◎還都南京
傅斯年離開李莊一去不返，只在重慶和南京兩地遙控指揮。蹲在這個偏僻古鎮和山坳裡的知識分子，又經過一段難熬的期盼和等待，終於迎來了回歸的日子。1946年10月中下旬，中央研究院史語所、社會學所，中央博物院籌備處，中國營造學社等機構開始撤離。民生公司的幾艘輪船停靠在李莊碼頭，各路人員日夜不息地搬運貨物，悄悄打點私人行李，盼望著盡快回到久別的故地。
經過幾天的緊張忙碌，一切準備就緒，眾位學人連同隨行的家屬們告別相依相偎了六年的李莊和李莊的父老鄉親，拔錨起程。漸行漸遠的長遠輪拉響了告別汽笛，突然加大馬力，抖動著龐大的身軀順滾滾江水疾速而下。
「長風破浪會有時，直掛雲帆濟滄海」，順長江，出三峽，抵東海，不只是千百年來文人墨客的夢想，同樣是一個民族精神追求與圖騰的感召。遙想抗戰初期，上海淪陷、南京淪陷、武漢淪陷、宜昌淪陷，國民黨軍節節潰退，日軍步步緊逼。揚子江一線，炮火連連，血水湧動，人頭滾翻，在中華民族生死存亡的緊要關頭，三峽作為一道天然屏障保全了中國。當然，三峽的意義不只是自然地理和軍事上的，更是精神上的一種標誌。中國所走的路途之迂曲，正像曲折的長江，但其前進的毅力與方向始終未變，滔滔江水不屈不撓，日夜不停地奔騰前進。在抗日戰爭最為艱苦卓絕之時，馮玉祥將軍於三峽宏大的夔門之上，奮筆題詞「踏出夔巫，打走倭寇」八個大字以明心志。由此，整個抗戰八年，夔門成了中華民族抵擋外虜、誓不屈服的標誌與象徵，置於絕地而後生的中華民族最終會打出去收復失地的——這滿載文化精英與大批國之重器，劈波斬浪、順流直下的航船就是明證。
沿長江順流東下的民生公司輪船
當史語所與中央博物院大部分人員自李莊遷回南京後，傅斯年滿懷興奮與歡喜之情，在中央研究院大樓的演講廳設宴款待。為把宴會辦得更加紅火熱鬧，也為了讓流離失所九年的故朋新友有個歡聚一堂的高興機會，特地邀請胡適自北平來南京參加這場具有歷史紀念意義的盛宴。在北大校長任上正春風得意的胡適欣然應邀前來助興。
據當時參加宴會的史語所研究人員張秉權回憶：「我們是最後一批抵京的。傅所長為犒勞同人押運圖書古物安然返所，設筵招待全體同人，席間有胡適之先生，那是我第一次見到適之先生，他談笑風生，親切感人。傅所長稱他為史語所的姑媽。娘家的人，無論老少，每個人都自然而然地很願意親近他，他也的確讓人有如沐春風的感覺。傅所長對於新進後輩，似乎特別客氣，一一握手致意，表示歡迎熱忱。」1而據奉傅氏之命親至機場迎接胡適的青年助理研究員何茲全後來說：那天史語所「家屬、小孩都有，很熱鬧。傅先生在講話時說：『人說我是胡先生的打手，不對，我是胡先生的鬥士。』」2此說引得眾人一陣哄笑。
席間，最令人難忘的是傅斯年在演說中對史語所歷次搬遷的追憶，在講到抗戰歲月八年顛沛流離、艱苦卓絕的生活時，說到動情處，幾次哽咽淚下，在場的人無不為之深深感染而同聲悲泣。最後，傅斯年端起酒杯，慶祝大家都能幸運歸來，並滿懷激情地說：「過去的種種辛苦都已經結束了，從此之後我們可以安心工作，史語所八年的流離可說是告一段落了。」3這個時候的傅斯年和出席宴會的所有人員都未曾想到，僅僅兩年之後，史語所大隊人馬就再度踏上了流亡之路。——此時，國共兩黨已大動干戈，關於「中國之命運決戰」的大幕開啟了。
1946年11月27日，蔣介石在南京召集國民黨籍的國民代表開會，並發表講話，謂：「這次修改憲法，就是為了打擊共產黨。」又說：「現在是本黨的危急存亡關頭，大家要聽我的話，則有前途，否則完了。」4話音剛落，眾人驚駭，蔣氏的這一句「完了」，竟成讖語。
為了達到迅速消滅共產黨軍隊的目的，蔣介石在緊急調兵遣將的同時，連連召開會議，對戰後滋生的高強度腐敗給予阻擊查處。但此時國民黨內部的腐敗已是洪水滔滔，不可遏制。「五子登科」（南按：即帽子、位子、房子、票子、婊子）成為各級官僚們相互追逐、爭奪的最高目標和行為準則。無論是高官大員如孔祥熙、宋子文、孫科，還是低級官僚如科長、股長、排長甚至一個伙夫班長，無不為「五子」而絞盡腦汁，用盡手段。宋子文與孫科攜妓在大庭廣眾之下招搖過市逞能耍威，眼熱心跳的大小官僚爭相仿之。據傅斯年所見所聞，抗戰勝利後，宋子文第一次到北平，即「時常在某家，一日，大宴會，演戲，文武百僚地方紳士畢集，他遲遲而來，來時帶著某家之某人，全座駭然，此為勝利後北平人士輕視中央之始。因為當時（五子登科）的接收笑話，尚未傳遍」5。
正是孔宋之流的所作所為與國民黨內部的腐化墮落，攪得全國上下烏煙瘴氣，腐臭之味充斥乾坤，有識之士與草根階層皆恨之入骨但又徒歎奈何！對於這種局面，史家顧頡剛在《自傳》中曾提及與之相關的一件事。此事發生在1942年的晚些時候，時為國民政府參政員的顧頡剛與幾名學界大佬，有幸被蔣介石招待茶點，並請大家表示意見。有一位老先生見天子賜宴，且做禮賢下士狀，不吝「賜言」，自己總算得到了話語權，平時有些酥軟的骨頭也想借此硬一下，於是起身慷慨激昂地說道：「現在文官武官都是貪污，貪污的程度比了前清的新貴還要厲害，比了民初的軍閥還要厲害！」話一出口，剛才還瞇縫著眼呈微笑狀的蔣介石臉色驟變，勃然大怒，當場指著這位鬍鬚蓬鬆的儒生的鼻子道：「你老先生恐怕中了共產黨的宣傳吧？國民黨就有不好之處，亦何至像新貴和軍閥，你以後說話要小心才是！」蔣氏的一句話，如同一記悶棍，把老先生剛剛硬起來的骨頭全部打得頹萎散亂。眾人見狀，皆噤若寒蟬，將頭輕輕插入胸部以下不敢動彈。對此，親身領教蔣介石為人處世與國民黨腐敗的顧頡剛總結性地說：「我聽了蔣和陳的兩次談話（南按：此前因顧在參政會上質詢陳立夫，陳事後責顧「不該這樣」），才真實知道國民黨的腐敗已到了不可救藥的地步，高級的人不願接受批評，下級的人自然可以一無顧忌地橫行，不怕人家的告發。好像一座木材築成的房屋，滿生了白螞蟻，已蛀得空空的，哪有不塌下來的道理。」6
