕭規曹隨，必獲同心之濟。故用陳公，則公雖去，猶未去也。僕十餘年來，經營薊事，心力俱竭，今一更置間，而其用意之深如此，他人安得知之。恃公至厚，故敢略陳其概。新本兵雖頗不悅於薊人，然亦非故作異同者，況今大事，皆僕面奉宸斷而行，渠安能逞其私意，輒有所更張乎？頃聞外間云云，僕即以曉之，渠亦深省。恐彼中將吏，未達此意，或懷疑懼，願公譬諭之也。(57)
自從隆慶二年，譚綸、戚繼光二人改調薊遼以後，他們成為北方的重鎮。居正始終對於薊鎮極力維護，所以假如薊遼成為一個系統，那麼這個系統的後面，便有居正的影子。居正生前，對於一切攻擊繼光的人，都提出嚴正的論駁，因此居正身後，對於居正、繼光不滿的人，甚至質問兩人相結，「意欲何為？莫非要造反？」(58)當然這是妄說。居正的心理，只是為的國家。然而他對於繼光的愛護，委實有些使人嫉妒。萬曆四年郜光先巡邊，繼光又托譚綸提出總理和閱視大臣見面的禮節問題，居正一邊吩咐光先，一邊和繼光說：
竊意今日，當以欽命為重，不在兵銜之有無。謙以自處，見者自然悅而敬之。其差去郜公，當預為足下先容，必加優禮，決不以庸眾相待也。(59)
這一個短簡後面，流露無限的好意：「親之如子弟」，居正自己也說過。郜光先去了以後，對於數年以來，薊鎮沒有邊功這一點提出了，他也說到南兵調北，沒有存在的理由。也許他不能認識居正當日的用心，所以有這一番議論。居正只有和他說：
大抵薊鎮之勢，與他鎮不同，其論功伐，亦當有異。蓋此地原非邊鎮，切近陵寢，故在他鎮，以戰為守，此地以守為守，在他鎮以能殺賊為功，而此地以賊不入為功，其勢居然也。至於調用南兵一節，實出於萬不得已。蓋因往時議者，鹹極言延、寧邊兵入衛之苦，為之罷減四枝。薊鎮分區而守，罷一枝則一區失守，又不可棄地與賊，於是譚總督、戚總兵乃建言昔在浙中部曲，尚多素所練習者，可頂所罷之數，因以教練火器，整理車營，故不得已而用之。今若以為虛費而無用，即當罷之，則宜思戍守不可缺人，或仍復入衛邊兵，或與本鎮地方抽換。不然，陵、京重地，寧敢忽視之乎？此中事體，其說甚長，統俟面悉。(60)
當時主持議論的人，已經忘去南兵的作用了。他們只覺得在太平的時期，北方的軍隊同樣能擺邊，那麼要南兵做什麼？議論多了，連居正也無法遏止，他甚至說：「人嘗笑南兵無用，徒靡厚餉。今若乘其入犯，一戰而勝，則群呼自息，而虜亦寢謀。」(61)但是當時的人，卻忘去在繼光初到薊鎮的時候，北方的兵士，不守軍令，後來看到在大雨如注的當中，浙兵三千，從早晨到下午，立在雨地下面，一動也沒有動，這才知道軍令的嚴肅。薊鎮的安定，一切都從訓練著手，這三千南兵，便是當時的模範軍。時代推演得真快，這已是將近十年的事了。大家看到南兵無用，認為薊鎮不能打仗；得空的時候，大家還得到薊門走一趟，再不然、便介紹幾個山人去拜訪戚總兵。凡是京城來的人，戚總兵只得竭誠招待，有吃有喝，甚至還要陪著做一兩首詩，提倡風雅，臨到告別的時候，當然再是一大筆程儀。有什麼辦法呢？繼光只有敷衍他們。
