從雍正三年四五月起，年案進入第三個階段，這一階段持續到當年十一月，以免去年羹堯撫遠大將軍、川陝總督，改調杭州將軍為始，以將其免去所有職銜，鎖拿進京告終。在這期間，雍正帝嚴格按照《大清律例》和吏部《則例》的規定，以及相應的法律、行政程序，以各種罪名，將年羹堯的爵位從一等公降為二等公、從二等公降為三等公、再降為一等精奇尼哈番（漢語意為子爵）、再降一等阿思哈尼哈番（漢語意為男爵）、再降一等阿達哈哈番（漢語意為輕車都尉）、再降一等拜他喇布勒哈番（漢語意為騎都尉），最後革去爵位；將其職務，由川陝總督改調杭州將軍，再降為閒散章京，最後全部革去。
這一階段，內外大臣針對年羹堯的彈章雪片一樣飛向北京，各個方面的證據也基本落實清楚。雍正帝將這些章奏原封發給年羹堯本人，令他逐條「明白回奏」。對於皇帝的步步緊逼，年羹堯顯得應接不暇，甚至不敢相信雍正帝真的會把自己擺到對立面。年羹堯一向有心臟病，在西寧守城時曾經發作，雍正帝以「天王補心丹」相賜，對他的病情十分瞭解。從北京回到西安後，年羹堯接連遭到皇帝斥責，心情緊張，舊疾復發。他在奏折中自稱雍正三年入春以後，自己飲食減少，夜不能寐，二月初吐血三次，漸覺頭暈，辦事也力不能支，到三月病勢稍好，但身體瘦弱。岳鍾琪也在奏折中證明年羹堯確實面色蒼白、軀體瘦弱，身體狀況尚不如在西寧守城時。但雍正帝看到這樣的說法，很不買賬，認為他是以生病為托詞，不肯正面承認自己的過錯，遂批以「你的精神再不得短少」「凡有言及你病者，朕皆難信矣，況你再不得病？不用這些作為，君臣彼此徒寒心耳。」
雍正三年四月十八日，年羹堯接到吏部咨文，得知自己被免去川陝總督一職，改調杭州將軍。對於這樣的結果，年羹堯極難接受，他知道一旦被剝奪兵權，離開川陝大本營，就再也沒有和皇帝討價還價的條件了。於是，他一面按慣例寫下謝恩折子，說自己庸碌之資，擔任封疆日久，又值重病，昏聵日增，辦事經常出錯，現在皇帝將他調到杭州將軍這個「簡缺」上來，是愛護、保全他，他也能有機會調治身體，對此非常感激云云。而與此同時，年羹堯又暗示西安地方官組織了一個規模不小的「保留」活動，想借「民意」給北京施加壓力。在一般人看來，這樣的做法是個危險的信號，似乎是年羹堯意欲殊死一搏的前兆。
對於年羹堯的說法和做法，做了充分準備的雍正帝應對十分自如。他先在年羹堯的「謝恩」折上長篇累牘大發誅心之論，說：
朕聞得早有謠言云「帝出三江口，嘉湖作戰場」之語。朕今用你此任，況你亦奏過浙省觀象之論。朕想你若自稱帝號，乃天定數也，朕亦難挽；若你自不肯為，有你統朕此數千兵，你斷不容三江口令人稱帝也。此二語不知你曾否聞得？
再你明白回奏二本，朕覽之，實實心寒之極！看此光景，你並不知感悔，上蒼在上，朕若負你，天誅地滅；你若負朕，不知上蒼如何發落你。你我二人若不時常抬頭看，使不得。你這光景是顧你臣節，不管朕之君道。行事總是諷刺文章，口是心非口氣，加朕以聽讒言、怪功臣。朕亦只顧朕君道，而管不得你臣節也。只得天下後世，朕先佔一個「是」字了。不是當要的主意，大悖謬矣！若如此，不過我君臣止於貽笑天下後世，做從前黨羽之暢心快事耳。言及此，朕實不能落筆也。可愧！可怪！可怪！
