儘管已經有了預感，但看過密函之後，段祺瑞的心頭還是生起了一股涼意。
密函是袁世凱的家人送來的，為袁世凱親筆所寫，內容很簡略，就是讓段祺瑞盡快來京與之見面，並且要求掩人耳目，不可張揚。
這是一個多事之秋。就在兩年前，身為北洋魁首的袁世凱突然調任軍機大臣兼外務部尚書，看上去官職是升了，實際卻是拿走了他手中最重要的兵權。隨之而來，段祺瑞等北洋系將領也都不同程度地坐了冷板凳。
出手打壓袁世凱及北洋系的，是以鐵良、載灃、良弼為代表的一批滿洲貴胄，所謂滿人「中興派」，這些人早就瞧北洋軍人不順眼了。
當年「辛丑條約」簽成，兩宮移駕回京，段祺瑞奉袁世凱之命，率部在道路兩旁立正行禮。醇親王載灃見了，當場就責問他：「這是你的部隊嗎？……見了兩宮聖駕緣何不下跪？」
段祺瑞認為，不下跪很正常，因為北洋新軍是按照德式操典訓練的，根據操典規定，軍儀就是最高禮節。
載灃聞言很是不悅：「難道大清的新軍僅有你一家？」
載灃不但是親王，還是當朝皇帝光緒的親弟弟。可是段祺瑞仍然毫不客氣地頂了回去：「別的新軍如何，屬下不清楚，但我這是按操典規則行事。」
「大膽！」載灃頓時被對方的倔強態度給激怒了。
就在眾人都在替段祺瑞擔心的時候，有人出來給他解了圍——坐在轎子裡的慈禧太后傳下話來：「新練之洋隊參用西法，訓練有素，堪為棟樑。」
有了這道旨意，載灃才不好再說什麼了。
不寒而慄
迎駕風波只是「中興派」對北洋系發起反擊的一個信號。說起來，彼時的北洋系也確實過於惹眼，他們所掌握的北洋新軍已漸漸超越舊軍，成為全國首屈一指的軍事力量。特別是在1905年到1906年，國內曾兩次組織秋操（指秋季的軍事演習），在這兩次規模宏闊的秋操中，新軍都引起了國內外輿論的密切注意。
英國駐華公使朱爾典看完秋操後，在會見清廷大臣時直言不諱：「我看中國之軍事，唯有新建陸軍；而中國之軍事統帥，也唯有袁總督大人（袁世凱）了。」
因秋操而聲名鵲起的不僅有袁世凱，還包括段祺瑞。段祺瑞擔任秋操中的北軍總統官，他所指揮的北軍在與南軍的對抗中略佔優勢，之後其知名度和權力便猶如長了翅膀一樣地扶搖直升。
面對北洋系勢力的急速膨脹，「中興派」深感威脅，其實掌控中樞的慈禧又何嘗不是如此呢，但是覺得不安是一回事，怎麼做又是另外一回事。
為什麼要編練新軍？當然是因為舊軍太不足恃，而指揮訓練新軍又得依靠袁世凱、段祺瑞這些人。如果像「中興派」所設想的那樣，將北洋系掃地出門，效果可能適得其反。
慈禧不會幹這種傻事。作為一個宮廷權力鬥爭的高手，這個老太婆向以狠鷙多智著稱，其心機和魄力絕非一般婦女所能及——試想一下，連曾國藩、李鴻章等中興名臣，都曾被她放在手掌中撥拉來撥拉去，又何況袁世凱這些後起之輩？
駕馭滿漢大臣，慈禧的一貫策略是恩威並用，權不旁落。她一方面利用「中興派」乃至一些反袁漢臣的意見，用明升暗降的辦法，對袁世凱及其部屬進行壓制和防範；另一方面也對「中興派」的過激舉措進行適當限制，以免把袁世凱逼得太緊太急。
在袁世凱調任軍機處之前，陸軍部已經收回了北洋六鎮中的四鎮，但是四鎮軍官仍出自北洋系，於是鐵良和良弼便醞釀對這四鎮中的各級軍官進行改組。由於觸及自己的底線，招致了袁世凱及其北洋將領的劇烈反彈，雙方鬧得不亦樂乎。
慈禧看到後，立即出面調解，讓與袁世凱私下關係不錯的慶親王奕劻掌管陸軍部，「中興派」的改組計劃由此擱淺。
雖有慈禧在上面玩平衡木，可是袁世凱、段祺瑞等人仍處於戰戰兢兢、如履薄冰的境地。收到袁世凱從京城發來的密函，段祺瑞意識到朝廷可能又發生了什麼大事，並且涉及了袁本人。
當下，他依照密函所囑，僅帶幾名隨從，化裝成商人模樣，從保定秘密潛往京城。到了京城之後，發現城內氣氛果然反常，只見街道蕭條、店門緊閉，往日車水馬龍、人來人往的袁府門口也變得極為冷清。
袁世凱不在自己府上，接待段祺瑞的是袁世凱的大公子袁克定。據袁克定說，光緒皇帝前兩天已經駕崩，而且光緒頭天駕崩，隔了一天，慈禧居然也死了。
最讓段祺瑞苦惱的恐怕還是後面這個：根據慈禧立下的遺旨，載灃之子溥儀將繼承皇統，載灃本人則為監國攝政！
慈禧固然也打壓袁世凱和北洋，可是她畢竟不會往死裡整，到了北洋的對頭掌握大權，就什麼都難說了。袁克定告訴段祺瑞，光緒駕崩當天晚上，睡夢中的袁世凱便被召到宮中商議立嗣之事，此後一直留在宮中未歸。
段祺瑞不寒而慄，他趕緊離開袁府，到租界找了家較為偏僻的飯店住了下來。
手下人被他派出去四處打探消息，但是打探出來的消息，幾乎都是對袁世凱不利的。有的說光緒皇帝死得蹊蹺，多半是讓慈禧太后給毒死的，這也罷了，還有人甚至直接說整個毒殺事件都是由袁世凱一手策劃的。理由是戊戌變法時期，袁世凱曾告密出賣皇帝，這老小子害怕光緒會死在慈禧之後並藉機對他進行報復，所以才下此毒手。
普通老百姓只知道皇帝駕崩，又怎麼會瞭解如此多的內幕？段祺瑞相信，這一定是袁世凱的政敵在出蛾子，為的就是要給誅殺袁世凱製造輿論。
袁世凱似乎已經在劫難逃，但段祺瑞需要想盡一切辦法不讓這一情況發生，無論從公還是從私——
從公，整個北洋系與袁世凱是一榮俱榮、一損俱損的關係，袁世凱若是倒台或者有個三長兩短，作為其部屬也就基本喪失了立足和進階的希望，更何況段祺瑞本人與載灃他們還有過節兒。
從私，袁段關係非常密切，袁世凱不僅是段祺瑞的老上司，還是他的伯樂乃至恩公。
密謀
段祺瑞原本經歷顯赫，稱得上是同時代人中的佼佼者。他讀過七年私塾，熟知經史，有較好的國學根底，說起「之乎者也」毫不輸人。成年後考入每期只招收百人的天津武備學堂，這所學校雖然規模不大，但卻是近代中國第一所陸軍學堂。後來的研究者發現，「中國二十世紀初期歷史上的許多重要人物，都是該校培訓出來的」。
武備學堂有一門從德國買來的德造火炮瞄準器壞了，沒有人會修理。段祺瑞初生牛犢不怕虎，憑著剛從學校學到的一些物理、化學和高等數學知識，加上天賦，經過一番研究琢磨，居然把這個瞄準器給修好了。
段祺瑞的武備學堂畢業成績是「最優等」。一年後，政府決定選派數名武備生赴德留學，他再次以第一名的成績被錄取。
在德國，段祺瑞先用一年半時間在柏林軍校系統學習理論課程，接著又奉派單獨進入當時世界上的第一流兵工廠——克虜伯炮廠——深造了半年。
學兼中西，掌握近代戰陣之法，尤精於槍炮技術，有如此特長的精英人才，在晚清末年可謂鳳毛麟角。可是學成回國後，段祺瑞卻被整整閒置了六年之久，所任職務不是軍械局委員，就是隨營學堂教習，反正是有你不多，沒你不少，英雄無用武之地。
受到冷落的不單是段祺瑞一個，絕大多數軍校生包括留學歸國人員干的也都是此類閒差。原因很簡單，因為那時候還沒有可供他們發揮才幹的新式軍隊，而在以湘淮軍為主的舊軍裡，將領們多行伍出身，這些人取得功名主要靠實戰，對於從軍事院校畢業的書齋軍官，他們既看不起也不肯加以提拔任用。
直到袁世凱在小站編練新軍，段祺瑞及其他武備生的命運才終於發生了轉折。
