◎八方風雨會重慶
蔡元培在香港去世的消息傳到昆明，中央研究院各研究所、中央博物院籌備處與西南聯大同人無不同聲悲泣。傅斯年在龍頭村旁邊山中的彌陀殿主殿外，專門組織召開追悼會，除史語所與中央博物院籌備處人員，同在龍頭村的梁思成、林徽因夫婦及中國營造學社同人也前往參加。傅氏作為主持人，在講述恩師蔡元培的生平，特別是上海淪陷前後一段經歷時，淚如雨下。
盧溝橋事變發生時，蔡元培正在上海。此時，中央研究院理、化、工等三個研究所仍留在上海租界內開展工作。淞滬抗戰爆發，作為院長的蔡元培強撐病體，親自組織、指揮三個所向內地撤退。就在上海城陷之際，中央研究院總辦事處已由朱家驊和傅斯年共同組織撤往重慶，蔡元培滿懷悲憤與憂傷，乘一艘外國郵輪獨自一人從上海趕往香港，準備轉赴重慶與傅斯年等人會合。一路顛簸漂蕩，年高體衰的蔡元培抵達香港後身體不支，被迫滯留在港島療養休整，暫居跑馬地崇正會館。次年2月，一家老小逃出淪陷的上海乘船抵港。蔡元培攜家遷往尖沙咀柯士甸道（Austin Road），化名「周子余」隱居下來，平時謝絕一切應酬，但仍遙領中央研究院事務，通過各種渠道密切關注著中研院的命運，為本院未來的生存與發展計謀籌劃。1938年2月，在他的精心策劃和組織下，於香港主持召開了中央研究院自上海、南京淪陷以來首次院務會議。浙江省主席兼中研院總幹事朱家驊，以及所屬的丁西林、李四光、竺可楨、傅斯年、陶孟和等十位所長如期赴約，共商禦侮圖存大計。面對眾人慷慨悲歌之氣，蔡元培精神為之一振。就在這次會議上，確定了戰時院務工作的許多重大策略與生存、發展方針。
蔡元培晚年在香港寓所
1938年5月20日，蔡元培應宋慶齡邀請，同港督羅富國爵士（Sir Geoffry Alexander Stafford Northcote）等人一道，出席由「保衛中國大同盟」及「香港國防醫藥籌賑會」於聖約翰大禮堂舉行的美術展覽會並發表演說。這是蔡元培在港期間唯一的公開演講，其意本為公開話別，離港前往昆明或重慶，奈何因身體孱弱不堪，未能成行。
1940年早春，七十三歲的蔡元培步入了貧病交加的人生暮年，生命之火即將熄滅。而此時，偏又遭逢愛女蔡威廉死於難產的致命一擊。蔡威廉這位留洋歸國的藝術家，自和林文錚結婚後，一直致力於杭州美專的藝術教學工作，滿腹才華和理想尚未來得及施展和實現，就在昆明撒手人寰。她死得很慘，在嚥下最後一口氣之前還用手在牆上反覆疾書「國難，家難」，其撕心裂肺之狀令天地為之動容。白髮人送走了黑髮人，而白髮人也將循著女兒的背影飄然而去。
1940年3月3日晨，蔡元培起床後剛走到浴室，忽然口吐鮮血跌倒在地，繼之昏厥過去。兩天後，醫治無效，溘然長逝。
巨星隕落，天下震驚。中國軍政要人不分政治派別均表深切哀悼。國民黨在重慶舉行公祭，由黨總裁蔣介石親自主持，接著舉行追悼大會以表達對死者的追念與哀思。遠在延安窯洞裡的中共領袖毛澤東聞訊，也向這位當年促成自己進北大謀到圖書登記員差使並有知遇之恩的故校長發去了「孑民先生，學界泰斗，人世楷模」的唁電，同時發動延安各界舉行追悼大會，發表悼念文章以示尊崇與紀念。一代名流許崇智和廖承志分別受國共兩黨委託，親赴香港致祭，香港各界為之執紼者5000多人。蔡氏遺體於7日下午在香港灣仔摩理臣山道福祿壽殯儀館入殮，10日舉殯，香港各學校及商號均下半旗致哀。蔡元培靈柩初移厝於東華義莊七號殯房，以待運回故鄉浙江紹興安葬，因戰事迭起，炮火連綿，未能成行，遂移葬於香港華人永遠墳場。這位「五四元老」「中國新文化運動之父」「學界泰斗」，就此長眠於香江之岸。
此時抗戰轉入低潮，日軍攻勢凌厲，中國東部最精華的國土盡失，國際社會無一援手。國民政府幾乎陷入了外無救兵、內無糧草的絕境。蔡元培的去世，使遷往昆明的中央研究院各研究所同人心頭蒙上了一層揮之不去的陰影。在一次交談中，傅斯年與李濟均流露出「樹倒猢猻散」的悲情。當時在座的鄭天挺事後頗為感慨地說：「孟真、濟之皆目前國內一流的學者，尚且如此，真是國家學術機構之不幸。」1
作為不幸之中的倖存者，當然不會真的因蔡元培這棵大樹的倒掉而四散湮滅，化作歷史風塵隨風飄逝。每一個具有血性的中華兒女都深知，在如此嚴峻的歷史轉折關頭，只有一條路可供選擇，那就是必須咬緊牙關，積蓄力量，實現戰略反攻，贏得抗戰的最後勝利。為使中央研究院各個系統不致因它的締造者蔡元培去世而在戰火中癱瘓，院長繼任人選很快被提到了議事日程。這個時候，中央研究院還沒有後來的院士制度，成立之初，在蔡元培、楊杏佛、傅斯年等人的努力下，至丁文江出任中研院總幹事時，創立了一個評議會作為全國最高學術評審機構。2在傅斯年等人的努力下，至丁文江出任中研院總幹事時，創立了評議會作為全國最高學術評審機構。這一機構除負責聯絡國內各研究機關，決定學術研究方針，促進國內外學術研究合作互助外，還握有推舉院長候補人的權力。評議會以院長為議長，設秘書一人，負責日常事務。評議會的評議員以中央研究院各研究所所長以及重量級的研究員為主，另有部分大學教授和教育、科學界傑出人士——這便是後來院士制度的雛形。
