國共內戰的初期，國民黨武裝部隊兵力由1945年8月的三百萬人，降到1946年的兩百六十萬人。美方一直建議國民黨軍隊精實，經國轉到南京國防部任職，負責青年軍復員工作。一般士兵解甲復員，若能拿到一點退伍金已是幸運；青年軍不然，復員軍人享有各種支援，還有高層長官關心他們的福利。 [1]
蔣經國為青年軍復員軍人制定了類似美國大兵法案（G. I. Bill）的退伍就學、就業輔導條例。 [2] 青年軍復員軍人得到許多優惠——譬如，爭取教員職位優先考量——因此構成擁護小蔣的核心。經國和他父親也認為青年軍復員軍人可以組成國民黨軍隊後備軍人的精英團隊。 [3]
為了維持復員軍人為一股有組織的力量，經國在北平、上海等城市普設復員青年軍聯誼會，希望能發揮力量，反制親共青年的政治活動。 [4] 同時，經國的親信胡軌出任幹事長，負責三民主義青年團的日常事務。 [5]
蔣經國在南京，住在中山路軍方一間招待所裡（直到20世紀90年代，這間招待所依然掛名中山賓館營業），他的前任隨從秘書楚崧秋與他同住一室。就官拜國民黨軍中將的他而言，這是很簡樸的安排。中山路沿路，政府機關林立。從招待所步行十五分鐘，就到了總統府和國防部。此後兩年，經國每天晨起，先跑步運動，沐浴完畢，即晉見父親。他在國防部內埋首工作，亦不時視察全國各地三青團、青年軍單位。
根據他的僚屬說法，經國把家人安置在杭州，是因為工作忙碌，且不時要離開南京出差。他也希望子女盡可能不因身為蔣介石的孫輩而受到矚目與嬌寵。不過，經國定期回家，有時候方良也帶著兒女（1945年，他們夫婦又添了一個兒子孝武）到南京探望祖父母。蔣介石夫婦對這些漂亮的歐亞混血孫兒女，非常疼愛。
有位副官記得有一回帶十二歲的孝文去游泳，可是小傢伙實在調皮不聽話，被他修理了一頓。至少有一次，章亞若的弟弟悄悄帶著孝嚴、孝慈這對雙胞胎到南京見蔣經國。然而過後不久，經國立下誓言（可能是向父親發誓，但比較可能是對自己立誓），今後不再見這對雙胞胎。
雖然他繼續通過王昇提供資助，後來也從旁建立親情關係，卻終其一生很奇特也很不可思議地守住此一誓言。 [6]
蔣方良住在杭州，又是一個舉目無親的陌生城市。她到中國已經十年，依然是個外國人。不過，她的寧波話在杭州，可比在贛州或重慶能通行，她也和幾位地方官員內眷交了朋友。方良閒來學畫國畫、打打麻將，但是經國對於打麻將並不以為然。
賈亦斌指出，由於蔣經國為官清廉，太太必須量入為出、勤儉持家，蔣夫人也不讓經國知道她私底下經常送點錢補貼家用。儘管夫妻分隔兩地，經國很可能偶爾與其他女性有些戀情，他和方良的夫妻關係在外表、實質上都還和諧。這時候，他在莫斯科時期的戀人馮弗能，已經另嫁他人，也住在南京，但是並無跡象顯示兩人曾再見面。 [7]
抗戰結束後不久，經國和父親回到溪口老家，安排工人修建毀於炮火的豐鎬房及蔣家其他產業。12月，經國帶著家人又回到溪口為母親遷葬。經國的祖母王太夫人墳地居高俯瞰山色，母親安息之地只是鎮外一座小廟後方八尺土塚。他遵循古禮，請名人給墓碑題字，老師吳稚暉受托，題下「顯妣毛太君之墓」，小心翼翼地不提死者和蔣介石的關係。據當天參加安葬儀式的艾啟明說，經國痛哭流涕，哀痛逾恆。
經國經常到上海處理學生騷動事件。他在上海反制共產黨校園活動，握有一項重要資產，就是上海有數千名青年軍復員軍人，尤其其中五百多人已轉入大學唸書，雖然可以動用此一群眾組織強力對抗，他卻不肯這麼做。當時主持上海復員青年軍聯誼會的陳正卿，回憶起有一次經國處理復旦、暨南大學學生示威活動的情形。蔣經國指示陳正卿，把已轉為大學生的青年軍復員軍人動員起來，號召復課。青年軍復員之大學生如命集會，可是大批左派學生聞訊，組成人牆，擋住復旦大學校門，不讓他們進去。蔣經國不僅沒有下令突破人牆，闖進復旦校園，還指揮他們移到虹口公園，聽他演講。蔣經國在演講中強調，阻學生進入自己校園的是共產黨，這充分顯示「未來，我們在大學裡還有許多工作要做」。
