錢學森的律師格蘭特·庫珀對這個結果並不滿意。堅信錢學森的「無辜」，他決定提起上訴，申請駁回驅逐令。首次口頭聽證會按計劃將於1951年9月17日在華盛頓舉行，庫珀準備在這次口頭聽證會上對此案提出質疑。與此同時，加州理工學院校方也在四處設法求援。此時此刻，錢學森所能做的，只有等待。
錢學森此時的生活圈子急劇縮小。他不再能夠接觸任何保密工作。這給噴氣推進實驗室一些工程師的工作帶來很大困擾，因為當他們想要與錢學森討論與其某篇論文相關的某個特定概念時，卻無法如願。錢學森的學生之一、論文《長程火箭的自動導航》的共同作者托馬斯·亞當森（Thomas Adamson）回憶道，他不得不自己解決一些全局性的大問題，因為噴氣推進實驗室的工程師們不准與錢學森交談。同樣，錢學森也拒絕與亞當森討論任何可能與「下士」導彈或「中士」導彈相關的工作，以免給亞當森帶來麻煩。「他認為最好讓自己從這件事中徹底擺脫出來。」亞當森回憶道。
但這還不是全部。錢學森被下了禁足令，出行範圍不得超過洛杉磯市邊界，這使他沒辦法參加許多科學會議，甚至連到附近的橘郡海灘去走走都不行。每個月，他都必須到洛杉磯的移民局向有關官員報告一次。移民局附近有一家咖啡館，有時候，錢學森會在那裡買上一些他喜歡的咖啡，作為一種心靈上的安慰。
在接下來的幾個月裡，工作，這個錢學森最老的朋友，又重新開始陪伴他左右。弗蘭克·馬布爾給馮·卡門寫信說，錢學森已經認可了他的案子很難迅速得到解決的這一現實。儘管他對此並不開心，但至少心情平靜多了。錢學森重新開始著手解決一些問題：時滯狀況下的線性系統、火箭噴嘴的轉換功能、長程火箭的自動導航、純流體的特性、在衛星軌道上點火起飛、有加力燃燒的燃燒室特性。連續4個月中，錢學森每個月都提交一篇論文，在他所從事的領域中，這是一項了不起的成就。
太空飛行的未來佔據著錢學森的整個大腦。1952年5月2日，錢學森給馮·卡門寫信說，他預見到，有朝一日，人類將可以在火箭飛船中旅行。在他看來，最大的問題是如何控制這些火箭。在高速飛行時，人力操作導航是不可靠的，但是計算機卻能在大氣干擾導致火箭輕微偏離軌道時立刻予以糾正。實際上，錢學森相信，計算機將迅速帶來工程和工業效率的一場革命。
然而，儘管專注於這些問題，錢學森還是無法擺脫無時無刻不處在監視中的糟糕感覺。他後來說，政府派來的特工在大街上跟蹤他，拆開他的郵件，闖入辦公室和家中。20世紀50年代，錢學森的通信地址數次變化，這似乎顯示了他在此期間搬了幾次家。錢學森後來說，為了躲過政府的監視，他前後搬到了4個不同的地方。根據《中國的蘑菇雲》一書的描述，在錢學森家門外，常常可以見到一輛一停就是幾個小時的深色汽車。最後，錢學森甚至把一張沙發搬進了洗手間，這樣才得以不受窺視地工作。
電話也成了一種騷擾工具。給錢學森打過電話的朋友之後會被聯邦調查局盤問。不止一人收到過來自政府官員的電話，警告他們不要再撥錢學森的號碼。儘管如此，錢學森家的電話依然經常響起，一天可能多達十幾回。然而，一旦有人拿起聽筒，對方卻馬上掛機。錢學森猜測，這可能是聯邦調查局用來確認他是否真的在家的一種方法。錢學森之子錢永剛最初的記憶，便是他父親怒氣沖沖地拿起電話聽筒時的樣子。