新軍全面使用西式武器，採用西法編製，進行西法操練。這些正是武備生的長處，武備生由此逐漸成為北洋系的核心。作為武備生中的拔尖人才，段祺瑞在被推薦給袁世凱之後，更是很快得到重用，成為袁氏帶兵、練兵的主要助手。
袁世凱既能招攬人才，也能籠絡人才，對親信部屬的關照可謂無微不至。比如，段祺瑞第一次赴小站，袁世凱即親往迎接，禮儀之周到，令人有受寵若驚之感。又比如，段家但凡要辦什麼大事，只要讓袁世凱知道了，他都會額外贈送銀票，以壯聲勢。
某次，段祺瑞在天津一家酒樓宴請其他將領。宴會結束，正準備結賬，酒樓老闆卻說你不必結了，袁大人已經吩咐過，所有花銷都記在他一人賬上……
袁世凱有一個在山東時義結金蘭的故人，不幸早逝，其女張佩蘅由袁世凱接來府上照料。袁世凱的夫人于氏只生袁克定一子，無女，便將張佩蘅收為義女。另外一種說法是，張佩蘅其實是袁世凱的表侄女，從小在袁家長大。不管出身究竟如何，袁氏夫婦視她如同己出是沒錯的，張佩蘅見到袁氏夫婦也是一口一個爸媽，十分親熱。
後來袁世凱聽說段祺瑞的原配夫人病故，就有心做主把張佩蘅許配給段祺瑞。當時武人的社會地位較低，張佩蘅的親生母親嫌段祺瑞是武人，女兒又是去當續絃，因此起初對這樁婚姻不太滿意。袁世凱給老太太做工作，說段祺瑞是我看中的，你就放一百二十個心吧。
以張佩蘅在袁府如同大小姐一樣的身份，段祺瑞迎娶張佩蘅，就等於是做了袁世凱的女婿。從此，袁段二人除了多年的袍澤關係外，無形中又成了親戚。
伯樂、恩公、親戚，看在哪一層關係上，段祺瑞都不能對袁世凱見死不救，但是搭救要講究方法，魯莽不得。這也是袁世凱專門以密函招他來京，又囑其不可張揚的用意所在。
段祺瑞決定把馮國璋找來商量。北洋系有「北洋三傑」之說，段祺瑞被稱為「虎」，馮國璋則是「豹」。
「馮豹」此時正在陸軍部任職。段祺瑞把他叫來租界，二人在飯店裡密謀了足足兩個多小時，最後決定策劃一起冬季軍事操練。
新軍操練不是小事，必須報經陸軍部批准才能施行。段馮也不是真的要搞什麼操練，他們就是要借此放出風去，給朝廷施加壓力，同時彰顯袁世凱及其北洋系的重要性。
這是一個一旦真相暴露，當事者可能要進大牢乃至掉腦袋的計劃，然而事到如今，再也想不出什麼萬全之策了。當晚，段祺瑞即返回保定，實施這一計劃。
天下大勢
段祺瑞一回保定就「病」了，而且「病」得很重。他的親信幕僚、北洋新軍的中高級軍官紛紛趕來探視，就在探視過程中，段祺瑞用含蓄的方式向他們傳遞了信息：假裝搞操練，並且要給外界確有其事的印象。
很快，陸軍部就得到報告，說北洋軍及其陸軍學堂即將舉行大規模冬操。
不經陸軍部批准就擅自舉行冬操，無疑是犯上作亂。朝廷聞訊很是吃驚，可是往下追查，各部隊又都推說並無此事，是有人故意製造謠言。
就在攝政王載灃等人惶恐不安的時候，陸軍部又得到了一份更為驚人的報告：保定發生了大規模兵變。
與前面那份查無實據的報告不同，這次是來真格的，而且提供報告的人就是坐鎮保定的段祺瑞！
原來就在段祺瑞放風要搞冬操的時候，幾個月前剛調到保定的北洋第十六鎮第十一協發生了火並事件。事件本身並不大，不過是幾個聚賭的士兵發生爭執，然後互相打了起來。
這種事情在新舊軍中都不是什麼了不得的新聞。段祺瑞開始處理時也沒怎麼太放在心上，隨後一想，卻發現居然是個天賜的好機會。
他立即從「病床」上爬起來，命令手下接通第十一協協統李純的電話。
「是秀山（李純的字）嗎？我是段祺瑞，你那邊發生兵變了！」
「兵變？」李純一時還沒反應過來，「段大人，不是兵變，是幾個士兵因賭博而……」
「是兵變！」段祺瑞打斷對方的話，用斬釘截鐵、不容置疑的語調說道，「你聽著，你那裡發生了兵變！你當怎麼處置？」
「率兵彈壓？」李純終於有所領悟。
「對，立即彈壓，聲勢越大越好！我隨後帶兵增援。」
就這樣，兵營中一件芝麻綠豆般的事件被越炒越大。真實發生的「兵變」自然比捕風捉影的「冬操」更嚇人，也讓朝廷大為震動。
據說，載灃在攝政當國後就已經草擬了嚴懲袁世凱的諭旨，最終沒有下達，原因固然很多，但段祺瑞策劃的這一系列行動不能不說起到了一定作用。
1909年1月，朝廷以袁世凱「現患足疾，步履維艱，難任職任」為由，將其開缺回籍。
袁世凱雖被罷官，但項上人頭總算還是保住了。當他乘火車路過保定，見到段祺瑞時所說的第一句話就是：「芝泉（段祺瑞的字），這次全虧你了！」
隨著袁世凱下野，朝廷中以載灃為中心的皇室親貴一方面搶奪軍事大權，另一方面加緊剪除北洋系中的袁氏一黨。段祺瑞自然也受到了牽連，更糟糕的是，他製造假冬操，把火並擴大成兵變的事情也被朝廷發現了。載灃本擬嚴加追究，只是顧忌事態鬧得太大會導致不可收拾才作罷。
死罪雖免，活罪難逃。段祺瑞的職務被頻頻調動，直至1910年年底奉命署理江北提督。
段祺瑞原任鎮統制，職務相當於現代軍制中的師長，為二品官，提督則是從一品。表面上載灃提升了他的官職，但實際上不過是一種明升暗降的手法——江北提督統轄清江浦的舊軍巡防營，僅僅負責地方治安、剿匪等，顯見得是朝廷虛與委蛇，要將段「置諸閒散之列」。
在得知自己即將到清江上任時，段祺瑞就已經悶悶不樂了。途中他不顧朝廷的監視和猜忌，專程繞道去看望了在彰德隱居的袁世凱。
袁世凱在彰德也日日夜夜受到監視，所以白天只能領著段祺瑞觀魚、賞花，不敢深談。只有到了晚上，眾人散去，二人才能借下棋的機會聊兩句知心話。
袁世凱雖然被貶，卻比在位時更清醒沉著。他結合自身的經歷和古書中的教訓，悟出一個道理——天下大勢，分久必合，合久必分。只要這種進退盈縮的變化一出現，他袁某和北洋系就一定會有再次出頭的機會。
袁世凱鄭重地告訴段祺瑞：「芝泉啊，要沉住氣，耐心等待時機。」
這的確是一個很考驗耐心的過程。江北提督沒有實權不說，當得還不輕鬆。在段祺瑞履職到任後，有一個協嘩變了，段祺瑞被迫帶著老婆孩子過了一段逃難日子。好在段家有兩個廚房頭兒，逃難期間忙上忙下，很賣了份力氣，生活才不至於受到太大影響。
嘩變結束，段祺瑞論功行賞，將兩個頭兒都列為有功之臣。雖然不可能封他們官，但兩個人自此在段府地位特殊，有些家事連段府總管都做不了主，得這兩個廚房頭兒說了算。
段府除了他們之外，另有後宅的幾個老媽子，也是自清江浦提督時代開始進入段府的，而且同樣歸入功臣之列，可見這一時期曾給段祺瑞留下的心理陰影。
派誰出征
在段祺瑞到清江任職的第二年，他終於感受到了暗潮湧動下局勢的顯著變化。
首先是爆發於1911年4月的黃花崗起義，雖然這次起義最終並沒有取得成功，但已經足夠令清廷感到不安：「倘不嚴加防緝，誠恐釀成大變，不可收拾。」
當年9月，四川發生保路風潮。四川總督趙爾豐倒是「嚴加防緝」了，但嚴得又過了頭，結果釀成流血事件。潛伏於四川的革命黨人乘機發難，連陷數十郡縣。
天下未亂蜀先亂，袁世凱所預言的「合久必分」終於露出了苗頭。作為一波波大浪頂峰的，則是10月10日革命黨人所策動的武昌起義。至12日，起義軍已光復武漢三鎮，天下為之震動。
