袁世凱臨死前說出了「約法」二字，雖然沒來得及講清楚到底是「臨時約法」還是「民三約法」，但從其後他對「金匱石屋」的認同上來看，所指系「民三約法」無疑。
所謂「石屋」是一座以雲南白石築成的小房子，建於中南海萬字廊內，「金匱」則是一隻外面鍍了金的保險箱。「民三約法」規定，總統候選人只能由現任總統推薦，其名冊就藏於「石屋」的「金匱」之中。
「金匱石屋」的鑰匙共有三把，由大總統、參政院院長、國務卿分掌，三把鑰匙中至少有兩把配合，才能開門啟匱。平時如果不是用於選舉，或得到大總統特許，誰也看不到那本神秘的名冊。自然，作為大總統的袁世凱本人是個例外，他只要想看隨時能夠取出來看。
袁世凱一死，眾人遵囑打開「金匱石屋」，拿出了名冊。關於名冊上的名單，據說袁世凱曾做過多次改動，最後一次是把袁克定給劃掉了。這說明在帝制撤銷後，袁世凱的腦子並不糊塗，他知道在眾叛親離的情況下，若仍把袁克定作為繼承人，不但不可能得到大家的擁護，反而還可能害了兒子的性命。
老袁一輩子說了很多謊話，但他臨終前把大總統印交給徐世昌，並且說要讓黎元洪做總統，看來是真話——名冊上寫著三個人的名字，分別是黎元洪、徐世昌、段祺瑞，黎元洪居於第一。
就這樣辦吧
即便沒有名冊，身為副總統的黎元洪在繼任總統方面，也具有一定的優勢。除了「臨時約法」和「民三約法」所提供的法律依據外，由於黎元洪被認為是一個與南方有一定關係的人，所以他還得到了南方的擁戴和支持。早在護國軍要求袁世凱退位時，「以黎代袁」的主張在南方就頗盛行。
徐世昌、段祺瑞等人隨後在中南海春耦齋內開會，討論究竟由誰出任總統。徐世昌明確表示：「最好是請黎副總統出來。現在南方獨立，收拾時局是一件極其艱難的工作，黎副總統的聲望有助於推動南北統一等問題，他做總統比較合適。」
段祺瑞起先默不作聲，思考了幾分鐘後才說：「既然相國這樣說，就這樣辦吧！」
徐世昌、段祺瑞也是袁世凱指定的「法定」候選人，他們退出競爭，是因為各有各的顧慮。徐世昌資格最老，但他不是軍人，和雖是軍人出身，手中卻無一兵一卒的黎元洪境遇相仿，而且南北支持他的人都不多，因此在競爭力方面，他尚不及得到南方支持的黎元洪。
三人之中，競爭力最強的其實是段祺瑞。袁世凱死後，軍權自然而然地落到了段祺瑞手中，而且他的學生、同僚和舊部遍佈軍政界——令段祺瑞自己都感到得意的是，當時全國的督軍、師、旅長，半數以上皆為其門生故吏。
在重建共和方面，三個候選人應該說都無可挑剔，但段祺瑞更為引人注目：作為清廷大吏，毅然發出共和通電，「一造共和」；作為袁世凱的得力干將，敢於抵制袁世凱復辟帝制，「二造共和」。
無論自身擁有的實力還是社會輿論的接受程度，段祺瑞要擠掉黎元洪都是完全有可能的，他也不是真的不想繼承老袁的衣缽，猶豫的那幾分鐘已足以說明問題。
可是作為一個經驗豐富、務實老練的政治家，光有獲得權力的慾望還不行，他還得考慮到現實的可操作性。
正如徐世昌所言，南北統一是新一屆政府即將面臨的一個棘手問題。南方的護國軍已多次表態擁護黎元洪繼任總統，並且將此視為阻止北洋系繼續獨霸中央政權的一個重要舉措。換句話說，只要新總統不是黎元洪，他的日子就不會好過。
自「庚子事變」以後，凡中國的執政者要主持政局，無一不希望取得國際社會對其執政地位的認可。各國從其在華利益出發，都希望中國政局能夠保持穩定，而保持穩定的最佳途徑無疑就是按照法律程序，由副總統繼任總統，這樣可以減少許多紛爭，猶如是中國古代的「嫡長子繼承製」。即便日本也不例外，其政府也在竭力勸說南北勢力支持黎元洪。
1916年6月6日下午1點，各國駐京公使一致表態歡迎黎元洪繼任大總統，並聲明將給予黎「道義上的支持」。
面對國內外的壓力，段祺瑞不得不做出妥協，在公開場合一再表示支持黎元洪。早在袁世凱病重在床、命在旦夕之際，就派曾毓雋奔赴南京，與馮國璋商量「袁死黎繼」的事。馮國璋認為黎元洪本為副總統，繼任總統順理成章，非其莫屬，很快就復電贊成。
馮國璋雖是北方政要，但他在護國運動中較為接近南方，相對而言，工作要好做一些，別人就未必了。實際上，大多數北洋軍人都反對南方人出任總統，而黎元洪就包括在所謂的南方人之中。與此同時，打算攀龍附鳳、擁段登基者也不在少數，一些人甚至主張在袁世凱還沒死的時候就動手，通過「一切由內閣代攝」的方式，讓段祺瑞搶班奪權，只是因為段祺瑞本人「力持不可」，才勉強作罷。
袁世凱去世當天晚上，北京城內的空氣陡然緊張起來。一批在京的北洋將領湧入國務院總理辦公室，提出要舉徐世昌或段祺瑞為總統，並堅決反對北洋系以外的人當總統。黎元洪在家中也不斷得到報告，說城外北洋軍正在調動，行蹤殊為可疑。
黎元洪非常不安，特地把自己的湖北同鄉張國淦找來商量。張國淦安慰他說：「段總理已經表了態，我看不會出什麼亂子。」
在黎元洪的要求下，張國淦打電話到總理辦公室，接電話的是段祺瑞的副官，對方稱段祺瑞太忙，沒有工夫聽電話。
黎元洪愈加焦躁，又催促張國淦赴國務院和段祺瑞當面交談，還說：「你快去告訴他們，我不要做總統，我不要做，這樣總可以了吧！」
張國淦驅車趕到國務院的時候已是午夜，國務院卻是燈火通明，尤其總理辦公室更是擠得水洩不通，裡面全是身穿軍裝的高級軍官。段祺瑞身著陸軍上將服裝，站在軍官們中間正忙得氣喘吁吁。
得知張國淦的來意，段祺瑞面色異常冷峻地說：「他（黎元洪）擔心什麼？我姓段的主張姓黎的幹，我說了就不改變。不管有什麼天大的事情，我姓段的可以一力承擔，與姓黎的不相干。」
張國淦走後，段祺瑞繼續向軍官們曉以利害，終於成功地說服了他們，化解了這場令黎元洪為之心驚肉跳的風波。
可以這樣說，黎元洪的總統其實就是被段祺瑞一手「提拔」起來的，如果段祺瑞不支持，黎元洪根本登不上總統的寶座。
硬的碰到了更硬的
「讓出」總統，段祺瑞決定踏踏實實地當總理。當然，他要當的總理可不是袁世凱時代的虛位總理，而是責任內閣制下的實權總理。
自民國初建以來，責任內閣制的行政主導體制便在「臨時約法」中得到確認，但在袁世凱當政時期，內閣並不居於主導地位。想當年，宋教仁為實現這一政治理想捨命奔走，直到臨死都未能如願，現在卻要依靠段祺瑞來完成了。
如同支持黎元洪繼任總統一樣，各國對段祺瑞組閣均表現出樂觀其成的態度。他們對中國各派政治軍事力量及其頭面人物的情況進行了分析，認為南方各派尚成不了氣候，只有段祺瑞能暫時控制住中央政權，並鞏固和擴大各國在華利益及影響。
國內方面，首先涉及北方的幾個政界大佬，其中黎元洪已經做了總統，但他在北方的聲望無法與段祺瑞相提並論，他就算是為了保住總統寶座，也得依賴於段祺瑞。
另外兩位：徐世昌在北方的聲望高於段祺瑞，可是實力不濟，同時又無法融洽與南方的關係；馮國璋的實力倒不錯，也是北洋系中唯一一個能與段祺瑞匹敵的角色，然而政治影響力和號召力也不及段，並且他身居長江下游的南京，做個地方實力派首領固無問題，要爭奪中央政權就鞭長莫及了。
此時的中國雖然尚未形成歷史上又一個南北朝，但南北兩派勢力已經涇渭分明：長江以北，基本上是北洋系的天下；長江以南則存在著多種政治軍事力量及其頭面人物，除了以馮國璋為首的北洋地方實力派外，還包括西南地方實力派、以梁啟超為首的進步黨人、以孫中山為首的國民黨人，等等。
總的來說，南方各黨各派都肯定了段祺瑞在「二造共和」中的表現，同時認為他是解決時局危機的核心人物。護國運動的發起者、梁啟超的學生蔡鍔早在袁世凱取消帝制時，就提出了「總理攝政」的主張，後來又曾通電表示：「時事多艱，非芝老（段祺瑞）莫勝此任。」
段祺瑞當政後，所做的第一件大事就是統一南北。在他發出相應號召後，陝西、四川、廣東在三天內就取消了獨立，接著雲南、廣西也電告各方，表示支持段祺瑞組閣。
但是，南方各黨各派支持段祺瑞也是有條件的，主要包括廢除「民三約法」、迅速恢復「臨時約法」和重開國會、懲治帝制禍首十三人等。
段祺瑞嘗到過被國會當眾質問以及議案無法通過的苦頭，他的本意是繼續「民三約法」，以避免國會重開後自己受到掣肘。南方各黨各派識破後，立即群起圍攻，近一個月的新舊約法之爭由此而起，段祺瑞新內閣的組成亦不得不一再推遲。
面對南方巨大的反對聲浪，段祺瑞被迫做出讓步，表示政府對恢復「臨時約法」一開始就沒有歧見，目前需要的只是研究如何恢復的問題。
