中央與地方間的距離，造成統治命令貫徹上的困難，尤其遙遠的齊、燕及荊楚，幾乎不可能貫徹法治主義，因此還是保持著半獨立的封建制度。
中央集權，成功中暗藏危機
當秦國在雍岐一帶重行建國時，在組織結構上仍承續祖先蜚廉、惡來的傳統武風，一直維持著部落式的戰鬥團體組織。為強化各部落的機動性和獨立性，在統治管理上便相當鬆懈，全賴領導者的個人魁力以作整合。因此，建國以來其戰鬥力雖強，國力則一直未能作強有力發揮。只有像秦穆公般的英雄人物出現，秦國在國際舞台上才有較高的表現，秦穆公去世後，便又停滯了下來。
秦孝公時代的商鞅變法，是秦國文明發展的另一個高峰。他運用其父親秦獻公時代設計的地方基層組織——什伍制度，加上實行連坐法，使原本鬆散的部落組織，成為關係密切並可以相互監督的基層團體。十年後的第二次變法，更以郡縣制度使傳統的戰鬥部落集團正式解散，各部落的武裝部隊改由秦王室直接指揮，徹底達成中央集權的軍隊國家化。
這不但是秦王室建國以來從未有過的經驗，也完全不同於數千年來華夏文明的傳統式平行政治組織，就算周公旦所創製的宗法和封建制度，在結構的嚴密上也無法和其相提並論。
換句話說，商鞅的改革，是純理論邏輯推論下的設計，可以說是空前大膽的嘗試，全無前例可循。因此，秦孝公和商鞅在執行上是非常的小心謹慎。
（有關其過程及細節，在拙著《秦公司興亡史》中有較完整描述，以供參考。）
幸好秦國是移民式部落組織，本身沒有什麼包袱，思考上較為單純，加上武裝集團一向較服從指揮的傳統習性，使秦孝公和商鞅連續兩次「大地震」式的改革運動，尚無太多的阻力。
作戰式部落集團一向便較富積極性和行動力，變法以後，所有軍士全歸中央統一管理，力量更為集中，所以自秦惠王、秦昭襄王起，一直到秦王政初年，秦國的聲勢一直迅速膨脹。
配合這股力量，秦王室當局不停地發動更多更大規模的戰爭，不但使秦國的版圖跟著飛快成長，統治人員也迅速增加，加上各地方結構日益複雜化，於是中央集權式的統治效率開始遭到嚴重的挑戰。
秦昭襄王時代，便曾在韓、趙兩國的新佔領區上試行郡縣制度，試圖和秦國本土建立同樣的管理模式。但到了呂不韋和秦王政期間，由於佔領區急速膨脹——特別是較遠的齊、燕、楚地，根本無暇作較有系統的規劃，只得暫時維持軍事佔領方式、未曾納入秦王室中央集權的體制中。
統一六國的政治規劃，雖然一直控制在外籍政團手中，但真正指揮作戰的，仍大都是本土派的部落領袖，因此在完成征討後，負責鎮守新佔領區的，便是這些作戰軍團的將領。為了有效達成任務，他們也大多能和被征服國家的殘存政治勢力保持相當程度的合作態度，所以對各地區的情形反而能有較多實際的認識。
如果依照周王朝的封建和宗法制度，有資格成為新佔領區統治者的，自然是這群軍事將領了。所以，雖然秦國本土已在外籍政團規劃下，取消氏族式的部落組織，改採官僚制的中央集權制度；但這些本土派的領袖們仍抱著希望，在統一後的新佔領區中，能夠依循傳統的華夏文明體制獲得封地，成為新皇朝的貴族。
新舊黨爭，暴露新政權問題
秦王政稱帝，新皇朝成立後，以丞相王綰為首的本土派領袖，便向秦始皇提出建議：