苦心維持繼光的，只有居正。在薊遼和宣大這兩個系統對立的時候，居正甚至特別維護宣大。借此減輕一般人對於薊遼的嫉視。宣大的督、撫大多是宣大出身的人，但是萬曆五年，林下的陳道基起用為順天巡撫了；同年兵部左侍郎梁夢龍調任薊遼總督，萬曆九年，宣大總督吳兌調任薊遼總督。這是為的什麼？居正曾經指出好事者「每言薊中之任，皆取總兵所欲者而用之。」只有這樣，才能免去無味的議論，才算是真真愛護戚繼光。一切都是為的國家。在大眾指摘繼光的時候，居正說：「若舉全鎮防守之功，委無所損；數年以來，一矢不驚，內外安堵，此其功寧可誣乎？貓以辟鼠為上品，山有虎豹，藜藿不採，又不以搏噬為能也。」這是居正的見地。
萬曆四年，居正開始推動一條編法。為用語便利起見，有時也稱為條編法。研究賦稅的人，時常談到條編，認為這是明代賦稅方法的改進。在大體上，這句話是不錯的，其實還有稍許的不同。賦稅是賦稅，條編法只是徭役方法的改進。明代認定人民有替國家服役的義務。這項義務分為兩種。一種是力差，這是當真為國家做事。府、州、縣有銀庫，看守銀庫的稱為庫丁；各驛有廩給庫，看守的也稱為庫丁：也許有人認為這是好差使，但是銀有銀耗，糧食也有糧耗，一切的虧折，都責成庫丁包賠，便成為最大的苦差。庫丁總算在社會上保持相當的身份，還有人充當。其餘看門的有門皂，防河的有防夫，管囚犯的有禁子，維持治安的有弓兵：他們在社會上的地位更加低落，大家只得另行僱人代充。僱人的是鄉間的老農，被雇的是城市的地痞，於是被雇的人不時下鄉，向老農們討索工食，「僱員」壓迫「僱主」，成為老農的禍害。以上是力差。
其次還有銀差。州、縣官要用柴薪，柴薪派在民眾身上；要養馬，馬草、馬豆也派在民眾身上。儒學是教官和廩、增、附生講學的場所，他們吃的是國家的廩米，但是齋夫、膳夫這些差使，也派在民眾身上。當然這不是直接要民眾做事，只是要民眾出錢，所以稱為銀差。州、縣官是替國家辦事的，儒學的教諭，訓導，和這一批廩、增、附生們是研究聖經賢傳的，但是他們第一還得先替自己辦事，建築私經濟的基礎。誰能不替自己打算呢？在官員們審查和編製銀差的時候，各人都得儘先挑選殷實而沒有勢力的富戶，替本衙門辦差。被官員瞧得起的民眾，實際成為官員手下的肥羊、大豬，聽候宰割，而不肖的官員們，其實只是穿靴戴帽的強盜，審查編製，只是盜匪們請財神的手續。這是所謂銀差。(62)
力差、銀差成為民眾極大的痛苦，於是國家推行均徭法。各縣把民眾分為十甲，每年由一甲承當本縣的一切徭役。在理論上這是最公平的了，從第一甲到第十甲，週而復始，輪流當差，還有什麼不平的？但是在審編的時候，這十甲民眾的經濟能力，未必能夠編配平允，每年的徭役，也是時常變動：經濟能力和經濟負擔，不能支配得當，便成為甚大的不平。其次，一甲以內，各戶的經濟能力不同，社會地位又不同，因此在支配擔負的方面，更發生種種的歧視。還有一點，在不當差的九年中，民眾因為不受政治的壓迫，樂得生活稍為優裕一點，當然談不上積蓄；但是到了當差這一年，一切的苦難都來了，官員的壓迫，廩、增、附的壓迫，地痞的壓迫，都落到民眾頭上，這一年便是他們典妻鬻子，傾家蕩產的一年。政治的不良，制度的不良，一齊造成最大的人禍。
隆慶初年，江西巡撫劉光濟上《差役疏》，歷指均徭之弊六點：