清廷立即召集內閣緊急會議，商議對策，他們遇到的第一個問題是究竟派誰出征為好。
在滿洲貴胄中，鐵良、良弼均被稱為清季干將，但良弼年輕，資歷和地位也較低，只有鐵良才具備「帥」的各方面條件，而在實際生活中，他也確實常被人稱為「大帥」。
從慈禧太后決定編練新軍起，鐵良即奉旨與袁世凱共同主持練兵事宜。當時袁為主，鐵為鋪，練兵處辦事人員都稱袁世凱為「宮保」（袁世凱曾被封為「太子少保」），稱鐵良為「大帥」。
如果單評政績，鐵良給袁世凱做副手都很勉強。不過依照清廷一向的規矩，凡是滿人中具備辦事能力，頭腦比較清楚，同時又官至二品的官吏，其得到信任和被遷擢重用的機會都要比漢官來得容易得多。在慈禧的信任賞識下，鐵良在很短的時間內便歷任軍機大臣、陸軍部尚書，名位幾乎可與袁世凱平起平坐。
練兵的時候，大權歸屬袁世凱，鐵良尚對之俯首帖耳、唯命是從。等到「宮保」、「大帥」能面對面坐下了，他就不這麼好說話了。圍繞著北洋新軍的使用，鐵良時時以陸軍部的命令與袁對抗，令袁很難堪。二人矛盾逐漸明朗化，鐵良也由此成為滿人「中興派」的主要代表人物。
北洋新軍共有六鎮。在慈禧的支持下，鐵良收回了其中的四鎮，從而揭開了他與袁世凱之間正面衝突的序幕。而後改組四鎮軍官的做法雖遭到慈禧的制止，但鐵良在這場權力爭鬥中已經贏了大半。
袁世凱被逐，本是「中興派」內部的一件大喜事，與袁世凱積怨已深的鐵良更是猶如去了一塊心病。可是讓他沒有想到的是，有袁這個大敵在，自己在朝中尚能相安，袁一走，他反而混不下去了。
攝政王載灃是個庸懦無能、眼光短淺之輩，他逐走袁世凱後，便把自己的弟弟載濤推出來，讓載濤掌握軍權。載濤時年才二十三歲，也沒有什麼文武才略，一切都要靠軍事熟手鐵良指導協助。
外行領導內行，是中國官僚場上的一個常見現象。面對載濤這個乳臭未乾、對軍事基本一竅不通的公子哥，有多年處理軍政事務經驗的鐵良不可能不感到憋屈，有時也難免會流露出「軍事你們不如我」之類的牢騷和倨傲。
載灃、載濤兄弟對此很忌諱，於是便將鐵良身兼的禁衛軍訓練大臣一職免去，調他籌辦海軍，實際上是架空了他。
鐵良知道自己不能為朝廷所容，就索性將陸軍部尚書也一併辭去，像他的政敵袁世凱一樣回家閒居去了。
鐵良在家閒住了一年，載灃、載濤還是如同防袁世凱般防著他。由於害怕鐵良暗中仍與各鎮將領聯繫，便又特予起用，讓他去做江寧將軍。在大半個清代歷史中，各地駐防將軍的職權都非常重要，但到光緒以後，卻逐漸淪為一個有名無實的閒職，基本無事可辦。
代替鐵良出任陸軍部尚書的蔭昌曾在德國留學，專習軍事。回國後，他長期在天津武備學堂擔任督辦（相當於校長），段祺瑞、馮國璋等人都尊其為老師，段祺瑞到小站投效袁世凱，其實也是由蔭昌推薦的。
蔭昌的最大缺陷是沒有練過兵，更無帶兵打仗的經驗，同時他在北洋新軍中的威信也與「大帥」鐵良相差很遠。不過也唯因如此，載灃等人才覺得他好駕馭，遇事不致掣肘。
事實上，蔭昌接到任命時尚在德國，其職務只能臨時由左侍郎署理，那位左侍郎「奉命唯謹」，上面說該怎麼辦就怎麼辦，確實聽話得很。後來即便蔭昌本人回國，部務也仍然倚重副手，他自己連公文都懶得處理。
武昌起義爆發時，蔭昌已出任內閣陸軍大臣。內閣開會幾經商討，認為鐵良已經下台，良弼資格太淺，只有蔭昌才是唯一合適的人選，於是便決定派他督師赴鄂剿辦。
等等再看
蔭昌受命之後，有人向他表示祝賀，他卻不滿地說：「我一個人馬也沒有，讓我到湖北督師。我倒是去用拳打呀，還是用腳踢呀？」
蔭昌所說倒也是實話。罷免袁世凱後，載灃即著手組建了由皇族直接控制的禁衛軍，這支部隊被載灃寄予厚望，待遇全國最優，裝備全國最精，可惜卻毫無作戰經驗。更主要的是禁衛軍將領大多由皇族子弟擔任，這些含著金湯匙出生的公子哥兒全都嬌生慣養，誰也不願意去前方打仗，都以拱衛京師為由反對出戰。
禁衛軍上不了場，只能仍然抽調北洋老六鎮的人馬。這時北洋軍正奉命參加即將舉行的灤州秋操，有的正在途中，有的已經到達目的地。內閣會議上，有人便提出，灤州離湖北較遠，不如就近從京畿、河南、江蘇抽調部隊。
一聽這話，內閣總理大臣奕劻立刻犯起了心病。他是個貪腐成性的庸才，一生唯知要錢，對獨攬兵權倒沒有什麼特別的想法，只是他與載灃、載濤兄弟素來不合，非常擔心後者會借調動軍隊之機來對付自己。於是內閣會議一結束，他就趕緊把親信部隊調入北京城內，駐紮於九門要衝及自己的王府周圍。
讓奕劻這麼一攪和，京畿部隊就沒法動了，載灃、載濤只得從灤州和保定抽調了一鎮兩協，臨時編成第一軍，歸蔭昌指揮。
蔭昌有了第一軍，可是卻調度不靈——各部隊亂哄哄地南下，毫無秩序可言，有的軍官到了，士兵沒到，有的士兵到了，軍官又沒到。
蔭昌急得手忙腳亂，無奈之下，只好向朝廷求救。載灃聞言也著了慌，不得不再次召開內閣緊急會議，讓奕劻等人拿出解決之策。
奕劻聲稱：「此種非常局面，本人年老，絕對不能承當。」他轉而向載灃進言，要求重新起用袁世凱，並強調：「袁有氣魄，北洋軍隊都是他一手編練的，若令其赴鄂剿辦，必操勝券，否則畏葸遷延，不堪設想。」
奕劻一力保舉袁世凱的另一個論據，是袁世凱在老外心目中地位很高，「東交民巷（即使館區）亦盛傳非袁不能收拾」。
朝廷表面上對金髮碧眼的外國人不屑一顧，實際經過鴉片戰爭以來的屢次敲打，心理上已對對方十分畏懼，同時也很把他們的言論當回事，有時老外們的態度甚至比國人的議論還更令朝廷在乎。
見連東交民巷都呼籲讓袁世凱出山，載灃別無他策，只得皺著眉頭答應下來：「你們既然這樣主張，姑且照你們的辦。」
1911年10月14日，朝廷旨意下達，袁世凱被任命為湖廣總督兼剿撫事宜，其職責相當於蔭昌的助手。
受了你們那麼大的侮辱，好不容易出山了，還得給人做下手，袁世凱如何甘心？他借口「足疾未痊」，拒絕回京履任，同時又暗中給段祺瑞、馮國璋等老部下發去電報，召他們到彰德來開秘密會議。
當時政府有規定，在職官吏不得擅離職守，高級官員凡出郭三里者，就必須預先奏明，奉旨允許後方可起身。段祺瑞自然不會遵守這一規定，但為了不暴露行程，他騎馬秘密經小道走了七天，才從清江趕到彰德。
早在春秋時期，著名政治家范蠡就留下了一句名言：「時不至不可強生，事不究不可強成。」在秘密會議上，袁世凱引用了這句名言，表示他出山的時機尚不成熟，還得等等再看，不過他要求部下們從現在開始就針對武漢戰事著手準備。
在袁世凱拒絕赴任的情況下，蔭昌只得率已編配就緒的第一軍獨自前往湖北前線。
由於跟袁世凱的私人關係尚可，蔭昌在發現調度不靈，向朝廷叫苦求援之前，曾順道去彰德看望過袁世凱。當袁世凱問及南下有無把握時，蔭昌自信心爆棚，說：「武昌的事好辦，那裡不過是一些烏合之眾，又沒什麼人物，成不了氣候。」
袁世凱雖在家中，但對外面的形勢瞭如指掌。他提醒蔭昌：「也不能這麼說吧，黎元洪不就是一個嗎？」
