◎醉不成歡慘將別
陳寅恪前往上海轉赴嶺南時，胡適、傅斯年等人仍在南京為風雨飄搖的國民政府「搶救學人計劃」效力。1948年12月16日，蔣介石與宋美齡夫婦在黃埔路官邸專門設壽筵宴請胡適與江冬秀夫婦，傅斯年陪同。平時請客從不備酒的蔣介石，特為胡適準備了上等好酒，破格示敬，並表示提前一天為其賀壽。儘管胡適對蔣氏夫婦的情誼深為感動，但當自己的助手胡頌平奉蔣氏之意勸他「到外國去替政府做些外援的工作」時，胡未予理會。回到住處，胡極不高興地對助手胡頌平說：「這樣的國家，這樣的政府，我怎樣抬得起頭來向外人說話！」1
12月17日，是北大五十週年校慶日和胡適五十七歲生日，胡適出席了在南京北極閣下中央研究院禮堂大廳舉行的北大同學會和校慶會。席間，胡適「發表沉痛演詞」，這是胡氏離平前專門趕寫的一篇紀念箴言，謂：「北京大學今年整五十歲了。在世界的大學之中，這個五十歲的大學只能算一個小孩子。……我曾說過，北京大學是歷代的『太學』的正式繼承者，如北大真想用年歲來壓倒人，他可以追溯『太學』起於漢武帝元朔五年（西曆紀元前124年）公孫弘奏請為博士設弟子員五十人。那是歷史上可信的『太學』的起源，到今年是兩千零七十二年了。這就比世界上任何大學都年高了！但北京大學向來不願意承認是漢武帝以來的『太學』的繼承人，不願意賣弄那二千多年的高壽……」
演講詞中，胡適高度稱讚了蔡元培與蔣夢麟主持北大三十年的功績，謂正是蔡與蔣三十年的不懈努力，才使北大成為「一個繼續發展的學術中心」，並稱蔣夢麟是「一個理想的校長，有魄力，有擔當」的校長。又說：「民國二十年（1931）九月十七日，新北大開學了。蔣校長和全校師生都很高興。可憐第二天就是『九一八』！那晚上日本的軍人在瀋陽鬧出了一件震驚全世界的事件，造成了第二次世界大戰的序幕！」但自此之後到盧溝橋事變北大南遷的六年國難之中，北大「工作最勤，從沒有間斷。現在的地質館、圖書館、女生宿舍都是那個時期裡建築的。現在北大的許多白髮教授，都是那個時期埋頭苦幹的少壯教授……現在我們又在很危險很艱苦的環境裡給北大做五十歲生日。我用很沉重的心情敘述他多災多難的歷史，祝福他長壽康強，祝他能安全地度過眼前的危難正如同他度過五十年中許多次危難一樣！」2
1946年9月，傅斯年結束代理北大校長，歡迎胡適前來上任。左為傅斯年，中為胡適，右為胡適之子胡祖望
最後，胡適謂自己面臨此次災難「則已如一逃兵」且稱「乃一不名譽之逃兵」，言畢「聲淚俱下，與會者幾同聲一哭」。3
胡氏演講完畢，由傅斯年慷慨致辭。據當時報載稱：「傅氏自稱悲觀，但竟以樂觀言之，博得多數人破涕為笑。」4
與南京遙相呼應的是，此時的北平也正在舉辦北京大學校慶活動，只是比南京更為沉痛悲觀，據當日報載稱：「北大今在炮聲中開始校慶節目，因胡適離平，主持乏人，展覽講演皆不能按預定節目進行，勢將悄然度過。在郊外之農院一部學生，今被迫入城，衣物有損失，並飽受虛驚，學生在孑民堂前痛哭流涕。」5
12月21日，清華大學校長梅貽琦率領第二批被「搶救」學人飛離北平抵達南京，同機者有李書華、袁同禮、楊武之、江文錦等24位教授。按計劃該機將搭載更多的人南飛，「但以市內新機場跑道鬆軟，只能載重三千磅，下午一時起飛，不離平之教授，決於廿二日成立聯合會，並與當局取得聯絡」。6
就在梅貽琦等抵達南京後的第二天，教育部長朱家驊辭職。國民政府任命梅貽琦繼任。梅自稱未能將大部分北平教授接運出來，深感慚愧，表示不能從命，旋辭職，梅貽琦由此成了國民黨在大陸統治時期最「短命」的教育部長。梅請辭後，暫由陳雪屏代理教育部長職。
未久，蔣介石給胡適冠以「總統資政」頭銜，堅持胡適前往美國，既不當大使，也沒有具體任務，只是希望胡「出去看看」。胡適在經過一番心靈煎熬後，決定服從這一委派，重返美國為政府「做點面子」。7
1949年元旦，共產黨通過新華社發表新年獻詞，提出「打過長江去，解放全中國」的響亮口號。國民黨敗局已定，蔣介石正式委任心腹干將陳誠為台灣省政府主席，傾全力經營台灣，為國民黨撤退做準備。這道命令，連時任副總統的李宗仁和台灣省主席魏道明事先都毫不知情。
就在這個元旦之夜，南京城一片死寂，胡適與傅斯年聚會一室共度歲末，師徒二人置酒對飲，相視淒然。瞻念前途，滿目蒼涼，思前想後，兩位書生不禁潸然淚下。午夜的鐘聲響過，二人打起精神，重新抖起了文人的癲狂之態，一邊喝酒，一邊背誦陶淵明《擬古》第九：
種桑長江邊，三年望當采。
枝條始欲茂，忽值山河改。
柯葉自摧折，根株浮滄海。
春蠶既無食，寒衣欲誰待。
本不植高原，今日復何悔！8
抗戰勝利，傅斯年、胡適接辦戰後的北大，此時正好三年。「三年望當采」，正期望北大有所建樹和成就之時，「忽值山河改」，由青天白日忽然變成了滿地紅旗，期望中的「事業」隨之付諸東流。柯，枝幹也。滄海，指東海。此二句是說桑樹的枝幹被摧折，根葉漂浮到大海中去，一切希望皆成泡影。「本不植高原」，「種桑」之地本就沒在風雨無憂的高原，面對今日這般悲愴淒涼之境，又有什麼後悔可言？待把此詩吟過數遍，二人酒勁兒上來，倒在桌旁昏睡過去。
當此之時，與胡傅二人友善的新任台灣省主席陳誠，以雷厲風行的軍人作風和驚人的辦事效率，於1月5日開始在台北主持政事。同日，陳誠即致電傅斯年：「弟已於今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍須有識者之共同努力，方能有濟。弟一時不能離台，希先生速駕來台，共負巨艱。」9
台灣省主席陳誠以此電力促傅斯年「速駕來台，共負巨艱」（台灣「中研院」史語所傅斯年圖書館「傅檔」）
傅斯年接到電報，意識到自己決定何去何從的最後時刻到來了，在命運的重要轉折關頭，向來幹練決斷的傅氏再度猶豫起來。此前，隨著陳佈雷自殺身亡，傅斯年也產生了繼之而去的念頭。這個念頭存在他的心中已有時日，早在1932年他就說過：「國民黨固曾為民國之明星者若干年，而以自身組織紊亂之故，致有今日拿不起，放不下之形勢。於是一切殘餘的舊勢力蠢蠢思動，以為『彼可取而代之也』。」又說：「平情而論，果然共產黨能解決中國問題，我們為階級的原故，喪其性命，有何不可。我們雖不曾搾取勞苦大眾，而只是盡心竭力忠其所職者，一旦『火炎昆岡，玉石俱焚』，自然當與壞東西們同歸於盡，猶之乎宋明亡國時，若幹好的士人，比貪官污吏還死得快些一樣子。一從大處設想，即知如此運命真正天公地道，毫無可惜之處。」10