東北戰事仍持續進行。蔣經國在8月和10月，再次接觸羅申，否認國民政府走親美路線，也再次提到中方與斯大林舉行高峰會議的可能性。8月間，杜魯門總統向蔣介石提出警告，除非和解有真正進展，美援不太可能持續。然而，國共停火還是無法持續。中共部隊此時已改稱「人民解放軍」，國民黨軍隊在華北攻佔由中共長久控制的兩座主要城市。林彪的部隊跨越結冰的松花江，攻擊孫立人部隊，旋即北撤。1946年12月，杜魯門重申美國不干預中國內戰的政策。美軍陸戰隊撤出華北，馬歇爾也回國就任國務卿新職。馬歇爾離華前發表聲明指稱，美方調處失敗是因為國民黨「反動派」和共產黨「激進派」掣肘之故。
1947年台灣爆發二二八慘劇，凸顯出國民黨根本上的弱點——大批高級官員把官職當作自己乃至家人、部屬發財的大好機會。日本自從甲午戰爭之後的1895年就搶走台灣，1945年9月，國民黨軍隊在一小支美國部隊協助下登陸台灣，接管行政。台灣在日據時期經濟繁榮起來，農業方面可以自給自足，工業也略有基礎。雖然受到戰火波及，港口和交通設施嚴重損毀，台灣經濟比起中國大陸任何省份都要強得多。島上居民百分之九十八為漢人，他們一向痛恨日本人的高壓殖民統治，光復之初，非常歡迎國民政府來解救。
蔣介石派遣1911年起即追隨他的陳儀，擔任台灣省行政長官。六十二歲的陳儀，率領大批大陸人到台灣，接收政治、行政及安全方面的要職。大陸人也接管了公營事業，並立刻搜刮、自肥。極力幫助國民政府的魏德邁將軍都說：國民黨軍隊的行為「有如征服者」。
2月28日，台北街頭因為警察拘捕一名販售香煙的婦女而引發抗議，旋即升級為動亂。陳儀認定亂事是台灣精英中的親日人士，以及反對台灣回歸中國的激進分子在背後煽動。蔣介石派出一個高級代表團到台灣，和地方領袖會商，並決定改組省政府。台灣各界匆匆組織一個台北處理委員會，也採取溫和語調，收回早先提出的撤銷台灣警備司令部、解除國民黨軍隊武裝之主張。可是，街頭的異議分子已失去控制，若干極端分子攻擊政府機關及軍警單位。 [8]
3月9日，國民黨軍隊槍決數百名為首者，在街頭也屠殺數千人。這正是傳統的殺雞儆猴——「清鄉戰術」。（1995年，國民黨為處理二二八事件過當正式道歉，承認遇難者高達一萬八千至兩萬八千人之多。）3月17日，國防部長白崇禧率領一個由軍政大員（包括蔣經國在內）組成的代表團到台北，調查事件始末。在台灣停留三星期之後，白崇禧發表一份聲明，為陳儀處理事件之做法辯護。4月17日，美國大使提供一份觀點全然不同的報告給國民政府主席蔣介石。隔了幾天，蔣介石派出文人接替陳儀（譯按：行政長官公署撤廢，改為省政府，魏道明接任省主席） ，但是另派新職給陳儀。
1947年初，雖然林彪部隊幾度跨越松花江，取得小勝，東北軍事主動權大體還掌握在國民黨軍隊這邊。1947年3月，國民黨軍隊攻佔延安，聲勢達於鼎盛。
這時候，國民黨黨內鬥爭並未稍止。CC派和蔣經國為了爭奪對中央政治學校的控制權，爆發了一場內鬥。蔣介石派蔣經國取代陳果夫，出任中央政校教育長，但是在陳氏兄弟發動學生抗議、反對之後，經國辭而不就。 [9] 在東北戰場上，林彪集結四十萬部隊，強渡松花江，孫立人寡不敵眾；人民解放軍深入國民黨統治區，奪走大量軍事設備和補給，向瀋陽挺進。杜聿明利用空中武力優勢反攻，林彪又退回松花江。此後，國共雙方都傷亡慘重，但是共產黨軍隊的力量顯然已轉強。
蔣經國對東北局勢開始轉為悲觀。他沒有點名批評杜聿明，但是私底下卻抱怨，派到東北去的國民黨軍「沒有得到人民支持，也沒有和地方武力維持良好關係」。經國說，到頭來，杜聿明部隊將是政府的「負擔」，而不是「資產」。 [10]
1947年7月4日，國民政府決定全面動員戡亂。蔣介石改組東北軍事指揮結構，解除杜聿明職務。9月間，毛澤東也下令人民解放軍發動戰略攻勢。原本看好的軍事局勢，突然為之一變，蔣經國等人和美國國務院的「中國專家」看法相同，認為東北挫敗乃是國民黨的黨、政、軍高層持續腐化、無能之故。蔣經國目睹考察的台灣二二八事件，凸顯出此一事實。
蔣經國的左右彼此又討論起，以三青團為骨幹組成政黨，向腐化的國民黨挑戰的議題。蔣經國本人也寫了一本小冊子《我們對團的建議》，似乎暗示組黨之意。9月初，三青團在避暑勝地廬山舉行第二次全國代表大會。會前，經國的親信在他房間與之會面，討論組黨之議。