按既定章程，中央研究院院長的產生實行「提名制」，即由該院評議會通過聘請的評議員投票的方式，選出三位候選人呈報國民政府，由政府最高領袖從三位被提名的候選人中圈定一人，有幸被圈定者就是合法的中央研究院院長。
1940年3月中旬，評議會秘書翁文灝與中央研究院總幹事任鴻雋、前總幹事朱家驊、教育部長王世傑等人溝通後，呈報國民政府批准，召集散落在全國各地的評議員赴重慶開會，選舉新一屆院長。
在昆明學術、教育界的蔣夢麟、傅斯年、陳寅恪、陶孟和、李濟、竺可楨、李四光、丁西林，以及西南聯大教授周炳琳等接到通知，紛紛來到國民政府陪都重慶，每個評議員都渴望自己看好的對象能夠當選。鑒於複雜的政治人事關係，由誰來坐第一把交椅，皆心中無數。即使神通廣大、霸氣十足，具有國民政府參議員頭銜的傅斯年，對此次選舉前景究竟如何，也是霧中看花，不甚明瞭。其中有人主張既然蔡元培是由北大校長轉為大學院和中研院院長，那麼現任北大校長、西南聯大常委蔣夢麟就應該名正言順地繼任，擁蔣的陶孟和曾對鄭天挺試探性地說：「看來這次夢麟先生應當出來了。」3鄭天挺深知事情遠沒有如此簡單，不置可否。
果不其然，到達重慶後，有相當一部分評議員並未把蔣夢麟放在眼裡，反而「談到此事，都說（胡適）先生一票不可少」4。且同為評議員的重量級學者陳寅恪還公開放言：本人不遠千里來重慶，只為了投胡適一票。一時間，正擔任駐美大使的胡適博得了頭彩。只是，同當時中國所有地方的官場一樣，由於各方面的明爭暗鬥，選舉事項橫生枝節，頓起波瀾。
推選程序尚未開始，整個氛圍已如濃霧瀰漫的山城重慶，令初來乍到者暈頭轉向，拿捏不穩。大幕遮掩下的評議行動，首先是翁文灝、朱家驊、王世傑、任鴻雋等在民國政壇儒林星河中最明亮、龐大的四隻「海龜」暗中較起勁兒來。
翁文灝
在相互較勁兒的四人中，朱家驊最為年輕，學術資歷亦相對較淺，但官職以及在國民黨內部的威望卻不在另外三人之下，甚至有後來者居上的健勁勢頭，此時他正身居國民黨權力中樞的中央常委、組織部長高位。
在普通百姓或部分學者看來，以上四人均是位高權重的黨國大員，可謂高官厚祿，前程似錦，實在沒必要再來爭搶這個清水衙門的總管。如傅斯年所言，「中研院長閒曹爾」5，沒什麼權力可弄、油水可撈。但並不是所有的人都做如是想。翁、王、任、朱等四人當然另有算盤可打，一個顯然的情結是，國民黨部長大員的高位可以方便撈錢獲利，但並不為天下儒林所重，相反地，中研院院長不能撈錢弄權，卻可以賺取部分名聲，特別是作為學者從政的一族，骨子裡或多或少地殘存著讀書人情結，渴望天下人把自己看作一位大賢者、大儒式的高官，而不是以一隻土鱉、老粗或滿腿泥水兼煙袋油子味兒的軍閥面目出現。面對這個國家最高研究機關的掌門人職位，幾位儒生出身的高官自然不能不為之心動。按他們的想法，只要能坐上這把盟主的交椅，便可名動天下儒林公卿，達到魚與熊掌兼得、名利雙收之奇效。於是，一場明爭暗鬥的大角逐在警報聲聲的霧都重慶拉開了序幕。
當眾評議員從全國各地抵達重慶，即將進入正式選舉程序時，出乎所有人的意料，作為中央研究院評議會秘書（南按：相當於後來的秘書長）的翁文灝，突於3月16日接到一封蔣介石侍從室二處主任陳佈雷給他的信函，內稱蔣委員長「盼以顧孟余為中研院院長」6。第二天，翁文灝、王世傑、朱家驊在與傅斯年、李四光等幾位中研院健將會面時，轉達了陳佈雷信中的內容。眾人一聽，「頗表憤慨」。向來有「大炮」之稱的傅斯年在震怒中本想當場發作，但又感到此乃「介公下的條子」，而顧孟余又是前輩學人，同時也是自己當年在北大時的師輩與中山大學時的上司，甚覺不便，遂強按怒火答道：「我個人覺得孟余不錯，但除非北大出身或任教者，教界多不識他，恐怕舉不出來。」隨後，傅斯年又對在場的汪敬熙道：「我可以舉他一票，你呢？」
汪敬熙聽罷將嘴一撇，頗為不屑地答曰：「我決不投他票，他只是politician（政客）。」
傅斯年又對翁文灝、王世傑說道：「你看如何？」面對此情，翁王二人無言以對。
盛怒中的傅斯年仍餘氣未消，轉身又對同時在場的段錫朋說道：「書詒（段錫朋字），你算一下看，老顧能得多少票？」
汪敬熙、段錫朋二人皆是五四運動時期與傅斯年在北大同時「舉事」的一代名將，他們所看重的只有自己的老師胡適，其他人均不放在眼裡。而顧孟余雖曾出任過北大教務長，但後來離開北大轉向國民黨內部中樞，從事政治活動，並與國民黨高官大員甚至蔣介石本人，有著扯不斷、理還亂的關係，與學術界人士的關係早已疏遠冷淡。顧氏不再把這些儒生寒士放在心中，而這些認死理的書獃子也以牙還牙，同樣對他視而不見，如棄敝屣一樣將其拋到爛泥坑中去了。段錫朋與在場的朱家驊根據顧孟余的名望和人緣兒，粗算了一下，最多只能得8票，而這票數幾乎囊括了所有北大出身的評議員，甚至連汪敬熙也計算在內，而汪則表示堅決反對。面對這個不祥的結果，翁、王、朱等幾人均沉默不語。