據陳槃回憶：「當首都倉皇之日，時有陳佈雷、段錫朋二氏之歿，師因精神上大受刺激，悲觀之極，頓萌自殺之念。而師未於此時殉國者，賴傅夫人愛護防範之力也。」11陳氏之說後來得到了俞大綵的證實。當時俞正準備陪母親去廣州、香港就醫，傅斯年的弟弟傅斯嚴（孟博）暗中勸俞不要離開。俞大綵說：「那時我的母親患嚴重心臟病住院，大姐大，以南京危在旦夕，決奉母先飛廣州，轉香港就醫，她要我同行，與她共同隨機照顧病母。我慮及孟真舊病復發，加以他感時憂國，情緒極劣。母親重病在身，長途飛行，極感憂慮，左右為難，不知何所適，從商之於孟真。他毫不遲疑地說：『你母親病情嚴重，此行如有不測，你未能盡孝，將遺恨終生。你非去不可，不要顧慮我。』我略整行裝，準備隔日啟程，當夜孟博趕來痛哭流涕，責備我不該離開孟真。他說：『你難道不知道哥哥隨身帶著一大瓶安眠藥，一旦共軍攻入，他便服毒自盡麼？那時，你將何以自處？』骨肉情深，感人肺腑，我們相對涕泣，我便放棄了廣州之行。」12
傅斯年之所以沒有自殺，除了他的夫人看護有加，與傅本人在心中牽掛著史語所同人和他的故朋親友亦有極大關係，也正是這一條若隱若現的鎖鏈，最終拴住了他的心並延長了其生命歷程。就在傅氏準備赴台之時，胡適已向他透露自己不去台灣而想赴美國的打算，這個選擇意味著胡、傅從此分道揚鑣，天涯海角再難相見，這對傅斯年而言無疑又是一個極其重大的打擊。傅頓感失去了一根龐大的精神支柱，心情更加淒涼與慌亂，不知自己該何去何從。當接到陳誠自台灣發來的電報後，他將自己關在房間裡三天三夜，不住地繞室踱步，對腳下的故土越發生出一股難捨難離之情。傅氏反覆吟詠、書寫宋代著名忠烈辛棄疾《別茂嘉十二弟》之詞句：「將軍百戰身名裂，向河梁，回頭萬里，故人長絕。易水蕭蕭西風冷，滿座衣冠似雪。正壯士，悲歌未徹。啼鳥還知如許恨，料不啼，清淚長啼血。誰共我，醉明月？」
其時，正是壯年的傅斯年已很清楚，在陣陣悲歌聲中，已沒有多少人與他共醉明月了。
1949年1月9日夜，被共產黨部隊圍困在徐蚌戰場達66個日夜的國民黨軍隊，激戰後全面潰敗。解放軍以傷亡13萬人的代價，殲滅俘獲國民黨軍55.5萬人，徐州「剿總」副總司令、戰場總指揮杜聿明被俘。
1月19日，傅斯年去意已決，決定搭乘軍用飛機赴台。這天凌晨，在慘淡的星光照耀下，傅斯年偕夫人走出了史語所大院中的家門，胡適與傅氏夫婦在前，秘書那廉君殿後，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄無聲息地走著，沒有人再說話，千言萬語已說盡，最後要道的「珍重」又遲遲不能開口。當那扇寬大厚重的朱紅色大門嘎嘎推開時，陰沉的夜色中，把門的老工友接過傅斯年手中的行李，在送向汽車的同時，嗚咽著道：「傅先生，今日一別，還能相見嗎？」傅聽罷，悲不自勝，滾燙的熱淚「唰」地湧出眼眶，順著冰涼的面頰淌過嘴角，又點點滴滴地隨著夜風四散飄零。
「好兄弟，等著我，我會回來的。」傅說著，握住老工友的手做了最後道別，然後登車倉皇離去。正可謂：「最是倉皇辭廟日，教坊猶奏別離歌，垂淚對宮娥。」
當天，傅斯年飛抵台北，此一去，竟是「回頭萬里，故人長絕」了。
1月31日，解放軍佔領北平城，中共宣佈北平和平解放。
隨著淮海、平津戰役的終結，國民黨政府已到了倉皇辭廟之日，再無心力「搶救」學人，這個「搶救大陸學人計劃」最終未能像搶運大批的金銀國寶一樣順利完成。據後來統計，除胡適、梅貽琦等幾十位教授之外，中央研究院81位院士有60餘位留在了大陸，各研究所除傅斯年領導的史語所算是較完整遷台，其他的幾個如數學所等只有一少部分人員與儀器遷台。而此時被「搶救」出的學人，亦有一部分人最終去了香港和美國而不是台灣。
繼蔣介石暫時隱退之後出任國民政府代總統的李宗仁，馬上派代表張治中、邵力子等赴北平與中共進行談判，展開了旨在保住江南半壁江山的和平攻勢。為加強社會各界的力量和談判砝碼，李宗仁專門向已赴台灣的傅斯年發電，希望傅能出來助其一臂之力，盡快達到「和平之目的」。但此時的傅斯年對國共和談已不抱任何希望，當場給予謝絕。在致李宗仁的信中，傅以一貫的處事作風和政治立場，直言不諱地表達了對時局的看法。文曰：
德鄰先生賜鑒：
前奉復電感佩之至，我公以民生為念，倡導和平，凡在國人，同聲感荷，然共產黨之行為，實不足以理喻。共產黨本為戰爭黨，以往尚如彼好戰，今日走上風，實無法與之獲得和平，今看共產黨態度，下列數事至為明顯：
1.分化敵人，徹底消滅中央政權，只與地方談和，以實行其宰割之策，絕不以人民為念。
2.絕對走蘇俄路線，受蘇俄指揮，而以中國為美蘇鬥爭中之先鋒隊。
3.對多年掌兵符者，必盡量摧毀，介公固彼所不容，而我公及健生宜生諸先生，彼亦一例看待，即我們讀書人，不受共產黨指揮者，彼亦一樣看待也。
在此情形之下，中央倡導和平，忍辱負重，至矣盡矣，受其侮辱亦無以復加矣，凡此情形可以見諒於國人矣。乃共產黨既如此，則和平運動恐須適可而止矣。蓋如文伯、力子、介侯諸先生之辦法，和平既不可得，所得乃下列之結果：
1.江南各省分崩離析，給共產黨以擴張勢力以方便，而人民亦不能減少痛苦。
2.合法政權既已大明，則權衡輕重，恐須即為下一步之準備，力子、文伯之談和平，毫無辦法，只是投降而已；偏偏共產黨只受零星之降，不受具體之降，不知張、邵、甘諸公作何解也？
3.大江以南之局勢，如不投降，尚有團結之望（至少不是公開之紛爭），如走張邵路線，只有全部解體而已。只要合法之政權不斷氣，無論天涯海角，支持到一年以上，將來未必絕無希望也。司徒大使實一糊塗人，傅涇波尤不可靠，彼等皆不足代表美國，今日希望以美國之助，與共產黨取和乃絕不可能之事也。13
