徐世昌就任總統後，即授命錢能訓組閣。1918年12月1日，中國政府應協約國之邀，派出代表團參加巴黎和會。
當時海上交通困難，歐亞航線班輪稀少，代表團必須先出山海關，經東北、朝鮮到日本，然後再從日本登輪去巴黎。可是在離開日本登輪時，代表團團長、外交部長陸徵祥卻發現丟了一個公文箱，裡面裝的是中國關於東北、山東、蒙古、西藏等問題的絕密外交文件。
陸徵祥是中國第一代職業外交家，但是也有人認為他不是一個合格的外交人才，只不過是「大禮官的材料」。現在這種評價似乎又得到了進一步確證，加上陸徵祥又是「中日民四條約」的簽字者，引得國內輿論對其更加不滿。
陸徵祥出國後，外交次長陳菉代行部務。陳菉資歷甚淺，社會聲望不高，被認為也不足以應付局勢。於是在梁啟超等人的建議下，徐世昌便在總統府另外設置了一個外交委員會，用以制定和會的相應政策。
中國代表團到巴黎不久就遭遇了困境——日本代表依據「一戰」初期與英、俄、法、意達成的諒解，向和會遞交提案，要求由日本繼承德國在山東的權益。日本代表同時聲明，如不照此案解決，日本將拒絕簽和約。
火燒趙家樓
日本人一撒嬌，主導和會的大國立即做出讓步。1919年4月30日，美英法三巨頭擬定《凡爾賽條約》三條款，決定將德國在山東所奪取的權利全部讓與日本。
中國對於恢復山東主權的要求理所當然遭到了拒絕。在這種情況下，陸徵祥也考慮過不簽和約，將來與德國直接進行交涉，可是他又對此沒有把握，於是便致電北京徵求意見。
外交委員會召開緊急會議進行商討，商討的結果是不簽約。隨後外交委員會委員長汪大燮、事務長林長民前往總統府，將拒簽電稿呈交徐世昌。徐世昌看完表示同意，遂令國務院將電稿拍發給代表團。
可是國務院的意見卻與外交委員會相左，第二天就密電代表團簽約。國務院電報處正好有一個林長民的同鄉，他發現後便偷偷地跑去把這一情況告訴了林長民。
汪大燮、林長民聞訊大怒。汪大燮命令即刻結束會務，並親自寫下辭呈送交徐世昌。林長民則密電正在法國的梁啟超，請他通知巴黎的中國留學生，組織起來對簽約進行反對。
做完這些後，汪大燮仍覺得聲勢不夠，尤其是作為總統的徐世昌面對他的辭呈未再做任何表態，說明其意見已與國務院一致。
正在感到焦慮，有人對他說：「北大學生本要遊行，何不去告訴蔡先生？」
蔡先生指的是北大校長蔡元培。他已經獲悉了巴黎和會拒絕中國要求的消息，為此召集學生代表，指出這是國家存亡的關鍵時刻，號召奮起救國。學生代表們於是決定舉行遊行示威運動，日期定於5月7日的「國恥紀念日」——正是在四年前的這一天，日本政府向中國發出了關於「二十一條」的最後通牒。
汪大燮聽後，即坐馬車前往蔡宅，將政府主張簽約的事告訴了他。蔡元培於當晚在自己家中召集學生代表開會，會議決定將遊行日期提早三天進行。
5月4日下午，北京大學聯合北京各高等學校學生，雲集於天安門附近舉行示威遊行，近代史上有名的五四運動開始了。
在錢能訓內閣中，大部分閣員為段內閣的舊人，其中的交通總長曹汝霖、幣制局總裁陸宗輿、駐日公使章宗祥，都曾是對日借款的經手人，遊行學生同時要求對這三人進行懲辦。
撇開曹、章不談，段祺瑞對陸宗輿的印象其實並不好。他有一次曾說陸不是一個好人，別人問為什麼，他的回答倒也頗有趣味：一打牌，就能測出來了。
陸宗輿是段公館牌桌上的常客。打麻將的時候，別人都把票子放在桌上，他卻把錢放在自己衣袋裡，等到輸了，才慢吞吞地一個子兒一個子兒摸出來。段祺瑞以牌品論人品，覺得陸宗輿很不男人。
等到陸宗輿遭到聲討，有人就問段祺瑞：「陸既是壞人，老總（指段祺瑞）過去為什麼要重用他呢？」段祺瑞的回答頗有些耐人尋味：「項城（袁世凱）重用他，我未曾重用他。」
對段祺瑞而言，向日本借款是利用日本人，反正以後也沒打算償還，而幫他辦理這樁事的政府要員，其作用也僅限於此，所以算不上是重用。
某種程度上，曹汝霖、陸宗輿、章宗祥只是做了段祺瑞其實並不想做，但又不得不做的一件事。現在段祺瑞下了台，他們還在台上，也就活該要倒霉了。
五四運動爆發時，傳說曹、陸、章三人正在曹家開會，學生們便直接衝向了曹汝霖的住宅趙家樓。
曹汝霖和寄住在他家的章宗祥見學生來勢洶洶，急忙四處躲藏。學生破門而入後，沒找到人，剛好看到有一箱火油，便縱火焚燒趙家樓。章宗祥見屋內火起，急忙從藏身處逃出，不料與學生撞個正著。學生以為他是曹汝霖，立即一擁而上，飽以老拳。章宗祥頓時被打得遍體鱗傷，不省人事。
據說當時趙家樓內有幾十個武裝警察，但看到學生衝進來後根本不敢阻止。直到學生縱火，軍警趕來滅火，才逮捕了36名來不及逃散的學生。
這就是五四運動的開篇「火燒趙家樓」。在此之前，蔡元培曾讓學生代表轉告學生，要求遊行過程中嚴守秩序。「火燒趙家樓」之後，他一面遞交辭呈，一面與其他大學的校長一起前往警察總監處具保，要求釋放被捕學生。
由於釋放要求未能得到滿足，國民外交協會決定在5月7日到中央公園召開國民大會。國民外交協會與外交委員會同時成立，當時為的就是與外交委員會相互呼應。該協會共有會員百餘人，其中有不少各大學的學生和西南代表。
5月7日晨，外交協會秘書梁秋水從中央公園門口路過時，發現園門已經關閉，門外有十餘個武裝警察，架著機槍。顯然，政府已經掌握開會的消息並預先做了防備。
梁秋水到會所後，又有三十餘個武裝警察進來，把院子都佔滿了。問他們所為何來，對方稱奉衛戍司令部警察總廳命令，禁止協會在公園開會，若不遵命就逮捕會員，封閉會所。
梁秋水馬上問他們：「司令部和警察廳是日本機關，還是中國機關？」
警察們老實作答：「是中國機關。」
又問：「諸位薪餉是日本的錢，還是中國的錢？」
答：「是中國的錢。」
再問：「諸位知道我們今天為什麼要去公園開會？」
「不知道。」
來者不怕，怕者不來
原來你們還不知道！梁秋水就告訴他們協議開會是為了反對簽訂和約。他接著侃侃而談：「不料當局反來禁止我們開會，這明明是幫助日本壓迫我們……諸位都是中國人，如果都是好漢，請快快與我們同去開會。」
警察們都沒話說了。梁秋水遂請他們進屋休息，抽煙喝茶。
坐了一會兒，為首的頭目突然想到上峰那裡難以交差，便趕緊對梁秋水說：「我告訴你真話，會員可不逮捕，會所可不封閉，但公園萬不可去，如去一定死人如麻。」
梁秋水毫不退讓：「俗話說得好，來者不怕，怕者不來。」這時會員已來了一百多人，他指著這些會員說：「自來送死的越來越多了。」
警察頭目口中的「死人如麻」不過嚇唬嚇唬人，哪裡敢真的開槍。見相持許久，協會的人仍難以搞定，他只得央求梁秋水幫他想個辦法，好讓他對上面有所交代。
梁秋水沉吟了一下說：「如果我們今天不去公園開會，那今天必須先把被捕的學生釋放。」警察頭目聽了便向上司打電話，反反覆覆打了幾次後，他終於告訴梁秋水：「長官同意梁先生的辦法。」
既然問題已經解決，警察也就散掉了。外交協會的會員們隨即整隊向天安門進發——說好不在公園開會，也沒說不到街上遊行。
在新華門前，會員們與剛剛被釋放的學生相遇。大家合兵一處，沿路一邊高呼「反對巴黎和約」，一邊散發傳單，至下午四五點鐘方散。
五四運動不僅沒有就此停步，而且呈現出愈演愈烈的勢頭。除北京學生繼續上街遊行示威外，上海、南京等地還實施了大規模的罷工、罷市和抵制日貨行動。
1919年6月3日，北京政府被迫罷免曹汝霖、陸宗輿、章宗祥。一周後，徐世昌向國會提出辭呈，雖然未獲批准，但其不堪重壓之態已顯露無遺。
儘管如此，府院雙方仍認定簽約為正確選擇。徐世昌在遞交辭呈的同時，就通電各省主張簽約。6月23日，國務院也再次給代表團發電，指示可以簽約。
6月28日是和會規定要簽約的日子。當天，巴黎中國留學生包圍了代表團寓所。
就算是留學生們不包圍寓所，代表團也未必敢簽約。五四運動的消息早已傳到巴黎，各處要求拒簽的電文更是如雪花般一封接一封。其中外交協會連去三電，第三電的全文赫然為：「公果敢簽者，請公不必生還！」外交協會的電文尚不算最凶最猛，後面喊打喊殺的還有的是。