「我們剛剛併吞了各國，一統天下，版圖增大很多，尤其燕、齊、楚地相當遙遠，最好先設立諸侯王，以建立永久的統治根基，因此請立諸皇子為王，以有效統領新增加的版圖及各國族民。」
但是，對主政的外籍政團而言，秦國的現行體制才是他們的理想，秦國有能力統一全中國，更是他們最為驕傲的成就。況且，傳統的封建制度，一直是他們最為摒棄、認為最不合理的現象，應該加以徹底的改革，如果又恢復封建體系，他們也很可能再度成為「無權階級」。因此，只有徹底維持現行的郡縣制度及官僚系統，才是他們的執政理念，也是他們投入熱情及生命的目標，對他們而言，封建制度早就該淘汰了。
秦始皇早年奪權成功，是靠本土派領袖的擁護，才有力量驅逐呂不韋等外籍政團。即使他後來接受李斯進諫，再度重用客卿，但在皇廷中，仍是以本土派的領袖佔有絕對優勢。因此面對新的政治態勢，在本土派領袖們積極建議之下，雖然並不合乎秦王室現行政制精神，但秦始皇仍不得不慎重考量這件事的利害。《史記》上記載：
「始皇下其議於群臣，群臣皆以為便。」
但身為外籍政團領袖的廷尉李斯，立刻為自己的政治理想挺身辯護：
「周王朝在實施封建制度時，也分封了不少他們的子孫，在眾諸侯中，同姓宗族也佔了絕大多數。但隨著時間流逝，這些同姓諸侯的親密關係疏遠了，甚而為了利害相互攻擊，如同仇敵一般，周天子根本就無力阻止。
「如今好不容易賴陛下神威，天下再歸一統，就更應該堅持我們秦國的新體制，將全天下分為郡縣，由皇室直接統治。諸子和功臣以賦稅作為獎賞便可以了，切不可再封給土地，使能夠真正依法令統治，使天下無異議，這才是政權安寧之術啊！封建諸侯勢必會造成日後更多災難的。」
對現況充滿自信、又長於推論思考的秦始皇，在評估雙方意見後表示：
「天下已經歷過太久的兵荒馬亂了，人民更是深為戰爭所害。昔日所以會長期戰亂不斷，大多是諸侯們為了擴張或保護他們自己的權勢而造成的。
「現在好不容易仰賴我秦國宗廟之福，天下得以安定，如果又恢復封疆建侯，那是會重新惹起戰爭禍端的，即使要再恢復安定也是非常困難，因此我贊成廷尉的意見。」
廢除封建，建立中央集權
在秦始皇的決策下，「多數服從少數」，下令新納入的版圖也全採取郡縣制度，將天下劃分為三十六個郡。郡設有行政長官的郡守、軍事首長的郡尉及司掌監察權的郡監。郡下設縣，縣設縣令，並由縣丞作輔佐。所有百姓和各國族民（包括失權的諸侯貴族）均稱為黔首（秦國尚黑，故以黑色頭髮作為百姓之稱謂），地方官吏均由中央政府直接任命並統理，形成相當完整的中央集權制度。
本土派的軍事將領們，由於長期進駐在各諸侯國中，使他們實際地感受到各國社會結構的差異性，尤其組織鬆散又複雜的齊、楚兩國，更是他們所無法瞭解的。
實際進駐異鄉，也使這些領袖們真正體會到，中央與地方間的距離將造成統治命令貫徹上的困難。尤其是遙遠的齊、燕及荊楚，在交通非常不方便的當時，想強行貫徹法治主義幾乎是不可能的，因此還是保持半獨立的封建制度，較能有效地統治並管理這龐大又複雜的地區。
這些本土派領袖的父執輩，又正好是商鞅變法下的犧牲，為了有效集結國力，他們傳統的地位和權力都被剝奪了，包括自己家族原擁有的軍團，也被併入國家的武裝部隊中。因此雖然在習慣上，他們常能服膺於秦王室強有力的領導，但他們對商鞅變法後的秦國制度，可是一點兒也不熱衷的。