傅斯年這一與中共決絕的強硬態度，並不是一時興起的妄言，實與他一貫的政治主張相吻合。他認為國民黨之所以「半壁萬里，舉棋中兒戲失之」，則是因為「不能言和而妄言和，不曾備戰而雲備戰」，14直至導致了不可收拾之殘局。他在為國民黨的敗局潸然淚下與「不堪回首」之後，於痛定思痛中決定把全部精力投入到台灣大學的建設上，藉以在精神上得到一點兒寄托和安慰。
4月21日，中共中央軍委一聲令下，百萬大軍在西起九江東北的湖口，東至江陰，總長達千里的戰線上，強渡長江，蔣介石苦心經營達三個半月，號稱「固若金湯」的長江防線轟然崩潰。4月23日，解放軍佔領南京，國民黨統治了22年的「首都」失守，國民政府南遷廣州。
1949年2月，南京，撤退中的國民黨軍隊
8月14日，毛澤東在為新華社寫的《丟掉幻想，準備鬥爭》一文中，對胡適、傅斯年、錢穆三人進行了點名抨擊：「為了侵略的必要，帝國主義給中國造成了數百萬區別於舊式文人或士大夫的新式的大小知識分子。對於這些人，帝國主義及其走狗中國的反動政府只能控制其中的一部分人，到了後來，只能控制其中的極少數人，例如胡適、傅斯年、錢穆之類，其他都不能控制了，他們走到了它的反面。」15
1949年10月1日，毛澤東在北京天安門城樓上宣告中華人民共和國中央人民政府成立。
10月14日，廣州失守，「國民政府」再遷四川，蔣介石隨之出山，匆忙趕到重慶指揮戰事，並在此度過了他在大陸的最後一個生日——六十三歲誕辰。
11月30日，重慶陷落，蔣介石逃往成都。12月7日，「行政院長」閻錫山率包括「中央研究院」在內的「國民政府」各機關從成都逃往台灣。12月10日下午2時，一代梟雄蔣介石帶著兒子蔣經國，在瑟瑟寒風中，從成都鳳凰山機場起飛逃往台灣。此時解放軍攻城的炮聲正緊，為了逃命，蔣介石都來不及細看一眼大陸河山。此時的蔣介石沒有想到，此一去，再也不能回到他眷戀不捨的神州大地。正是：
人生長恨水長東。無限江山，別時容易見時難。
◎退守孤島
1949年1月20日，傅斯年正式就任台灣大學校長。時台大中文系教授黃得時仰慕傅的聲名，請其寫幾個字留念。一向以齊魯大漢自居、自豪和自傲的傅斯年，揮毫寫下了「歸骨於田橫之島」16短幅相贈。眾人見之，頓生淒愴之感，更想不到竟一語成讖。
抵台後的傅斯年仍兼任隨遷的「中央研究院」史語所所長，但主要精力則投入到台大的興建改革之中。
台灣大學的前身為「台北帝國大學」，是日本在中日甲午海戰之後，強佔台灣並於1928年創建的一所綜合性大學。1945年抗日戰爭結束，台灣回歸中國，當時國民政府派中央研究院植物研究所所長羅宗洛赴台接管該校，並改名為國立台灣大學，羅任校長。此時的台大經濟拮据，舉步維艱，剛上任的羅宗洛大有亂桿子撲頭——痛中帶暈之感，於是很快掛冠回滬，專任他的植物所所長去了。此後國民政府又相繼委派中央大學教授陸志鴻和北平研究院研究員莊長恭出任台大校長職，他們又都因地方長官的冷漠和校內種種困難而辭職。當傅斯年執掌台大時，他已是抗戰勝利之後的第四任校長。這個時候正是國民黨大撤退，台灣地區大動盪、大混亂、大失控時期。學校內部房舍狹小，經費奇缺，校務混亂，學潮迭起。再加上幾百萬從大陸撤退的國民黨軍隊、政府人員及家眷蜂擁而至，要求入學就讀者驟然增加。原在「台北帝大」時代只容幾百人的校舍，根本無法容納狂潮一樣洶湧而來的學生，一旦權要顯貴人物的子女、親屬有入學者稍不如願，這些高官大員便憑借手中權力橫生枝節，給學校製造麻煩甚至災難。傅斯年接手後仍是這種令人激憤和無奈的情形。
右為傅斯年手書「歸骨於田橫之島」，左為董作賓用甲骨文補寫的「既飲旨酒」，其他為史語所人員簽名
在「台北帝大」時代，學生大都是富家子弟，全部走讀，學校不設宿舍。傅斯年執掌台大後，本著「決不讓任何學生因經濟拮据而喪失他的學業」的辦學宗旨，不論學生出身貧富，一律按招考標準予以錄取，從而使貧苦人家的孩子得有入學就讀的機會。經此嬗變，出身貧窮且遠離家鄉的學生不斷增多，台大的師資力量更顯得異常奇缺。儘管在撤離大陸時，朱家驊、傅斯年已對這一問題有前瞻性的考慮和準備，無奈被「搶救」到台灣的學人實在太少，著名教授只有沈剛伯、錢思亮、毛子水、鄭通和、余又蓀、台靜農、姚從吾、馬廷英、王國華、方東美、夏德義、李宗侗、英千里、楊樹人、潘貫、薩孟武、彭九生、陳振鐸等三十幾人，顯然無法填補大多數學科一流座椅的空白。所幸的是「中央研究院」史語所、數學所等一批精英遷往台灣，才算把台大各院系勉強充實起來。如史語所抵台的李濟、董作賓、凌純聲、芮逸夫、石璋如、勞榦、高去尋、屈萬里等著名學者，皆應聘到台大兼課。因為這些條件，台大的師資力量才有所改觀。
當然，此時的傅斯年一直沒有忘記繼續拉攏大陸學人赴台。據留在北大的鄧廣銘回憶說：傅斯年做了台灣大學校長，「此後便經常以朱家驊的名義給北大鄭天挺先生打電報，號召北大教授到台灣大學去任教，有時也指名道姓，說要某某人去。記得點過張政烺先生的名，也點過我的名。當時鄭先生問我去不去，我說，要論和傅先生的師生關係，我應該響應他的號召，到台灣去。不過，傅先生與蔣介石關係密切，所以跟他去。我與蔣介石沒有什麼關係，不願跟他到那孤島上去。我還和別人開玩笑說，如今國民黨的軍隊是不戰、不和、不守，我的態度是不死、不降、不走。我沒有做過蔣介石的官，和國民黨沒任何關係，用不著為他們盡節殉死。我和共產黨沒仇恨，我在大學教書，人民政府是否讓我繼續教下去，當然還很難說，但這並不是一個投降不投降的問題。我不跟傅先生去，也不跟國民黨走，決意留在北京大學」。17鄧是北大歷史系學生，與傅斯年的侄子傅樂煥既是同班同學又是好友，深得傅的賞識。鄧畢業後受傅的邀請赴昆明和李莊出任北京大學文科研究所助教，其間一直受傅的提攜與關照。兩年後，鄧廣銘離開李莊，受傅斯年之薦任復旦大學副教授，抗戰勝利後隨傅到北大任校長室不掛名的秘書，直到胡適接掌北大仍任此職。再後來轉入北大史學系任副教授、教授，並一度出任過歷史系主任一職，算是與北大瓜葛較深的一人。
