不幸的是起義大軍的領袖都是書生，其中沒有一個人有戰陣經驗。如果戰略運用得宜，起義大軍可以像《討武曌檄》上所說，大軍之勢可以如火燎原，把武後在迎仙院裡活活燒死。但是眾人議論紛紛，莫衷一是。如果當時依照幾個才智過人的謀士行事，只要大軍直取京都，即可獲勝，一舉即可定大局。那時朝廷的兵馬措手不及，地方軍隊中很多都忠心於大唐，尤以勇武善戰的山東健兒為甚，必然望風起義，倒戈來降，於是聲討武氏的武力自然聲勢浩大起來。但是徐敬業決定要謹慎從事。以金陵為根據，不取攻勢，而取守勢，意在初步失利之後，可以撤退，然後據有東南，繼續作戰。如此一來，遂無法把握人心；因為偏安金陵一隅之地，以眾寡懸殊之勢，行將征戰連年，於是人心盡失。武後派左玉鈐衛大將軍李孝逸率兵三十萬來擊。兩軍在江北相遇。江北是一帶平原，湖沼河流，縱橫交錯，離揚州不遠。
最初，雙方勝負不分，敬業軍在金陵西北，半繞湖山為陣，以金陵為戰事之樞紐。大將軍李孝逸踟躕不前。武後治事必求萬全，決不冒險。李孝逸萬一倒戈起義，加入敬業叛軍，豈不麻煩。武後於是令曾北征突厥的名將黑齒常之率江南之兵監視李孝逸軍。李孝逸的謀士向孝逸獻計，請孝逸在黑齒常之到來以前，迅採行動，擇敵弱點攻擊，因為敵軍中各處兵馬，亦強弱不同，孝逸方面並非不知。於是兩軍在河水兩岸往復廝殺。這兩岸蘆葦叢生，觸火即燃。朝廷大軍縱火燒起蘆葦，當時秋高風大，火勢蔓延甚速，敬業兵馬大亂。敬業見自己兵馬潰散，力謀在江南重整武力，終歸失敗。而朝廷大軍已火速追蹤前來。
最後，敬業見大勢已去，想逃到海濱，乘舟前往高麗。在海濱等船之際，又被風濤所阻，不久，被部下刺殺，其他將領，悉數被俘。起草千古傑作《討武曌檄》的駱賓王，從此失去蹤影，再無消息。各被俘將領都遭斬首，將頭送往京都獻功。此次朝廷平定叛亂，歷時不過兩月，至十一月全部肅清。
義軍二十五個將領的首級，高高懸在洛陽的城門之上。武後深恨反叛。不但敬業全家被滅門，武後餘怒未息，還及敬業的祖父司空李。縱然這位極人臣的開國元老，在她進位為後之時曾經親奉冠冕，曾經使她得升高位，得攬大權，曾經身為元帥，征服高麗，並且是太宗皇帝的凌煙閣上二十四位功臣之一，他在九泉之下，也無法安寧。武後下令，將李的墳墓掘開，開棺戮屍。（統率大軍平定叛亂的兩位將領，也在數年之後為武後所殺。）
在戰事仍在進行之時，武後已先向眾臣發了一次雷霆之怒。裴炎對武後的內侄武承嗣，處處掣肘，步步阻礙。武承嗣向朝廷控告了裴炎一本，武後遂下旨將裴炎處死。只因裴炎的侄子為敬業謀反事株連，武承嗣遂彈劾裴炎，控以同謀。而真正理由卻是裴炎曾經向武後奏稱，倘武後歸政於中宗，叛軍再無借口，勢必瓦解。只因如此進諫，武後懷恨，縱然裴炎廉介忠貞，人人盡知，亦難免斬首之罪。裴炎身為宰相，身後抄沒家產之時，竟發現相府只是家徒四壁，寥寥幾件傢俱而已。
審問裴炎之時，殊為荒唐可笑，當時全體官員爭論的，並非裴炎是否真正參與謀反，而是是否有謀反嫌疑。至於證據，則分毫無有。當時爭論如下：
鳳閣舍人李景諶：「臣深信裴炎大概會參與謀反的。」
鳳閣侍郎胡元范：「不然，裴炎一向廉介忠貞。臣相信他不會。」
納言劉齊賢：「臣與胡元范的看法一樣。」
武後：「朕知道裴炎會參與亂黨。諸卿並不知情。」
胡元范：「若裴炎謀反，臣輩也謀反了。」
武後：「朕知裴炎反，卿輩不反。」
武後說這種話，心中原有隱秘之意。她的意思是，要使武家代唐室宗族興起之時，裴炎必反，只是未曾明言而已。她和武承嗣都知道，必須把裴炎處死不可。武後陰狠起來，又將兩員大將處死，只控以與叛將有舊，並未審判，僅飭宮中一小臣攜帶聖旨，馳至兩將任所，即將二員大將斬首。一將為左威衛大將軍程務挺，程務挺在世時，突厥聞之喪膽，被殺之後，突厥歡呼稱快。另一將為王方翼，為王皇后族人。
敬業叛亂平定之後，武後揚揚得意，一天，召群臣於武成殿，御寶座，向群臣怒斥道：
「朕於天下，無所虧負，汝等可知道？」
群臣齊聲道：「是的，陛下。」
武後接著又說下去：「朕輔佐先帝，三十餘年，為天下憂勞，竭盡忠智。汝等爵祿富貴，全系朕所賜予。天下太平，全系朕休養生息之功。自從先帝棄群臣，朕以社稷為重，不敢自惜，只知愛人。叛軍興起，首魁竟系將相大臣。似伉扈難制，誰能勝似裴炎？將門之子，誰能勝似徐敬業？宿將善戰，誰能勝似程務挺？彼等皆系人傑，不利於朕，朕能戮之。汝等如果自以為才略勝過彼等，盡可早日起事；如若不然，忠心事朕，切勿自作聰明，為天下恥笑。」
群臣頓首，不敢仰視，齊聲奏道：「陛下，臣不敢，謹遵聖命。」
以事理而論，武後是代子臨朝。她可以正言以告天下所行所為，並無失當；並無公然不忠於唐室之舉。她的假面具尚未撕破。她仍然是仁慈之主，她「不敢自惜，只知愛人」。她當然正在君臨萬民。至於將來如何？她仍然是一代人君。她已然下定決心，要做千年萬載女中之魁元。她自知有此能力，有此才略。