這個插曲只是小範圍內的非正式公佈與商議，假如就此打住，各自相安，倒也無事。但這「下條子」一說不知被誰捅了出去，輾轉傳聞，立即引起眾評議員的盛怒。此種做法不但違反了中研院的選舉條例，同時也是對學者們自由思想和獨立精神的侮辱，一時群情激昂，怒氣頓生。此前，傅斯年曾經與王世傑、段錫朋談到要給胡適投一票的事，他們都說「要把孟余選出，適之也必須選出，給他們看看」云云。儘管顧與朱都是自己在中山大學時的上司，翁王二人與自己也頗有交情，但此時的傅斯年和陳寅恪一樣，傾向於推舉胡適，其理由如傅後來在致胡適信中所言：「我輩友人，以為蔡先生之繼承者，當然是我公，又以為從學院之身份上說，舉先生最適宜，無非表示學界之正氣、理想、不屈等義……」7
按照翁文灝的說法，當他將眾人的意見反饋到陳佈雷處時，陳氏急忙做了解釋，說介公只是在與他和張岳軍（群）談及此事時，提到中研院應歸行政院管轄，院長不宜由評議會選舉，但也「未言決即更改」，「對院長人選，曾提及吳稚暉、戴季陶、鈕鐵（惕）生等，嗣又提及顧孟余」云云。既然介公本人也只是非正式地提及，並沒有一個斷然的決定，翁文灝除向陳佈雷說明「盼能依法辦理」，希望不致破壞法律條例外，也就沒有再做更多的表示。隨後，翁特意又走訪了陳佈雷和介公在表述時另一位在場者張群，也沒有探聽到與陳佈雷不一致的說法。下午，翁文灝、傅斯年、任鴻雋、李四光、汪敬熙等一起，又與王世傑專門討論選舉院長事。據翁文灝日記載，當時王世傑只是表示，關於此事，他本人「有兩個consciences（良心）」8。兩個什麼consciences？翁的日記沒記，王世傑具體說沒說也不得而知。
除翁文灝的一面之詞，另有一條消息在評議員間傳開，謂王世傑最不願意胡適此時回國，用王的話說，雖然胡適算不上一流的外交家，美國的外交政策也不容易因他國外交官轉變的。他認為，美國外交政策中那些可以設法轉變的，胡博士去做就比其他人有效，因此極力反對讓胡適回國當院長云云。而蔣介石之所以敢冒得罪天下儒生的罵名，讓陳佈雷「下條子」推舉顧孟余，就是王世傑的移花接木之計，沒想到弄巧成拙，遭到了學者們的強烈反對，並對王大為不滿。翁朱二人一看眾評議員的激憤之態，才知道這一班學者與純粹的官場中人大不相同，「實在沒法運動，如取運動法，必為所笑，於事無補」9。在這種情況下，翁、王、任、朱四人撇開顧孟余，又開始為爭搶這把交椅暗中鉤心鬥角起來。
任鴻雋、陳衡哲訂婚日與胡適（右）的合影（1920年8月22日於東南大學）
21日晚上，翁文灝、任鴻雋聯名出面請客，赴宴者30人。席間有任鴻雋的夫人、著名的女「海龜」，並有「莎菲女士」之稱的一代女詩人、教授陳衡哲作陪壓陣。翁、任聯盟表面上不動聲色，內心卻自有打算。意想不到的是，前來參加的傅斯年、陳寅恪等人仍不買賬。為了這次評議會，陳寅恪帶病專程從昆明趕來參加，曾幾次對眾人表示「來重慶就為投胡先生一票」10。陳寅恪對於社會生活態度，最看重的就是獨立精神、自由思想，也就是他為王國維撰寫的紀念碑碑文中所倡導的「士之讀書治學，蓋將以脫心志於俗諦之桎梏，真理乃得以發揚。思想而不自由，毋寧死耳」。在這次宴席上，陳寅恪同樣大談其academic freedom（學術自由）理論，並言稱中研院院長「必須在外國學界有聲望，如學院之外國會員」云云。11陳氏此語，顯然是向在座者宣示，只有胡適才有資格來坐這把天下儒林盟主的交椅。而這個時候，儘管國內有不少黨國要人對胡適在駐美大使的位子上，「只好個人名譽事，到處領學位」之行徑頗為不滿，尤其是孔祥熙、宋子文等政治集團大為不快，恨不得立即將胡氏抓將起來投進監獄，甚至連同傅斯年等一幫前呼後擁的嘍囉一併逮捕法辦，以達到斬草除根之目的。但遠在美國的胡適仍是照領不誤，直到中研院院長選舉之時，國人並不清楚他以中國駐美大使的身份，在國外受領了多少個學位和院士帽子。不過從胡適一生在國外共弄了35頂博士帽子來看，這個時候恐怕已有30多頂博士或相關的名譽博士帽子戴在頭上了。除此之外，弄到的「外國會員」頭銜更是不計其數。這個能量，如同三國時代虎牢關前的呂布，是翁文灝與任鴻雋加上陳衡哲三位男女英豪合在一起都無法匹敵的。故陳寅恪之說，得到了大多數入席者稱許，翁、任、陳三位一時頗為尷尬。
眼看自己的酒錢就要打水漂，滿腹心事與夢想也即將付之東流，任鴻雋力圖扭轉頹局，強調道：「在國外者，任要職者，皆不能來，可以不選。」12
陳寅恪與傅斯年聽罷，均表示對此不敢苟同，謂「挑去一法，恐挑到後來，不存三四人，且若與政府太無關係，亦圈不上，辦不下去」13。