錢學森的妻子蔣英也是嚴密監視的犧牲者。她本來可以到意大利去，成為一位著名的歌劇女主角，但現在，她卻變成了一個美式家庭主婦，嫁給一個「榮譽受損」的男人。此外，每當離開家中，她也會成為特工跟蹤的對象。當朋友們開車載著她在帕薩迪納兜風時，有時候她會平躺在車座上，以使聯邦調查局的人看不見她。她甚至不敢請人打掃房間，只怕把聯邦調查局安插的奸細放進家來。幾年後，蔣英回憶道：「那幾年，我們精神緊張極了。」
錢學森想必知道，這種生活還將持續上幾年。更多的調查，更多的聽證會，更多每月一次對移民局的例行拜訪。他不知道這種情形還將持續多久。然而，在這期間，他和他的妻子都把自己的情緒隱藏得很好。當訪客進門時，錢學森總是裝得一切正常。很少有人敢於跟他聊起驅逐出境的事，錢學森對此也幾乎絕口不提。在沒有客人造訪的晚上，錢學森和妻子會設法自娛自樂。在家中，蔣英仍經常練習音樂，演唱歌曲。有時候，他們會一起聽著古典音樂唱片——貝多芬和莫扎特的交響樂是二人至愛——回憶以往共度過的美好時光。
一開始，錢學森對驅逐令的上訴並不成功。1952年2月，美國移民局的官員駁回了格蘭特·庫珀的上訴，否認主持聽證會的官員因不恰當地使用證據而作出驅逐錢學森的決定。他們認為，洛杉磯警方所提供的黨員登記卡是真實的。他們還相信，錢學森在20世紀30年代的所作所為均顯示他確為一名共產黨。在他們看來，無論如何，錢學森曾試圖帶著可能威脅美國安全的文件離開美國，而在接受關於這些科學文件的用途的質詢時，表現得含糊其辭。更重要的是，移民局還表示，儘管錢學森說他並不一定永遠留在中國，但他卻沒有申請重新入境許可證，這會讓他根本回不了美國。
李·杜布裡奇對這一決定怒不可遏。1952年2月25日，他寫信給格蘭特·庫珀說：「這個決定不是基於當且僅當一個人的罪行無可置疑時才推定他為有罪的原則，而是認為，只要有理由對一個人的清白產生懷疑，就可以認定這個人有罪。」他希望庫珀繼續上訴，並強調錢學森所攜帶的那些所謂保密文件實際上毫無秘密可言。3月6日，庫珀托人傳話給杜布裡奇，告訴他自己已經再度向移民局提起上訴，如果這次上訴再被駁回，庫珀將寫信給總檢察長。他已經作好了在1952年5月在華盛頓為錢學森的案子戰鬥到底的準備。
然而，這些努力最後均以失敗告終。1952年11月，錢學森的最後一次上訴被駁回。庫珀警告錢學森說，接下來的一年裡他可能隨時被捕入獄。與此同時，杜布裡奇寫信給助理總檢察長斯坦利·巴恩斯（Stanley Barnes），請求他推薦在司法部工作、可能對錢學森施以援手的人。杜布裡奇表示，他願意前往華盛頓，與這些人親自會面。他寫道：「我個人堅信，錢學森永遠會忠實地為美國服務。對他的種種不公正待遇會令美國失去一個天賦異稟的科學家所貢獻的無價的科學服務。」
杜布裡奇從巴恩斯那裡得到的回復並不鼓舞人心。巴恩斯回信說，他已經和移民局的特派員阿蓋爾·麥基（Argyle Mackey）確認過了，後者告訴他，錢學森已經窮盡了所有可能的法律救援方法。杜布裡奇還輾轉獲悉，因為對整個情勢越來越憤懣失望，錢學森已經不太可能繼續與美國政府抗爭了。在這時候，加州理工學院的其他人也準備索性放棄鬥爭。一位教授建議道：「或許我們應當讓這件事就這麼算了。」
由於別無選擇，錢學森只好繼續工作和教學，以此保持智力上的活躍。他靜待接下來的事情發生，不管那將是什麼樣的事情，也不管將會在何時發生。他轉換了研究領域，轉為開展博弈論和經濟行為的研究。1954年，錢學森出版了《工程控制論》（Engineering Cybernetics），一本關於通訊和控制系統的教科書。這本書一問世便大受歡迎。