陳立夫、黃埔系及國民黨其他元老聽到此一消息，衝進蔣介石辦公室痛斥這個想法。蔣介石本身雖然對黨、對文武百官的表現頗有挫折感，卻反對三青團另樹一幟組黨的主意。鑒於父親的立場，經國打消組黨念頭，可是部分身邊的人仍堅持此議，在大會中提出來。蔣介石上台，明確表態：「你們實在糊塗！……我已經是國民黨總裁，還能同時再領導另一個黨嗎？」
蔣介石歎息國民黨和三青團都「只是空殼子，沒有實力」。不但不另組新黨，蔣介石反而下令將三青團並進國民黨，取消三青團中央幹事會；三青團原本形式上是獨立組織的地位，也就曇花一現斷送掉了。CC派陳氏兄弟和黨內其他派系都很高興。蔣經國第一次當選為國民黨中央委員作為補償，此外還擔任中央黨部幹部訓練委員會副主任委員，主委由他父親掛名兼任。 [11]
蔣經國苦思如何在組織戰上對抗中共，隨即想出一個主意，即以青年軍復員軍人為骨幹組織「戡亂建國總隊」，派到戰場從事政治工作，爭取民心，不讓民眾支持度隨著國民黨軍隊的失利而喪失殆盡。蔣介石批准這個計劃，經國立刻組成好幾個大隊，他正式出任戡建總隊領導人（譯按：江南在《蔣經國傳》裡說，胡軌系戡建總隊總隊長） ，但是，為時已遲，戡建總隊實質上沒有起作用。
共產黨軍隊在東北恢復攻勢，一再切斷連接大城市的鐵路線。國民黨軍隊守備部隊越來越仰賴陳納德新成立的民間公司「民航空運公司」（Civil Air Transport，CAT）的飛機運補。蔣介石明白，軍事上、政治上，他都失去了主動權。蔣介石對手下高級將領越來越失望，迭有惡評。他一度說，大部分指揮官士氣低到谷底，精神渙散，甚至還表示佩服共產黨軍隊軍官的紀律嚴整，操守廉潔。
12月間，南京突然籠罩著悲觀氣氛，外交部次長葉公超告訴美國駐華大使司徒雷登，蘇聯最近頻頻送上修好的訊號。據葉公超說，蘇聯通過一群曾在蘇聯受訓、通曉俄語的國防部高級軍官——最著名的就是蔣經國——這個渠道「頻送秋波」。蔣經國等人主張與中共政治和解是「唯一方法」，要尋求與蘇聯「拉近瞭解」以達成此一目標。據報道，蘇聯駐華武官羅申將軍鼓勵蔣經國這群人。 [12]
1947年下半年軍事失利之後，蔣經國事實上再度主張試探與莫斯科接觸、修睦。蔣介石認為這麼做，至少有可能對美方施加壓力。這個想法在12月初十分明顯，立法院長孫科公開提出警告，如果美國政府不對國民政府提供重大援助，國民政府會投入蘇聯陣營。 [13] 大約同一時期，小蔣告訴羅申，他父親現在預備考量斯大林1946年1月與蔣經國會談時所提議的見解，蔣介石也願意訪問莫斯科。 [14]
張治中將軍告訴司徒雷登大使，12月19日他和蔣介石父子一起午餐，蔣介石授權他試探莫斯科當局，是否國共有可能復開談判。蔣亦表示，經國已就這個題目與蘇聯大使館有過初步接觸。司徒雷登向華府報告，猜測蔣介石透露試探莫斯科意向的消息，或許是要激起美方興趣。司徒雷登的結論是，由於中共在各方面都佔上風，似乎不大可能會接受和談。
斯大林讀到駐南京蘇聯大使館電文，報告蔣氏父子的試探動作時，可能暗笑在心。斯大林在這個階段，只有取得毛澤東同意才會對這些探詢作復，不過他顯然從來沒有授權部屬對中方作答覆。 [15] 斯大林苦等這個機會已經二十年，現在總算等到把蔣介石當檸檬擠完而甩掉的時機！
新任國民黨軍隊「東北剿匪總司令」陳誠，宣佈東北軍事危機已經過去，語聲稍落，林彪已經佔領遼寧若干重要城鎮，打開與山東的海路交通。國民政府此時在東北部隊兵力近五十萬人，卻只掌控住百分之一面積的土地。林彪停下來整編部隊，讓他們適應新近擄獲的美式裝備武器。陳誠稱病，離開設在長春的總部。
美國駐華軍事顧問團團長包大維少將（David Barr）勸蔣介石在國民黨軍隊兵力被殲滅之前，退出東北。如果蔣介石能保住將近五十萬的兵力，及東北的龐大兵器力量，最後在長城之南的淮海戰役（譯按：國民黨稱之為徐蚌會戰） 大對決，結果可能就會不一樣。
可是同1945年一樣，蔣介石顯然認為此時退出東北，代表失去「天命」，寧可讓國民黨軍隊奮戰到最後一兵一卒。
到了1948年初，斯大林曉得毛澤東大約一年之內就可以佔領整個東北。美國直接介入中國大陸戰事，似乎極不可能。就斯大林而言，東北前景證實了全球革命浪潮又將站上高點。中國似乎不可避免要落入共產黨手中，這場巨變將是「世界力量相對關係」變化的重大因素。