在舉世渾濁、渾渾噩噩的腐水漫延中，猛地從揚子江盡頭山坳裡躥出一人，以當年武二郎景陽岡打虎的勇猛豪氣，揮拳向國賊孔祥熙高昂著的頭顱擊將過來。這便是珍珠港事件發生之後，為陳寅恪滯留港島生死不明而在李莊山野草莽間指天戳地，高呼「殺孔祥熙以謝天下」的傅斯年。
早在抗戰之前，傅氏就對國民黨政府越來越呈現出的腐敗現象心懷怨恨，但這個恨只是「哀其不幸，怒其不爭，恨鐵不成鋼」式的痛怨，骨子裡卻一直對政府和蔣介石個人抱有幻想，且有欲以一己之力扶大廈之傾的使命感。在這一使命的催發與鼓蕩中，便有了傅斯年1932年6月19日發表在《獨立評論》第五號上著名的《中國現在要有政府》一文。傅氏在文中旗幟鮮明地指出，中國已面臨有史以來最大的危機，社會與文化已步趨總崩潰，因為總失業，國民皆成了叫花子，各路軍閥手下的官兵幾乎全部由叫花子組成，可謂要多少有多少，軍閥自然成了叫花子的頭目，故南北政府被一群流氓苦力與叫花子所平分。「照這樣形勢，雖有一個最好的政府，中國未必不亡；若根本沒有了政府，必成亡種之亡。」因而，傅斯年呼籲「一切不顧亡種滅國的人，幸勿此時興風作浪，這不是可以苟且為之的」。7
1947年傅斯年在南京
1936年12月12日，震驚中外的「西安事變」爆發，正在南京的傅斯年聞聽張學良發動兵變，居然把赴西安視事的蔣介石及其隨員於茫茫夜色中攆得雞飛狗跳，抱頭鼠竄，並從驪山一個小洞縫隙裡把蔣公像抓土撥鼠一樣掏出來，然後押往西安一間黑屋子扣押，極為震怒，於是極力主張南京國民黨高層立即出動大軍討伐叛逆。同時連續在《中央日報》發表《論張賊叛變》《討賊中之大路》等言辭激烈的檄文向政府獻計獻策並痛斥張學良的無恥之行。傅斯年認為：「蔣公在此時中國是無可比擬的重要，他的安危關係中國國運比任何事都切緊，這都是肯用理智的人所共曉的……所以營救蔣公是當前第一務，本是人人心中的意識。」對於張學良此次兵變的性質、意圖、行徑和外間傳言張氏本人已加入共產黨的傳言，傅斯年指出：「張賊的辦法，哪裡配說什麼政變，簡直是綁票，他要綁一個政府一國軍隊的票，這真孫美瑤輩要在地下景仰的了！……張賊學良就是張賊學良，不多不少。他加入共黨也罷，不加入也罷，自動也罷，被動也罷，都無關係。若要分析他，第一，他是個賊種，所以有這麼多的賊心賊行。從小看慣了這手段，所以才一次用之於弒其亞父，『自墜長城』，現在又是這回的大作亂了。」8
在《討賊中之大路》一文中，傅斯年說道：中央政府「必須和張賊先比實力，然後有話可說，必須把張賊制到死地，然後他才認識他自己」。對於這個戰略的實現，傅斯年疾呼中央政府盡速派中央軍西進，對西安呈扇形包圍，只要將西安圍住，就可將張賊學良置於死地。同時警告國人：「現在全國上下應該只有一種意志，就是『打！打！打！』又應該只有一個盼望，就是『勝！勝！勝！』對張賊只可有一道命令，就是『降！降！降！』此外沒有任何話給賊說。」針對有人認為中央出兵西進，會激怒張學良並危及蔣介石的安全，投鼠忌器，須小心謹慎行事的主張，傅斯年給予駁斥並堅稱愈是大軍壓境，張學良愈不敢加害蔣，同時預言性地指出，待中央軍包圍西安，張只有束手就範、屈膝投降，沒有其他路可走。因為「這個賊小子那裡真是肯冒險的，哪裡真能成什麼共產黨？忘不了什麼張一、王二、李三、趙四，無窮女人的人，哪裡肯忘了性命？……所以中央越緊強討伐，蔣先生越安全，請看明朝土木變後的國策收效如何。立腳點越松，蔣先生越危險，請讀北宋末靖康時代的痛史！」最後，傅斯年說道：「張賊之最後處置，如果真心投降，還只有蔣公能放他一條生命，這當然也不能是一條光榮的生命。至於東北諸將，家亡可憫，協從可原，中央不妨予以自新之路。」9就在這篇文章發表的同一天，傅斯年怒火未消，乃在寄學者容庚的信中發洩道：「天下禍事，一至於此。……凡有心肝者，此時當無不思食張賊之肉也。……弟如有兵，便打上前去。」10
正因為傅斯年把自己的身家性命全部維繫在國民黨政府和蔣家王朝的戰車上，並有一損俱損、一榮俱榮的動機，才對國民黨與政府核心的「老大」蔣介石本人，抱有真誠的希望與幻想。抗戰軍興，傅當選國民政府參政員後，常在重慶的集會場合指點江山，激揚文字，對黨國大事發表「宏論」，欲糞土當年所謂「票號世家」的山西土財主孔祥熙。據他的老友程滄波說：忽一日，傅論及當時國民政府五院院長。論孫科，說：「猶吾君之子也。」論於右老，乃是「老黨人且是讀書人」。論戴季陶，說：「阿彌陀佛。」論到孔祥熙，高聲做義憤狀：「他憑哪一點？」11
因為傅斯年早已對孔宋家族的所作所為與熏天氣焰充滿了怨恨，才有抗戰興起後，傅氏不時蹦將起來，貓腰弓背，抓住「老二」（孔祥熙、宋子文）死死不放，疼得筋骨相連的「老大」介公嗷嗷直叫，但又無可奈何。
1938年7月12日，傅斯年以政府參政員的身份致書蔣介石，從才能、用人，縱容夫人、兒子與不法商人勾結，發國難財等多個方面，全方位抨擊新任行政院長孔祥熙的惡行。12儘管傅氏這尊「大炮」發出的炮彈，彈道正確，彈著點並無偏差，但作為「老大」的蔣介石卻不動聲色，不置一詞。此舉引發了「傅大炮」的強烈不滿與憤慨，一怒之下，踏上了與孔祥熙決一死戰，不是魚死就是網破的不歸路。從此之後，傅氏殫精竭慮，千方百計搜集孔氏貪贓枉法、以權謀私的材料，準備在參政會上一齊擲出，當場把孔氏掀翻在地。這一計劃被正在美國的胡適聞知，胡立即寫信勸傅不要貿然行事，搞不好要弄個惹火燒身的結局。傅斯年並不理會老師的好意，決心「除惡務盡」。
小勝之後的傅斯年於1940年8月14日寫給在美國的胡適的信中列舉了自己倒孔的六條理由，謂孔氏「貪贓枉法，有錢愈要錢，縱容其親黨無惡不作，有此人當局，政府決無希望」，「一旦國家到了更危急的階段，不定出何岔子」。因而，為「愛惜介公，不容不反對他」。並進一步表示「我一讀書人，既不能上陣，則讀聖賢書所學何事哉？我於此事，行之至今，自分無慚於前賢典型，大難不在後來在參政會中，而在最初之一人批逆鱗也。若說（倒孔）有無效力，誠然可慚，然非絕無影響……至少可以說，他以前是個taboo（禁忌），無人敢指名，今則成一溺尿桶，人人加以觸物（侮？）耳」。13