幾年後，麻省理工學院教授、知名控制論專家華萊士·范德·維爾德（Wallace Vander Velde）用「非同凡響」和「那個時代的卓越成就」來描述這本書。他寫道：
1954年，關於線性、時間不變系統的反饋控制的理論已經初具雛形，而伺服機構設計也已為人應用。但錢學森看到了更複雜的控制和導航問題——尤其是火箭推進飛行器的導航問題。這促使他產生了對具有時間可變係數、時滯和非線性行為等特性的系統的興趣。所有這些問題都在他的書中得到了解決。
但是錢學森走得更遠。借助變分法、優化控制和容錯控制系統，他實現了控制的最優化。他將導航和控制理論形象化，這一理論與該學科的實踐截然不同，但又能對其起到促進作用。毫無疑問，他所做的開創性的工作被認為是這一領域得以延續至今的重要基石。
錢學森的精神能量繼續釋放著炫目的智慧火花。有一次，當錢學森在黑板上演算一個很長的推理證明時，一位學生打斷了他，向他請教與此無關的另一個難題。錢學森開始時沒有理睬那名學生，繼續在黑板上書寫等式，直到寫滿了整整4塊10英尺長4英尺高的黑板。「他居然能把那麼多東西都記在腦子裡，這真了不起，」弗雷德裡克·哈特維希（Frederic Hartwig）回憶道：「但是當他轉過身來，隨即給出那個學生剛剛問起的那個難題的答案時，我們全都佩服得五體投地。他是怎樣做到一邊大寫板書，一邊同時解決兩個難題的呢？我永遠都想不明白。」
奇怪的是，儘管身處困境，錢學森此時卻成了一個溫和得多的老師——或許這正是困境使然。在此期間，在一些學生的記憶裡，當學生在工作時間向他請教問題時，錢學森永遠都是那麼謙遜有禮，有求必應。「我喜歡和他談話，」第一個拿到錢學森負責的古根海姆獎學金、同時也是錢學森門下第一個從加州理工學院拿到博士學位的學生羅伯特·梅格萊布裡安（Robert Meghreblian）回憶道，「有時候我只不過是跑到他的辦公室裡去問聲好。我坐在窗台上，錢學森在屋子裡來回踱步，和我討論不同的話題。我發現他感情極其豐富，而且與我趣味相投。我把他當朋友看待。」梅格萊布裡安承認，錢學森在麻省理工學院的時候或許是個糟糕的教師，但當他回到加州理工學院之後，「顯然他已經改變了許多」。
有時候，除了直接把答案告訴給學生，錢學森還會問他們一些關鍵性的問題，讓他們瞭解到還需要進一步關注的一些事項，從而促使他們走上正確的方向。錢學森甚至改變了有些學生的一生。他曾替一位非常有潛力的碩士研究生卡爾·霍姆奎斯特（Carl Holmquist）申請到了海軍的許可，讓他可以順利完成自己的博士論文，進而最終實現其夢想——1970年，霍姆奎斯特成為美國海軍研究部門的主管。
然而，年復一年，隨著局勢未能得到任何緩解，錢學森開始從加州理工學院的社交圈子中淡出。一些教授開始躲著錢學森，因為擔心如果和他走得太近，自己也會成為被調查的對象。錢學森的研究生們記得，他越來越少到校園中來，有時候，他甚至會消失一段時間。他的一名學生優素福·約勒（Yusuf Yoler）觀察到，錢學森表現得越來越沒有耐心，越來越容易生氣，他因此換了一位加州理工學院教授來擔任自己的論文指導老師。到1954年的時候，錢學森看起來比以往任何時候都更孤僻和情緒化。當在教學樓的走廊裡與以前的朋友和同事擦肩而過時，錢學森經常視而不見。人們對他的擔心與日俱增。「他看起來精疲力竭，不堪重負，」加州理工學院校友富蘭克林·迪德裡希（Franklin Diederich）回憶道，「我不知道他和政府之間發生的那些事，還以為他是病了呢。」在此期間，馮·卡門偶爾會在重訪帕薩迪納的時候見上錢學森幾面。他後來在自傳中寫道：「有時候，我真為他的精神狀況擔心。」