這是段祺瑞用來拖延的一個政治花招，如果不靈，他還準備了硬的一手，即以辭職相威脅。
不料硬的碰到了更硬的。1916年6月25日，駐滬海軍突然宣佈獨立並加入了護國軍。
在二次革命和護國戰爭中，袁世凱曾用海軍運兵南下，對獨立各省進行鎮壓和威脅。現在海軍加入護國軍，反過來對北洋政府形成了嚴重威脅——在擁有制海權和海上運兵工具之後，護國軍橫可進入長江，縱可到達津沽，甚至直接開入北洋政府的核心區域。
段祺瑞頓感事態嚴重，經過反覆考慮，他決定接受南方關於約法和國會的要求。6月29日，經段祺瑞等人副署，黎元洪公佈申令，宣佈遵行「臨時約法」。同一天，黎元洪又宣佈依據「臨時約法」，於兩天後重開國會。
新舊約法之爭至此告一段落，段祺瑞組閣的障礙也隨之解除。黎元洪重新任命段祺瑞為國務總理，並由段祺瑞出面組織新內閣。
除了恢復「臨時約法」、重開國會外，南方提出的主要條件只剩下「懲治帝制禍首十三人」一條。「帝制禍首十三人」包括楊度、梁士詒、張鎮芳、段芝貴等，多為袁世凱政府或幕府成員，段祺瑞與他們的私人關係較為密切，段祺瑞雖然反對他們在帝制時期的做法，但又對這些人在袁世凱失勢後未對故主反戈一擊表示肯定。
段祺瑞認為「十三人」都可以赦免，他不能饒恕的是陳宧。陳宧在帝制活動中出力不小，不過這並不是段祺瑞反感陳宧的原因，他所深惡痛絕的恰恰是陳宧宣佈獨立的舉動。
倒不是說陳宧不能改變原先的政治立場反對帝制，但在段祺瑞看來，作為袁世凱座下第一寵幸之人，陳宧在公開場合反對帝制可以，卻不能因為個人利益得失而忘恩負義，在私情上背叛袁世凱，乃至於給故主的心臟插上致命一刀。
北洋叛徒
段祺瑞幼年就讀私塾，十七歲時因祖父、父親相繼去世，家道中落，被迫離鄉投軍。塾師見他欠下學費、膳費，便扣下了他的一塊舊端硯和一張書桌作為補償。
後來塾師窮困潦倒，聽說段祺瑞在北京發跡，便想去北京投奔段祺瑞。塾師也害怕這位過去的學生不認自己，甚至當面對他進行羞辱或報復，只是實在窮得沒法子，才硬著頭皮，抱著段祺瑞的那塊端硯來到了北京。
不料段祺瑞一見塾師非常高興，不僅仍像小時候那樣恭恭敬敬地尊稱對方為老師，還向老師問師母健康。塾師一邊回答，一邊從包裹裡慢慢地取出那方端硯，囁嚅著說：「你從前那方硯台保存在我家，現送來還你。」話說完，臉上已紅得發紫。
段祺瑞看到端硯更加喜出望外，連聲說：「好極了！好極了！這一方端硯是我家祖傳之物，老師為我保存至今，幸未失去，我很感激！」
段祺瑞馬上請老師將行李搬到他家，以後一日三餐，慇勤備至。塾師見段府來來往往的都是貴客要人，自己只是個鄉下塾師，不好再開口跟段祺瑞要事情做，於是過了幾天便告辭回鄉了。
等塾師回到家，原先家裡的幾間破房早已修葺一新，不用說，這當然是段祺瑞為他的老師修的。
段祺瑞待師如此，對昔日的同學好友也是這樣。他最早讀私塾的時候，私塾裡有二十多個學生，那時段祺瑞任軍中要職的祖父還在，但他從不在同學面前擺官少爺的架子，因此和同學們相處得很好。
在所有同學中，與段祺瑞交情最好的是申孟達，二人情同兄弟，往來甚密。後來父親調防，段祺瑞隨父遷徙，他們才漸漸斷了音信。
許多年過去，申孟達在報紙上看到北京有一個大官叫段祺瑞，便疑心是當年的同窗好友。起初申孟達還不太敢去北京，怕有冒認官親之罪，也有人勸他說，就算真是那個段祺瑞，那樣的大人物，還能認你這樣的小民嗎？
就在申孟達遲疑不決之時，他的外甥來看他。外甥是個學生，頗有見識，認為不妨到京城一試，縱然認錯了人也不該有什麼罪，並且自願陪同舅舅赴京。
申孟達被說動了，當下便整理行裝，在其長子及外甥的陪同下前往北京。在北京附近的一家小客棧裡入住後，申孟達抱著試試看的想法，給段祺瑞寄了一封信。
讓申孟達萬萬沒有想到的是，段祺瑞一收到信件，立即就派人送來二百塊銀元，給申孟達做剃頭洗澡換衣服之用。三天後，段祺瑞又親自來接，當天，有一二十輛小汽車停在小客棧門前的路上，把附近居民和路人都給驚呆了。
段祺瑞把申孟達接到府中，並設宴洗塵，親自相陪。因為公事繁忙，段祺瑞不能一直陪同，就派一名副官領著申孟達遊覽北京所有名勝古跡，他還交給申孟達一張菜單，讓申孟達自己按照菜單點喜歡吃的菜餚。
兩個多月後，申孟達回鄉，臨別時段祺瑞又贈送了許多錢和一張自己身穿官服的全身照片。
段祺瑞的這些言行絕非沽名釣譽，可以說，遵師重道、不忘故交始終是他人生價值觀中極其重要的一個部分。正因如此，不管袁氏父子在權力鬥爭和復辟帝制時期如何壓制、迫害他，也不管雙方的政治觀點存在多麼嚴重的分歧，段祺瑞始終堅持「不用兵而是用口」，不肯打破他自己的道義觀念去公開反袁。
在一次閒談中，段祺瑞曾評價二庵（陳宧的字）才有餘而德不足，他說：「袁項城做皇帝，陳事前竭力慫恿，以此來取信於袁。帝制失敗時，陳又宣佈獨立。就做人方面、政治道德方面來說，都是不應該的。」
讓段祺瑞最無法容忍的，是陳宧不僅在宣佈獨立的通電中揭發袁世凱，並且還表示「與袁氏個人斷絕關係」。
陳宧與黎元洪同為湖北人，且有過一段共事之誼。黎元洪曾讓幕僚給他發去密電，陳宧接電後為表示對黎的忠誠，在袁世凱死後第三天便在四川取消了獨立。四川獨立給黎元洪捧了場，也有利於段祺瑞的統一政策，但此舉不僅沒有討得段祺瑞的歡心，反而增加了其惡感。
段祺瑞認為陳宧朝三暮四，政治道德敗壞，所以視之為北洋叛徒，必欲除之而後快。南方列了十三人作為帝制禍首，在段祺瑞的禍首名單中卻只有一個，那就是陳宧。無奈黎元洪竭力相保，段祺瑞不能不給面子，最後作為交換，黎元洪同意將段芝貴置於禍首之外，段祺瑞也答應不再追究陳宧。
雖然為了敷衍南方，北京政府按照他們的名單，宣佈了懲辦帝制禍首的命令，但段祺瑞既然不認同，自然不願意真的把這些人交給司法懲辦。早在命令發佈之前，其中大部分人就已逃之夭夭，懲辦問題也就這樣不了了之了。
懲治禍首的命令發佈後，南方的條件得到滿足。當天，護國軍和進步黨人合作建立的軍務院被撤銷，南北歸於統一。
一塊錢起家
段祺瑞與黎元洪的搭配是一段雙方都不太滿意的「政治婚姻」。段祺瑞有足夠的理由瞧不上黎元洪——
講資歷，段在清末時就出任提督、軍統，還署理過地方上的總督，而黎原來不過是個小小的協統。以現代軍制而言，軍統相當於軍長，協統才不過是旅長，整整差了兩級。
論實力，袁世凱當政時期，段長期擔任陸軍總長，手中握有實權。黎雖然是副總統兼湖北都督，表面看上去很有地位，但在中央，他不過是總統府的一個政治花瓶；在地方，部下們居然都能挾之以為傀儡。
段祺瑞不僅在資歷、實力上遠勝於黎元洪，而且其魄力、意志方面亦有人所不及之處。這跟他少時的家境變化有很大關係。段祺瑞的父親是一個老實巴交的農民，祖父是家裡的主要靠山，段祺瑞十五歲那年，祖父病死軍營，家道隨即中落。
段祺瑞將祖父的靈柩送至合肥歸葬後，仍舊回到他和祖父原在的宿遷軍營。這時他私塾也念不起了，只好暫時留營做了一段時間的雜役。
第二年，段祺瑞深感在兵營打雜並非長久之計，也違背祖父對自己的期望，於是告別宿遷，隻身跋涉兩千里，前往山東威海投奔在那裡任管帶的族叔。族叔見他有七年的私塾底子，便安排他在營中當了一名文書。
此後，更大的不幸接踵而至：段父在家鄉遇害。雖然後來案子破了，兇手也被擒伏法，但段母因哀痛過度，亦追隨段父而去。
段祺瑞是家中長子，以下尚有三個弟妹，在家庭迭遭變故之後，養家餬口的重擔完全落在了他一個人身上。為了解決收入微薄、進身無門的窘境，這位早熟的少年在二十歲時基本上靠步行去天津，並考取了武備學堂，從此命運得到改變。當時段祺瑞赴津，隨身僅帶一塊銀元，所以段家人常說，段家是「一塊錢起家」的。
少年時代家境的陡然中落，以及作為長子不得不過早挑起家庭重擔的艱難經歷，使得段祺瑞逐漸養成了冷峻、剛毅、敢任事的性格。
同為武人，黎元洪則要遜色許多。他有一個綽號叫「黎菩薩」，在湖北方言中，「黎」與「泥」同音，故也有人叫他「泥菩薩」。黎元洪有此綽號，固然是因為他脾氣好、待人寬厚，但也不經意間暴露出他性格中軟弱的一面。
事實上，在覺得形勢不利時，黎元洪確實常常露出怯意。當年辛亥革命，馮國璋攻下漢陽，第二天一名與黎元洪相熟的北洋軍將領隔江偷偷給他打電話，探聽其虛實。黎元洪人都哆嗦了，他說：「我是一個老實人，你是知道的。這哪裡是我搞的事，都是他們（指革命黨人）利用我們的名義瞎搞一通……我是一個完全的傀儡，今天你把這筆賬算在我頭上，那真是冤枉極了。」