鄧氏所說，是1949年初期事，直到這年年末，甚至1950年的年初，傅斯年也一直未放鬆努力。像北京方面的鄭天挺、羅常培、向達、湯用彤、馮友蘭、饒毓泰、葉企孫、曾昭掄、錢三強、週一良、沈從文，特別是轉往嶺南大學的陳寅恪，多次受到傅的邀請，只是受邀者出於多方面的考慮未做響應，仍留在大陸「靜觀待變」，或躺在床上打著自己的算盤，做著「走進新生活」的美夢。這特定的歷史階段，還有一些不為人知的明爭暗鬥和黑幕，據說當時傅斯年很想邀請大陸的美學名家朱光潛到台大任教，但他手下的文學院院長沈剛伯生怕朱到台後，對自己的地位形成威脅，暗中作梗，把邀請信息暗中壓下，秘而不宣。按朱後來的說法他沒有去台之意，但就當時的情形，縱然想抽身起程已無能為力矣。18
坐在台大校長位子上的傅斯年，再度「聊發少年狂」，施展出當年敢打敢沖、「凡事先騎上虎背」的本領，對台大積習實實在在地來了一番大刀闊斧的改造。不論後台有多硬，凡不合學術水準、濫竽充數的教授，全部驅逐出校門；校內職員，特別是原「帝大」時遺留的醫務人員，凡無醫療常識，不知救死扶傷為何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出幾個月，傅斯年就掄圓了手中的權力之刀，如同切西瓜一樣將70餘名不合格教授與職工切掉並趕出校園。自此，台大面貌為之一新，形成了一個蓬勃向上的局面。許多年之後，無論是傅的追捧者還是被趕走的對立者，在回憶這段不堪回首的往事之際，都不得不承認，假如沒有傅斯年，台灣大學在那樣動盪的時局中，想要在短時間中迅速崛起，奠定一個現代大學的基礎是不可能的。據陳雪屏回憶，傅赴台時健康情形已很是令人擔憂，「但他一方面心憂大局，同時銳志要把台大建設成一個夠世界水準的學府，殫精竭慮，竟無一刻的輕鬆」19。也正是世事紛亂與勞累過度，導致了傅斯年英年早逝的悲劇。
傅在台大的改革使一部分人為之叫好歡呼的同時，自然觸及了許多人的利益，令對方極為不快和惱怒。當時台大師生反對國民黨腐敗無能、以權謀私等令人激憤的醜行，學潮一浪高過一浪，而傅的對立面借學潮運動趁機發難，有國民黨政客在報紙上發表致傅斯年的公開信，指責台灣大學優容共產黨，並指名道姓地說法學院院長薩孟武「參共親共」，某某院長、系主任是「共產黨分子或參共分子，他們把持院系，排除異己」，把各院系變成培植親共勢力的溫床等。
傅斯年在台大校長室
傅斯年對台大師生特別是台灣土著反蔣倒蔣活動一直深惡痛絕，對學生中有真憑實據的共產黨人亦不寬容，每有發現均嚴懲不貸，其態度與他處理西南聯大學潮時並無二致，曾不止一次地喊出了「讓布爾什維克滾出台大去」的口號。當時國共之戰進入白熱化，在社會各階層極端混亂的情形下，有些學潮的發生可能有中共人員或職業學生暗中鼓動，有的或許是其他一般事件引起，因而當局與學校甄別起來極為困難。但不能排除的是，1948年之後，確有中共黨員學生或左派學生以各種渠道進入了台大。早於傅斯年遷台的「中央研究院」史語所研究員芮逸夫，於1948年12月20日在致傅氏函中有所透露。芮氏說：「則學生分子問題，亦頗堪注意。台大學生，過去堪稱純潔無疵。但今夏招生，卻有不少職業學生投考而竟被錄取（據雲，上海若干大學之二、三年級生，今夏考入台大者不少雲）。在莊前校長任內，已准成立自治會，或謂赤色職業學生從此得在台大生根雲。……又如浦逖生（南按：浦薛鳳，原為清華、北大、西南聯大教授，國民政府教育部政務次長，時為台灣省政府秘書長）先生對台大之看法，謂首需求台大之安定，而後再談發展。」20
一個月後，傅斯年飛抵台灣接掌台大，大體按浦氏的路數走了下來，只是具體行動過程中的場面，要比浦氏想像的激烈、驚悚、動人得多，而台大甚至整個台灣社會得以安靜的時間也比預期短得多。當然，這個結果首先取決於軍事上的保證。對此，王世傑於傅斯年去世後很有感觸地回憶說：民國三十八年（1949），大陸撤守，國民黨政府播遷台灣，一時人心惶惶，都以為國民黨政府的戰鬥力已失，沒有希望了！當時從台北到新竹，甚至有反對蔣先生的標語出現，而「國防部」的次長，居然是一個「匪諜」（南按：指「軍令部」決定作戰戰略的次長劉斐）。在此危急之秋，國民黨政府播遷台灣能得以站穩腳跟，有兩個重大事件不可不提。一是國民黨軍在金門前線古寧頭之戰和舟山群島之步登島之戰，雙雙告捷，解放軍進攻勢頭被遏制，台灣軍事情勢乃得以穩定。當然，這個穩定也令國民黨軍付出了傷亡慘重的代價。「當舟山的情勢十分危急之時，面對共軍即將大舉進攻，當地之軍事指揮官於夜間電話請示，謂在眾寡懸殊，彈藥不繼，情勢極端不利之情況下，國軍將何以自處？究竟是抵抗還是不抵抗？」時國民黨東南軍政長官陳誠憤然表示：「我們現在還有什麼問的！還有什麼選擇！就只剩下台灣一省和東南沿海的幾個小島，而這些小島正是台灣的屏障，倘若再守不住，通通完了，退此一步，即無死所！還說什麼抵抗不抵抗！」他拿起電話就說：「你們給我打至最後一人！如果有不聽命令的，就軍法從事！」國民黨軍在哀兵的情況下，在步登島打了一場大勝仗，這一仗與古寧頭之役，解除了台灣被圍的軍事危機。第二是在後方即台灣島上，「由於左派共黨學生滲透到各學校，鼓動風潮，造成社會不安。在金門和舟山兩次軍事勝利之後，陳辭修將軍就採取行動，清除這些製造風潮的左派分子，他得到傅孟真先生的充分合作，從各學校搜捕了一千多名共黨學生，用船遣往大陸。這些壞分子一去，台灣內部社會乃趨於安定。」21
儘管傅斯年對左派特別是對潛伏於校園鼓動學潮的共產黨極端厭惡與敵視，但他同時認為，如沒有真憑實據，當局不能肆意進入校園在師生中搜查共產黨，更堅決反對隨意指責他人為共產黨。當年西南聯大爆發學潮，並鬧出了人命，他在致俞大綵的信中，謂西南聯大學潮「地方當局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺」「學校內部有好些不成話之事」22等等，便是他處事原則。正是緣於這一指導思想，當他讀了報上對台灣大學師生的指責後，既惱又怒，毫不顧忌地以「他媽的！」開罵起來，而後採取以牙還牙的戰略進攻態勢，在報上兩次發表措辭強硬的檄文予以反擊，文中疾呼：「學校不兼警察任務」，「我不是警察，也不兼辦特工」。又說：「若當局有真憑實據說某人是共產黨，我將依法查辦，但是我辦理這種事，絕不能含糊其詞，血口噴人。」最後憤然聲明道：「貪官污吏及其他既得利益階級而把事情辦壞了的，我不能引以為同志。」23其聲色俱厲與咄咄逼人的態勢，令對方不得不暫時退卻，伺機而動。