這一年中某日，蘇聯科學家向斯大林報告，蘇聯可望在1949年試爆第一顆原子彈。蘇聯為了展示實力，6月間下令紅軍封鎖西柏林，盟國以展開大規模空運對應。捷克共產黨把布拉格民主政府趕下台；馬來西亞共產黨開始對英國殖民當局發動游擊戰；胡志明在山區積極練兵，等候他的中共盟友推進到中越邊界會師。
此時莫斯科的一大挫敗是，南斯拉夫的鐵托與斯大林決裂。西方國家有些人盼望毛澤東有朝一日會變成中國的鐵托。斯大林並不全然相信毛澤東，但是他在1948年認識到，他的全球戰略若要成功，他就不能把毛澤東當作其他一般共產黨領袖看待。他瞭解中國將是「他的夥伴，不是俎上肉」。
8月溽暑某日，林彪對他手下七十萬大軍做最後校閱。他們已經準備好進擊困守在長春、瀋陽及其他少數城市據點的國民黨軍部隊。人民解放軍裝備精良、士氣高昂。林彪手下三個精良的師是由東北的朝鮮族後裔組成，而國民黨軍士兵大部分來自華南。
1945年蘇聯在平壤扶持成立共產政權之後，迅即派出顧問建立一支兵員龐大、裝備精良的朝鮮人民武裝。金日成在1946至1948年間，得以提供人民解放軍兩千多火車車廂的作戰物資，甚至還以蘇聯培訓的朝鮮部隊用「自願隊」名義支援。朝鮮扮演人民解放軍的戰略後方基地及安全庇護所之角色，是東北爭奪戰的另一個重要因素。朝鮮此時義助中共，換來日後毛澤東派出「抗美援朝志願軍」參與朝鮮戰爭，拯救金日成。
打開中國作戰地圖，現在國民黨軍隊除了控制若干大城及連接各城的鐵路沿線之外，黃河以北已經「赤焰處處」。然而，就許多中國人來說，當前頭號大敵是通貨膨脹、物價飛騰，而不是共產黨。戰爭費用創造出巨額預算赤字，投機客藉機操縱圖利，助長通貨膨脹，大火燎原。上海躉售物價由1945年9月至1946年2月，上漲五倍，一年之後又漲了三十倍。政府採行各種措施，包括把工資盯住生活費用運動、凍結物價與工資、工業物資及消費物品實施配給，等等，但是統統不能奏效。一包米在1948年6月售價法幣六百七十萬元，8月份已漲到六千三百萬元。
8月18日，國民政府頒布命令，要求老百姓交出所有的金、銀及舊鈔「法幣」，換取新鈔「金圓券」。兌換率是三百萬法幣換一元金圓券。同時，政府禁止工資與物價上漲，也不准罷工及示威遊行。這時候，民心普遍希望（雖然還不到相信的地步）政府這次言出必行，會嚴格執行法令規定。政府的三大經濟管制區集中在上海、廣州和天津。上海管制區還涵蓋南京市及江蘇、浙江、安徽三省，可以說是成敗利鈍的考驗關鍵。如果經濟改革在上海能成功，其他各地也可能成功。
8月21日，蔣介石任命俞鴻鈞為上海經濟管制督導員，賦予警察權。俞鴻鈞出身上海富商家庭，曾在美國密歇根大學念過研究所。不過，俞鴻鈞只是名義上的督導員，蔣經國奉派擔任他的副手，但大家都曉得真正擔綱做事的是蔣經國。蔣介石在日記裡記下：「雖然我曉得這個職位可能使經國遭到忌恨，甚至斷送前程，但是我必須派他去。經國是可以承擔此一任務的唯一人選。」
蔣經國8月20日抵達上海，立刻投入工作，當地英文報紙形容他是「在上海打經濟戰的主帥」。 [16] 他第一道命令就是要王昇把戡亂建國第六大隊帶到上海。戡建第六大隊抵埠之後，蔣經國以上海市復員青年軍注入，擴大編製員額，也派出其他大隊分駐轄下三個省。蔣經國不信任上海市官僚，派戡建大隊人員進駐各個治安機關，如上海市警察局、上海警備司令部、鐵路警察局等單位。
上海各地旋即出現公告，凡檢舉違反經濟管制者，經查屬實，可以得到沒收的黃金、銀子、外幣或囤積物資價值之三成作為獎金。老百姓也可以把密報消息，投進設在街頭的建議箱，各方報告開始湧進蔣經國設在中央銀行內的辦公室。同時，大批青年男女亦主動支援警察及王昇的戡建大隊檢查工作。上海街頭到處突檢市場、倉庫、工廠囤積的物品，查核申報存貨與現場實際數量是否吻合。
蔣經國和部屬審閱檢舉函，必要時即對可疑設施突擊檢查。對奸商速審速決，罰款、坐牢，不予寬貸。官吏貪污，刑罰最為嚴重。財政部一位秘書（譯按：陶啟明） 和上海警備部兩名軍官（譯按：張亞尼、戚再玉） 經特種刑庭判處死刑。
孔宋家族成員孔令侃在上海經營一家揚子公司，從事進出口貿易，孔令侃在商界的諢號是「南京老虎」，他和青幫首腦杜月笙關係不錯。杜月笙的綽號是「大耳杜」，有時候被稱為「經濟老虎」。