孔祥熙
傅斯年之信可謂妙趣橫生，不知胡適看後對驕橫跋扈的孔祥熙突然變成了一個立式皮囊形尿桶有何感想。而此後傅斯年依然是衝鋒在前，抓住整個孔氏家族營私舞弊的惡行，窮追猛打，最後搞得「孔尿桶」面臨散架崩盤之境地。面對危局，作為「老大」的蔣委員長決定對這個既可恨又可憐還有點兒離不開的「老二」施以援手，他專門屈尊就駕擺了一桌上等酒席招待傅斯年，在傅氏興高采烈宏論大發之際，蔣介石委婉地勸說道：「孟真先生你信任我嗎？」
「我絕對信任。」傅斯年乘興，做出為面前這位「老大」肝腦塗地在所不辭的忠臣良將模樣。蔣氏見狀，輕輕咳了一聲，道：「你既然信任我，那麼，就應該信任我所用的人。」言外之意就是你既然信任「老大」，也必定要信任「老二」，因為「老大」和「老二」是一個血脈相連的整體。
對這個具有歷史性意義的場景，後來成為漢奸的周作人於1950年撰文說道：「老蔣一泡尿撒下去，他的炮就不響了。」14但據當時在場的目擊者說，周作人實屬胡言亂語之小人，此說不足信也。事實上，老蔣的那泡尿並沒有飛流直下三千尺的氣勢與偉力，對傅斯年而言，只不過是一點兒毛毛雨而已。且傅氏也不是泥巴捏成的尿桶，而是用鋼鐵鑄成的「大炮」。因而，蔣的尿壓根就沒起作用，傅斯年的鋼鐵大炮不但響著，且響得乾脆利索，有錚錚鐵骨之音。其聲曰：「委員長我是信任的。至於說因為信任你也就該信任你所用的人，那麼，砍掉我的腦袋，我也不能這樣說！」15
說這話時，傅頗有些激動，臉漲得呈豬肝色，欲做拚命狀，在座的陪客無不大驚失色。蔣介石沉默了一會兒，覺得對方此言雖有些不雅，畢竟是真情的流露，且對自己這個「老大」也還算一片忠心，便出乎眾人意料地微微一笑，點了點頭，未再阻止。到1944年，傅斯年抓住孔祥熙在六起貪贓大案中影響最大、手段最卑劣的美金公債一案，掄圓了拳頭，連連出擊。
1942年國民政府利用美國貸款5億美元，提取1億美元為準備金，發行「同盟勝利美金儲蓄券」，規定按20元購買1美元儲蓄券，抗戰勝利後憑券兌換美元。當時美元的黑市價已經是110元兌1美元，孔祥熙覺得有利可圖，一面指示其手下中央銀行國庫局局長呂鹹停止出售美金儲蓄券，一面則由其部屬出面，利用職權將尚未售出的350萬美元儲蓄券按官價購進，歸入他的私囊；還有799.5萬美元的儲蓄券則由中央銀行其他人員購進私分。此案被稱為美金公債案。
當此之時，中央銀行國庫局正直人士或與孔氏有隙者，趁機將掌握的內部重量級「炮彈」提供給傅斯年。傅對各色「炮彈」盡數編排，迅速擬成提案，交大會秘書處宣讀。時大會主席團成員王世傑見後大駭，擔心事態擴大，怕被人作為借口「攻擊政府，影響抗日」（王世傑語），力勸傅斯年歇手閉嘴，否則後果無法預料。傅對王的好言相勸不以為然，堅持己見，並要上訴法院，與孔祥熙對簿公堂，如果揭發罪狀失實，甘願反坐。據一位知情者說，為搞垮孔祥熙，傅斯年暗中搜集了許多孔氏集團私吞美金公債的證據，以備上法庭之用。當時曾任重慶《中央日報》主筆的程滄波又謂：「在重慶時期，有一次在參政會開會前，我好幾次到聚興村他住的房內，看他拿著一小箱子，藏在枕頭下面，寸步不離，我問他裡面是什麼寶貝，他很緊張地說，這是他預備檢舉某大員的證件。」
面對傅斯年破釜沉舟的凌厲攻勢，陳佈雷知事情已不可挽回，孔氏大勢去矣，乃向「老大」蔣介石進言道：這個在你下頭的孔祥熙，居然瞞著上頭，趁火打劫，實在太渾。「傅大炮」執意要發出的炮彈恐怕難以攔截，還是想方設法悄悄將這位「老二」做掉算了，省得雞飛狗跳地不得安寧。蔣介石對此甚感棘手，孔案牽涉方方面面，既有親情又有政治因素。兩難中，蔣介石一面盡力遮掩，一面以避免造成國際影響為由，制止傅在參政會上提出此案，建議可改成書面檢舉材料交蔣本人處理。對此，蔣親自出面托陳佈雷向傅說情，陳深知傅斯年的炮筒子性格，不達目的決不會罷戰言和，遂建議蔣以爭取世界各國對抗戰的支持，以國家利益為重等說辭，請傅改變解決問題的方式。陳佈雷不愧是一流策士，深得蘇秦、張儀之衣缽，憑三寸不爛之舌可擺佈天下，甚而扭轉乾坤。蔣依計而行，果然靈驗。一提「國事為重」，傅斯年便答應退讓一步，決定將提案改為質詢案公之於世，蔣表示同意。儘管這一改變，無形中使彈道的著力點出現偏差，火力也大大減弱，但仍使朝野大嘩，孔祥熙身中數彈，東倒西歪，差點兒倒下。
《觀察》雜誌主編儲安平致傅斯年信影印件。信中說：「先生在參政會慷慨陳辭，主張清查宋孔產業，舉國共鳴。」（台灣「中研院」史語所傅斯年圖書館「傅檔」）
想不到已陷入四面楚歌的孔祥熙並不知趣，更不理解蔣的苦心，仍一意孤行，不但自己貪污受賄，且授意手下幾個親信集體貪污國庫巨金，朝野上下一片嘩然，紛紛表示要嚴懲孔氏這一國之巨賊。在強大的壓力下，蔣介石感到獨木難撐，索性一咬牙，不再顧及那位行將崩裂的尿桶狀「老二」了。未久，蔣氏下達手諭，委派財政部長俞鴻鈞出面調查孔氏財源的來路問題。眾人一看「老大」真要對「老二」施行外科手術，膽氣頓生，紛紛擁上前來，藉著傅斯年射出「炮彈」的濃煙迷霧，給孔祥熙一頓亂棍飛擊。1945年8月2日，國民政府最高法院檢察長鄭列致函傅斯年，為嚴辦中央銀行國庫局案，要求傅斯年提供秘密材料，函中有「滿腔熱血，不知灑向何地。此事如得公助，巨憝就擒，國法獲伸，為公為私，當泥首雷門以謝也」之語。16言辭懇切，令人感奮。傅斯年深感吾道不孤，越發精神抖擻起來。8月6日，傅氏起草了《傅斯年為國庫局案在參政會所提說明書》，於國民參政會中再度重炮轟擊孔祥熙與所屬中央銀行國庫局美金公債案的舞弊者。傅斯年站在台上聲如洪鐘，慷慨陳詞，向與會者詳細說明他本人之所以訪到這一舞弊案的前後經過，以及中央銀行國庫局局長呂鹹等人的犯罪之事實，最後並附極密之賬本數頁作為證據。傅斯年在《說明書》中說：「呂鹹平日在局中，一切用度取給於公，其所行為，儼然孔（祥熙）之縮影，彼更使人隨便寫不合手續之賬」，「以上各節，經斯年詳核，確信其為真，故可在參政會會外，負法律之責任。