這則朱批的後半段可謂對年羹堯此前一切解釋的全面否定，認為他口是心非，即便認錯也是暗含諷刺，內心裡還是責怪皇帝聽信小人讒害功臣之言。並將自己的「君道」與年羹堯的「臣節」徹底對立起來，指天誓日，要先佔一個「是」字，徹底將年羹堯證成大奸大罪之人。而前半段更是挑明了年羹堯的最大威脅是「稱帝」「造反」，什麼調你任杭州將軍是讓你休身養息、減少公務啊，你編排得倒巧！朕就是聽說那裡有造反的謠言，偏要派你這個有本事造反、也有本事鎮壓造反的人去，何去何從，聽君自便。
與此同時，皇帝積極佈置新的川陝班底，特別是軍事班底，除任命已經轉換陣營的岳鍾琪接任川陝總督外，還將那位比年羹堯更有資歷出任大將軍的宗室貝勒延信也調到西安城，擔任西安將軍，統領西北的駐防八旗。當年羹堯發現，奉皇帝之命來到西安向自己逼宮、接替自己擔任川陝總督的竟是岳鍾琪時，他明白地意識到，自己的川陝軍政集團已經被雍正帝徹底瓦解了。
年羹堯離陝之前，與岳鍾琪有幾次私人對話，被岳鍾琪一一上奏給雍正皇帝。如六月十三日，年羹堯對岳鍾琪說：「我的事皇上曾有諭旨否？你我相與一場，你須實實告我。」
岳鍾琪答曰：「並無。」
年羹堯隨後哭泣不止，感歎：「我將來身家性命是不能保了……我的病不好，每夜出汗，飲食減少，身子很弱。」
岳鍾琪不過虛言安慰說：「皇上天高地厚之恩，不即加罪，調升將軍，從此若能悔罪改過，諸事安靜，自然無事了。」
十六日，二人又一次單獨會面，年羹堯說：「我們交代之事已畢，我明日起身，又有一件事托你。我的兩個兒子，一名年富，一名年斌，河東鹽商傅斌，即此二子之名捏的，求你照看。」
岳鍾琪回道：「河東鹽務現有欽差部堂審理，令郎未必能行鹽了。」
年羹堯說：「如不行就罷了。我的事凡可照應者，務求照應。」
岳鍾琪回答：「君恩友義，輕重自分。無論事之大小，斷不敢隱晦存私，諸事總在聖恩，照應二字不敢如命。」
以這兩組對話觀之，直到離開西安前，年羹堯對與岳鍾琪的私人友誼仍抱有很大幻想，對雍正帝的態度也沒有做最壞的打算，而經過這樣的對話，他想必是醒悟了不少。同城之內，岳鍾琪、延信兩把利劍高懸在他的頭上，讓他不得不俯首聽命，黯然離開西安。
因為有了這樣的底氣，雍正帝對於年羹堯策劃的「萬民保留大將軍」活動嗤之以鼻，甚至大開嘲諷，說：總督的本品是二品，而將軍是一品，我這是給你陞官啊，你何苦這樣戀戀不捨呢？
年羹堯離開西安後，一邊應付著那些要他「明白回奏」的責問，一邊一路東向，兩個月後來到了運河上的重要一站——江蘇儀征。按照旨意要求，他應該從儀征乘船，向南前往杭州上任。但年羹堯無論如何不敢相信自己當前的處境，大概也如雍正帝所說的，他像文學作品中常見的主人公那樣，感到自己被奸臣陷害，又沒有機會到御前剖白傾訴，所以落到這個下場。於是他抱著一線希望滯留儀征不行，上書雍正帝，請求沿運河北上，進京面聖。