身處沮喪之中的人並非只有錢學森。他的遭遇必須要放在當時的時代背景下考量。那段時間，正值我們今天所說的「麥卡錫主義時期」。這一時期的起點是1950年2月，謀求連任的美國參議員約瑟夫·麥卡錫（Joseph McCarthy）在西弗吉尼亞的惠靈發表演說，宣稱在美國國務院裡，潛伏著205名共產黨員[1]，而他手頭就掌握著這份205人的名單。他的指控立時讓已經處在恐慌邊緣的美國公眾一片嘩然。
從1949年到1950年間，世界各地發生的一系列重大事件令美國人認為，他們正處於一個巨大的共產主義陰謀之中。1949年9月，蘇聯引爆了第一顆原子彈，終結了美國的核武器壟斷地位。之後，中華人民共和國成立，美國國務院的前官員阿爾傑·希斯（Alger Hiss）則被指控為一名共產黨間諜。3個月後，英國宣佈，該國最頂尖的科學家克勞斯·富克斯（Klaus Fuchs）博士將原子彈的技術秘密洩露給了蘇聯。因為這種種原因，美國開始歇斯底里地大舉搜捕共產黨員，這令上百名在政府、研究機構和工商業界工作的人的事業毀於一旦。
像工業就業評審委員會（Industrial Employment Review Board）這樣的政府部門，開始密切調查為軍方、企業和大學服務或參與國防建設工作的科學家們的一舉一動。儘管確切數字不明，但許多被認為表現出左傾思想的科學家不僅失去了保密許可證，也失去了他們的工作。這種迫害妄想的氛圍陰雲密佈，即使是那些沒有從事敏感性研究項目的人也深受其害。例如，核能委員會收回了本應發給一位科學家的1600美元獎學金，只因為發現了他是一名共產黨員。然而，這位科學家所從事的工作完全與機密無涉。
如果說用來給錢學森定罪並作出驅逐判決的所謂「證據」是相當軟弱無力的話，那麼，用來攻擊其他科學家的證據同樣站不住腳。例如，錢學森的一個熟人羅伯特·瓊斯，著名的後掠翼理論發明者，只是因為被鄰居聽到他經常在家中播放俄語唱片，便被懷疑為共產黨分子或蘇聯間諜。瓊斯對此大惑不解，因為在他家中除了幾張柴可夫斯基的唱片之外，沒有任何俄語唱片。然後他突然醒悟，那不過是某一次，他對家中的錄音機加以改造，令其具有回放功能，而在此期間放出的怪聲被人誤認為是俄語。（瓊斯最終洗清了對他的所有「指控」。）科學家們迅速意識到，僅僅是在思想上表現得「左」一點，他們就可能成為懷疑對象。加州理工學院著名生物學教授詹姆斯·邦納只不過因為在攀巖俱樂部裡與一起攀巖的人談起，他早在20世紀30年代就已經認識了錢學森，便被「指控」為共產黨員。（這有點巧合。那個與邦納一起攀巖的人是羅伊·戈林，扣押錢學森行李的那個政府工作人員。他向聯邦調查局揭發了邦納。）不承認自己是共產黨員的邦納花了兩天時間與聯邦調查局對質，在這之後，出於擔心繼續遭到虛假調查，他拒絕再申請保密許可證。然而，在受邀成為總統科學顧問委員會的一員後，邦納自動獲得了最高級別的保密許可證，根本無需申請。