杜月笙不但是黑社會頭子，在中國銀行、交通銀行和上海證券交易所也位居要職。他長久以來和宋子文、孔祥熙有密切往來，傳說跟蔣介石還是拜把兄弟。當經國抵達上海時，杜月笙請他吃飯，小蔣婉謝。杜月笙可不習慣被人這樣謝絕。
另一隻「老虎」是杜月笙的「外甥」萬墨林，因於日本佔領時期從米糧上賺得大錢，綽號「米糧老虎」。蔣經國的檢查小組一開始就逮捕萬墨林，罪名是非法囤積稻米，迫使米價上揚，不當侵佔政府米谷貸款。蔣經國更放膽逮捕了杜月笙的兒子杜維屏，理由是投機炒作、囤積居奇，非法在股市交易。同一天（9月3日），他逮捕了一家棉紡廠和一家香煙公司經理，宋子文投資的永安棉紡廠經理也不能倖免，甚至將棉布商公會、紙商公會、食用油商公會以及米商公會會長，統統抓起來。戡建大隊喊出「我們只打老虎，不拍蒼蠅」的口號，贏得「打虎隊」的美譽。
蔣經國命令各業公會會長轉令會員廠商，「以8月19日的市價，將貨品上市供銷」。譬如，永安就被控，在實施物價管制後，把生產的布匹囤積在倉庫。除了杜維屏等少數人之外，這些商人准予交保釋回。次日，又有許多商界聞人一一被請進牢房。9月7日，上海銀行公會同意，市內全體商業銀行把持有的外幣和金塊交給中央政府。蔣經國掌握情報後，趕往南京，堅持逮捕財政部錢幣司司長戴銘禮。據報道，戴銘禮供出許多高級官員和金融界人士，非法由上海的銀行私運外幣、黃金到香港。
上海的外僑對於這些表現大為讚佩。英文《華北日報》9月11日指出：「過去三星期的經驗，讓老百姓覺得現況有了更張，產生相當大的希望。」
此時，經濟改革實施已近一個月，物價明顯穩定下來。這段時間躉售物價指數，只上升了百分之六，有三千多名套利者被捕。但是，蔣經國認定通貨膨脹不是關鍵問題，國民黨若要扭轉頹勢，唯一的方法是不再扮演既得利益團體的政黨，要再度成為社會革命政黨。9月12日，他在上海體育場對五千名復員青年軍群眾演講，並率領群眾唱《兩隻老虎》歌曲，呼喊口號「打倒奸商、投機客！」「搞革命！」「掃除腐敗勢力！」，全場熱情澎湃。
蔣經國明白宣示，他的目標不只是控制住物價，還要終結全國財富分配不均的問題。他在演講中只有一次提到共產黨，講話重點集中在富人的巧取豪奪：
我們過去和外國敵人……帝國主義者……作戰，現在我們在國內有了新敵人，就是鄉村的土豪劣紳，城市裡的奸商、投機客……政府頒布的經濟新政策，不僅只是法令，也有心發動社會革命運動，象徵著實現民生主義的開端。穩定物價只是技術工作，我們的目標是終止財富分配不均。明白地說，我們應該防止富者愈富、貧者愈貧的現象。
有人批評說，經濟管制可能迫使工廠關門，蔣經國提出駁斥：「有錢能買香水、吃許多豬肉的人畢竟是少數。如果豬肉、香水從市面上消失，沒有什麼問題。只要老百姓不餓肚子，所有的百貨公司、大餐廳關了門，不會有問題。」
蔣經國在日記裡對富人的不齒更加鮮明，他寫下：「他們的財富和洋房，是建立在人民的骨骸上。」他向商界保證，政府會持續保護私有財產、鼓勵民間企業，但是他也抨擊「所謂的經濟學家聲稱，要解決經濟問題，就應從經濟觀點著手」的看法。他說，這種人錯了，「經濟結構是以社會、政治力量為基礎」。
這一時期，蔣經國還在讀馬克思主義書籍。某個星期天上午，有位部屬到他住所晉見，看到他在讀俄文本的《列寧全集》。蔣經國也替遍貼全市的海報親撰口號，其中有一句是「打倒豪門資本！」。一般解讀，這是影射蔣、宋、孔、陳四大家族，於是他把它改成「打倒官僚資本」，這又是一個左派詞語。
蔣經國最得意的口號是：「搞革命，雙線作戰！」照他的解說，「搞革命」就是實行總理遺教，支持總裁，依據三民主義完成國民革命。「雙線作戰」就是「反共」，同時還要和國民黨內貪污腐化反動勢力，以及土匪惡霸作戰。
蔣經國對於中國人民面臨的挑戰，用很簡單的話表述：「中國是資源豐富、人力充沛的優秀國家。如果在能幹的領導人率領下充分利用這些資源，中國不僅可以成為強大的國家，還可以領導世界。」考驗的時刻即將到來。他對友人說：他們此舉「成敗關係到國家命運……以及我們團體的命運」。