代表團中除團長陸徵祥有「好好先生」之稱外，其他如顧維鈞等，都堪稱人精中的人精，他們即便專為個人著想，又豈肯背負簽約責任，來蹈曹汝霖、陸宗輿、章宗祥之覆轍？
好了，反正現在寓所已被學生包圍，想去凡爾賽宮簽約也不可能了。大家於是索性哪兒都不去，只向巴黎各報社發去一個正式聲明，歷述前後原因經過。聲明最後說：「中國代表團為正義，為國家，只有不簽約，以待世界輿論之裁判。」
五四運動的洶湧浪潮非但擋住了和會簽約，還震垮了內閣。總理錢能訓早在5月就一再向徐世昌請辭，但因為國際國內都處於多事之秋，更換內閣不易，所以一直拖到6月，徐世昌才接受其辭呈，派龔心湛暫代。
就在這時，北京政府突然接到中央駐庫倫都護使陳毅的報告，說外蒙古已有回歸中國之意。
直到清末，外蒙古仍在中國的疆域範圍之內，其北端與俄國貝加爾省相接壤，共立有中俄國界標牌九十六處。辛亥革命後不久，外蒙古活佛哲布尊丹巴受沙俄政府的唆使，才宣佈外蒙古獨立，其後便一切聽命於沙俄。
民國建立後，北京政府堅決不承認外蒙古獨立。為了解決這一分歧，中國、俄國、外蒙古三方進行了多輪曲折複雜的談判，最終簽訂「中俄蒙協約」。根據協約，外蒙古承認中國的宗主權，俄國承認外蒙為中國領土的一部分，但協約又規定外蒙古對內擁有充分的自主權。這就意味著外蒙古仍未脫離俄國的勢力範圍，中俄兩國在外蒙古也都分別駐紮著軍隊。
從那時候起，中國政府一直在為外蒙古撤治準備條件。袁世凱為了顯示國家威信和實力，還特地從國內挑選人高馬大的騎兵作為駐軍。這些駐軍全部配發黃呢軍服和新式武器，軍紀也很好，頗受駐地百姓的歡迎。
最大的障礙仍是俄國，然而十月革命的爆發卻自動為中國消除了這一障礙——原駐外蒙古的沙俄軍隊陸續撤回國內，鬧革命的蘇維埃政權又因忙於內戰而無力兼顧外蒙古。
隨著俄國在外蒙古的統治暫時陷入真空，一部分外蒙古王公擔心日本乘虛而入，便聯繫陳毅，表示願意撤治（撤銷自治），重新回歸中國。
一段佳話
徐樹錚時任西北邊防籌備處處長，得知外蒙古的情況後，立即提出「西北籌邊大綱」十條，要求派兵充實邊防，並建議由大總統特任「西北籌邊使」一名，以節制西北邊境部隊，兼興辦墾務，開發西北。
徐世昌對徐樹錚的想法很感興趣。他對徐樹錚說，外蒙古問題複雜，如果處理不善，勢必影響國家主權，甚至引起外交干涉，所以非有雄才大略的人物，不足以勝任此艱巨任務。言下之意，徐樹錚本人就是解決外蒙古問題的不二人選。
徐世昌說到做到，隨後就向國會提出了「西北籌邊使」官制案。按照官制案，西北籌邊使擁有非常大的權限，可以負責熱河、察哈爾、綏遠、甘肅、新疆、內外蒙古等地的邊防。
當時各省地盤都已被捷足先登者染足，西北地大物博，大有可為，而且外界又都知道了老徐有意讓小徐擔任西北籌邊使的消息，因此官制案一經提出，便招致了各派疑忌。首先跳出來反對的是直系，該系議員指責政府在因人設官，擺明就是讓徐樹錚控制西北。他們還對已與徐樹錚鬧翻的張作霖進行挑撥，說徐樹錚經營西北是在為吞併東北打基礎。張作霖憤怒之下，授意東三省六十餘名議員投票反對。
雖然國會內的反對聲浪很高，但安福系畢竟佔有絕對優勢，所以官制案仍勉強得以通過。
官制案一過，徐世昌即特派徐樹錚為西北籌邊使，之後又任命他為西北邊防軍總司令，准其招募軍隊。
昨天小徐不遺餘力地擁護老徐當元首，今天老徐不避嫌疑地將小徐扶上馬，怎麼看都像是一段佳話。可是世上的佳話，真正經得起推敲的向來不多，這段忘年交的故事也是如此。
徐樹錚誠然是徐世昌上台的最大推手，但當徐世昌做了總統之後，最感到擔心和憂慮的人物，也恰恰是這個他曾經倍加欣賞的「小文友」。
原因自然還是徐樹錚那順我者昌、逆我者亡式的「真小人」性格。他為了給徐世昌競選創造條件，曾經向曹錕許了一個副總統的空頭支票。可是等到徐世昌正式當選總統，他又生怕選出曹錕會造成第二個馮國璋，從而在北洋系內部與段祺瑞搗亂。
為了避免這一情況的發生，徐樹錚暗中操縱「安福國會」，以到會議員不足法定人數的方式，致使副總統選舉流產，曹錕也因此空歡喜一場。
接著，徐樹錚又把矛頭對準了原國務總理錢能訓。錢能訓是馮國璋的舊人，與西南方面有聯繫，熱衷於南北和議。徐樹錚對他甚為不滿，經常策動「安福國會」和各省督軍與之為難。
由於擅長呼風喚雨，徐樹錚還得了一個綽號「小扇子」。可想而知，有一個能量如此之大的「刺兒頭」長在身邊，徐世昌的心情會如何。事實上，他晚上連覺都睡不踏實，巴不得趕緊找個理由把對方調出京城，外蒙古問題正好為他提供了這一機會。
不管徐世昌到底打著怎樣的肚皮官司，反正徐樹錚已經大權在握。面對眼前「建功邊疆」的藍圖，他興奮不已，躍躍欲試。
由徐樹錚任總司令的西北邊防軍其前身為「參戰軍」，也就是準備用於「一戰」的軍隊。它和遠赴西伯利亞的中國支隊一樣，最初的經費都來自「西原借款」中的「參戰借款」。「參戰借款」一共兩千萬元，這裡要用，那裡也要用，並不怎麼夠開銷。
還在中國支隊派出之前，交通部次長葉恭綽有一次去見段祺瑞，對他說：「現在既然已經參戰，無論多少總得派點軍隊參加。不知已做了怎樣的計劃？」段祺瑞回答：「他們（指徐樹錚等幕僚）的意思想出一萬兵。」
葉恭綽馬上又問道：「出一萬兵，準備了多少錢呢？」
段祺瑞提到有「參戰借款」。葉恭綽不以為然：「從中國到歐洲，要走許多的路程，花許多的時間，什麼時候能夠回來也不知道。兩千元供應一個兵恐怕不夠吧？」
什麼叫作「兩千元供應一個兵」？葉恭綽當著段祺瑞的面算了一筆賬：兩千萬元的「參戰借款」，出一萬兵，每個兵身上只能攤到兩千元。
段祺瑞聽了再也作聲不得。
獨樹一幟
段祺瑞尚在頭疼錢的問題，「一戰」就結束了，參戰督辦和剛剛成立的「參戰軍」也相應改為邊防督辦、邊防軍。邊防軍和西北邊防軍其實並不是一個概念，邊防軍其實已突破「參戰軍」的範疇，除西北邊防軍外，它還包括陸軍第九師等其他段氏嫡系部隊。西北邊防軍則是單純由「參戰軍」擴展出來的部隊，由徐樹錚直接指揮，其費用也主要靠徐樹錚個人從皖督倪嗣沖、陝督陳樹藩等人那裡「化緣」。
西北邊防軍在習慣上又被稱為西北軍。這是民國時期最早以西北軍冠名的軍隊，共轄三師四旅，其中第一、第二混成旅就是徐樹錚任奉軍副司令時，歸屬於參戰督辦處的那兩支奉軍旅，算是從張作霖手裡挖過來的。第三、第四混成旅系按徐世昌的命令招募，這兩個旅的招募區被指定為皖南，由於招募期間得到了倪嗣沖的竭力協助，所以用很短的時間便募得滿額。
西北軍為清一色的日式裝備，步槍、機槍是「三八式」，山炮是「大正六年式」，其他如交通通信等設備也都來自日本。就當時的情況而言，這些裝備在全國各軍隊中都處於拔尖地位。
除了一流的裝備，西北軍還擁有一流的軍官素質——各旅軍官以正規軍校出身者居多，單純行伍出身的軍官為數較少。
在舊的北洋系四分五裂之後，能夠完全聽從段祺瑞調遣的北洋精銳部隊已經不多了，這使得他和徐樹錚吃盡了苦頭，行事也多受掣肘。西北軍類似於當年袁世凱的模範團，是自直、皖對立以來，段、徐所創建和直接指揮的第一支嫡系武裝，而且底子又是如此之好，所以二人都對它格外重視。
按照段祺瑞的吩咐，徐樹錚以洛陽為據點，對西北軍展開了極具自身特色的軍事訓練。
正志中學（後曾改名為成達中學）是首都師範大學附屬中學的前身。這所具有百年歷史文化積澱的名校，乃徐樹錚一手創建，建校款項就是當年經袁世凱特批，他從美國軍火商那裡拿到的佣金。學校建成後，徐樹錚擔任了首任校長，並親自製訂教學計劃，遴選教員，林紓等文化名家都曾被他請為教員。在此期間，徐樹錚還有過將正志中學改成大學的計劃。北洋系軍人中雖不乏尊師重教者，但能做到像他這樣認真的，卻極其罕有。
