從袁世凱的思想基礎和個人利益考慮，能夠一直維持南北均勢顯然是最好的。一方面，在經歷被迫「回籍養痾」的遭遇之後，他與清廷已沒有多少情分可言，犯不著為這些曾迫害他、以後還可能會繼續迫害他的滿洲權貴們拚死拚活地捍衛江山。
另一方面，清廷之所以拿八抬大轎請他出山，講穿了不過是被南方革命軍逼著才不得不這麼做。換句話說，一旦他真的傻乎乎地把革命軍全給「剿」滅了，很可能接著就會迎來歷代功臣都可能遇到的悲劇，即鳥盡弓藏，兔死狗烹，到時別說做內閣總理，就算再「回籍養痾」都沒機會了。
如此一來，袁世凱所能採取的立場和策略也就很容易被理解了，即他既不能把革命軍全部「剿」滅，同時又要給革命軍以一定的打擊。
對他的這些心思，段祺瑞心領神會，可是前線的馮國璋卻一直糊里糊塗。馮國璋在「北洋三傑」中有兩種比喻：一種比他為「豹」，喻其勇猛；另一種則比他為「狗」，喻其忠實。馮國璋是袁世凱一步步提拔起來的，他既是袁的部屬也是袁的門生，甚至他的婚姻也跟段祺瑞一樣，系由袁世凱撮合而成。對於袁，他自然很忠心，然而這並不妨礙他同樣「忠於清」。
頭腦裡沒有政治
每個人對事物乃至社會問題的看法，都可能和他的個人經歷有關。馮國璋代理過正黃旗蒙古副都統兼陸軍貴胄學堂總辦，陸軍貴胄學堂裡曾設立了一個王公講習班，攝政王載灃以下很多滿洲親貴都是這個講習班的學員，在此期間，他們建立了較好的感情基礎。以後載灃當國，對袁世凱及北洋系極力打壓，唯獨對馮國璋籠絡有加。
馮國璋固然不肯背叛袁世凱，為此只好採取竭力迴避的辦法——先是以墜馬受傷和原配夫人病喪為由，多次向朝廷請假。請假未准後，又來了個裝聾作啞，假癡不癲，從此「鉗口結舌，隨聲畫諾，不復言天下事矣」。
馮國璋接替蔭昌出任第一軍總統，乃出於袁世凱的奏請。袁世凱當時就對他說：「非籌備周妥，計出萬全，斷難督師進攻。」那意思已經說得很明白了，就是你慢慢走，慢慢看，不要急著打革命軍。
馮國璋對袁世凱這種挾敵自重、漁翁得利的複雜思路根本就不能領會。他只知道袁世凱復出後，兩個忠現在可以歸於一個忠，也就是忠於清了，他正好可以借此大展拳腳、建功立業。
早在離京南下之前，馮國璋就興奮地對一位部下說：「這一來，咱的黃馬褂算是穿上了，興許後人還會世襲罔替哩。」一到湖北前線，他就鉚著勁與革命軍作戰，甚至不惜縱火燒城。
看到馮國璋不能領會自己的意圖，袁世凱很是不快，他對段祺瑞說：「華甫（馮國璋的字）這個人最大的毛病就是頭腦裡沒有政治。」
為了不讓馮國璋干擾其既定方針，袁世凱決定把段祺瑞調到漢口，並讓他署理湖廣總督，兼辦剿撫事宜。
眼看著身處後方的同事突然變成了上司，自己在前線賣命卻未得陞遷，馮國璋心裡自然不會痛快。儘管如此，他還是派參謀長張聯棻代表自己北上迎接段祺瑞。
一見到張聯棻，段祺瑞就問他：「你還想做清廷的官嗎？」張聯棻是北洋陸軍學堂的畢業生，算是段祺瑞的學生。段祺瑞如此發問，讓他不明所以，只好順著對方的意思回答道：「我跟著老師走就是了。」
第二天，段祺瑞就讓自己的參謀長給馮國璋打電話，要調一協的部隊去後方維護治安。馮國璋不聽則已，一聽更加生氣：你來我這兒到底是幫忙還是添亂？不增援就罷了，居然還抽我的兵！
他一個兵也沒撥給段祺瑞。
其實段祺瑞的這個決定乃是袁世凱的主張。袁世凱調段祺瑞來漢口，為的就是要讓馮、段一個唱白臉，一個唱紅臉，抽去馮國璋的一協之兵，既可以名正言順地減弱前線攻勢，同時也能借此對馮國璋進行暗示。
在馮國璋拒絕抽兵後，袁世凱又通過朝廷發來電諭，直接命令他抽出一協給段祺瑞。
你有上策，我就有對策，牛脾氣上來的馮國璋索性和張聯棻商量了一個花招。首先，他們拍一份電報給朝廷，假裝沒有收到電諭，請求朝廷增兵前線，以用於進攻漢陽。接著，再發一封電報，說是剛剛收到電諭，尊重朝廷抽兵的安排，可是前線已經打了起來，戰事吃緊，兵力單薄，一時難以抽調。
朝廷哪裡知道裡面的隱情，收到馮國璋的請示後，便同意暫時不再抽兵。馮國璋利用這一機會，在打退革命軍對漢口的反攻後，就集中兵力進攻漢陽。
1911年11月27日下午，漢陽淪陷。因「收復」漢陽之功，馮國璋被朝廷封為「二等男爵」。當他在漢口的第一軍司令部裡奉到這一電旨時，心情異常激動，忍不住對自己的秘書說：「想不到我一個窮小子，現在封了爵啦！這實在是天恩高厚，我一定要給朝廷出力報效。」
馮國璋邊說邊流淚，等到話說完了，竟然大哭起來。
在這種亢奮情緒的支配下，馮國璋三番五次地給袁世凱發電報，說「時機萬不可失」，又說「武昌唾手可得」，要求乘戰勝餘威，盡快給他下達攻克武昌的命令。
袁世凱怎麼可能下這樣的命令，他怕就怕馮國璋真的打下武昌。
漢陽失守之後，武昌方面人心惶惶，擔任前線指揮的黃興與黎元洪等人在戰略戰術上發生嚴重分歧，一氣之下離開武昌返回了上海。這使得形勢更加危急，黎元洪手足無措，對清廷和北洋軍的態度也隨之軟了下來，甚至表示可以放棄共和，接受君主立憲。
對袁世凱而言，這正是他處心積慮想要達到的又一個利益平衡點，不過到了這一步也已經探底，不能再往前面去了。於是他急電馮國璋：「不接指示，不得輕舉妄動。」與此同時，還警告馮國璋必須嚴格約束部下，決不能向武昌發動進攻。
「奸細」
為了讓馮國璋這個榆木腦袋開竅，袁世凱除了一日連發七份電報外，又特地遣使火速趕往漢陽，繼續對馮國璋進行暗示。
第一次派來的使節自己沒有露面，只是暗中指使馮國璋的親信向馮進言。這位親信找不到其他不進攻的理由，就極言攻武昌之難，比如武昌倚長江之險，須有海軍進行協助，但此時海軍已經歸附了南方政府。
馮國璋不以為然：「我打漢陽不是也沒用著海軍嗎？不能從正面進攻，難道不可以從湘贛兩省進兵，取迂迴包圍之勢？」
親信趕緊說，迂迴包圍不是不可以，可是用兵太多，而現在後方已沒有多少可增援的部隊了。即便能調一些過來，也曠日持久，不能像漢陽那樣速戰速決。
任親信怎麼強調困難重重，馮國璋仍然一門心思沉浸在揚名建功，為清室和袁世凱同時效力上——沒有援軍，我自個兒也扛得下來；援軍來得晚，沒事，我能等！
見旁敲側擊不頂用，第二次派來的使節只好直接去見馮國璋，當面勸他應「權衡輕重，量力而行」。馮國璋不但聽不進去，還以當代文天祥、史可法自許，聲稱：「倘有不測，我當為國盡忠，以報天恩，他非所欲也。」
袁世凱第三次派遣的使節原本是去武昌的。此人名叫朱芾煌，系同盟會員，武昌起義爆發時正在日本東京，獲悉起義的消息後才即刻回國。
在當時力主與南方和談的袁府人物中，袁克定乃中堅分子。他與朱芾煌有舊，於是便派朱芾煌前去與黎元洪接洽和談。
事情辦完後，朱芾煌由武昌返回江北，不料卻被哨兵當成「奸細」給抓了起來。馮國璋聽完報告，對他的參謀長張聯棻說：「交軍法處正法得啦！」
馮國璋滿腦子都是如何跟革命軍打仗，如何直取武昌，對其他細節漠不關心。張聯棻則注意到朱芾煌手上還拿著「直隸總督袁」所填發的護照，這種護照四邊周圍印著很多龍，故稱龍票。
雖然一時難辨龍票的真偽，但張聯棻認定其中必有緣故，於是回答馮國璋：「這件事且慢來。他既然拿著袁宮保（袁世凱）發給的龍票，還是問一問的好。」
馮國璋覺得張聯棻言之有理，便親自對朱芾煌進行審問。不料朱芾煌一看到他就說：「宮保叫你班師回京。」
馮國璋感到十分突然，忙問道：「有命令嗎？」
「宮保大人叫我口頭傳達。」
見事情如此蹊蹺，馮國璋只得出面發電報給袁世凱，問朱芾煌所言是否屬實，以及請示究竟該如何辦理。