每歲徭銀，原有定額，而各甲丁糧，多則派銀數少而徭輕，少則派銀數多而役重，其弊一也。所編之差，有正銀一兩而止納一兩者，此必勢豪勢緣者得之，有加至一倍以至數十倍者，此必平民下戶無勢力者當之。此患在不均，其弊二也。北方則門丁事產肆者兼論，南方則偏論田糧，糧多差重則棄本逐末，以致田日賤而民日貧，其弊三也。糧多殷實之家，平日則花分詭寄以圖輕差，及至審編，則營求賄囑以脫重差，其弊四也。歲歲審編，公門如市，官吏開賄賂之門，里胥恣索騙之計，其弊五也。丁糧剩利歸於官，小民不蒙輕減之惠，其弊六也。有此六弊，小民困累已極。且應直之年，役重費繁，力不能勝，大抵人情皆安於目前，既不能積十年之費以待一年之輸，是以一年當差，即九年未得蘇息，而傾家蕩產者相比也。
在這個情形之下，才提到改革。第一個提倡的是浙江巡按御史龐尚鵬。他主張把往年編某為某役的辦法，完全停止：重行核定有丁無糧者，編為下戶；有丁有糧者，編為中戶；糧多丁少，和丁糧俱多者，編為上戶。在這個計劃下面，一縣差役，完全由州、縣官募人充當。力差按照工食之費，量為增減；銀差按照交納之費，略加銀耗，一縣的總數決定以後，按照丁、糧比例，完全派到丁、糧裡面，隨同完納。這就是一條編法。嘉靖四十五年，尚鵬在浙江曾經推行過這個辦法。周如斗在江西巡撫任內，也奏請推行條編，但是不久如斗死了，到隆慶初年，由繼任江西巡撫劉光濟再行奏請，隆慶四年，在江西全省推行。(63)是年十月，龐尚鵬為福建巡撫，奏請推行一條編法。(64)所以條編法的推行，是從南方的浙江、江西、福建開始的。
條編當然有條編的利弊。隆慶元年戶部尚書葛守禮便曾經揭出「吏書夤緣為奸，增減灑派，弊端百出」。守禮是當時有名的大臣，他的議論，當然有相當的價值，但是他只看到條編的陰影。從大體方面講，條編是一個極大的進步。徐希明曾經說起：「丁糧差重者派銀亦重，差輕者派銀亦輕，輕重均派於眾，未嘗獨利獨累於一人，雖善於規避者無所用其計，巧於營為者無所施其術。」(65)因此條編的推行，固然由於官吏的提倡，同時也出於當時人民的要求。徐希明看到湖廣茶陵推行條編以後，攸縣人民便要求推行條編，正是一個實例。不過我們應當記得，條編於小民有利，便不免損害許多人既得的權利。希明不曾說過嗎？「大抵此法至公至平，但便於小民而不便於貪墨之官府，便於貧乏而不便於作奸之富家，便於裡遞而不便於造弊之吏胥。」希明親眼看到隆慶、萬曆間的情形，這是他的結論。
居正不是條編的發明者，對於條編的推行，他不會感到發明家的那種母愛的熱忱。而且實行條編，對於居正個人，也許未必有什麼利益。他是當時的首輔，即使不實行，誰能把力差、銀差派到首輔家中嗎？徭役派入丁糧，只增加居正私人的負擔。但是居正代表當時的最高統治者，他必須從統治階級的整體利益出發。為了維護統治階級的長遠利益，必須設法緩和階級矛盾，因此，條編法的推行，正與統治階級有利，所以萬曆四年，居正推行條編，當然有他的理論根據。
龐尚鵬、劉光濟在浙江、福建、江西推行條編了，居正的計劃，要把它推行到全國。這便有些和王安石推行青苗相似，但是居正只是慢慢地推行，從容地解釋，他一步一步地前進，不像安石那樣的急迫。讓我重說一遍吧，居正不是王安石，他只是一個現實的大臣。
萬曆四年，居正先把條編推行到湖廣。他和湖廣巡按說起：
辱示江陵尹朱正色均差之議，其中綜理，精當詳密。此君初任，人皆以為刻核，僕獨愛其明作，今觀其所建立，必為良吏無疑矣。慰甚慰甚。一條編之法，近亦有稱其不便者，然僕以為行法在人，又貴因地，此法在南方頗便，既與民宜，因之可也。但須得良有司行之耳。(66)
