要非常注意軍事，須知政權是由槍桿子中取得的。
——毛澤東
從小站出發
甲午一戰，李鴻章慘淡經營30年的淮軍武裝，頓時土崩瓦解。清政府痛定思痛，意識到舊兵不足恃。他們看到日本專用西法取勝，認識到中國今日當務之急，就是亦應仿用西法創建一支新式軍隊。於是，清廷決定全面改革陸軍軍制，開始著手編練新軍。袁世凱抓住這個機會，運動權貴，將新建陸軍的領導權抓到自己手中，從此開始了他角逐權力的生涯。
實際上，清廷讓袁世凱主持練兵，並不是就放心地把軍隊領導權全交給他。值得注意的是，在派袁世凱前往天津小站督練新軍的同時，清政府又委派滿洲道員蔭昌，挑選八旗精壯子弟，附入天津武備學堂。清廷此舉，意味深長，編練新軍，本來就是想培養一個像曾國藩、李鴻章那樣能控制整個大局的滿洲親貴。派遣蔭昌等滿人子弟進入天津武備學堂，一來預儲他日將才，等時機成熟代替袁世凱；二來因同在天津，相距不過數十里，可以起到監視袁世凱的作用。可見，清廷從一開始就力圖加強對新建陸軍的控制。
對於新建陸軍，清廷是寄予厚望的。光緒皇帝在1896年6月24日的上諭中說：「新建陸軍督練洋操，為中國自強關鍵，必須辦有成效，方可逐漸推廣……總期精益求精，悉成勁旅，俾禦侮確有把握，用副朝廷實事求是至意。」正因為這樣，袁世凱才得以向清政府放手要餉要槍，一般都能得到滿足。以新建陸軍為起點，袁世凱從此開始了他馳騁縱橫中國近代政治軍事舞台的發展時期。
經過庚子八國聯軍之役，清政府的軍事力量又一次幾乎喪失殆盡，只有袁世凱的軍隊毫髮無損。憑借這支軍隊，他一躍而成為清王朝權勢最大的地方封疆大員。
成為北洋軍領袖
1900年義和團運動之後，清王朝在政治、經濟、軍事等各方面的衰敗已無可掩飾地暴露了出來。清政府為了保住自己的統治地位，轉移人民鬥爭的視線，強化國家的統治機器，不得不實行國策的轉移，開始邁開西化的步伐，以此來維護其搖搖欲墜的統治，實現王朝的自救。
1901年1月，清政府頒布了籌辦新政的上諭，4月成立了推行新政的主持機關——督辦政務處，並陸續頒布了一系列關於新政的法令。對於這次新政，大多數疆吏鑒於戊戌變法的教訓，都表現得不太積極。然而袁世凱敏銳地意識到，這是一個發展個人勢力的絕好機會，只有抓住時機，進一步將自己的力量安插到軍隊的各個主要部門，才是攫取更大權力的最佳辦法。
編練新軍創建北洋六鎮，是清末新政的重要內容，也是以袁世凱為首的北洋集團最熱衷的改革。1901年11月，袁世凱被任命為直隸總督兼北洋大臣。他抓住新政這一機會，竭盡全力訓練和擴充其軍隊。從1901年到1905年，袁世凱完成了北洋新軍六鎮的編練，袁世凱的軍事實力和北洋軍閥的基礎完全形成。
北洋新軍在全國各省新軍中人數最多，官兵達7萬之眾，它擁有同時代最先進的武器裝備，訓練也相當正規，可以說是當時中國最強大的一支現代化武裝力量。更重要的是，在擴編六鎮的過程中，已經形成了以袁世凱為中心的比較完整的北洋派系。
