魏忠賢一死，閹黨作為一股政治勢力，就完全失去了能量。雖然他們人還在朝中，卻個個都成驚弓之鳥，只能縮著頭等挨宰了。
繼清除了魏忠賢之後，崇禎下一步要幹掉的，是另外兩個首惡——崔呈秀、客氏。
十一月初九日，魏忠賢已吊起來了，但京師並不知道，對崔呈秀的總清算就開始了。戶部員外郎王守履上疏，論其可殺之罪。崇禎批示：將崔呈秀「先行削了籍為民」，然後交三法司會勘。
將人拿到三法司去會勘，就是要定罪。昔日堂上高官，今日要成堂下罪囚了。
此時崔呈秀在老家薊州，將搜刮來的古玩珍寶陳列於室，日日與妻妾飲酒作樂，正是活一天算一天的時候。聽到要會勘的消息，知道這鬼門關是一定要進的了。到十一日，他在家中與寵妾蕭靈犀縱情飲樂，喝完一杯，就砸掉一件珍異酒器。而後，帶著無限不甘之心，也上了吊。那如花的小妾靈犀，則以利劍自刎而死。
丑類們在世時只恨忠良不早死，可是自己又活了有多長？他們只恨四海寶物不能盡歸己有，可是能否有一顆珍珠帶過奈何橋？
在猖獗之時，即便有人跟他們說這個，他們恐怕也沒有時間來聽。笙歌夜夜，哪一場能捨得拉下啊！
崔賊死不足惜，倒是可惜了「殉節」的這位蕭氏。她生在寶坻，原是三河縣的一位名妓，乳名叫寶娘，別號靈犀。蕭靈犀姿容絕世，歌舞無雙，雖生長在青樓，卻不是倚門賣笑的淺薄之流。吟詩、畫蘭、彈琴、下棋，無所不通，也是個「秦淮八艷」似的絕世人物。
崔呈秀是個好色之徒，據說有美妾百人，娶了蕭靈犀後，萬千寵愛集於她一身，一刻不離左右。在崔呈秀懸於書房二梁之後，靈犀不願再淪落煙花巷中，便以死報主，做了個「烈婦」。
薊州知府委託兵備道的守備，前來勘驗了現場。眾官並不把崔呈秀之死當回事，卻都歎息這位靈犀之死。
情況上報後，崇禎有旨曰：「逆黨崔呈秀負國忘親，通同擅權，雖死尚有餘辜，著法司按律確擬，暴著其罪，以垂永戒。」（《明思宗烈皇帝實錄》）崔呈秀的兒子崔鐸、弟弟崔凝秀也都被遣戍。
剩下一個客氏，就好收拾了。這個蛇蠍婦人自九月被放出宮後，也是在無奈中苟活，日日縱酒銷愁。十一月十七日，崇禎再無客氣，叫太監王文政把客氏押到宮裡的浣洗局，著實審了再說。
魏、崔自殺，逃脫了懲罰。留下一個客氏，就不容她那麼輕鬆去見閻王了。估計是崇禎有令，只要審出一點兒問題，就往死裡收拾。
客氏被上了刑，立刻招認：有宮女8人懷孕，都是她私自帶進宮的隨身奴婢，在宮外面肚子就大了，準備效仿呂不韋事，給天啟皇帝準備幾個假兒子。
此口供一出，她哪裡還得活？立刻在洗衣房被太監們用竹板子活活打死了（「笞掠而死」）。
那一刻鬼哭狼嚎，也是夠慘的。不過恐怕也是趙選侍、裕妃、馮貴人、胡貴妃和王安的冤魂一起來纏她，令她不得好死。
客氏那個盜寶的兒子侯興國，也被逮入詔獄，嘗到了酷刑是什麼滋味。幾天後，與魏良卿一塊兒被砍了頭。客氏的侄子客光先、客璡等遣戍邊地。
閹黨裡，死的還有一個李永貞。他是一個非常狡猾的人，發覺風向不對，在崇禎即位四天後就上疏告病，想開溜。到九月，崇禎才批准。十月初，他把自家外宅的小院砌死，自己藏身在裡面，晝夜讀書打發時間。牆上留有小孔，遞進飯菜。到了十月二十六日，他聽說皇上批准魏忠賢辭職，以為沒事了，便拆了牆出來。