袁世凱看了電報不由暗暗叫苦。他不能明言朱芾煌所說皆實，就在回電中說：「此人不是好人，專門在外破壞我們弟兄的名譽，請你按軍法處理。」
可在電報末尾，他又加了一句看似莫名其妙的話：「克定（袁克定）不在北京，此事也可以問一問克定。」
馮國璋雖然遲鈍，人卻也不傻，一看後面這句就知道別有隱情。他依言再給尚在彰德的袁克定發報，很快就得到了袁克定的回電：「朱（朱芾煌）就是我，我就是朱，你們要是加害朱，我就到漢口與你們拚命。」
發完電報，袁克定猶恐不妥，又寫了一封親筆信給馮國璋，說：「朱君生還，如弟之脫死也。」
朱芾煌終於得以虎口逃生。通過這件事，馮國璋也總算瞭解到袁世凱暗地裡在和南方議和，其真意是「不打」，自此以後就不敢再給袁世凱頻發電報催著進軍武昌了。
手下將領們跟馮國璋原先的想法一樣，都認為武昌唾手可得，恨不得立刻過江「穿黃馬褂」。現在發現馮國璋突然不起勁了，他們不知何故，紛紛跑來司令部請戰。大家講著講著，就在司令部裡吵鬧起來，其中尤以標統張敬堯吵得最凶。
馮國璋心裡本就窩著一團無名之火，見狀不由大怒。他一把將桌案推翻，正告諸將：「如再抗違，決以軍法從事。」張敬堯等人至此才不得不有所收斂。
儘管馮國璋已沒有那麼衝動，對手下也進行了約束，可他其實並沒有真正想通，對已經形成的南北議和局面也反應冷淡，以至於當袁世凱再派代表試探他「革命軍一旦反攻過來，你將如何辦」時，他的回答居然還是「只有忠心報國，不知有他」。
袁世凱再也忍受不了了，他下令將馮國璋召回北京，任命他為禁衛軍總統官。馮國璋被調走後，湖廣總督段祺瑞同時兼任第一、第二兩軍軍統，掌握了湖北前線的全部軍事指揮權。
儒將之風
段祺瑞之所以能夠頂替馮國璋，成為袁世凱走馬換將的最適當人選，自然是因為他在和與戰、共和與君主立憲等問題的看法上與馮國璋有著很大的區別。
段祺瑞不僅缺乏「忠於清」的牢固思想基礎，在北洋系遭遇整肅的那段黑暗時期裡，還被載灃、良弼等人穿過小鞋，這導致他對滿洲親貴十分不滿。同時，他也有充分理由認為，大清江山弄到現在這種樣子，全是這些無才無德卻又嫉賢妒能的「小爺們」一手造成的。
以後袁世凱擬就了一個未發電稿，裡面有一句話切中要害，可謂是對段祺瑞等人心聲的直接反映：「三年以來，皇族之敗壞大局，罪難發數！」
有人誇說段祺瑞：「段氏本主張革新之人，自居江北，又久吸南方之空氣，所轄軍隊……無不富有革命思想。」這純粹就是事後諸葛亮的說法。從段祺瑞當時所處環境、地位及其個人性格、從小接受的教育等因素上來分析，實在找不到他已有共和思想的明確證據。至於稱段和段的軍隊「富有革命思想」，那就更是往泥菩薩臉上搽金粉了——「段氏」、「段家軍」什麼時候成革命黨人了？
應該說，段祺瑞原先對「立憲」、「共和」這些舶來品都不是很感興趣，也沒有太深研究。不過他後來逐漸發現，無論是立憲還是共和，有一點是一致的，那就是一旦施行，君權將被削盡，滿族權貴們也必須靠邊站。這是最符合他心意的，由此段祺瑞才開始對政體變革表現出一定的好感和熱情。
在馮國璋被調走之前，南北雙方在武漢已達成局部停戰協議，基本未發生過大規模的武裝衝突，但手下將領仍有躍躍欲試之心，前線士兵尋釁滋事、破壞停戰協定的情況也時有發生。
段祺瑞到任後恃其舊日聲勢，數日之間不與各將領見面。此舉莫測高深，將領們沒人敢主動跑來搞什麼請戰。與此同時，他又令徐樹錚組織執法隊，上街維持秩序。
徐樹錚自信陽整飭軍紀開始，在士兵們中就有了狠辣絕情之名。他所率領的執法隊一律佩大刀、軍棍，發現不良行為立即制止，情節嚴重的就地正法、梟首示眾。
馮國璋在進攻革命軍的過程中曾經縱火燒城，漢口許多地方都被燒成了一片瓦礫。段祺瑞為此電奏朝廷，請求撥款賑救和賠償損失，這也使得他大得人心，一時間外界都盛傳段祺瑞頗具「儒將之風」。
一俟穩住局面，段祺瑞即考慮如何同南方進行談判。袁世凱、段祺瑞最希望的談判對象是黎元洪，畢竟曾在北洋一個炕頭上吃過飯，比較容易打交道。此前袁世凱派往湖北的朱芾煌找的就是黎元洪。當時朱芾煌帶去了汪精衛致黎元洪的信件，內容是約定南北聯合，逼迫清室退位，而後舉袁世凱為總統。黎元洪對此已表示同意。
可是自漢陽失守，黃興以及追隨者返回上海後，武漢「首義之區」的地位和影響力下降，上海轉而成為革命黨人的活動中心，和談地點也由武漢移往上海，事情要解決起來就沒有那麼容易了。
1911年12月18日，南北談判代表團在上海正式展開和談，結果談判一開始，雙方就產生了重大的原則性分歧：北方代表堅持立憲，南方代表主張共和。
北方代表秉承的是袁世凱之意。其實袁世凱並不是真的想立憲，共和對他來說更好，當然前提是必須讓他當總統。問題是現在談判對像變了，原先答應讓他當總統的黎元洪已經插不上手，能夠插上手的是上海方面，而上海方面卻從沒有做出過類似的承諾。
設想一下，萬一他袁世凱頂著清廷的壓力，同意改建共和了，可自己卻當不上總統，那豈不是白忙一場，成了為他人作嫁衣裳？
袁世凱精明過人，在感到時機尚不成熟的情況下，他不得不一再告誡北方代表：「只有維持君憲到底，不知有他。」
談判陷入僵局。作為武漢前線的北方最高指揮官，段祺瑞的態度成了社會關注的焦點。為此，各方面的勢力紛至沓來，有的要摸清他的思想傾向，有的要對他進行遊說。不管是接待哪方面的代表，段祺瑞翻來覆去總是一句話：「國家大事應由民眾來決定，我等軍人，將尊重民眾的意見。」
在拿模稜兩可的套話敷衍外界的同時，段祺瑞也在積極尋求破局之法。這時，他得到了帳下另一名幕僚靳雲鵬的鼎力相助。
第一策
還在袁世凱小站練兵的時候，靳雲鵬便加入了新軍，不久他被挑到炮隊隨營學堂當學生。段祺瑞當時擔任炮隊統領，兼任隨營學堂監督，所以二人有師生關係。
炮隊學堂最重數學，段祺瑞不僅自己教數學，還從海關請了一個人專門教授微積分。靳雲鵬雖然天分不高，但非常刻苦用功，數學也學得不錯，因此受到段祺瑞的重視，遂將其選為學長（相當於班長）。
就在學堂臨近畢業時，炮隊出了一個排長的缺，靳雲鵬以為自己一定可以調充排長，不料卻沒有被選上。氣急之下他抓了狂，結果被迫回家休養了一年多。靳雲鵬原有斜眼之症，人稱「靳瞎子」，自此以後，大家又送了他一個新的綽號：「靳瘋子」。
「靳瘋子」畢業後，被段祺瑞推薦至雲南的第十九鎮新軍中擔任總參議。隨著武昌起義爆發，蔡鍔等人在昆明發動起義，靳雲鵬化裝成轎夫逃回了北方。此時恰逢段祺瑞署理湖廣總督，聽說靳雲鵬北返，他的第一反應是「靳能生還，不禁狂喜」，對靳雲鵬很是欣賞和信任，這樣靳雲鵬也就順勢投奔了段祺瑞。
靳雲鵬新投段府，急於為幕主效力。在公開談判陷於僵局的情況下，他提出不如與上海的革命黨人進行秘密談判，以摸清對方真正的籌碼和底線。
徐樹錚等其他幕僚聽了靳雲鵬之策後，也表示贊成。段祺瑞於是按計而行，以廖宇春等人為密使，派遣他們前往上海接洽。
在上海，雙方經過一番討價還價，最終達成五項協議。代表段祺瑞的廖宇春同意確立共和政體，上海方面則承諾「先推覆清政府者為大總統」。1911年12月24日，廖宇春返回漢口，向段祺瑞報告了這一情況。
對達成密約，段祺瑞高興之餘又不無擔心。高興的是，以實力而論，「先推覆清政府者」可以肯定為袁世凱莫屬；擔心的是，袁世凱是否肯答應還是個未知數，畢竟他在公開場合曾一再聲稱要堅持立憲。
見段祺瑞有此擔心，廖宇春自告奮勇，表示願意再辛苦一趟，北上一探究竟。