更令人稱奇的是，徐樹錚的辦學模式也與眾不同。當時的普通中學一般都不設軍事操，在課程設置上，古文也已被放到相對次要的位置。徐樹錚則主張「中學為體，西學為用」，正志中學的學生必須練軍事操、讀古文，缺一不可。他還常向學生講話，號召學生學好本領，將來好征服日本，一雪自甲午以來的國恥。
軍隊同樣被徐樹錚灌注了這樣的個人理想。他希望自己的部下「上馬能擊賊，下馬作露布」，既會拿槍桿，又會拿筆桿。為此，他規定西北軍的所有軍官都必須讀《孫子兵法》《管子》《孟子》《戰國策》等古書，且每兩周或一個月必須寫作文一篇。作文題目由徐樹錚擬定，不限體裁，不限字數，文言白話均可，篇幅亦可長可短。寫好之後，徐樹錚不假人手，親自批改。文章寫得好的，還能得到紙、筆、墨盒等獎勵。
與軍官不同，士兵的文化程度一般較低，剛剛招募進來的甚至大多不識字。徐樹錚對士兵的「掃盲教育」抓得很緊，經過「掃盲」，一年之內，士兵中能讀白話報及寫家書的，不在少數。
民初軍隊的士兵訓練，均注重操場上老一套的制式訓練，拔慢步往往被看得非常重要。徐樹錚對這些形式化的東西不太在意，他在意的是野外演習和實彈射擊，對官兵的體力訓練，如器械體操、刺槍、劈劍、負重跑步和負重超越障礙物等，尤要求嚴格。
在軍隊的公文格式直至軍紀方面，徐樹錚也做了一些革新。他發現有些公文格式非常煩瑣，有時公文的正文才兩三句話，廢話卻有一大堆，不僅費事無用，而且容易將辦公文的人和看公文的人都弄糊塗。徐樹錚通令予以廢除，之後公文就變得簡便清楚多了。
對士兵的體罰，曾盛行於民初各軍隊。當時軍隊裡還特製了一種責打士兵的專用軍棍，名之為「黑紅棍」。徐樹錚下令廢除「黑紅棍」，並嚴禁體罰和打罵士兵。士兵犯錯需要處罰，一律只關禁閉。
這些改革現在看來似乎微不足道，但就當時的情況而言，卻極具轟動效應，尤其不體罰士兵這一條，一般軍隊是難以做到的。
騎虎難下
人尚未去西北，就已經弄得這麼風生水起，免不了遭到反對派的忌恨和各方面的猜疑。民國是個相對開放的時代，英傑們大多脫不開風流二字。徐樹錚平生以「醒握天下權，醉臥美人膝」自命，在政治舞台上叱吒風雲的同時，也從未忘情於聲色。他是京城八大胡同的常客，曾經娶過一個妓女，且對之十分寵愛。當了西北籌邊使後，又同時娶了兩個妓女，只是這兩個妓女都不像前一個那麼得寵。於是乎，八大胡同就紛紛傳說：「徐樹錚娶這兩個人，不為自己，是為了蒙古王子，他想唱一出昭君和番呢！」
就在徐樹錚厲兵秣馬、積極準備之際，外蒙古的撤治問題也有了新的進展。經過多次談判，1919年8月4日，王公們在庫倫召開大會，與陳毅商定了撤治的兩條原則，即「恢復前清舊制」以及由王公總攬政權。
陳毅隨後將交涉情形電告北京政府。龔心湛內閣討論後，對達成的兩條原則無意見，但提出應該走一下程序，也就是先讓外蒙古王公以全體人員的名義呈請恢復前清舊制，然後再由政府與之具體磋商條件。
接到北京的訓令，陳毅卻沒有照辦，只是敷衍說，外蒙古希望先以非正式協商的方式談妥各項條件，否則便不能安心撤治。
外蒙古高層由王公和喇嘛共同構成，但在撤治過程中，陳毅一直是與王公打交道，從未與喇嘛直接接觸。自庫倫大會起，撤治的商談過程以及達成的條款均系秘密進行，俄國及喇嘛都毫不知情。
對於喇嘛，陳毅的想法比較一廂情願，他是希望讓王公去說服喇嘛，再通過喇嘛去說服活佛。王公們答應去對喇嘛進行說服，對於說服的結果，他們提供給陳毅的信息也非常樂觀。陳毅信以為真，他給北京政府發去電報：「至於喇嘛方面，王公既願，彼必無詞。且活佛亦久向中央，殊無可慮。」
9月26日，他再電北京：「喇嘛方面，經王公竭力疏通，亦全體通過，冊封一事……復經回稟活佛，亦奉允許。」
10月1日，陳毅派秘書黃成垿將與王公磋商好的條件草案送往北京，這就是「外蒙古善後條例」，共六十三條款，也可簡稱「六十三條」。此時陳毅認為已經大功告成，不願讓徐樹錚介入，於是就在黃成垿由庫倫動身時，囑咐他避免見到徐樹錚，以免讓徐樹錚知道此事後分去自己的功勞。
黃成垿到京時，徐樹錚尚在北京。黃成垿按照陳毅所囑，盡量避免與之見面。徐樹錚是何等樣人，平時眼觀六路，耳聽八方，黃成垿來京的消息又豈能躲過他的視線？但因為黃成垿沒有主動來聯繫，暫時也就未予理會。
陳毅沒有想到，王公們給他提供的有關疏通喇嘛成功的消息居然全是假消息。就在他派黃成垿進京的同一天，活佛哲布尊丹巴給徐世昌寫了一封親筆信，對「六十三條」表示明確反對。
陳毅在辦理撤治過程中的一大錯誤，就是先與王公議定條件而非先請撤治，這使得他和王公在事發後騎虎難下，連迴旋的餘地都失去了。這時，他才想到徐樹錚的作用和價值，於是便在黃成垿到京的六七天後，趕緊給徐樹錚發去一封電報：「黃成垿有秘密要務赴京，到時祈面晤。」
陳毅既要徐樹錚派兵來庫倫助助聲勢，又不希望他本人涉入撤治事務，這導致黃成垿在見徐樹錚時，始終吞吞吐吐，閃爍其詞。徐樹錚問他到底有什麼「秘密要務」，他就掩飾說只是因為個人私事要請假去奉天，奉陳毅之命順道來北京催隊伍。
徐樹錚一聽，便知道其中一定另有玄機，當下也不點破，就笑著把黃成垿打發走了。
陳毅讓黃成垿「催隊伍」，至少說明事不宜遲，應立即動身。10月23日，徐樹錚由北京啟程，急赴庫倫。
出發前一天，他去謁見徐世昌，談到自己還沒有見過撤治的條件草案。徐世昌馬上讓他去向國務院秘書廳調卷，這一調來的卷宗正是陳毅派黃成垿送來的「六十三條」，上面還有外交部所加的簽注。在徐世昌的允許下，徐樹錚得以攜帶此卷北行。
在決定自己入蒙的同時，徐樹錚命令西北軍第三混成旅由宣化徒步前往多倫，然後再在那裡乘汽車前往庫倫——自出任西北籌邊使以來，他就未雨綢繆，購買了80輛大型卡車，作為日後運兵之用。與之相應，西北軍裡校、尉一級軍官都有一個與其他軍隊不同的技能要求，即必須學會開汽車、火車以及掌握車輛調度等知識。
在那個時代，80輛大型卡車是個驚人的數字，讓軍官普遍學會開車也殊為少見，由此亦可見徐氏的遠見卓識和非同凡響的氣魄。
魯班面前弄斧頭
從多倫至庫倫約有兩千里路，途中多沙磧，儘管徐樹錚事先已在路途上設立交通站、開鑿水井，但仍時時會遇到缺乏飲水的困難。這樣的話，就算以汽車輸送，預計也得五到六天。為了保持軍容的整肅，徐樹錚又特別多加了一天，規定七日之內到達，他自己的座車則與先頭部隊一道前行。
10月29日，徐樹錚一行到達叨林，此地距庫倫尚有140里。他忽然下令停車，並通過電話，與駐庫倫的日本武官松井中佐的辦事處取得了聯繫。
徐樹錚早在留學日本期間就會說一口流利的日語，與日本人對話用不著翻譯。當松井本人親自接電話時，徐樹錚先報出了自己的姓名和使命，然後開門見山地說：「根據我派駐庫倫的辦事人員報稱，貴國派駐庫倫的武裝部隊多達兩千餘人，請問是否真有此事？」
日本在庫倫的駐兵是100餘人，徐樹錚也已經偵察到了這一情報。他故意誇大其詞，只是想詐一詐松井，讓他自己承認日本有駐兵在庫倫。
松井不知是計，果然急忙申辯道：「你這一情報是不確實的，我這裡實在僅駐了120人的武裝部隊呀！」
徐樹錚聽罷哈哈大笑，「我並非準備與你們對壘作戰，你們的駐軍數目多少都與我無關！我所要問的是，你依據中日兩國何項條約，公然在中國領土內的庫倫駐軍？」
松井這才明白徐樹錚說話的用意所在，可要否認也來不及了，他支吾半天，才為自己找到理由：「這是我國政府因為庫倫地方不靖，怕外交人員的生命得不到保障，才派來少數軍隊，以策萬全，並無其他用意。」
松井「魯班面前弄斧頭」，真是越辯越亂，越亂漏洞越多。兩國之間，即便派再少的軍隊到對方國去，也必須根據事實，徵得對方國的同意才行。松井的回答牛頭不對馬嘴，已經明顯越軌。
徐樹錚見狀也不再跟他客氣，遂嚴正告知松井：「你們現在駐軍庫倫，既無條約依據，又未得到中國政府同意，顯然是違法行為。」
他要求松井必須在三小時之內，將駐兵的武器送繳中方駐庫倫的辦事處，「倘若超過了時限，則我所率的部隊進入庫倫時，如雙方發生衝突，其一切責任須由閣下負之。」