其實，這些本土派領袖的親身體驗，有不少很值得新政府在下決策時用以作調整思路的重要參考。只是這些長年馳騁沙場的老將，本身論理思辨的能力太差，又不善於說明自己的看法，因此他們提出的論點，仍脫離不了傳統的常識，這種政治立場也和他們自我的直接利害關係太近，對於一向長於合理性思考的秦始皇，自然是沒有絲毫的說服力了。
以李斯為首的外籍政團，基於他們對傳統封建制度的失望，以及對秦國新法制的過份熱情，使他們對眼前政治環境的急速變化也有了盲點。雖然他們個人的權勢幾乎仰賴於秦始皇的信任，但在秦國中央集權的官僚體制下，他們是可以真正擁有實權的經營層，因此保有現行體制才是他們真正的利益。李斯等人反對封建制度的論點，其實也不見得完全是客觀的。
童年期由邯鄲回咸陽後，秦始皇便一直未曾出國，因此對齊、楚等國的距離遙遠和複雜性，是無法親身去感受的。雖然他一向擅長於合理性的思考和推論，但實務經驗的缺乏也常會造成前提假設上的偏差，自然在推論上也很難有正確的判斷了。
何況秦始皇自己也正沉醉在大成功的高度自信中，既然中央集權制度可以有效地讓秦國達成一統天下的目標，必然也能有效地統治這個國家。對秦始皇而言，這種推論是再合理不過的了。
這次的廷議，表面上是各派對其理想制度所作的爭辯，其實更隱藏著派別權勢的爭奪。不論是本土派領袖或外籍派政團，都已不像早年的改革派大將——百里奚和商鞅，能針對客觀情勢的需要，為國家的長治久安作認真的思考；更沒有仔細去觀察，統一天下後，秦國客觀政治環境上的改變，已有必要作制度上的大幅調整了。如同英國史學大師湯恩比所講的，這些具有創造力思考的少數，由於迷惑於成功的華麗燦爛中，他們的創造力消失了，因此很快地由創造的少數成為了當權的少數，秦帝國的衰敗也由此開始了。
天下國家化，贏了面子輸了裡子
強大的作戰力，加上卓越的政治革新，使秦國能夠以單一國家的力量併吞天下，完成了軍事上和政治上的統一。在中央集權和地方分權的廷議爭辯後，秦始皇裁定以國家主義原則，力行「天下國家化」的政策目標。接下來的工作，自然是度量衡、貨幣、車軌、文字等經濟體制和文化體制的統一了。
華夏文明原本就是多種族、多文化的。每個地區的語言、文字、食、衣、住、行等生活習慣都有很大的不同，度量衡和貨幣也非常雜亂。特別是南方的楚國，由於采分權體制，地方勢力較大，即使在其本國內，語言、文字、貨幣、度量衡的制度都有很大的差異。
在這方面作得比較有系統的是東方的齊國和秦國本身。齊國是商業國家，鑒於通商的方便和需要，加上管仲早年所作的革新運動，使齊國這方面顯得較有體制些。秦國在商鞅變法後，力求中央集權，因而在這方面也建立了較完整的標準。但即使是這兩個國家，在度量衡方面也有很大的差異。
以容器的計算單位來講，秦國採用合、升、斗、斛，十合一升、十升一斗、十斗一斛。齊國用的則是升、豆、區、釜、鍾等單位，五升一豆、五豆一區、五區一釜、十釜一鐘。
天下統一後，為了租稅徵收的方便、官僚薪俸計算的準確（當時有部分薪津是以實物供應的），以及全國性商業活動推展的需要，統一度量衡的標準的確是件相當重要的工作。