得到段祺瑞的同意後，廖宇春隨即動身出發。他首先找的是袁克定，袁克定倒很坦白，他告訴廖宇春，關於共和之舉，袁世凱「心中已以為然，特口不能言耳」。也就是說袁世凱對共和並不排斥，只是限於身份，嘴上不能這麼講罷了。
接著廖宇春又去暗訪其他在朝的北洋將領，但這回卻遇到了障礙——馮國璋等人都不能接受南方關於共和的要求，主張繼續開戰。
還沒有問到袁世凱本人就碰了壁，廖宇春不免有些沮喪。他向靳雲鵬建議：「此事除由第一軍主動，斷難收效。」
靳雲鵬迅速在第一軍內部展開活動。有段祺瑞在背後支持，他四處聯絡，很快就有了滿意的結果，前後總計有二百多名將校贊成共和。
在第一軍內部取得一致已經沒有太大問題了。當然這還遠遠不夠，接著靳雲鵬又擬定了實現共和的三策，其中第一策是：運動親貴，由內廷降旨，自行宣佈共和。
為實現第一策，繼廖宇春之後，靳雲鵬親自入京拜見袁世凱。提及共和，袁世凱既未肯定也沒否定，而是問段祺瑞的態度如何。靳雲鵬回答：「第一軍全體一致，主張共和，並議推舉宮保（袁世凱）為臨時大總統。」
袁世凱挺能演戲，他一聽之後馬上裝出吃驚的表情，對靳雲鵬說：「軍心怎麼一下就變到如此地步？」
裝完了，袁世凱羞羞答答地給靳雲鵬做了交代：「汝曹握兵權者，亦復如此，我尚何言？但使我得有面目與世人相見足矣。」
靳雲鵬明白了，敢情袁世凱既要當婊子，還想立牌坊。換句話說，只要段祺瑞能夠做得乾淨漂亮，不讓他留下篡權之名，完全可以放手去做，他也會予以積極配合。
在與袁世凱取得默契的基礎上，段祺瑞致電內閣、軍諮府、陸軍部，稱其所部已經有一個標與革命軍有瓜葛，而且這種情況其他鎮也都有，「共和思想，近來將領頗有勃勃不可遏之勢」。
外面段祺瑞造出聲勢，裡面袁世凱就可以出來說話了。1912年1月16日，他與內閣大臣聯銜向朝廷上了一道密折，建議盡快對南方提出的共和方案進行討論。
根據袁世凱的建議，隆裕太后隨後召集宗室王公御前會議。在連續幾天的密集會議中，主張退位以保全皇室的觀點雖有，卻並不佔上風，逐漸佔據上風的反而是宗室王公中的強硬派，這就是鐵良、良弼等人所組成的宗社黨。他們力主與革命軍決一死戰，關於共和的討論也在他們的堅決反對下擱置了。
看來無論段祺瑞的正面恫嚇，還是袁世凱的幕後助力，都無法使不識相的親貴們做出完全意義上的讓步。1912年1月25日，靳雲鵬密電段祺瑞：「內廷降旨，已為親貴所阻，全歸無效，請速謀第二策。」
真是豈有此理
靳雲鵬的第二策是：由各軍隊聯名通電，要求內廷宣佈共和。
接到密電，段祺瑞當即復電：「第一策失敗，本在意中。」他要在京的靳雲鵬趕緊查明北洋各軍將領的姓名及駐軍地點，以便聯名電奏。與此同時，他又致電內閣，借手下各將領之口，說將領們在聽到親貴們阻撓共和後，「多憤憤不平」。出現這一局面，讓他很是為難，「壓制則立即暴動，敷衍亦必全潰」。
最「憤憤不平」的當然不是各將領，而是段祺瑞自己。段祺瑞如此著急上火，是因為孫中山此時已在南京就任臨時大總統，但孫中山同時也表示，如果袁世凱能傾覆清廷，仍願讓位於袁。
在收到段祺瑞電報後的第二天，內閣即以袁世凱、王士珍、馮國璋、徐世昌四人聯名復電，勸告段祺瑞「服從命令，軍人大道……切勿輕舉妄動」。四個人裡面，除了袁世凱屬於裝腔作勢、掩人耳目外，其他人的保皇意圖都很明顯。
段祺瑞對此不屑一顧。1月26日，他聯合四十六名北洋將領，由他親自領銜，向北京發出了主張共和，奏請清帝遜位的通電。電文系徐樹錚手筆，洋洋近千言，其主旨是撇開已成立的南京臨時政府，讓清廷將政權直接移交給袁世凱。
段祺瑞的電文一到京城，廖宇春馬上印刷萬張，加上各大報紙的刊行號外，在城內廣為傳佈。時任禁衛軍總統官的馮國璋也收到了這份通電，他一邊翻著電報，一邊臉上露出了很不以為然的表情。
看完電報，馮國璋轉過臉來很生氣地對隨員說：「芝泉（段祺瑞的字）怎麼會發出這樣的電報？這個電報是不是有人捏造，還是他的本意，我一定要問一下。」
這時段祺瑞已回保定，而電報是由漢口發出的，所以馮國璋懷疑電報可能是有人假借了段祺瑞的名義。為此，他打算在發電報質問段祺瑞為什麼要發逼宮電的同時，自己再發一個通電，問一問列銜在逼宮電中的其他人是不是真的和段的意見完全一致。
身邊的隨員們知道事關重大魯莽不得，趕緊上前勸解道：「這個可以不必問了，誰還敢假冒他（段祺瑞）的名字呢？！好在這個通電裡並沒有列咱們的名字。」
馮國璋聽了略一遲疑，才沒有立即幹出這種愣頭愣腦的天真舉動。
馮國璋的反應早在段祺瑞意料之中，根據他的安排，靳雲鵬專門造訪馮宅，替段祺瑞疏通。馮國璋當天戴著小帽，歪著短短的小辮，穿著便衣，嘴裡叼著雪茄，就在客廳裡接待了訪客。針對通電一事，他質問靳雲鵬：「這是哪個壞蛋出的餿主意？」
靳雲鵬順勢解釋說，通電是在段祺瑞離開漢口的情況下，由他們發出的，請馮國璋原諒。
雖然靳雲鵬刻意強調拍發逼宮電時段祺瑞不在現場，但卻並沒有迴避電報來自段授意這一點。馮國璋終於明白此事乃段祺瑞蓄意而為，頓時怒火中燒，拍著桌子大聲斥責道：「當統帥的人，怎麼能夠私離駐地？他（指段祺瑞）不在，你們就敢發出這樣的電報，真是豈有此理！」
接著他又狠狠地罵了靳雲鵬一通，聲色俱厲。靳雲鵬窘得面紅耳赤，幾乎無地自容。經旁人解勸，靳雲鵬才得以脫身而去。
靳雲鵬走後，馮國璋尚餘怒未息，又重複了一句：「真是豈有此理！」
既然段祺瑞已來打了招呼，多年故交，總不至於為此翻臉。馮國璋隨後又冷靜下來，說：「好啦！我也不再追究，不再回電了，我要是回電的話，就沒有好的。」
和馮國璋一樣，清廷開始也以為逼宮電是偽造的，經內閣電詢段祺瑞，沒有得到回電，這才知道對方是動了真格的。
事到如今，大家都把袁世凱當成了最後的救命稻草，即只要袁世凱表明態度，事情還有挽救的可能。因馮國璋忠於清室，並且身兼「君主立憲會」會長一職，於是就由他帶著包括副會長在內的幾名親貴前去拜見袁世凱，請求袁支持君主立憲。
袁世凱對他們說：「我和你們大家的意思是一樣的，可是有實際困難也不能不和大家說，現在最要緊的是軍餉沒有著落，還有宣佈獨立的地方太多了，我們的軍隊顧此失彼，實在是不敷分佈。所以，我現在正和革命黨力爭。」
聽了袁世凱這幾句不得要領，同時又無懈可擊的場面官話，馮國璋等人啞口無言，只得垂頭喪氣地退了出來。
一造共和
段府有一位叫邢寶齋的老人，是在段祺瑞父親手裡當過差的，年紀大了以後便留在段府幹點輕省活，吃碗現成飯，比如出門買點笤帚、簸箕什麼的。
邢寶齋常常跟人提起段祺瑞小時候的事。那時候段祺瑞的父親在軍隊裡當管帶，段祺瑞也跟在父親身邊，邢寶齋一天到晚都能看到他。不過當時邢寶齋眼中的小段祺瑞可實在不怎麼樣——一天到晚淌著清水鼻涕，真是要多邋遢有多邋遢。
邢寶齋看著很窩火，就對小段說：「你這叫什麼少爺呀？一點也不愛乾淨！」
教訓過之後，小段依舊不改。邢寶齋氣極了，忍不住爆出粗口：「你這個屌樣！」
誰也不會料到，這個邋遢孩子長大後會做到這麼大的官，更想不到他還能幹出逼皇帝退位這樣驚世駭俗的事。之後，當邢寶齋又嘮叨段祺瑞小時候如何不起眼時，有人就會變得不耐煩起來：「你不是看不上他嗎？他如今驚天動地，而你如今還得上街買笤帚。」
老頭頓時被堵得無話可說，只好結結巴巴地說：「咱也不知道他有這麼一天哪！早知如此，也對他好點兒啊！」
對於大多數人來說，即便想到驚天動地的事，也未必有能力或者敢於去做。有時段府廚房開出來的菜儘是蘿蔔，吃的人會抱怨：「怎麼大師傅盡給我們蘿蔔吃呀？」馬上有人用手指著裡面段祺瑞他們吃飯的地方：「你想吃好的，到那一桌吃去！」