松井理屈詞窮，喉嚨裡好像有十五個蟲子在爬。他又生怕徐樹錚真的帶來了大批軍隊，到時無法應付，於是趕緊說：「閣下的要求未免太苛，而且也非我的權責所能答覆，必須假以五天時限，等向政府請示後再做答覆。」
徐樹錚聽出松井已有懼意，不過是想借此再拖延一點時間而已。他當即用斬釘截鐵的語氣說：「此事的根本錯誤，系出於日方，閣下是代表日本政府的負責人，當然有責任替政府認錯，並且也有責任改正這種錯誤。現在就請你拿出『負責』的勇氣，做一肯定的答覆吧！」
松井頓時被噎得臉上七青八黃，一句完整的話也說不出來，只是嘴巴對著話筒，一個勁地用乾咳進行掩飾。
眼看已經把日本武官唬得腿肚子都轉了筋，徐樹錚也順勢給他留下一個台階，說：「我們之間的談話，就此告一段落。我現在就命令我的部隊，將行程向後展延一個小時，希望你在這段時間裡，和我的辦事處長解決此一問題。我只憑我的辦事處長一個電話決定行止。」
說完之後，不等松井回話，他就將話筒一掛，揚長而去。
不到半個小時，庫倫辦事處的電話來了：「日本武官松井已將駐庫倫軍隊120人的武器，全部繳來。」徐樹錚這才下令車隊繼續向庫倫開進。
嚇退日本人之後，接下來還得對蒙古人進行心理戰。在揮軍開入庫倫之前，徐樹錚做了特別的佈置，他要求每一輛卡車限載二十名官兵，每名士兵都將所攜武器盡量顯露在外，以此給人造成器械鮮明、軍容甚盛的印象。
卡車進入庫倫市區後，又特意繞著幾條繁華街巷徐徐前行，接著才開往庫倫西郊的紅城軍營。
進入軍營，士兵一律不下車，而是在軍官的監視下，俯伏於車廂之內，加上車身以巨幅帆布覆蓋，車外根本看不到車內有人。這些車子在營房內稍事停留，即開到離庫倫不遠的地方，重新混入新來的兵車行列之內，一同進入庫倫市區。
如此來來往往，把庫倫城的外蒙古人看得眼花繚亂，不知道西北軍究竟來了多少人馬。
奉若神明
紅城軍營乃袁世凱當政時下令修建的駐軍區域。這座軍營規模很大，能夠容得下足足五個師。徐樹錚只帶來了一個旅，雖然西北軍混成旅的編制名額比一般部隊要多，但也只有八千多人，無法住滿營房。徐樹錚的設計是，每個連應入住容納一個團的營房，即便營房內人不多，但營房門口必須佈滿哨兵，並嚴禁當地人接近營區。
外蒙古人不知真相，看到後以為每座營房都住滿了人。這樣粗略估計下來，進入庫倫的西北軍至少不下五萬人，與進城時的氣派完全對應。
此時日本駐兵的繳械事件已經傳遍全城，令一般外蒙古人對徐樹錚更是奉若神明。
外蒙古人其實並不好騙，徐樹錚抵達庫倫後，就發現他們的性格中有多疑的一面。這讓徐樹錚想到，如果今後在談判交涉時使用翻譯，不但會失去原意，還很容易導致誤會。為此，他在到庫倫的第三天就請來一名蒙古語翻譯，向對方學習蒙古語。他還特地關照左右：「在我學習蒙古文之時，非有特別重要事故，概不會客。」
徐樹錚在京時就對蒙古語有所留意，加上他天資極高，所以僅花了兩周時間「惡補」，就已經能大致掌握蒙古語。後來與外蒙古高層的談判交涉，他都是自己說蒙古語，而不用翻譯。
除了學說蒙古語外，徐樹錚還對外蒙古高層的情況做了詳細瞭解。
外蒙古有自己獨特的官僚政治體制，其高層分為兩派，其中王公稱為黑派，喇嘛稱為格魯派。在前清時，外蒙古實行政教分離，黑派王公治政，格魯派喇嘛管教，各有所司。自宣佈獨立起，活佛哲布尊丹巴成為政教合一的領袖。哲布尊丹巴信賴喇嘛，於是在沙俄的支持下，格魯派喇嘛便得以全面把持政權，黑派王公則受到了排斥。
概而言之，王公一派提出撤治，其真正目的並不是要歸附中央，而是想趁著俄國內亂，無力兼顧外蒙古之機，摧毀喇嘛秉政的政治法律依據，以奪回他們手中失去的權力。
在掌握這些內幕後，徐樹錚認為陳毅拋開喇嘛，只以王公為唯一交涉對象的做法是不對的。道理很簡單，撤治是王公的一致意願，沒必要再做什麼工作，現在的阻力全部來自喇嘛，他們為了維護既得權位，對王公所提出的撤治倡議必然抱有本能的敵意。
格魯派喇嘛不可忽視，除了他們實際把持政權外，還在於宗教對於外蒙古的政治和世俗生活有著無可替代的影響力。在這裡，即便是王公，若不借宗教之力，也「不能行其權」。
徐樹錚得出結論，外蒙古撤治之關鍵不在王公，而在喇嘛。他明確表示：「活佛強制之力尚在，縱全數王公迫請，而活佛不應，終無如何。故喇嘛一流人物，未可過於拋荒。」
接著，徐樹錚又發現，陳毅自鳴得意的「六十三條」也存在很大問題。
陳毅非常希望達成撤治，以建成不世之功，但他卻不知道要巧妙地利用王公與喇嘛之間的矛盾，以達成政治上收回外蒙古主權的目的，而只是很呆板地和王公代表商討辦法，結果導致「六十三條」簡直就是他在幫蒙古王公向北京政府「爭取」自治，而不是「撤銷」自治。
在前往庫倫的路途中，徐樹錚一路上對「六十三條」進行研究，已經弄清了其中的利弊所在。一到庫倫，他就找陳毅商量此事，但陳毅把徐樹錚招來庫倫，不過是想借重一下西北軍的聲威，其實根本不想讓徐樹錚插手自己一手經營的撤治交涉。
自此以後，只要徐樹錚一談到與撤治有關的事，陳毅就刻意迴避，其態度和黃成垿類似。另一方面，他又繼續鑽牛角尖，在哲布尊丹巴已經公開表明反對意見後，索性和王公們拋開喇嘛、活佛，單獨實施撤治行動。10月底，王公具名遞送了一件請求撤治的呈文，由陳毅電達北京。
在格魯派喇嘛看來，王公們一意孤行地向北京遞送撤治呈文，無異於在自治政府內部發動政變，他們豈能容忍。於是，格魯派的態度變得比黑派還要強硬，雙方劍拔弩張，氣氛十分緊張。
與此同時，哲布尊丹巴又特派地位僅次於他的嘉亨尊活佛前往北京，送來他致徐世昌的第二封親筆信，繼續表態不承認「六十三條」。嘉亨尊蒞京後，為了向北京政府施加壓力，還「意欲請美使援助」。俄、法等國聞訊後，也聞風而動，分別就喇嘛入京一事向中方提出了問訊。
此時靳雲鵬已繼龔心湛組閣。意識到外蒙古局勢不斷惡化，徐樹錚直接致電新任國務總理靳雲鵬，一針見血地指出，「六十三條」有「七不可」，若完全依據該條例行事，即便撤治成功，外蒙古也將由王公總攬政權，中央無法行使完全主權，撤治云云不過是徒托空言而已。他同時要求待他召集籌邊會議研究後，再決定下一步策略。
徐樹錚不上書還好，這一上書，事情卻變得更複雜了。
水火不容
靳雲鵬、徐樹錚同為段祺瑞的幕僚出身，也是段幕中被公認為最有才能，同時也最受段祺瑞賞識的兩個人。靳雲鵬雖然天資不如徐樹錚，但做事特別勤奮賣力，加之出道較早，名位一直在徐樹錚之上，所以被新聞界封為段幕四大金剛第一名（另三人依次為徐樹錚、曲同豐、傅良佐）。
靳、徐之間一向都互不買賬。在靳雲鵬看來，自己從小兵做起，一步一個腳印，不像徐樹錚原先一天兵都沒當過，只是因為留洋回來就做了軍官。同時，他在徐樹錚之前就受到了段祺瑞的提攜，因此理所當然地視徐為後生晚輩。
徐樹錚則以能文能武自豪，認為靳雲鵬出身行伍，雖然說不上是目不識丁，但也只不過粗通文字而已。他內心裡看不起靳雲鵬，也根本沒有靳雲鵬所期望的那種對「前輩」的敬畏感，平時有了分歧便照吵不誤，不肯給對方留一絲情面。
段祺瑞固然對徐、靳都很賞識，但如果一定要他從中選一個最欣賞最親近的，無疑仍是徐樹錚。
與靳雲鵬和段祺瑞的關係在師友之間不同，徐樹錚是段祺瑞真正的嫡系門生。朋友雖近，總不如學生可靠。更重要的是，徐樹錚只忠於段祺瑞，政治關係較簡單，靳雲鵬卻關係複雜，他和馮國璋做過同學同事，和曹錕是把兄弟，和張作霖是兒女親家，也就是說，幾乎和所有的當朝權勢人物都有瓜葛。因此，段祺瑞對靳雲鵬就不可能做到完全信賴，在對待二人的態度中，也不免有偏徐而抑靳的趨向。
靳雲鵬的功利心和虛榮心都很強。段祺瑞的這一態度毫無疑問對他造成了很大刺激，使其更加由妒生恨。
早在討伐張勳期間，段祺瑞將幕僚人員做了一個分工，讓靳雲鵬在天津負責策劃，徐樹錚、曾毓雋到外省進行聯絡。徐樹錚因為有事來津找段祺瑞商量，正好段祺瑞不在，徐樹錚沒進屋就離開了。
