對於大多數人而言，大學畢業後的第一份職業總是很曲折，默克爾如是。畢業後的她最先是打算去拉斐爾的一家化工企業工作，不久覺得興趣索然，便放棄了這份工作。
隨後，默克爾考慮去一家物理企業工作，結局也是不了了之。原因是，默克爾覺得那裡的日常工作內容和自己在大學裡進行的學習研究缺乏關聯，這樣一來，自己所學便沒有了用武之地。當時，東德的政治體制以及各大政黨並不被默克爾欣賞，故此從政是更不可能了。或許，默克爾正是審慎地考慮到了最後一點，才將後來的求職重心放在了大學和研究所上。
默克爾決定申請做大學學員的助教，畢竟在萊比錫的大學時光整體上還算愉快，她對大學生活極富感情。於是，她選擇了圖林根地區的伊爾默瑙理工大學。
作為一所早在1894年就已建立的理工類大學，伊爾默瑙理工大學有著相當出色的物理學與實際應用結合方面的研究傳統，這讓默克爾覺得很滿意，她也有信心搞定一切。
可惜的是，伊爾默瑙理工大學的助教應聘談話卻是一次很糟糕的交流。多年後，默克爾依然能記得十分清楚。伊爾默瑙理工大學負責招聘的人員透露，默克爾的個人安全檔案早已在他的手中，他對默克爾的底細非常瞭解，大到在萊比錫大學的學習科研、政治表現，小到日常學習生活的點點滴滴，全部都在那本當事人從不知曉的安全檔案中。
在這次談話中，默克爾才得知自己生活在一個完全被監視的國度，如同暴露在公眾面前的「裸體者」，這讓她很氣憤，但也很無奈。氣憤之下，默克爾終止了這次談話，離開了伊爾默瑙理工大學。
隨後，默克爾把目光轉向了民主德國科學院，這是政治審查稍微寬鬆一些的地方，也許不會拿安全檔案說事兒。
民主德國科學院是全東德所有自然科學科研單位的總組織，脫胎於1701年萊布尼茨創建的勃蘭登堡選帝侯科學院，下設60個研究所，有25000多名從業人員散佈在整個東德。
統一社會黨為了嚴格控制整個東德的意識形態，自然也把科學院籠罩起來。整個科學院的科學家都只允許進行科研工作，禁止與大學生接觸，當局害怕資產階級科學家把反動思想傳遞給年輕的一代。
民主德國科學院裡的科學家中的確有不少人有資產階級背景，但統一社會黨需要利用科學家們的知識，因而倒也沒有人身迫害。
久而久之，因為不能接觸到大學生，當局覺得資產階級科學家們的危害不那麼大了，便放鬆了管制。但由於科研經費沒有著落，冷冷清清的科學院裡長滿了漫腰身的荒草，完全一派荒涼景象。可這份荒蕪，卻滋養了默克爾。
果然，這一次沒有過多的政治審查，默克爾順利得到一份科學院柏林物理化學研究所的工作。
當時民主德國一共有9個物理化學研究所，默克爾所在的柏林物化所最大。不算後勤及普通的實驗人員，僅從事科研工作的科學家就有336名，默克爾不過是其中一名不起眼的小研究員。進入研究院的默克爾，在路茨·措裡克領導的物理化學領域干了很多年，直到獲得博士學位前都沒有換工作。
柏林物化所位於今天的魯多大道兩側，離默克爾的住處並不遙遠。每天清晨，默克爾都會沿著柏林牆走到物化所。科學院早上7點15分開始工作，默克爾不得不早早起床，這一習慣持續多年。從政後，記者們——包括她的同僚，都曾為默克爾過早起床而叫苦不迭，這意味著他們要起得更早。
物化所的工作並不是那麼順心。剛進科學院的默克爾甚至沒有可以談心的朋友，寂寞籠罩在她的心頭，不過這也正常，每個人換了新環境，在最初都很難交到朋友，只不過默克爾不善言辭，交友速度更慢罷了。
心靈寂寞之外，那裡的生活也非常清貧。研究員們的薪水低得可憐，甚至要攢好幾個月的錢才能買一雙高檔皮鞋，更別說大衣之類了。科學院學術氛圍不自由，科研器材極度缺乏且落後，這讓默克爾連走科研道路的信心都受到打擊，職業前途顯得十分渺茫。
也許是物質生活的匱乏，也許是沒有朋友的困擾，每天來回經過柏林牆下的默克爾，在初踏科學院的日子裡，總是那麼煢煢孑立、鬱鬱寡歡，沒有了在萊比錫大學時的神采。直到有一天，有人問她是否願意在物化所的青年團裡做些工作，才算撬開了她內心緊閉的幽怨大門。她欣然接受了那些額外工作，畢竟那是能交往更多朋友，更方便地參加集體活動的最有效辦法。