到快當總統了，大抵還是如此。袁世凱去世那晚，得知北洋軍可能要鬧事時，黎元洪的表現近乎失態。忙於對軍官們進行勸說的段祺瑞也被弄得不勝其煩。當張國淦受黎元洪之命一再向他打聽情況時，他忍不住握起拳頭朝桌上敲了一下，狠狠地說：「他（指黎元洪）要管，就讓他管！」
張國淦當然沒有把這句話報告給黎元洪。其後段祺瑞平息了事端，又把一張已經擬好的通電出示給張國淦看，上面寫著：「黎公優柔寡斷，群小包圍。東海（徐世昌的號）頗孚人望，但『約法』（民四約法）規定大總統出缺時，應由副總統繼任。」
段祺瑞這封通電顯然是為了安撫北洋系，但「優柔寡斷」也未嘗不是段祺瑞對黎元洪的真實看法。
張國淦看過電報，趕緊勸段祺瑞：「這何苦來呢？做人情就索性做到底，總統都奉送了，何必讓受人情的人不痛快呢？」
段祺瑞想了一會兒，覺得有理，這才提筆刪去了這段難聽的話。
黎元洪繼任總統後，出於政治利益的考量，在許多重大問題上都與段祺瑞存在重大分歧。比如段一再找借口推遲國會的重開，而黎則認識到國會可以限制段的勢力，擴大自身權限，所以對恢復國會持支持和促成的態度。又如在敲定帝制禍首的名單時，黎和段也都有各自的主張。
儘管瞧不上黎元洪的能力，又存在諸多分歧，但段祺瑞初期在表面上還是與黎元洪合作的。這主要是由於他們有互補的一面——段祺瑞需要用黎元洪來維持「中央是團結的」這樣的國家形象，以便對付南方的各黨各派，而黎元洪雖為名義上的國家元首，可是手中無兵，缺了段祺瑞，場面也撐不下去。
就這樣，大家你讓一步，我讓一步，用利益交換的辦法解決了一些分歧。在此之後，他們又合作裁撤了帝制時期的機構和職官，取消了部分專制獨裁的法律條例，同時放開報禁，撤銷政治犯通緝案，使自「二次革命」失敗以來遭受重創的民主共和制度得到了局部的恢復和發展。
可惜好景不長，黎段配很快就出現了維持不住的跡象。
剛愎他用
段祺瑞主掌國務院後，第一個想到的就是自己的「靈魂」徐樹錚。他打算讓徐樹錚當國務院秘書長，於是便請張國淦去跟黎元洪講。
過去袁世凱當總統時碰到的惱火事，如今一般無二地又讓黎元洪給撞上了——徐樹錚在公務中向以氣勢凌人著稱，還在段祺瑞當總理前，時任副總統的黎元洪就領教到了，有一次他竟然還被徐樹錚當面拍了桌子。
以前還是偶然碰面，如果讓徐樹錚當了國務院秘書長，就得三天兩頭打交道了，黎元洪如何能夠接受？聽張國淦把段祺瑞的提議一講，他的臉馬上沉了下來，並以和袁世凱一模一樣的理由一口回絕：「段總理是軍人，徐樹錚也是軍人，軍人做總理，不能再以軍人做秘書長。」
明人面前不說暗話，黎元洪隨後還是向張國淦和盤托出了他的真實想法：「我不能與徐樹錚共事，不但不能共事，且怕見他，我見了他，就如芒刺在背。」
張國淦曾經在袁世凱那裡碰過一次壁，豈能不知徐樹錚的性格為人，但他受段祺瑞所托，又不能不對黎元洪進行勸解：「樹錚鋒芒畢露，實屬軍人爽直一派，總統還是多包涵些。」
黎元洪仍然連連搖頭，毫不猶豫地說：「我總統可以不做，但絕對不能和徐樹錚共事。」
黎元洪不答應，要是照直回復段祺瑞，段祺瑞的臉也注定會黑得跟個鍋底似的。張國淦左右為難，只好問計於徐世昌。
徐世昌聞之一笑：「黃陂（黎元洪為湖北黃陂人，人稱『黎黃陂』）太不瞭解芝泉啦！」隨即驅車同張國淦一起來到總統府。
黎元洪見到徐世昌時尚餘怒未消，說：「相國，總理要做的事一萬件我都依從他，就這一件我辦不到。」
徐世昌語出驚人：「我以為你一萬件事都可以不依從他，唯有這一件非依從他不可。你怕樹錚跋扈，芝泉（段祺瑞）已經夠跋扈的了，多一個跋扈也差不了多少。」
徐世昌親自來勸解黎元洪，主要還是怕黎段二人鬧僵，重演當初袁段不和的一幕。他開導黎元洪：「總統請想想，為了徐樹錚，芝泉當年不惜與項城反目，況今日乎？」
徐世昌的適時提醒，讓黎元洪倒吸了一口冷氣。他終於在態度上軟了下來，歎口氣說：「就依相國說的辦吧！」
在過了黎元洪這一關後，段祺瑞也怕引起外界非議，說他過於偏袒徐樹錚。為了掩人之口，他就和徐樹錚聯手演了一個劇目，下令委任曾毓雋為國務院秘書長。
曾毓雋剛剛在家中收到委任狀，徐樹錚就托曾的叔父來和他商量，說局勢複雜，國務院總理是武人，秘書長若是文人，一定彈壓不住，意思就是讓曾毓雋把秘書長的位置讓出來。
同為段祺瑞的幕僚，曾毓雋平時和徐樹錚接觸較多，他看出徐樹錚對秘書長一職勢在必爭，如果不放手的話，以徐樹錚的個性，以後必然事事掣肘，自己就算是當了秘書長，事情也不好辦。
想到這裡，他只好讓叔父傳話給徐樹錚，說段總理既然委任他為秘書長，無故辭職，無論對段還是對他都不合適。徐樹錚一定要這個位置，他可以上一個呈文，在段祺瑞面前力保。當然同不同意就要取決於段祺瑞的個人態度了。
曾毓雋以為段祺瑞已經發佈任命，就不會輕易推翻，至少要深思熟慮一番，同時也可以避免得罪徐樹錚。讓他沒想到的是，他保徐樹錚的呈文剛剛送上去，段祺瑞立刻就批復了。
段祺瑞的小舅子吳光新也是一位文武全才的北洋將領，他為人特別驕傲，一向兩眼朝天，不大理會人，有時還故意給人難堪，使對方下不了台。可以想見，他和徐樹錚的關係不會好，不過與曾毓雋這樣的純文人倒還能相處。
得知段祺瑞改任徐樹錚為秘書長的消息後，吳光新跑來對曾毓雋大吼大叫，說：「你何必這樣怕得罪人？」
曾毓雋正在鬱悶之中，他對吳光新說：「你和我鬧沒有用……問題在於段總理不堅持原來的計劃，對於我的呈文，不加考慮就批准了，這能怪我嗎？」
其實曾、吳都被蒙在鼓中，如果他們知道段祺瑞早已就徐樹錚的事和黎元洪打過招呼，大概就不會生出這麼多疑問和遺憾了。
與先前一樣，徐樹錚做了國務院秘書長，就等於讓他當了國務院的家——國務院一切大小公事都要經其過目，不論是誰，只要對段祺瑞有所請求，段祺瑞總是說：「你去找又錚（徐樹錚的字）談談。」段祺瑞當面答應的事，徐樹錚不同意就辦不通；反之，徐樹錚決定的事，即便事先沒有請示，段祺瑞也無不支持。有人因此諷刺段祺瑞是「剛愎他用」。
天地咒
出了國務院的大門，徐樹錚的霸道作風絲毫未變。按照責任內閣制，總理總攬一切軍國大計，但是其決定得用大總統命令的形式發表，也就是說，必須經過總統府蓋印這道手續，否則無法生效。在段祺瑞、徐樹錚的心目中，總統就是一架蓋印機器，沒有對命令內容置喙的餘地。
問題是，黎元洪本人不會這麼認為，他把掌握總統府印信看成一件大事。當時總統府的監印官叫作輯瑞室主任，為了表示慎重，黎元洪特地命他的親家、長子的岳父唐某擔任。
一般情況下，段祺瑞不會自己拿著公文去蓋印，這事主要由徐樹錚負責。有一次，徐樹錚拿著一道命令來到總統府請唐某蓋印。唐某把全文看了一遍，然後嘴裡習慣性地嘟囔道：「這樣的措詞合適嗎？恐怕還要斟酌斟酌吧……」
「老兄，請放心，你只管蓋你的印好了。責任內閣制嘛，一切由總理負責。」徐樹錚不等他說完，就很不客氣地說，「你要說他（指段祺瑞）的命令不妥，明白的人知道你在文字上推敲，力求工整，不知道的人，不是說你胡亂干涉國政嗎？」
徐樹錚說這番話是項莊舞劍，意在沛公，明著說唐某，其實是暗示黎元洪不應該在蓋印環節上加塞。唐某沒聽出來，仍然囁嚅著說：「這事兒總統要找……」
徐樹錚見他不知趣，便故意半開玩笑半認真地說：「總統要是對老兄還不放心，那就只好請他自己蓋印了！」
唐某無法，只好在命令上蓋了「大總統印」。徐樹錚回到國務院，一見到段祺瑞及秘書們就不由放聲大笑，說：「我今天給菩薩念了一遍天地咒。」
自從被徐樹錚教訓了一頓後，唐某嘗到厲害，真的不敢再多管用印的事了。黎元洪見狀，便把印信帶到自己辦公的地方，交給時任總統府秘書長的張國淦保管，這樣徐樹錚要蓋印，就必須直接找黎元洪辦理。
管印的換成了總統，徐樹錚一樣不買賬。有一次，黎元洪看了命令，也覺得有些地方不妥，就拿起筆準備在文字方面稍作修改，不料徐樹錚立刻拉著他執筆的手說：「總統，這萬不能隨便改……」
儘管徐樹錚和顏悅色，用的似乎還是懇求語氣，可是黎元洪還是被氣得半天都說不出話來。
徐樹錚的過分之處還在於，總統對國務院有所指示，國務院秘書長照例應在國務會議上進行報告，徐樹錚則是願意報告就說兩句，不願報告就撂到一邊，當黎元洪完全沒說過一樣。對黎元洪交辦的事也是如此，他願辦就辦，不願辦就高高掛起。