武昌起義前，黎元洪是駐軍湖北的混成協協統，獲悉起義爆發的消息後，他匆匆忙忙換上便衣躲了起來，但是起義軍卻主動找上門來，不是要殺他，而是邀請他出任革命軍都督。
黎元洪能有此奇遇，實在也是形勢使然——參加武昌首義的起義軍士兵不過才三千人，而且大多數尚未加入革命黨，可以說是群龍無首。有人因此提議：「黎元洪現在城內，且資望高而得軍心，可當重任。」
黎元洪為人忠厚，在官兵中的人緣極好，其資歷和名望也足以號召各省響應。眾人一拍即合，當下便來了個滿城搜尋。
北方不能亂
黎元洪在哪裡呢？一說是在他的一名司書的寓所裡。另有一種說法是黎元洪有一個名叫黎本危的相好，原為漢口的妓女，起義爆發後，黎元洪藏到了黎本危的家裡。
革命軍很快就打聽到了黎元洪的藏身之處。對黎元洪比較不堪的記載是，他膽小如鼠，不敢擔任革命軍要他出任的都督，一直鑽在黎本危的床底下，最後被士兵強拖了出來。
到底是不是被「拖出來」的另當別論，但黎元洪一開始有顧慮倒是真的。說到底，他本不是一個想革命的人，更不用說擔任革命軍的首領了，而且那時革命軍力量微小，能否抗拒強敵，以及今後能不能取得成功，都是難以預料的未知數。畢竟，革命在那個年代就是造反，而造反一旦失敗，面臨的下場不外乎死無葬身之地，甚至株連九族。
不用說，革命軍為了把黎元洪推上台，肯定費了不少唇舌，黎元洪也一定會再三拒絕，拿自己的才能不足以擔當大事之類的理由來推托。
在推拒無效的情況下，黎元洪被槍口所逼，只得半推半就地當了革命軍的都督。這當然說的是一開始。黎元洪和段祺瑞等人一樣，既受舊學思想的影響，也接受過新式教育，屬於半新半舊的過渡性人物。過去那些所謂絕對效忠君王的一套並不能完全主宰他們的意識，只要外部條件一變化，腦子就會轉過彎來。
隨著革命形勢的迅速發展，黎元洪逐漸接受了革命黨人的良言苦勸，鐵下心來決定推動革命。他在湖北諮議局召開的軍事會議上當眾宣佈：「我以前雖然不是革命黨人，但現在是軍政府的一員。我決不計個人成敗利害，決心與諸君共生死。」他的這一表態頓時引得全場掌聲雷動。
思想轉變之後，黎元洪認為自己能成為「首義元勳」得自於相好黎本危，對方是他的命中福星，便就此把黎本危娶進門來，做了自己的寵妾。
蔭昌不是不知道黎元洪之名，可他對此滿不在乎。在彰德，他對袁世凱說的是：「一個小小的協統，能掀起什麼大浪？」
然而袁世凱並非故意要恐嚇蔭昌。黎元洪可不是一個協統那麼簡單，此人通曉海陸軍戰術，湖北新軍的編練、操演、整訓等事務，幾乎都由他一手籌劃制定。當初南北新軍組織秋操，黎元洪是南軍的實際組織和指揮者。雖然在秋操中，南軍略輸於段祺瑞所指揮的北軍，但南軍的總體表現並不差，曾獲得「軍容盛強，士氣健銳，步伐技藝均已熟練精嫻」的好評。
1911年10月16日，蔭昌所部在漢口劉家廟遭到革命軍的頑強抵抗。19日，在黎元洪的命令下，革命軍分三路發動進攻，一舉攻克劉家廟，並繳獲了裝有大批軍需物資的數十輛車皮。
劉家廟大捷使清廷內部又一次陷入慌亂。20日，內閣副總理大臣徐世昌秘密前往彰德，與袁世凱會晤。袁世凱通過徐世昌直接向清廷攤牌，即要他出山也不是不可以，但必須讓其掌握軍政大權。
這一條件對載灃等人來說，可謂苛刻至極，但問題是這時他們手中所擁有的籌碼已經很少了，而且還在一天天地不斷減少。22日，湖南革命黨人發動起義，建立湖南軍政府，同日，陝西也宣佈獨立。
局勢的發展沒有出乎袁世凱的預料，並且他已經事先布好了每一著棋。就在那次彰德秘密會議結束後，他把段祺瑞單獨留下來，說出了藏在心中的秘密：「現在南邊鬧得很凶，可是要害不在南，而在北。」
要論政治頭腦，段祺瑞幾乎就是袁世凱的翻版，他聽了立刻心領神會：「大人的意思是說北方不能亂吧！」
袁世凱正是此意，他知道自己出山只是時間問題，重要的是將來如何佈局。段祺瑞被告知要準備率部從清江西上，在前線部隊後面控制住交通線，這樣進可以取武漢，退也可以左右京師。
袁世凱的考慮是要段祺瑞藉機掌控住北方局勢，而從清廷的角度來說，直接調段祺瑞去湖北或許對清軍取勝更為有利，因為段祺瑞多年帶兵，在北洋軍中擁有較高威信，同時讓清江部隊去湖北作戰，還可以節省許多時間。
早在蔭昌準備督師南下時，就曾有人這樣提議了，但載灃對段祺瑞抱有敵意，沒有採納。現在既然已抓住載灃的軟肋，袁世凱就不管對方願不願意，乾脆利落地發去了電奏：「請飭署江北提督段祺瑞，酌帶得力將弁，毋庸多帶隊伍，剋日由海道北上，逕赴鄂境。」
10月23日，段祺瑞接到第一道諭令，諭令內容幾乎照搬了袁世凱的電諭。自這一天起，在短短四天之內，段祺瑞竟然接到了朝廷所發的三道諭令，他的職務也被明確為第二軍總統。
所謂救急如救火，在已經對局勢失去掌控能力的情況下，載灃被迫接受了袁世凱所提出的全部條件。27日，清廷召回蔭昌，另行任命袁世凱為欽差大臣，節製出征的所有海陸各軍。
「時不至不可強生，事不究不可強成」，袁世凱和北洋系終於等來了他們渴望許久的時機。
小諸葛
編配給段祺瑞第二軍的部隊，有的駐紮於濟南，有的先前被派往灤州參加秋操。接到改編命令後，各部才開始向目的地信陽集結。當段祺瑞到達信陽時，這些部隊僅有一小部分到達，大部分尚在行軍途中。
信陽城位於河南南部，毗鄰湖北，正是袁世凱所說的「進可取武漢，退可左右京師」的軍事重地。不過段祺瑞剛到時，信陽正處於一片混亂之中，前有殘兵不斷退卻下來，後有部隊等著組編，大家各自為政，你不服我，我不服你，哄搶物資和尋釁滋事的事件更是比比皆是。
有一天傍晚，段祺瑞在城內辦完公，騎著馬返回司令部駐地。途中有人前來報告，說車站剛到的一批士兵為了爭搶物資，不但動手打架，而且還開了槍。
段祺瑞立即帶著衛隊把出事現場包圍起來，將肇事士兵和帶兵的管帶全部抓了起來。盛怒之下，他拿起馬鞭對著士兵們就是一頓猛抽，最後連鞭子上都沾了血，那名管帶也被重責四十軍棍，打到躺在地上不能動彈。
等氣消得差不多了，段祺瑞便把肇事士兵交給幕僚徐樹錚處理，但是他沒有想到的是，徐樹錚隨後的處理方式竟然讓他也有瞠目結舌之感。
徐樹錚綽號「小諸葛」，段祺瑞的家人背後則都稱他為小徐。段祺瑞幕僚眾多，但要論對段所起的影響和作用，誰都超不過這個小徐，也可以說段大半生的功業都離不開「小諸葛」的傾力襄助。
徐樹錚與段祺瑞一不沾親，二不帶故，甚至連同鄉都算不上。他是安徽蕭縣人，在私塾讀書時就表現出過人的才智，據說十三歲便考中了秀才，而且還是秀才中成績最好的廩生。按照規定，廩生可以食廩，也就是享受由國家按月發給糧食的待遇。
其後因為父親去世，徐家倒了頂樑柱，境況便開始惡化起來。十八歲時，徐樹錚因為窮得實在念不起書，不得不背井離鄉，到濟南去投奔內兄，想找一份工作藉以餬口。
可是他的內兄也沒有什麼關係和門路。徐樹錚在濟南住了一段日子，情急生智，當下便草擬了一份國家大計條陳，準備呈送時任山東巡撫的袁世凱，希望能夠得到袁的賞識。
