雍正即位之後，對八王黨採取分而治之的策略，將其黨首允祀留在身邊，充任掛名首輔；將後起之秀、卸任大將軍允禵安置到景陵看墳；將能力不濟但外家勢大的十阿哥允䄉借事革爵拘禁；而將心計最深、反抗意識最強的九阿哥允禟交給年羹堯，帶到烽煙四起的青海。
在這種情況下，對年羹堯來說，看管允禟和擊敗羅卜藏丹津是同樣重要的工作，但處理方式理應有所不同。後者是外寇，大將軍受專閫之權，可以講究個臨機應變、將在外君命有所不受。對於這一點，雍正帝是清楚的，所以哪怕年羹堯焚寺屠僧、在軍事行動中做出了不符合大政方針的舉動，雍正帝也並沒有過多表示。但前者則不然，對於這位鬩於牆的兄弟，雍正帝是要隨時密切關注的，年羹堯只有早請示晚匯報的義務，沒有私下溝通、便宜行事的權力。可惜，精於用事而疏於權術的年羹堯並沒有把這兩件性質截然不同的工作分得清楚，對待前者，他採取了和後者類似的處理方式，令雍正帝絕不能滿意。
允禟與年羹堯也算是熟人，康熙年間，他們的交集主要有兩個。一是允禟的女婿永福，他是權相明珠的孫子，年羹堯的妻舅。二是葡萄牙籍傳教士穆景遠。明末清初，歐洲傳教士一直是中國政壇的一股重要勢力。康熙皇帝喜愛西方科技、藝術，對宮廷傳教士多所優待，在外交方面尤其倚仗，令其深度參與國家政治。康熙後期，諸皇子為了儲位爭作一團，傳教士們為爭取下一代皇帝對耶穌會士的支持，極力交好諸皇子。因為八王黨的呼聲最高、氣勢最盛，與他們往來密切的傳教士也最多，這位穆景遠就是其中之一。除了和八王黨中的允禟關係密切外，穆景遠與年羹堯之兄年希堯也很熟悉。我們前文交代過，年希堯多才多藝，尤其熱衷西學，和傳教士來往頻繁。穆景遠曾到年希堯家做客，藉機與年羹堯相識。康熙五十九年，穆景遠受允禟委派專程去見年羹堯，托其照管允禟在川陝的親信，並代允禟向年羹堯贈送了禮物。
雍正元年二月，為父守喪剛過百日的允禟被雍正帝強令遠赴甘肅軍中，交由年羹堯看管，後又隨同年羹堯前往西寧。在允禟初赴軍前的幾個月，年羹堯對這件事的重視程度顯然沒有達到雍正帝的預期，對於允禟在西寧的安置問題，他並未專文匯報，只是在奏折中順便提了一句：「據署理西寧總兵印務副將黃喜林報到，九貝子於四月二十一日已到西寧，臣亦現在遣官前往西大通地方趕造房屋，俟修蓋完日，移文九貝子搬來居住。」雍正顯然對這麼一點信息量不滿意，趕緊告訴年羹堯：「如九貝子等可疑無用之人，不妨傳旨，該往何處打發，一面料理，一面奏聞。」不久，年羹堯向皇帝匯報西寧周邊駐防將領分派情況，在談到署理西寧總兵的武將黃喜林善於帶兵、得到當地軍民擁戴時，雍正帝不理會黃喜林為將如何，反而批曰：「防九貝子要緊，速移為是，黃喜林不可叫九貝子哄了去！」意在提醒年羹堯，加強對允禟的防範，特別是別讓他買通了直接看守黃喜林。
對於皇帝的這個囑咐，年羹堯並沒有足夠詳細地回復，這讓雍正帝很不放心。於是一個月後，在年羹堯一道純粹的軍務匯報奏折上，雍正帝又批問：「九貝子、察罕丹津部落二事如何料理？」察罕丹津，即是被羅卜藏丹津逼逐的親清派和碩特王公，與他相關的事，當然是重大公務、軍務。而將九貝子允禟的安置問題放在察罕丹津之前發問，顯見雍正帝的重視程度。對此，年羹堯仍未專折回奏，仍是在奏陳軍務過後，表示西大通允禟居住的房子還沒有造好，等房子蓋好了臣再撥兵伴守云云。