一年之前一般還認為國民政府不可能敗北，此時卻似乎風雨飄搖，岌岌可危。國民黨軍隊在東北的遼沈戰役慘敗，局勢逆轉。毛澤東發佈格殺「人民公敵」之令，名單中當然少不了蔣介石、蔣經國父子，以及宋慶齡除外的全體孔、宋家族成員。共產黨地下組織等在市內甚為活躍，甚至滲透到蔣經國的辦公室。可是，經國並沒有強調共產黨顛覆滲透的危險。他在公開場合講話時，除了偶爾例行性地稱他們為「共匪」之外，繼續避免針對中共政治謾罵。他不希望重複父親1927年在上海「清共」的大動作。更重要的是，他認識到任何大規模「清共」屠殺行為，都會引起反彈。
雖然蔣經國每週七天，天天辛勤工作，夜裡卻往往與朋友飲宴酬酢。有時候，莫斯科時期的同學王新衡（當時在上海市負責軍事調查統計局的情報活動）會安排上海電影明星和「社交花蝴蝶」參加聚會。蔣方良偶爾帶子女到上海相會，但大部分時間住在杭州。然而，據一位親信副手的說法，蔣經國在上海這段時間並沒有婚外情。
蔣經國取得父親的同意，他在上海的基本政策可以放手去做，但是要讓俞鴻鈞和上海市長吳國楨知情。基本上，他主持上海的經濟、金融、商業和相關警察功能，不需請示別人。吳國楨畢業自美國普林斯頓大學，與蔣夫人關係密切；他認為沒有面子，向蔣介石提出辭呈。蔣介石不准，退回辭呈。另一位上海吳先生——蔣經國的老師吳稚暉則支持經國，鼓勵他堅持下去。有一天，有位受到調查的商人持吳稚暉的信到經濟管制處拜會蔣經國。這封信要求經國不要對持函人被指控之經濟犯罪施懲。半小時之後，吳稚暉派人送來另一封信，說明吳老所認識的這個生意人登門求助，還說吳老若不寫信給經國替他求情，他就要自殺。吳稚暉要經國不理會第一封信，凡事依法處理。
9月下旬，經國一度陶醉在他希望把贛南經驗搬到上海乃至華中成功推動的喜悅心情中。據「中央通訊社」報道，上海工人狂熱地相信，「只要『小人物的大朋友』與他們站在一起，他們就可以放心，不會再受到大投機客的壓搾」。然而，「中央社」也報道，「大企業和權勢家族」正在醞釀搞走蔣經國。
謝偉思此時已調到美國駐香港總領事館任職。他向華府報告，青幫頭子杜月笙非常生氣兒子遭到逮捕。為了向經國證明他兒子是被刻意挑中、打擊，杜月笙提出「四大家族」以及若干華北軍事將領在上海從事經濟犯罪的證據。隔了幾天，謝偉思又報告，宋子文派妻子到上海，勸經國對永安案寬大處理。
蔣經國向父親報告逮捕杜維屏的始末，9月24日，蔣介石發電報給杜月笙，電文卻見諸上海《申報》：「我兄若能協助經國在上海經濟管制工作，無任感荷。」這似乎等於老先生公開聲明，他不會介入讓杜維屏獲釋。這裡面的內情含混不清，但是，顯然杜月笙接到電報後，前往拜會經國，抱怨他們父子被挑出來遭受刻意打擊，他交給經國一份非法囤積物資的公司名單（包括孔令侃的揚子公司）。
幾天之後，蔣經國的朋友賈亦斌對上司捶桌抗議：「如果孔令侃沒犯法，還有誰犯法？」經國沒有回答，但是事後告訴賈亦斌：「我無法忠孝兩全。」賈回到旅館，給經國洋洋灑灑寫了十四頁的長信，敘述他的失望：「我原本認為國民黨已經沒有希望，但仍寄希望在君身上……但是這件事點醒我，君只拍蒼蠅，不打老虎。」 [17]
賈亦斌離開上海。在當年年底之前，就與中共取得聯繫，開始秘密和共產黨合作。 [18] 過後不久，蔣經國根據杜月笙提供的資料，控訴揚子公司經濟犯罪，逮捕孔令侃若干職員。據一個說法，經國把孔令侃軟禁，基於禮貌，通知了蔣夫人。宋美齡聞訊立刻趕到上海，和經國及外甥一起見面。她對兩人說：「你們是手足，沒有理由互鬥。」孔令侃暗示，經國如果不撤銷控訴，他會不惜暴露讓蔣家及政府難堪的事。 [19] 最後，孔令侃做出和解，據說交給政府六百萬美元，然後前往香港，再轉赴紐約。杜月笙也離開上海，前往香港。不久，杜維屏繳了大筆罰款給政府，獲准結束事業，前往香港和父親會合。永安公司以低於成本四分之一的價格，拋售囤積的大量棉花。永安的大股東郭氏家族，也移居香港，上海終於掃除了孔、杜家族。但是，這時候蔣經國的經濟管制措施已在瓦解，一般印象是，他在揚子公司一案被迫屈服。 [20]