似此呂鹹、熊國清之輩，如不盡懲治，國法安在？」17對於這一幕情景，據羅家倫回憶：「有一次，在重慶為了某一種公債的案子，他在國民參政會發言到結束的時候，鄭重聲明他這番話不但在會場以內負責，而且在會場以外也負責，他願意到法庭對簿。這話使全場興奮，可是使我為他捏了一把汗。會後我去看他，問他為什麼敢做這樣肯定的話。他說：『我若沒有根據，哪能說這話。』於是他取出兩張照片給我看。可見他說話是負責的，絕對不是所謂大炮者可比，也絕不是聞風言事的一流。這種有風骨的人，是值得敬佩的。」188月8日，正當中央銀行國庫局案鬧得不可開交時，其內部秘密給傅斯年提供材料的人員致函傅氏道：「據呂鹹傳說委座已與先生說情，國庫局貪污案已了案……」傅斯年在一旁批了「不成話」三字，表示了自己的態度，也暗含了事實真相。信中還提到一個極具刺激性的細節，即「先生在參政會提此案那天，孔氏就連夜審問呂局長，據供『可』字及簽章完全假造，為的是擋駕查賬人員。聞說孔氏曾打呂鹹耳光二下，氣怒極了！」19
傅斯年質詢孔祥熙集團中央銀行國庫局買賣美金舞弊案發言稿，右上角寫著「機密」（台灣「中研院」史語所傅斯年圖書館「傅檔」）
中央銀行國庫局內部人員提供秘密材料給傅斯年的信（台灣「中研院」史語所傅斯年圖書館「傅檔」）
中央銀行國庫局內部人員給傅斯年的信（台灣「中研院」史語所傅斯年圖書館「傅檔」）
對這一個巨案的經過和結局，傅斯年在給夫人俞大綵的信中說得較為明白：「國庫局案，我只嚷嚷題目，不說內容，不意地方法院竟向中央銀行函詢，最高法院總檢查署又給公函給我，要內容『以憑參考』（最近的事），閉會後孔祥熙連著免了兩職人，一、中央銀行總裁。二、四行聯合辦事處副主席。老孔可謂連根拔去（根是中央銀行），據說，事前並未告他。老孔這次弄得真狼狽，鬧老孔鬧了八年，不大生效，這次算被我擊中了，國家已如此了，可歎可歎。這一件官司（國庫局）我不能作為密告，只能在參政會辦，此事我大有斟酌，人證物證齊全，你千萬不要擔心。把老孔鬧掉，我至為滿意，以後的事在政府與法院，我不做主動了。上星期一見蔣先生，他對此表示極好。」20
在傅斯年一馬當先，社會各界人士參與以及內外力量猛烈夾擊下，「孔尿桶」終於招架不住，嘩啦一聲崩盤散架，倒地不起，一連串的官爵包括行政院長的頂戴花翎被打落在地，先後滾進尿桶中泡了黃湯。
傅斯年一炮轟走了大瘟神，舉國振奮，奔走相告。「傅大炮」這一名號也隨之名動朝野，天下為之敬。
令國人失望的是，蔣家王朝這座靠山尚未崩塌，虎狼之輩依然視中國為自己的安福之地與逍遙樂園。孔祥熙被打倒之後，蔣介石又通過外科手術式的對接，從自己勢力範圍內再度扶植了一個宋子文。此前一身兼任行政院長的蔣介石辭職，宋子文於1945年5月繼任。
宋家公子上台後，其惡行較之孔祥熙有過之而無不及，很快攪得天下沸騰，官憤民怨。傅斯年與宋子文二人原本還算友善，宋初上台時，「名聲頓起」，同大多數國人一樣，傅同樣對其寄予希望，並在《大公報》發表評論說過宋的好話，認為他和孔祥熙大不同云云。事隔不久，宋之狼尾突露，傅斯年發現這個傢伙原來與「孔尿桶」屬於一丘之貉，狼狽為奸之禽獸，「幾乎把抗戰的事業弄垮，而財政界的惡風遂為幾百年來所未有」21。原來國人與自己對宋氏的看法，無非是處於「饑者易為食，渴者易為飲」罷了，「與其說是宋的人望，毋寧說是對孔的憎恨」22。於是，從迷惑中覺醒後的傅斯年，再度抬起他那用特殊材料鑄成的大字號炮筒，先是從教育狀況糟糕已極，政府只賣文化膏藥等方面，來了一番敲山震虎式的轟擊，希望宋氏能幡然醒悟，設法補救。傅在《大公報》撰文道：「你的轎車在上海市街上經過時，有沒有想到，就在這條路上有多少人因你的經濟失策而餓死？」23但這位驕奢淫逸的宋公子卻揣著明白裝糊塗，採取絕對置之不理的蠻橫態度，任整個社會經濟腐爛、崩潰下去。傅斯年大怒，開始轉動炮口，從黃金政策、工業政策、對外信用、辦事作風、中國文化修養和態度五個方面，集中火力對宋子文進行死打猛攻。為揭露宋氏家族的惡行，傅斯年於1947年2月15日至3月1日，連續刊發了三篇火星激濺、威力巨大的戰鬥檄文，這便是轟動一時的《這個樣子的宋子文非走開不可》《宋子文的失敗》《論豪門資本之必須剷除》。前兩文在《世紀評論》刊出。在第一文中，傅斯年痛罵道：「古今中外有一個公例，凡是一個朝代，一個政權，要垮台，並不由於革命的勢力，而由於他自己的崩潰。有時是自身的矛盾、分裂，有時是有些人專心致力，加速自蝕運動，惟恐其不亂，如秦朝『指鹿為馬』的趙高，明朝的魏忠賢，真好比一個人身體中的寄生蟲，加緊繁殖，使這個人的身體迅速死掉。」在歷數了宋子文的種種惡行後，傅斯年表示自己「真憤慨極了，一如當年我在參政會要與孔祥熙在法院見面一樣，國家吃不消他了，人民吃不消他了，他真該走了，不走一切垮了。當然有人歡迎他或孔祥熙在位，以便政府快垮。『我們是救火的人，不是趁火打劫的人』，我們要求他快走。……不然，一切完了！……國人不忍見此罷？便要不再見宋氏盤踞著！」24
1944年12月18日，宋子文成為美國《時代週刊》封面人物，一時名滿天下，眾人矚目
文章刊發後，全國各報刊紛紛轉載，一時朝野震驚，群情激憤。胡適等人積極呼應，勢同火上澆油。在排山倒海的討伐聲中，宋子文頓感天旋地轉，體力不支。而此時的國民政府監察院一幫見風使舵的官僚政客，眼見宋氏即將翻船沉沒，於憤恨中大著膽子從胸前背後給予幾記悶棍。1947年2月16日，監察院舉行全體監委緊急會議，決定派員徹底清查黃金風潮釀成的嚴重後果與責任者。消息傳出，全國軍民於歡呼聲中皆翹首以待。傅斯年抓住時機，抹著滿頭汗水，於著名的《觀察》雜誌拋出了第三篇戰鬥檄文，給予宋子文最後致命一擊。25