不過這方面的改革卻不那麼順利，從秦始皇26年公佈統一全國度量衡以來，一直到二世皇帝期間，史料上不斷出現當時政府法令的詔書在修正著有關這方面的新規定，似乎新的標準在執行上困難頗多，所以一直未能確定下來。即使日後從秦國本土出土的遺物資料來看，民間似乎同時存在著商鞅升和始皇升，可見新的制度似乎一直未受到大家的徹底接受。軍事及政治上的統一比較容易達成，但生活文化上的統一，則不是短期內光靠法令的宣佈就可以作得到的。（台灣早年也嘗試以公斤制代替台斤制，但仍沒有成功。）
貨幣分歧上的困擾更大。齊、燕等東方國家一向使用刀形的「刀錢」，中原地區的國家則採用鍬形的「布錢」，南方的楚國則流行卵型的「蟻鼻錢」，秦國的貨幣則是圓形的「圓錢」。秦始皇統一天下後，下令重新鑄造半兩錢的「圓幣」，作為全國統一的通貨，圓形幣中間有個方孔，旁邊則分別刻有「半」與「兩」二字。
為了經濟活動的順暢，貨幣的統一絕對有其必要。不過，秦始皇統一貨幣的政策，和度量衡相同，實際的效果似乎不大。標準通貨的始皇半兩錢，除了秦王室的大本營——陝西省和四川省曾有出土外，其他的地方均未出現過，顯示其真正流通的範圍相當狹小。
車軌的統一是為了運輸上的方便，皇室的政令為求能在最短期間到達全國各地，交通網的建立自然是當務之急了。始皇27年，也就是統一後的第二年，秦始皇宣佈動工修築由咸陽通往全國各地的大馳道。為了加強馳道上的運輸效率，以及保障來往車輛的安全，車軌的統一大小的確也有其必要。
但問題是舊的車子怎麼辦？要同時將全國的車輛統一規劃，勢必要有相當長的緩衝時期，秦國統一前後不過十五年左右，更換車軌的成效如何，實在令人懷疑。
在所有的文化統一政策中，被後世學者認為最重要的，莫過於文字的統一。戰國時代每一個國家的文字都有其特色，因此統一天下不久後，新任的丞相李斯便提出了文字統一的計劃。
後漢時代的許慎在其名著《說文解字》中，列有九千三百五十三個漢字，並對這些漢字的發展，作了如下的記載：
「秦始皇統一天下以後，丞相李斯上奏，廢除不同型態的各國文字，並建議以秦國的文字作基礎，以設計帝國的新文字。李斯所作的《倉頡篇》、中書府令趙高的《愛歷篇》，以及太史令胡毋敬所作的《博學篇》，都是建議將史籍的大篆加以較簡略的改良，形成一種叫作『小篆』的新文字。」
也有些史籍記載，小篆是李斯發明的。只是李斯身為新帝國的宰相，要負責推動多方面的統一政策，任重而事繁，是否還有時間自己設計新文字，實在令人懷疑，因此，與其將他視為發明人，不如視之為新文字的推動者，似乎更為合理些。
其實，即使是政府所推動的小篆，真正使用的時間似乎也並不太長。同屬秦始皇時代的程邈，便已正式公開表示，他花了十年時間的努力，已將大篆和小篆改成一種更簡單的文字——隸書。
愈是簡單而傾向抽像化的文字，流行起來一定更快。因此，隸書雖不是政府大力推動的，但依現有史料來看，它在民間的流傳似乎比小篆更廣些。
除了程邈外，也有人認為隸書是一個名叫作王次仲的官員更改古書而發明的，由這些記載來看，想必當時參與文字創造設計工作者必不在少數。
不過，後來在山東臨淄縣的古墓中，卻赫然發現在齊國姜太公的六世孫——胡公的棺木上（約西週末年）有類似隸書的文字，或許隸書在秦國統一六國以前，便曾存在於東方的齊國。