資本主義社會，即使具備最佳條件，也很難持續實施物價管制。除非通貨膨脹的根本病灶——通常是公共部門產生巨額預算赤字——得到解決，物價管制注定失敗。國民政府推動的幣制改革，六個星期就垮了，包括唯一一個認真推動、執行的地區——上海，也都失敗。基本癥結是未能全國普遍一致執行幣制改革。由於上海以外地區物價迅速攀升，商人和民眾擁入城裡，買盡一切商品、物資。雖然當年秋天浙江、江蘇省穀物大豐收，上海卻嚴重缺糧。原料也一樣缺乏，生產商遂停止生產。
幣制改革的第一周，中央銀行發行三千萬元金圓券，換取百姓繳交的黃金、白銀和外幣，可是當樂觀消退，那些遲不兌換的人證明比較明智，可是守法者（絕大多數是中產階級老百姓）家財全毀了！辦法的嚴重不平等也是顯而易見。凡在國外持有超過三千美元以上外幣或金銀資產的人，只需申報，不需繳出來。這項例外規定適用存在香港的外幣及金銀資產，因此對孔、宋家族和杜月笙等人乃是開恩之舉。那些具有不足三千美元外幣資產（就一般中國人而言，已是大筆財富）的人，則根本不必申報。《時與文》雜誌歎息，這整個過程只是「表面弄點改革，實則維持舊秩序」的把戲。蔣經國呼籲要採取措施，減低貧富懸殊，根本沒被政府理會。到了10月底，棉花、藥品、衛生紙、棺木壽具及其他物品，全部從市面上消失。教員、專業人士以及小生意人，過去從來沒有支持共產黨的念頭，開始認為不管換了誰上台當政，都比國民黨要好。
經濟危機告急之際，前線又傳來噩耗。山東省會濟南未經太多抵抗，於9月24日失守。國民黨軍在東北守住的幾個城市也岌岌可危。東北新任「剿匪總司令」衛立煌建議突圍，把部隊由海路撤回華北。蔣介石命令他奮戰下去，七個星期之內，蔣介石折損四十萬兵力，另十四萬人坐船逃回關內。
10月底，蔣經國對中國之命運憂心忡忡之際，接到父親緊急命令，召他到南京開會。行政院決定解除全國對物價凍結之前令，這道命令還畫蛇添足地聲稱，日後將與商界研商，再依據生產成本凍結物價。次日，蔣經國的辦公室發表一紙聲明，他向上海市民道歉，告訴他們業已清楚的消息——他的任務失敗了！他承擔起讓上海市民痛苦加劇而非減輕的全部責任，然而聲明的口氣挑釁大於後悔，他說：「我絕不願將自己應負的責任，推到任何人身上去……我堅決相信，自己所指出的〔9月21日演講的〕《上海何處去》的道路，是絕對正確的。我懇切希望上海市民應用自己的力量不再讓投機奸商、官僚政客和地痞流氓來控制上海，我始終認為上海的前途，一定是光明的。」物價立刻飛騰。到了11月6日，上海物價比起8月間，漲了十倍以上。中央銀行印製所日夜趕工，印製已經不值錢的金圓券。
1948年11月美國總統大選，杜魯門意外勝選，力挫杜威，終止了國民黨政府盼望美國對華政策會有轉圜的希望。幾天之後，國民黨軍隊最後一支部隊撤出東北。毛澤東花了三年的時間，征服了廣闊的東北，也佔領了大塊華北平原。現在，他和同志們預備發動下一階段戰事——把國民黨軍隊趕到長江流域去。
蔣經國進諫父親，大幅改組政府、軍方人事。可是，蔣介石不准行政院長翁文灝辭職，接近蔣經國的人士認為此舉代表蔣介石無意大幅更張人事。蔣介石現在接受已無法避免在中國大陸落敗的命運。雖然他必須精心設計，讓毛澤東摸不準他會轉進何處，卻已開始規劃退到台灣。未來，忠心比什麼都更重要。他認為，目前不宜清除CC派、黃埔系和宋家姻戚等支持者。但是，他在軍中恢復設置政治部（原本在美國壓力下，政治部改名新聞部），讓經國非正式接掌。蔣經國立刻開始重新部署政治指導員，配屬到營級單位。
11月5日，蔣經國回到上海，召集親信開會。他說：「現在，我們失敗了。我不曉得我們應該往哪裡去，也不曉得我們應該做什麼。我們以後可能就知道。將來各位應維持紀律，照顧好自己。我不確定我們是否會再一起工作。」他和眾親信話別時，痛哭流涕。
他的部屬立刻星散。蔣經國命令王昇率領戡建大隊南下。剩下的部眾改編為青年救國第一總隊，由胡軌率領。由這個大隊及其他地方甄拔的復員青年軍幹部，構成派到國民黨部隊的政工人員之主幹，而這些國民黨軍隊單位已預備撤退到台灣。
人民解放軍推進到徐州，距南京不到三百公里。朱德現在是人民解放軍的總司令，投下六十萬兵力打淮海戰役，這是歷史上最大規模的一次會戰，戰事延伸到山東、安徽和江蘇三省。