旁邊又有一人接著搭茬：「他呀，他沒有這個能耐！」說著，用手一比畫：「人家三句話推倒了清家皇上。你，成嗎？」
段祺瑞的逼宮電洋洋灑灑，到段府家人嘴裡，就被歸納成了言簡意賅的三句話：兵力單薄，糧草缺乏，清家皇上你快退位吧！
三句話讓一個大清朝交待了，誰能做得到？只有段祺瑞！段府上下一提到這一點，無不心服口服。
其實，段祺瑞在遞出「三句話」前後的思想是比較複雜的：一方面，他所理解的共和，和孫中山、黃興等革命黨人的概念未必一致；另一方面，他之所以如此不遺餘力地主張共和，也絕不僅僅只是因為摸清了袁世凱的意圖，要對其一味效忠。說到底，在那個歷史階段，但凡像段祺瑞這樣具有政治頭腦和前瞻性的政治人物，都能看清當時的歷史趨勢，即共和必然取代專制。
段祺瑞的「三句話」一出，猶如給清廷下了一道催命符。京城親貴們人人為之震恐，就連良弼也發出哀歎：「現在除共和外無別路。」
就在清廷收到逼宮通電的當天，革命黨人對良弼發起刺殺行動並取得成功，這位反對共和最賣力的親貴被炸彈炸成重傷，兩天後斃命。至此，親貴們不但是怕，而且是要逃了，他們紛紛前往天津、青島、大連等地避難，不能走的只能拉下臉來央求袁世凱派兵保護。
在這種內外夾攻的情勢下，隆裕太后接連召開兩次御前會議，並且在第二次御前會議上決定讓清帝遜位。消息傳到馮府，馮國璋頗有哀其不幸、怒其不爭之慨，他用感歎的口吻對隨員們說：「唉！皇族甘願退讓，我們今兒還給誰打？這樣一來，大清國的江山就算完啦！」
雖然隆裕太后已做了遜位的決定，但在包括恭親王溥偉在內的幾個近支王公的堅持下，清室還想盡量拖延時日，以待變化。
在段祺瑞的逼宮通電發出一個星期後，清帝退位的詔書仍未正式下發。為免夜長夢多，段祺瑞下決心採用靳雲鵬的第三策，即使用武力，脅迫內廷宣佈共和。1912年2月5日，他聯合第一軍八名協統以上的將領發出代奏電，指出共和國體已成時代潮流所向，可是現在卻因為「二三王公迭次阻撓」而無法順利實施，結果導致了「恩旨不頒，萬民受困」的局面。
對逆勢而動的王室親貴，袁世凱同樣既不屑又痛恨，他暗暗寫下了「陷九廟兩宮於危險之地，此皆二三王公之咎也」的字句，只是以他所處地位，還不能公開這樣說出來。段祺瑞則無此顧慮，他在電報中將「二三王公」認定為「敗類」，並聲稱自己將率第一軍全體將士入京，與之「剖陳利害」。
電報發出之後，段祺瑞真的將自己的司令部由湖北孝感回遷至保定，做出了要率兵入京的姿態。
2月6日，袁世凱召集王公大臣，把代奏電交給他們傳閱。看完這份明對「二三王公」，實對清室的兵諫式通電，人人都相顧失色，噤不敢言。只有恭親王溥偉憤然罵道：「本爵因朝廷願讓政權，已署名認可，何竟指為敗類？祺瑞此電，逼迫太甚！」
雖然他這話聽上去還算有點勇氣，實際也是色厲內荏，已無半點招架之功。溥偉尚且如此，其他人更不敢再對清帝遜位說三道四了。於是會上就擬定了贊成共和的長電。
看到清廷已支持不住，段祺瑞趁熱打鐵，於2月9日參與直隸總督張鎮芳領銜的電報，要求「宣佈共和」。10日，他又在信陽發出電奏，「力催解決」。
除了硬的一手外，袁世凱、段祺瑞還有軟的一手，這就是南北代表所共同商定的「清帝退位優待條件」。儘管王公親貴們對拱手讓出江山和特權仍心有不甘，但他們更怕段祺瑞帶兵入京，導致最後連優待條件都得不到。2月11日，隆裕太后承認優待條件，第二天便以「宣統皇帝」的名義頒退位詔。
共和之局至此大功告成。毫無疑問，段祺瑞在其中起到了相當重要的作用，尤其他所領銜的前後兩份主張共和的電報更為許多人稱道，「一造共和」的讚譽也由此而生。
捨我其誰
以袁世凱為首的北洋系和革命黨人雖然合力推翻清廷，建立了共和，但自合作初期開始，相互之間就不是完全信任。清帝退位後，為了對袁世凱進行約束和限制，孫中山在實踐諾言辭去臨時大總統職務的同時，又提出了附加條件，要求臨時政府定都南京，以及新總統必須到南京就職。
袁世凱也不是一盞省油的燈。他暗中指使第三鎮統制曹錕在北京製造兵變，對來京接他南下的使團進行恐嚇，從而迫使孫中山不得不放棄這一附加條件。
3月10日，袁世凱在北京宣誓就任臨時大總統，隨後開始組閣。既然在定都上已經佔盡便宜，他在組閣問題上就不能不做出一些讓步，內閣中相對不太重要的一些部的總長職務，都讓給了同盟會。
只有那些真正掌握實權的部，袁世凱仍緊抓不放，尤其是陸軍部。兵權重要，大家都知道，所以對於陸軍總長一職，南北雙方都極力爭取。南方推薦黃興擔任此職，袁世凱堅決反對，而他反對的理由就是黃興還不夠資格。
雖然辛亥革命帶來了改朝換代、時勢造英雄的機會，可是「國體雖非清社稷，朝綱仍是漢官儀」，在袁世凱主政時期，仍然特別強調資格。這種所謂的資格，又主要側重於前清官階，因為袁世凱自己在前清就已經出將入相，位極人臣，像他這樣資格的人本來不多，就算有一兩個資格較老的遺老，由於缺乏軍事實力和政治資本，也難以成為他假想中的政敵。
以前清官階作為資格，袁世凱便給同盟會以及其他新晉官僚設置了一道很高的門檻，黃興等人就這樣被「卡」掉了。
袁世凱的「資格論」倒不是只用於對付政敵。事實上，他對自己的嫡系人馬用的也是同一標準：一般文武官僚即便什麼錯都沒犯，也得按部就班地進行陞遷，要想平步登天是不太容易的。這麼做的用意，就是為了在部屬的腦子裡奠定根深蒂固的「舊屬」意識，以鞏固和提高他「袁宮保」作為老上司的威望。
以資格來衡量，段祺瑞雖然在辛亥一役中表現突出、功勳卓著，但要當陸軍總長，還得排在王士珍後面——王士珍為前任陸軍大臣，段祺瑞此前則從未進入過內閣。
王士珍也是「北洋三傑」之一。「三傑」有許多相似之處，他們都是武備生，同時充任新軍要職，又都是在袁世凱的栽培下才得以迅速發跡。不同之處則是三人的性格和處事方式各異，王士珍為人大度雍容，深沉內斂，不孜孜於名利，經常扮演臥龍先生的角色，故被時人稱為「龍」。
相對於「段虎」的鋒芒畢露，「馮豹」的木訥迂鈍，「王龍」的低調和淡然顯然更讓袁世凱放心。
問題是，「王龍」在政治態度上與「段虎」截然相反，卻與「馮豹」完全一致。王士珍也是一個保皇派，在段祺瑞發出逼宮通電後，他曾致電責備段祺瑞，稱皇恩浩蕩，作為清廷高官不應發那樣大逆不道的電報。
清帝退位之後，王士珍便向袁世凱遞交了辭呈，雖然袁世凱對他百般挽留並退回了辭呈，但王士珍執意不肯再留於京中。
王士珍一走，袁世凱只能屬意段祺瑞，調他來北京就任北洋政府第一任陸軍總長。
作為軍人出身的軍界要人，段祺瑞絕非一介武夫。實際上他在辛亥革命中所展示出來的也不是用兵打仗的才能，而是過人的組織能力以及在權力場上咄咄逼人、捨我其誰的氣勢。
一到北京，段祺瑞就打算提拔自己的首席幕僚徐樹錚為陸軍次長，但由於在內閣通不過，只得改提南方的蔣作賓。不過在蔣作賓到任前，他卻搶先薦任徐樹錚為陸軍部總務廳廳長，同時還任命了其他五位司長。
蔣作賓當然對此不滿，段祺瑞則毫不相讓，他強調總長有權委任廳長、司長，蔣作賓這個次長無權插手過問。
親信中的親信
總務廳廳長的權限本身也可大可小，全憑跟主管長官的關係而定——如果與長官的關係不深，便只能辦理一些文書、庶務之類的事務性工作；而如果是長官的親信，其權限就可無所不包，整個陸軍部的工作都可以被「總」在裡面。
徐樹錚是段祺瑞親信中的親信。眾所周知，段祺瑞起來得快乃是袁世凱一手提拔的結果，而段祺瑞提拔徐樹錚也跟袁世凱提拔他自己一樣，並且有過之無不及。