他想趕緊去和徐應元聯絡，把事情化解一下，卻不料徐應元在十一月初給發到顯陵去了。李永貞這才有點兒慌，越慌越出錯，他竟拿錢去打點王體乾、王文政、王永祚三個太監，每人五萬兩，讓他們在崇禎面前多多為自己美言。
這三個人，這時候哪敢營私舞弊，掉頭就把收的銀子交給崇禎了。李永貞得知，嚇破了膽，與外甥孫良濟一起化妝逃跑了。其實，崇禎這時候還不想殺他，只下詔把他也發往顯陵。可是聖旨到家後，家人也說不出人跑哪兒去了，其兄李成嚇得自殺了。
到十二月九日，李永貞被抓獲，押送到顯陵去了。這麼一折騰，他的另一個哥哥李奉也因憂懼而死。
轉年是崇禎元年（1628）。二月，李永貞和徐應元被轉至鳳陽。三月，有人重新提起話頭，李永貞倒霉，被逮至刑部議罪。六月會審，結果是擬斬。他在獄中多次自殺未遂，到七月，腦袋還是給砍掉了。
這個時候崇禎的做法，與他後來的剛愎、急躁作風截然不同。他此刻思維縝密，在對付一大堆閹黨人物時，抓住閹黨人士的僥倖心理，不徐不急，步步深入，分批收拾。沒引起任何混亂，就掃掉了滿朝的烏煙瘴氣。
《烈皇小識》說他「以孑身出入於刀鋒劍芒之中，不動聲色，巨奸立掃」，這絕非溢美之詞。
當時朝中的言官——給事中和御史，大多都是投靠閹黨上來的，整肅閹黨，不能指望他們。崇禎就緊急提拔了曹師稷、顏繼祖、瞿式耜、吳煥等人為言官，讓他們大膽揭發。只要有人出頭，就好辦。其餘言官為洗刷自己，也紛紛倒戈，聲討昔日的主子——娘沒奶了就不是娘。
從天啟七年（1627）的十一月起，清算風潮陡然湧起，一直持續了一年多。
趁著魏忠賢敗死之機，崇禎發佈命令：第一，對元兇客、魏、崔，要早定「爰書」（判決書）；第二，對「五虎」「五彪」等，按照言官彈劾的順序，由法司依律擬罪。
然而，百足之蟲，死而不僵，閹黨勢力你不掃，他不會自動跑掉。此時主持清理工作的刑部尚書蘇茂相、左都御史曹思城、大理寺左少卿潘士良等都是老資格閹黨，他們哪裡肯賣力？拖了一個月，才在崇禎元年正月二十五日將客、魏的判決書呈上，崔呈秀的還沒做出來。
崇禎大為不滿，要給閹黨分子一點兒顏色看看，下令將魏忠賢屍凌遲、斬首，懸首河間府；在薊州將崔呈秀屍斬首，客氏屍亦斬首示眾。
這腦袋是砍給活人看的，在此重典震懾之下，對魏黨的第二波整肅浪潮開始了。
在大臣中，戶部尚書張我續、兵部尚書兼薊遼總督劉詔、工部尚書孫傑、左副都御史李夔龍等一批要員被免職。其中李夔龍、倪文煥、田吉等後又升級為在原籍追贓。
太監中，李實被降職，安置到南京；塗文輔降為小火者（打雜的）。
魏忠賢的親屬中，魏良卿砍頭；女婿楊六奇等一大批親族永戍瘴地。
錦衣衛打手田爾耕、許顯純等削籍、抄沒家產，後又升級逮至刑部論死。
這就是現世的報應！狂風怒卷之下，魏黨群丑狼狽不堪。
戶部尚書張我續，昔年有一個女僕是魏忠賢的本家，他將這個魏小姐娶做老婆，「加於嫡妻之上，進京八抬，稱『魏太太』」，公然以魏家姑爺自居。這假姑爺被免官回籍後，百姓恨極，欲攔其轎毀其面！
原宣黨頭子、南京國子監祭酒湯賓尹，聽說魏忠賢斃命，立刻精神失常，癲狂而死，其家為被害者所破！
「十狗」之一、太僕少卿曹欽程罷官，不為江州南康鄉里人所容，爭唾其面，只好在湖口縣買宅居住，但湖口人士相約驅逐之！