陳寅恪當然明白翁文灝與任鴻雋的意中人在自己而不在胡適，遂表示堅決反對。此前他曾公開表示過自己的意見：「如果找一個搞文科的人繼任，則應為胡適之。」陳認為：「胡適之對於中國的幾部古典小說的研究和考證的文章，在國外的學術界是很有影響的。如果找一個搞理科的，則應找李四光，因為，李在地質學理論方面的造詣，在中國無人能比……」14翁文灝儘管是地質學界權威性的老字號「海龜」，但其成就主要體現在地質與礦產資源的調查方面，缺乏像新生代「海龜」李四光所具備的那樣一種宏大的視野與學術理論構建。而這種差別不是靠聽師傅講解，或自己躲在一間四面封閉的小黑屋裡，像漢代的孫敬一樣把頭用一根繩子拴住懸在樑上，或像戰國時代的縱橫術士蘇秦一般，弄一根鐵錐，專等深夜讀書迷糊時往大腿上亂刺一通，甚或不吃不喝，一門心思讀書、思考，在恨鐵不成鋼時拿頭往牆上撞就可以彌補的。這是一種世間難得一見的天才的事業，只有天縱之才方可達到這種境界。當然，不能說翁文灝就不是天才，他與李的差別，其實就是天才大小的差異。二者相較，李四光為大，翁為小。至於任鴻雋本人，就不足道哉了。若干年後的事實也證明了陳寅恪的眼力與識見，新中國成立後，李四光在地質學界發揮了開天闢地的重大作用，無論是在理論還是在實際操作中，都做出了任何同時代人無法企及的巨大貢獻。當年與其爭鋒者皆被他那科學巨人的身影籠罩得不辨牛馬。而同樣留在大陸的任鴻雋則籍籍無名，除了弄了個灰頭土臉，沒有什麼值得一提的造詣和貢獻。也只能感慨時運不濟，徒歎奈何，奈何了！
只是，此時的胡適與李四光皆屬於不被國民黨高層真正歡迎之人，陳寅恪之說，也是一時的宣洩怨憤而已，可謂明知不可為而為之。
飯後，依胡先驌提議，進行了一次民意測驗性質的非正式投票。結果是：翁文灝得23票，胡適得21票，朱家驊得19票，王世傑僅得1票，任鴻雋0票。
王世傑一看自己僅此一票，頓覺失了面子，眾人也大感詫異。王在窘迫中把這個悲慘結局歸罪於傅斯年，認為傅對眾評議員傳播他在背後鼓動蔣介石，要舉顧孟余並下條子事，才引起了眾怒，導致了這場難堪的敗局。為此，王世傑對傅大為惱火。傅斯年見此情形，大喊冤枉，並對外聲明，自己從未說過王鼓動介公下條子之事，在致胡適的信中，傅斯年說：「雪艇（王世傑字）也決不會做此事，可是有些理想，與佈雷談及，無意中出此枝節，容或有之。要之，亦是為研究院。」此時外部傳言已呈覆水難收之勢，傅斯年這個替自己洗刷又替對方開脫的聲明，王世傑並不領情，仍是餘怒未消，且對傅斯年耿耿於懷，「總不釋然」。15
宴席在沉悶、爭吵的氣氛中不歡而散。回到住處，陳寅恪把手杖往牆角重重地一扔，對傅斯年憤憤地說道：「我們總不能單舉幾個蔣先生的秘書吧。」16陳氏所說的「幾個秘書」則是指暗中角逐較勁兒的翁、王、朱、任等人。
王世傑
◎來渝只為胡先生
第二天晚上，不知由誰出面，居然把蔣介石請出來參加評議員的集體宴會，蔣氏說了一些冠冕堂皇的官話，並未言及人選之事。此次宴會是陳寅恪首次與蔣謀面，由於前幾日眾評議員風聞蔣親自下條子，陳寅恪心存不滿，對蔣極為看輕。宴罷之後賦詩一首：
庚辰暮春重慶夜宴歸作
自笑平生畏蜀游，無端乘興到渝州。
千年故壘英雄盡，萬里長江日夜流。
食蛤那知天下事，看花愁近最高樓。
行都燈火春寒夕，一夢迷離更白頭。17
此詩陳寅恪曾親抄一份贈給西南聯大教授吳宓品評，吳宓心領神會，將詩收入《吳宓詩集續集》稿中，詩後寫有附註：「寅恪赴渝，出席中央研究院會議，寓俞大維妹丈宅。已而蔣公宴請中央研究院到會諸先生。寅恪於座中初次見蔣公，深覺其人不足有為，有負厥職。故有此詩第六句。」18按照吳宓的詮釋，陳詩中的「食蛤」指蔣介石。19
第二天，中央研究院第一屆評議會第五次年會終於在重慶濛濛細雨中開幕，評議員對院長候選人正式進行無記名方式投票，選出三名候選人。據統計，到場者共30人，由王世傑擔任會議主席，為避嫌，王放棄投票。其結果是：翁朱二人旗鼓相當，各得24票，胡適得20票，李四光6票，王世傑與任鴻雋各4票，任的支持者全是他在美國留學時創辦的「科學社」的幾個鐵桿弟兄。介公舉薦的顧孟余僅得1票。按照選舉條例，評議會將得票最多的翁、朱、胡三人名單呈報國民政府審批。
這一選舉結果令陳寅恪等眾評議員還算滿意，感覺「自有公道」，一方面，學者們頂住了上面的「條子」，顯示了自由之思想、獨立之精神的正氣；另一方面，似乎「上面」沒有再強行施壓，或節外生枝故意製造麻煩。而學者們選出的翁、朱、胡三人，也並不出當局意外，只是任鴻雋的太太陳衡哲見中研院的人都不投其夫君的票，甚為惱怒，大罵傅斯年等人不是東西。傅斯年有苦難言，乾瞪著眼說不出話來，只有到了這時才真正領悟那天酒席上「叔永演說之旨何在」。大勢去矣，既然這個時候陳衡哲連與自己曖昧的人——胡適（南按：胡與陳衡哲在美國留學時就建立了曖昧關係並長久地保持下來）都棄之不顧，傅斯年又豈能不通人性事理地去關照與自己無親無故的任鴻雋？一場競選大戰下來，縱有一代女傑陳衡哲為其夫君吶喊助威，亦無法扭轉乾坤，使地球倒轉。