段祺瑞進京後，不但北京軍政界的要人經常要來段公館問候起居，就是由外省進京的官員也免不了要到段公館稟見、稟辭、稟謝。按照段公館的規矩，每天晚上都要在號簿上登記這些賓客的名字、官銜，有時還要把對方的住址、電話也一併記下來。在這本號簿中，「小徐」屬於當之無愧的頭面人物。
「小徐」是段家人背後對徐樹錚的稱呼。段公館來賓，無論官職大小，一般都要預約和通稟。只有小徐是個例外，他是隨來隨見，用不著號房代他通稟便可徑直闖入，而且闖入的還是內客廳——段祺瑞會見其他賓客都是在外客廳！
新來段公館的家人往往會覺得奇怪，為什麼老段對小徐這麼信任呢？時間一長，他們也就慢慢明白了。首先是小徐對老段的確忠心耿耿，一心護主。其次，小徐是真有學問和本事。他具有驚人的記憶力，所有政府有關部門和負責人的電話從不用查問，全都可以清清楚楚地記在腦子裡，絲毫不差。如果有某個問題需要找有關部門聯繫，他會立刻親自打電話去問。
除此之外，徐樹錚竟然還能做到五官並用：辦公的時候可以會客；會客的時候，可以一隻手批公文，另一隻手拿著話筒跟別人通話……
清末時，有人說張之洞有這種五官並用的本事，而在北洋時代，似乎只有徐樹錚能夠做到這一點。
徐樹錚雖然暫時沒能當到次長，卻勝似次長。因為段祺瑞對他太信任了，徐樹錚可以在段祺瑞面前說一不二，段祺瑞從不駁回，反過來，段祺瑞吩咐下來的事，他卻可以不照辦。
徐樹錚的說一不二，並不是那種表面的驕橫跋扈。事實上，別人找他辦事時，他一般都是滿面春風、彬彬有禮，從不當面讓人下不了台，但客氣歸客氣，辦起事情來仍然沒有一絲一毫的通融餘地。
曾經發生過這麼一件事：有個姓李的軍官被軍隊撤職了，窮得沒有飯吃，他寫信給段祺瑞，請求段祺瑞給他個差使幹幹。段祺瑞看他說得可憐，便答應給安排個職位。
文件批交徐樹錚辦理，但徐樹錚簽呈後又打了回來，打回來的文件上只有簡單一句話：「查該員無大用處，批駁，驗過。」段祺瑞看後沒說什麼，於是李軍官重新謀職的事就只好拉倒了。
如果是面談，為了照顧來人的面子，徐樹錚一般不會一口回絕，而總是說：「這可要向老總（段祺瑞）請示。」只要他這麼一說，對方就只能絕望了，因為知道事情肯定辦不成。
陸軍部的實質狀況是，大大小小的事基本都是由徐樹錚一人說了算，不僅有職無權的蔣作賓做不了主，就連身為總長的段祺瑞本人說的都不一定算數。可也正是在徐樹錚的輔助下，陸軍部的日常運作保持了較高的效率，而段祺瑞則可以騰出手來，集中精力思考和主持一些大事。
段祺瑞履職時，國內軍制比較混亂，北方軍隊沿用的是前清舊制，比如部隊編制中有鎮、協、標、營、隊。段祺瑞仿照南方革命軍的體制，相應改稱師、旅、團、營、連，軍官官階也從原來的都統、參領、軍校分別改稱將、校、尉。此外，地方軍政長官一律改稱都督，並設都督府。
袁世凱看到段祺瑞辦事有主張有魄力，且善於體察自己的心思，對段祺瑞也更加信任。有關軍事方面的重大措施，像各省裁軍、改革軍事官制、決定各省軍民分治等，幾乎都要先與段祺瑞商量，然後再做決定。
身為袁世凱的老部下兼政治盟友，段祺瑞對袁世凱同樣忠心耿耿，政治策略上始終緊隨其後。時任國務總理的唐紹儀與袁世凱產生了矛盾，段祺瑞便站到袁世凱一邊，與唐紹儀對抗。
唐反對總統壟斷一切大權，段就反對劃清總統府與國務院的權限，主張凡事都要由大總統親自決定；唐堅持內閣集體負責，段就否認國務院為有機組織，強調各部應奉行「獨立主義」，各行其是；唐欲與同盟會合作共事，讓接近革命黨人的王芝祥當直隸都督，段就策動直隸各路的北洋軍隊集體發通電，反對王芝祥督直。
在袁世凱、段祺瑞的夾擊之下，唐紹儀度日如年，不得不辭職走人。
當然這種緊隨有時也是有壓力和風險的，最典型的便是張振武被害事件。張振武是武昌首義元勳之一，他很瞧不起黎元洪，從黎元洪被推上台起，就「既推重又加以賤侮，甚至抽刀拍案，嘲弄辱罵」。
北洋政府成立後，黎元洪被選為副總統兼領鄂督。這時全國各地因為欠餉和裁軍，不斷有嘩變事件發生。湖北為辛亥革命首義之區，鄂人喜動惡靜，武昌起義中的部分有功官兵也恃功而驕，甚難節制。在湖北發生的一次兵變中，據說黎元洪就查到主謀人是張振武和湖北將校團團長方維，而且張振武還曾公開宣稱：「鄂政不良，我等當再度革命。」
1912年8月15日，袁世凱、黎元洪合謀，以「蠱惑軍士」、「倡謀不軌」的罪名，逮捕殺害了張振武。在殺張的執刑命令上，段祺瑞以陸軍總長的身份簽字副署，使之生效，因此對此案負有直接責任。
張振武被害事件發生後，輿論為之大嘩，認為張案的辦理不符合法治精神。參議院立即向政府提出質問案，要求大總統袁世凱、副總統黎元洪給予答覆。
袁世凱見勢不好，趕緊將皮球踢給黎元洪，而黎元洪為了逃避責任，又趕緊發長電委託段祺瑞到參議院登台答辯。
開始坐不住了
建立共和，並不意味著民主法制精神也相應而立。當時國內影響力最大的日報——同盟會機關報《民立報》便指出：「共和國家全賴法治，唯法律乃能生殺人，命令不能生殺人。」
張案的最大問題和漏洞，恰恰在於決定「生殺人」的不是司法官，而是大總統、副總統。參議院的質問案也將重點集中於此，聲明：「不僅為振武一人言也，為民國前途起見耳。」
8月23日，段祺瑞在參議院為張案的處理進行辯護，其辯護理由主要包括：張振武的罪狀「實有礙難宣佈之處」；行刑前已「集合高等軍官討論數次」；張案涉及國家安全，只能執行「臨時辦法」。
這樣的答辯不能讓參議員們感到滿意。在他們的連番追問下，段祺瑞理屈詞窮，不得不承認手續「有錯誤，祺瑞身當其咎」。
參議院最初以同盟會佔優勢，在擁護袁世凱的共和黨成立後，同盟會的優勢才逐漸轉為劣勢。接下來，唐紹儀內閣的垮台更使同盟會失去了在政府的立足點。為了改變這一狀況，8月25日，同盟會與一些小黨合併，組成了以同盟會為主體的國民黨，國民黨成為民初人數最多、勢力最大的一個政黨。
在當時的參議院內，基本處於國民黨和共和黨兩大政黨對立的局面。8月28日，部分國民黨籍參議員提出彈劾國務總理、陸軍總長案，認為「副署之國務員段祺瑞輔佐乖謬」，要求按「臨時約法」將其免職，「以彰國法，而固國本」。該彈劾案一經提出，共和黨就與國民黨發生了激烈衝突，參議院議長幾乎無法維持秩序。最後由於難以形成統一意見，張案遂不了了之，段祺瑞才得以免遭彈劾和免職。
儘管參議院在張案上頗有虎頭蛇尾之嫌，但能夠讓陸軍總長在參議院接受質詢，以及差一點彈劾成功，都在一定程度上顯示出了民初民主法制的進步。
類似事件讓國民黨看到了自己的能量和潛力。國民黨中心人物宋教仁更是熱切希望通過組織責任內閣來架空袁世凱，奪回革命黨人失去的權力。事情也似乎正朝這個方向發展，1912年年底到1913年年初，全國舉行第一次國會選舉，國民黨在大選中獲得勝利。在參眾兩院共870個議席中，國民黨一家就獲得392席，而包括共和黨在內的其他三個政黨總共才獲得223席。
隨著國民黨在參眾兩院俱佔多數，本來對國會並不是十分在意的袁世凱開始坐不住了，特別是宋教仁所力倡的責任內閣更令他寢食難安。
責任內閣與唐紹儀內閣、趙秉鈞內閣不同，它是由國會中佔多數席位的政黨組成的。從選舉結果來看，也就是內閣成員將主要由國民黨員組成，到時段祺瑞等袁氏嫡系人馬別說掌握不了重要部門，多半連內閣都進不了。
趁宋教仁在京養病期間，袁世凱派親信、時任國務總理趙秉鈞多次前去慰問，並帶去他的意思，即可以答應讓宋教仁擔任下一屆國務總理，但條件是必須放棄責任內閣制。