將天下統一在單一政權體制後，秦王朝便決心貫徹其中央集權的理念，統一文字、貨幣、度量衡及車軌，都是政策上的必然結果。不過這種與人類生活息息相關的制度和習慣，絕不是靠強制的法令便可以有效推動的。因此秦始皇和他的決策官僚集團，雖然也使出了渾身解數，但所完成的績效，似乎遠不如他們在軍事和政治上統一的成就。
巡幸天下，拚死維持公權力
統一天下之後，秦始皇最引人注目的活動，便是巡幸天下了。
9歲時從邯鄲被送回咸陽，到了39歲統一天下的三十年間，秦始皇似乎並無遠遊的習慣。但自從統一後的第三年起，步入中年、體力逐漸轉弱的始皇帝，卻反而展開了一系列巡幸天下的活動。
《史記·秦始皇本紀》中記載，秦始皇在他最後生涯的九年間，曾作過四次長途巡幸，最後甚至病死於途中。
第一次為始皇28年，統一後之第三年：咸陽→峰山（山東省鄒縣）→泰山（山東省泰安縣）→黃（山東省黃縣）→腄（山東省牟平縣）→成山（山東省文登縣）→之罘（山東省煙台市）→琅琊（山東省諸城縣）→彭城（江蘇省徐州市）→衡山（湖南省湘潭市）→湘山祠（湖南省湘陰縣）→南郡（湖北省南方）→武關（陝西省商縣）→咸陽。
第二次為秦始皇29年：咸陽→陽武（河南省陽武縣）一之罘→琅琊→上黨（山西省長治市）→咸陽。
第三次為秦始皇32年：咸陽→碣石（河北昌黎縣）→上郡（陝西省北部）→咸陽。
第四次為秦始皇37年：咸陽→雲夢（湖北省雲夢縣）→海諸（安徽省相城縣）→錢塘（浙江省杭州市）→會稽（浙江省紹興市）→吳（江蘇省蘇州市）→琅琊→勞山（山東省青島市）→成山→之罘→平原津（山東省平原縣）→沙丘（河北省平鄉縣）病死途中。
雖然有不少史學家認為，秦始皇大規模的巡幸天下，是為了好遊樂及顯示自己至高無上的權勢，後者或許有其必要，但只為遊玩似乎不用如此辛苦的跑得那麼遠，況且巡幸的地方也幾乎都是最不穩定的齊地和楚地。
秦始皇在年輕時，便非常認真於工作，統一天下後，要推動的政治、文化、經濟上的改革又那麼多，想必他更是日夜不停地繁忙著。《史記》上便記載有：「天下之事，無大小皆決於上，上至以衡石量書，日夜有呈，不中呈不得休息。」
換句話說，秦始皇每天必須批示的文書，重達一百二十斤（一石）。當時紙尚未發明，公文都刻於竹簡上，一百二十公斤的竹簡大約有一個人的高度，而且自我要求，不批示完則日夜不休息，可見秦始皇的確是拚著命在工作的，這樣的君王哪還有閒情去遊山玩水？
不但長途巡幸，秦始皇也常微服出巡咸陽。
微服出巡，顯示他並不急著顯示自己的權勢。29年他第二次巡幸時，險些在博浪沙遇刺，31年在咸陽微行時，也險些遇害。可見這些行動有相當高的危險性，如果不是工作上的絕對必要，絕不會有君王想去作的。何況，二千多年前的交通不發達，道路情況也不好，光是長途跋涉，已經是相當辛苦的了。
與巡幸類似，便是有關刻石的工作。
始皇28年，峰山刻石、泰山刻石、琅琊台刻石。
始皇29年，之罘刻石，之罘東觀刻石。
始皇32年，碣石刻石。
始皇37年，會稽刻石。
刻石像征秦皇室的影響力，也代表秦國統治力量到達這些地區，可見秦始皇的巡幸和刻石都有其政治目的——宣揚秦皇室的公權力。