胡適作為學術界的一種象徵和符號，儘管在傅斯年、陳寅恪等人的共同努力下入圍中樞，但就評議員們而言，也只是一種情緒的表達與釋放而已。正如傅斯年在給胡適的信中所說：「舉先生者之心理，蓋大多數以為只是投一廢票，作一個Demonstration，從未料到政府要圈您也。」20對這一判斷，同是評議員的陳源（西瀅）深有同感，4月21日，他在致胡適的信中說：「我認為中央研究院院長，最適當的人選當然是你，但是你現在在美國的使命太重要，不能回來也是事實。我與一部分朋友至今仍認為你是蔡先生唯一的繼任人，但又不願意你在此時離開美國，所以不知道自己希望的是那一樣。」21
胡適大使（中）向美國總統羅斯福（坐者）說明中國人民萬人簽名的文件
此時，以傅斯年為首的儒生們未免把問題看得過於簡單了。選舉的第二天，王世傑向蔣介石報告選舉成果，當說到顧孟余沒有被選中時，「介公笑了一下。次日語孔（祥熙）雲，『他們既然要適之，就打電給他回來罷』」。22這一招令傅斯年始料不及。也正是這一枝節的突現，使傅斯年對選舉中的「條子事件」有了新的更合乎邏輯的分析推斷。
按傅的推理：翁文灝此前所言有詐，陳佈雷是明確接受了蔣介石的旨意，而翁文灝與朱家驊二人又接受了陳的指示，「派他們設法舉顧出來的」。但只是由於陳寅恪等眾評議員們的強烈抵制「而未辦到」。介公交代的事沒有辦到，本已是嚴重失職，無顏稟報。但翁朱二人見此情形，私心頓起，反意萌生，在關鍵時刻棄顧孟余而「偏舉上自己」，公然「忤旨」。23這就讓最高領袖蔣介石產生了一種憤怒與厭惡之感，而這種憤怒與厭惡又不好當場發作，因而蔣在得知選舉結果後，只好當著王世傑的面「笑了一下」。這一笑含著極度複雜的成分，除了以上的情緒，還有對「人不為己，天誅地滅」等人生信條的感歎，也有對翁朱二人人格的嘲諷，更有對評議員們所謂「自由、民主」等的無可奈何。這種憤怒、感歎、嘲諷與無可奈何的交織，便化作了尷尬的一絲苦笑和讓胡適回國的口諭。
蔣介石這個頗有些意氣用事的口諭，立即得到了時任行政院副院長孔祥熙的熱烈響應，欲趁機把胡適的大使搞掉——這是他多年來就夢寐以求並多次操作過的事情。據說孔一口氣就向蔣推薦了四個人選，用情之急、之烈實屬罕見。
形勢急轉直下，大洋那邊，胡適端坐的那把大使椅子開始搖晃，並發出了「卡嚓卡嚓」的聲響。危急時刻，傅斯年意識到當初鼓動眾儒生合力推選胡適是個「大失策」。群儒之意並非真正要讓胡適回來做這個「閒曹」院長，而是「願先生留在美任」，繼續行使中國駐美大使的職責。「而其選舉乃純是為的『學院主義』、『民主主義』，（如今）鬧到此地步，真是哭不得笑不得耳！」24——這是傅斯年見情勢危急，怕胡適因此事件翻船之後，自己成了三國時盜書的蔣干，兩邊無功，反而有過，受恩師的埋怨而專門向胡做出的特別書信解釋。人謂傅斯年在政治生活中只是一門不會拐彎的直筒子「大炮」，謬也！從此次事件中可看出他的聰明之處。
已回過味兒來的傅斯年不只是向胡適寫信為自己解脫，同時以一個戰略家的姿態積極組織人力進行絕地反擊，以阻止孔祥熙等人的強勢進攻。他開始聯繫王世傑等人「加入運動先生留在美任之友人中，曾為此事數訪（張）岳軍，並請萬不得已時，先設法發表一代理人，最好是翁，以便大使改任一事停頓著……」。25
箭在弦上。
7月22日，胡適致函王世傑，對外間盛傳其將被免職一事表示不快，且有請辭試探之意。胡適在當天的日記中寫道：「今天發憤寫航空信給王雪艇，說我若不做大使，決不就中央研究院院長。……大使是『戰時徵調，我不敢辭避。』中研院長一類的官不是『戰時徵調』可比。」26王世傑接函後，先後找到傅斯年、陳佈雷、張群、翁文灝等商議對策，又將信送呈蔣介石，並趁機進言不讓胡適回國。蔣介石面對各門各派明爭暗鬥的激烈角逐，遲遲未做表態，經過再三權衡，終於做出決定：胡適繼續任大使不變，外交部公開否認外電所傳胡適辭職謠言。
7月27日，王世傑致電胡適：「外傳調兄返國，均由中央研究院問題引起，政府覺美使職務重於中研院，迄無調兄返國決定。」27至此，胡適與傅斯年、陳寅恪等當初力挺胡氏的一干人馬，懸著的心才算落地。
既然胡適不能返國，中央研究院院長的人選就只有在翁文灝與朱家驊之間選擇。因有了顧孟餘事件的陰影，蔣介石對翁朱二人皆不滿意，故左右搖擺，舉棋不定，直到蔡元培死後半年有餘的9月18日，蔣才最後下定決心棄翁而圈朱，不過在圈定之後又加了個「代」字，朱氏遂以中央研究院代理院長的名分被公示天下。