因為擁有眾多從事高保密等級國防工作的外國人和自由主義者，加州理工學院是麥卡錫主義肆虐的重災區。更糟糕的是，證據顯示，校園裡確實有人曾向蘇聯洩露情報。在「二戰」期間，美國政府在巴黎抓獲了一名蘇聯情報人員，他隨身攜帶的文件便是從加州理工學院航空系流出的。其中一些文件出自霍默·喬·斯圖爾特之手，他是錢學森的同事。因此，斯圖爾特開始懷疑，加州理工學院中可能有間諜，而他可能就在航空系內部，或是與航空系走得很近。「想到一個你身邊的人可能實際上不是你一向所以為的那個樣子，這是整件事中最恐怖的地方。」斯圖爾特後來說道。
儘管沒人能夠確認或否認加州理工學院中存在間諜這個猜測，有一件事卻是肯定的：聯邦調查局破獲了威因鮑姆共產黨小組之後，許多前程似錦的科學家的職業生涯也因此毀於一旦。大名鼎鼎的美國原子彈之父羅伯特·奧本海默的弟弟弗蘭克·奧本海默，失去了在明尼蘇達大學的物理學助理教授的職位，最終成了科羅拉多州的一名牧場主。在奧本海默的晚年，他曾在高中教授物理學，還在舊金山建造了一所面向兒童的科學博物館「探學院」（Exploratorium）。弗蘭克·馬利納宣稱，他是因為討厭繼續從事與戰爭有關的工作才離開了噴氣推進實驗室。然而，根據他前妻的回憶，馬利納離開美國的主要原因卻是逃避政府對他參與共產黨活動的調查。馬利納是如何突然離開美國，又曾經在共產黨組織中扮演什麼樣的角色，這些細節目前仍不為人所知。直到聯邦調查局關於他的卷宗解密之後，真相才可能大白於天下。在所有這些人中，威因鮑姆的境遇是最慘的。1950年被判偽證罪成立後，威因鮑姆身陷囹圄，在此期間，他的妻子因為不堪重負而精神失常。後來，威因鮑姆在一家女童裝生產廠中打工為生，偶爾也幹些零活，就這樣度過了後半生。
政府對122教授小組的調查不只影響了那些科學家的個人生活，他們的家人也遭受牽連。例如，威因鮑姆的女兒賽利娜·本迪克斯（Selina Bendix）清楚地記得，20世紀50年代，當她和家人前往本地的冰激凌店買冰激淋時，聯邦調查局反覆跟蹤他們，原因是這些特工相信，威因鮑姆所喜愛的冰激凌口味可能是某種密電碼。身為約翰·杜布諾夫和貝爾·杜布諾夫（Belle Dubnoff）之女的埃娜·杜布諾夫（Ena Dubnoff）則記得，因為曾在錢學森案和威因鮑姆案中作證，她的一家人在此後的社會交往和求職中都遇到了極大阻礙。還是一個小孩的時候，埃娜便不理解，為什麼朋友和鄰居們都躲著他們，為什麼在學校裡老師以一種奇怪的眼神看著她，為什麼她的母親雖然身為教師但卻無法在公立學校系統裡謀得一職。貝爾·杜布諾夫最終自己開辦了一所面向不良少女和弱智兒童的特殊學校，但她的事業越是發展壯大，曾被捲入122教授小組案中的往事就會越頻繁地在報紙上曝光。「每隔兩年，就會有什麼人把這件事拎出來，報紙上便會登出文章，」埃娜回憶道，「這件事跟了她一生。每當舊事重提，對她來說，就是一次恐怖的精神打擊。」老年的杜布諾夫試圖以拒談往事的方式保護自己的孩子。但這些未被回答的問題所帶來的神秘與緊張的感覺，卻伴隨並困擾了杜布諾夫家的孩子一生。甚至在貝爾·杜布諾夫去世前，面對埃娜要她講出整個事件的請求，她也斷然加以拒絕。「她對我說，如果任何人問起你發生過什麼事情，我都要你回答不知道——她是認真的。」