袁世凱能在短短幾年中迅速地完成編練北洋六鎮，這與他善於抓練兵權有著極大的關係。袁世凱在編練新軍中深深懂得：要使自己的軍事實力迅速擴大，一定要取得清廷中央的練兵領導權力。為了達到這一目的，1903年3月，袁世凱上奏了他擬定的《陸軍訓練簡易章程》，並建議在清廷中央設立練兵處。而當時清政府也正想通過成立練兵處集中全國新軍的軍政和軍令於朝廷，牢牢地把新軍兵權掌握在清皇室的手中，因此，對袁世凱的建議極表贊同。同年12月，練兵處在北京正式成立。慈禧太后任命皇族奕劻為總理練兵事務大臣，袁世凱為練兵會辦大臣，皇族鐵良為練兵襄辦大臣。從表面上看，練兵處的大權是由清皇族所掌握，但實際上大權卻掌握在袁世凱手中。因為練兵處成立不久，奕劻就以自己年老多病，奏請慈禧太后將練兵具體事務責成袁、鐵「悉心經營」。鐵良雖為滿人，但年輕資淺，又缺乏練兵經驗，而袁世凱卻多年練兵有方，所以實際上掌握了練兵處的最高領導權。另外，練兵處下設的各機構要人都是袁世凱的親信。袁世凱曾向慈禧太后推薦其心腹徐世昌、劉永慶、段祺瑞、王士珍等人，說他們「隨同臣當差有年，知之最悉，均屬切實可靠」。在他的推薦下，後來徐世昌升為練兵處提調，劉永慶升為軍政司正使，段祺瑞升為軍令司正使，王士珍升為軍學司正使，練兵處的重要職位幾乎全被袁氏集團的成員所包攬。袁世凱還通過練兵處，制定了各種章則法令，包括新軍的編制、官制、訓練、裝備、薪餉等各項法令。通過這些措施，袁世凱控制了全國練兵的用人權、經費權、軍械製造權和練兵考察權。掌握全國的練兵權為他迅速編練北洋六鎮提供了有利的條件。他通過練兵處，吸全國之財，以供北洋一區練兵之用。他向各省攤派練兵費，將這些經費集中用於編練北洋六鎮。如1905年，各省實際交練兵處的白銀911萬兩，而其中600多萬兩用於擴編北洋六鎮。
袁世凱擴軍為的是擴張自己的軍事勢力，形成以他為核心的北洋派系。因此，各鎮重要將領都是由他親自選定，又幾乎都是小站出身。
第一鎮統制先後為鳳山、何宗蓮；
第二鎮統制先為王英楷，後換張懷芝；
第三鎮統制先為段祺瑞，後改為曹錕；
第四鎮統制為吳鳳嶺；
第五鎮統制為吳長純，後改為張永成；
第六鎮統制為王士珍，後改為趙國賢。
統制以下的統領（旅長）、統帶（團長）以及一部分管帶（營長）均出自小站時的舊班底。除第一鎮因是旗兵，袁世凱不能完全控制外，其餘五鎮都是袁的嫡系部隊。
除了六鎮正規軍以外，袁世凱還把駐直隸的淮軍各營整頓改編為39營，分為前、後、中、左、右五路，以屬下夏辛酉、張勳、李天保、徐邦傑、邱開浩分別統帶，駐紮直隸各州縣，作為北洋常備軍的別動隊。宋慶的武衛左軍（又稱毅軍）共20餘營，其中各將弁多系袁世凱先人舊部。1902年宋慶死後，由馬玉昆接統，其中八營撥歸姜桂題統率，倪嗣沖被任命為營務處長官，至1908年馬玉昆死，毅軍全部由姜桂題接收，納入袁世凱的北洋軍系統。這樣，袁世凱以北洋大臣的身份統領著近10萬全副現代化武裝的北洋新軍，形成了以他為中心的一個龐大的北洋軍事團體，為他日後以軍事力量操縱政壇、奪取政權奠定了基礎。
木秀於林，風必摧之
表面上看，袁世凱建立北洋軍易如反掌，但情況並不簡單。練兵處之設，是繼承督辦軍務處而來的，形式上是統一軍政，收回各省兵權，而其重點很明顯的是將北洋所練新軍收回中央，這是中央與地方之爭；清廷想通過練兵處削除漢人手中龐大的兵權，這是滿與漢之爭。督辦軍務處打算培植榮祿以替代李鴻章，練兵處打算培植鐵良以代替袁世凱。前者榮祿保薦袁世凱督練新建陸軍、發展武衛右軍，義和團事變、庚子八國聯軍之禍成就了袁世凱。後者鐵良雖曾參與京旗訓練，但其才具資望遠不如榮祿，其所恃僅為暗中謀劃者良弼。但良弼回國未久，資歷尚淺，不能放手活動，只有在練兵處招致士官派以對抗武備派。