1949年4月，在解放軍發起渡江戰役的前夜，台島潛流湧動，一股看不見的力量蓄勢待發，欲與海峽對岸緊密配合，徹底擊潰蔣家王朝。時傅斯年執掌台大未及三月，便發生了著名的「四六學潮」，警備司令部與當地警察於夜間衝進台大校園，大肆拘捕涉「匪諜」案的學生，有72名學生被捕獲押走。傅斯年在睡夢中被電話叫醒，對當局不經法律程序徑行闖入校園隨意逮捕學生極度不滿，匆匆披衣，偕秘書那廉君驅車趕往台灣警備司令部，當面向原黃埔軍校第五期畢業生，蔣介石遷台後最信任的得力干將，時任副總司令（陳誠兼任總司令）的彭孟緝中將交涉，當場提出三個條件：第一，速辦速決；第二，軍警不開槍，避免流血事件；第三，被捕的學生先送法院，受冤者，盡速釋放。臨走，傅斯年再度對彭孟緝警告道：「我有一個請求，你今天晚上驅離學生時，不能流血，若有學生流血，我要跟你拚命！」向來不把黃埔前四期出身的國民黨將領放在眼裡，時正氣焰熏天的彭孟緝被傅氏的凜然正氣所震撼，又見傅斯年半揮著緊握的拳頭，似想藉機揍他一頓的凶悍之相，遂不敢造次，立即雙腳並立，挺直腰板和脖頸，如同在老校長蔣介石面前接受訓諭一樣高聲答道：「若有人流血，我便自殺！」24傅斯年見對方態度還算誠懇，將握緊的拳頭鬆開，沖彭孟緝友好地點點頭，大手一揮，晃動肥胖的軀體大步走出警備司令部。
未久，台大被捕的學生多數放回，而與台大共同鬧事的師範學院不但近百名學生被送進監獄，還有七名學生以「反革命」罪名被槍殺。事件過後，省立台灣師院受到了停課整頓，師生重新登記並接受軍訓、校園戒嚴等懲處。而國立台灣大學雖受波及，但比之師院要好得多，此皆得益於傅斯年竭力庇護、斡旋之功。許多年後，台灣師大師生還就這次事件與台大相比，並大罵當年的學校領導者軟弱無能，活活葬送了學生的性命，實乃千古罪人，而對傅斯年則誇讚不絕，稱其為真正的校長和頂天立地的大丈夫。
軍警方面的交涉暫告一段落，學校師生的安撫工作必須立即進行。傅斯年返校後立即召開行政會議，向諸主管與各會負責人報告接洽交涉經過，並迅速刊出佈告說明情況，最後表示：「查內中所開，有數名並非本校學生，有數名業經拘逮偵訊。本校當盡量設法使此事成為純粹法律事件解決，仰各生照常上課，為要。」25隨後三天，每天發一佈告，表示學校「繼續向地方治安當局請求依法處理外，合行通告諸生周知」（7日）、「本校當局自必繼續竭力向地方當局請求依法辦理。務盼全校諸生，體念環境，力求鎮靜，有事應立即與學校當局接洽，以免在外發生枝節，並各照常上課，共維艱難，至要至要」。26
傅斯年搭救的台大學生所寫謝函（台灣「中研院」史語所傅斯年圖書館提供）
由於傅斯年的人格魅力和在營救學生中的大義凜然與真誠態度，多數無罪與無辜者被釋放，風潮迅速平息，校園恢復正常狀態。自此，大規模學潮不復再現，但仍有師生涉案被捕事件發生，傅斯年總是一如既往地挺身而出，或親自到偵訊部門交涉，或函請軍警當局釋放無辜的教師與學生。許多蒙冤入獄而得到傅斯年關照並成功營救的師生，感動地流下了熱淚，並表示對校長的恩情「至死不忘」。
1950年新生入學考試，國文卷由傅斯年親自命題，其最重要的一題摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之廣居，立天下之正位，行天下之大道。得志，與民由之；不得志，獨行其道。富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈，此之謂大丈夫。
此題可視作傅斯年赴台後「雖千萬人吾往矣」的心志獨白，也是對台大學生在精神層面上的殷切寄望。
這年的1月，風浪再起，校內外傳言傅斯年將去國辭職，一時人心浮動，有趁機插足搗亂者。針對這一有害台大前途和傅氏本人形象的暗流，傅斯年於1月23日撰寫了《致台大同事同學》的公開信，信曰：
諸位同事先生及同學：
近日校外校內傳言斯年將去國，將辭職，同事同學頻來問訊，敬聲明如下：
一、我之身體雖壞（久患血壓高），然久病之後轉不以為念。絕無於此困難之時，捨同事同學他去之理。
二、去年中華教育文化基金董事會以在美開會，須國內去人方足法定人數，故曾來電約去，期為2月8日。斯年以為此時去開會，必須謠言。明知有此一行，或可為台大募幾許錢，然權衡輕重，仍不去，故當時立即電復不去（來往信件均在陳秘書渝生處，願看可者自由取閱）。
三、半年多，校外攻擊斯年者，實不無人，彼等深以不能以台大為殖民地為憾。然彼等原不知大義為何物，故如遂其志，實陷本校於崩潰。鑒於一年來同事同學對斯年之好意，值此困難之時，決不辭職，決不遷就，決倍加努力，為學校之進步而奮鬥！
（下次校刊中登出此事有關文件。）
傅斯年
一月二十三日27
正是這種內外交困的局面與傅斯年本人剛烈的性格，導致他血壓驟然升高，身體很快垮了下來。1950年夏天，傅身患膽結石，不得不到醫院做手術。出院時醫生勸他至少要在家中休養一星期，但台大的事務紛亂如麻，根本無法辦到。對此，隨國民黨赴台的朱家驊曾以十分傷感的心情回憶道：「在他（傅斯年）去世的前幾天，閒談之中，他忽然對我說：『你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲斷送在台大了。』當時我只以為他因感覺辦事的辛苦，而出此苦語。不意數日之後，便成讖言，更使我悲痛萬分，有負良友。」28