靳雲鵬知道後，以為徐樹錚是來找自己碴兒或到段祺瑞面前告自己狀的，於是馬上跑到辦公室門外，對著徐樹錚的背影怒目而視，並且用山東土話大罵道：「徐樹錚你奶奶個腿兒，你鬼鬼祟祟地幹什麼？你來查誰呀！你管得著嗎？婊子的兒，整天價不干人事，出壞主意，你是人做的嗎？王八蛋！」
徐樹錚不屑與之對罵，便假裝沒聽見他那些不堪入耳的話，加快腳步離開了。
早在段祺瑞做國務總理時，徐、靳的矛盾就已由暗鬥走向表面化，靳雲鵬常常被氣得請假不來辦公。段祺瑞知道後，便授意吳光新、曲同豐等人進行調解，但二人關係並未得到根本改善。之後段祺瑞改變方法，轉派靳雲鵬代表他出外做聯絡工作，一方面利用靳雲鵬各方面關係較廣的優勢，另一方面也希望借此減少靳、徐之間的摩擦。
可是這樣一來，靳雲鵬卻認為段祺瑞是有意對他疏遠，反而對徐樹錚更加懷恨在心。
徐、靳雖然一開始就不和，但爭鬥還不算激烈，圍繞著究竟該由誰來出任西北邊防軍總司令一職，雙方才逐漸變得水火不容。
靳雲鵬是督辦處督練，徐樹錚是督辦處參謀長，按照這個職位設置，靳在徐之上，有統轄邊防軍的權力，他似乎更有理由出任西北邊防軍總司令。可是在段派嫡系軍人這個圈子裡，多數人都認為靳雲鵬人品卑鄙，很看不起他，就是邊防軍的三個師長，也都跟他不對付，尤以第一師師長曲同豐為甚。
辛亥革命前，靳雲鵬在昆明任第十九鎮總參議。十九鎮統制是鍾麟同，靳雲鵬與之不睦，曾陷害過鍾麟同。當時曲同豐也在十九鎮任協統，和鍾麟同關係很深。因為這段過節兒，他每談及靳雲鵬便咬牙切齒。
靳雲鵬是三個師長的直接領導人，後者距離段祺瑞還隔著一層。可是師長們的心目中都只有段祺瑞，並不把靳雲鵬放在眼裡，有些事情甚至還會直接去向段祺瑞請示。這樣靳雲鵬就被懸在中間，成了一塊掛名的招牌。
靳名位較高但難得眾心，徐能夠服眾卻職務不夠，雙方各有優勢短長，又互不相讓，令段祺瑞一時也難以決斷，西北邊防軍總司令一職也就只好長久地空缺在那裡。直至徐世昌用徐樹錚為西北邊防軍總司令、靳雲鵬為國務總理，這樁懸案才算了結。
靳雲鵬與徐樹錚有宿怨，不願看到對方建功，所以儘管外交部也支持徐樹錚對「六十三條」的看法，但他仍給徐樹錚潑去了一盆冷水。
徐樹錚主張不應按王公要求撤治，靳雲鵬就說內閣已經如此決定，不可出爾反爾，自損威信，至於後果如何，等辦理後再說，縱有不便，再行取消也沒有損失。他還直接否決了開會進行研究的提議，認為籌邊會議只可在邊防範圍內討論問題，而外蒙古撤銷自治案，已經交給陳毅專辦，不必他人越俎代庖。
徐樹錚對靳雲鵬的指示置若罔聞，他致電國務院：「撤治但求成功，何分畛域？」
以徐樹錚的性格，只要他認為做得對而且能做好的事，必然一往無前，天王老子也擋不住，更別說靳雲鵬的指示了。在給徐世昌的另一封電文中，他聲明自己從抵達庫倫之日起，沒有做錯過任何一件事，「自問無負於政府，無負於道義……樹錚只重國事，決不以榮枯毀譽介意」。
美男計
徐樹錚是一個能力極強的人，事事能把握問題重點。相反，陳毅則言過其實，志大才疏，用徐樹錚批評他的話來說，是「心思不能沉細，自覺明於萬里，其實蔽於目前」。
1919年11月10日，當徐樹錚再次找陳毅談「六十三條」時，陳毅還是吞吞吐吐，顧左右而言其他。這使得徐樹錚意識到，陳毅已經被自己製造的假象困住，走不出去了。如果這時候他撒手不管，不但撤治一事必將成為鏡中花、水中月，中國政府在外交、政治上也將面臨非常棘手的局面，後果不堪設想。
對於徐樹錚而言，撒手不管其實是最輕鬆也最安全的，不單政府那裡完全可以卸責，也不會造成與陳毅的關係緊張。可是，「聽取國家損威失重，非樹錚所忍出也」。
將在外，君命有所不受。徐樹錚不顧政府明令，毅然決然地從陳毅手中搶過了交涉權，他同時向國務院立下軍令狀，誓言他將不用一刀一槍，在三五天之內就完成交涉。假如不能成功，甘願「息影南歸」，待陳毅辦結之日，再去負荊請罪。
11月11日，徐樹錚召集籌邊會議，對撤治事宜進行磋商。會上，針對陳毅交涉失敗的癥結所在，他提出了兩條新的交涉原則：主權原則，撤治後政權應收歸政府，不能政府收其名，王公收其實；策略原則，交涉對像以王公為主改為以喇嘛為主。
自抵達庫倫以來，徐樹錚一直在觀察喇嘛高層的態度。喇嘛高層共有四位顯要，徐樹錚經過接觸發現，擔任外蒙古自治政府總理兼內務總長的巴特瑪多爾濟乃掌握政府實權的核心人物。他由此認定巴特瑪多爾濟是一個必須極力爭取的突破口，「撤治之事多向此人身上加工，定可得手」。
拿定了主意，徐樹錚便主攻巴特瑪多爾濟，對其「結之以信，感之以情」，同時又對症下藥，盡量滿足對方個人的要求。
外蒙古宣佈獨立後，活佛擁有王爵冊封權，結果造成了封王過多、冊封不公的弊端。在喇嘛高層的四位顯要中，巴特瑪多爾濟年紀最大、權位最重，可是其他三人都封了親王，而他偏偏只有王銜，沒有實際被封。他對此耿耿於懷，在與徐樹錚的交談中，他答應會去勸活佛撤治，同時提出希望事成之後，中央能夠冊封他為親王。
徐樹錚聽後，當即向他許諾，表示一旦撤治完成，馬上由中央加封他為親王，「王銜立可冊真，並其弟皆雙俸」。
與巴特瑪多爾濟談話的第二天清晨，徐樹錚一個人獨坐默思，考慮如果得不到他想要的答覆，應該怎麼辦。
西北軍到達庫倫後，陳毅曾向徐樹錚建議應對喇嘛一派示威。徐樹錚不同意，他認為邊事與兵事的道理相通，不外「恩威並施」四字，若一味示威炫武，效果可能適得其反，並不足取。
在徐樹錚看來，外蒙古人性格多疑，初期不能太過示威，過威則不易近，所以一定要先結之以恩，也就是採取懷柔政策。結恩之後，時間一長，可能又會被蒙人輕視，在這樣的情況下才能「威以折之」。徐樹錚料定，蒙古人無實力，必然因懼而就範。接著再待之以恩，以結其心。
徐樹錚精通古史，視這種恩威並施之法為當年諸葛亮七擒七縱的運用。蒙古版的「七擒七縱」看上去有些麻煩，但這是攻心為上，確保外蒙古不勾結外援，轉而聽命於俄國或日本的長遠之計。
現在「恩」已經施給了巴特瑪多爾濟，假如活佛一時勸說不了，巴特瑪多爾濟又因此產生了畏難情緒，徐樹錚就打算示「威」了——自然活佛是不能動的，但包括巴特瑪多爾濟在內的四位喇嘛高層都能動，到時可以給四人定個「不能善輔活佛」的罪名，假裝予以拘禁，以逼迫他們再對活佛施壓。
徐樹錚正在一個人想著心思，巴特瑪多爾濟忽然匆匆前來。據他說，昨晚分別後，他連夜拜見活佛哲布尊丹巴，勸其取消自治，並痛陳利害，為此還哭了鼻子。在他反覆勸說下，哲布尊丹巴已口頭同意撤治。
在此之前，徐樹錚已在活佛身上下了不少功夫。籌邊使署總務廳廳長王蔭泰是徐樹錚身邊的紅人，同時還是個美少年。他和一位活躍於庫倫社交場的蒙古貴婦好上了，二人傳出了羅曼史，而這位貴婦其實是活佛哲布尊丹巴的弟媳婦，由於她能常常接近活佛，所以在政治上很有力量。
徐樹錚得知後，就讓王蔭泰施展「美男計」，通過活佛的弟媳婦對活佛進行遊說。活佛最後能夠同意撤治，據說主要還是來自這位弟媳婦的勸告。
鴻門宴
活佛同意，還不能夠一錘定音，因為秉政的是格魯派喇嘛。涉及他們的權利，必須還要討價還價，且不說時間會拖得很長，就算最終達成協議，也極可能是一個喇嘛版的「六十三條」。
巴特瑪多爾濟是個城府極深的老狐狸，他能這麼爽快地把消息告訴徐樹錚，本身也有施緩兵之計的目的。徐樹錚將計就計，對巴特瑪多爾濟說今晚就和他一起去與活佛面商撤治的辦法。為了打消對方的顧慮，徐樹錚還擔保這一定會是一個春風拂面似的談話過程，「決不令活佛有失體面，或喇嘛王公有何不均」。
巴特瑪多爾濟稱謝而去，臨行時又再三讓徐樹錚保密，說待撤治成功後再發佈消息，告訴他人云云。
這一分別，二人在心裡都偷偷地笑了。巴特瑪多爾濟笑，是以為自己既借徐樹錚之手排擠了黑派王公，又落得一個冊封親王的好事。徐樹錚笑，則是因為他可以擒賊先擒王，沿著這一突破口實施窮追猛打了。