當著趙秉鈞的面，宋教仁表示國民黨及他個人都願意以在野的地位，幫助袁世凱把國家的事辦好。宋教仁的這種表態，讓袁世凱很滿意。
身體痊癒後，宋教仁準備離京南下，袁世凱又通過趙秉鈞「壯其行色」，贈送給宋教仁一張可以隨意支取現金的交通銀行存折，宋教仁也毫不推辭地收下了。
在袁世凱、趙秉鈞看來，送存折就是重金賄賂，宋教仁如果拒絕，事情就又懸了，但宋教仁既慨然受之，便說明已沒有任何問題。
讓他們沒有想到的是，宋教仁到南方後即到處發表演說，聲稱國民黨必爭政權，同時照舊抨擊袁世凱，甚至設計了一個在正式總統選舉時讓黎元洪取代袁世凱的大膽計劃。
袁世凱派人一路尾隨宋教仁，早將這一切都報往北京。袁世凱大半輩子都精似鬼，臨到頭來卻喝了別人的洗腳水，不由又急又氣，多次詰問趙秉鈞：「你說宋教仁擁護中央，何反覆乃爾？」
趙秉鈞窘迫萬狀，無言以對。他忍不住向親近的一名議員訴苦道：「老弟，你說叫我怎麼辦？怎麼向項城（袁世凱是河南項城人，故也稱袁項城）交代？」
毀宋酬勳
袁、趙都低估了宋教仁的雄心和政治抱負。無論是在野的承諾，還是收受重金，宋教仁都不過是給他們玩了一招障眼法而已。
當然，政治場本身就是權力場，袁世凱在與唐紹儀等人的權力爭奪中其實也耍了許多陰謀。歸根到底，只要這種權力鬥爭被限制在民主法制所允許的範圍之內，便無太多可指責之處。
宋教仁正是在規則裡面玩遊戲的高手，他在南方力倡「爭內閣不爭總統」的理念，並儼然以多數黨候補內閣總理自許。這使袁世凱感受到了強烈的危機感，他時刻擔心大權旁落，曾對自己的高級幕僚說：「我現在不怕國民黨以暴力奪取政權，就怕他們以合法手段奪取政權，把我擺在無權無勇的位置上。」
眼看國會召開在即，形勢之緊迫，大大超出了袁世凱及其派系人馬的預料。1913年3月20日晚，宋教仁被刺殺於上海北火車站。一般人都認為，宋案系袁世凱、趙秉鈞共同密謀，但也有資料稱袁世凱並非主謀，宋案乃趙秉鈞等人「毀宋酬勳」的獨斷行為。
宋教仁被刺，為袁世凱在政治上除去了一個大敵，與此同時，袁世凱還初步解決了北京政府所面臨的財政危機問題。
最早出現財政危機的其實是南京臨時政府。就在南北還處於戰時狀態時，有一次安徽都督派專使去見孫中山，要求馬上接濟部分軍餉。孫中山批了二十萬元，但手下人查了一下金庫，卻發現僅有十元存洋。
為了這個惱人的「孔方兄」，孫中山、黃興傷透腦筋。當時每天到南京陸軍部索餉的人員不下數十撥，時任陸軍總長的黃興被弄得寢食俱廢，甚至急吐了血。
在袁世凱當選臨時大總統後剛剛一星期，尚在執行職務的南京政府就提出需銀七百萬兩，其中二百萬兩為急需。袁世凱也不是財神爺，他能想到的辦法就是找外國借款。
袁世凱的法子，南京政府同樣想過做過。孫中山在回國前後就多次借款，但外國銀行家們多精明，南京政府能存在幾天他們都不知道，又怎麼肯把錢借給你？在那段日子裡，孫中山每天都盼望能得到外國銀行的復電，可是一直等到他辭去臨時大總統職務，也沒有見到錢的影子。
袁世凱出手借就不一樣了。這時南北已走到一起，且北京政府就實力和信用而言，更符合外國銀行家心目中「能負責任的中國政府」的形象。在此情況下，美英德法四國銀行團便接受袁世凱的要求，付銀二百萬兩給南京政府作為軍政費用。
除了結束南京政府、遣散南方民軍外，北京政府需要用錢的地方還有很多，其中比較大宗的就有整頓在京政府機構、償付承接自清政府的外債和賠款、履行對遜清皇室的優待條件等。這使北京政府的財政困難程度很快就接近了當初的南京政府，而解決困難最方便最快捷的途徑只有繼續向外國銀行借貸。
4月26日夜至27日凌晨，袁世凱以國務總理趙秉鈞等人為全權代表，與英法德日俄五國銀行團談判簽署了「善後借款合同」，這就是歷史上的「善後大借款」。
據說著名學者辜鴻銘曾應邀在這次借款談判中擔任翻譯。他說了一句名言：「所謂的銀行家，就是晴天千方百計把傘借給你，雨天又凶巴巴地把傘收回去的那種人。」
辜鴻銘的話很形象地說明了借款合同的苛刻程度。根據合同規定，中國必須以鹽稅、海關稅以及直隸、山東、河南、江蘇四省所指定的中央政府稅項作為擔保，這還不包括其他一些有損國家主權的附加條件。
借款合同簽署於第一屆國會開幕後不久。依照國會組織法，政府所有法律、財政、國務院同意等案，都須得到參眾兩院的一致同意，像「善後大借款」這樣重大且涉及國家主權的決策更不能例外，但國會卻是事後才得知。
宋案和借款案引起了南方革命黨人的極大憤怒。兩案發生之前，孫中山、黃興曾先後北上與袁世凱商討國是，對袁俱有好評。二人還不約而同地做出過樂觀估計，認為民國若能由袁世凱執政若干年，必可躋身於強國之列。袁世凱對孫、黃亦不乏好感，與人交談時，曾稱孫中山坦白、黃興憨直，言下頗有相互提攜之意。
兩案一起，南北領袖之間這種一度尚算融洽的關係便告完全破裂，雙方皆視對方為眼中釘、肉中刺，必欲拔之而後快。孫中山首先力主對袁世凱進行武力討伐，袁世凱也被激起了怒火，他發出「傳語國民黨人」的長電，聲稱：「現在看透孫、黃除搗亂外無本領。左又是搗亂，右又是搗亂。我受四萬萬人民托付之重，不能以四萬萬人民之財產生命聽人搗亂。」
多一個字也別想
在「看透孫、黃」這一點上，段祺瑞與袁世凱基本步調一致。他也認為國民黨人不聽約束，「左又是搗亂，右又是搗亂」。別的不說，當初揪住張案不放，對他又是質詢又是彈劾的，不正是國民黨籍議員們的所為嗎？
議員無兵無勇，相對而言還容易對付，令段祺瑞深感威脅的還是那幾個國民黨籍都督。早在1913年年初，江西都督、國民黨人李烈鈞就未經陸軍部批准，將採購到的一批槍械彈藥由上海運往江西。段祺瑞聞訊密令九江駐軍將槍械予以扣留，隨後通知李烈鈞：「此項彈藥已分給各水師軍艦。」
李烈鈞通電表示抗議，聲明購買這批槍械是南京臨時政府曾經批准的，只是最近剛剛從上海起運而已。
對李烈鈞的通電聲明和要求發還槍械的要求，段祺瑞不予理睬，他在相應文件中批示道：「今日李督，通告天下，謂部扣留軍械，是李不受善，莫可救藥。」
雖然段祺瑞態度強硬，但鑒於李烈鈞「多方佈置」，「志極堅定」，袁世凱不得不做出讓步，指示段祺瑞將扣留的槍械發還給他。
這一事件毫無疑問刺激了段祺瑞。事後，河南都督張鎮芳寫信給他，對共和政體下的民主表示不滿，並建議對國民黨人用兵。段祺瑞讀信如遇知音，他隨即在覆信中吐露了自己的心聲：「至於黨派競爭，不顧大局，非武力鎮懾不可，自當密為籌備。」
在準備用武力進行鎮懾，以防止孫、黃「搗亂」上，袁世凱、段祺瑞可謂一拍即合。袁世凱在長電中也說：「自信政治軍事經驗、外交信用不下於人……彼等（指孫、黃）若敢另行組織政府，我即敢舉兵征伐之。」
1913年4月30日，袁世凱在總統府內召開秘密軍事會議，段祺瑞出席會議，並參與部署軍事，其中包括「多購軍火，增置募兵」和「分佈軍隊辦法」等項。
第二天，由於趙秉鈞涉嫌宋案而被迫辭職，袁世凱命令段祺瑞以陸軍總長代理國務總理。這一任命被外界解讀為袁不惜用武力對付國民黨的信號，國內政治氣氛瞬間就有了火藥味，段內閣也因此被稱為「戰時內閣」。
5月5日，就參議院對借款案提出的質問案，段祺瑞以代總理身份到部接受質詢。當天，他身著陸軍上將軍服，挎著軍刀，昂首挺胸，目不斜視地走進了參議院會場。在國務院席入座後，依舊雙手握著刀柄，其神情彷彿不是來回答質詢，而是來主持軍事會議的。
議員當然也沒有這麼好嚇唬。除了親袁議員默不作聲外，國民黨籍議員都對段祺瑞群起而攻之。他們根據「臨時約法」發出嚴厲質問：政府為什麼不先咨請國會討論，就在借款合同上簽字？這是非法簽字，應判定借款合同無效！