還有前首輔顧秉謙，雖然致仕居於昆山老家，也被人彈劾「獻媚圖寵，廉恥已亡」。家鄉士民更是憤而報復，一把火燒了顧家大片房產，將其家財哄搶一空。顧秉謙攜帶重金逃往蘇州租房居住，諸生不容，寫呈子給各衙門，要求驅逐。他惶惶如喪家之犬，只得轉避南京，不久病死！
然而，閹黨殘餘仍在抵制清算，為了減輕自己的罪過，就故意對被追究者輕判。一面是民憤滔滔，一面卻是輕描淡寫。諸閹黨雖交給法司議罪，但定罪書卻避重就輕，形同包庇。
這個定罪書一出來，引起輿論嘩然。
山西道御史高弘圖三次上疏，說「五虎」「五彪」不過是殺人取媚，真正動搖社稷的是劉詔、劉志選、梁夢環三賊。尤其是劉志選，七十白髮老匹夫，為鑽營竟不惜攻擊皇后。
三人因此相繼被逮。劉志選自知不免，也學了魏公公，上吊自殺了。
山西道另一御史劉重慶也上疏，指李永貞、劉若愚、李實罪大惡極，若不刑之西市（砍頭），恐被害諸臣必不瞑目於地下。
崇禎立刻准奏，將李永貞、劉若愚、李實和許顯純一起交給刑部，均論死。
清理閹黨的運動，在一個閹黨分子遍佈的大環境下，猶如號召人家操刀割己，那是不可能痛痛快快的。閹黨如不從整體上搬掉，新政就無從談起，正人也無法起用。
崇禎對這一點看得很明白，他用了兩個辦法來應對這一困局。
一是在崇禎元年（1628）四月，果斷啟用劉鴻訓為禮部尚書併入閣，使內閣有了很好的帶頭人。劉鴻訓，字默承，山東長山人，是萬曆四十一年（1613）進士。天啟元年曾任少詹事，負責的是太子的事情，是個閒職。後因得罪了魏忠賢而丟官。
劉鴻訓與閹黨沒有任何瓜葛，執行崇禎的命令就不像其餘閣臣那樣「肉頭」，到任後數月間，一連氣兒建議罷斥楊維垣、楊所修、阮大鋮、李蕃、賈繼春、霍維華等一幫想金蟬脫殼的閹黨分子，令人心大快。可惜閹黨分子仍有能量，於半年後便把這個劉鴻訓攆下了台。
崇禎的第二手，是推翻《三朝要典》。這是明朝遇到的「兩個凡是」問題。《三朝要典》雖是閹黨炮製，但由天啟帝欽定，有先帝的「御制序」，要推翻它，人們不免投鼠忌器。
但是讓它擺在哪裡不動，就是新政路上的一座大山，導致閹黨不能盡罷、東林不能解放。
崇禎元年（1628）三月，新任兵部主事別如綸就談到這一問題，認為應該刪削。四月，翰林院侍讀倪元璐又論此事，認為應該銷毀。
倪元璐說，這實在是一部惡史，魏忠賢要借這「史」殺人，眾宵小要借這「史」攀爬；有此「二借」，談何公正？在史書中顛倒黑白，這就是魏閹遺跡，「逆黨之遺跡一日不滅，則公正之憤千年不釋！」這位當時的小知識分子的史觀，相當之進步，他痛斥道：「以閹豎之權，屈役史臣之筆，亙古未聞！」（《崇禎長編》）
不僅是閹豎，任何強權加於史著的歪曲與粉飾，都無異於掩耳盜鈴！你那麼說，後代人真就那麼信嗎？
崇禎原先不想去觸動他哥哥的問題，但看了倪元璐的奏疏，大為折服。當時內閣輔臣之一的來宗道，對這個奏疏有個票擬，說是「所請關係重大，著禮部會同史館諸臣詳議具奏」。這是想把問題「研究研究」，擱置下來。崇禎果斷批示：「聽朕獨斷行！」（《烈皇小識》）
這是他主意已經定了，要推翻《三朝要典》！這是意識形態大翻盤，有人馬上如喪考妣，怕這個文件一失效，「三案」再翻過來，自己要受牽連。
經過廷臣之間的激烈辯論，崇禎認為火候到了，於五月初十日下詔：銷毀內外所有《三朝要典》及書板，並強調：「自今而後，官方不以此書定臧否，人才不以此書定進退。」（《崇禎長編》）由此，為大規模清洗閹黨掃清了最後的障礙。