1919年11月14日，徐樹錚風風火火地闖入巴特瑪多爾濟的寓所，要對方履行約定，和他一道去敦促活佛率眾請求撤治，並且要求把具體撤治的條例完全簡化，一切詳細辦法待撤治完成後再另行商定。
徐樹錚的這一說法與「春風拂面」已經完全不同，就是一個霸王硬上弓的做派。巴特瑪多爾濟見勢不好，只得以各種各樣的理由加以推諉。
徐樹錚頓時變了臉，他聲色俱厲，放出了「禍蒙之罪，不在活佛而在喇嘛」這樣的狠話，接著又惡狠狠地表示他可以將撤治的日期再寬限一天，但事情必須在第二天晚上解決，否則就不用談了——他會馬上逮捕活佛，巴特瑪多爾濟本人也別想跑，「執事雖老，亦當隨行」。
巴特瑪多爾濟哪裡料得到白天態度還溫婉親切、彬彬有禮的這位漢家大將會突然變臉，而且變得如此徹底冷酷，當場被驚得目瞪口呆。在徐樹錚的逼迫下，第二天他趕緊召集喇嘛王公全體會議，決定先由自治政府的各部部長在自請撤治的呈文上簽名蓋印，然後再讓活佛率眾向北京政府送上呈文。
王公們仗著與陳毅有交情，托陳毅來央求徐樹錚，答應日內一定把事情辦妥，請他當晚不要再苦苦相逼。徐樹錚緩了口氣，說如果這樣的話，今晚就算了，但一定要從速辦理，不得再遲延。
會議還沒結束，巴特瑪多爾濟就匆匆忙忙地要趕回寓所。眾人問他為何如此匆忙，他可憐巴巴地回答說，昨天「徐公」（徐樹錚）限定今晚六點和他碰面，不敢不早點在家裡等著。
徐樹錚見到巴特瑪多爾濟後，又換了一副臉孔，還因昨天晚上的態度向巴特瑪多爾濟道了歉。
徐樹錚對外蒙古人的「狂暴」舉動令陳毅都不太適應，覺得太過分，還是應該採用懷柔政策為好。徐樹錚給他的回答是：只有非常之人，才能立非常之功，也才能做出非常之舉。
陳毅聽後頗不以為然，但交涉權既然已經被徐樹錚奪了過去，他覺得多說也無益。
11月16日晚，徐樹錚邀陳毅小聚。二人放量痛飲，徐樹錚的酒量很厲害，把陳毅灌得酩酊大醉，昏昏睡去。一覺醒來，徐樹錚告訴他，活佛哲布尊丹巴已經在給中央政府的呈文上簽了字。
陳毅聽了大吃一驚。原來徐樹錚唯恐夜長夢多，等不及讓活佛再考慮考慮。就在他和陳毅舉杯痛飲的同一時間，他辦了一桌「鴻門宴」，令參謀將哲布尊丹巴等人請來吃飯，席間就有言在先：活佛不在呈文上簽字，今晚誰也不能走！
對撤治而言，這是最關鍵的一天，陳毅和王公交涉了十多個月而未果的撤治問題，就在這一天以極其乾淨利落或者說「霸道」的方式解決了。
非常之功
11月17日，外蒙古自治政府將自願撤治的呈文分別送交都護使陳毅、籌邊使徐樹錚，請求代轉呈送北京政府。北京政府收到呈文後，徐世昌即以大總統身份發佈明令，宣佈取消外蒙古自治，同時廢除相應的中俄條約。
外蒙古取消自治，是當時震驚中外的一件大事。徐樹錚10月29日到庫倫，11月17日塵埃落定，在短短的18天時間裡，他不用一槍一彈，不費一兵一卒，僅憑「恩威並施」手段的運用，就得以大功告成，使外蒙古重歸中華版圖，確實是「非常之人，立非常之功」。
至此，徐樹錚完成了一生之中最為得意也最為重要的一次壯舉。11月24日，他載譽回京，向政府述職。各方面的賀電賀函已如雪片一般飛來，皖系內部自然是擊掌相慶。梁士詒賀函云：「冒雪北征，保國安邊，苦心遠識，令人傾倒。」連孫中山也來電祝賀，稱自清末以來，割地喪權之事不絕，中國已久無漢代陳湯、班超、傅介子那樣能出塞為國建立殊勳的人物。徐樹錚在短時間內就建此奇功，足以與上述這些古代人傑比肩稱雄。
在當時南北對立的情況下，孫中山的這一表態引起了某些國民黨人的抗議。孫中山不改初衷，批復道：「徐收回蒙古，功實過於傅介子、陳湯，公論自不可沒。」
對徐樹錚建功塞外，最為高興的恐怕還得數「老幕主」段祺瑞了。老段出面希望徐世昌、靳雲鵬論功行賞，將靳雲鵬所兼的陸軍總長授予徐樹錚。
對於徐樹錚的功勞，徐、靳自然也都讚不絕口，但段祺瑞此議一出，不僅靳雲鵬不願意，表示「礙難照辦」，徐世昌也不贊同。徐世昌認為，國務院裡如果插入了徐樹錚，內閣恐怕將從此多事，不會有一天安靜日子。現在府院之間尚無什麼衝突，若因此生出什麼事來就不好辦了。
徐樹錚本人倒不一定特別想進內閣，但他提出，既叫他負責西北邊防，那麼所有西北各省都應劃歸他統一管轄。靳雲鵬一聽，更不樂意了，說這等於割裂中央政權，形成國家中的國家，比廣東獨立的形勢還要糟。
徐世昌說得更實際：「小徐是援清朝開國時左將軍的舊例，要把自己的地位凌駕於各省督軍之上，可是要叫他們（各省督軍）頭上再戴一頂帽子，他們未必肯干吧。」
雖然徐樹錚的要求未能得到滿足，但他在西北特別是外蒙古的地位已無可動搖。國務院決定裁撤庫倫都護使署，原都護使陳毅奉調回京，改任豫威將軍，外蒙古事務交由籌邊使署全權處理。
不久，徐世昌又特派徐樹錚為冊封專使，負責到外蒙古主持活佛的冊封典禮。出使之前，段祺瑞親率政府官員、議員百餘人在故宮保和殿舉行了歡送大會。
重返外蒙古，緊張和忙碌已被輕鬆所代替，但心情卻更為激動。上一次徐樹錚隨身所帶的是「六十三條」，這次則是一本《漢書》。
徐樹錚的詩文水平很高，自稱填詞海內第一，其詩句「美人顏色千絲發，大將功名十萬騎」在當時廣為人知，而它也恰好可以作為《漢書》的題記——如同孫中山所列舉的那樣，這本古書所記載的漢代，乃是中華民族歷史上最偉大最雄健的時代之一，其間湧現出了太多的勇士和外交家，傅介子、張騫、陳湯、班超……他們出使西域，安定邊陲，言必信，行必果，其事跡至今讀來仍令人血脈賁張。
徐樹錚走一路，看一路，吟一路，途經驛站時，心潮澎湃，夜不能寐，便忍不住披衣下床，在驛館牆上題寫七律一首，開頭第一句便是：「沖寒才覺鐵衣輕，莫負荒沙萬里行。」
徐樹錚頂風冒雪，風塵僕僕地再次回到庫倫。外蒙古軍民出郊十里，夾道相迎。進入庫倫城後，大街小巷已經全都掛上了民國的五色國旗。
1920年元旦，徐樹錚在庫倫佛宮主持冊封大典，典禮十分隆重。據蒙古人說，乃千年未有之盛舉。當徐樹錚將冊封令與七獅金印交到活佛哲布尊丹巴手中時，整個庫倫城一片歡呼之聲。
當天，北京政府明令授徐樹錚勳二位。志得意滿之餘，徐樹錚決心施展抱負，悉心籌謀治理外蒙古，並進一步爭取蒙古人的信任。
心病
外蒙古的貿易主要掌握在山西人手裡。晉商很善於做生意，他們常常利用賒賬方式來引誘蒙古人，就是不要現款交易而容許他們把自己喜歡的東西先買去，只規定在一個時間段必須歸還。蒙古人因為不用現款即可拿到所喜歡的東西，於是就放開量地買，需要的買，不需要的也買，晉商因此在外蒙古生意鼎盛。
蒙古人不用貨幣，都是實物交易，晉商就趁機以此蒙騙他們。比如，價格議定是100頭羊，到年底償還時，晉商就牽走140頭羊。蒙古人不解，問為什麼要多牽走40頭羊呢？晉商回答說：「羊要生小羊啊！當時的100頭羊，現在多生40頭，不是很公道嗎？」
這話當然是極不合理的，難道100頭羊不需要餵養？而且不到一年，就要增加40頭羊的利息，也實在太黑了一點。
蒙古人雖然多疑，可是本質非常老實，聽了晉商的話還覺得挺有道理，就任他們牽走了140頭羊。
徐樹錚認為這樣欺負蒙古人不行，他一面要求蒙古人不得賒欠，以免今後背負重利；一面勒令晉商等從內地來的商人誠實經營，即便蒙古人有賒欠的情況，也不許到付賬時索取額外的羊。
徐樹錚同時注重改善外蒙古當地的經濟和生活狀況。他設立邊蒙銀行，發行以駱駝隊為圖案的鈔票，又從德國聘來一位教授進行調查，擬定了逐步開發外蒙古地下資源的計劃。
外蒙古市場上原來幾乎沒有蔬菜。發現這個問題後，徐樹錚便在可以種蔬菜的地方引種天津大白菜。兩年以後，大白菜即成了當地的大眾食品。
徐樹錚本來還有一個規模更大、更能保證外蒙古長治久安的計劃，這就是移民塞邊。
至1920年，西北軍已擴充至五個混成旅（新成立的第五混成旅只有一團新兵，實際仍為四個混成旅）。按照徐樹錚的設想，五個混成旅將分別駐守外蒙古的五個地區，這五個地區又分為五個道尹駐在區，以混成旅旅長兼道尹。道尹以下再設縣，每縣駐一個營，營長兼縣長。