朱家驊本是合法的三位院長候補人之一，結果陰錯陽差地以暫代之名來充當天下儒林共主，心中頗為不快，又無力改變這一尷尬局面。經過他一番明察暗訪，認為導致這一局面的原因，除了顧孟餘事件給介公留下了惡劣印象外，與王世傑背後搗鬼大有關係。王不想讓胡適此時離任回國，但又覺得胡適因此失去中研院院長犧牲太大，既然自己得不到，也不能讓朱輕而易舉地佔了便宜，於是欲留院長之位以待胡適，並以此說動介公，拋棄最具競爭力的翁文灝，讓資歷較淺的朱家驊暫代。蔣介石心想，既然翁被拋棄，單舉朱家驊來做院長也有些不便，於是順水推舟，在朱的院長前輕輕加了個「代」字，以示平衡，蔣氏此舉煞是費了一番苦心。
事已至此，朱家驊雖心中不快，但回天無術，只好屈就。不過隨著國內外政治風雲的變幻和時間的推移，王世傑的設想也成為泡影。胡適從朱家驊手中接掌「中央研究院」院長，已是17年之後台灣孤島上的事了。
朱家驊以險勝暫時坐上了中央研究院第一把交椅，傅斯年暗中長噓了一口氣。儘管傅在選舉院長問題上明顯偏重於胡，但對朱也沒有暗中下絆兒或在背後鼓噪搗亂，總體上亦屬擁護之類。鑒於傅在中央研究院非同尋常的號召力和辦事才幹，朱家驊上任之始便棄任鴻雋而請傅斯年出任總幹事一職，是謂一朝天子一朝臣也。可憐的任鴻雋不但競選院長未果，連總幹事的帽子也丟掉了，只好仰天長歎，徒歎奈何！傅斯年此時正身患高血壓，並深受其累，不想戴這頂「閒曹」手下總幹事的帽子，鑒於朱家驊真誠相邀，感念當年朱在中山大學時對自己有知遇之恩，遂「為了朋友，欣然地答應下來」28。不過傅斯年還是有言在先，認為自己既然已擔任了史語所所長，不能再兼職，只是以暫時代理的身份出任總幹事一職。在正式上任之前，傅斯年要先回昆明處理史語所的事務，然後回重慶就任。而這個時候，昆明的局勢則又進一步惡化了。
◎揚子江頭流亡客
自1940年7月起，為徹底切斷中國僅存的一條國際通道，日本人利用歐洲戰場上德國人勝利的有利時機，直接出兵強行佔領了法屬印度支那的越南，不僅切斷了滇越鐵路，而且由於距離縮短，使得飛機對滇緬公路和終點站——昆明的轟炸更加頻繁起來。到了8月底9月初，日機對昆明的轟炸更加猛烈，轟炸範圍已擴大到昆明郊區，日軍開始組織精銳部隊向雲南境內進犯，形勢日趨危急。住在昆明郊外龍泉鎮的史語所與中央博物院籌備處的人員，每天都在警報的鳴響中惶恐度日，其悲苦憤懣之情無以言表。
這樣的生活顯然難以繼續支撐下去，根據重慶國民政府的指示，西南聯合大學，同濟大學，中央研究院史語所、社會學所，中央博物院籌備處等駐昆學校和科研機構，全部向大後方轉移，並指出最合適的地方是三峽以西的四川轄境。因蜀地既有千山萬壑的阻隔，又有長江或岷江、金沙江、嘉陵江等支流和國民政府戰時首都重慶相通，是一個可進可守的天然避難場所與積蓄力量待機反攻的後方戰場。中國歷史上許多王朝在大難臨頭之際都逃亡四川避難，天寶年間的安史之亂，在長安城陷之際，唐玄宗攜帶部分文臣武將出逃四川劍南，使李唐王朝在天崩地裂的搖晃震盪中又重新站了起來。鑒於這樣的天然條件，駐昆的機關、工廠及各教育單位與學術機構，紛紛派人入川考察，以盡快撤離昆明這座戰火熊熊的城市。
長江邊上的李莊古鎮一角（王榮全攝）
當年10月，赴四川考察的西南聯大人員已在瀘州南部的敘永找到了落腳點，準備先在此地建一分校，以待將來形勢演變再做全部搬遷的抉擇。而史語所派出的副研究員芮逸夫，與同濟大學的王葆仁、周召南一起，也在宜賓下游李莊找到了一個可供安置書桌的地點。回到昆明後，芮逸夫將赴川考察、洽談情況向傅斯年做了詳細匯報，傅聞知，與李濟、梁思永、董作賓、李方桂等人交換了意見。最後決定，在沒有更好的地方和去處的情況下，只能選擇此處暫時落腳。於是，中央研究院在昆明的幾個所，連同相關的中央博物院籌備處等學術機構，與同濟大學一道，又開始了一次大規模遷徙，目標是一個「在地圖上找不到的地方」——四川南溪李莊鎮。
芮逸夫等人找到的李莊，是位於宜賓市下游19公里處長江南岸，下距南溪縣城24公里的一個不大的古鎮。在相當長的一段歷史時期，此處曾是川南的政治、經濟、軍事、文化中心。建郡後，歷代朝廷曾在此戍兵防邊，屏障戎州東南。隨著人口猛增和清朝歷史上著名的「康乾盛世」的來臨，李莊出現了歷史上最為鼎盛的經濟繁榮期，與之相配套的會館、佛寺、道觀開始復修興建，僅乾隆年間就先後修建了文武宮、桓侯宮、南華宮、文昌宮等四座宮殿，以及佛光寺、萬壽寺、玄壇廟、永壽寺、關聖殿、伏虎寺、常君閣、天宮廟等8座規模龐大的廟宇樓閣。後陸續修建禹王宮（初稱湖廣會館）、東嶽廟、觀音堂等建築群，至咸豐朝末年，李莊鎮內外已形成了9座宮殿18座廟宇——號稱九宮十八廟、二座教堂的輝煌建築格局，其勢力之大，氣派之興，威震川南，遠播巴蜀，為一時所重。
除散落鎮內外的宮殿廟宇，在李莊鎮上游約五公里的長江邊上，有一座狀如犀牛的小山，山上有一株數百年的板栗樹，故名板栗坳，又稱栗峰山莊。自乾隆年間始，板栗坳一支張姓家族，在此處打造宅院，歷經數輩人的辛勤積累，前後耗白銀兩萬多兩，用工不計其數，最終形成了由七處院落組成又相互聯繫貫通的栗峰山莊。其雄偉的建築，宏大的氣派，加上張氏族群輝煌的基業，栗峰山莊如同一個百足俱全的獨立王國，傲然聳立在川南的栗峰山上，俯視大江南北。