自古至今，一個普通平民要給封疆大吏寫信，渠道都不會那麼通暢。小徐是個有心人，他探知候補道齊彥儒是袁世凱的親戚，如果上呈袁世凱的文件封面能署上個齊彥儒的名字，各級辦事人員就不敢拖延或積壓。
讓齊彥儒署個名，相對而言要容易得多。這種方式很靈，袁世凱果真很快就看到了徐樹錚的條陳。條陳內容是當時社會上最流行的富國強兵之類，不過徐的觀點和康梁變法維新那一套又有所區別，它更接近於張之洞提倡的「中學為體，西學為用」。
道理總是那麼一點道理，徐樹錚的文章也沒有什麼特別獨到的見解，不過作為一篇政論文已經屬於上乘之作，起碼「言之有故，持之成理」。
袁世凱雖是武人，但也有一定的舊學功底，至少能分出文章之高下優劣。當時一般的維新文章都喜歡堆砌一些新名詞，讀起來佶屈聱牙。徐文則不是如此，它全部採用了桐城派的古文筆法，行文抑揚頓挫，脈絡分明。這說明作者具備相當的社會洞察力和古文功底，不然不可能將這些時事理論融會貫通，而且還能用桐城派的文筆表達出來。
袁世凱一邊看一邊點頭讚許，隨後便安排自己的幕僚朱忠琪接見徐樹錚。朱忠琪和徐樹錚談過話後，同樣對徐樹錚讚賞不已，他對袁世凱說：「這個青年人是蕭縣的一個秀才，食了廩（廩生），平素關心時事。他對我侃侃而談，所談都頗能洞中時弊，似乎中西學都有根柢，是個值得提拔的人才。」
說罷，朱忠琪還將徐樹錚帶來的幾本詩詞文章交給袁世凱。袁世凱隨手接過，翻閱了其中的幾首詩詞，感到徐樹錚確實頗有才華，於是就命朱忠琪把他留在衙門裡，等待機會再行安插。
就這樣，徐樹錚僅僅因為一個條陳就受知於袁世凱，成為其入幕之賓，並從此開始了他傳奇般的幕僚生涯。
非池中物也
徐樹錚住進山東巡撫衙門後，袁世凱並沒有派給他什麼固定差使，他每天做的，就是和其餘幕僚們一起上下古今，高談闊論。
袁府原有的幕僚多數是學究出身，熟練掌握奏疏的一般公文程式，但對於大下大事卻茫然不知。徐樹錚所說的那些東西，他們更是聞所未聞，時間一長，便都佩服他學問淵博、才氣縱橫。
聯想到左宗棠、李鴻章等人原來也都是看似狂妄、誇誇其談的書生，之後卻由作幕而一步步飛黃騰達起來，有人就搖頭晃腦地議論道：「又錚（徐樹錚的字）非池中物也！」
某天，時任炮兵統領的段祺瑞來到巡撫衙門和幕僚們閒談。有人就提到了徐樹錚，說這個年輕人才文俱佳，將來必定是有用之才。
言者無意，聽者有心。這時段祺瑞奉袁世凱之命要辦一個隨營學堂，雜事很多，身邊缺一個辦筆墨的人。他就抱著姑且一試的態度對那位誇讚徐樹錚的幕僚說：「徐某人既然是個人才，你可以叫他來見見我。」
徐樹錚知道後果然來求見段祺瑞。雖然他在與段祺瑞談話時彬彬有禮，但態度不卑不亢，縱論起天下大事，更是旁若無人。
段祺瑞急需的是一個文案，光會講還不行，他曾耳聞徐樹錚向袁世凱上條陳一事，於是就問徐樹錚：「你曾經上書撫台（即袁世凱）嗎？」
徐樹錚答是。段祺瑞聽了，便微笑著請徐樹錚坐下，隨即取出幾封待回覆信件，讓徐樹錚當場擬稿。這對徐樹錚來說並非難事，他沒花多長時間就將幾封回信一一擬就，然後呈交段祺瑞閱覽。段祺瑞一看很合乎心意，由此對徐樹錚頗為欣賞，愛才之心也油然而生。
徐樹錚原是袁府幕僚，把他要過來自然還得通過袁世凱。段祺瑞跟袁世凱一講，袁世凱正好尚無適當的機會安插徐樹錚，當即就答應了段祺瑞的請求。
段祺瑞派徐樹錚在書記處擔任司書，月薪銀十二兩，待遇不可謂不優厚。段祺瑞平時待他也相當客氣，因此段祺瑞的家人及其部下當面都尊稱徐樹錚為徐師爺。
自徐樹錚投入段幕，段祺瑞天天聽他議論國內外形勢，每次徐樹錚都講得頭頭是道。至於處理事務方面，往往段祺瑞還沒有想好具體計劃，徐樹錚已經替他考慮得非常周密：上策如何，中策如何，下策如何，且每一條建言都有條有理，要言不煩，讓段祺瑞感到很是滿意，「實獲我心」。
有徐樹錚在身邊，段祺瑞猶如多了一個備忘錄，可以省去許多記憶的工夫——徐樹錚聰明過人，尤其記憶力非常人可比，可以說是過目不忘，什麼規章制度、公文條例，看得既快，記得又熟，只要段祺瑞問他，總是對答如流。有人不信，找出資料來一對，結果發現居然一字不差。
讓段祺瑞滿意的還不止這些。那個年代，一般當師爺的都是咬文嚼字，自命不凡，以至於隔著老遠就能聞到一股沖天的酸氣。徐樹錚雖是秀才出身，卻並沒有這些酸腐氣和臭架子，為人相當樸實勤懇。
段祺瑞以軍人出道，平時最重練兵，每天早晨都會親自帶著士兵出操。出操是個苦差事，連有些官兵都抱著最好不去的心理。徐樹錚是個師爺，本來是不必出操的，但他天天都早早起床，跟士兵們一塊兒練操。這更增加了段祺瑞對他的好感，認為徐樹錚不僅能說能寫，還能幹，誠為書生中不可多得的人才，這個幕僚看來是找對了。
不久，袁世凱升署直隸總督兼北洋大臣，開始訓練新軍。段祺瑞也隨之來到保定，奉命辦理武備速成學堂。武備速成學堂是保定軍校的前身，學校的不少畢業生後來都成了北洋系的高級將領，它對拓展段祺瑞事業版圖的意義不言而喻。就在這次辦校過程中，徐樹錚幫了段祺瑞大忙，從招生時的命題、監考、閱卷等各項事務，到學堂的規劃，無不傾力其中。
北洋六鎮成立後，段祺瑞出任陸軍第三鎮統制官，同時提升徐樹錚為鎮部一等書記官。本來段祺瑞還想找機會繼續大力提拔徐樹錚，但這位師爺卻已經有了另外的想法。
此時日俄戰爭爆發，日本繼在甲午戰爭中擊敗中國後，又進而挑戰俄國，顯示著這個新近崛起的島國，已逐漸成為東亞乃至國際政治舞台上不容小覷的重要角色。
徐樹錚與一般書生和師爺的不同之處就是憂國憂民，並且時時關心和瞭解著國際國內大勢的走向。他認為中國現在雖然衰弱了，受到列強甚至日本的欺侮，但一旦強盛起來，仍舊可以征服各國，而目前必須做的，首先就是向日本學習，爭取早日趕上日本。
徐樹錚不但自己想去日本留學，還準備送妻子去，但讓他發愁的是，去日本就要向段祺瑞辭行。大家都知道段祺瑞對他頗為信任倚重，瞭解他真實用意的，免不了會勸他不該就此放棄在段幕的大好前景，不瞭解的就會指責他是見異思遷、忘恩負義。
另外一個難題是經費。去日本留學需要一筆不小的開支，而徐樹錚除了領取固定月薪，並沒有其他收入來源，他的積蓄用來維持日常生活尚可，但遠不足以支付留學費用。
徐樹錚決定先送妻子東渡扶桑，而且就像當初給袁世凱上條陳一樣，他又想到了劍走偏鋒。
誰也喝不過中國人
第六鎮統制官吳鳳嶺有一天接到徐樹錚寫去的一封信。信中說段祺瑞在合肥老家的家人要置地產，尚缺數百元，欲先向吳鳳嶺挪借，數月後即還。
吳鳳嶺和徐樹錚是同鄉，與段祺瑞交情也不錯，接信後當即給徐樹錚寄了五百元。
稍後，直隸藩台邀請段祺瑞、吳鳳嶺赴宴。段、吳二人聊天時，吳鳳嶺向段祺瑞問起購買土地的事，段祺瑞卻丈二和尚摸不著頭腦，說哪有這回事啊？
段祺瑞祖籍江西，生於安徽六安，後隨家遷居合肥，等他出了名，人們便稱他為「段合肥」。「段合肥」自幼在軍營中長大，且青少年時期即隻身離開合肥，久居外地，在合肥無片瓦寸地，他自己也從無廣置田產的念頭。
