情形極其詭異。幾個月前，美國政府認為錢學森太過危險，不能放他返回中國，現在卻下令將他驅逐出境。而錢學森，這個一度拼盡全力也要離開的中國人，現在卻要為了留下來的權利而戰鬥。
美國移民局幾年後給出的解釋是，這是因為有兩項獨立規定分別適用於錢學森。一項是依據1950年的《國內安全法案》（Internal Security Act）修訂過的1918年移民法案。由議會制定的這項法案規定，驅逐一切可能顛覆美國政權的外國人。正是依據這一法案，美國移民局希望放逐錢學森。但與此同時，美國國務院也有禁令，不得放走那些技術背景可能為敵國所用、從而危害國防利益的外國人。錢學森在噴氣推進技術方面的資歷，無疑令其身屬此類。
「顯然，錢學森被兩項相互矛盾的政策所困，」美國移民局的歷史學家瑪麗安·史密斯（Marian Smith）寫道，「當時也有其他的『顛覆分子』被下令驅逐，但他們中的絕大多數都並非中國科學家。同樣，其他中國科學家被禁止離境，但他們中的大多數並未收到驅逐令。」
即將到來的驅逐聽證會讓加州理工學院的官員們開始新一輪的奔走求援。杜布裡奇寫信給《洛杉磯時報》的出版人諾曼·錢德勒（Norman Chandler），希望這份報紙可以發表一篇替錢學森說好話的社論。克拉克·密利根則在寫給古根海姆基金會負責人哈利·古根海姆的信中，向其申訴發生在他們所資助的羅伯特·高達德客座教授身上的不幸遭遇。與此同時，西奧多·馮·卡門和其他頂尖的空氣動力學家分頭寫信給政府，為錢學森的「忠誠和正直」作證。加州理工學院還安排了格蘭特·B. 庫珀擔任錢學森聽證會上的辯護律師。
既然本意是要回到中國，為什麼錢學森還要為駁回驅逐程序而戰？也許在他原本的計劃中，有朝一日父親過世，他還會回到美國。或者，只是為了「洗刷自己被謠言玷污了的清譽」。由於被「指控」為「共產黨分子」，並被認為在安全審查中就自己的黨員身份說謊，錢學森的聲譽已經大受影響。
11月初，事情似乎終於有所轉機。美國總檢察長歐內斯特·托林（Ernest Tolin）對媒體說，在為期兩個月的證據審查之後，錢學森看起來「並無罪過」。儘管在沒有通知海關的情況下試圖將技術材料運往海外的確違反了《出口管製法案》，但政府相信錢學森並無惡意。因此，所有針對錢學森托運行李的指控都將被取消。
1950年11月15日上午10點，決定錢學森是否可以留在美國的聽證會召開於洛杉磯市中心西區第9街117號的一間小屋中。這是非常典型的政府辦公室：淺綠色的牆壁，垂下的百葉窗，褐色格子地板。錢學森和他的律師走進來，西裝筆挺，領帶打得一絲不苟。美國移民局的檢察官艾伯特·德爾·古奇奧主持聽證會。
與法庭審判不同，驅逐出境聽證會從一開始就對外國人極為不利。面臨被驅逐出境的外國人所享有的權利比犯罪案件中被告人（無論是外國人還是美國公民）所享有的少得多。沒有美國公民權，身處美國移民局聽證會上的外國人預先即被假定有罪，除非可以證明自己確屬無辜。舉證責任也在外國人一方。任何的流言蜚語、小道消息，都可能在聽證會上作為呈堂證供。
聽證會以對錢學森家世背景、教育和職業情況的詳細調查開始。隨後，兩名退休警官被傳喚出庭。一個人是威廉·海因斯（William Hynes），1938年時的洛杉磯警察局情報部門負責人。另一個人是洛杉磯警察局情報部門的成員之一威廉·沃德·金普爾（William Ward Kimple），他曾經滲透進共產黨小組，並擔任洛杉磯黨支部入黨資格審查委員會負責人的助理。作為證據，警方提交了一張據稱是錢學森1938年到1939年的黨員登記證。
兩位退休警官說明了他們獲取這張黨員登記證的經過。在黨內，金普爾負責追蹤記錄不同支部人員的轉入轉出。每年都要進行一次黨員登記，以發放新的書籍並徵收黨費。金普爾說，他會從住在博伊勒高地的雷斯尼克（Resnick）夫婦家中取走黨員花名冊，然後送到威廉·海因斯的家中，由二人謄寫一份登記卡片名單。這之後，他再將記錄送至地方黨支部。
兩人宣稱，1938年12月的一天，他們看到了錢學森的登記卡片。金普爾回憶道，因為約翰·德克爾的化名旁寫著一個中國人的名字，當時他們還對這張卡片頗感好奇。「我很好奇他為什麼會取德克爾這個名字作為黨內代號。我想，或許他認識德克爾同志吧。」當時，在洛杉磯另一個共產黨小組裡，有一位名為伊內茲·德克爾（Inez Decker）的女士。兩名警官當時把卡片上的內容自己抄了一份副本，這便是提交給法庭的證據。這份副本上有著「（1938 Book #NM）」和「NB」等字樣，他們解釋說，這代表著「1938年新黨員」（new member）和「尚未領書」（no book）。