到雍正元年七月，西寧周邊的軍事形勢已頗為緊張。即便如此，雍正帝仍然高度關注允禟的動向，主動向年羹堯提及此事，說允禟上了個奏折，要求回北京，自己不便直接拒絕，「渾說個『知道了』」。他告訴年羹堯：自己的本意是絕不想讓允禟回京的，允禟如果藉著這個模稜兩可的「知道了」要求回來，你可千萬給我攔住，就說你沒得到旨意，不能放他回京。
在雍正帝三番五次催問下，到當年的十月份，年羹堯才系統匯報了允禟在西寧的生活情況，說自己在西寧旁邊的一座小城西大通（今青海省西寧市大通縣西北）為允禟修蓋了臨時住所，請他搬去居住；又細述自己與允禟在西寧郊外民房中會面談話的情形，談及自己如何讓允禟打消回京的念頭，並接家屬來住。雍正帝連批「真正難為你」「好極」「奇才」「得體」等語，對年羹堯的匯報十分滿意。
此時，西寧周邊已是遍地烽火，允禟遷居西大通後，年羹堯放在他身上的精力很少，雍正帝似乎也不好在前方戎馬倥傯之際再打聽政敵消息。直到雍正二年三月，年羹堯才再次匯報了允禟的情況，而且是對其進行參劾。起因是河州（今甘肅省臨夏市西南）守軍捉住三名形跡可疑的旗人，審問得知是允禟手下管放牧的頭目，奉允禟之命前往河州採買草豆、踏勘草場。年羹堯以邊口之地各民族雜居、奸細最多，而允禟未告知自己就派人跨地區買賣、踏勘，違抗軍法為由，將其參奏。
這道彈章，雖然客觀上滿足了雍正帝對允禟凡事找碴罵一頓的要求，但主觀上來講，年羹堯可能還是從軍事和邊疆管理角度來考慮問題的。
首先，善於經營的允禟定居西大通後，一直沒斷了在甘肅、青海等地做買賣。他此行攜帶巨額金銀，且出手十分大方，採買物品不計價格，聽賣家索要。使得遠近大小商人無不知道西大通來了九王爺，豪爽賢德，遂趨之若鶩，小城西大通一時間竟成了個商業中心。對於允禟這些作為，年羹堯近在毗鄰，不會沒有耳聞，卻未加以限制，也沒有上奏。想來那次河州買草，如果不是相關人員被當作奸細抓獲，年羹堯也未必願意多管。
另外，此次參劾後不久，年羹堯又寫一奏折，為允禟遮掩起來。他說：「貝子允禟近日行事光景頗知收斂，臣此次路過西大通，未曾見面。蓋自臣參奏後，恨臣固深，而其上下人等亦自此始知畏法。臣已留人在彼，凡貝子允禟有何行事之處，臣皆得聞知。」對於年羹堯這樣的態度，雍正帝是絕不放心的，他提醒年羹堯：「此人奸詭叵測之人，非廉親王、允禵之比，此二人真還望其後悔。」又在年羹堯提及自己派人監視允禟處批道：「第一要緊，如此方好。」
在雍正帝心目中，允禟是徹底的敵對勢力反動派，絕不可能改悔，也絕不能被饒恕，對待他，只有密切監視、控制，進而挑剔毛病、羅織罪名、除之而後快這一條路，無可動搖。他的這一種態度，當然不是突然產生的，而是長期積累、一以貫之的。年羹堯自受命監視允禟之日起，雍正帝即將自己的這一態度向其多次明示、暗示，年羹堯是聰明人，不會毫無察覺。然而在實際的監視活動當中，年羹堯卻沒有堅決貫徹雍正皇帝的意旨，不但一次參奏之後，又轉而為其遮掩，稱其「知收斂」「知畏法」，還放鬆監視，使允禟有經營買賣，甚至和傳教士穆景遠等人交流聯絡的空間。可以想見，遠在京城、鞭長莫及的雍正帝，對此會有怎樣的疑惑、是何等的緊張！
在筆者看來，年羹堯的這一做法，大概出於三個原因。首先，年羹堯與允禟本有交往，是熟人，還多少沾些親戚；允禟是先帝皇子，其父康熙帝對年羹堯有無以復加的知遇之恩。為了先意承志、取悅新君，而凌虐和自己沒有私仇私怨的恩人之子，這樣的行為，不是年羹堯這種以「大英雄」自詡的人做得出的。