調查也給弗蘭克·馬利納的前妻莉莉婭的生活帶來多年陰影。就在她從帕薩迪納搬到紐約、與馬利納正式離婚後不久，莉莉婭注意到，她在街上被人跟蹤了。放在車裡的一份約會記錄本和一些報紙與書籍消失不見了，她的信件也經常被人拆開。再次結婚並當了母親並沒有讓她免於隨後的調查。1951年夏天，4名政府工作人員開著一輛黑色公務車來到她位於格倫科的家中，對她加以審問。他們要她說出所有與錢學森、馬利納和其他在加州理工學院的熟人的信息，並威脅說，如果她拒絕合作，會把她的所有老情人的名單交給她的第二任丈夫。在她宣稱一無所知之後，這些人在她丈夫的辦公室裡對其加以審問。「他們像風一樣衝進去，」莉莉婭說，「這是他們那個時候的常用伎倆——闖進家門，把人嚇得要死。他們認為，如果可以讓我丈夫的工作受到威脅，他就會告訴他們我以前跟他說過的一些事。但他相當冷靜地說，她把一切都告訴我了，我知道她的所有的舊情，我不知道你們想要我做什麼。我們只不過是在格科倫過著自己的小日子而已，沒什麼可跟你們說的。」這是他們最後一次見到聯邦調查局的人。
無法判斷，在20世紀50年代，到底有多少科學家因為麥卡錫主義而告別了自己的研究生涯。例如，馬丁·薩默菲爾德因為曾經與美國共產黨發生過聯繫而失去了自己的保密許可證，他不得不轉為從事不那麼要求保密許可證的職業。儘管身為普林斯頓大學的航空工程系終身教授，薩默菲爾德卻提出辭職。幸而普林斯頓大學挽留了他。然而，不知道有多少其他的科學家因為幻滅而永遠離開了他們的研究領域。
當然，科學家們並不是唯一的受害者。朝鮮戰爭一開戰，美國移民局和聯邦調查局便合力展開對華人社區中可能的左翼顛覆活動的清剿行動。在聯邦調查局局長胡佛的准許下，聯邦調查局特工開始在華人街的電話線上安裝竊聽器，訂閱中文報紙，監視可能的共產黨組織，如「華人洗衣業聯合會」和「中華勞工互助會」。因為擔心一些來自大陸的共產黨人會非法入境，他們展開了移民欺詐調查活動。唐人街領導人與有關當局合作，開展「自首」運動，讓許多華人有機會「改過自新」。但政府卻常常利用所謂「自首」的機會，誘騙人們交出共產黨嫌疑分子的名單。
最終，注意力無可避免地從科學家轉向了在美國大學中就讀的中國人。1951年，將近3600名來自中國的學生在美國的大學自費攻讀碩士學位。在國共內戰結束、朝鮮戰爭打響之後，許多學生因為中斷了來自家中的經濟支持而在美國衣食無著。來自大學和政府的基金令情況不至於激化，但一些納稅人卻以報刊社論的形式表達出對花自己的錢幫助中國學生——尤其是那些打算回到中國去的中國學生——完成學業的不滿。另外的一些人則深表擔心：如果那些中國學生所掌握的技術在歸國後被用來對付美國，那該怎麼辦？
在《紐約時報》記者詹姆斯·賴斯頓（James Reston）看來，朝鮮戰爭的爆發使得華盛頓的不同政府部門之間，就如何對待中國學生的問題，也爆發了一系列小規模戰爭。一派認為應當遣返這些學生，另一派則認為，應當強制他們留下。1950年或1951年，當時的美國國務卿運用手中權力，阻止了對某些具有科研背景的中國人的遣返行動。根據1951年6月通過的一項法案，這些學生可以在美國找一份全職工作，維持生活，但是司法部卻遲遲不肯讓這一法案正式生效。儘管美國國務院要求司法部門依照該項法案行事，但事實上，美國移民局的地方分支機構卻在對那些從事全職工作的中國學生實施逮捕甚至遞解出境。讓情況變得更加複雜的是，許多中國學生參加過那些被地方檢察官認定有顛覆性質的大學社團組織，如「中華留學生基督教組織」和「工程及化學科學工作者聯合會」。這使得這些學生成為司法部門的進一步騷擾對象。