像冥冥中有一種定數，傅斯年於心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一頭扎進了煙雨迷濛的黃泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回憶：一九五年「十二月十九日，他去世的前夕，是一個寒冷的冬夜，我為他在小書室中升炭盆取暖。他穿著一件厚棉袍伏案寫作。我坐在對面，縫補他的衣襪。因為他次日要參加兩個會議，我催他早些休息，他擱下筆抬頭對我說，他正在為董作賓先生刊行的《大陸雜誌》趕寫文章，想急於拿到稿費，做一條棉褲。他又說，你不對我哭窮，我也深知你的困苦，稿費到手後，你快去買幾尺粗布，一捆棉花，為我縫一條棉褲，我的腿怕冷，西裝褲太薄，不足以御寒。」29
傅斯年說到這裡，俞大綵一陣心碎，欲哭無淚。儘管當時台灣的經濟狀況極度混亂糟糕，但比抗戰時期在昆明和李莊總要好一些，傅斯年作為當時台灣島內唯一一所大學的校長兼「中研院」史語所所長，一般人也許覺得他不該再像李莊時代那樣鬧窮了，殊不知當時傅領的只是台大的一份薪水，兒子傅仁軌仍在美國讀書，他和時任台大英語系副教授的夫人俞大綵兩個人的收入，僅能維持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一筆報刊文章的稿費，想托衛生署的官員劉瑞恆出差到香港時買一套現成的西服，但把稿費和家裡的存款加起來一算，只能買一件上衣。傅斯年只好說：「幸而我還有沒破的褲子。」30
在這個暗伏不祥之兆的冬夜，正當俞大綵為家中的窮苦生活黯然神傷時，傅斯年起身滿臉疲倦地打了個哈欠，突然指著壁上的書架說：「這些書，還有存於史語所一房間的書，我死後留給兒子。我要請董作賓先生制一顆圖章，上刻『孟真遺子之書』。」言畢，長歎一聲，一反常態地對俞大綵說道：「你嫁給我這個窮書生，十餘年來，沒有過幾天舒服的日子，而我死後，竟無半文錢留給你們母子，我對不起你們。」31俞大綵聽到這裡，大為驚駭，急忙起身摀住了傅斯年的嘴巴，沒讓他繼續說下去。
後來俞大綵回憶這個夜晚的凶兆時說：「我一向不迷信，難道這幾句話就是他的遺言？夜深了，窗外吹起一陣寒風，室內盆中的炭已化成灰，我猛然感到一陣透骨的寒冷。」32
不數日，當董作賓含淚把稿費送到傅家時，俞大綵雙手捧著裝錢的信封，悲痛欲絕，泣不成聲。用心血換取的稿費到了，但此時的傅斯年已命歸黃泉，不再需要為自己的雙腿做御寒的棉褲了。
◎傅斯年之死
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蔣夢麟召集的「農復會」一次會議，討論農業教育改進和保送台大學生出去深造問題。在這個會上，傅提了不少意見，據在現場的人回憶說，他一會兒用漢語講話，一會兒用英語和美國人交談，一會兒漢英交雜，滔滔不絕地大發宏論。兩個多小時的會議，他講的話比任何人都多。午飯後稍事休息，傅又於下午2時許趕往省「議會廳」，列席台灣省「參議會」第五次會議。這一天，「參議會」上所質詢的問題全是有關教育行政方面的事務。下午會議開始後，傅斯年登台講話，但主要由時任台灣省「教育廳廳長」的陳雪屏作答。大約到了5點40分，「參議員」郭國基突然蹦將起來質詢有關台大的問題。這郭國基乃台灣省屏東人，生於1900年，曾留學日本。此人好勇鬥狠，一生的理想追求就是造反起事，佔山為王，或先把天下搞亂，然後再由他出面來個「天下大治」等。在日本留學時，郭氏就開始率領李鐵拐、張歪嘴、王拴狗等一幫烏合之眾與流氓無產者，打起「蒼天已死，國基當立」的大旗或明或暗地鬧將起來。抗戰勝利後，他對國民政府派員接收台灣極不甘心，再度糾集蔣渭川、王添燈等一批流氓惡棍，與以國民政府接收大員陳儀為代表的台灣省行政長官公署公開叫起板來，對大陸赴台軍政官員極盡醜化、污蔑之能事，一度被捕入獄。後來，隨著國民黨新政策的到來，郭國基出得監獄。未久，又鯉魚跳龍門，一躍成為具有正義化身的台灣省「參議會」的「議員」和「立法委員」。坐上政府大員專用木頭皮椅的郭氏，大有小人得志的做派，無論在什麼場合，總是難以收斂流氓無產者的本性，胡亂發一些火藥味甚濃的長篇宏論，氣焰凶妄，舉止輕狂，江湖上人送外號「郭大炮」。
意想不到的是，作為台大校長的傅斯年竟與這樣一個流氓惡棍在「議會」大廳遭遇了。
1950年12月20日，傅斯年列席台灣省參議會時做報告場景
當時的台灣大學屬台灣省政府撥款，故郭國基便以地頭蛇身份，怪叫著向「傅大炮」斯年開起火來。據在場者事後透露，郭的發難主要針對國民黨「教育部」從大陸搶運來台並存放於台灣大學的器材如何處理，以及放寬台大招生尺度等問題。此事看起來簡單，而又十分敏感、複雜、棘手。如台大之招生，尺度已盡量放寬，招生人數已達最大限度，但各界仍不滿意，特別是郭國基輩糾集部分失意政客，以各種方式和手段向學校施加壓力，惹得傅氏極其惱火憤怒。今日郭氏之質詢，當然須由傅斯年親自答覆，於是傅不得不第二次登台講話。在回答完上述兩個問題之後，郭又提出台灣大學用的是台灣人的錢，就應該多聘台灣教授，多取台灣本地學生，否則便是與台灣人民作對云云。傅針對郭的無知狂妄，開始予以反擊，在講台上大談其辦學的原則、規矩、計劃與理想等，並稱台大考試對台灣學生已盡量照顧，考慮到台灣學生的國語水平較差，在錄取時專門規定國文科分數比大陸學生降低10分錄取等。講著講著情緒激動起來，傅說道：「獎學金製度，不應廢止，對於那些資質好、肯用功的學生，僅僅因為沒有錢而不能就學的青年，我是萬分同情的，我不能把他們摒棄於校門之外。」最後他高聲說道：「我們辦學，應該先替學生解決困難，使他們有安定的生活環境，然後再要求他們用心勤學。如果我們不先替他們解決困難，不讓他們有求學的安定環境，而只要求他們用功讀書，那是不近人情的……」33講完話時，大約是6時10分，傅斯年滿含怨氣地慢步走下講台。就在即將回到座位時，他突然臉色蒼白，步履踉蹌，坐在台下的陳雪屏見狀，趕緊上前攙扶，傅只說了一句：「不好！」便倒在陳雪屏懷中昏厥過去。離得較近的「議員」劉傳來趕緊跑上前來，把傅斯年扶到列席人員的座席上，讓其躺下，順便拿陳雪屏的皮包做了枕頭。從此傅進入昏迷狀態，再也沒有醒來。