第二，正如筆者前文所交代的，年羹堯自始至終沒有把自己定位成雍正帝的「私人」，哪怕他們之間有很近的親戚關係。年羹堯始終認為，自己最重要的職務是「大將軍」，最重要的職責是帶兵打仗、驅逐叛軍，而不是參與皇室鬥爭，幫助皇帝打擊親兄弟。即便每個官場中人都知道，幫上司做好事、公事，遠不如幫他做壞事、私事更容易產生親近感。
第三，雖然沒有任何材料證明，但筆者大膽推測，年羹堯可能在困守西寧孤城、難以得到後方足夠支援的情況下，向同在西寧、隨身攜帶了大量金銀的允禟予以經濟上的求助，並得到了允禟的支持，所以無論如何，要對他手下留情，一定程度上充當了他的政治保護傘。對於這一點，雍正皇帝可能也有所瞭解，採取睜只眼，閉只眼的態度。年羹堯落馬後，繼續受命看管允禟的宗室楚宗、直隸總督李紱都發現了允禟、年羹堯之間有不少的往來書信，並將此事上奏雍正，示意要不要借此將二人定以同黨之罪。雍正帝為此回復二人，這些書信的事他都知道，二人自有罪名，何必憑空拉扯在一起。
雍正帝將允禟交給年羹堯看管，本來是出於信任，年羹堯寬待允禟一事，如果發生在雍、年君臣交好之時，最多也只會造成皇帝的不滿。而一旦君臣交惡，特別是交惡的形勢明朗化之後，在即位合法性有瑕疵的雍正帝看來，年羹堯割據西北、手握大軍、身邊又挾有野心勃勃的反對派皇弟，甚至利用起了皇弟的政治、經濟資源，那可就過於危險了，其局面簡直可以與當年挾制著南明永歷皇帝的吳三桂相提並論。想必每念及此，雍正帝都要不寒而慄、夜不能寐吧。
從雍正三年初「倒年運動」進入籌備階段起，雍正帝對允禟的控制措施也越發嚴厲。他以允禟在西寧縱容家人生事為由，派遣都統楚宗趕到西寧對允禟進行約束，接替了年羹堯對允禟的監視工作，在他們二人之間樹了一道防火牆，隔絕其聯絡。
對於監視允禟一事，楚宗與年羹堯的態度大相逕庭，才一接到任務，就立場鮮明、鏗鏘有力地表態說：「楚宗原本愚鈍，承蒙聖主隆恩，雖在夢中，惟念聖主。無論何人，聖主穩知，卑職楚宗何所效力，今抵至西寧後，盡力嚴管彼處所有人等，若有不從，當即參奏以外，倘稍有異常舉動，即一面奏聞，一面酌情辦理。」雍正帝為此表揚他：「所奏允禟之事甚知大理大義，殊堪嘉獎，此方稱不辱宗室為首大臣也。」楚宗受到鼓勵，一到西寧就嚴參允禟裝病不請聖安、不行叩拜之禮、態度傲慢、自稱脫離紅塵之人，並在西寧經商貿易收買商民兵丁之心等事，並建議皇帝下旨將允禟帶回京城囚禁，以絕後患。
根據楚宗提供的信息，雍正三年三月，皇帝直接用允禟之事表達對年羹堯的不滿，朱批曰：「楚宗奏允禟在大同（通），兵民買賣人俱稱賢王，普概感激，而其下人逐日射箭嬉戲，毫無為難之色，問其何以如此，皆言一切交易上，下人任買賣人之價所取，因此而得名等云云。與你之所見何如？你與允禟來往字跡光景言辭怎麼樣？有存著送些來看。允禟見楚宗時放肆無禮，出言不遜之至，朕已明諭在廷王大臣等，想你自然亦得聞也。據實奏聞。朕原有諭你，想你的兵弁人等被他愚弄欺你，這樣光景似應朕諭矣。」其中「你與允禟來往字跡光景言辭怎麼樣？有存著送些來看」已經顯示出強烈的不信任感。
此時的年羹堯已是動輒得咎，應對皇帝的不滿有所察覺，但江山易改，本性難移，即便被如此責問，他仍不肯為允禟額外增加罪名，以求自效，只是將楚宗所稱的允禟罪名又重複一遍，上奏給雍正帝。當然，不論如何表態，對年羹堯來說都是為時晚矣。很快，他對允禟的監視任務，就和他的川陝總督、撫遠大將軍身份一起落幕了。