果然有人提到條編的不便，他們甚至說條編便於士大夫而不便於小民。怎麼辯論呢？居正只有由他；居正說：
條編之法，有極言其不便者，有極言其便者，有言利害半者。僕思政以人舉，法貴宜民，執此例彼，俱非通論，故近擬旨雲，「果宜於此，任從其便，如有不便，不必強行。」朝廷之意，但欲愛養元元，使之省便耳，未嘗為一切之政以困民也。若如公言，「徒利於士大夫而害於小民」，是豈上所以恤下厚民者乎？公既灼知其不便，自宜告於撫、按當事者，遵奉近旨罷之。若僕之於天下事，則不敢有一毫成心，可否興革，順天下之公而已。(67)
這是萬曆五年的事。經過一年的推行，居正對於條編，更加感到興趣。萬曆五年，他不再說「法貴因地」，只是說：「條編之法，近旨已盡事理，其中言不便，十之一、二耳。法當宜民，政以人舉，民苟宜之，何分南北。」(68)以後經過幾年的推行，到萬曆九年正月，再用詔旨通行全國，一條編法，遂成為通行的法制。
居正六個兒子，敬修、嗣修、懋修、簡修、允修、靜修，尤其是敬修、嗣修、懋修這三個，居正對於他們盼望更切。懋修的天資最好，居正曾和他說：「汝少而穎異，初學作文，便知門路，吾嘗以汝為千里駒。」(69)居正看到當時有才學的人，便羅致給兒子們做朋友，他認為只有這樣，才可以敦促他們上進。第一個羅致的是沈懋學，後來萬曆五年丁丑科進士第一人；其次便是《牡丹亭》的作者湯顯祖，不料顯祖卻拒絕了，居正死後萬曆十一年癸未，顯祖才成進士。敬修是萬曆元年癸酉科舉人，次年甲戌科會試下第。據說居正因此大為生氣，甲戌科不選庶吉士，便是敬修下第的結果。萬曆四年丙子科鄉試，懋修失敗，(70)所以五年丁丑科會試，只有敬修、嗣修同到北京就試。這次敬修依舊落第，嗣修原定二甲第一人，神宗拔為一甲第二人及第。
嗣修登第的事，對於居正，當然是一種快慰。他在這一年和王之誥說起：「豚兒寡學，謬竊科名，其躐登上第，則出主上親拔，非僕庶幾所敢望也。」(71)大致他對於敬修、懋修的希望，還很熱切；對於第四子簡修，便冷淡了。以後簡修由武職出身，所以居正在給之誥信上又說：「簡兒叨授一職，遣歸完娶。」信上又提及他的父母，和繼配王夫人，這時都在江陵。居正曾說「門巷闃然，殆同僧捨」；他在北京的寓居，真有些僧捨的意味。
嗣修登第，畢竟是一件不厭眾望的事。明代輔臣在位的時候，兒子會試及第的，不止一次，但是除楊廷和當國，其子楊慎以會試第一人及第，群情翕服以外，其餘沒有一次不發生許多非議。尤其在居正當國十年之中，萬曆五年會試，嗣修第二人及第，萬曆八年會試，懋修第一人及第，敬修同時及第：兄弟三人先後及第，更引起不少的責難。萬曆十六年順天鄉試，輔臣王錫爵之子王衡第一名中式，當時的風波又來了，大家指摘錫爵，錫爵恨極，次年會試，不許王衡就試，直到錫爵去位多年以後，萬曆二十九年會試，王衡始以第二人及第，這才證實王衡的才學，同時也表明錫爵的坦白。自此以後，輔臣當國的時候，其子不應會試，成為科舉制度的故事。
這裡的是非，本來一言難盡。明代的制度，對於大臣的兒子，有文蔭或武蔭。在大臣建功或是幾年任滿以後，照例可以蔭子。文蔭從蔭一子入國子監讀書起，以後補尚寶司丞，尚寶司卿，這算是一條路。武蔭從錦衣衛百戶、千戶起，以後補指揮同知、指揮僉事，這也是一條路。這兩條是怎樣的路呢？大學士的兒子不能補大學士，尚書的兒子不能補尚書。由蔭生升到大學士、尚書的，沒有看見一個。明朝一代，父、子大學士唯有陳以勤、於陛父子二人，但是於陛的大學士，是從鄉試、會試掙扎出來的，並不靠以勤的庇蔭。唯有鄉試、會試才是出身的大路，蔭生不但不是大路，甚至反是一件障礙。這是居正始終迫促敬修、嗣修、懋修由鄉試、會試出身的原因。居正自己曾經說過：