議員們越說越氣，開始控制不住情緒。有人跳到凳子上大罵袁世凱破壞約法，欺凌國會，有人拍案高喊打倒袁世凱的口號，甚至還有人向段祺瑞摔擲墨盒。
不管議員們問什麼，罵什麼，或者摔什麼，段祺瑞始終神色自若，傲然不動，一副不屑一顧的樣子。
輪到他發言了，他走上講台，對議員們質問的一大堆問題一個都沒有正面作答，只是簡單地說了一句：「木已成舟，毋庸再議！現將借款案送交國會確認。」再質問，還是那句話，多一個字也別想。
參議院的質詢就這麼草草結束了。眾議院緊接著也提出了質問案，但段祺瑞的出場和答覆方式與在參議院一般無二。
這是段祺瑞自張振武案後第二次接受質詢，可以看出他的態度有了明顯變化，對議員們的輕慢和蔑視盡在不言中。
當然，袁世凱、段祺瑞也不是真的就敢不把國會放在眼裡。自發現國民黨在國會佔據優勢後，他們就採取措施「收復失地」，其中包括組織小黨群，以及將共和黨、民主黨進行合併，組成足以與國民黨相對抗的進步黨。
小黨林立，不僅分散了國民黨的勢力，而且相當一部分小黨都得到了袁世凱的支持和資助，說白了就是袁家黨。比如有一個新共和黨，黨費主要由袁世凱撥付，所以在小黨之中最為闊綽。這個黨別無黨綱，唯知擁袁到底，其活動甚至比親袁的進步黨更加賣力，以至於進步黨有時也被弄得啼笑皆非。
質詢會期間，進步黨和親袁小黨的議員們明知政府理虧，卻還跑到休息室進行疏通，要求國民黨議員滿足段祺瑞的要求，對借款合同予以追認。
國民黨議員雖然對段祺瑞輕視國會的態度感到不滿，但當場也不能拿他怎樣。質詢會結束後，國民黨本部召集兩院的本黨議員商量，認為借款合同既已簽字，使用國會否決權也來不及了，同時如果使用國會否決權，勢必還要對責任人進行彈劾。彈劾案一起，親袁議員勢必不會善罷甘休，在其現有力量已極大增強的情況下，到時彈劾不了不說，所掀起的政海波瀾還將無止無休。商量下來，國民黨決定對借款案不做硬性決議。
在國民黨方面立場鬆動之後，借款案很快得到眾議院的追認。參議院對借款案進行了自由投票，最後也以過半數通過。
逼上梁山
借款案的通過大長了袁派人馬的氣勢。1913年5月6日，袁世凱下達一道命令，表示要「除暴安良」，矛頭直指國民黨。段祺瑞更是毫不掩飾，堅決主張在緊急狀態下對南方用兵。自出任代總理以後，除國務會議外，他幾乎從不到國務院，每天只在陸軍部的辦公室裡處理軍務。
在一次國務會議上，國務院秘書長張國淦曾表示「專靠武力，總不能根本解決」，並提出應就政治解決南方問題進行討論。還沒等他說完，段祺瑞就板起面孔，很不耐煩地說：「軍事非你文人所知，不應干預！」
國民黨方面，雖然孫中山一再主張「速興問罪之師」，但由於裁軍後南方兵力不足、國民黨籍都督們意見不統一等原因而未能及時發動。趁此機會，袁世凱、段祺瑞加快了對國民黨勢力進行掃蕩的步伐。6月間，袁世凱以反對借款、不服中央為名，先後下令免去李烈鈞贛督、胡漢民粵督、柏文蔚皖督之職。
國民黨被「逼上梁山」，終於不得不舉起反旗。7月上旬，孫中山在上海召開國民黨會議，決定興師討袁。7月12日，李烈鈞奉命由上海轉回江西，在湖口宣佈起義，組織討袁軍。自江西獨立後，江蘇、安徽、廣東、福建、湖南、四川、上海等地也先後響應獨立，「二次革命」由此而起。
袁世凱聞報立即發佈「討伐令」。段祺瑞身為陸軍總長兼代理總理，或派兵，或直接指揮「清剿」，鞍前馬後，忙得不亦樂乎。
在北京政府已做好充分準備的情況下，國民黨的討袁之役一上來就出現極度被動的局面。不到兩個月，獨立各省全都一敗塗地，國民黨在南方的地盤盡失，孫中山、黃興也作為「亂黨」頭目遭到通緝，被迫流亡海外。
打敗國民黨之後，袁世凱還面臨著一個難題，那就是如何在10月舉行的正式總統選舉中獲勝。
按照大總統選舉法，有資格參加選舉的議員須有三分之二出席投票，而獲勝者得票數應達到四分之三。當時國會中的國民黨籍議員至少有三百五六十人，這可都是一些堅決不買袁世凱賬的主。
選舉法規定，一輪投票達不到法定數，還可以再投第二輪。兩輪投票都無人當選的，以第二輪投票中得票數最多的前兩名進行第三輪決選，過半數者獲勝。
第一輪投票就當選，連袁世凱自己都沒有把握，他只能寄望於第二輪和第三輪，但一輪投票約需四個小時，三輪共需十二小時，一天是辦不了的，至少得兩天或三天。遇到這種延會的情況，國民黨人就很可能會以不出席進行抵制，從而使得選舉一再延期。
面對這些坐而論道的國民黨人，袁世凱及其幕僚必然會有一種有力也無處使的感覺——「亂黨」可以直接「剿滅」或通緝，國會議員卻有國家法律作為後盾和保障，輕易觸碰不得，從這個角度上來說，手無寸鐵的議員其實也並不比國民黨都督們更好對付。
選舉延期，不僅意味著夜長夢多，也會讓袁世凱的臉面受損，影響他在社會上的聲譽和權威，這是無論如何都要避免的，袁派為此絞盡了腦汁。
逼選
作為新生事物，民初的選舉制產生了不少滑稽可笑的奇聞逸事。當時中央政府無人口冊籍清冊可查，就採用自下而上造報的方法選舉議員。按照這個辦法，選民愈多，產生的議員就愈多。
浙江太平縣（今溫嶺市）在選舉時，覺得人數不夠，有人就腦洞大開，提議由選舉工作人員回去把自家的宗譜翻出來照抄。這樣一來，那些死去的人也同活人一樣成了選民，結果太平縣的選民之多在全國各縣中躍居第一，其議員數竟和雲貴兩省之和相等。
袁派人馬用太平縣式的思維對選舉進行研究，最後終於想出了「逼選」的辦法。
1913年10月6日，國會在眾議院會場舉行選舉。國民黨議員在京者全部出席，進步黨人及各小黨派也踴躍參加。他們的目的和出發點各不相同，前者大多是想反袁，後者大多是想擁袁。
當天統計到會選舉人超過了應出席者的三分之二，但在第一輪投票結果公佈後，不出所料，袁世凱所得票數僅僅過半，距法定票額相差太遠。
此時已近中午，吃飯休息時間到了，可是議員們卻發現會場已被軍警裝扮成的「公民團」重重包圍，所有人許進不許出。議員偶跨大門即遭呵斥，逼令退回。
議員們這下慘了。煙癮大的沒法出去抽煙，在會場內被憋得眼淚直流。湮沒得抽倒也罷了，肚子總不能餓著吧，可是又不讓出去吃飯。進步黨本部聞訊送來兩擔麵包點心，「公民」不許他們入門，經解釋是親袁議員所用，才准予放行。國民黨本部依例而行，但「公民」一聽說是國民黨的，不僅不放行，還破口大罵，說：「餓死也是活該！」
第二輪投票，袁世凱的票數雖然多了些，但還是不到法定票數。這樣就得進入第三輪投票，即從得票數較多的袁世凱和黎元洪二人中二選一。
第二輪計票時已經薄暮，可是會場外仍被包圍著，顯見得是「不交考卷就不許出考場」的架勢，於是只好馬上進行決選。在這次投票中，十之八九都挨餓的國民黨議員基本都選了黎元洪——本來他們也不想選黎元洪，可若選袁世凱以外的其他人的話，就要按廢票論，而廢票是不起作用的。
限制被選人之後，票數相對集中。統計第三輪計票結果，袁世凱得票數總算過半。主持選舉會的主席大聲宣佈，袁世凱當選為中華民國第一屆大總統。宣佈時，台下掌聲稀稀拉拉，原因是國民黨議員不肯鼓掌，進步黨和其他小黨的議員疲極無力，也不願意鼓掌。
雖然如願當了總統，但袁世凱並不高興，認為國民黨讓他下不來台，而進步黨又太無能，尤其是在不得不進入決選時，居然讓他和黎元洪並列，實在是貶低了他的身價。