軍諮副使哈漢章說：
中國軍隊，最早多半行伍出身，自小站練兵，始取材於武備學堂。後來派遣學生到日本士官學校留學，近年學成陸續回國，因為北方軍隊的武備派成了一種勢力，不能插進，所以分散各省。良繼臣（弼）系滿洲鑲黃旗籍，他是紅帶子，在旗人中有此嶄新軍事人才，而且才情卓越，故在北京能周旋於親貴之間，時常遊說：「我們訓練軍隊，須打破北洋武備勢力，應當找士官做班底，才能敵得過他。」樞要（反慶、袁的）中人都很領會。所以練兵處成立就調在湖北的士官第一期吳祿貞，第二期哈漢章、易迺謙、沈尚濂等；又向各省增調第一期盧靜遠、章遹駿、陳其采，第二期馮耿光等數十人來京，在練兵處擔任草擬各項編製餉章及有關教育訓練並國防上應有計劃重要職務（也有參加兵部的）。於是練兵處就成為士官派的大本營，良弼即暗中作為士官派與北洋派爭奪軍權的領導者。
其時，袁世凱在北洋包攬軍權財權，春風得意，人人對他無不側目而視，言官紛紛糾彈，御史王乃徵直指其為元惡大憝，可見一時權臣之敢為，朝士之敢言。
王乃徵在彈劾袁世凱的奏章中言辭犀利，不留餘地：
古今中外不聞舉國兵柄利權挈而授於一人之理。今練兵之事，旨派慶親王為總理，袁世凱為會辦，兼有鐵良襄辦矣。顧慶親王分尊事見，素不典兵，何從識武將一人？何能議軍政一事？鐵良之才，素無表現，愈益可想！然則大權在握者，固惟獨袁世凱耳！觀旨派提調三司，如徐世昌等皆該督薦舉，素日為其心腹，將來濟濟師旅感挾纊之恩而指揮唯命者，豈復知有他人？又況督責天下之餉需，欲戶部不得過問；舉劾天下之將弁，欲兵部不得持權，既歷史所未有，亦五洲所不聞。枝重有撥本之嫌，尾大成不掉之勢，此其立召禍亂者五也。凡此五者，事至易明，理至易辨。昔宋臣歐陽修著有《為君難論》，引秦符堅聽慕容垂之言而代晉，清泰帝聽薛文遇之言而移晉祚，謂兩君皆力扼群議，專信一人，以致亡國。臣恐今日之事，正有類此。
再，臣聞袁世凱之請派餉練兵也，所謂司馬氏之心，路人皆知，豈果奮忠謀以維國勢哉！……臣觀國家二百餘年，雖事變不一，從無強臣逼僭之嫌。何則？制馭有法，恩不至竭而生其慢，位不至極而長其驕耳！今該督年甫四十，曾無勳績足錄，而寵任之隆，已為曾國藩、李鴻章所未有滿溢之戒。該督既不自知逾分之嫌，朝廷獨不加慮乎？夫禁兵衛士自來必用旗藉，今宮廷之前皆列該督練軍，是其爪牙佈於肘腋也。京卿重秩必於勳舊有功，今楊士琦授參議，徐世昌擢閣學，皆奔走於該督而由所薦舉，是其腹心置於朝列也。自來樞要重臣或由廷推或膺特簡，而那桐之授外部，榮慶之入軍機，人言藉藉，謂由該督托慶親王保薦，是其黨援置於樞要也。臣愚尤所不解者，從前大學士榮祿當國，該督所謅事而固結者，知有榮祿一人而已，其餘樞臣尚皆仰該督鼻息。今春榮祿薨逝，聞該督皇皇失勢不可終日。是時有天津罷市之事，朝命罷去印花稅，不准借端科斂、巧立名目，該督愈益悚懼。何意數月之久，而慶親王之倚信反有十倍於榮祿者。此次該督練兵籌餉之奏，聞兼擬進諭旨，慶親王即袖之以入。