文中更加詳盡確實地歷數了孔宋的惡行與各自作惡的不同，並謂孔宋二人雖皆為介公之「老二」，是胯下的「雙扇活寶貝」，然而卻又是對頭。這「兩家的作風不盡同。孔氏有些土貨樣色，號稱他家是票號『世家』，他也有些票號味道，尤其是胡作非為之處。但『世家』二字，我曾打聽他的故人，如嚴莊監察使，那就真可發一笑了。這一派是雌兒雛兒一齊下手，以政治勢力，壟斷商務，利則歸己，害則歸國，有時簡直是扒手」。而宋氏作風又不一樣，「他的作風是極其蠻橫，把天下人分為二類，非奴才即敵人。這還不必多說，問題最重要的，在他的無限制的極狂蠻的支配欲，用他這支配欲，弄得天下一切物事將來都不能知道公的私的了」。因為「豪門資本這樣發達，中國幾無國家的形象。三菱三井把日本弄到這樣子，太慘了（雖說是日軍閥做禍首，然財閥如不發達，軍閥無能為力）。他們還是幾代（從江戶時）辛苦建立的，不像我們的這樣『直接』，天下人怨怒所集，如何下得去？……我們不願我們的國家成五胡十六國，成外蒙古，我們實在不能歡迎他。在今天宋氏暴行之下，還有人說，孔比他好，這真全無心肝之論，孔幾乎把抗戰弄垮，每次盟邦幫助，他總有妙用，並且成了他的續命湯」。
刊載傅斯年文章的雜誌書影
對孔宋兩家吞公營私的非法財產和監察院即將採取的行動，傅氏堅決主張公私分明，由政府公開沒收或徵用孔宋豪門的非法財產。對此，傅斯年說道：「今天我們要覺得晉惠帝不愚，因為他聽到公園裡蛤蟆聲，他問是公的私的。26今天一切事都引不出公的私的。我們必須清算十年的事物，哪些是公而私的，哪些是私而公的。總而言之，借用二家財產，遠比黃金攏回法幣多，可以平衡今年預算。（我在參政會如此說過。有些報紙說我說，二家財產夠國人過一年美國人生活水準，那是他們說的，說過與不及一樣壞。）所以要徵用，最客氣的辦法是徵用十五年，到民國五十一年還他們本息，他們要的是黃金美鈔，到那時都可以的。你們饒國家十五年，給一個喘息的機會罷。這辦法自須先有立法程序，我想立法院可以壓倒多數（如非一致）通過。」27
傅斯年還說道：宋子文著實是一百年不遇的怪物，作為顯赫的宋氏家族的長子，曾在哈佛大學接受了最先進的文化教育，「思想，說話，和寫字時都喜歡用英文而不喜歡用中文」，唯獨對權力和財富的貪婪是中國式的，「在今天宋氏這樣失敗之下，他必須走開，以謝國人」。28
面對傅斯年發射的炮彈和社會各階層的打擊，宋子文已無招架之功，更無還手之力，只得重蹈孔祥熙的覆轍。就在《觀察》發表傅氏文章的當天，宋子文在巨大輿論壓力下，不得不即刻提出辭職，心有不甘又無可奈何地交出印把子，捲起鋪蓋，如同過街老鼠一樣灰溜溜地夾著尾巴下台滾蛋。至此，兩位皇親國戚均被傅斯年幾聲炮響轟於馬下，天下人心大振。當時有位名叫蘇懷邦的人致信傅斯年說：「頃閱二十一日大公報轉載世紀評論第七期尊稿《這個樣子的宋子文非走開不可》一文，拜讀之餘，實深同感，對先生直言敢說，發揚民意之精神尤表欽敬。」另一名叫張學善的小知識分子在致傅斯年的信中評論道：「我最崇拜的斯年先生，頃在南昌出版的文山報上讀到先生做的《宋子文的失敗》一文後，我對先生發生最大的崇敬，因為先生說出四萬萬五千萬（宋子文及其卵翼下的少數人當然除外）人所欲說而不能說又不敢說的話，既高明又勇敢，更熱情。」29有人更是總結性地指出：「在最近的十年來他內心已焚燒著正義之火，逼他走出學術之宮，要分一部分精神來顧問國事。他的話，是代表千萬人民的隱泣和怒吼！他的話，也寄托著對祖國的復興和再生！」30在普天之下拍手稱快的歡聲笑語中，傅斯年的威望與聲名在國人心目中達到了一生的巔峰。
傅斯年痛斥孔宋的文章發出後引起強烈社會反響，此為蘇懷邦、張學善等寫給傅斯年的信，內中透出對傅氏的崇敬之情（台灣「中研院」史語所傅斯年圖書館「傅檔」）
「千人之諾諾，不如一士之諤諤。」傅斯年作為中國自由知識分子，有此一大壯舉，實為世人樹立了一個諤諤之士的光輝典範。對此，深知傅斯年學問、人格力量的胡適曾滿懷激情地稱頌道：「他這樣的人，無論在什麼地方都能發揮其領袖的才幹。」「我總感覺，能夠繼續他的路子做學問的人，在朋友當中也有；能夠繼續他某一方面工作的人，在朋友中也有；但是像他這樣一個到處成為道義力量的人，還沒有。」31
——斯言是也！
◎最後的晚餐
孔宋兩個高官被打倒之後，傅斯年身心俱疲，心臟不堪重負，無力堅持工作，同時也為躲避孔宋集團可能失去理性的血腥報復，在友人、故舊的一再勸說下，只好讓年輕有為的夏鼐代理史語所所長一職，自己於1947年6月偕夫人與兒子傅仁軌前往美國波士頓伯利罕醫院（Peter Bent Brigham Hospital）醫病，其間與胡適等人一起參與並操縱了國內院士選舉活動，此次選舉，共有81名科學家、學者當選為中央研究院首屆院士。翌年夏天，傅斯年夫婦歸國，傅重新執掌史語所所務，只把兒子仁軌留在美國一個親友家繼續讀書。
據石璋如回憶：1948年6月9日，中央研究院曾在南京舉辦「慶祝成立二十週年」大會，「當時在研究院辦了很熱鬧的慶祝活動。上午開會，晚上就請吃飯，從總辦事處到地質研究所前頭的空曠處，桌子一路排開，放上酒跟點心，夜裡燈火通明，稱作遊園會。剛開始的時候人很多，愛去哪桌吃、喝酒都可以，可是天候不巧，打了響雷下起陣雨，大家就集中到總辦事處的演講大廳去。我記得研究所內還有楊希枚領頭唱平劇，非常熱鬧」。32
1948年9月，中央研究院第一次院士會議合影。前排左起：薩本棟、陳達、茅以升、竺可楨、張元濟、朱家驊、王寵惠、胡適、李書華、饒毓泰、莊長恭，最後一排右三為傅斯年，陳寅恪因身體原因未克出席
同年9月23日至24日，中央研究院第一屆院士暨紀念中央研究院成立20週年大會在南京北極閣舉行，與會者有朱家驊等51人。會中通過包括「請政府確定『百萬』為『兆』，以簡化大數記數法案」「維持學術獨立」「請照本院組織法，儘先設立關於人文科學研究所」等議案。為表示對科學與知識分子的尊重，蔣介石撇下前線十萬火急的戰事，親自出席會議並做了講話，場面極其隆重熱烈——這是國民黨統治時期中國知識分子群體在苦難中深受矚目和備感榮光的絕響。未久，選出的81名院士便在戰爭硝煙炮火中被迫分道揚鑣，「兩處茫茫皆不見」了。6月9日晚那串不期而至的驚雷，就是易卦中「主大凶」的預兆——這是上帝為蔣家王朝的統治敲響的第一聲喪鐘。緊隨其後的，則是鐘聲陣陣，大限來臨。前線傳來了國民黨軍隊一個又一個戰敗覆亡的凶訊：