正是由於鎮區內外有了九宮十八廟和板栗坳這樣龐大規模的山莊可以租用，這才使同濟大學和中研院在昆明的幾個研究所共一萬餘人，全部搬來成為可能。在李莊鄉紳與國民黨李莊鎮黨部書記羅南陔等人的積極贊成支持後，一場對中國文化具有深遠影響的行動悄然開始了。
根據國民政府教育部和中央研究院總辦事處的指示，中央博物院籌備處，中研院在昆明的歷史語言研究所、社會科學研究所，也是中研院從事人文科研機構的全部力量，於1940年秋冬時節，分期分批遷往李莊。與此同時，同濟大學也開始做全校大遷徙的準備，西南聯大也在四川敘永找到了地點，準備將當年招收的新生遷往該地上課。
此時的傅斯年已先行回到重慶，趙元任赴美講學，李濟、董作賓、梁思永各有一攤子業務須親自料理，中研院史語所的搬遷事宜由語言學組的研究員李方桂主持辦理，石璋如作為總提調予以協助。在中研院最為鼎盛時期的十幾個研究所中，史語所的物資之多是最著名的，甲骨、青銅器、陶器等出土器物，連同從各方陸續運來的共20多萬冊珍貴書籍，共有600餘箱之巨。面對這份國寶級的龐大物資，李方桂從利國公司雇了20多輛汽車，每三輛為一組，分批行動。
當一切安排妥當，由三輛車組成的第一批車隊於1940年10月初開始出發。
從昆明到李莊，須經滇黔公路入川，中途要翻越溝壑縱橫、坡陡路險的烏蒙山脈，並須渡過著名的赤水等幾十條水流湍急、險象環生的河流方能到達瀘州。
當車隊歷盡艱險抵達瀘州後，停在長江南岸的藍田壩卸貨，由史語所先遣人員潘愨、王文林負責接貨，通過當地的轉運站轉送到大噸位輪船，再沿長江水道運往宜賓，最後從宜賓再返運到李莊碼頭上岸。根據傅斯年的指示，先遣人員潘愨、王文林等人與長江航線赫赫有名的民生公司聯繫，負責具體的轉送航運事宜。經過一番艱苦跋涉，至1941年1月13日，史語所的大隊人馬和攜帶物資安全運達李莊。傅斯年聞訊，由重慶乘船，沿長江一線匆匆趕往李莊，主持安置事宜。
當傅氏前往李莊之時，同濟大學師生也陸續翻越烏蒙山脈，渡過赤水河，溯江而來。當時人口只有三千之眾的李莊古鎮，突然要安置上萬之眾的「下江人」，儘管當地士紳和民眾早有心理準備，但當一隊隊人群扛著箱子，背著背包，提著行李，潮水一樣湧來時，還是感到震驚。在國難當頭、民族危急之際，李莊士紳和民眾敞開了博大胸懷，表示要克服一切困難，來者不拒，盡數接納。同濟大學憑著自己最早與李莊接洽所具有的開山鼻祖地位，在租賃房產問題上自然博得了頭彩，凡李莊鎮內最適合外來人員辦公、學習場所，如九宮十八廟及「湖廣填四川」的各種會館、祠堂等，均為其所佔。同濟師生在這座千年古鎮找到了一片綠蔭與棲息之地。
李莊禹王宮，抗戰時期為同濟大學校本部（作者攝）
李莊東嶽廟，抗戰時期為同濟大學工學院（作者攝）
與同濟大學相比，中研院來李莊的兩個研究所和跟隨而來的以梁思成、劉敦楨、林徽因等人為骨幹的中國營造學社，則相對遜色了許多，好在史語所搶先一步，佔據了離鎮四公里張氏家族最龐大的居住地——板栗坳（栗峰山莊）。
當史語所遷李莊時，因西南聯大幾乎沒有圖書可借閱，而史語所藏書豐厚，於是，同中國營造學社梁思成等人的情況一樣，北大文科研究所多數研究生不得不隨史語所遷往李莊，以便查閱圖書資料完成學業。據當時的檔案顯示，研究生中的馬學良、劉念和、逯欽立、任繼愈、楊志玖、閻文儒、張政烺等都隨史語所而來。作為助教的鄧廣銘和他在北大的同班同學、進所不久的助理研究員、傅斯年的侄子傅樂煥等，也相繼遷來李莊。既然史語所所長傅斯年兼任北大文科研究所代理所長，在李莊為學生們適當安置一個讀書的環境當是義不容辭的責任。況且，傅斯年辦這個研究所的主要目的，就是把畢業生招到史語所留用，北大文科研究所實際上成了中央研究院史語所的一個預備培訓班。研究生們到達李莊後，全部被安排在板栗坳與史語所同人一起居住、生活，平時則各人在圖書館看書學習，著手撰寫論文。為了顯示這股力量的存在，傅斯年還專門讓研究生在居住的門口掛起了一塊「北大文科研究所辦事處」的牌子，作為一個相對獨立的單位彰顯於世。若干年之後，當地政府在統計李莊外來學術機構時，北大文科研究所也理所當然地被列入其中了。
比史語所稍晚些時候到達李莊的，是以陶孟和為所長的社會科學研究所，因陶氏此前並未派人前往李莊探路，當所中人員倉促到來時，遲遲找不到合適的辦公居住地點。經過近半年的折騰，直到1941年5月中旬，總算在距李莊鎮五里地的石崖灣與門官田（又稱悶官田，以夏日酷熱、不透風而聞名）兩個地方找到了落腳地。儘管兩處相隔四五里路程，生活、研究等極其不便，且門官田的辦公室隔壁就是牛棚，中間僅有一道竹「牆」分離，整日牛喊驢鳴，臭氣熏天，真可謂實實在在地入了牛馬圈，但畢竟安下了一張平靜的書桌，有了自己的棲身之處。在陶孟和的親自指揮下，社科所人員分批遷入居住地和辦公處。