聽吳鳳嶺道完事情原委，段祺瑞只好如實相告：「購地我當不知，借款更無所聞。這樣吧，等我回去問了樹錚再說。」
段祺瑞回來後找徐樹錚當面詢問。徐樹錚倒也不隱瞞，說明他想把妻子送到東京留學，迫於手頭拮据，所以臨時就編了這麼一個理由，以向吳鳳嶺挪借，本來想在攢夠薪水後歸還，不料卻讓段祺瑞提前知道了。
徐樹錚借款這件事本不算大，但編的理由實在讓段祺瑞有些惱火，為此他狠狠地訓斥了徐樹錚一番。徐樹錚自知理虧，被訓得面紅耳赤，俯首無言。
不過通過這件事，段祺瑞終於明白了徐樹錚的個人打算，即暫時不願做官，而希望到日本去學習軍事。他認為這是件好事，應予以成全，於是就對徐樹錚說：「你如果真想去東京留學，我代你辦官費。」
能夠官費留學，也就意味著省去了原來所有的麻煩，徐樹錚既高興又感激，哪有不願意之理？
就這樣，徐樹錚以官費派出的名義前往日本。到日本後，他也很給段祺瑞爭氣，先是考入東京振武學校，接著又考進了日本士官學校，在日本前後住了三年。
徐樹錚在日本留學的時候，日本已經在日俄戰爭中獲勝，這使他進一步體會到向日本學習的重要性。至於怎樣向日本學習，他的認識是除了掌握其軍事、學術外，還應熟悉日本的文化。
徐樹錚在軍校課堂上十分用功，但是每逢假日便到處遊覽，而且把其中的很多時間都消耗在娼寮酒館裡。跟他的很多中國同學不同，他玩樂不是目的，目的是接觸當地的風俗、人情、語言。
徐樹錚天資聰穎，時間不長就學會了說一口漂亮的日語，而且能運用自如，為同學們所遠遠不及。當時的中國人已經被日本人瞧不起，如果光聽說話，那些藝伎、酌婦們是不容易認出徐樹錚是中國人的，但他不僅不隱瞞自己的中國人身份，還以此為傲。
每逢喝到酒酣耳熱，徐樹錚就會大聲嚷道：「酒，是我們中國大禹造的。在中國歷史上，出現過有名的酒仙——劉伶。中國的大詩人陶淵明、李太白都是能喝酒的。太白鬥酒詩百篇，能喝酒才能賦詩。魏武帝橫槊賦詩，曾道『對酒當歌』呢！」
嚷完之後，他又繼續向這些讓他自豪的中國酒仙致敬，然後舉杯痛飲。徐樹錚會唱昆劇，喝得高興了，有時還會旁若無人地咿咿唔唔地哼上一段。
他這種狂氣豪情，不僅令陪酒的日本女人失色，也常常讓他的同學們為之側目。有一天，徐樹錚和同學宋子揚等人在一家料理店喝酒，店裡有個藝伎很能喝，據說是海量。徐樹錚聽了說：「酒，是中國發明的。說起喝酒，誰也喝不過中國人！」
他吵著要和這個藝伎賭酒，而且舉杯便飲，藝伎才喝了一杯，他早已兩三杯下肚，不久便喝得酩酊大醉。宋子揚等人見狀，只好雇輛人力車把他送回下宿（即租住的公寓）。
回到下宿，徐樹錚仍不承認自己喝醉了酒，也不肯讓人攙扶，就自己趔趔趄趄地上了樓梯。上是能上，只是走兩步卻要退一步，還沒走上幾級，就失足滾下了樓梯。
宋子揚等人趕緊上前查看，躺在地板上的徐樹錚已經鼾聲大作，呼呼睡去，而且怎麼推都推不醒。無奈之下，大家不得不像拖死豬一樣把他拖到房內睡下。
第二天，醒過來的徐樹錚還有些頭暈，但仍然又硬撐著跑進昨晚那家料理店，並且和那位藝伎接著賭酒，直到痛飲一場之後，方才罷休。
徐樹錚是士官七期的學生，上面有六期，下面有八期，這三期學生的留日日期相差不遠，平時經常來往。在三期士官生中，要論大言不慚、狂妄過人，只有八期的楊宇霆可與徐樹錚媲美，二人特別氣味相投，日後都成了民國軍政界赫赫有名的人物。
兵諫
在日本留學的最後一年，徐樹錚進入日本軍隊見習。見習期滿，他便結束留學生活，回到了中國。這時的徐樹錚更加躊躇滿志，因為他過去的身份只是一個秀才、師爺，如今則通過士官畢業取得了軍人資格，已經是「文武兼資」了。
讓人鬱悶的是，徐樹錚回國之時，正是北洋系遭受嚴厲打壓之際。段祺瑞先在第六鎮當統制，等徐樹錚通過陸軍部的複試，主動要求分發第六鎮時，段已離開第六鎮，到保定辦理陸軍學堂去了。
已經到了第六鎮，不能馬上說走就走，徐樹錚只得暫時在第六鎮屈就一個小小的隊官。後來得知段祺瑞被任命為江北提督，他立即離開第六鎮前去投效。
對舊部來投，段祺瑞自然十分歡迎。雖然徐樹錚已取得軍人資格，但他仍以幕僚相待，段的部下也依舊稱呼徐樹錚為徐師爺。與之前不同的是，徐樹錚從此不僅替段祺瑞辦理筆墨文案上的事務，而且對於軍隊的訓練調配，也可以充分發表意見了。
當段祺瑞由江北啟程趕赴信陽時，徐樹錚即被委任為第二軍總參謀，參與各項軍務的運籌襄贊。對於信陽的混亂局面，他與段祺瑞一樣，都認為應該抓住機會整飭軍紀，只是他比幕主更加狠辣絕情——段祺瑞交給他處理的肇事士兵被他一個不留，全部予以正法！
這就是徐樹錚後來一貫的行事方式，即只要認準了應該做，便來個乾淨徹底，既不給別人留後路，也不給自己留後路。
聽說徐樹錚把肇事士兵全都殺了，段祺瑞大吃一驚，忍不住搖了搖頭。儘管連段祺瑞也覺得有些過分，但亂世用重典，在關鍵時刻，此舉確實起到了殺一儆百的作用和效果，第二軍的軍紀因而有了明顯好轉，信陽的混亂局面大為改觀。
大家說某人手狠心黑，說的都是徐樹錚，段祺瑞則贏得了治軍有方的美名，而正是因為徐樹錚敢於做這些幕主不便親自去做，但又必須有人代勞的事，他才能夠得到段祺瑞越來越多的信任和重用。
就在段祺瑞設法穩定信陽局面的時候，北方突然傳來驚人的消息，新軍兩鎮一協的高級將領在灤州通電實行「兵諫」。
認真說起來，這次「兵諫」其實是滿人「中興派」搬起石頭砸了自己腳的結果。「中興派」裡的良弼系日本士官學校畢業生，他對新軍中武備生受到重視、士官生遭遇排斥的狀況十分不滿，因此提出讓大批士官生進入新軍，從而以士官派對抗武備派的計劃。計劃一經提出，即獲得了載灃的支持。
袁世凱被開缺回籍後，載灃、良弼開始實施這一計劃，將一批士官生安排到新軍中擔任高級職務。「兵諫」的主角張紹曾、藍天蔚都是士官生，他們分別擔任了統制、協統，而在袁世凱下台之前，這些位置都屬於袁氏親信所有。
載灃、良弼所不知道的是，他們一心要扶植的這些士官生在政治理念上卻跟他們大相逕庭。早在清廷準備舉行灤州秋操時，張、藍就有過秘密協議，打算在參加秋操的過程中私帶子彈，然後突然發難，解除禁衛軍的武裝，只是由於武昌起義突然爆發，秋操被中止，該計劃才未能實施。
在武昌起義的影響下，1911年10月29日，山西新軍中的革命黨人在太原發動起義，殺了巡撫，宣佈獨立，同時推舉新軍標統閻錫山為軍政府都督。清廷聞訊，急忙傳令第二十鎮統制張紹曾前去征討。
接到命令後，張紹曾召集部下們商討對策，一部分將領主張就此舉行起義，直搗京師。張紹曾、藍天蔚雖然也與清廷不是一條心，但他們受康梁學說的影響，主張實行君主立憲，不太贊成搞過於激烈的革命。其他一些將領的態度則更趨保守，都擔心過激生變。
大家商量下來，最後取得一致意見，決定以電奏清廷的方式實行「兵諫」。他們在「兵諫」中列出了「十九信條」，要求清廷讓權國民，實行立憲，如果清廷不答應，將立即舉兵入都。