至於士兵，他不僅將分給每人一份土地，還會從內地挑選適齡女子，送至外蒙古與士兵結婚，從而使得西北軍的士兵逐漸成為當地的居民。
移民塞邊的計劃聽起來不錯，但需要一定的經濟物質作為保障。外蒙古地方貧瘠，西北軍若整軍常駐於此，僅餉械一項就難以籌措。先前徐樹錚之所以要求統轄西北各省，就是想解決這一問題。
如何生財成了徐樹錚的一塊心病，他只好仍回北京打主意。這次，段祺瑞把靳雲鵬和徐樹錚一同找來，對西北軍的軍餉、駐地問題進行會商。段祺瑞本來也有自己的想法，但他很快就被徐樹錚說服，表示贊同按徐樹錚的計劃行事。於是徐樹錚就按邊防督辦的名義，照計劃擬了一份文件，交給靳雲鵬批閱。
靳雲鵬說容我考慮考慮，就把文件留下了，之後再無回音。
徐樹錚很不痛快，就又去找總統徐世昌。徐世昌是清末時的老官僚，在宦海浮沉多年，早就掌握了一套被人叫作「琉璃球」的辦法，也就是遇到不想辦的事時，就給你來個模稜兩可，不著邊際。
徐樹錚固然才氣高、能力強，可同時也具有恃才傲物，不太善於和人打交道的性格特點。見徐世昌也對他如此敷衍，一生氣便脫口而出：「當年不是樹錚多事，到處奔走，總統今天還在輝縣（徐世昌的隱居地）享清福呢，何至為國事操心，這樣大的年紀，還要著這份兒急！」
徐世昌聽出徐樹錚在拿話諷刺他，不由面紅耳赤，忙期期艾艾地解釋道：「這是邊防軍的事，不是西北邊防軍的事（意指徐樹錚越俎代庖，使用了段祺瑞的職權）。你這樣把持，要把翼卿（靳雲鵬的字）擱在哪兒呀？」
「段爺那裡已經說好了，沒有問題，我可以完全負責。」徐樹錚一頂上了牛便不肯再退下來，「總理和陸軍部有點故意留難，我才來麻煩總統。如果都不負責，將來還怎麼辦事呢？」
見徐樹錚抬出「段爺」，徐世昌拉下了臉：「你找督辦說去吧。」
徐樹錚聞言一跺腳：「也好，反正勢在必行。總統和總理既然對國家大事不敢負責，難怪國會方面輒有煩言了。」
眾所周知，徐樹錚對「安福國會」的操縱能力，因此這句話在徐世昌聽來分外刺耳，那意思分明就是在說，我小徐能把你老徐扶上台，就有本事把你趕下台。
徐世昌儘管很有涵養，但徐樹錚一走，還是忍不住大發脾氣，說：「是可忍，孰不可忍，徐樹錚也太目中無人了！」
六卦先生
在靳雲鵬、徐世昌面前，徐樹錚成了一個最不受歡迎的客人，即便有段祺瑞幫著他說話，但最終仍是毫無所得，而徐樹錚又不是一個甘於逆來順受、委曲求全的人，你越對他這樣，他越要設法組織反擊。
自此以後，國會和段派閣員便在徐樹錚的策動下，處處與靳、徐作對。徐樹錚本人見著靳、徐，表面上雖還不失禮貌，然而也不再掩飾其咄咄逼人的氣勢。據接近徐世昌的人說，他到後來一見徐樹錚就感覺如芒刺在背，有好幾次還被氣得老淚橫流、放聲痛哭。
段祺瑞、徐樹錚在把徐世昌推上總統寶座之前，總以為他好說話，是個和王士珍差不多類型的人。徐世昌上台後，起初看上去也確實有一種超然於直皖兩系之外的樣子，對兩系表現得不偏不倚，當時有報紙還說他採用的是兩面手法，常以「徐娘」、「秋波」來揶揄這位大總統。
可是段、徐都弄錯了一點，徐世昌絕不是王士珍，不僅不是，而且他要麼不與人爭鬥，一旦展開手段，絕對夠招惹他的人喝上兩壺。最早看透此老的人，恰恰是被視為大老粗的皖督倪嗣沖。在徐世昌做了總統之後，他有一天對曾毓雋和吳光新說：「你們還記得『六卦先生』的外號嗎？昏天黑地的日子就在眼前了。」
八卦少了乾坤兩卦，所以稱為六卦。乾為天，坤為地，少了天地，便只能昏天黑地了。徐世昌的外號就是「六卦先生」！清末時，大部分北洋人都知道徐世昌的這個外號，也知道他政治手腕極其高明——你想，袁世凱在小站練兵時代的軍師，是容易對付的嗎？
無論是段祺瑞、徐樹錚，還是曾毓雋、吳光新，都不可能不清楚徐世昌原來是怎樣的一個人。只是因為在袁世凱死後，徐世昌一直未在政府內從事任何職務，最多以元老身份和居間調和者的角色出現，才讓人慢慢淡忘了他曾經的崢嶸，居然把他跟真正淡漠處世的王士珍混同起來。
徐世昌處心積慮準備對付徐樹錚。與徐樹錚把勁兒使在明處不同，他是從暗處發力，而且所用招數，還是偷師了「徐樹錚手法」。
過去徐樹錚與黎元洪鬥，與馮國璋鬥，最慣用的手法就是借力打力，即用外來力量向對手施壓，或發聯名電報，或開督軍團會議。徐世昌深悉直皖兩系的矛盾，他要傚法這一套，利用直系的外力來拔去身上的芒刺。
馮國璋下台後，直系已經形成了以曹錕、吳佩孚為首的新核心。曹錕早在南北戰爭期間就與徐樹錚之間結下了舊怨，加上徐樹錚許諾他可以當副總統，結果總統選出，副總統卻流產了，曹錕情知上當，對徐樹錚更加不滿。
吳佩孚則是因為沒當上湘督，對段祺瑞一肚子意見，後來聽說段祺瑞的一切舉措都由徐樹錚所策劃，便也把一腔怒火都集中到了徐樹錚身上。
徐樹錚此後出了一個險招。他打聽到吳佩孚下面的旅長張學顏可以利用，便秘密電召其進京，指示機宜，讓張學顏設法取吳佩孚而代之。不料事機不密，東窗事發，吳佩孚雖然出於穩固軍心等目的，僅將張學顏予以遣散，而未將事情鬧大，但自此以後便視徐樹錚為眼中釘、肉中刺，必欲除之而後快。
這時吳佩孚因能征慣戰而在北方將領中顯得分外醒目，逐漸在曹錕面前有了左右一切的力量。靳雲鵬和吳佩孚是山東同鄉，又有師生關係，還在政治上經常幫助吳佩孚，於是他便因此成為徐世昌借力打力策略的一個主要實施者。
除了與徐樹錚之間勢不兩立外，靳雲鵬其實對段祺瑞也有了不小的意見。段祺瑞在國務總理任上三進三退，但始終擔任邊防督辦（以前為參戰督辦），而靳雲鵬即便在組閣之後，也還兼任邊防軍教練處處長一職。加上他們之間固有的師生關係，段祺瑞在靳雲鵬面前便仍以老上司自居，將靳看成下屬，經常向靳批轉有「交靳核辦」字樣的文件。
靳雲鵬是個喜歡攬權的人，你叫他光有總理的名義，卻不能實際當家做主，心裡怎麼可能會舒服？可是不舒服歸不舒服，靳雲鵬內閣除他自個兒外，段派人物幾乎包辦了各部部長的席位，這些人皆唯段祺瑞馬首是瞻，靳雲鵬在內閣裡差不多就是個光桿司令。
靳雲鵬雖想擺脫故主，背著段祺瑞另搞一套，但出台的相關措施要麼在閣議時通不過，要麼被閣員們提前透露給了段祺瑞。
一個師生關係，把段、靳套得很緊。靳雲鵬身為現任國務總理，在段祺瑞面前卻還得守學生規矩，畢恭畢敬，而老段也始終把他當小學生一樣看待，不太講究什麼禮數。有一次，得知靳雲鵬向外界透露了「參戰軍」的秘密軍費來源，段祺瑞立即把靳雲鵬叫過去加以斥責，警告他「不要挾外援以自重」。
靳雲鵬不敢公開反對「太上總理」，便處處拿徐樹錚來借題發揮，經常對外表示徐樹錚如何囂張、如何跋扈，其主張又是如何荒謬，態度是如何固執。當然，最主要的是對他本人的攻擊和「陷害」。
靳、徐逐漸發展到了見面不說話的地步。在一次會見客人時，靳雲鵬直言不諱地說：「徐樹錚在老總（段祺瑞）左右極力離間我和老總的關係，並百般陷害我，我要用拳頭對付他。」
清君側
靳雲鵬的「拳頭」就是尚遠在湖南的吳佩孚。在靳雲鵬的暗中鼓動和指使下，吳佩孚接受了西南方面六十萬元的運動費，隨後便以「前方經濟困窮，官兵苦不堪言」為由，一再致電北京政府，請求撤防北歸。
吳部如果一撤，湘南空虛，南軍必然乘虛而入。同時在吳部撤至北方後，直系兵力猛增，對京師也是一個威脅。皖系的西北軍當時主要佈防於北方，並無多餘兵力接替湖南前線。作為暫時緩和之計，有人建議乾脆改西北軍為京師警備隊，仍由靳雲鵬指揮，歸陸軍部直轄，徐樹錚則率其中的兩旅南下援湘。
這一建議馬上遭到曹錕、吳佩孚的反對，徐世昌、靳雲鵬便以也此為由，對建議不予採納。
段祺瑞起先想要用拖的辦法來阻止吳部北上，後來見拖不下去，又計劃撤換動搖於直皖兩系之間的河南督軍趙倜，改派吳光新繼任，並令吳光新部移師河南。
河南居南北要衝，京漢線縱貫其間，乃吳佩孚所部北返的必經之所。如果段祺瑞的這一計劃能夠實現，就可以成功阻止吳部北返。