經過一年多的清理與反清理，到崇禎二年（1629）正月，崇禎決定要「定逆案」，也就是確定一個閹黨的正式名單，分類分等級，擬出處理辦法。第三波、也是最徹底的一次清理就此開始。
正月二十四日，崇禎召集內閣輔臣韓爌、李標、錢龍錫及吏部尚書王永光、刑部尚書喬允升、左都御史曹於汴等，下達了定逆案的方針、原則和具體標準。特別要求「卿等數日內確定，不許中書（秘書）參預」，由閣臣按等級分列名單，刑部尚書附上相應的懲治條例。
但是這個臨時組成的專案組，非常不得力。首先吏部尚書王永光本人就是個閹黨，「素附黨，仇東林，尤陰鷙」——不是個什麼好鳥。
再有韓爌、錢龍錫等都是端厚謙和之人，「不願廣搜樹怨」（《國榷》）。現今的一般史家也都認為，他們對朝中殘存的閹黨勢力有所畏懼，企圖和稀泥。
由於上述原因，第一次報上的名單僅有約50人。崇禎很不滿意，要閣臣們廣泛搜求，一個不能少，且要給予重處，起碼是削籍處分。
韓爌等沒法子，又報了一次，不過還是幾十個人。崇禎這次發火了，直接說他們辦事「不稱旨」，當面批評道：「忠賢一人在內，苟非外廷逢迎，何遽至此？」意思是說，假若只有這50多人，怎麼能掀起那麼大的浪來？崇禎又見內廷閹黨一個也沒涉及，便說：「其內臣同惡，亦當入之！」
閣臣立刻表示為難，說外廷不知內廷的事。
崇禎又火了：「豈皆不知，特畏任怨耳！」（夏允彝《倖存錄》）——你們是怕招怨吧？
這又是另一個問題了。內廷與外廷的關係，向來微妙。韓爌他們考慮的是，不能因此而與內廷結怨，否則會給以後的內閣帶來無盡的麻煩。你崇禎皇帝撐死能執政多少年，內廷與外廷的關係卻是需要長期維護的。他們幾個不願意搞擴大化，我以為倒還不是為了私利。他們考慮的是內閣制度的長遠命運，考慮的是士大夫階層相對於皇權的某種獨立性，所以不願意「整人」。
幾天後，崇禎又召韓爌等閣臣，打開一個黃皮包袱，裡面全是諸臣以前為魏忠賢歌功頌德的「紅本」（奏疏）。崇禎說：「此皆結黨實跡也，當一一按入之。」
韓爌等人知道崇禎真的是要撒大網了，只得隨他去，但是堅決不擔這個責任，說：「臣等職掌，唯司票擬。三尺法非所習也！」先秦時代以三尺竹簡書寫法律，故稱「三尺法」。法律這玩意兒，你找司法界人士去吧。
崇禎也真是服了這幫人了，只好轉而責成王永光，讓他來幹。但王永光哪裡肯，推辭道：「吏部只諳考功法耳，不習刑名。」這個，我也幹不了！
不久就有人彈劾王永光，說他過去「陰附閹黨」，現在又「陰護持之」，他只得退出專案組。
崇禎氣得沒了脾氣，把刑部尚書喬允升找來，叫他「據律定罪」。司法大僚，你總沒得推了吧？
如此，又經過草擬第三、第四道名單。在崇禎的監督下，拾遺補缺，最後定下261人，罪分七等。文件名曰《欽定逆案》，於崇禎二年（1627）三月十九日，以諭旨形式向全國公佈。
據《明史·閹黨傳》七等定罪的名單是：
一、首逆凌遲者二人：魏忠賢、客氏。這兩人犯的是「謀大逆」罪，判決僅為名義，因兩人早死並已經「正法」了。
二、首逆同謀論斬者六人：崔呈秀、魏良卿、侯國興、李永貞、李朝欽、劉若愚。逆案公佈時，前五人或自殺或已處死。考慮到這一等裡目前一個能殺的也沒有，不大好看，因此把劉若愚頂上。可是劉若愚最終也沒死成，僥倖被寬恕，寫了一本閹黨實錄《酌中志》，很有名。