1948年9月12日，中共將領林彪指揮的東北野戰軍在遼寧省西部和瀋陽、長春地區，對國民黨軍衛立煌部發起攻勢，史稱遼沈戰役。此役東北野戰軍以傷亡6.9萬人的代價，殲滅並俘獲國民黨兵力47萬餘人，並繳獲了大批美制武器裝備。國軍元氣大傷，踏上了徹底衰亡敗退之路。
11月6日，中共華東、中原野戰軍與地方武裝共60餘萬人在以徐州為中心，東起海州、西至商丘、北至臨城、南達淮河的廣大區域內，向集結在這一地區的70萬國民黨軍發起強大攻勢，是為淮海戰役（南按：國民黨稱之為徐蚌會戰）。解放軍攻勢凌厲，兵鋒所至，所向披靡，國民黨政府首都南京岌岌可危。
11月13日，號稱一代「文膽」的蔣介石侍從室二處主任、總統府國策顧問、首席秘書陳佈雷，看到國民黨政權日暮途窮、滅亡在即，自己回天乏術，更無力解黨國之危難，於痛苦悲憤中自殺身亡，以「尸諫」的古老形式表達了他對蔣介石的忠誠，以及對國民黨政府前途命運的絕望。
此前，陳曾多次向蔣苦諫，謂「同共產黨舉行談判，早日結束內戰，國民黨或許還能坐半個江山」。蔣答之曰：「即使談判也保不住半壁江山，只有背水一戰，成敗在天了。」33
面對山河崩裂、天地改色以及搖搖欲墜的國民黨政府，蔣介石困獸猶鬥，在決心背水一戰的同時，沒有聽天由命，而是採納了歷史地理學家出身的著名策士張其昀的建議，決定著手經營台灣，作為日後退身之所和反攻大陸的基地。
在國民黨軍隊大舉敗退台灣之前，根據蔣介石密令，除把價值約10億美元的黃金和銀圓秘密運台外，科學教育界能搬遷的人、財、物盡量搬遷，先以台灣大學為基地，而後慢慢站穩腳跟，以達到求生存、圖發展之目的。因台灣大學原校長莊長恭履任半年便攜眷悄然離職開溜，國民政府決定由傅斯年接任台大校長，著力經營關乎科學教育這一立國之本的重要基地。經朱家驊和傅斯年多次晤談，傅勉強表示從命，欲「跳這一個火坑」（傅斯年語）。1948年12月15日，國民政府行政院批准莊長恭辭去台大校長一職，同一天發表傅斯年校長任命案，台大醫學院院長杜聰明在傅氏到台前代理校長兼教務長和訓導長。
1948年11月底，朱家驊奉命召開「中央研究院在京人員談話會」，分別召集在京的七個研究所的負責人及相關人員參加，出席會議的有傅斯年、李濟、陶孟和、姜立夫、陳省身、張鈺哲、俞建章、羅宗洛、趙九章等，緊急商定了幾條應對措施：
立即停止各所的基建、擴建工程，原備木料全部製成木箱以備搬遷之需；各所盡快徵詢同人意見，做好遷台準備。眷屬可自行疏散，或於十日內遷往上海，可能出國者盡量助其成；南京地區文物、圖書、儀器、文卷等先行集中上海，由安全小組封存，伺機再南運台灣等。
會議之後，各所組織人員攜公私物資陸續向上海撤退，以「靜觀待變」。
與此同時，根據蔣介石和時任國民政府行政院長翁文灝的指令（南按：翁接替宋子文任該職，本年11月26日辭職，做逃跑準備），在南京的故宮博物院、中央博物院籌備處、中央圖書館、中央研究院歷史語言研究所等四家機構所藏的珍貴文物、圖書和歷史檔案，全部裝箱運往台灣。由教育部次長、中央博物院籌備處主任杭立武全權指揮調度。待一切準備就緒後，海軍司令部派來「中鼎」號運輸艦與一個連的官兵協助裝運。此船共裝運四家機構運來的古物和歷史檔案、標本、儀器等772箱，由李濟擔任押運官，全程負責運輸、裝卸事宜。
1948年12月21日，滿載國之重寶的「中鼎」號軍艦拔錨起程，由上海進入激流洶湧的台灣海峽，向陌生、神秘的基隆港駛去。軍艦在大海裡顛簸了一個星期，直到27日才到達台灣基隆。
因前方戰事吃緊，國民黨海軍一時無船可派，第二批運輸包租了一艘招商局的海滬輪，由於船艙較大，僅史語所的古物、資料就裝載了934箱。該船於1949年1月6日起航，僅三天即到達基隆港。
第三批是海軍部派來的一艘「崑崙」號運輸艦，該艦船自1949年1月29日開出，直到2月22日才抵達基隆。至此，四家機構共4286箱古物、資料、珍貴圖書、檔案等全部運完，無一件損壞。僅南京故宮博物院運去的珍貴文物就多達2972箱，這批文物後來存放於台北「故宮博物院」。史語所運去「內閣大庫」檔案多達311，914卷（冊），其中明代檔案3000多卷（件）。此物抵台後，先借放於台北楊梅鐵路局倉庫，後轉南港史語所辦公大樓資料庫永久保存。
1949年初，國民黨官兵乘「中鼎」號運輸艦離開大陸
就在四家機構的古物、圖書、檔案等倉皇運台之時，朱家驊奉命動員中央研究院各所人員全部遷台。令他頗為失望的是，大多數人員不願隨遷，仍要在南京、上海「靜觀待變」，只有傅斯年主持的史語所較為積極，但傅同樣處於「去留之間兩徘徊」的境地。此時此刻，真要讓他帶領全所人員離開生於斯、長於斯的大陸，心中的彷徨痛苦可想而知。據史語所研究人員陳槃回憶：
自三十八年冬（南按：應為三十七年），首都告警，群情惶急，不知所以為計。
一日，師（傅斯年）召集同人會議，慘然曰：「研究所生命，恐遂如此告終矣！余之精力既消亡，且宿疾未癒，余雖欲再將研究所遷入適當地區，使國家學術中心得以維持不墜，然而余竟不克負荷此繁劇矣。今當籌商遣散。雖然如此，諸先生之工作，斯年仍願盡最大努力，妥為紹介安置。」
同人此時，以學術自由之環境既已感受威脅，於多年生命所寄托之研究所，亦不勝其依戀可惜。一時滿座情緒，至嚴肅悲哀，有熱淚為之盈眶者。
師於是不覺大感動，毅然曰：「諸先生之貞志乃爾，則斯年之殘年何足惜，當力命以付諸先生之望耳。」
本所遷移之議，於是遂決。34
