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崇禎十三年春，李自成挫敗了叛將周山的策反圖謀。初夏時節，他率千餘精兵離開商洛山，成功地從武關突圍而出。他曾去白羊寨準備與張獻忠聯合，卻險遭對方暗害，於是決定暫時潛伏於鄂西鄖陽山中。
當農民軍被圍困之時，崇禎實際上也被層層圍困在紫禁城中。為了籌措軍餉，他不得已向勳戚借助，並拿武清侯李國瑞開刀，由此引發了宮廷內外錯綜複雜的鬥爭。年僅五歲的五皇子、首輔薛國觀等多人都在這場鬥爭中死去，田妃也因幫李家說了一句話而遭受「嚴譴」。但這場鬥爭最後以崇禎的失敗而告終。
十一月，楊嗣昌指揮的數省官軍為「圍剿」張羅聯軍而幾乎全到了四川內地和川陝交界地帶，湖廣、河南十分空虛，在鄖陽山中潛伏半年的李自成趁機悄無聲息地經淅川進入河南，通過號召饑民，於一個月後就發展到十萬餘人，開始向洛陽進兵。
牛金星、宋獻策均已加入農民軍。宋獻策帶來的「十八子主神器」的《讖記》使將士們和週遭百姓相信朱明王朝的天下將被李氏取代，而闖王李自成就是未來的「真龍天子」、「天命攸歸」的一代新君，從而極大地振奮了士氣，影響了民心。
這時，李信因放賑而被仇人陷害，下入杞縣獄中。紅娘子攻破縣城，救出李信，進而把後者推上了起義道路。在投奔闖營路上，李信致函李自成，提出了「據宛洛以爭中原，據中原以爭天下」的富於遠見的方略。同時他改名李巖，字林泉，表達了與昨日告別及將來功成歸隱的心願。
十四年正月，義軍攻破洛陽，殺了崇禎的叔父福王。李巖與紅娘子在勝利的喜慶日子裡結為夫妻。二月上旬，農民軍向河南省會開封進軍，但在開封城下卻遭到明軍頑強抵抗，李自成本人也中箭受傷。
當闖軍攻打開封之際，一度被楊嗣昌圍追堵截的張獻忠已經勝利出川，並以奇兵襲破襄陽，殺了襄王，致使連失兩藩的楊嗣昌不得不在沙市行轅中畏罪自殺。
曾與張獻忠聯兵作戰的羅汝才，現在來到伏牛山與李自成合營，奉李為主。八月底，準備迎戰傅宗龍的闖羅聯軍正行進到遂平，剛被左良玉打敗的張獻忠突然前來求援。李、羅、張各不相同的性格及彼此之間的複雜關係在這次難得的聚會中生動地呈現出來。
同月下旬，奉旨出關解救錦州之圍的洪承疇，由於所率八總兵人馬中有幾支未戰先逃，導致全軍崩潰。洪退守松山堡。
九月中旬，農民軍在項城附近大敗明軍，擒殺傅宗龍；十月，又橫掃葉縣和南陽。進攻南陽之前，李自成設計劫走左良玉的女兒，為日後王四去武昌見左良玉埋下了伏筆。