或言大臣子弟應舉，不當與寒士爭進取者，此論非也。自晉、唐以來，士人鹹重門第，王、謝子孫，與六朝相終始，至隋、唐設科取士，寒素乃得登用，而建官要職，仍多用世家，大臣恩蔭，皆得至將相，如唐蕭、盧、崔、鄭，累世宰相，有至八、九人者。中唐以後，進士一科，最為榮重，而李德裕以其父蔭，為備身千牛；或勸之應舉，德裕言好驢馬不入行，後亦為宰相。蓋世家子弟，自有登用之路，不借科目而後顯，是科舉大臣子弟一人，則退寒士一人矣。若本朝則立賢無方，惟才是用。高皇帝時，用人之途最廣，僧、道、皂隸，鹹得至九卿、牧、守，大臣蔭子，至八座、九卿者，不可縷數。宣德以後，獨重進士一科，雖鄉舉歲貢，莫敢與之抗衡，而大臣恩蔭，高者不過授五府幕僚，出典遠方郡守而止，即有卓犖奇偉之才，若不從科目出身，終不得登仕，為國家展采宣猷矣。豈古人所謂喬木世臣之義乎？故大臣子弟，不宜與寒士爭進之說，在前代則可，非所以論當今之務也。(72)
《雜著》是居正隨時的雜錄，其中所載的事實，有年、月可稽者，最後為萬曆七年賜廣寒殿鎮殿金錢四枚之事。因此不妨假定論世家子弟應舉一節，正為嗣修等諸人登第而作。居正《西陵何氏族譜序》(73)曾言「采靈菌於糞壤，拔姬、姜於憔悴」，大致是仕宦未遂之作，現在他說「喬木世臣」，顯然是仕宦已遂之後的言論。居正對於國家是大臣，對於嗣修等是父親。是大臣便應當為國家求人才，是父親便只能為兒子謀出路。也許在嗣修等幾次會試的時候，他把父子的關係看得太重一點吧。但是我們眼前看到有些國家，當國的人物正在不斷地替兒子爭取地位，那麼即是居正不免有一些舐犢之情，我們不妨認為這只是人類社會共有的弱點。
萬曆五年五月，總督兩廣軍務右僉都御史凌雲翼進攻羅旁瑤，對於少數民族，又來一次壓迫。羅旁在德慶的南面，東西數百里，都是瑤山。憲宗成化年間，韓雍經略兩廣的時候，曾經討平一部分，但是後來瑤人不斷起兵，成為兩廣的禍患。殷正茂提督兩廣軍務，又提議討伐羅旁。萬曆三年，正茂去職，雲翼繼任，於是這個責任，落到雲翼身上。萬曆四年，居正去言說：
羅盤、淥水之事，石汀公在任不能處，乃諉難於後人，誠為不恕。然此地不沾王化數十百年，義所當討，在公誠不宜使之跳梁於臥榻之前也。但須審圖而後動，動而必勝，勝而無損，乃為萬全。不然，又不如姑置之之為便也。(74)
雲翼到任以後，從容佈置，廣西總兵李錫，廣東總兵張元勳的軍隊都調齊了，萬曆五年進攻，不久就打一個勝仗，居正再去一信說道：
羅旁之役，聞已獲功萬餘，計所虜獲，又當稱是，即有伏逸，諒亦無多。宜乘此勢，多方招徠，開其生路，隨宜處置，務絕後患，則一勞永逸之策也。(75)
這年五月，「大功告成」，雲翼在這次「戰功」裡，俘斬招降四萬二千八百餘人，確實是一個大役。雲翼上疏，主張開闢州、縣，招徠農墾，經過一度遲疑以後，居正接受這個建議。他說：
