進入1965年，海峽兩岸的形勢，仍如繃緊了的弦。
元旦剛過，1月2日，一架美軍無人駕駛高空偵察機便在中國東南地區上空被擊落；
1月10日，蔣軍一架美制U-2型高空偵察機在中國華北地區上空被擊落；
3月18日，蔣軍一架美制RF-101型飛機在中國東南沿海上空被擊落；
3月31日，美軍一架無人駕駛高空偵察機在中國華南地區上空被擊落；
4月3日、18日，兩架美軍無人駕駛高空偵察機在中國中南地區上空被擊落；
5月2日，中國人民解放軍擊沉蔣軍東江號巡邏艦，近百名國民黨士兵葬身大海；
8月6日，激烈的海戰又起。在福建南部詔安海灣，兩艘國民黨軍艦運載一批特種部隊準備登陸，遭到中國人民解放軍猛烈反擊。兩艦名叫漳州號、劍門號，均沉沒海底，死傷達數百人。尤其是劍門號，排水量為八百九十噸。這次兩艦覆沒，台灣為之震驚……
就在兩次海戰之間，7月14日，香港《快報》刊出獨家新聞，使台灣一片嘩然：「李宗仁將返大陸！」
翌日，美聯社自日內瓦發出電訊稱：「香港報章推測中國前總統李宗仁可能前往北京，此間台灣官員對此表示懷疑。」
就在「台灣官員對此表示懷疑」之際，7月18日上午11時，李宗仁和夫人郭德沽出現在上海虹橋機場，受到早已在那裡等候的周恩來、陳毅、葉劍英的熱烈歡迎。
7月20日，當李宗仁夫婦飛往北京，周恩來提前二十分鐘起飛，又在北京機場迎接他們的到來。
7月26日，毛澤東在中南海宴請李宗仁夫婦，表示熱忱的歡迎。
毛澤東一見李宗仁，出語驚人：「德鄰先生，你這一次歸國，是誤上賊船了！」
李宗仁一聽，一時不知如何答覆。
毛澤東哈哈大笑：「蔣介石口口聲聲叫我為『匪』，還把中國大陸稱為『匪區』。你今天到『匪區』來見『匪』，豈不是誤上賊船！」
聽毛澤東這麼一說，李宗仁也不由得哈哈大笑起來……
李宗仁回歸北京，其實是意料中的事。李宗仁與蔣介石的深刻矛盾，使他理所當然倒向北京。
早在1950年7月，李宗仁向美國共和黨領袖羅伯特·塔夫脫談及國民黨失敗的原因時，便尖銳地抨擊了蔣介石：「就我所知，國民黨所以失敗，實由於蔣介石二十年的獨裁專制，政治腐敗，人心離散；軍事上指揮錯誤，士無鬥志。這些是主要因素。」
在1958年至1962年由李宗仁口授、唐德剛筆錄的《李宗仁回憶錄》中，他便這樣論及毛澤東和蔣介石；
中共席捲大陸以來，政權已漸穩定。唯中共急於工業化和實現共產社會理想，不無躁進之嫌。然中共十餘年來百廢俱興，建設規模之大與成就之速，皆史無前例。國勢日振，真可說舉世側目。我本人雖失敗去國，而對北平諸領袖的日夜孜孜，終有今日，私心彌覺可喜。
至於台灣，十餘年來，蔣小朝廷內的一切作風似仍沿襲大陸時代的惡習而無甚改進，且有甚於大陸時代。如此而猶欺人自欺，動輒以「反攻大陸」做宣傳，豈不可笑。一種政治宣傳，如果連自己都欺騙不了，又如何能欺騙世人呢！
李宗仁還回憶起他跟毛澤東最初的交往：
我和毛澤東第一次見面，是在國民黨二中全會的會議席上。他那時任國民黨中央黨部所辦的農民講習所所長，並擔任短時期的國民黨中央宣傳部代理部長。他身材高大，時常穿一件藍布大褂。在會議席上，他雖發言不多，但每逢發言，總是斬釘截鐵、有條不紊，給我印象很深，覺得這位共產黨很不平凡。
1963年7月14日，意大利米蘭《歐洲週報》發表李宗仁對該報女記者奧古斯托·瑪賽麗的談話。他這麼談及蔣介石：
許多年來，蔣一直是中國元首，而現在他的舉動好像他的經驗還沒有一個村長多，他不懂歷史。每年一度他站在金門、馬祖海邊的懸崖上發表演說。他總是重複著同樣一句話：「我們一定要回去。」很難說他本人是否瞭解這一事實，回大陸是不可能的。
李宗仁接著又談到了他自己；
我像蔣介石和國民黨一樣，是一個失敗者。唯一的區別是，我完全不把這件事放在心上。作為個人來說，我自己無關緊要，我不能妨礙中國的前途和她的進步。我由於自己的失敗而感到高興，因為從我的錯誤中一個新中國正在誕生……什麼時候我們曾經有過像我們今天有的這樣一個強大的中國呢？
經過李宗仁的政治秘書程思遠幕後穿梭，多次密訪北京，由周恩來作了安排，這樣1965年6月13日，李宗仁以陪夫人前往瑞士治病的名義，飛往蘇黎世小住，然後悄然前往巴基斯坦卡拉奇，由那裡轉往廣州……
李宗仁的歸來，在中國大陸刮起一陣「李宗仁旋風」。中共各方要人、國民黨各地舊部，紛紛宴請李宗仁夫婦。其中最為有趣的是，末代皇帝溥儀握著他的手說：「歡迎你回到我們偉大祖國懷抱裡來！」末代皇帝和末代總統的相見，一時傳為佳話。
李宗仁於1969年1月1日，死於直腸癌，終年七十八歲。