劉傳來本身是台大的醫學教授，經他初步診斷，傅是高血壓病發作，於是一面用冷毛巾貼其額，一面打電話通知台大附屬醫院和傅斯年的夫人俞大綵。傅原定當天晚上6點鐘在他家中召集有關人員開會，商討政府和台灣大學合辦「血清疫苗製造所」事宜。下午2點多鐘，傅斯年還打電話給校長室秘書那廉君，讓他把自己親筆擬定的合作辦法準時送到家中，以便開會時用。5點多鐘，那廉君來到傅家，俞大綵以為眾人在家裡開會，自己不便打攪，準備外出去吃飯。不久，傅的司機老楊氣喘吁吁地跑進來呼喊：「校長不行了，校長暈倒了！」俞大綵、那廉君等急忙驅車趕到「省議會廳」。
台灣大學校門（作者攝）
大約6時30分，台大附屬醫院院長魏火曜，台大醫學院代院長葉曙、副教授王大傑亦趕到會場。經王大傑診斷，傅斯年得了腦出血，當即採取急救措施，抽血300CC，這時血壓尚高至190。7時30分左右，國防醫學院院長盧致德、內科教授丁農，台大醫學院教授林天賜、嚴智鍾等亦聞訊趕到，診斷結果與前同，於是商議再抽血150CC。此時，陳誠、何應欽、王世傑、程天放、羅家倫、朱家驊等政界要人，以及學術界人士李濟、董作賓、毛子水、薩孟武、英千里、勞榦等紛紛趕來探視病情。蔣介石聞訊後，立即指令陳誠動員台灣所有名醫，不惜代價搶救傅斯年的生命，並要陳誠每過半個小時打一次電話向自己報告傅斯年的病情。陳誠得令，竭盡全力組織台灣一流的醫務人員搶救治療。病床上的傅斯年一動不動，西裝已被剪開，頭部堆滿了冰塊，醫生、護士跑前跑後緊張地忙碌著。滿臉焦慮之色的陳誠在會議室來回踱步，周圍站立的一圈黨政要人均不敢坐下，同樣滿臉焦慮、神態凝重地觀望著來自病室的風吹草動。
晚上9時30分左右，傅斯年的血壓漸降至180左右，體溫亦降至38℃，情況稍有好轉。至11時，血壓又增至230，體溫升至40℃。至11時23分，仰躺著的傅斯年突然睜開了眼睛，床前眾人驚喜交加，以為傅氏終於醒了過來。醫師急忙走過來按了按脈，抬手合上了傅斯年的眼皮，一聲不吭地退後低下了頭。這時眾人才真正地頓悟——傅斯年走了。門外的俞大綵會意，急步進來抱著傅斯年號啕大哭：「孟真啊，孟真……」陳誠等人聞訊，衝出會議室呼呼隆隆地向病房奔來。傅斯年就此與大家永別。
第二天，台灣省「議會副議長」李萬居召開記者招待會，宣佈台大傅斯年校長於20日夜「棄世」。李萬居乃台灣本地人，國語水平極差，有記者誤把「棄世」聽成「氣死」。於是馬上傳出消息，說傅斯年參加省「議會」，被「參議員」郭國基活活氣死於講台上。當天台灣報界刊發消息，稱「郭大炮」與「傅大炮」兩門大炮不幸交火，「大炮議員郭國基罵倒傅斯年，傅氏絕命身亡」。
12月21日，台灣大學宣佈停課一天，悼念傅校長，並下半旗致哀，由各院系學生代表聯合會組織學生排隊前往極樂殯儀館致唁。當學生們聽說傅斯年是被郭國基活活氣死的消息後，心中的悲痛立即轉成憤怒，紛紛衝出靈堂，打著「失我良師」的白色橫幅，向省「議會廳」湧去。學生們聚集在省「議會廳」門口，強烈要求氣死傅斯年的郭國基出來述說昨日會場中質詢之經過。郭國基隔著門縫看到學生們包圍了「參議會」大廳，並聽到學生們高聲怒吼：「郭國基有種你出來，你出來……」衝在前方的學生喊叫著與「參議會」阻攔人員扭打在一起。躲在門後的郭國基見狀，立即意識到事情嚴重，怕遭到對方的群毆與痛擊，往日的張狂之氣頓消，急忙溜出後門，老鼠一樣逃竄了。「副議長」李萬居一看郭氏溜之乎也，萬般無奈中，只得硬著頭皮出面向學生解釋，說郭國基昨天提出的質詢沒有傷害傅校長處，言辭也不過分等，學生們置之不理。陳雪屏又出面加以解釋說：「昨天的質詢，總共有六項，我本人回答了四項，傅校長回答了兩項，那些問題都不是什麼難題……」34但學生堅持要郭國基出來答話。人越聚越多，有人喊出了「殺郭國基以為傅校長報仇雪恨」等口號，開始衝撞「議會」大廳，局面異常緊張，台北市警察局長親臨現場指揮大批警察維持秩序。此時陰風頓起，大雨驟降，風雨交織中現場更加混亂，憤怒的學生終不肯離去，繼續衝擊「議會」大廳，並與警察發生肢體衝突。直至下午1時20分，台灣大學訓導長傅啟學冒雨趕來，向群情激憤的學生說：「我跟傅校長一塊在北大時，即是好朋友，我到台大也是由於傅校長讓我來的，這次出事我十分憤慨。不過現在大家只有百多人，我們回去聚集全校師生開會討伐他。而且現在是戒嚴時期……」傅啟學轉頭看了一下眼前全副武裝的憲警，又說：「郭國基在議會裡講話，可以不負責任，他所問的問題，都是些沒有常識的問題。傅校長是學術界第一流的人物，拿他和一個毫無常識的參議員是不能相比的。今天大家到這裡來，是出於對傅校長的敬愛，假如他在世的話，一定不願大家這樣做。如果今天諸位同學出了事，叫我如何對得起地下的傅校長？我們回去吧！」35言畢，傅啟學已是淚流滿面。學生們見狀，悲從中來，同聲哭泣，淚水和著雨水在整個「議會」大廈前漫延流淌。眼看已是黃昏時分，傅啟學含淚表示會將同學們提出的問題交省「參議會」，由「參議員」做書面答覆，尚未吃中午飯的學生們已是飢腸轆轆，又聽說郭國基已從後門逃跑，一時難以抓住，只好返校。
12月22日，傅斯年遺體大殮，自早晨7時起，前來弔唁者陸續湧至，而後人越來越多，殯儀館的屋子和院子幾無立足之地。在上千弔唁者中，有台灣學者、名流、國民黨高級官員、傅斯年的親友同事和台灣大學的學生。國民黨大佬於右任扶杖前來，陳誠哭得兩眼紅腫，王寵惠、蔣夢麟、羅家倫、王世傑、朱家驊、李濟、董作賓、毛子水等人，另外加上一個剛從香港赴台，與傅斯年生前關係並不融洽的錢穆，都站立在人群中默然相送。10時30分，傅斯年的遺體送往火葬場，上千人冒著大雨，踏著泥濘道路，慢慢行走。熱淚橫流的學生們手執小旗，上面寫著：「校長，回頭來瞧瞧我們！」望之令人心碎。目睹此場面的台灣記者於衡，在1973年撰寫的回憶採訪生涯的長文中說：「傅斯年先生逝世，是我採訪二十五年中，所見到的最真誠、最感人的一幕。」36
傅斯年遺體大殮時，於右任等台灣政要人員前往致吊