灤州「兵諫」與太原起義發生在同一天，它對清廷的打擊比武昌起義更沉重、更致命。以載灃、奕劻為首的滿洲皇族心驚膽戰、方寸大亂，不得不答應「兵諫」的部分要求，同意實施「十九信條」。按照「十九信條」，滿洲親貴均不得參與政權，奕劻、載濤等人乖乖地同時「謝政」，也就是辭去了原有職務。
可是清廷的讓步太晚了，社會輿論認為他們只是故作姿態，藉以緩和局勢，一旦風頭過了，肯定還要反悔。在「吾民勿受欺」的輿論推動下，上海、江蘇也隨之宣告獨立。
眼看大浪不止，處於漩渦之中的京城更加岌岌可危，滿洲皇族和官員紛紛外逃。隆裕太后也已準備偕溥儀逃往熱河，經袁世凱去電力阻，才沒有成行。
此時整個清廷都把轉危為安的希望寄托在曾被他們疑忌和迫害的袁世凱身上。在奕劻的建議下，清廷解散了原有內閣，轉而任命袁世凱為內閣總理大臣，同時頻頻下旨敦促袁世凱入都，以重組責任內閣。
雖然意外地從中得利，可是袁世凱並不高興。因為他對於此次重登政治舞台信心十足，且已制訂通盤計劃，灤州「兵諫」打亂了這一計劃。更讓他感到不安的是，由此產生的一系列連鎖反應可能超出他的掌控範圍。
在北方風波得不到平息之前，袁世凱是不會輕易入都的。他援引「十九信條」中的「總理由國民公舉」，稱自己不敢奉詔，應由資政院選舉後才能成行。
攻心為上
1911年10月31日晚，袁世凱乘專車南下督師。抵達信陽站時，他召見了駐信陽的高級將領，接見完畢，又特地把段祺瑞留在車中密談。
在與段祺瑞的談話中，袁世凱重申了「北方比南方重要」的觀點，認為南方革命軍只是一些烏合之眾，清廷失盡人心，大勢已去，同樣不足為慮，要說麻煩，就麻煩在掌握軍隊而且膽敢「造反」的張紹曾等人身上。
此時南方戰事吃緊，倘若分兵北上征討，不但無取勝把握，還要冒顧此失彼的風險。鑒於參加「兵諫」的不少將領都曾是段祺瑞的學生，張紹曾等也未真正投向革命軍，袁世凱決定攻心為上，派段祺瑞北上進行「安撫」。
袁世凱的擔心不是多餘的。張紹曾並非袁氏一黨，他對清廷任命袁世凱為內閣總理大臣一節很是不滿，又發表通電表示臨時政府須由國會制定憲法選舉產生，清廷這樣的任命方式不合憲法。
看到妥協沒能起到應有的作用，載灃、良弼只得再派吳祿貞前往灤州做說服、疏通工作。
吳祿貞是中國留學日本的第一期士官生，同時在舊學方面也頗有根底。回國後他曾在東北幫辦延吉邊務，與日本政府進行交涉，因此早早就在軍政界嶄露頭角，並擁有較好的聲譽。
吳祿貞恃才傲物，但與良弼有著不錯的個人交情，這就為他的仕途開了綠燈。經過良弼極力向載灃、蔭昌推薦，並親自出面保奏，吳祿貞迎來了與張紹曾等人一樣的機遇，得以出任第六鎮統制。
派吳祿貞去灤州，是因為吳祿貞與張紹曾、藍天蔚是好友，三人在日本留學時即志趣相投，人稱「士官三傑」。可是載灃、良弼也許做夢都不會想到，吳祿貞也是當初灤州秋操發難計劃的參與者之一，而且他的思想比張、藍更為激進，張、藍要的只是改良，他卻恨不得立馬把清廷掀個底朝天。
吳祿貞到了灤州，不但沒有勸張紹曾息事寧人，而且還鼓動他乘清軍南征，合力進攻北京。
張紹曾手下的協統之一潘渠楹此前已被袁世凱收買，袁世凱向他許諾，只要「兵諫」平息，即讓他代替張紹曾做第二十鎮統制。一聽吳、張可能要聯兵攻打北京，潘渠楹趕緊把消息透露給了袁世凱。
包括袁世凱、蔭昌在內，清廷內部的一些高層人物本來就已經對吳祿貞產生了懷疑。原因是吳祿貞自當了統制之後，在部隊人事方面與陸軍部時有齟齬，給北京的函件也常常表現得態度傲慢、盛氣凌人，但凡提一個條件，你同意還好說，若不同意，不滿之情馬上就在奏章中直接流露出來。試問，哪一個統制會這麼囂張呢？
武昌起義後，吳祿貞來京，曾向蔭昌自告奮勇要「南下平亂」，說自己是湖北人，如果讓他去湖北，一定可以過江勸諭革命軍解甲投降。
蔭昌哪敢答應。等吳祿貞一走，他就對隨員說：「吳祿貞若到前方，必靠不住，當遇機除之，以絕後患。」
蔭昌說是這麼說，但在無憑無據的情況下也不敢冒失。現在潘渠楹的告密坐實了大家的猜疑，袁世凱立即授意軍諮局發出兩道命令：一是把灤州附近鐵路上的列車全部調進北京，斷絕第二十鎮進軍北京的交通工具；二是將吳祿貞從灤州調開，命其帶兵入晉平亂。
吳祿貞何等乖覺，一收到電令就知道他與張紹曾之間的密謀已經暴露，於是一不做，二不休，建議張紹曾聯合晉軍攻打北京。
「造反」本非張紹曾所願，他在這件事上一直猶豫不決，但到此地步，也只得勉強答應下來。就在張紹曾著手準備的時候，段祺瑞已經趕到北京，並向參加「兵諫」的將領逐一發去公開或秘密的電報。在這些電報中，他以同僚和師長的身份，勸將領們以國家利益為重，停止「兵諫」，服從袁世凱。與此同時，段祺瑞還派徐樹錚等親信幕僚前往自己任職的部隊聯絡和疏導。
參加「兵諫」的將領背景和想法不一，在段祺瑞的勸說下很快就出現了分化。第三鎮代理統制盧永祥原為段祺瑞的舊部，段祺瑞一發話，他就表示聽從勸告，服從調遣。第三鎮是北洋六鎮的精銳，人數、裝備都不在第二十鎮之下，盧永祥的態度轉變對第二十鎮造成了極大震動。
第二十鎮一共有兩個協統，潘渠楹不用說，早就是袁世凱的人了；另一個協統伍祥楨見勢不妙，也不再堅持要與朝廷對著幹。其他中下級軍官不是段的舊部，就是段的門生，更是紛紛動搖。張紹曾處於被架空的狀態，就算他想「造反」都有心無力了。
螳螂捕蟬
吳祿貞並不知道第二十鎮的將領會被瓦解。自率部離開灤州後，他即將隊伍集中在石家莊，一邊派人以「招撫」的名義與晉軍指揮官聯絡，一邊向清廷謊報軍情，說他已經大獲全勝，晉軍同意投降。
清廷信以為真，隨即降旨嘉獎，任命吳祿貞為山西巡撫。在明知吳祿貞不可靠的情況下，他們的意圖很明顯，就是希望用爵位引誘吳祿貞，促使其進攻太原，並在進攻的過程中與晉軍同歸於盡。
吳祿貞拎得門兒清。他不僅假模假式地電奏謝恩，還一本正經地提到，原有巡撫關防大印尚在太原，丟沒丟不知道，為了辦事情方便，他另外又刻了木質關印一顆，拿來先用著。
實際上，吳祿貞根本不把區區山西巡撫放在眼裡，他一心要進攻的也不是太原，而是北京，這麼說只是要迷惑朝廷而已。
經過暗中聯絡，吳祿貞決定與閻錫山舉行會晤。雙方的會晤地點初定於石家莊，不料就在大家準備動身的時候，閻錫山突然又變卦了，說：「石家莊我不能去，那是吳祿貞的防地，萬一有變，那可如何是好？」
會晤地點就此由石家莊改為娘子關。吳祿貞聽說閻錫山如此膽小，不由得哈哈大笑：「昔日關雲長敢單刀赴會，何以今天的閻百川（閻錫山的字）不敢來見盟友，豈地靈人傑耶？時移勢易耶？」
吳祿貞拿關雲長來作比，是因為這位《三國演義》裡的名將也是山西人，與閻錫山是老鄉。會晤當天，閻錫山帶了大批警衛，吳祿貞則輕隨簡從，只有參謀等三人跟隨，看上去吳祿貞倒更像傳說中的關雲長。
當著閻錫山的面，吳祿貞滔滔不絕地講述了他的革命計劃，主張由他的第六鎮、張紹曾的第二十鎮、山西晉軍共同組成燕晉聯軍，分三路進攻北京。他還肯定地說，現在清軍大批南下，北京空虛，只要聯軍一抵北京城下，大業就可唾手而得。