淮海戰役激戰六十天。鄧小平是人民解放軍參與會戰的一支部隊（二野）政委。蔣緯國是國民黨軍隊一個裝甲兵團長。接近年底時，徐州地區殘存的國民黨軍隊，絕大多數投降，部分退到南京，蔣緯國的美式M3-A1坦克車也大部分撤到南京。這批坦克沒有留下來保衛南京，而是裝上火車運往上海，準備撤退到台灣。 [21] 美軍駐南京顧問認定：「國民政府的軍事地位已經跌到無可復原的地步。」
年底之前，國民黨若干高級領導人及高級將領主張與中共和談。副總統李宗仁是主和派首腦，他的桂系戰友白崇禧及許多國民黨官員縱使不為別的，只為爭取時間，也力主停火、恢復和談。然而，在淮海之役以後，毛澤東願意談的，只剩下國民黨無條件投降這一項目。
註釋：
[1] 王紹堉1996年5月11日在台北接受本書作者的訪談記錄。王紹堉1946—1947年供職南京國防部預備幹部局，在局長蔣經國麾下工作。原書注2。
[2] 賈亦斌1995年9月21日在北京接受本書作者的訪談記錄。賈亦斌1946年是復員管理處教育組組長。原書注3。
[3] 江南（劉宜良）《蔣經國傳》（美國，加州論壇報，1984年出版），第130頁。原書注4。
[4] 陳正卿1995年9月25日在上海接受本書作者的訪談記錄。陳正卿自1946年到1949年，擔任復員青年軍聯誼會上海分會主持人。原書注6。
[5] 艾啟明1996年6月15日在南京接受本書作者的訪談記錄。艾啟明曾追隨經國在中央干校、青年軍及復員管理處工作。原書注7。
[6] 章孝嚴1996年5月23日接受本書作者的訪談記錄。原書注9。
[7] 馮弗法《我的父親馮玉祥》，收在北京1982年出版的《文史資料選編》第15卷第19頁。馮玉祥此時擔任軍事委員會副委員長。馮弗能也住在南京。據她的妹妹馮弗法的說法，弗能「在國外結婚」，但沒有多敘詳情。原書注12。
[8] 本章有關二二八事變的敘述主要取材自賴澤涵、馬若孟（Ramon H. Myers）和魏萼《悲劇性的開端：台灣二二八事變》（A Tragic Beginning : The Taiwan Uprising of February 28, 1947 ），斯坦福大學出版社1991年版。原書注17。
[9] 見蔡省三、曹雲霞《蔣經國系史話》第161—167頁。不過，陳立夫在1996年5月29日接受本書作者訪談時，卻聲稱整件事是誤會。原書注19。
[10] 王楚英1996年6月15日在南京接受本書作者的訪談記錄。王當年是五十二軍軍官，在遼寧省作戰。原書注20。
[11] 陳正卿1997年9月30日接受本書作者的訪談時所說。原書注25。（譯按：江南在所著《蔣經國傳》裡則說，主委是張厲生，姑且存記。）
[12] 美國駐南京大使館1947年12月19日呈報美國國務院之電報。原書注28、29。
[13] 美國國務院致南京美國大使館之電文。原書注30。
[14] 美國駐南京大使館1949年1月4日致國務院之電報。這封電報的消息來源是迪化市長屈武。屈武是蔣經國留學蘇聯時期的朋友，也是托派分子。屈武的話必須存疑，但是它吻合葉公超和張治中跟司徒雷登的談話內容。原書注31。
[15] 1948年12月，屈武聲稱蘇聯對1947年12月國民政府方面的探詢給予正面反應，但是經國照會蘇方，局勢轉變，蔣介石不能赴蘇京訪問了。有可能是，蔣夫人和宋子文聽到這項向蘇聯接觸的消息，說服蔣介石改變主意。然而，屈武說蘇方有正面反應時，羅申在場，他並沒有否認。見南京美國大使館1949年1月4日致國務院的電文。岡察洛夫說，斯大林在1948年夏末，曾把蔣介石一封信轉給毛澤東，可能指的就是1947年12月中方試探這回事。見岡察洛夫、劉易士、薛理泰合著的《不確定的夥伴：斯大林、毛澤東和韓戰》，第25頁。原書注34。
[16] 見1948年9月1日上海《華北日報》。原書注44。
[17] 賈亦斌1995年9月21日接受本書作者訪談時所說。原書注79。
[18] 見賈亦斌1997年2月24日給本書作者的電子郵件。原書注80。
[19] 同注〔17〕。原書注81。
[20] 調查結論的揚子公司的確「囤積、走私物品，並且逃稅」，而且上海市長吳國楨還設法保護揚子公司。參見金越光《揚子公司案調查報告》。原書注83。
[21] 蔣緯國1996年6月5日接受本書作者訪談所說。原書注99。