默克爾在青年團的工作職務是文化委員，主要的職責是組織大家讀書，譬如蘇聯一些作家的作品，也負責訂劇院的票，還組織一些集體討論會等活動。與默克爾對自己在科學院青年團擔任文化委員的描述相比，她曾經的部分同事提出了異議。
默克爾後來從政的同事京特·克勞澤就曾說過，默克爾在科學院青年團的工作，不只是文化方面的工作，其負責的工作更富有政治性，其是在東德統一社會黨的領導下，利用政治理論知識欺騙人民，甚至曾經擔任過德國自由青年團的專區級別的領導。
這種說法讓默克爾無端面臨著巨大挑戰，人們也好奇默克爾在科學院期間是否曾「變節」，為東德政府所用。對此，默克爾的解釋很簡單，她稱，京特·克勞澤的這一說法來源於自己所在科學院曾經的一位同事，她對自己印象不佳，故而誇大事實、添油加醋地胡說，然後通過京特·克勞澤之口來報復自己。
默克爾的另一位同事——漢斯·約克·奧斯滕則給出了對默克爾較為有利的說法。奧斯滕當時是統一社會黨的黨員，統一社會黨是德國自由青年團的上級機構。當時兼任物化所青年團團委書記的奧斯滕表示，默克爾確實做過負責文化方面工作的文化委員，至於是否曾利用政治理論煽動人民，是不能確定的。
對於此事，雙方各執一詞，默克爾又禁止任何人翻閱她的安全檔案，所以也就沒有了確鑿的證據。根據默克爾謹小慎微的性格，以及她對於東德政治保持安全距離的一貫做法來看，她很可能沒有從事過政治性的工作。而且，兩德統一後，奧斯滕在漢諾威大學做教授，這番話出自沒有政治利益衝突的奧斯滕之口，要比京特·克勞澤的說法可信度高，且克勞澤說出這種話時，正值默克爾得勢期間。由此，到底孰是孰非，或許明眼人一看便知了。
參加了物化所青年團工作以後，默克爾的生活更加忙碌。她結交了不少朋友，參與並組織了很多集體活動，這成功地幫助默克爾走出了初進科學院的失落，她開始慢慢地與科學院的同事建立起了很好的私交。此外，默克爾還組織了一些令統一社會黨不悅的活動，如討論關於自殺的問題。這些比較負面的話題與當時統一社會黨所鼓吹的全民努力發展生產、積極昂揚向上的社會精神極不相符。
事實上，默克爾加入青年團，並非為了政治發展，其僅僅是為了排解初入科學院的寂寞。若是為了政治發展，直接加入統一社會黨無疑更為有利。況且，青年團的自動退團年齡為30歲，默克爾進入科學院的時候已快25歲了，實在是看不出有為政治前途考慮的跡象。加之當時很多活動只能通過青年團這一組織才能實現，70%～80%的青年人都參加了該組織，倘若默克爾剛進科學院的時候就有朋友的話，就不會為了尋找朋友而去參加青年團了。
是時，東德的物質極度匱乏，連買個麵包都要排長隊，給子女買衣服都要父母親自帶著子女，以確定子女確實存在。住房更是緊張得不行，以柏林地區為甚。默克爾當時寄住在科學院同事楊娜·格萊爾那裡，但如此下去並不是長久之計。
也許是上帝眷顧，默克爾在柏林離市中心不遠的賴因哈德街上發現了一套空置的房屋。房屋看上去長期無人居住，門窗緊鎖，到處落滿灰塵，而東德的房管局好像遺忘了這間房子一樣。就這樣，默克爾有了新住處。
說默克爾不善辭令，也許只是性格中第一種特質而已，不善言辭不代表不善交際。她再搬家時，科學院青年團的朋友中近半數都來幫忙，可見她在青年團內的人緣相當不錯。甚至於，就連清掃、粉刷、搬運日用家居等大量工作，以及購買傢俱、書櫥、窗簾等用品，都得益於那些朋友。
收拾妥當，默克爾還需去警察局上戶口，每一間房屋的主人都是記錄在案的，由東德的國家房屋管理局管理。在科學院朋友的建言獻策下，默克爾找到了一個好方法：在警察局下班的前幾分鐘去上報戶口。這一招果然靈驗，警察局工作人員著急下班，沒有過多地詢問盤查，就把這間無人居住的房屋寫上了默克爾的名字。
此後，默克爾一直居住在這間「撿來」的房屋，多年以後拆遷，默克爾甚至還因此分得了一間位於柏林的普倫茨勞貝爾格區滕普林大街的房子。
日後，默克爾曾說加入青年團是一項無意義的舉動，但在青年團的工作，也的確讓她擺脫了沉悶的心境。更重要的是，在這個組織裡，默克爾收穫了更多的友誼，這也許是她本人都料想不到的。
自由青年團是一個政治性組織，但默克爾實際參與的活動多數沒有太強的政治性，儘管這次入職政治團體，讓她後來遭到更多猜忌性非議。