顯然，年羹堯的這個救命稻草抓得並不明智，反而又給雍正帝抓住了把柄。皇帝當即表示：怎麼著？都到了這個份上，你還想著將在外君命有所不受？還捨不得大本營西安？你如今車馬樓船、家人上千，停留在運河要津、南北通衢之地，還要北上入京，是何道理？既然給你臉不接著，那好，杭州將軍你也不用當了，乾脆降為閒散章京，在杭州旗營內聽候新任將軍安置吧！
雍正三年七月，在皇帝的授意下，內閣、九卿、詹事、科道等官根據現有公開證據，合詞奏請將年羹堯誅戮以彰國法。雍正帝稱之為「在廷公論」，但對此建議仍然不置可否，而是命內閣下旨詢問各省將軍、督撫、提督、總兵的意見，要求他們公開具題，表達對年案的態度。九月，雍正帝以年羹堯曾派兵在陝西郃陽鎮壓鹽梟，致死平民八百餘人為由，下旨將年羹堯革去全部職銜，鎖拿進京，交三法司問罪。年案的輿論準備、證據搜集階段結束，正式進入司法程序。
九月十六日，雍正帝派出的抓捕年羹堯特使、散秩大臣拉錫從北京出發，走陸路，一日兼行四五個驛站，八天時間就到達了江蘇淮安府，隨後改用快船，五天四夜抵達杭州。到杭州後，拉錫並未進城，而是讓隨從秘密找來浙江巡撫福敏與杭州將軍鄂彌達，商量在當夜對年羹堯實施密捕，以備不測。一切佈置停當後，三人於深夜進入杭州滿城，在將軍衙門嚴陣以待。
此時身為旗下閒散章京的年羹堯被安排看守杭州城的東門——太平門。根據《錢塘拾遺·杭州古城牆瑣談》記載，太平門是慶春門的俗稱。慶春門從元末明初始稱，因為內有太平橋，古又名太平門。慶春門在杭城東面，從慶春門到西湖是慶春路，是貫穿杭城東西的一條繁華大街路，也是杭州上城區與下城區的界路。當夜正趕上年羹堯值夜班，拉錫等派去的差人來到太平門，叫醒已經入睡的年羹堯，誑他說北京有使臣到普陀寺進香，已經到了城內將軍衙門住下，讓他去見見面。很快，年羹堯就隨著差人來到了將軍衙門，進入大堂後見是拉錫，大約也猜出個所以然來——這哪裡是什麼普陀寺進香使者？明明是仇人相見，分外眼紅。
拉錫是蒙古人，本來出身地位不高，後來受康熙皇帝之命，探訪黃河源頭的地理民風，成為清廷內部的青藏地區問題專家，備受重用，雍正初年官至都統。年羹堯用兵青海期間，拉錫是雍正帝身邊的核心軍事顧問之一。在雍正帝給年羹堯的朱批中，拉錫這個名字，多次和怡親王允祥、國舅隆科多並列出現。對此，年羹堯極為不滿，他甚至公然向雍正帝提出，不要將自己匯報的軍事機密透露給拉錫這個曾經造訪過青海各部的蒙古人，萬一他是羅卜藏丹津的間諜呢？照理說，年羹堯的這個要求實在有些無禮，皇帝就算再信任前線將領，也不妨礙他和自己的軍事顧問討論戰事。作為將領，如果連這個也要干涉，甚至無端質疑一個中央高級官員是敵方間諜，未免太過僭越，且是對皇帝本人的不信任。奈何戰事期間，雍正帝對這位「恩人」百依百順，連這樣不合情理的要求也欣然採納，並讓年羹堯放心：其實你告訴我的很多事情，我都沒有告訴拉錫！如膠似漆時如此，等一翻臉，以雍正帝的慣常做法，自然第一時間就將年羹堯的這些言論向拉錫和盤托出以離間之。此次又命拉錫出任逮捕特使，想其定能不辱使命了。