某日，國務院在一天內更調了山西省的三個廳長。徐樹錚拿著相關命令去蓋印，黎元洪見了自然要問問原因，徐樹錚卻不耐煩地說：「總統只管在後頁年月上蓋印，何必管前面寫什麼，我還忙著呢！」黎元洪被弄得十分難堪。
這類事情多了，即便黎元洪是有名的泥菩薩也忍受不了，他氣憤地說：「現在哪裡是責任內閣制，簡直是責任院秘書長制。」
在徐樹錚的影響下，國務院的許多辦事人員都只知有段總理而不知有黎大總統，就連內閣中的一般辦事人員都敢挖苦頂撞黎元洪。
當初吳光新得知徐樹錚要出任國務院秘書長，就對曾毓雋斷言：「這樣一來，國務院從此多事，你若不信，拭目以待。」如今果然弄成了一個多事的局面，幸虧張國淦一直從中周旋調停，衝突才沒有進一步激化開來。
黎元洪和徐樹錚的矛盾，其實就是他和段祺瑞之間的矛盾。自那一年到北京後，袁世凱雖然也不給黎元洪任何政治實權，可是大面上還過得去，平時禮尚往來，噓寒問暖，起碼把他當個佛一樣地供著。
袁世凱會的一套，段祺瑞不會，他為人一向非常嚴肅，無論對誰，都是板著面孔，很少露出笑容，更不會說什麼玩笑話。跟黎元洪在一起也是如此，不會故意裝出推重尊崇的樣子，這讓黎元洪內心裡很不舒服。
在段祺瑞看來，大總統職位本來非他姓段的莫屬，只是由於國內外的種種壓力，才把黎元洪扶上了「馬」，而對於扶黎上「馬」，他也是很認真很花力氣的。可是有與段祺瑞關係不睦的人為了挑撥離間，卻向黎府吹風，說：「我們在項城的靈前討論總統問題時，老段反對黃陂（黎元洪）繼任，是東海（徐世昌）竭力促成的。」
黎元洪聽後信以為真，對段祺瑞更加不滿，現在再加上一個徐樹錚，那股怨氣已到了難以化解的程度。
限於自身力量過於薄弱，黎元洪雖然滿腹怨尤，但在大部分時間裡也只能忍氣吞聲。他敢於和段祺瑞唱對台戲，乃是發現國會和議員傾向於自己以後的事。
左右逢源
袁世凱時代的國會議員一年可以領到五千元薪水，這種收入水平在當時國家財政困難、百姓生活水平普遍較低的情況下，算是比較豐厚了。後來袁世凱解散國會，議員領不到薪水，大多數人都過了一段苦日子。現在國會重新恢復，議員們就覺得自己的議員地位不保險，說不定國會什麼時候又要關掉，於是大家紛紛以議員的頭銜為階梯，踏上了獵官求官之途。
議員之中，以政學會議員對於求官最為熱衷。政學會是從國民黨中分化出來的一個政治團體，他們之所以從國民黨中分化出來，就是因為北洋系對國民黨的印象不好，繼續掛著國民黨的老招牌於做官不利，只有脫離了國民黨，才能更好地奔走於黎段之門。當時有人私下評論說：「政學會分子都是官迷！」
清末民初之際，想當官的人常常會走公館的門路，也就是托大官的夫人、姨太太、少爺、小姐甚至是僕人打招呼、說好話。可這在段公館卻走不通，因為段祺瑞的事向來由他一個人做主，即便是段夫人張佩蘅都不敢在他面前提一句公事，更不用說薦官收禮了。
偏門走不進，求官者們只好走正門。對於這一夥求官的議員，段祺瑞開始還能敷衍敷衍，後來看到來的人太多，胃口又都不小，便一律饗以閉門羹，以至於有些並非求官，真是來和他商榷政事的議員也連帶受到了冷遇。
黎元洪則不然。他對於議員求見向來是來者不拒，而且接待態度平易近人。如果對方談到求官問題，黎元洪照例會說：「只要你和段總理方面商量好了，我這一方面毫無問題。總理若不答應，我也沒辦法，因為現在是責任內閣制。」
相比於拒人於千里之外的段祺瑞，黎元洪左右逢源，得到了很多議員特別是國民黨、政學會議員的支持。重開後的國會仍以國民黨議員居多，他們多數擁黎反段，有了他們做後盾，黎元洪頓時覺得局面與先前迥然不同，也有了可以向段祺瑞說不的勇氣。
黎元洪的幕僚們趁此機會建議他掌握兵權，其理由是，雖然政府實行的是責任內閣制，但僅指政治而言，在軍事方面，總統既然名義上是全國海陸軍大元帥，就不能不管軍事——「大元帥沒有軍權，總統有什麼價值？」
想到同為大總統，與袁世凱的實際地位相差如此懸殊，黎元洪顧影自憐，對幕僚們的話很聽得進去。
黎元洪要兵權，段祺瑞不給。段祺瑞認為，袁世凱當年最大的錯誤就是成立統率辦事處以集中兵權，而且他現在之所以能控制住北洋系，穩住政局，靠的就是有兵權，如果兵權都沒了，國務院還能起什麼作用？
如果說徐樹錚擔任國務院秘書長開啟了黎段之爭的序曲，府院（總統府和國務院）權限之爭則成了黎段爭鬥的第一個回合。
黎段之所以爭鬥不息，而且愈演愈烈，根本原因還是彼此在北京政治主導權到底應該由誰來掌握這一點上，始終存在著難以彌合的分歧。在段祺瑞看來，既然政府實行的是責任內閣制，那麼元首就應該自覺地做一個不管不問的「蓋印總統」，而把政治主導權完全交給內閣。
實際上，從黎元洪的執政能力以及他所擁有的資源來看，居於「太上皇」的位置對他確實也比較適合。可問題是黎元洪能力不大心很大，自接任總統以來，他「由不問而要問，由要問而多問」，越來越不甘於無所事事。
如果黎元洪為了顧及總統的體面，只揀點兒芝麻綠豆般的小事過問一下，倒也罷了，偏偏他還認為小事可以不問，大事必須過問！
段祺瑞當初組閣時，原以為今後最難打交道的是國會，沒想到他所碰到的第一個攔路虎不是國會，反而是他全力扶持上台的黎大總統，而且總統比國會還要難纏，這讓他如何受得了？
有時被黎元洪「要問」和「多問」煩了，段祺瑞忍不住朝身邊的人發火說：「我是叫他（指黎元洪）來簽字蓋印的，不是叫他壓在我的頭上的！」
有一拼
除了爭奪兵權外，府院雙方還常常在官吏任免上較勁：院方想要任用誰，府方會故意挑剔；反過來，府方提出的官員名單，有時也得不到院方的同意。由於府院相持不下，許多已經擬定的官吏人選最後都中途擱淺了。
黎元洪的幕僚們想在外省扶植本方勢力，便鼓動黎元洪任命孫發緒為山東省長。任命書已經寫好並加蓋總統府大印後，黎元洪派時任總統府侍從武官長的哈漢章持令去找段祺瑞，以完成國務院加蓋印章這一環節。
哈漢章與段祺瑞有師生之誼，他見到段祺瑞後說：「總統因為山東省長缺人，今物色了一位安徽同鄉孫發緒，認為人地相宜，即請老師蓋令發表吧！」
孫發緒是安徽人，段祺瑞出生於安徽，也以安徽為原籍，哈漢章強調孫發緒「安徽同鄉」的身份，自然是以為這樣好通過一些。可是段祺瑞雖然極重鄉情鄉誼，但在任用鄉人的問題上卻很清醒——在他權位極盛之時，家鄉常有人來看他，段祺瑞總是熱情接待，臨走時還要贈送路費和禮品，然而從不委派或推薦鄉人當官。
聽哈漢章口出「安徽同鄉」四字，段祺瑞勃然大怒，當場拍案罵道：「什麼東西！我不認得這個同鄉，難道說安徽同鄉就該做省長嗎？」
見段祺瑞發了火，哈漢章情知不妙，趕緊起身溜走了。
段祺瑞固然講原則，但作為一個務實的政治家，他也並不缺少靈活權變的一面。哈漢章走後，有人向他透露，說黎元洪其實在山東省長這一席位上考慮了三個人選，孫發緒在三個人中尚屬「勢利官僚」，看風頭行事的角色，對段派並不敵視。另外兩個都是厲害角色，兩害相權取其輕，還不如任命孫發緒。
段祺瑞聽了覺得頗有道理，便勉強同意了這一任命。
嘗到甜頭的黎幕又開始在更為重要的閣員名單上做文章。按照「臨時約法」及民國慣例，只有國務總理由大總統提名特任，其他閣員人員均應由總理提出，但黎元洪卻在幕僚們的慫恿下，擅自擬定了另外一份閣員名單，然後一面通知段祺瑞，一面徑行提交國會。
進入黎元洪所擬名單中的大部分人，或為結好黎幕的議員，或與黎私交素厚，或為黎的同鄉，其中最為矚目的是唐紹儀，他被提名為外交總長。作為民國改元第一任總理，唐紹儀資望較崇，黎幕推他出山的目的，是預備將來黎段交惡乃至決裂時，可以把段祺瑞換掉，以唐紹儀繼任總理。
段祺瑞拿到名單後內心很不痛快，但因為擔心引發府院之間新的大衝突，所以當場未做任何表示。見段祺瑞默然不語，徐樹錚一時也不便多言。
被人按著頭不吱聲，從來不是徐樹錚的性格。退出帳外後，他忽然心生一計，決定不直接向黎元洪提出任何抗議，而是以唐紹儀為突破口，通過各省北洋軍人對黎元洪進行施壓。
在徐樹錚的策劃下，由馮國璋、張勳領銜，二十多名北洋將領發出聯名通電。通電不僅列舉了唐紹儀的各項「罪狀」，而且稱如果政府執意讓唐出掌外交，以後各省將對外交部與各國所訂條約一概不予承認。
此時唐紹儀已由上海到達天津，正準備赴京入閣，通電一出，只得又返回上海。
黎元洪是個經受不住壓力的人，通電自然令他心驚膽戰，開始後悔自己在內閣名單上採取了過於輕率的態度。黎元洪的幕僚們原來嚷得很凶，如今也被一紙通電給壓得沒了一點聲音——他們多為文人政客，膽子再大，也不敢真的與一群持槍在手的武人叫板。