所有這些抱怨最後都會被歸結到對共和制度的不滿上來。10月10日是武昌起義後的第二個「雙十節」，袁世凱在太和殿舉行大總統就職典禮。典禮的第一個程序是讀誓詞，誓詞為：「余誓以至誠執行大總統之職務，謹誓。」
有人離袁世凱的座位非常近，側耳靜聽，袁世凱先高聲讀了一個字「余」，繼而讀「誓以至誠」，聲音卻微弱到了幾乎聽不到的程度，接著再讀「執行大總統之職務」，調門恢復至洪亮有力。到了「謹誓」，重又變得低沉起來。
言為心聲，不誠無物，袁世凱讀誓詞時聲音的忽高忽低，似乎也在一定程度上反映出，他真正感興趣的其實只是「執行大總統之職務」以及由此所享受到的權力。
下午，為慶祝總統就職，袁世凱下令北洋軍舉行閱兵儀式。已卸去代總理職務的段祺瑞以陸軍總長身份擔任閱兵總指揮。在袁世凱閱兵的時候，他始終陪同其後，亦步亦趨。
因幫助袁世凱鎮壓「二次革命」有「功」，段祺瑞被封一等勳位，此次擔任閱兵總指揮，更標誌著他的聲望和政治優勢全面超越「北洋三傑」中的王士珍、馮國璋，真正成為北洋系中排名僅次於袁世凱的第二號人物。
有評論說，這時的段祺瑞已被袁世凱倚為「干城肱股」。在袁世凱正式就職總統初期，這樣的說法並不為過，當時凡袁世凱碰到有關大局之事或難以處理的問題，一般都會安排段祺瑞親自出馬。
「二次革命」後，袁世凱最不放心的人，已不再是流亡海外的孫中山、黃興，而變成了湖北的黎元洪。黎元洪為人處事一向唯唯諾諾，對袁世凱也從沒有表現出什麼「不臣之心」，但湖北地處要衝，戰略位置顯要，黎元洪身上又有著「開國元勳」的光環，一旦有了異志，登高一呼，其後果實難預測。
這個可能性不是完全沒有，「二次革命」初起時，黎元洪就曾通電勸告國民黨息兵，並有「元洪誓以鐵血擔保共和」之語。雖然立場仍是站在北京政府一方，可與袁世凱、段祺瑞堅決予以武力鎮壓的態度畢竟還是有所不同，這也導致有些國民黨人對黎元洪尚存好感。
再退一步說，就算黎元洪本人能夠一直安分下去，也難保別人不借他的聲望來反袁。總統選舉就是一個最好的例子，之後到副總統選舉，黎元洪一次投票即當選，全場一致鼓掌，掌聲比袁世凱當選那天晚上不知響亮了多少倍。明眼人都能看出，這是國民黨人的功勞，而國民黨人這樣做，目的無非是要給袁世凱難堪。
經過一番暗中運作，袁世凱決定以迎黎北上的辦法來解決這個問題，這一辦法也得到了黎元洪的配合——自武昌起義後，黎元洪雖然位高名顯，但一直受部下挾制，所以也有急於脫離湖北的願望和想法。
黎元洪是湖北地方可以利用的一塊金字招牌，倘若迎黎北上的消息被提前洩露給當地軍政界，就很難輕易脫身，同時黎元洪一旦離開，湖北也必然會出現人心動盪的情況。這都是讓袁世凱感到棘手的地方，為確保萬無一失，他決定派段祺瑞到南方進行具體操作。
裂痕
1913年12月8日，段祺瑞南下武漢拜訪黎元洪，之後宣佈北歸，黎元洪過江送行。到火車站後，段祺瑞下車，黎元洪則留在車上並就此乘車北上。
整個計劃天衣無縫，而且事先被高度保密，僅段、黎及一兩個高級幕僚知道實情。
送走黎元洪，段祺瑞即奉命暫代黎元洪的湖北都督一職。早在辛亥革命時，他就署理過湖廣總督，現在以中央大員身份兼任地方，自然沒人敢說不行。
按照黎元洪臨走前留下的計劃，段祺瑞對湖北軍事進行了整理。由於行動周密，準備充分，一切程序都進行得非常順利，因黎元洪北上而在短時間內掀起的波瀾也迅速歸於平靜。
不到兩個月，已穩住湖北局面的段祺瑞又被袁世凱調回北京，用以對付另一個大患——白朗起義軍。
白朗起義是北洋時代規模最大的農民起義，同時也是中國歷史上最後一次農民起義。起義軍自在河南揭竿而起後，以「打富濟貧」為口號，應者雲集，聲勢浩大。其影響之廣，連南方的國民黨都對此引起重視，「二次革命」期間，黃興就曾寫信給起義領導人白朗，要求配合討袁。
中國古代的農民戰爭雖然也可以稱之為革命，但起義領導人的政治訴求基本都局限於「風水輪流轉，明年到我家」，而且起義本身對社會經濟具有極強的破壞性。據記載，白朗軍在佔領洮州後，城中所有房屋大半被付之一炬，葬身火海者不計其數。老百姓在爭相出逃的過程中互相踐踏，各城門「積屍高至數尺」。白朗軍也因此被稱為「狼匪」，領導者白朗更被稱為「白狼」，可見其在時人眼中，行為幾與土匪無異。
北洋政府成立後，袁世凱調動軍隊對白朗軍進行過多方「追剿」，但白朗軍不但未被消滅，反而日益壯大，三年間經略中原，征戰千里，破城四十餘座，奪關隘無數，引得朝野上下一片驚恐。
負責「追剿」白朗軍的主將是河南都督張鎮芳。張鎮芳在清末考中過解元（即舉人第一名），讀書應試是一把好手，唯不知兵，用袁世凱的話來評價，乃「一介書生」。在他的指揮下，許多參加「追剿」的北洋正規軍都受到了很大損失，甚至還有全軍覆滅的。
由於張鎮芳「剿」辦不力，袁世凱決定免去他的職務，由段祺瑞兼任河南都督，全權指揮對白朗軍的「圍剿」。
1914年2月，段祺瑞趕到河南信陽，召開鄂豫皖三省剿辦會議，並在會上制定了「不在急擊使散，要在合圍聚殲」的作戰方略。
白朗軍和歷來的農民起義軍一樣，都具有作戰靈活機動的特點，一旦散開，官軍根本就抓不住。馮玉祥也參加過對白朗軍的「圍剿」，他回憶那時經常從上司那裡接到十萬火急的電報，一會兒說白朗軍到了這裡，一會兒又說到了那裡，弄得他疲於奔命，乃至於都不知道對方是「打哪裡竄走的」。
段祺瑞取「合圍聚殲」之策，是吸收了曾國藩「剿滅」太平天國的經驗。同時，陸軍總長的身份，也使得他在調兵遣將上運用裕如——陸軍部前後共抽調了北洋正規軍和三省地方軍數萬人，已足以形成合圍之勢。
由於袁世凱擔心陸軍總長一直在外，反而會讓各國駐華公使對白朗軍更加重視，從而影響他及北洋政府的聲譽，所以在段祺瑞尚未完成「圍剿」目標之時，就將他調回北京。雖然段祺瑞沒能親手消滅白朗軍，但他所主導的各省「會剿」還是把白朗軍逼入了不歸路。幾個月後，白朗中彈身亡，白朗起義也以失敗告終。
就在段祺瑞不辭辛勞，替袁世凱鞍前馬後東征西討的時候，二人之間的裂痕卻在不斷擴大。
袁、段的矛盾不是一朝一夕形成的。「二次革命」前，按照制度設定，國家軍事大權本應由陸軍部和參謀部分掌。可參謀部只是個毫無實權的空殼，以至於袁世凱想讓黃興當參謀總長黃興都不願幹，最後只得由當時尚在武漢的黎元洪遙領。參謀部的具體事務由參謀次長負責，實際發揮不了什麼作用，更談不上對陸軍部進行牽制。
袁世凱為此在總統府設立了軍事處，規定軍機要務須由陸軍部、參謀部提出處理方案，呈請總統批示執行，具體怎麼執行，由軍事處研議。
就像民初的國會和政黨政治一樣，制度聽上去都不錯，但實際運作往往又是另外一回事。軍事處原處長李書城是同盟會會員，毫無權力，甚至於連文件都看不到，到任不久就氣得掛冠而去。李書城一走，日常事務便由副處長傅良佐完全負責。
傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不會對陸軍部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把軍事處放在眼裡，有時對袁世凱交代要辦的事都愛理不理。
由於缺少制約，軍事大權中的相當一部分尤其是軍官的任免，一直被陸軍部所掌握。對軍官的進退，段祺瑞往往不請示袁世凱就直接下達命令，在他所提拔的軍官中，又有很多是門生舊部。段祺瑞與這些軍官函電往來，廣泛聯繫，外人看來，從中央到地方已隱然形成一個派系，其勢頭猶如當年袁世凱與北洋系。
後來段祺瑞所謂的皖系當時實際並未形成，但袁世凱還是感到非常不安，他對段祺瑞的猜忌也開始一步步加深。