書歸正傳。拉錫等人在杭州將軍衙門向年羹堯宣讀收押他的旨意後，即將年羹堯鎖拿並帶至其在杭州的住所，連夜抄沒家產，逮捕其妻妾子女家奴等人。據拉錫後來的奏折中說，年羹堯在抄家過程中表現得十分強硬，呵斥自己的兒子們：「有什麼好怕的？」抄家結束後不但吃嘛嘛香，還與看守官兵談笑風生，並在拉錫向他詢問是否有往來書信時大大咧咧地說：「誰還沒有一點私事，書信我都燒了！」拉錫在奏折中評價他是「似蒙冤憤憤、自充好漢」「如強盜、光棍拿赴市曹高歌之人」。拉錫與年羹堯本有宿怨，奏折裡添油加醋，將年羹堯形容得十分傲慢，以激皇帝之怒的可能性有之；但就年羹堯本身的脾氣稟性，面對他一貫看不上的拉錫的羞辱，強頂一口英雄氣，虎死不倒威，也在情理之中。
十一月初五日，年羹堯及其家屬被解送到京，關入刑部大牢，「倒年」進入最後階段。事情發展到這一步，年羹堯及其軍政集團對於政權的威脅，已經徹底消失了。接下來的問題是雍正皇帝究竟要將年羹堯如何開銷。是議功議貴，嚇唬一通讓他告老致仕？還是流放邊陲、老死囹圄？抑或真的痛下殺手，讓他在四十多歲就蛋白質形式消失？
清代法司給犯罪官員擬罪向來有這樣的規律：對於中低級官員的一般職務犯罪，比如經濟問題、瀆職舞弊，等等，能輕判絕不重判。所謂官官相護，給自己留有餘地是也。而對於高級官員，特別是權貴重臣所犯的帶有政治色彩的、震動天聽的罪行，則要從重定擬，越重越好，絕不嫌重。一來省得皇帝懷疑法司對其黨同回護；二來就算皇帝有心從寬，也要「恩自上出」，由皇帝特旨從寬。如果法司擬罪本寬，那恩來無由，皇帝就做不成人情了。
年羹堯一案，當然屬於後者。整個十一月內，各地文武大臣的題本陸續送到北京，結果當然是眾口一詞、同聲一氣：「疏參年羹堯欺妄貪殘、大逆不道，請亟正典刑。」皇帝對所有的題本均不置可否，只批以「該部知道」四個字。刑部大小官吏開足馬力，通宵趕稿，終於不負眾望，給年羹堯安排了九十二款大罪，經議政王大臣會議全體通過，提交到雍正皇帝面前。
正在刑部上下案積如丘、加班加點的時候，一個敏感的小插曲出現了。禮部突然接到上諭，說：
貴妃年氏，秉性柔嘉，持躬淑慎。朕在藩邸時，事朕克盡敬慎，在皇后前小心恭謹，馭下寬厚平和。皇考嘉其貴重，封為親王側妃。朕在即位後，貴妃於皇考、皇妣大事悉皆盡心盡禮，實能贊襄內治。妃素病弱，三年以來朕辦理機務，宵旰不遑，未及留心商榷診治，凡方藥之事悉付醫家，以致耽延日久。目今漸次沉重，朕心深為軫念。貴妃著封為皇貴妃，倘事一出，一切禮儀俱照皇貴妃行。
上諭由內閣擬寫，經雍正帝親筆批改。內閣所擬原文中寫的是「著封為皇貴妃，一切禮儀俱照皇貴妃行」。所謂「一切禮儀」可以理解為衣食住行種種儀制，而無所特指。而雍正帝在「一切」二字之前，親筆增添了「倘事出」三字。所謂「事出」，當然是指年貴妃一經去世的情況，而「一切禮儀」也就變成一切喪葬禮儀。可見此時的年貴妃已經危在旦夕，晉封皇貴妃的舉動，對她算是個臨終的安慰了。
那麼，年貴妃的病重和去世，對於年羹堯案的進展會產生怎樣的影響呢？我們下一篇繼續探討。