陳氏之記載應當屬實，但彷彿又令人聯想起古代坊間小說的某些情節。傅的這段講話也頗具梁山好漢們特別是宋江慣用的伎倆，具有典型的利用民眾心理來達到目的的戲劇性效果，想來傅斯年是深諳《水滸》等坊間小說精髓的。或許此時的他並不是利用和欺騙，而是把他的真心誠意借用這一古典的戲劇性手法加以表達也未可知。但無論如何，他的目的是達到了。全所大部分人員開始於惶恐紛亂中攜妻帶子緊急逃往台灣海峽那邊的孤島，只有夏鼐、郭寶鈞、吳定良等少數人留了下來。在抗戰勝利後中央研究院已建成的13個研究所中，除半個數學所赴台外，這是唯一一個「兵隨將轉」，被傅斯年較完整地一鍋端到台灣的重量級學術機構。
只是當赴台人員心懷淒涼，在風高浪急的台灣海峽動盪顛簸時，傅斯年沒有同去，他仍留在南京奔波忙碌。
於風雨飄搖、大廈將傾的危急時刻，朱家驊、傅斯年、杭立武、蔣經國、陳雪屏等在蔣介石授意下，緊急磋商謀劃「平津學術教育界知名人士搶救計劃」細節辦法，並擬定了「搶救人員」名單。名單包括四類：（一）各院校館所行政負責人；（二）因政治關係必離者；（三）中央研究院院士；（四）在學術上有貢獻並自願南來者。四類人員約60人，連同眷屬共約300人，由北大、清華的鄭天挺、石樹德等教授負責組織聯繫，國民黨北平「剿總」指揮部予以協助，分期分批運往南京。傅斯年在致鄭天挺的電文中特別要求：「每人只能帶隨身行李……通知時請其千萬勿猶疑，猶疑即失去機會。」35又稱：「機到即走，不能觀望稍有遲疑不決。」36所需運載機由已轉任交通部長的俞大維全權調度。
南京方面急如星火地電催主持北大、清華校務的胡適、梅貽琦迅速南下，但此時的胡適正忙於籌備北大50週年校慶不肯起身，梅貽琦也在磨蹭觀望。直到1948年12月12日，胡適接到南京教育部長朱家驊親自拍發的電報，說「第二天將派飛機到南苑機場迎接，並請他邀陳寅恪先生一家同行」37。胡氏才突然決定離開北平。因解放軍已經對北平形成包圍態勢，並控制了南苑機場，抵平飛機不能降落，只好返回。
14日，平郊戰火蔓延，槍炮聲更趨雜亂緊急，清華園已成為共產黨的天下。蔣介石親自下達手諭派出飛機再次飛臨北平上空，飛機冒著炮火，在南苑機場強行著陸。胡適得此消息，決定登機出逃。臨行前，他派人力勸輔仁大學校長陳垣共同南飛，陳垣不從，只好不再顧及。在即將南飛的最後一刻，胡適下定決心，無論如何，有一個人必須拉上，絕不能讓其留在眼看就要落入共產黨軍隊之手的北平，這便是他的好友、著名史學家陳寅恪。
◎去眼池台成永訣
1946年10月，暫住在南京俞大維宅的陳寅恪考慮再三，終於放棄留在南京專任中央研究院史語所歷史組主任之職的打算，正式接受梅貽琦之聘，赴北平清華大學任教。傅斯年聞訊，頓覺失落與惆悵，心有不甘又無可奈何，只好聽憑陳氏北上，耐心等待新一輪相聚的機會。
陳寅恪安頓女兒流求、小彭在南京讀書，與夫人及小女美延赴上海，乘船轉道北上抵達北平，重返闊別九年的清華園。此時的水木清華因在抗戰中被日軍徵用為營房和馬廄，房屋破損，殘垣斷壁，望之令人愴然。好在梅貽琦已提前派人對整個園區房舍進行了簡單的修繕，師生勉強能夠居住和開課。
陳寅恪一家暫住清華園新林院五十二號，未久，抗戰爆發時在天津離去的工友陳忠良得知消息也回到了陳家，生活等諸方面算是安頓下來了。同戰前課程安排一樣，陳氏仍任中文、歷史兩系合聘教授，外兼已復員的燕京大學研究院導師。因此時的陳寅恪已雙目失明（南按：據陳氏對他的弟子王永興說，有些東西還能影影綽綽看到一團影子和辨別眼前人的大體輪廓），教學研究皆需助手查閱誦讀所需書籍資料及抄寫講稿，因清華所聘助手不能及時就職，陳寅恪非常焦急，在與清華方面相關人物打過招呼後，向時任北大史學系主任兼北大文科研究所副所長鄭天挺寫信求助。信曰：
毅生先生史席：
弟因目疾急需有人助理教學工作。前清華大學所聘徐高阮君，本學年下學期方能就職。自十一月一日起擬暫請北京大學研究助教王永興君代理徐君職務，至徐君就職時止。如蒙俯允，即希賜覆為荷。專此順頌
著祺
弟陳寅恪敬啟三十五年十月卅日38
王永興原是清華大學中文系學生，後仰慕陳寅恪先生的道德學問轉入歷史系，成為陳氏的弟子。西南聯大畢業後考入北大文科研究所，與另一名學生汪籛追隨陳寅恪研究唐史，畢業後留在北大文科研究所做研究工作，與導師陳寅恪關係甚洽。陳請其至清華擔任自己的助手，正是源自多年建立的師生情誼與默契。經鄭天挺與北大校長胡適相商，王永興調到清華大學並充當陳寅恪的助手。陳寅恪心境漸漸由焦躁淒涼變得平和，決心靜下來好好做一番學問，並把自己的書齋取名為「不見為淨之室」。
陳寅恪的雄心壯志與傳道授業的急切心情，令家人、助手與友人皆為其捏著一把汗，擔心其身體不能支撐。清華歷史系主任雷海宗前來探望，見陳氏身體仍處於病弱狀態，便轉達校長梅貽琦的建議，勸其先休養一段時間，搞搞個人研究，暫時不要開課。陳寅恪聽罷當即回答說：「我是教書匠，不教書怎麼能叫教書匠呢？我要開課，至於個人研究，那是次要的事。我每個月薪水不少，怎麼能光拿錢不幹活呢？」39送走雷海宗，陳寅恪立即吩咐當時在場的弟子王永興，通知在歷史系、中文系各開一門課，立即行動，不得有誤。雷海宗一看這陣勢，自知不能再勸，但仍不忍見到一位雙目失明的老人來回奔波，於是想了一個折中的辦法，讓學生到陳宅上課，陳氏允之。許多年之後，王永興對陳寅恪這一做法深情地回憶道：「使我感動的也是他那樸實而堅定的語言。他沒有說過作為一個教師應該如何如何的冠冕堂皇的話，但是，他的身教要比那許多話高明得多。今天，我作為一個教師，雖學識淺陋，但仍要每學期開兩門課，是因為每每想起老師身教如此，不敢懈怠。」40
1947年初，陳寅恪夫婦在清華園寓所前合影