至此，李莊的外來人員達到了1.1萬之眾，這些「下江人」在抗戰烽火中，隨著他們就讀和服務的學校與學術機構，在這塊陌生的土地上生根發芽，各自揭開了生命的另一篇章。
傅斯年因兼任中研院代理總幹事，不便在李莊久留，待把板栗坳的房子分配之後，便急如星火地趕回重慶中研院總辦事處，協助上任不久的代理院長朱家驊處理各種煩瑣事務，史語所的日常工作由清華出身、後留學美國的李方桂代為主持。
1937年上海淞滬抗戰爆發前，李方桂與趙元任先後赴美國耶魯大學和夏威夷大學講學。1939年，李氏回國，此時史語所已遷往昆明，趙元任在昆明小住，不久即再度赴美到耶魯大學接替了李方桂留下的空缺職位。歸國途中的李方桂則從香港、越南一路輾轉來到昆明龍頭村史語所大本營，重新進入語言組行列。因中研院史語所語言組主任一職出缺，見李方桂歸隊，傅斯年萌生了讓其代理趙氏職務的打算。後來隨著搬遷開始，傅斯年要到重慶，而所裡其他人員又不太願意管事，傅想一併請李方桂代理史語所所長，因事出倉促，想不到竟碰了一鼻子灰。
因當年父親入仕為官和中年隱退的經歷，給李方桂這位出生於山西省昔陽縣大寨村的傑出學者（南按：後來李在美國常自稱與官至中國國務院副總理的原大寨大隊黨支部書記陳永貴大叔是鄰居）幼小心靈裡留下了不愉快的印象。自入清華學校之後，李方桂就對參政為官之人產生了厭惡之感，並立志以學術研究為自己的畢生事業。當他自美返國後，在抗戰前八年的中研院研究生活中，對傅斯年平時顯現的霸氣與牛氣的勁頭越來越看不順眼，更對其整天晃動著笨重的身子，滿頭大汗地跑來跑去，為國民政府出謀劃策、指手畫腳的舉動感到不快，甚至從內心深處產生了憎惡之情。如今見傅氏找上門來讓自己出任一組之長（主任）的小官，加封了一頂所長的官帽還是暫代（戴），久積於心中的塊壘經此觸動，如同一根細小的引線點燃了火藥，槍管中的彈丸受到火力的助推，「唰」的一聲穿膛而出，朝著傅斯年發射而來。
李方桂冷冷地說道：「在我看來，研究人員是一等人才，教學人員是二等人才，當所長做官的是三等人才。」
傅斯年聞聽此言，頓時面紅耳赤，張口結舌說不出話。待回過神來，額頭上已是汗珠點點，他掏出手巾一邊擦汗一邊眨巴著眼睛看了看李方桂，然後頗為知趣地躬身作了一個長揖，退出說：「謝謝先生，我是三等人才！」
李方桂與夫人徐櫻在清華園
傅斯年懵懵懂懂地挨了一記悶棍狼狽地溜走後，李方桂靜心一想，覺得自己剛才的言語有些過火，遂有幾分悔意。在以後的日子，李氏自動低調處理與傅斯年的關係，當傅離昆赴重慶後，李方桂便默許了代理所長的職務並負起責任來了。當史語所遷往李莊板栗坳，傅斯年分配完房子回重慶後，史語所的工作仍由李方桂以代理所長的身份出面主持。
此時，被架到代理所長椅子上的李方桂，與傅斯年的個人關係，仍然只是「表面的朋友」而已，二人很難傾心相交。正如多少年後李方桂在美國加利福尼亞州萊伍德市他的別墅中，對自己的口述記錄者所言：「除了普通的學術上聯繫外，我們很少有共同的話題，因為我們的研究領域不同。當然作為朋友，又另當別論……當然啦，首先他是研究所所長，位置高高在上，再者……」29
也許是出於為尊者諱的考慮，向以處事謹慎、不善張揚著稱的李方桂，沒有向他的記錄者透露這個「再者」之後的省略號中隱含著什麼具體內容，甚至對他的夫人、民國段祺瑞執政時代名將徐樹錚之女徐櫻都諱莫如深。而這位李夫人也曾帶著不解對外界披露道：「傅斯年從未成為他（李方桂）的知心朋友，也不知道是為什麼。」對此，李方桂的解釋是：「傅斯年人挺好。在政治方面他頗是個人物。他是研究所所長，他一度曾是叫什麼參政員之類的政界人物……因此他太忙，而我這個人又對政界沒興趣，自然我就同他無話可談嘍。」30仍然是遮遮掩掩，猶抱琵琶半遮面，不肯竹筒倒豆子。但從李氏晚年的言談語氣中可以看出，他對傅斯年在政治上的所作所為，是頗有些輕視鄙薄意味的。
李莊板栗坳牌坊頭牆一角
自昆明時代起當了代理所長的李方桂，對參政與當官真的沒有多大興趣，當史語所的工作在李莊板栗坳重新鳴鑼開張後，李氏對各種行政事務依然比較淡漠，正如當年的親歷者、史語所研究員石璋如所言：「李方桂先生從昆明搬家起就開始管事，可是他不願意出名，要跟他商量事情，就是他叫你做什麼，他不動就是了。」面對這種狀況，董作賓就忍不住對同人說起了笑話：「朱家驊先生是代理院長，傅斯年先生是代理總幹事，李方桂先生是代理所長，我們這一群人就是三代以下的人民啊！」31
不久之後，李方桂辭職離開李莊，到以美鈔做後盾的成都燕京大學任教，甘做美金照耀中的「二流人才」，史語所所長乃由董作賓代理。而這時的董氏再也不提什麼「三代以下的人民」之事了。