樞臣如王文韶、鹿傳霖等聞雖退有後言，而皆隨同畫諾。所有旨派提調三司，既由該督薦舉，歸所統轄，而皆尊以副都統之銜。又聞創立名目，有四科二十餘股之稱，至於官弁、餉需、軍械、徵調、度支，欲舉吏、戶、兵、工四部之權，一人總攝。群情駭異，謂疑於帝制，自為倚信，至斯可謂古無今有。臣竊私心揣測，誠知聖明軫念時艱，固將倚一重臣，以資柱石，而慶親王之倚信不疑，亦必有冥冥然契合於無間。臣敢謂朝廷待之以赤心，而該督不報之以戰慄哉！特是觀人者，必究其本原；謀國者，必慮其深遠。如該督之不愜於輿論，不信於朝臣，豈皆悠謬不足憑？而北洋兩年一切舉措若何，人人耳目周知，得失不難立辨。顧復欲假美名以濟其私，握重權以便於己，一封朝奏，詔旨立頒，豈忠奸可以不辨、微漸可以不防乎？夫自古元惡大憝，非必先事即著，亦豈必初心所甘？恩極位極，權寵逾溢，而羽翼之攀附，國勢之凌夷，復有所積漸而致之、相逼而成之耳！以今日國家兵賦大政悉聽一人，專恣如此，即使忠純如曾國藩、胡林翼、左宗棠，臣抑以為未可，況該督之斷斷非其人也。
此時京師空氣，對於袁世凱異常惡劣，但袁世凱始終不能被政敵所撼動，仍是北洋六鎮的實力在起作用。
袁、鐵之爭
1903年春，掌握中央軍權的榮祿去世，滿洲親貴中能夠制馭袁世凱的力量不復存在，雙方爭奪軍權的鬥爭驟然激化，最突出的表現便是袁世凱與鐵良的軍權之爭。
鐵良曾為榮祿幕僚，得以與袁世凱交往。1902年11月，袁世凱以「才長心細，器識閎通」為由，奏請以鐵良為京旗練兵翼長；12月又保鐵良署兵部左侍郎；次年5月又請已授戶部右侍郎的鐵良仍會辦京旗練兵事宜；練兵處成立後，又薦鐵良為襄辦練兵大臣。
鐵良因屢受袁世凱提攜，被時人目為「袁之爪牙」，與徐世昌、榮慶並稱袁氏麾下「三君」。然而，鐵良畢竟是滿人之中「深於種族之見者」，曾謂「海外黨人排滿之說甚熾，以漢人久握軍事大權，甚非慎固根本之計也」，因而與袁世凱有著根本的利害衝突；同時，袁雖屢薦鐵良以至高位，但始終視其為附庸，而不予他實權。鐵良對此自不甘心，隨著「朝眷日隆」，「乃思奪世凱之權」。
袁、鐵交惡，是從糧餉收放權的爭奪開始的。
練兵處初設時，曾由慶王奕劻奏定「原撥新練各軍餉項及續籌專餉，均解由臣處（練兵處）餉局收放，所有各項支發，按年由臣處核議奏銷，無庸由各部核銷，以免紛歧。其續籌各專款，統由臣處督催經理」。然而，袁世凱一手包攬練兵處，造成「向來各省協濟練兵經費，及土藥稅費，均解由北洋糧餉局接收，練兵處只備案而已」。鐵良掌戶部後，立即從糧餉入手限制袁世凱勢力的擴張。他先是拒絕袁世凱寄予厚望的印花稅之請，不准袁世凱「借端科斂，巧立名目」，同時又利用手中之權「鉤稽精核」，處處掣肘，致使「北洋財政竭蹶，不免牽蘿補屋」，窘迫無狀，袁因而對鐵良大為不滿。
軍務方面，鐵良雖然暫居籬下，但「彼此手下，俱有一各不相下之勢隱在心中」。鐵良為了與袁世凱相抗，進而取而代之，決心從培養自己的勢力入手。此時乃有親貴子弟良弼由日本學成回國，鐵良倚之為謀主，遂以練兵處為大本營，廣招士官學生安插其中，以力圖形成士官派勢力，打破袁世凱的北洋武備派勢力。