華盛頓的混亂情形也在加州理工學院重現。當試圖續簽簽證時，一些中國學生先是被告知不得離開美國，然後就被移民局以非法居留的罪名逮捕。這些學生要在3～4個小時的時間裡繳納高達1000美元的保釋金，否則就會被塞進窗戶上安著鐵欄杆的汽車，運往最近的拘留所。許多中國學生都曾經歷此事，曾與錢學森合寫過一篇論文的機械工程系研究生鄭哲敏便是其中之一。加州理工學院至少曾為兩名有此種遭遇的中國學生支付過那1000美元的保釋金。
回過頭來看，錢學森會成為冷戰歇斯底里症的受害對象，這一點都不令人吃驚。對於一個同情共產主義的人，一個中國人，或是一個科學家而言，20世紀50年代都是一個十分危險的時期。如果將這三類人群看做三個互有交集的圓圈，則錢學森至少佔了其中兩項。甚至，按照美國移民局的說法，他是三個圈子的交集。
直到1954年底，仍未從政府方面傳來任何關於他們最終將採取何種行動的消息。如果錢學森此前還曾經對恢復名譽、繼續在美國的工作抱有任何幻想的話，到1954年時，在年復一年與移民局的鬥爭中，錢學森的希望早已破滅。錢家隨時備著三個打點齊整的行李箱，等待離去那一日的到來。
然而，如果那一天永遠不來呢？政府並沒有義務一定要遣返錢學森。事實上，他們越是深信錢學森是個間諜，他們就越不可能放他走。如果他現在所處的這種煉獄般的生活永無休止呢？如果他雖未被監禁但卻永遠無法從事自己真正的工作，如果這塊恥辱的陰雲將永遠籠罩在他頭上，錢學森該怎麼辦呢？這恐怕是他最害怕的一種命運。儘管自杜布裡奇以下，加州理工學院的人一直在盡最大努力扭轉事態，但事實卻是，他們的生活一如既往，而錢學森的生活卻支離破碎。
1954年12月8日，錢學森的沮喪在寫給弗蘭克·馬利納的信中全面爆發：
你能指望加州理工學院的行政當局會妨礙他們自己的前程（至少他們是這麼認為的）來求得一個歷史的真相嗎？在知道歷史總是被隨時改寫之後，你還能相信歷史嗎？你認為在世界上還有正義和誠實可言嗎？你還指望在沒有自我公關或不去聘請一個公關人員為你服務的情況下，在美國功成名就嗎？親愛的朋友，讓我們不要再相信這些虛構的東西了！你現在正從事著創造性的工作，幹嗎讓這些瑣碎的小事來打攪你？畢竟，如果一個人可以在自己最後的日子裡，對著自己的良知說，他給予人類的遠比他從人類那裡收穫到的要多得多，那不也是很好？
又及：我把給你的這封信抄了一個副本，留給未來的歷史學家了。
然而，無論是憤怒也好，沮喪也好，耐心等待也好，都沒能帶來任何結果。1955年的前3個月就這樣溜走了。直到6月裡的一天，錢學森及家人才在極短的一段時間裡躲過了聯邦調查局的跟蹤，躲進一家咖啡店中。在那裡，錢學森在一張從香煙盒上撕下來的硬紙板上匆匆寫了一張便條，表達了自己期望在中國共產黨的幫助下返回祖國的願望。他將這塊硬紙板塞進寄給當時身在比利時的蔣英姐姐的信中，請求她將這張紙條轉交給陳叔通，一位身在中國的錢家世交。走出咖啡館時，錢學森快速地將這封信投入郵筒。他希望，陳叔通可以將他的請求轉達給合適的人。
不到兩個月後，1955年8月中旬，錢學森的命運最終塵埃落定。儘管最終決定需要經過美國移民局官員的審批，但他們並非獨自作出這個決定。這也不是洛杉磯和華盛頓之間進行的高層會談的結果。事實上，在與之相關的備忘錄被傳至美國政府最高一級的總統辦公室之後，在距華盛頓千里以外的瑞士日內瓦，在一張話題焦點與錢學森的生活、工作和被指控事件完全無關的談判桌前，與他命運相關密切的這一項決定才正式公諸於眾。
[1] 張純如原書中數字為105名，經查證，應為205名。——譯者注