來自警方的指控聽起來非常嚴重，但實際上，證據效力卻非常低。他們並沒有提交錢學森曾經入過黨的直接證據。首先，他們所擁有的卡片上並沒有錢學森的筆跡，而是出自金普爾之手。事實上，沒人曾在任何一張黨員登記卡、黨員花名冊或是與共產黨有關的文件資料上找到過錢學森的筆跡。其次，沒有證據表明，警方所掌握的這份名單是黨員花名冊，或是入黨發展對象。最後，或許也是最奇怪的一點，當雷斯尼剋夫婦被傳喚出庭作證時，他們根本認不出這兩位警官，而這兩個人也沒能認出他們。
錢學森試圖向移民局解釋他與威因鮑姆的關係。20世紀30年代晚期，錢學森經常充當馬利納和威因鮑姆家中的不速之客。他回憶道，偶爾在那裡會碰上他不認識的人，但他以為那些都是威因鮑姆在加州理工學院的朋友。如今回想起來，錢學森承認，這些集會可能是共產黨召開的小組會議。但是他對此無從知曉。「他們總是在爭辯，」錢學森回憶說，「很多時候他們會因為我是中國人而來徵求我的意見。」儘管在那裡經常發生激烈的政治辯論，但錢學森以為，那不過是大學中常見的情形而已。
在聽證會上，除了關於錢學森是否加入共產黨的問題之外，他對美國政府的忠誠度問題也被加以同等關注。在某個戲劇化的環節，德爾·古奇奧問道：「如果在美國和中國之間發生衝突事件，你會為美國而戰嗎？」
錢學森沉默良久。他的辯護律師庫珀抗議道，如果換成是他自己，可能要花上6個月的時間才能回答這個問題。對此，德爾·古奇奧語帶諷刺地答道，他願意等上6個月。最後，錢學森說：「我最終的效忠對象是中國人民。如果中美之間發生戰爭，而美國捲入戰爭的目的是為了中國人民的利益，那麼我當然會為美國一方而戰。」
錢學森反覆強調，無論是在信仰還是行動上，他都不是一名共產黨員。當被問及他更傾向於國共雙方中的哪一方統治中國時，錢學森回應道，他只在乎中國人民。至於他對馬克思主義和列寧主義的看法，錢學森表示，他之所以會參加在威因鮑姆家中舉行的聚會，便是為了對這種哲學思想有更多的瞭解。但當被問到「你當時就不喜歡馬克思主義和列寧主義了嗎」的時候，錢學森回答說：「現在，毫無疑問，我不喜歡它們。但在那時，我仍在尋求答案的過程中。」
在聽證會上，移民局向錢學森出示了一張理查德·劉易斯（Richard Lewis）的照片。當時擔任特拉華大學化學教授的劉易斯曾是122教授小組的一名成員，而錢學森即被懷疑是這一組織的成員。錢學森宣稱，他記不起照片上的人姓甚名誰，但看起來的確有點眼熟。1951年1月，移民局官員開始在費城對劉易斯進行審訊。最開始的時候，劉易斯拒絕作證，因為擔心可能會殃及自身。但當政府表示，他在4年前接受安全檢查時沒有披露自己的共產黨員身份，因此可能面對偽證罪的指控時，劉易斯改變了主意。
毫無疑問，劉易斯對這件事非常煩心。他對一個加州理工學院的朋友透露了他對錢學森案的疑慮。在一封寫於1月8日的信中，劉易斯表示：「如果他們要求我回答關於錢學森是否是共產黨員的問題，我會說，錢學森與我在同一個時期的確經常參加那些聚會，我曾經認為他可能是黨員。但現在回過頭再看，也有可能是因為他的外國人身份，使得他雖然實際上並非黨員但依然被允許參加這些會議。我永遠都不能確定他到底是不是共產黨員。」
接下來的一個月，驅逐聽證會在洛杉磯重新舉行。移民局傳訊了更多帕薩迪納共產黨支部的前成員出庭作證，但是沒有一個人能夠給出真正對錢學森不利的證據。在黨支部掌管財政的加州理工學院生物學家雅各布·杜布諾夫說，他不記得曾經向錢學森收取過黨費。另一名證人則表示，名字出現在入黨發展對像名單上實在是再容易不過的事情。他舉例說，除了錢學森，當時這個黨支部還曾經考慮過發展加州理工學院的航空學教授克拉克·密利根入黨，而後者在校園內以最激進的右翼教授而著稱。曾在加州理工學院就讀的一名學生回憶道：「這簡直太荒謬了。我簡直無法想像，像他那麼右傾腦袋的人可能會聽得進去共產黨的那一套。」聽證會因此宣告結束。普遍認為，結果應當還不錯。
然而，出乎所有人的意料，聽證會居然在4月份又重新舉行了。這一次，理查德·劉易斯出庭作證了。在所有的證人證言中，他所給出的證詞是最不利的。他說，他曾經在黨小組會議上見到過錢學森，而且他相信錢學森就是個黨員。但他依然表示，對此他並無證據，而且所有這些都出自猜測。弗蘭克·馬布爾寫給馮·卡門的一封信中顯示，劉易斯後來對他在加州理工學院的朋友卡爾·尼曼（Carl Niemann）表示，他當時經受了來自移民局的巨大壓力，不得不出庭指證錢學森。但這一說法並未得到劉易斯本人的確認或否認。
1951年4月26日，移民局作出裁定。他們認定錢學森是「曾經加入過美國共產黨的外國人」，因此必須將其驅逐出境。