黎元洪前倨後恭，親自打電話邀請段祺瑞過府，以便重新商定閣員名單。
段祺瑞儘管又一次佔據了主動，但為了使新內閣能夠盡快通過，還是決定以混合制方式組閣，在閣員人選上做了最大程度的讓步。除陸軍總長由他自己兼任外，其他閣員都盡量依照黎元洪的推薦和提名，從不同集團和政黨中選用。
在不斷升級的府院爭鬥中，夾在中間的「千年和事佬」張國淦也漸漸招架不住，於是索性掛冠而去，辭掉了包括總統府秘書長在內的所有職務。
黎元洪選用的繼任者為丁佛言。他是第一個出來做官的國會議員，此人性格浮躁，愛興風作浪、賣弄聰明，雖說能力可能不及徐樹錚，但在不安分和好鬥方面倒絕對與徐樹錚有一拼。
丁佛言不再像張國淦那樣好說話，他利用總統府秘書長的職權，時常將國務院呈交的公文和命令留下或不蓋印。徐樹錚被惹得三天兩頭地跳腳，二人爭吵甚至互相謾罵的事屢有發生。
跟徐樹錚爭尚不過癮，丁佛言還要跟段祺瑞鬥。他對一位議員說：「決與歪鼻子（指段祺瑞）較量一番。」那人勸他：「你的力量不足以推倒段，相反要壞事。」丁佛言哪裡聽得進去，他不服氣地說：「那就試試看吧！」
為了限制段祺瑞的權力、提高黎元洪的地位，丁佛言提出「府院辦事手續草案」，主張總統要參加國務會議，以及當院方呈請總統用印時，如黎元洪有不同意見，必須交國務院再議，等等。
黎元洪看到這個草案，沒有不表示支持的道理；相反，段祺瑞則被氣得火冒三丈，乃至於提出要辭職。
黎元洪已經見識過對方的厲害，在段祺瑞的一番示威下不得不讓步，而段祺瑞認為時局還不夠穩定，不能把與黎元洪的關係搞得太僵，因此也同意進行折中處理。
幾經磋商，雙方擬訂了一個彼此都可以接受的方案。與此同時，段祺瑞也針對部下們以往對黎元洪的不恭敬行為進行了一定約束，段黎關係一度有所緩和。
府院之爭的高潮剛剛落下，國務院內部又起爭端——以孫洪伊為首的黎派閣員與段祺瑞、徐樹錚鬧起了彆扭。
害群之馬
由於在段祺瑞內閣中黎派閣員佔據優勢，所以這場爭端雖然發生在國務院內部，但其實也是府院之爭的一種擴大和延續。一手挑起爭端的孫洪伊原為進步黨人，不過政見上卻傾向於國民黨，段祺瑞和北洋系對他很反感。他之所以能夠入閣，完全是黎元洪提名的緣故。
段祺瑞是看在黎元洪的面子上，才同意孫洪伊入閣的。對孫洪伊，他自然不會予以重用，所以起初安排的閣員職位只是有職無權的教育總長。不料孫洪伊到京後便以領袖人物自居，當著黎元洪的面，他聲稱即使不入閣，也不干教育。
這時閣員名單已經發表，黎元洪騎虎難下，只好硬著頭皮讓人再找段祺瑞商量。段祺瑞很不高興地回答道：「就他難纏！名單已發表，誰肯讓他？」
事有湊巧，閣員裡面正好也有人想調整，原定的內務總長情願把位置讓給孫洪伊。段祺瑞見狀，又考慮到必須維持與黎元洪的關係，就再次遷就黎元洪，任命孫洪伊當了內務總長。
內閣組成不久，恰逢李烈鈞在廣東與人爭奪地盤，對段祺瑞調他「來京聽候任用」的命令也置之不理。段祺瑞十分不安，便在內閣會議上就廣東問題提出討論。
徐樹錚列席內閣會議並發言。按照法理，國務院秘書長只有列席內閣會議的資格，沒有發言權，可是既然段祺瑞不予阻止，其他人也就不好講什麼了。
徐樹錚提出要組織粵、閩、湘、贛四省軍隊對李烈鈞部進行會剿，並拿出了一個水陸三路進兵的計劃。因李烈鈞是國民黨人，孫洪伊及其他原國民黨出身的閣員都對此表示反對，他們採取袒護李烈鈞的態度，僅主張進行調解。
內閣會議結束後，徐樹錚也不管什麼少數服從多數、自己有沒有發言權，就按照先前在陸軍部的做法，自顧自地擬定了四省會剿李烈鈞的命令，然後去找府方蓋印。
黎元洪、丁佛言與孫洪伊等閣員平時都是一個鼻孔出氣，當然不肯給他蓋。遭到拒絕後，徐樹錚便索性在沒蓋印的情況下把電令發了出去。
事情很快洩露，孫洪伊性情自負，不甘人下，本來上任後就看不慣徐樹錚，抓到把柄後馬上當面指責他違法越權。徐樹錚也不是一盞省油的燈，二人言辭激烈，聲達戶外。
自此，孫洪伊挾黎以自重，徐樹錚倚段以為抵制，二人皆視對方為仇敵，幾乎無時無事不發生衝突，並且這些衝突還都相當激烈，乃至於「短兵相接，日在火並之中」。
「廣東案」之後，又發生了福建省長胡瑞麟查辦案。袁世凱主政時期，胡瑞麟奉袁世凱之命，曾授意其弟、湖南將軍湯薌銘屠殺革命黨人。儘管已經事過境遷，但參議院仍有人要跟胡瑞麟算舊賬，為此提出要查辦胡瑞麟。
胡瑞麟本來和黎元洪有些淵源，後來卻投靠了段祺瑞，與徐樹錚的私交也不錯，因此查辦案送到國務院後，徐樹錚便不提出閣議，只以國務院秘書長的資格擬文咨復了參議院。
省長是文官，其任免、查辦皆屬於內務部管轄範圍。孫洪伊從國會方面得知這件事後，馬上提出閣議說總理濫用職權，這麼大的事，為什麼不經過內閣討論就直接咨復參議院？
其他各部的部長也都有意見，段祺瑞的處境十分尷尬。本來對徐樹錚所為，段祺瑞是完全同意和支持的，但為了免使段難堪，徐樹錚就一個人把責任承擔了起來。
徐樹錚就此成為孫洪伊等人集中攻擊的目標。段祺瑞無言以對，只好說了一句「樹錚荒唐」。
孫洪伊仍舊窮追猛打，又向段祺瑞提出辭呈。徐樹錚忍無可忍，對段祺瑞說：「姓孫的太狂妄了！他想脅迫總理，我看乾脆批了他的辭呈，把這個害群之馬趕出內閣。」
孫洪伊得理不饒人，段祺瑞偏偏還不能趕他走，其直接原因是總統府和國會的一些人正藉機大做文章，黎元洪還特招孫洪伊前去見面，對其大加慰留。
畢竟是自己理虧在先，黎元洪又做此表示，段祺瑞於是也不得不對孫洪伊進行了慰留。
孫洪伊有了面子，這才答應收回辭呈，但又迫使段祺瑞答應對院秘書長的權限進行限制，其中包括不能對內閣會議的決定進行擅改，以及政府命令必須由國務員副署後，才能送總統府蓋印發表，等等。
此次衝突的結果，徐樹錚受到了重大打擊，此後他與孫洪伊的爭鬥便開始表面化，而且呈現出愈演愈烈之勢。
熱火朝天
孫洪伊上任後，一度想安插自己的人當京師警察總監。京師警察系統雖隸屬於內務部，但對總監這樣高級別官員的任免，必須得到總理的認可才行。
段祺瑞怎麼可能讓孫洪伊隨心所欲地佈置自己的勢力，他的提議理所當然地遭到了拒絕。
孫洪伊安插不了總監，又把主意打到了部內。早在未入閣之前，他的「夾袋人物」也就是親信和存記備用之人就有一百五十多人。這些人都要進行安置，孫洪伊就以整頓內務部為由，裁減了原有的一批高級部員。
部員們突然丟了飯碗，恨不得找人拚命。徐樹錚見有機可乘，遂鼓動他們上訴平政院。
平政院即後來的行政法院，主要負責監察行政官吏的違法和不正當行為，原肅政廳即為其下屬機構。接到有關內務總長違法裁員的投訴後，平政院裁決原告勝訴，並要求孫洪伊限期撤銷解職令，准許被解職部員重新回部上班。
平政院是根據袁世凱時代的「民三約法」設立的。孫洪伊緊緊抓住這一點，認為平政院的存在本身是否合法還存在疑問，所以拒絕執行該院的裁定。
徐樹錚見狀，趕緊與段祺瑞商議，擬定了一道執行平政院裁定的命令，準備送府蓋印。可是按照新規定，命令須由孫洪伊副署，而孫洪伊拒絕副署。
平政院聽說自己的裁定竟然不能被執行，頓覺大丟臉面。他們請段祺瑞主持公道，說：「如果平政院真的不合法，請總理立即下令解散。如果是合法的，為何判決不能生效？」
平政院方面還聲稱，倘若孫洪伊繼續拒絕執行裁定，他們將集體辭職。
段祺瑞把孫洪伊叫來，讓他無條件執行裁定。孫洪伊卻抵死不肯，還公然對段祺瑞進行頂撞。段祺瑞勃然大怒：「你這是結黨營私，濫用私人！平政院的判決我看很合理，難道你還無法無天了？」
段祺瑞即便動怒也沒能鎮得住孫洪伊，孫洪伊根本就不把他這個總理放在眼裡。這使得段祺瑞痛下決心，隨後便向總統府呈請將孫洪伊予以免職。
孫洪伊在段祺瑞面前如此強硬，本身就與得到了黎元洪的支持有關。他雖為段內閣成員，卻得到黎元洪的高度信任，可參與黎幕的一切密議，隱然執總統府之牛耳。徐樹錚手持「孫洪伊著即免職」的命令前往總統府，去了四次，次次碰壁。最後一次他忍不住對黎元洪放言：「總統不蓋印，就只能不准伯蘭（孫洪伊的字）出席國務會議！」
見徐樹錚又開始對自己不恭不敬，黎元洪頓時火了，他大喝一聲：「你說的這是一句什麼話？」
徐樹錚冷冷回答：「這是總理說的。」
府院之爭如此熱火朝天，原先站在一旁看熱鬧的國會議員們也都按捺不住，紛紛加入戰團。