羅旁之役，初意但恐宿寇初除，根株未盡，姑少遲建設，以俟人心之定，會新司馬(76)亦以此為言，遂從再議。近來彼中人來，皆言此地在四府之中，素稱沃壤，與廣右邊徼不同，且遠近之民，願受廛者眾，不設官建治，何以統之？是以知再議之為迂謬也。佇俟大疏至，即屬銓部選除矣。但聞願附籍者，多系遠縣之民，其中或有來歷不明，流浪無根，或賊黨詭名偽姓，若但務招徠，不加審別，蘭、棘並植，狼、羊同飼，將復為昔日之羅旁矣。竊以四方鄰近之人，亦自有就招者，彼風土既習，板籍有據，環數百里之內，封壤相接，遷徙無難，且彼素被賊患，茹苦日久，今界之以沃土，與之以安樂，亦所以償之也。其中徭賦務從輕省，法令不宜煩苛，使人懷定居，遠邇爭附，數年之後，可盡化為樂國矣。夫戡亂非難，已亂為難，當此重開再辟之時，即宜為長治久安之計，惟高明擇焉。(77)
這是廣東羅定州(78)的來歷。羅定州新開二縣，東為東安縣(79)，西為西寧縣(80)。從此廣州、高州、肇慶、梧州四府交界的原野，又添了國家的新壤。
萬曆五年五月，宮內文書官邱得用口傳聖旨：「慈慶、慈寧兩宮，著該衙門修理見新，只做迎面。」這只是一件不重要的工程，而且是仁聖皇太后、慈聖皇太后的住所，談不到駁回，但是居正認為這是不急之務，立刻拒絕。在神宗尚在沖齡的時候，實際的政權，在皇太后手裡，然而居正顧不得，他認定大臣有大臣的身份。居正疏稱：
臣等再三商榷，未敢即便傳行。竊惟治國之道，節用為先，耗財之原，工作為大。然亦有不容已者：或居處未寧，規制當備，或歷歲已久，敝壤當新，此事之不容已者也。於不容已者而已之，謂之陋，於其可已而不已，謂之侈，二者皆非也。恭惟慈慶、慈寧，乃兩宮聖母常御之所，若果規制有未備，敝壤所當新，則臣等仰體皇上竭情盡物之孝，不待聖諭之及，已即請旨修建矣。今查慈慶、慈寧，俱以萬曆二年興工，本年告完。當其落成之日，臣等嘗恭偕閱視，伏睹其巍崇隆固之規、彩絢輝煌之狀，竊謂天宮月宇，不是過矣！今未逾三年，壯麗如故，乃欲壞其已成，更加藻飾，是豈規制有未備乎？抑亦敗壞所當新乎？此事之可已者也。況昨該部、該科，屢以工役繁興，用度不給為言，已奉明旨，「以後不急工程，一切停止。」今無端又興此役，是明旨不信於人，而該部、科，必且紛紛執奏，徒彰朝廷之過舉，滋臣下之煩言耳。方今天下民窮財盡，國用屢空，加意撙節，猶恐不足，若浪費無已，後將何以繼之？臣等灼知兩宮聖母，欲皇上祈天永命，積福愛民，亦必不以此為孝也。臣等備員輔導，凡可將順，豈敢抗違，但今事在可已，因此省一分，則百姓受一分之賜，使天下黎民，萬口同聲，祝聖母之萬壽，亦所以成皇上之大孝也。伏望聖慈，俯鑒愚忠，將前項工程，暫行停止，俟數年之後，稍有敝壞，然後重修未晚。臣等干冒宸嚴，無任悚慄之至。(81)
這一個奏疏上去，文書官隨即口傳聖旨：「先生忠言，已奏上聖母，停止了。」皇太后和神宗對於居正，到了言聽計從的時候，居正認定自己的責任，所以不得不說。萬曆五年，整個國家的財政，已經有了良好的基礎，但是居正認為國防民生，都需要很大的經費，在有餘的時候，還要計劃怎樣輕徭薄賦，使百姓們得到實在的利益。他捨不得把銖積寸累的資財，浪費在瓊樓玉宇上面。他知道這次修理兩宮，是皇太后的意思，但是為了國家著想，他決定在皇太后面前頂一下。