如前所述，秦始皇巡幸的路線，大多在齊、楚兩地。由於這些地區一向和中原文化的差異性較大，地方性組織複雜且較富獨立性，對秦皇室的公權力也較不服從，尤其是對有關經濟和文化的統一政策，更是一點也不買賬，當地的政府官員勢必也深感頭痛。為了貫徹中央集權的決策，也為了協助公權力的執行，秦始皇不得不以皇帝的聲望，東奔西跑巡幸各地。以他在宮中龐大的工作量，加上長途跋涉的辛苦，秦始皇終於病死在沙丘的東巡途中，嚴格來講，他應該是累死的。
【陳文德說評】
老子《道德經·第五章》：「天地不仁，以萬物為芻狗，聖人不仁，以百姓為芻狗。天地之間，其猶橐俞乎！虛而不屈，動而愈出，多言數窮，不如守中。」
許多人喜歡把「大公無私」掛在口頭上，卻不知道只要有所喜好和厭惡，便不可能真正的「無私」。仁政本是儒家施政上的最高理想，但心裡老惦著仁政，行事必有所偏好，有著自己的標準，便也不再是「大公無私」了。
老子以「無」為處世的最高境界，便在於將萬物一視同仁，無所偏私，這是不仁，也是大仁。
芻狗是用草紮成的狗，只是一種裝飾陪襯物，無所謂的喜惡。是以天地不懂得何為仁，將萬物視成芻狗，完全一視同仁，沒有喜愛或憎恨。聖人也是大公無私，將所有百姓一視同仁，如同芻狗一般，也是沒有喜好、沒有憎恨的。
橐音陀，禽音悅，橐龠是打鐵匠用來焗火用的風箱，風箱的特色在其中間是空虛的。因為空虛，所以才能蘊藏空氣，任其流動而產生風力，當其搖動愈大時，風力便愈強。天地有如橐龠，廓然空虛，所以才能生化萬物，養育萬類，因其沒有任何偏見，包容並蓄，使萬物萬類滋生繁衍，愈來愈多，無窮無盡。
由此而得到的人間啟示，也在於為政者宜清靜無為，讓一切自然發展，養成自生自得的力量。多所作為，多所設施，反而容易導致失策，所以不如無為不言，謹守住心中的空虛世界，寬宏容忍來得合乎正道。
以現代的效能主義來看，或許很難同意這樣的政治理念，但老子是楚國人，楚國是幅員廣大的分權式部落國家，著重的是任憑各地方自然發展，以保持其本性，人為的干預，可能帶來更大的禍害。
三國時魏人劉邵的《人物誌》中，也明白指出：「一國之政，以無味和五味……是以王化之政，宜於統大……。」
以無味和五味，指的是水以無味，故甘、酸、苦、辛、鹹等五味皆能與其和。如果為君王的，能體會為政之平淡。清靜、無為，便能使百官各施其用。是以統合一國的君王若寬和，天下之理反而易得也。在中國這種複雜又幅員龐大的國家，君王的清靜無為，拱己身而南向為王，不正也是儒家理想中的堯舜聖君嗎？
秦始皇在治理工作上，不能算不認真。面對華夏文明崩潰後的亂局，秦始皇急著有所為，積極主動想引導新文明的建立。心中有強烈的理念和使命感，正好也是秦始皇和李斯為主的外籍政團執政時的最大問題。
秦孝公的變法使秦國的發展實力大增，但秦惠王以後的過度膨脹也帶來了新的危機，昭襄王中期後不斷採行恐怖的屠殺政策，已充分顯示這股新的文明，也發展到了力不從心的瓶頸了。
秦始皇統一中國後，這個問題更形嚴重。戰爭結束後，本來也有機會讓秦始皇去思考新的策略，規劃長治久安的制度，但秦始皇本人和宰相李斯心中的政治理念太強，反使他們看不到問題所在，甚至曲解了問題的徵候，使新成立的帝國，因行動力的僵化而面臨崩潰的危機。秦始皇的勉強力行強制式中央集權，其實只是使問題更加的惡化而已。