此時的國會議員中有兩大派別，一是以原國民黨人為主的商榷系，一是以原進步黨人為主的研究系；基本政治傾向是商榷系靠攏黎元洪，研究系接近段祺瑞。
自段祺瑞的免孫令一問世，商榷系議員即向段內閣提出質問，認為只有國會彈劾才能罷免國務員，國務總理無權直接呈請罷免。更有甚者，還有六十餘名議員聯署提案，要求彈劾院秘書長徐樹錚。
商榷繫起勁，研究系議員同樣把戰鼓擂得咚咚響。先是其機關報猛烈批評孫洪伊「違法」，接著研究系首領、眾議院議長湯化龍又親自謁見黎元洪，勸其尊重輿論，主動調換孫洪伊以息爭端。
在國會的推波助瀾下，段祺瑞一反以往盡量克制或不直接表態的處事態度，親臨總統府催促黎元洪為免孫令蓋印。
可是黎元洪仍然一再推諉，段祺瑞不由脫口而出：「總統不肯免孫伯蘭的職，那就請免我的職吧！」
黎元洪雖然與段祺瑞有矛盾，但也知道如果缺了段祺瑞撐場子，他這個總統必然做不長久，只好無可奈何地表示：「可以讓伯蘭自動辭職，免職令還是不下的好。」
各打五十大板
黎元洪要為孫洪伊留面子，於是加緊勸說對方自動辭職。不料孫洪伊卻不肯給他面子，死活不願辭職。
之後，黎元洪又請王士珍做說客，提出可以讓孫洪伊以專使的名義出洋考察，部務由次長代理。這未嘗不是一個下台階的辦法和機會，然而孫洪伊還是拒絕從命。
段祺瑞一面令人起草辭呈，一面也放出風來，說只要孫洪伊肯辭職，可以調其任全國水利總裁，或者外放省長。孫洪伊回復得更乾脆：「政治家要硬幹，無論做何犧牲，決不辭職。」
當孫洪伊成了針插不進、水潑不進的一顆銅豌豆之時，他在內閣的進出，也就成了總理能否維持其威信的標誌。段祺瑞怒氣沖沖地說：「好，我們大家都辭職，讓孫洪伊一個人去幹！」
黎元洪左右為難。當然他不認為問題出在孫洪伊身上，而只會認為全都是段祺瑞的錯。幕僚們趁勢建議邀請在河南隱居的徐世昌赴京組閣，以求徹底解決府院問題。
在幕僚們看來，北洋系是段祺瑞的政治資本，而徐世昌在北洋的資望又在段祺瑞之上，以徐代段，不會引起嚴重後果。黎元洪的政治智慧並不比他的幕僚高出多少，他居然也認為此計甚妙，當下就派代表前往河南敦請徐世昌出山。
黎幕不知道，資望是一回事，實力又是另外一回事。徐世昌不掌握北洋軍權，那麼明白的一個人，他豈敢憑著一個北洋元老的虛銜去摸老虎屁股？
徐世昌開始一再推托，在黎元洪派使兩顧茅廬的情況下，才答應進京，但只是調解，「幫助總統分憂」，而不是取代段祺瑞做總理。他讓人轉告黎元洪：「要我做總理萬萬使不得，芝泉的脾性我知道，這樣做必定後患無窮。」
為了避嫌，徐世昌還特地通過報界宣佈了個人的三條原則，即「擁護元首」（指黎元洪）、「維持合肥」（指段祺瑞）、「不入政界」（指徐世昌自己）。
徐世昌到京後，在著重對段祺瑞的想法進行摸底的基礎上，正式向府院提出調解辦法：三天之內將孫洪伊、徐樹錚同時免職。
段祺瑞對這種「各打五十大板」的辦法表示同意，黎元洪驅段不得，也只好下令免去了孫洪伊內務總長的職務。
孫洪伊離開內閣後，重新恢復了議員的資格。他對免職一事很不服氣，便又組織被稱為「小孫派」的一部分國民黨議員，利用國會對段祺瑞進行攻擊。
徐樹錚下台後也不甘心，孫洪伊繼續折騰的做法則讓他更加惱火。在徐樹錚的策劃下，步軍統領（清代稱九門提督）江朝宗派兵到孫洪伊家中進行搜查，理由是孫宅隱藏亂黨，意圖不軌，孫洪伊本人也有「陰蓄死士進行暗殺」的嫌疑。
自此，孫宅三天兩頭遭到軍警的光顧。孫洪伊到底只是個手無縛雞之力的政客，吃不消驚嚇，只好逃出北京，到上海租界避難去了。
這是繼策動各省北洋軍人發表聯名通電、反對唐紹儀入閣之後，徐樹錚第二次在府院之爭中使用非正常政治手段。聽說孫洪伊狼狽出逃，徐樹錚打著京劇道白對他的朋友們說：「山人略施小計，孫大鬍子（孫洪伊）便丟官逃走，一家大小不得團聚了也！」
徐樹錚努力裝出得意和興奮的表情，但心裡其實並不愉快，因為政敵固然已落荒而逃，可他也不能再像原來那樣光明正大地在國務院出入了。
徐樹錚被免職後，國務院秘書長一職由「千年和事佬」張國淦擔任，以融洽府院關係。徐樹錚想在幕後操縱，讓張國淦按他的意圖辦事，張國淦有時敷衍他一下，有時也不買他的賬。
徐樹錚向以「總理第二」自居，他的主張實際上也代表了段祺瑞的意思，張國淦不買他的賬，就等於不買段祺瑞的賬。這讓徐樹錚很不高興，背後罵張國淦：「想不到張乾若（張國淦的字）是個蝙蝠派，給總理當秘書長，不聽總理的。」
與此同時，段祺瑞一向對徐樹錚依賴甚深，徐樹錚的離職讓他很不得勁，而且這種不快情緒很快就集中指向了徐樹錚的另一個政敵——擔任總統府秘書長的丁佛言。
在徐世昌進行調解，並徵詢段祺瑞的意見時，段祺瑞就曾提出：「要免，丁世鐸（丁佛言的原名）一起免。」
在段祺瑞看來，孫洪伊免職僅僅只是內閣內部的問題，不能視為府方的讓步。作為原先府院雙方的秘書長，府院之爭焦點之一的徐樹錚既然已經去職，丁佛言也不應該再留在總統府。他對黎元洪說：「我的秘書長搞掉了，你的秘書長我還不滿意呢。」
丁佛言是黎幕的主要人物，黎元洪自然不會輕易答應段祺瑞的要求，於是當即回答：「你的秘書長出了錯，與我這裡有什麼關係？」
徐樹錚雖然離開了國務院，但卻從沒有離開過段祺瑞的左右，而無論是為了幫段祺瑞爭奪政治權力，還是給自己找回些面子，他都覺得有必要讓黎元洪收回「有什麼關係」這句話。
明槍不行，徐樹錚又想到了暗箭。在他的授意下，以馮國璋領銜，全國二十餘省區的北洋軍頭發出了「掬誠忠告」總統、總理、國會三方面的電文，其中提到「今後政客更有飛短流長，為府院間者，願我大總統、我總理力予摒斥」。很顯然，「飛短流長的政客」指的就是丁佛言。
接著，長江巡閱使張勳主持徐州會議，請總統罷免「佞人」。隨後，又發出電報，公然指責丁佛言挑撥是非，離間府院關係。
當年徐樹錚曾用這一套中途嚇退唐紹儀，迫使黎元洪讓步，如今也同樣有效。黎元洪看到電報後，再不敢對抗下去，只好讓丁佛言辭職並予以批准。
中而不能立
丁佛言在他的辭職書上說：「大總統無見無聞，日以坐待用印為盡職。」這是丁佛言的心聲和怨尤，更是他的幕主黎元洪的心聲和怨尤。
黎元洪不甘心做一個只能給別人蓋印的「虛君」，雖然他在府院權限之爭、徐孫（徐樹錚、孫洪伊）交鋒中接連落敗，但只要有機會就還要跟段祺瑞較量一番。在這種心理的支配下，僅數月之後，府院便又展開了第三回合的角力，京城更大的政潮洶湧而至。
與前兩個回合主要局限於權限、人事不同，這次還涉及了彼此的政見分歧，具體來說就是第一次世界大戰（以下簡稱「一戰」）問題。
「一戰」爆發於袁世凱當政時期。戰事開始之初，因為中國遠在亞洲，對國際間的情況也不十分明了，需要時間進行多方面的研究和觀察，所以袁世凱決定暫時先採取中立方針，避開這場戰火，為此還頒布了中立二十四條規，規定各交戰國不得在中國境內有交戰行為，不得把中國海陸各處作為攻擊敵軍的根據地。
可是就在中國宣佈中立的第二天，日本便突然打破中立條規，派艦隊聲勢浩大地駛入了德國租借地膠州灣海岸之外。此後，又借口對德宣戰出兵山東，把德國在山東的權利盡數掠去。
在此情況下，袁世凱曾有過響應協約國要求對德宣戰，藉以使山東免遭日本侵佔，同時擺脫其外交訛詐的動議，但由於遭到日本政府的直接反對，以及英美不敢開罪日本等因素的影響，而不得不暫時擱置。
「中而不能立」，讓中國政府的處境既尷尬又被動，實際利益也無法得到保障——德國抗議中國不能嚴守中立，致使其在山東的權利喪失；沒跟德國翻臉，給德國的庚子賠款就得一分錢不少地照付；協約國沒有得到中國對德宣戰的響應，很不高興；日本對中國虎視眈眈，直至提出「二十一條」。
袁世凱死後，段祺瑞掌握了北京政府的實權。他從執政開始就對「一戰」非常關注，並且認為「中國當先準備」，為此，還特地在國務院辟西花廳，約集外交部及對國際形勢有相當瞭解的專家學者，共同對「一戰」進行研究。
段祺瑞早年留學德國，對德國強大的軍事體系有很深印象，這使他最初還認為德國在「一戰」中沒有落敗的道理。但隨著戰爭的持續以及外交格局的變化，他逐漸認識到德國並沒有想像中那麼堅不可摧。
段祺瑞開始和協約國方面進行秘密接觸。1916年10月，他會見在華的英國人，談到了中國參戰一事；當年年底，更將投入協約國陣營，參加對德作戰的意圖相當明顯地表示出來。