袁世凱對於鐵良、良弼等人的活動目的十分清楚。為了挫敗鐵良的計劃，他立即運用權力調良弼出練兵處，至第三鎮為標統。良弼畢業未久，即任標統，在外人看來當為殊遇，然而第三鎮為袁氏私黨段祺瑞所帶，袁調良弼於「夙以屠名」的段氏手下，其目的無非是想將他嚴密控制起來。良弼心中也十分明白，故堅辭不往，運動調回練兵處。袁世凱聞訊大怒，「言將不用命」，並「以去就相爭」，良弼只好復回軍中，然而三個月後，在鐵良的活動下，良弼「仍調京用」，袁世凱竟也無可奈何。
袁世凱擴軍張勢，引起了慈禧太后的警覺。1906年9月，釐定中央官制上諭下，規定「兵部著改為陸軍部，以練兵處、太僕寺併入。應行設立之海軍部和軍咨府未設立之前，均暫歸陸軍部辦理」。同時任命鐵良為陸軍部尚書，另兩位滿人為左右侍郎，中央兵權，遂盡落滿洲親貴之手。袁鐵之爭暫以袁世凱失敗而告一段落。
鐵良既掌陸軍，立即著手削奪袁世凱手中的兵權，其採取的措施主要有：
第一，收各省軍隊歸陸軍部統轄。1906年10月，清廷頒布上諭。上諭說：「現在專設陸軍部，所有各省軍隊，均歸該部統轄」，欲借統一全國軍政之名，奪取北洋六鎮，削奪袁世凱兵權。這項舉措，實際是軍隊由國家（清廷）控制還是由個人地方集團控制的一場鬥爭，亦即兵為國有還是兵為將有的鬥爭。對此，袁世凱心中十分清楚，認識到照此發展下去，對他十分不利，但瞻前顧後，要反抗又沒有確保勝利的實力，只能以退為進，蓄勢待時，不敢遽發，以圖東山再起。於是奏請將第一、三、五、六這四鎮「歸陸軍部直接管轄，無庸由臣督練」，而第二、四兩鎮，則因「客軍尚未盡撤，大局尚未全定，直境幅員遼闊，控制彈壓，須賴重兵」，故「請仍歸臣統轄督練，以資策應」，試圖以「多還少留」的手法試探清廷對他掌握部分兵權的態度。結果朱批「現在各軍，均應歸陸軍部統轄，所有第二、第四兩鎮，著暫由該督調遣訓練」。表面上清廷對袁做了讓步，但「統轄督練」改為「暫由調遣訓練」，卻明白地顯示出清廷準備在日後將二鎮收回的意圖。
四鎮收歸陸軍部後，鐵良立即任命滿人鳳山任練兵會辦大臣，接統袁世凱交出的北洋四鎮，從而將四鎮控制於滿人之手。
第二，收回高級軍官的任免權。北洋諸鎮成軍之初，軍官全為袁世凱一手安插，因而要職皆為袁氏心腹，軍官之進退榮辱也全操於袁世凱一人之手。長此以往，他們與袁形成了濃厚的人身依附關係，只唯袁一人之命服從。練兵處成立後，其章程規定「遇有才具出眾、堪資任使各人員，由臣處不拘階途，奏請破格擢用。所有隸屬臣處各武職，均由臣處分別註冊，咨行兵部另檔立案」。這樣，袁世凱就可以名正言順地安置黨羽，培植私人勢力，兵部卻只能僅備案而已。鐵良掌陸軍後，為了打破這種局面，摧毀袁世凱的根基，決定先從高級軍官入手，規定「欲收集天下兵權，凡天下各鎮統制，皆由部奏請簡派，督隊官始由督撫委用」。這樣一來，既可以排擠袁氏私黨，又可將慶賞之權納於己手、籠絡軍隊以為我用，可謂一箭雙鵰。
第三，收北洋學堂歸陸軍部管轄。清末北洋六鎮的編練成功，使清政府重新擁有了一支新型的武裝力量，這是符合清王朝利益的。但另一方面，這支軍隊卻有著嚴重的地方分權性質，特別是一系列北洋軍事學堂的開辦，更使袁世凱建立了自己的親信網絡，形成了北洋集團，以至於掌握了清王朝的大部分武裝力量，這無疑引起了清廷的猜疑和忌恨。滿族權貴們在實踐中也逐漸認識到軍事教育對掌握軍權的重要性。鐵良當初用士官派與袁世凱爭權時，即因武備派成了一種勢力，不能插進。掌陸軍部後，鐵良立即採取種種措施，將袁世凱所創之軍校，全部歸入陸軍部管轄，以力圖改變袁世凱等人對辦軍校事務的獨霸，奪得了軍事教育權，以保證清廷對新軍教育的控制權。