萬曆二年，《穆宗實錄》修完，神宗加恩居正，蔭一子做中書舍人，居正兩疏辭免。萬曆五年，《世宗實錄》修完，神宗因為居正是實錄館總裁，再行加恩，吩咐內閣擬敕，居正把加恩同官的敕書擬定奏上，但是沒有提到自己。神宗隨即著文書官邱得用口傳聖旨：
皇祖四十五年《實錄》，字字句句都是先生費心看改幾次，我盡知道，先生恩該首加，卻怎的不擬這敕？著令改擬了才行。
這一次居正在復疏裡，痛切地把自己的心境說清。他說：
臣以羈單寒士，致位台鼎，先帝不知臣不肖，臨終親握臣手，屬以大事。及遭遇聖明，眷倚彌篤，寵以賓師之禮，委以心膂之托，渥恩殊錫，豈獨本朝所無，求之前史，亦所希覯。每自思惟，古之節士感遇知己，然諾相許，至於抉面碎首而不辭，既已存亡死生矣，而猶不矜其能，不食其報，況君臣分義，有不可逃於天地之間者乎？用是盟心自矢，雖才薄力僝侵，無能樹植鴻巨，以答殊眷，惟於國家之事，不論大小，不擇閒劇，凡力所能為，分所當為者，鹹願畢智竭力以圖之！嫌怨有所弗避，勞瘁有所弗辭，惟務程功集事，而不敢有一毫覬恩謀利之心，斯於臣子分義，庶乎少盡云爾。故自皇上臨御以來，所加於臣，文武祿蔭，不啻四、五矣，而臣皆未敢領。昨以九年任滿，皇上欲授臣以三公之官，給臣以五等之祿，臣亦懇疏陳辭，必得請而後已。豈敢異眾為高，以沽流俗之譽哉？蓋素所盟誓者至重，不敢自背其初心故也。近年以來，君臣之義不明，敬事之道不講，未有尺寸，即生希冀，希冀不得，輒懷望，若執左券而責報於上者，臣竊非之，每欲以身為率而未能也。今乃以楮筆供奉之役，即叨橫恩握澤之私，則平日所以勸勉者，皆屬矯偽，人孰信之？此臣所以展轉思惟，有不能一日自安者也。臣聞人臣事君，無隱情，無二辭。今臣所言，皆已真吐肺腸，辭理俱竭，借惟皇上復申前命，臣亦不過再執此辭，而章奏屢騰，言語煩瀆，非皇上以手足腹心待臣之義也。萬仰聖慈俯覽愚衷，特賜停寢，俾臣微志獲伸，雖疏食沒齒，有餘榮矣。所有改敕一節，萬不敢擬，謹將原稿封進，伏乞聖裁施行。(82)
經過這樣地剴切陳辭，神宗只有俞允。
這一年神宗十五歲。皇帝和平常人不同，皇太后在這一年，已經替他定下王偉的女兒，準備舉行婚禮。中國的舊俗，婚禮便得選擇吉日，皇帝的事，自有欽天監負責。據欽天監推測，十二月大利，又說一年之中，惟利十二月，其餘皆有礙。宮內文書官傳達皇太后聖旨，一切交給居正決定。居正又遇到一個小小的困難；要在萬曆五年十二月舉行婚禮，新郎只有十五歲，新娘只有十四歲，未免太早；要到六年十二月，中間停頓一年，未免太遲，唯恐皇太后和皇上都等不及；要在這兩個時期的中間，欽天監又認為月份不利。這便怎樣呢？但是居正卻輕易地解決了。他奏明皇太后，因為英宗、武宗、世宗都是十六歲成婚，所以應當是十六歲；他說他也知道要等待萬曆六年十二月，未免太遲；因此他認為最好是明年三、四月，不遲不早，最為妥帖。欽天監不是說月份不利麼？居正說：「臣等竊惟帝王之禮，與士庶人不同。凡時日禁忌，皆世人俗尚，然亦有不盡然者。臣居正素性愚昧，不信陰陽選擇之說，凡有舉動，只據事理之當為，時勢之可為者，即為之，未嘗拘泥時日，牽合趨避，然亦往往誤蒙天幸，動獲吉利。況皇上為天地百神之主，一舉一動，皆將奉職而受事焉，又豈陰陽小術，可得而拘禁耶？」(83)他奏明皇太后，一切只要太后作主。隨後文書官口傳太后聖旨：「先生說的是，今定以明年三月。」這一次居正又得到一個小小的成功。