最終使段祺瑞下定決心採取行動的則是美國的參戰。作為國際新貴，美國在「一戰」初期也沒有加入協約國，它採取的是一面保持中立，一面調停議和的外交政策，不過段祺瑞那時就預感「歐戰（即「一戰」）倘持久，美國終將加入」。
果不其然，1917年年初，德國宣佈實行「無限制的潛艇封鎖政策」，美國對外投資受到嚴重威脅。同時，德國關於建立德、墨（墨西哥）、日三國反美同盟的密電被英國破譯，隨後又轉告美國。美國在外交政策上終於發生了戲劇性轉變，遂於2月3日宣佈與德國斷交，並勸告其他中立國與其採取一致態度。
美國駐華公使芮恩施除照會中國外交部外，還連日拜訪黎元洪、段祺瑞，陳述中國參戰的好處。為了增強中國參戰的積極性，他甚至自行向中國做出了提供援助的保證。
芮恩施的許諾當然會讓段祺瑞動心，不過此時中國國內朝野還有相當一部分人對參戰持強烈反對態度，有人就認為，德國潛水艇的破壞力極大，如對德絕交或宣戰，中國就是德國的敵國，沿海地區必會首先蒙受損害。
正所謂仁者見仁，智者見智。何去何從，段祺瑞不能不結合自己對國內外形勢的分析，重新對參戰的利益得失進行綜合評判。
巧婦難為無米之炊
如果說「一戰」開始時，大家都還押不准到底誰輸誰贏。進入1917年，當「一戰」的對立雙方都打得精疲力竭的時候，美國參戰就表明大戰已近尾聲，鹿死誰手變得非常清楚了。段祺瑞認為，要使山東問題得到妥善解決，中國就必須有機會參與戰後的和會，從而與日本爭奪失去的權益。
即便不考慮山東問題，中國繼續保持中立也不明智，因為「將來協約國取得勝利，中國將成局外之人」，而中國參加，「那將迥然成另一局面。到時中國也是戰勝國之一，和會上有我一席之地，必將提高中國之國際聲譽」。
民初時的中國，仍然是一個被世界列強所看不起的國家。儘管客觀地講，以彼時中國的實力，一旦宣戰，根本不可能耗費大量金錢，或者派大批軍隊到國外去作戰，當然也不可能從根本上改變列強對中國的看法，可是國際地位及權利總有望得到提高，也有分享戰勝國所應享有利益的希望。
除此以外，段祺瑞還有經濟上的其他盤算。「一戰」爆發後，德國成為與銀行團其他成員對峙的力量，五國銀行團實際成了四國銀行團（英法日俄），第二筆善後借款也告吹了。倘若不是袁世凱整頓財政，加強稅收，並發行國內公債，政府差點就維持不下去了。
接下來的護國戰爭「耗費國帑甚巨」，而地方上本來應解送中央的稅款，也被各省截留。發行內債吧，舊債尚未整理完畢，續募新債自然無人搭理。
民初主要由中國銀行、交通銀行代理國庫，但自袁世凱稱帝，兩家銀行一共僅剩下兩千萬元的現金，為維持軍政費用，只得停止匯兌，也就是說它們發行的紙幣不能再與現銀同價流通使用。加上投機商人操縱其間，紙幣價格時漲時落，老百姓受損頗巨，以至於「手持國幣不能買斗米升粟」。
可以說，段祺瑞從袁世凱手上承接的就是一個爛攤子，除了向四國銀行團續借外債，他沒有其他辦法可想，然而四國銀行團除日本外，全都在歐洲忙於戰爭，並且本身國內財政也很困難，並無能力再借款給中國。
當時有能力對華借款的只有兩個國家，一個是日本，一個是美國。日本當政的大隈內閣是「二十一條」的提出者，主張以強硬手段對華交涉，段祺瑞本人在「二十一條」鬧得沸沸揚揚之時，又是堅決的主戰派，他領導下的政府當然不可能主動向日本開口借錢。
美國成了唯一的選擇，在駐美公使顧維鈞的努力下，段政府分兩次向美國借了五百萬元。這件事本來是在內閣秘密討論通過的議題，可是時任內務總長的孫洪伊為了在市場上謀取厚利，卻故意向外界放風，結果此事就被銀行團給發現了。
善後借款協議之苛刻之處在於，它附加了很多額外條件，就像繩索一樣左一道右一道地把你綁起來。其中一個條件就是，中國不能與銀行團以外的國家簽訂政治性質的借款合同，美國不在四國銀行團之內，就被認為違反了協定，四國銀行團當即向中國政府表示強烈抗議。
沒法再向美國借了，而已經到手的區區五百萬元又不足以應付政府的日常開支和急需——這筆錢是1916年借到的，當年就花得差不多了。到1917年前後，中國政府的財政困難已達極點，段祺瑞及其內閣也一度到了巧婦難為無米之炊的地步。
通過與包括英美在內的協約國方面的接觸，段祺瑞得到啟示，即只要中國參戰，不僅可獲得協約國集團財政上的「援助」，還能緩付庚子賠款和提高關稅。
正是有了這些深思熟慮，在美國駐華公使芮恩施遊說之前，段祺瑞就已決定參戰，並讓張國淦寫出提綱，以備在國務院範圍內進行討論。當芮恩施拜訪段祺瑞時，他發現這位中國總理已經在考慮與德國斷交的可能性。
需要提出的是，美國的參戰勸告針對於所有中立國，沒有強邀中國之意，提供援助的許諾也不是其政府的本意。而後，在其他重要中立國均未響應的情況下，美國政府反過來又勸告中國無須單獨與美國保持一致，並暗示芮恩施在此問題上推動過頭。
對段祺瑞而言，響應美國的參戰勸告是加入協約國陣營的一個機會，豈可放過，至於「單獨」與否，本來也不是他考慮的重點。1917年2月9日，中國向德國政府發出照會，對德國的潛艇正式提出抗議。這一行動非常果斷迅速，事前連協約國公使也未聽到風聲。同日，在給芮恩施的回文中，段祺瑞也明確表示了打算參戰之意。
無冕大臣
黎元洪雖然與段祺瑞處於實際的對立狀態，但在對德絕交的問題上，二人起初還是一致的。他的態度出現變化，是在發現日本積極介入之後。
當初大隈內閣的對華政策，尤其是「二十一條」，即便在日本國內也廣遭非議，日本元老派和其他持重穩健人士都對此表示不滿。日本元老山縣有朋的嫡系、時任朝鮮總督的寺內正毅評價道：「大隈內閣向中國要求『二十一條』，徒惹中國人全體之怨恨，而日本卻無實在利益。」
在大隈即將倒台前夕，寺內便被山縣等元老選定為繼任者。鑒於前任在對華外交上的失敗，寺內主張「中日親善」，以緩和中國國內的仇日情緒。為此，他派西原龜三以個人名義來華，對政策調整的可能性進行試探。
西原本人自稱是「王道主義者」，指責大隈內閣的對華政策是「霸道主義」，對其持強烈反對態度。西原來華後見到的第一個高官是有親日派之稱的章宗祥。他告訴章宗祥，寺內不久將組閣，新內閣會一反從前政府的態度，徹底實行「中日親善」。
章宗祥因為還沒有完全弄清西原的底細，所以未與之深談，對西原的親善之談，他也認為只不過是普通的門面話。可是在得知寺內有可能成為日本下屆政府的首腦，西原又是這位未來首相的使者後，段祺瑞卻非常重視，立即予以接見。
當初在日本提出「二十一條」時，段祺瑞曾是政府要員中為數極少的主戰派，那時他對日本的態度，如果用現代政治術語來描述就是鷹派。不過另一方面，段祺瑞又是一個實用主義的政治家。他認識到，隨著世界大戰的爆發，國際環境已開始發生變化，中國的對外政策也必須適應這一變化。
早在民國創建之前，身為清廷要員的袁世凱就主張實行「遠交近攻」的外交政策，即聯合美國、德國，制約日本。在袁世凱成為民國元首之後，這一政策得到延續，中日關係也因此十分緊張，「二十一條」正是這種形勢下的產物。
段祺瑞主張將「遠交近攻」改為「一律看待」。他說：「中國對於各國宜取一律看待主義，彼以誠意來，我亦以誠意往。」換言之，只要其他國家主動示好於中國，就沒有必要先入為主地予以排斥。以此新政策來看待日本，如果寺內新內閣真的能夠改變對華政策，則絕不妨礙他老段由鷹派轉變為鴿派。
這時德日因「一戰」已成為敵對國。為了表明自己並不親德，段祺瑞在接見西原時，便要他回去轉告寺內：「日本因為我留學德國，故認為我和德國有著特殊關係，這誠然是多餘的顧慮。」
寺內曾赴法國，並擔任過駐法公使館的附武官，段祺瑞以此打了個比方：「據說寺內先生長期在法國，但並沒有人說他與法國有特殊關係。我所想的只是中國和東方。」
此次接見不久，段祺瑞即派章宗祥出使日本，與日本加強往來和接觸。臨行前，章宗祥請示對日基本方針，段祺瑞向他明確交代：「遠交近攻之策，自不適用於今日。」章宗祥素來主張與日本搞好關係，見作為總理的段祺瑞與他見解相同，「心中為之一安」。
當章宗祥以駐日公使的身份出使日本時，寺內內閣已經正式成立，西原又跑來與章宗祥會晤。
雖然大隈內閣已經下台，但當時中國各地仍有大隈內閣所派遣的浪人到處興風作浪，四處搗亂，尤其是山東膠濟沿線一帶折騰得更凶，這讓章宗祥感到十分頭疼。既然西原一直把話說得那麼漂亮，他就決定用投石問路的辦法來試一試，於是便托西原傳話給寺內，要求予以解決。