徐世昌、靳雲鵬盼星星盼月亮似的期待吳佩孚北上「勤王」，自然不能同意段祺瑞的做法。徐世昌首先拒絕罷免趙倜，聲稱：「罷趙用吳，激起反動，我決不為。」靳雲鵬也採取消極抵制態度，說：「趙周人（時任河南督軍趙倜，字周人）在河南幹得好好的，我怎麼能夠無緣無故換掉他呢？」
由於段祺瑞事先已跟靳雲鵬打過招呼，所以靳雲鵬的這一態度大出段派意料，一些段祺瑞的部下便公開講，靳雲鵬已經背叛了段督辦（段祺瑞）。
在徐、靳的堅持下，段祺瑞被迫做出讓步，同意將河南易督一事推遲辦理，而這一事件所產生的嚴重後果，就是反而將趙倜逼上了梁山——這位豫督本來還想在直皖兩系之間左右逢源，現在見段祺瑞要撤他又沒撤得掉，遂馬上改變中立態度，通電「保境自存」，實際倒向了直系一邊。
見吳佩孚執意北返，趙倜又要大開綠燈，段祺瑞急了，他乾脆直接以北京政府的名義，要求曹錕阻止吳部撤防，同時又以陸軍部的名義對吳佩孚下達命令：在中央未有明令之前，不得擅自行動。
曹錕、吳佩孚在已得到徐、靳鼓勵和默許的前提下，選擇了對任何北京政府命令都置之不理。經鄂督王占元、豫督趙倜及其曹錕本人安排，平漢鐵路的火車幾乎全部被集中起來，專門用於運送吳部北上。
看到吳佩孚撤離湖南，張敬堯開始還鬆了口氣，以為再無人跟他搶湘督這把交椅了。孰料吳部前腳一走，湘軍後腳就殺了過來。
張敬堯其人成事不足，敗事有餘，相當於皖系裡面的一顆老鼠屎。他的部隊軍紀極壞，督湘期間，不僅個人巧取豪奪，兄弟姐妹也橫行霸道，湘民早就對他恨之入骨。湘軍雖然僅有一萬餘人，三千餘桿子彈奇缺的舊槍，但在當地百姓的支援下，照樣將號稱「十萬大軍」的張部打得落花流水。
張敬堯急忙向北京告急，然而徐世昌在拋給他一句「大事化小，小事化了」後，便聽任其被南軍所痛擊。到張敬堯兵敗退入鄂境，他卻又板起臉來，下令將張敬堯撤職查辦，張部殘餘也被鄂督王占元或改編節制，或繳械遣返。
張敬堯雖然治軍無方、名聲很臭，但話又說回來，在皖系之中，他也已經算是一員驍將了。他的垮台及所部被解決，使皖系失去了一支重要的軍事力量。有人甚至認為，直系北返及張敬堯被逐，「實為直皖戰爭的起點」。
吳佩孚在率部到達北方後，即將部隊分別進駐於鄭州至保定一線的各軍事要地。接著，在接見記者時，他又進一步挑明了北上的真正目的，那就是要「清君側」，「遠小人」：打倒徐樹錚，推倒「安福系」。
段祺瑞當時還沒考慮到直皖戰爭那麼遠，但張敬堯痛失三湘，已經驗證了他先前關於南軍將會乘機長驅直入的擔憂，他對吳佩孚不聽命令、擅自撤離湘境北返感到異常憤慨，而吳佩孚所謂的「清君側」、「遠小人」，則更讓他感到匪夷所思。他對曾毓雋說：「徐樹錚並未見任何發端或舉動，而吳佩孚自由行動，政府不加懲戒，如是還有黑白之分嗎？」
段祺瑞極力促請徐世昌、靳雲鵬下令，要求將曹錕、吳佩孚予以革職拿問，並提出如果繼續置之不理，聽任這二人違法亂紀，政府將不成其為政府，威信必然掃地以盡。
要是以前聽到這些話，徐世昌可能還不得不嗯嗯啊啊地應付，如今可不同了，「勤王之師」就在眼前，還怕你老段不成？
太上總統
徐世昌的嘴臉如此，有人又告訴段祺瑞，說其實吳佩孚就是徐大總統引來的，為的是重整直系旗鼓，對抗皖系的軍人勢力。段祺瑞聽了大為驚訝，他認為他從推舉徐世昌當總統之日起，一直強調地方必須服從中央，不說全都是為徐世昌著想吧，客觀上總是有利於總統鞏固自己的地位和權威。他實在想不通，徐世昌為什麼要反過來把矛頭對準自己。
段祺瑞對左右說：「我推重此公（指徐世昌），他這麼做，跟自己掐自己的喉嚨有什麼區別？」
徐世昌在選擇讓靳雲鵬組閣時，曾徵求過段祺瑞的意見，可以這麼說，沒有段祺瑞，靳雲鵬不可能當到總理。可是令段祺瑞鬱悶的是，靳雲鵬居然和徐世昌保持一致，也對他採取了陽奉陰違、消極抵制的態度。
一個是看好並支持的總統，一個是得意學生兼心腹親信，段祺瑞絕難想到有一天這兩人會如此對待他。一氣之下，他表示此後「不管閒事」，隨後搬出京城，住到京郊的團河去了。
團河是清代皇帝打獵時的行宮，行宮內只有一個大殿可住。段祺瑞就住在大殿內，副官用木框釘上白細布，將大殿間隔出臥室、餐廳、客廳、浴室以及打牌下圍棋的大小房間。大殿兩旁還各有一排平房，主要由隨從及衛隊人員休息居住。
除西北軍外，駐於南苑的第九師、第十五師也都屬於段祺瑞的邊防軍部隊。南苑跟團河僅七八里路，段祺瑞住進團河後，魏宗翰和第十五師師長劉詢便都移至團河辦公住宿，這樣平時既能陪著段祺瑞打打麻將散散心，也可以給失意的老段壯一壯聲威。
靳雲鵬雖然早已與段祺瑞貌合神離，並且站到徐世昌方面一起暗中倒段，但在表面上仍需維持與段的師友關係。在段祺瑞到團河的第三天下午，他就趕來謁段。
段祺瑞正在同魏宗翰、劉詢等人打麻將，聽說靳雲鵬到了客廳，便沒好氣地來了一句：「他來找我幹什麼，這個地方也歸他管嗎？」說完照樣打牌，但是鼻子已經有些歪了。
半個小時過後，負責稟報的副官怕段祺瑞忘了，又特意提醒他：「靳總理還在客廳內等著見總理（指段祺瑞）呢。」段祺瑞還是置之不理，說：「叫他等著吧！他願意等，怨誰呀？」
四圈牌打完，魏宗翰勸說道：「靳總理等了很久啦！他既是來了，總理還是見見他為好。他是總理的學生，有什麼話不可以和他說呢？」
劉詢也跟著從旁解勸。段祺瑞這才勉強踱到客廳，他一進門就厲聲對靳雲鵬說：「你來幹什麼？這個地方你也要管嗎？」
靳雲鵬站起身，賠著笑臉道：「我怕老師在這裡住不方便，特來看望。」
段祺瑞聽罷，哼了一聲：「你心裡還有我嗎？你應該想一想，你和誰近哪，不要上人家的當！」
「師恩天高地厚，此生難忘。」靳雲鵬忙解釋說，「我和各方面禮尚往來，還不是為了老師領袖群倫的地位，以便聯絡大家都來擁護老師。我沒有別的意思，流言止於智者，請老師勿信小人離間的話。」
段祺瑞並沒有被他的巧舌如簧所迷惑，而是直奔主題：「你是陸軍總長（靳任總理兼陸軍總長），吳佩孚的第三師歸陸軍部直轄。他不聽節制，力圖破壞中央的統一政策。你先之以放縱，繼之以包庇，法紀蕩然，風氣日壞。試問，中央的威信何在？我的領袖地位（指北洋領袖）何在？」
靳雲鵬既不肯照段祺瑞的意思做，卻也不敢當著面頂撞自己的老師兼老上司，只得默默聆聽，之後便告辭而去。
靳雲鵬走後，徐樹錚來見段祺瑞，知道靳雲鵬曾經來過，他立即對段祺瑞說：「靳雲鵬通敵有據，老師姑息養奸，此人不除，必有後患，老師悔無及矣。」
段祺瑞知道徐、靳早已勢同水火，他生怕徐樹錚做出過激舉動，連忙予以制止：「你不要胡鬧，沒有你的事。」
段祺瑞雖然對靳雲鵬十分失望，但實際還將他當成自己的學生，而他這種做法，恰恰又進一步刺傷和惹怒了靳雲鵬——想想看，一個堂堂的國務總理，大老遠巴巴地去看望一個人，結果愣是讓對方晾在客廳裡一晾就是半天，見了面還要挨一頓訓斥，該是一種什麼樣的心情？
如果去看望的這個人是現任總統倒還罷了，問題是他現在只不過是一個督辦，一個「前前總理」！
在靳雲鵬看來，段祺瑞豈止是自居「太上總理」，簡直已經升級到了「太上總統」。他回去後越想越氣，遂命令秘書處替他草擬辭呈，決心用摜烏紗帽的方式來挽回一點丟掉的面子。
正式遞交辭呈之前，靳雲鵬再次前去謁見段祺瑞，自稱有病不能辦事，只好辭職讓賢。段祺瑞聽了絲毫沒有慰留之意，他冷笑一聲道：「你果然有病，暫時休息休息，倒也無所謂。只不過，將來你可不能說是有人排擠你，讓你幹不下去，被迫辭職的啊！」
靳雲鵬本意是要將老段一軍，不料反而自討沒趣。他憋了一肚子氣，回家就把辭呈交給了徐世昌。徐世昌正要用靳反皖，哪裡肯放其離去，在極力慰留的同時，他還對靳雲鵬說了一句妙語：「見怪不怪，其怪自敗，理他做什麼？」
靳雲鵬一連交了四個辭呈，徐世昌才勉強准假十天，其職務暫由海軍總長薩鎮冰代理。
靳雲鵬對反皖確實非常關鍵，他在寫辭呈的同時，就暗中通電吳佩孚，告知了這件事。他這裡辭呈一遞，那邊吳佩孚馬上以追悼陣亡將士的名義，在保定召集各省師旅長開會，準備掀起新的風暴。