12月31日，亦即1950年的最後一天，治喪委員會在台灣大學法學院禮堂（當時台灣大學本部尚無大禮堂）舉行傅斯年追悼大會。禮堂正中，懸掛著蔣介石親筆書寫的「國失師表」的挽章，國民黨高級官員、名人學者的挽章、輓聯分掛兩旁。蔣介石親臨致祭，各界要人亦皆前來，竟日致祭者達5000餘人。據統計，當時各界致送輓聯達270餘副，輓詩60餘首，輓詞20餘首，祭文6篇，唁電唁函90餘封。各報章、雜誌、專刊登載紀念文章110餘篇。其中「中央研究院」歷史語言研究所同人的輓聯是：
廿二載遠矚高瞻，深謀長慮，學術方基，忍看一瞑；
五百年名世奇才，閎中肆外，江山如此，痛切招魂。37
台灣大學全體師生的輓聯曰：
早開風氣，是一代宗師，吾道非歟？浮海說三千弟子；
忍看銘旌，正滿天雲物，斯人去也，哀鴻況百萬蒼生。
國民黨大佬於右任輓聯：
是子路，是顏回，是天下強者；
為自由，為正義，為時代青年。
蔣介石於12月22日發唁函致俞大綵夫人。12月30日又頒布褒獎令，曰：
國立台灣大學校長兼中央研究院歷史語言研究所所長傅斯年，性秉剛正，學造淵微。早歲從事文化運動，克樹風聲；留學歐西，益增淵涉。都講大庠，成材綦眾。主持歷史語言研究所，商量邃密，纂記繁豐；絕學昌明，有光盛業。中間歷膺國民參政員、立法委員，讜論淵謨，時政多所匡正，清議資以轉移。比年膺任台灣大學校長，教學水準，日漸提高；青年思想，入於正軌。其苦心誘導，力挽橫流之功，尤堪矜式。揆其生平始末，困學之勇，憂國之忠，嫉惡之嚴，信道之篤，允為學行並茂之全才，亦民主自由之鬥士。方期遺大投艱，更隆厥用，乃以國步艱屯，自忘痼疾，鉅細躬親，卒致腦溢血而逝。緬懷猷績，痛切良深！應予明令褒揚，交由行政院從優議恤；生平事跡，存備宣付國史館；用示政府篤念忠賢之至意。38
傅斯年去世後，國民黨政權任命錢思亮為台大校長。校方為紀念傅氏開創台大一代先風之功績，按照弗吉尼亞大學為美國第三任總統傑弗遜（Thomas Jefferson）專門在校園內建造陵墓的成例，特在台大正門旁之熱帶植物標本園劃撥出一塊地建造希臘式紀念亭，亭中用大理石砌長方形墓槨一座。墓前立無字方尖碑一座，另有噴水池搭配，形成獨特的景觀。1951年12月20日，傅氏逝世一週年忌辰，舉行安葬儀式。由傅斯年生前同窗加好友羅家倫前導；家屬傅樂成、傅樂仁及台大學生代表聯合會前後任主席羅錦堂、李德進四人，自溫州街傅宅分程捧骨灰盒步行至紀念亭；錢思亮校長主持典禮；傅夫人俞大綵親手將傅斯年的骨灰安置在大理石墓槨中。現場有2000餘人觀禮，氣氛莊嚴肅穆。自此，這裡被稱為「傅園」，墓亭定名斯年堂，靜謐地掩映在鮮花翠柏之中，渾然一體，蔚為壯觀。從斯年堂輕輕走過，很能令人想起靜臥在弗吉尼亞校園的傑弗遜墓碑碑文：「在這裡安息的，是美利堅合眾國《獨立宣言》和弗吉尼亞宗教自由法的執筆人、弗吉尼亞大學創辦人，托馬斯·傑弗遜。」——這個令世界人類為之景仰的墓誌銘，據說是傑弗遜生前所題，死後刻到墓碑上的。他沒有提及自己生前曾做過美利堅合眾國總統之事，或許認為總統這個職位對人類的貢獻和個人的榮耀，都無法與所鐫刻的任何一項相提並論吧。而台大傅園的無字方尖碑，雖非死者生前所囑，但就傅氏一生的人格風範，若地下有知，想來是會為之頷首的吧。
1951年，台大校內紀念傅斯年的傅園落成，傅氏安葬於該地（台灣「中研院」史語所提供）
傅園建成後，兵工署特別捐贈了一座紀念鐘，鍾上鑄有傅斯年提出的「敦品勵學，愛國愛人」八字校訓。後來，這座鐘被架設在行政大樓前的水池和椰林大道之間，名為「傅鍾」，是台大的精神象徵。
台大校園內的傅園供人瞻仰憑弔，傅鍾更成為台大每日上課、下課的鳴鐘。每當深沉悠揚的鐘聲響徹，在激起台大師生工作、學習熱情的同時，也從流逝飄散的歲月中喚起對傅故校長斯年的懷念之情。每年的12月20日，台灣大學都在傅園佈置鮮花瓜果以示紀念。3月26日，即傅斯年的誕辰之日，則由史語所和台灣大學輪流舉行學術演講紀念活動。自1954年始，此項活動作為一種傳統延續下來，歷久不輟。傅園內外，那枝葉繁盛、高聳入雲的椰子樹，既像征自由知識分子的卓然風骨，又如同藹然慈厚的神祇，寶愛著這一介書生和諤諤之士的高傲靈魂，於天地間永恆地存活。
傅斯年溘然長逝後，胡適從美國發唁電給傅氏遺孀俞大綵：「孟真的去世使中國失去了一位最有天才的愛國者，我自己則失去了最好的朋友、諍友與保護人。……」391952年12月20日，胡適專程由美國乘機赴台，出席教育學術界聯合召開的傅斯年去世兩週年紀念會。會上，胡氏以「無限的傷感」對傅斯年這位學生、故友做了如下評價：「他無論在什麼地方，總是一個力量。在學校裡做學生，在新潮社辦《新潮》雜誌，以及後來在外國留學，都是那些團體中的一股力量。」又說：「他這樣的人，無論在什麼地方都能發揮其領袖的才幹。他有學問，有辦事能力，有人格，有思想，有膽量；敢說話，敢說老實話，這許多才性使他到處成為有力量的人。……所以他的去世，是我們最大的損失。」40
相對於海外學人的舉動，海峽另一邊的大陸寂寂無聲，身居南國的陳寅恪輾轉得此噩耗，想起與傅的交情，特別是抗戰八年傅給予自己的幫助與關懷，悲從中來，於傅去世當年的12月賦詩一首為之追念。陳氏不能直白地剖露心跡，只能採取「曲筆」，以《霜紅龕集望海詩雲〈一燈續日月不寐照煩惱不生不死間如何為懷抱〉感題其後》為題，吟詩一首，以此表達心中的哀悼之情。詩云：
不生不死最堪傷，猶說扶余海外王。
同入興亡煩惱夢，霜紅一枕已滄桑。41
此乃仿明末著名學者，明亡後毀家紓難、嫠不恤緯，反清復明失敗而隱居山寺，並號朱衣道人的傅山（青主）之詩作。原詩云：「關窗出海雲，布被裹秋皓。夜半潮聲來，鰲抃郁州倒。一燈續日月，不寐照煩惱。佛事馮血性，望望田橫島。不生不死間，如何為懷抱。」42
陳詩通過仿傅青主之意，隱晦地悼念曾自言「歸骨於田橫之島」的亡友。——這是當時整個中國大陸對傅斯年唯一的一份文字紀念。正是：
蒿里誰家地，聚斂魂魄無賢愚。鬼伯一何相催促，人命不得少踟躕。43