不久，日本政府果真下達命令，取締分散中國各地的浪人，要求一律限期回國。
在感到日本的對華外交政策確有變化的同時，章宗祥也驚異於西原身上巨大的能量，因為西原並非寺內內閣的成員，也不在日本政府擔任任何實際職務，用北京政壇的習慣用語來說，他不過是寺內私人的一個跑腿混混兒而已。
事實上，西原卻絕不是「跑腿混混兒」這麼簡單。自寺內擔任朝鮮「總督」起，他就一直追隨於寺內身邊，幫助其策劃運作，深得寺內的信任。對這位「無冕大臣」而言，取締召回浪人，不過是小事一樁，為了促成寺內所謂的「中日親善」，他還有更大的禮包要送出來。
見面禮
再次與章宗祥見面，西原提到，中國目前最困難的就是財政，而要整頓財政首先就需要一筆款子，如中國要借款，日本可以施以援手。
包括善後大借款在內，中國所借外債向來都拿不到實數，總要被七扣八扣減掉許多，這也常常會被外界認為是經手人拿了佣金或「回扣」，具體到向日本借款，則更為敏感。對西原主動要借款給中國政府的提議，章宗祥事先沒有心理準備，不敢貿然答應，只好推托說自己怕因此遭到猜疑，不願涉足其中。
西原真是有夠貼心，過了幾天又對章宗祥說，他已經想到了一個好辦法：借款時十足交款，答應借多少，實際付款時就給多少，中間不再給經手人佣金，如此經手人就可以乾淨了。
西原同時聲明借款不涉及政治，不需要抵押。如此優厚的借款條件，段政府乃至之前的袁政府還從未遇到過，正好政府又處於極度缺錢的當口，豈有不笑納之理？
西原在日本本國的操作沒有任何問題。除了寺內對他言聽計從外，大藏大臣（即財政大臣）勝田主計原在朝鮮幫寺內主持理財工作，從那時起，他與西原的關係就十分密切。在大藏省內，西原可以隨便命令和指揮勝田的幕僚，也能讓銀行人員聽從他的命令辦事。
需要避開的還是國際財團，因為按照善後借款協議，四國銀行團中的任何一國都不能單獨對華進行政治借款。西原雖然口口聲聲借款不涉及政治，可是也怕銀行團知道後會大加詰責，所以只能秘密辦理。
這時在日本控制的範圍內，有三家專營長期投資業務的特種銀行，分別是台灣銀行、朝鮮銀行和日本興業銀行。經過研究，便決定由三家銀行借款五百萬元給中國交通銀行。
雙方商定後，西原一個電報發到東京，勝田馬上回電同意。這是寺內上台後，通過西原之手借給中國政府的第一筆款項。
借款辦理得如此順利，出乎北京的意料，也使得段政府進一步確證了寺內內閣的政治信用。一拿到款項，段祺瑞立即派吳光新拜訪日本駐華公使及天津駐屯軍司令官，以表達自己「認真與日本合作」的態度與決心。
對於西原和日本政府而言，第一筆交通銀行借款是其表達「誠意」，讓中國消除戒心的見面禮。自此以後，西原在段政府面前的地位和影響力得到大幅提升，他開始更積極地促成中國對德宣戰。
日本本身是協約國成員，站在協約國一損俱損、一榮俱榮的角度，西原一直擔心中國被德國所誘惑，把豐富的資源和勞動力提供給德國，從而對協約國產生不利後果，所以他在為借款奔走的同時，一直努力勸說中國參加協約國。
不過寺內內閣想的與西原卻不完全一致。寺內固然不樂意中國支持德國，可要是中國加入了協約國，反過來使日本在山東的權益得而復失怎麼辦？
美國駐華公使芮恩施為了遊說中國參戰，尚能背著政府誇下「援助」的海口，西原與高層關係緊密，可以做到言出必行，反倒不能這樣信口許諾，因此在段祺瑞決定參戰之前，其實並沒有得到過日本將全力對華「援助」的確切保證。
在這種情況下，北京政府開始對日方的「好意」產生疑慮。時任交通總長的曹汝霖一手經辦了交通銀行借款案，可是也對寺內內閣的新政策抱著將信將疑的態度。章宗祥更曾電囑曹汝霖，認為西原雖然神通廣大，但終究不是外交上負責任的政府人員，勿太過信任，致生波折。
在段內閣中，曹汝霖、章宗祥均被視為親日派，連他們都這樣謹慎，段祺瑞更不會冒險把參戰與日本「援助」相聯繫。實際上，他這時候主要想依賴的還是美國，指望得到的也是芮恩施所說的「援助」。
在發出對德抗議前，日本政府雖然接到了中方的通知，但二者僅隔五個小時，表明到此時為止，北京政府並不把日本的意見作為參戰的必備條件。這可把西原給急壞了，他數度向寺內內閣提出建議，認為如果坐視中國被美國拉進協約國，只會使好不容易打下的一點點「親善」的基礎發生裂痕，他先前的種種努力也算白費了。
原先日本政府不放心的主要還是山東問題，寺內內閣為此相繼與英、俄、法、意達成諒解，獲得了由日本繼承德國在山東權利的保證。有了這一保證，寺內決定接受西原的建議。
平衡木
響應美國的勸告本是中國參戰的一個重要由頭，可是之後美國政府卻又變得消極起來，這使得北京政府在採取下一步行動之前，也想重新試探一下日方的態度，看能否獲取對方的支持。
1917年2月14日，段祺瑞以國務院、外交部的名義聯合致電章宗祥，提到中國一旦與德絕交、宣戰，就必然需要一筆非常大的費用，到時希望日本和協約國其他成員能夠允許，讓中國「酌加關稅」以及「將庚子賠款緩解或延長年期」。
先前對中國未與其磋商，就在美國的勸告下發出對德抗議，日本外相曾酸溜溜地表示過「遺憾」。現在段政府能夠第一個跟日本商量「與德絕交、宣戰以後的事」，顯然流露的是一種「親日」姿態。在章宗祥就此告知日本政府後，日方「極表滿足」，認為這是中國政府「初次對日誠意之表現」。
為了堅定中國參戰的信心，寺內立即派西原前往中國進行遊說。在出發前，圍繞中國加入協約國的優待條件，西原與首相寺內、藏相勝田、外務相本野進行了磋商，獲得了他們的首肯。
2月16日，西原抵達北京，與曹汝霖、梁啟超等要人見面，並多次拜訪段祺瑞。其間，他們就優待條件進行了長時間交談。
西原向段祺瑞暗示，中國如果參戰，日本政府可以通過派遣教官、提供軍火等方式武裝中國軍隊，但中國並不需要直接出兵歐洲，而只需派華工即可。當然，中國還可以憑此得到更多的貸款。
西原在京的一系列談話和「保證」，讓段祺瑞及其幕僚下決心在對德抗議後，進一步與其斷交乃至宣戰。
西原與段派成員頻繁的秘密接觸，立即引起了包括黎元洪在內的反對派的疑慮，認為段祺瑞在乘機投靠日本，借助日本借款，以達到排除異己的目的。
本來僅涉及國家利益的參戰問題立刻變得複雜起來。黎元洪密電全國名流徵求意見，這些意見也以反對與德絕交者居多。這更增加了黎元洪的底氣，遂從支持絕交完全轉向反對絕交，府院之爭也因對德態度不同而進一步升級。
府院相持不下，令南京的馮國璋成為焦點。作為北洋系中除段祺瑞之外的另一個實力派，早在參戰風波發生之前，被選為副總統的馮國璋就是府院雙方及各方面人士都競相爭取的香餑餑。馮國璋既不願得罪段祺瑞，又不想令黎元洪難堪，只能採取兩邊敷衍、不置可否的辦法。
2月22日，在黎、段、國會的極力相邀下，馮國璋抵達北京，為府院進行調解，不過其態度一如從前，仍然是息事寧人、不偏不倚。
段祺瑞原以為「四哥」（馮國璋在家裡兄弟中排行第四）是北洋袍澤，一家人總會幫著一家人，沒想到馮國璋玩的是平衡木。好在失之東隅，收之桑榆，在此重要時刻，他得到了梁啟超的鼎力支持。
在清末民初的文化界中，梁啟超的文章學識被公認為居於第一流水準，同時他也勇於議政，是一個對政治生活有著濃厚興趣的人。
梁啟超曾經周遊世界，對各國的國情形勢比較熟悉，根據對國際形勢的瞭解，他寫成了《歐戰蠡測》一書，判斷德國在「一戰」中絕無取勝的希望。與段祺瑞一樣，梁啟超原先也是個「親德派」，這位名副其實的輿論鉅子能夠主動站到段祺瑞一邊，不僅足以抵消社會輿論中的部分反對意見，而且極大地增強了段祺瑞的信心。
這時中國對德絕交正好獲得了一個極好的理由：繼德國政府復照拒絕中國的抗議之後，3月1日，一艘法國郵船被德國潛艇擊沉，搭乘該船的五百餘名中國勞工不幸身亡。
段祺瑞抓住機會，當天便在總統府舉行最高國務會議，討論對德絕交問題。黎元洪雖未表示反對，卻強調不要急於下論斷，應服從國會決定，「倘代表民意之國會決定贊成加入聯盟（即加入協約國）」，他個人決不反對。
既然黎元洪這麼說，段祺瑞即以總理身份邀請參眾兩院議長、國會各政黨領袖舉行會談，結果列席者都沒有在對德絕交問題上表示不同意見。
第二天，在協約國公使的敦促下，段祺瑞主持召開內閣會議，通過了對德絕交案。與此同時，段內閣又草擬出「加入協約國條件節略」，節略的內容是請日本對中國參戰後希望享受的各項權利予以贊助，末尾寫道：「深信日本政府對中國之誠意。」