三、交結近侍秋後處決者十九人：劉志選、梁夢環、倪文煥、田吉、劉詔、薛貞、吳淳夫、李夔龍、曹欽程、許志吉、孫如洌、陸萬齡、李承祚、田爾耕、許顯純、崔應元、楊寰、孫雲鶴、王體乾。這一等裡基本都是核心人物，只有一位級別相當低的，就是提議要把魏忠賢與孔子並祀的監生陸萬齡。
所謂「交結近侍」，就是阿附魏忠賢，其罪名為「諂附擁戴」，也就是諸衙官吏與內官交結、洩露事情、夤緣作弊等。這些人皆被論以斬首，秋後處決。其中田爾耕、許顯純惡有惡報，被「請君入甕」，遭到酷刑拷打。
四、結交近侍次等充軍者十一人：魏廣微、崔應秋、閻鳴泰、霍維華、徐大化、潘汝楨、李魯生、楊維垣、張訥、郭欽、李之才。這一類多是廷臣，首要者為羅織陷害六君子的罪魁。
五、交結近侍又次等，論徒三年、輸贖為民者一百二十九人：顧秉謙、馮銓、張瑞圖、來宗道、王紹徽、阮大鋮等。這一等裡多是當年為「三案」翻案者。
六、交結近侍減等革職閒住者四十四人：除黃立極、施鳳來兩人為閣臣外，其餘為太監與客魏親屬。
七、魏忠賢親屬及內官黨附者五十餘人，另行處置。
此外還有「附逆案」及「附逆案漏網」者若干。
與欽定逆案的同時，南北兩京在崇禎二年還開始了「京察」，分別剔除了一些閹黨分子。
對崇禎定的這個逆案，在當時和後世都有不同看法。不過大多數人都認為崇禎「除惡務盡」的干法，實為遠見卓識。不過，對於其中細節當時就有一些異議，有人說太過了，也有人說力度還不夠；有人說有漏網之魚；也有人說某人冤枉、不應列入，等等。些許誤差可能會有，但我以為，這都無關緊要了。
政治問題，看大不看小。崇禎這一槌子砸下去，閹黨案才算塵埃落定。
即使這樣，閹黨分子在明末及明亡後仍有死灰復燃的，以阮大鋮在南明時期鬧得最凶，甚至到了抗清事小、對東林反攻倒算事大的地步，把個小朝廷弄得烏煙瘴氣。此乃後話。
總之，牛鬼蛇神謀權有道，貪財有術，但就是長不了。
七年猖獗，三年橫暴，終歸是鏡花水月！
魏忠賢最終是淒涼自盡，腦袋被砍下來，懸掛在河間府。因為這裡是明朝出太監的兩大主產地之一，崇禎這麼處置，是想以此警告後來者。
魏家在京中和肅寧老家的宅子被抄沒或平毀，金銀財寶也被送入內庫。時人嗤笑道：「可笑魏忠賢今日乞恩，明日乞賞，克國剝民，何曾留得一件自己受用？守得一件傳與子侄？何曾留得寸土自己養身？留得一間與子侄棲身？」（《檮杌閒評》）
不僅如此，連累魏氏一門老小也跟著遭殃。據說，行刑時「俱駢首受戮，嬰孩赴市有盹睡未醒者，天下以為慘毒之報，無不快之！」（《明史紀事本末》）此事究竟有沒有，尚存疑，因為崇禎念他的幾個侄孫不過是三歲小兒，是免了罪的。連小兒都不免，就算是人們所希望看到的吧！
魏良卿為人還算謹慎，口才也好，才風光了幾年就被滅了，還不如當初繼續蹲市場。侯國興據說簡直就是個智障了，與人說著話，打個哈欠就能睡過去。不過看他盜寶的那種貪婪勁頭，似乎也不糊塗。兩人都是進了詔獄後，被砍頭的。
據說，魏忠賢在阜城自殺後，河間府肅寧老家的村裡，凡姓魏的，都怕受牽連，一跑而空，幾年後才敢回鄉，且都改姓了「衛」。