但是九月間，慈聖太后的難題來了。太后派司禮監太監孫得勝，口傳聖旨，今歲大喜，命內閣擬旨暫免行刑。明朝的制度，秋天有秋審，現在正是判罪執行的時期，眼看又要因為太后這一點婦人之仁，停頓下來。一切都和居正的主張根本悖謬了。居正認為國家之亂，完全因為有心寬縱，以致不可收拾，所以他說：「天下之事以為無足慮，則必有大可慮者。」(84)他認為「盜者必獲，獲而必誅，則人自不敢為矣」(85)。萬曆五年，有人和他說起孔子的話：「苟子之不欲，雖賞之不竊。」在季康子愁到盜賊太多的時候，孔子不曾這樣說過嗎？居正反駁道：
蓋聞聖王殺以止殺，刑期無刑，不聞縱釋有罪以為仁也。「苟子之不欲，雖賞之不竊」，此孔子箴病之言，是時魯失其政，寵賂滋彰，故言此以警之，非謂徒不欲可以弭之，無是理也。夫人之可以縱情恣意，有所欲而無不得者，莫逾於為盜；而秉耒持鋤，力田疾作，束縛以禮法，世之所至苦也。安於其所至苦，無所懼而自不為非者，惟夷、由、曾、史為然。今不曰「吾嚴刑明法之可以制欲禁邪也」，而徒以不欲率之，使民皆釋其所樂，而從其所至苦，是天下皆由、夷、曾、史而後可也。舜，不欲之君也，皋陶，不欲之相也，蠻夷猾夏，寇賊奸宄，猶不能無明刑作士以威之，況其餘乎？異日者有司之不敢捕盜也，以盜獲而未必誅也，不誅則彼且剚刃於上，以毒其仇而合其黨，故盜賊愈多，犯者愈眾。今則不然，明天子振提綱維於上，而執政者持直墨而彈之，法在必行，奸無所赦。論者乃不唯舜、皋之所以致理者，而獨用懦者姑息之說，衰季苟且之政以撓之，其無乃違明詔而詭國法乎？(86)
現在的難題來了，慈聖太后固然要「暫免行刑」，明天子也不再「振提綱維」，怎麼辦呢？居正立即上疏。他說：
夫春生、秋殺，天道所以運行，雨露雪霜，萬物因之發育。若一歲之間，有春生而無秋殺，有雨露而無雪霜，則歲功不成而化理或滯矣。明王奉若天道，其刑賞予奪，皆奉天意以行事。書曰：「天命有德，五服五章哉，天討有罪，五刑五用哉。」若棄有德而不用，釋有罪而不誅，則刑、賞失中，慘、舒異用，非上天所以立君治民之意矣。臣等連日詳閱法司所開重犯招情，有殺祖父母、父母者，有毆死親兄及同居尊屬者，有殺一家非死罪三人者，有強盜劫財殺人者，有鬥毆逞兇、登時打死人命者。據其所犯，皆絕滅天理，傷敗彝倫，仁人之所痛惡，復載之所不容者，天欲誅之，而皇上顧欲釋之，其無乃違上天之意乎？……今聖母獨見犯罪者身被誅戮之可憫，而不知被彼所戕害者，皆含冤蓄憤於幽冥之中，明王聖主不為之一洩，彼以其怨恨冤苦之氣，郁而不散，上或蒸為妖沴氛祲之變，下或招致凶荒疫癘之災，則其為害，又不止一人一家，受其荼毒而已。獨奈何不忍於有罪之兇惡，而反忍於無辜之良善乎？其用仁亦時矣！況此等之人，節經法司評審，九卿大臣評鞫，皆已眾證明白，輸服無辭，縱使今年不決，將來亦無生理，不過遲延月日，監斃牢獄耳。然與其暗斃牢獄，人不及知，何如明正典刑，猶足以懲奸而伸法乎？法令不行，則犯者愈眾，年復一年，充滿囹圄，既費關防，又虧國典，其於政體，又大謬也。伏願皇上念上天之意不可違，祖宗之法不可廢，毋惑於浮屠之說，毋流於姑息之愛，奏上聖母，仍將各犯照常行刑，以順天道。若聖心不忍盡殺，或仍照去年例，容臣等揀其情罪尤重者，量決數十人，余姑牢固監候，俟明年大婚吉典告成，然後概免一年，則春生秋殺，仁昭義肅，並行而不悖矣。(87)