閻錫山等人認為吳祿貞分析得很有道理，於是公推吳祿貞為燕晉聯軍總司令，閻錫山為副司令。按照計劃，三路燕晉聯軍將於11月8日同時發難，會師京城。為此，山西方面先撥了兩營兵供吳祿貞指揮，隨後又派出一旅作為後援。
如果吳祿貞的對手僅限於載灃、良弼甚至蔭昌，此時似乎早已勝券在握。可惜螳螂捕蟬，黃雀在後，他的計劃將注定要被那個更厲害的人所終結。
吳祿貞的第六鎮和第三鎮同為北洋老六鎮的骨幹，但當時第六鎮已有一協被抽調到湖北前線，吳祿貞手下只有一協，再加上不是由他直接掌握的第二十鎮，要想攻下北京，自忖還無十足把握。如今有了晉軍助力，情況就不同了，吳祿貞在行事方面也更加大膽。
這時正好有一列向湖北前線運送械彈的火車經過石家莊，吳祿貞下令予以截留。他同時給清廷發去一份電報，要求清軍撤出漢口，還說他的這一要求若不能被答應，他的部隊將「阻絕南北交通」，甚至切斷湖北前線部隊的後路。
吳祿貞以為他在山西的所為神不知鬼不覺，但實際上袁世凱和清廷都已偵悉。只是在收到這份措辭強烈，等於是在威脅和恫嚇的電報後，他們的反應不同——清廷大為恐慌，只得回電答應吳祿貞的要求，下令湖北的前敵部隊停止進攻。袁世凱則痛下決心，立即給段祺瑞發去密電，要他設法除掉吳祿貞。
袁世凱讓段祺瑞負責除掉吳祿貞，是因為段祺瑞曾為第六鎮統制，可以利用原來的舊部，然而隔了好幾年之後，第六鎮的人事狀況已有很大改變，段祺瑞對此也不清楚，當然更談不上有什麼把握。
捏著袁世凱的電報，段祺瑞頗感為難，他急忙找來徐樹錚等人商議。徐樹錚聽後，立即表示這件事可由他來操作，毫無問題。
從日本回國後，徐樹錚曾在第六鎮做過一段時間的隊官，對吳祿貞和第六鎮的現有情況比較熟悉。吳祿貞性情急躁，他一當上統制，就想把第六鎮的軍官全換成清一色的自己人。第十二協協統周符麟染上了吸食鴉片的惡習，吳祿貞便以周符麟「煙癮甚深，形同盜賊」為由，致函陸軍部，想撤掉周符麟，另以士官出身的心腹充任協統。
陸軍部收到函件後，認為僅憑吸食鴉片一條，撤職理由不夠充分，便未予批准，但吳祿貞仍下達手諭，將周符麟開缺了事。自古砸人飯碗如殺人父母，這樣一來，周符麟就與吳祿貞結下了深仇，平時喝醉酒後常常拔出腰間所佩之刀，對吳祿貞進行怒罵。
徐樹錚找來周符麟，把欲除掉吳祿貞的計劃跟對方一說，正中周符麟下懷，馬上答應組織刺殺行動，同時還提供了幾個殺手的名單。
經過再三考慮，徐樹錚決定行動以馬隊管帶馬步周為首。因為馬步周是江蘇銅山人，與蕭縣相鄰，和徐樹錚乃是小同鄉，二人關係很好，同時馬步周還是段祺瑞在保定陸軍軍官學堂的學生，有此雙重保險，可料定不致誤事。
段祺瑞聽完匯報，也覺得比較靠譜，便命令徐樹錚秘密佈置。
瞞天過海
對即將到來的危險，吳祿貞並非毫無警覺。軍諮局第三廳廳長陳其采曾奉朝廷之命，到石家莊偵察吳祿貞的行動。陳、吳系士官同期，二人私下交情也不錯，但陳其采一到石家莊，吳祿貞就對他說：「你是濤貝勒派來監視我行動的吧？」
陳其采聞言大吃一驚，急忙分辯道：「軍諮局無事可辦，老同學開府三晉（指吳祿貞遷升山西巡撫），極願追隨左右，同建立一番事業，何必多疑？」
吳祿貞只疑心外來人員，萬萬想不到會禍起蕭牆之內。1911年11月9日，預定發難的第二天，袁世凱奏明朝廷，將張紹曾調任長江宣撫使，從而削奪了他的兵權，其第二十鎮統制一職由潘渠楹升任。
見第二十鎮方面已無希望，11月10日，吳祿貞召集第六鎮中級以上軍官及晉軍代表聚餐開會。在會上，他宣佈將採取革命手段，於第二天早晨率部直趨北京，同時分發白布袖箍以為標誌，規定凡不服從者軍法從事。
為了繼續蒙蔽清廷，吳祿貞在會後還特地找陳其采談了一會兒話，之後才到一家洋行的樓房內就寢。他正要入睡，忽然有幾名部下敲門要見「吳大帥」，說是要報告公事。
吳祿貞將房門打開，卻見馬步周等人拿著手槍，氣勢洶洶地闖了進來。他情知不妙，急忙跳後窗逃命，但剛剛跳出窗口即中彈身亡，其首級也被馬步周割下，拿去向周符麟報功。
天還沒亮，段祺瑞專車前往武漢，途中經過石家莊。周符麟上車將事情經過向段祺瑞做了匯報，並請示如何處理善後。
刺殺吳祿貞的行動乃政治陰謀，是見不得光的，段祺瑞因此告訴周符麟，此案將由中央也就是朝廷處理，至於會怎麼處理還不知道，眼下最重要的是瞞天過海。
段祺瑞拿了五千元給周符麟，讓他轉交馬步周作為賞錢。馬步周被告知必須趕快離開，而且千萬不可聲張，以免留下後患。
在得知吳祿貞被刺後，朝野上下一片嘩然。清廷致電段祺瑞，讓他徹查，段祺瑞不能不程式化地傳訊了周符麟。只不過這一傳訊過程無非是演戲，只是走個過場而已，周符麟很快就被無罪釋放。
吳祿貞被刺，直接導致燕晉聯軍成為曇花一現。已歸吳指揮的晉軍以及尚忠於他的部下只得退回山西，其他人則大多四散。
最初，晉軍對到達石家莊的段祺瑞還抱有幻想。有人為閻錫山起草了一份致段祺瑞的書信，信上說當今中原名將首推段祺瑞、黎元洪，現黎已高舉義旗，段也應繼之而起，「以爭功名於史冊」。
寫信之人很有文采。他還提到，石家莊乃古代韓信滅趙興漢之地，段祺瑞完全可以效仿韓信，「張吾漢幟，而媲美於古英」。
段祺瑞哪吃這一套，他收信後即冷笑著對送信人說：「可勸伯川（閻錫山另一字）取消都督，再休胡鬧了！」
段祺瑞此舉激起了晉軍的憤怒，紛紛表示：「如能捕段，必拿他的態度做報復！」
話音剛落，清廷新派的軍隊已經殺了過來。晉軍抵敵不住，只得放棄太原，在閻錫山的率領下逃往包頭避難。如此窘境之下，自然更談不上逮捕或報復段祺瑞了。
袁世凱原先最為擔心就是北方問題，如今段祺瑞平定風波，可算是除去了他心中的一個大患。與此同時，代替蔭昌出任第一軍總統的馮國璋也在湖北前線擊敗了革命軍。
蔭昌出師不利，除了他本身缺乏指揮和實戰經驗外，「不知有朝廷，唯知有項城（袁世凱）」的北洋將領不肯賣力，以及前線部隊尚未完全集結就緒也是重要原因。隨著馮國璋南下，這些對清軍不利的因素都得到扭轉——馮國璋本人位列「北洋三傑」中的「豹」，軍事上自非浪得虛名；第一軍的幾個協統都是馮的舊部或親信，聽說馮國璋指揮他們，皆能抖擻精神，以便在老上司面前顯一顯能耐；集結在前線的清軍已達萬餘，裝備有新式的機槍和重炮，從人數到武器都佔有很大優勢。
就在段祺瑞平息北方風波期間，馮國璋也攻陷了漢口。袁世凱抓住時機，以實行君主立憲為條件，向革命黨人提出「和平了結」。
雖然他的這一倡議遭到了湖北軍政府的否決，但無論是黎元洪還是後趕到武漢指揮作戰的黃興，都表示希望袁世凱能成為「漢族之拿破侖、華盛頓」，並呼籲他「以拿破侖、華盛頓之資格，出而建拿破侖、華盛頓之事功」。
不知不覺中，袁世凱已成為時局中心人物，不但清廷倚重他，革命黨人也要拉攏他。這種左右逢源、牽一髮而動全身的地位和作用，正是袁世凱自復出以來一直希望達到的。
1911年11月13日，袁世凱在衛隊保護下入都。三天後宣佈組閣，正式就任內閣總理大臣一職。