說來數客氏最慘，不敢自己死，結果就是既辱且死。原本崇禎只命內廷「宮正司」先重打一百竹板，再發法司勘問的。結果人送到刑部監獄時，早已給打爛了，死了多時了。
客氏死時，侯國興已被關入詔獄，宅子也被封了，家人逃個乾淨，沒有人敢來收屍。
崇禎元年（1628）五月，刑部會審許顯純、崔應元等閹黨分子。許顯純以自己是萬曆孝靖皇后（即泰昌帝生母王氏）的外甥，要求給予減刑。
年僅19歲的黃宗羲來京為父申冤，當時也在場，他嚴辭斥道：「顯純與閹構難，忠良盡死其手，當與謀逆同科。夫謀逆則以親王尚不免誅，況皇后之外親！」說著，從袖中抽出一柄鐵錐，猛刺許顯純道：「我看你招與不招！」錐鋒至處，血流遍地，嚇得許顯純伏地叩頭：「願招！願招！」崔應元也嚇得癱作一團。
在強大的輿論壓力下，許、崔兩人最終被判死刑。黃宗羲也沒饒了崔應元，痛打他一頓後，拔了他的鬍鬚去祭祀先父亡靈。
李實在受審時辯解說，當年以他名義誣陷黃尊素等人的奏疏，是魏忠賢指使別人冒名在空奏疏上填寫的。在審訊前，李實還曾托人給黃宗羲送銀三千兩，乞求不要再追究他。黃宗羲嚴辭拒賄，並且上疏道：「李實當今日，猶能賄賂公行，其所辯豈足信！」崇禎見疏後下詔，令刑部複審，追究李實的賄賂罪。大堂上，李實還想狡辯，忽見黃宗羲從袖中抽出利錐，竟嚇得連喊：「願招！願招！」許顯純等人斬首之日，黃宗羲偕同被害朝官的子弟，設祭詔獄中門，祭奠忠魂，一時哭聲震天。黃宗羲把眾獄卒召集在一起，曉以大義，而後問道：「你等作惡，雖屬受人指使，但罪責難卸。只要你等講出誰是殺害家父的兇手，其餘免究！」
眾獄卒指認道：「是葉咨和顏文仲親手用毒藥害死黃公的。」二獄卒連忙跪倒在地，大喊：「饒命！」黃宗羲大喝一聲：「惡賊！豈可饒你！」抽出利錐猛刺，把兩個獄卒刺死獄中，以祭奠英靈。
眾子弟祭靈的哭聲傳入宮內，連崇禎也歎息道：「忠臣孤子，甚惻朕懷！」這正是：逆賊授首，忠正洗冤！
權勢之上，自有法制；若法不能制，必有人心；若人心不能制，終還有天道！如今，是天道轉回來的時候了。袁化中之子袁勳於崇禎元年二月最先上疏，開烈士子弟訴冤之先河。繼而，時為浙江諸生的黃宗羲上疏崇禎，字字血淚，歷述冤者慘狀，將迫害黑幕逐一向世人揭開。
緊接著，戶科給事中瞿式耜上疏為楊漣、魏大中、周順昌鳴冤，其文堪稱古今第一正義檄文，字字作金石聲。
十月，魏大中之子魏學濂上血書為父鳴冤。幾天後，楊漣之子楊之易亦上血書。十二月，周順昌之子周茂蘭又上血書。
這種浪潮，連崇禎也覺得招架不住了，連忙下詔制止，說血書原非奏疏格式，不要再上了。不過，他倒是認真讀過每一篇的，頗有觸動，曾撰文將周順昌比做屈原、岳飛。在舊時，這可以說是最高的評價了。
大明朝的此時，妖孽遁形，天地從此一新。
這是少年對老朽的清算，這是正義對黑暗的聲討。在歷史上，正直的人難得揚眉吐氣，但只要有這樣一回，就證明大道不滅，公理永存！
崇禎元年九月，有詔，為已故諸君子追贈榮銜、官職和謚號，備極榮耀。謚號中，大多都有一個「忠」字。
這就是萬古的倫常！儘管他物換星移，儘管他潮流浩蕩，但總有一種東西，我們蔑視不得、拋棄不得，要永遠敬畏。
那就是做人的最高準則——禮、義、廉、恥。
河之湯湯，海之渺渺，歷史之莽莽蒼蒼，都掩不住、淘不盡人性之光！
從善者，永向善之光明地疾行；為惡者，永向惡之淵藪處淪落。