第四，收回籌餉之權。軍餉為軍隊之性命所繫。袁、鐵爭奪新軍籌餉權由來已久。陸軍部成立後，為了加強對軍餉的控制以扼制袁世凱勢力的發展，鐵良以接管練兵必須先清餉源為由，規定協餉均解由度支部轉陸軍部收。為了達到這一目的，鐵良曾擬親自以陸軍部尚書兼署度支部尚書，以統一事權，後來雖然度支部尚書職務改由別員接任，但仍為滿人，因而所有軍餉牢牢地握在了鐵良之手。
經過一番大刀闊斧的改革，鐵良將原屬於袁世凱的權力大都抓到自己手中，從表面上看取得了一定成效，實現了滿洲親貴夢寐以求的重掌兵權的願望。然而，結果遠非鐵良等人所願。這些措施產生的影響是有限的，盤根錯節的北洋勢力並未遭到廓清，袁世凱仍能在暗中掌握並控制北洋新軍。這是因為：
首先，被鐵良倚重的滿洲將領鳳山，對鐵良並不忠心，和滿洲親貴青年也合不來，相反卻與袁世凱關係密切。在接收北洋四鎮之前，鳳山就先去拜訪袁世凱，面詢機宜，因而人事任用等安排多出於袁的意見，北洋四鎮實際還是慶王和袁世凱在背後掌握著。同時鳳山接管四鎮，操兵餉之權後，即傚法袁世凱，以截曠之餉送往慶王府邸，大中奕劻之意。因而出現「尚書（鐵良）權力日衰，而將軍（鳳山）又襲前人衣缽，炫耀一時」的現象，大出鐵良意料之外。為了試圖重新控制鳳山，鐵良以拒絕保鳳山任陸軍部侍郎相威脅，其結果反而使兩人矛盾更加激化，這就必然影響到鐵良對北洋舊部的淘汰改造工作。
鐵良最頭疼的還是北洋舊部。袁世凱儘管交出了部分兵權，但除第一鎮外，其餘幾鎮本是袁世凱一手編練而成，原有將校均為他一手選拔的心腹死黨，即便是袁氏離開了他們，其影響力仍然是決定性的。袁世凱依然對這些軍隊保持高度的影響，保持一種可以左右軍務的力量。故三、五、六鎮名義上歸陸軍部管轄，但陸軍部根本指揮不動。另外，老成的慈禧太后雖罷免了袁世凱的兵權，但並沒有將他置之於死地的打算，仍然重用和維護他。
時任軍機處領班章京的華世奎說：「自陸軍部成立，收回北洋軍隊，部省摩擦日甚。袁督雖出第一、三、五、六四鎮，而統制以下各級軍官都是袁舊部武備派舊人。軍部擬陸續以士官派更換，自非舊派所能甘服。」雙方矛盾日益激化。為防止鐵良的士官派與袁世凱的武備派因衝突而鬧出事端，1907年3月，慈禧太后發佈「奕劻著管理陸軍部事務」的上諭。上諭中有「循私偏執，一併嚴懲」之語，顯然是指責鐵良排擠袁系過急，故以奕劻調處兩者之間，防止釀成事故。足見滿洲親貴欲奪袁世凱的兵權，也並非輕而易舉。
奕劻管部後，職權在鐵良之上，因此軍事系統的改組仍將在和袁氏有交情的人監督之下進行。奕劻素來黨袁，乃人所共知。鐵良曾想傚法袁世凱以財貨投其所好，將其拉到自己的陣營，便於奕劻生日時送以萬金，不料奕劻說：「此不是來開玩笑乎？」奕劻本無貨不收，而唯鐵一處拒收，這對於鐵良是一個很大的打擊。在奕劻的牽制下，鐵良舉措失著。不久即有人謀倒鐵良，其術極巧而工，致使鐵良朝眷頓衰。其術其人為何，已不可知，但可以肯定，與慶、袁有關是無疑的。