有證可查的是，陳寅恪重返清華，為歷史系開的課程為「魏晉南北朝史」和「隋唐史」，這個課在抗戰期間的西南聯大與燕京大學都開過，對陳氏來說應是輕車熟路，照著原來的提綱重複一遍即可應付交差。但陳寅恪的不同之處在於，凡是此前講過的內容基本不再涉及，若有著作出版問世，涉此專題的課程便永不再講。用陳寅恪自己的話說就是，著作都已出版了，同學們拿來用業餘時間讀一讀就可以了，不必再把光陰浪費在課堂上，除非在講述中非涉及原來講過的課題而不能明瞭事物本身起承轉合的內在邏輯。陳氏本人素來鄙視靠一本講義翻來覆去吃一輩子的教授，認為這樣做不但誤人子弟，簡直是圖財害命。他自己開課，特別注意這一問題並做出垂范。雖是同樣的中古史甚至具體的隋唐史，陳寅恪每講必有新意，發前人之未發，也就是他自己所說的「不甘逐隊隨人，而為牛後」的精神與規範。每在備課前數日，便與王永興及後來投奔到清華園陳氏門下的另一位助手汪籛，詳細說明所講授之內容，指定二人把所需書籍找出來一一誦讀。
在王永興的記憶裡，陳寅恪在這段時間備課要讀的第一部典籍總是《資治通鑒》，其次為《通典》《唐會要》《唐六典》、兩《唐書》等。陳氏對宋代先賢的史學評價甚高，亦最為推崇，曾有過「宋賢史學，今古罕匹」41「中國史學莫盛於宋」42等話傳於弟子。在宋賢中，陳氏尤服膺司馬光與歐陽修兩位大家，他在所著《唐代政治史述論稿》自序中，曾云：吾國舊史多屬於政治史類，而司馬溫公《資治通鑒》一書，「尤為空前傑作」43。陳氏所論，與中共領袖毛澤東不謀而合。毛對《資治通鑒》極為重視，1953年曾親自委託範文瀾、吳晗組織點校過該書。次年，毛曾對吳晗說：「《資治通鑒》這本書寫得好，儘管立場觀點是封建統治階級的，但敘事有法，歷代興衰治亂本末畢俱。我們可以批判地讀這部書，藉以熟悉歷史事件，從中吸取經驗教訓。」44點校本出版後，毛澤東放在床頭愛不釋手，據說一生共通讀了17遍並做了閱點。毛對他的護士孟錦雲說過這樣一番評語：「中國有兩部大書，一曰《史記》，一曰《資治通鑒》，都是有才氣的人，在政治上不得志的境遇中編寫的。看來，人受點打擊，遇點困難，未嘗不是好事。當然，這是指那些有才氣，又有志向的人說的。沒有這兩條，打擊一來，不是消沉，便是胡來，甚至去自殺。那便是另當別論。」45
因各自的出身、學識、地位以及視界、志向、理想、遭際不同，儘管毛與陳都推崇《資治通鑒》，但對這部名著的讀法和深層理解自然不會一致。在毛看來，秦始皇坑殺幾個儒生算不了什麼大事，實在平常得很，所以後來在郭沫若撰文反對秦始皇，並顯擺他的《十批判書》時（南按：內有批秦始皇的文章），毛曾明確表示「十批不是好文章」，並嚴厲警告郭「勸君少罵秦始皇，焚書事業要商量」。46到底要商量什麼，毛沒有明確指出，但至少像司馬遷者流，因不合時宜地亂髮議論，結果觸怒龍顏之事，在毛看來更是壞事變好事的一個例證。因為剪掉睪丸的太史公已失了男人的身價，既不能惑眾，又不能拉桿子造反，只能心無旁騖與滿含悲憤屈辱地寫點兒文章，於是便有《史記》的橫空出世，給後世留下了一部偉大的精神遺產。此事在陳寅恪看來，若寫一部令後世推崇的《史記》，非得以血淚為代價換之，那麼這部「史家之絕唱」不唱也罷。至於披枷戴鎖，流徙發配，浪跡天涯而仍著書立說者，其精神意志及胸懷當然可敬可佩，但執掌生殺大權者，還是應該讓這種淚水飛濺、呼天搶地的狀況少一點兒更具人道。或許正因為這樣的思想與獨立精神，陳氏對史上兩司馬的人生際遇充滿了無限的同情，對其著作總是抱著「同情的理解」心境，發前人未發之覆，傳文化香火於後學的。
按一般規律和程序，當《資治通鑒》擺到桌上後，助手需按導師指定的書目章節一段段誦讀下去，坐在椅子上以手托頭靜心聆聽的陳寅恪輕輕把手一點，表示就要停下來，然後陳氏再以手撫頭開始沉思冥想一番，提出問題及注意之點，讓助手記在本子上。待記下幾條後，導師又吩咐助手查詢兩《唐書》、《唐會要》《通典》中與此相關的記述，並一一誦讀。陳寅恪通過聆聽比較，對每一條材料都做嚴格謹慎的校勘與考證，最後指出幾種典籍所記載之不同處，何書記載可靠，何書記載有誤，何書是妄倡謬說，等等，助手一一筆錄。待這一切程序完畢，所教授的講稿或者詳細提綱也就順理成章，可以開壇授徒了。對於這個過程，王永興曾回憶道：「當時上課是在寅恪先生家裡，一般有二三十個學生，上課之前他指定我在黑板上寫史料，然後，坐在一把籐椅上，問我寫了些什麼材料，我一一和他說。沒有材料，他是從來不講課的。兩黑板的材料講完了，我於是再寫。講課之後，他常常問我這樣講學生能接受嗎？他常要我徵求學生們的意見，然後再修改講課稿。陳先生講課精湛，深入淺出，引人入勝，而在這背後的，是他備課的辛勤。他年年開課，年年都是這樣備課講課。」47縱觀數千年之中國教育史，有多少盲人教授不得而知，但此種備課與授課者則鮮矣。所幸歷史未能忘記這一筆，否則將是歷史之無情，人類文明史之大缺憾。陳寅恪讀《資治通鑒》是否像毛澤東後來一樣，也達到了通讀17遍，或更多或更少的程度不得而知，但有些地方能大段背誦卻是事實。有次王永興讀至某段，端坐在椅子上的陳氏突然把手一揮示意停止，並要求重讀。王意識到可能有脫漏之處，便仔細一字一句慢慢讀去，果然發現初讀時脫漏一字。陳氏之超群的記憶力與一絲不苟的精神，令這位弟子汗顏的同時又愈加敬佩。
1947年末，陳寅恪於北平清華大學新林院五十二號院內留影
翌年冬天，北平大寒，清華各院住宅本裝有暖氣設備，經日寇盤踞，加之抗戰後國民黨三十八軍一度接收，暖氣設備全部拆毀廢棄，水管凍裂無法修復，師生只有忍饑受凍艱難苦撐，不少教授因此病倒在床，痛苦呻吟。此時國民政府經濟已全面崩潰，物價飛漲，人命微賤。到手的鈔票每天加兩個「0」，還是跟不上物價的飛速躥升，直弄得民不聊生，教職員工命懸一線。這就是傅斯年告別北大時所說的，面對啼饑號寒的師生，政府必須提高其待遇，「不要視之如草芥，這道理尤其應該請行政院院長宋公明白」的根由。但這個時候的宋公（子文），只顧自己大發國難之財，並設法把劫掠暴斂的不義之財轉往外國銀行，哪裡還顧得上這些教授學生的死活！面對慘淡的經濟與政治前景，陳寅恪有詩云：
丁亥春日清華園作
蔥蔥佳氣古幽州，隔世重來淚不收。
桃觀已非前度樹，稿街長是最高樓。
名園北監仍多士，老父東城有獨憂。
惆悵念年眠食地，一春殘夢上心頭。48
正是在這樣一種惡劣的政治、經濟條件之下，當傅斯年拼盡全力與孔宋集團搏鬥拚殺時，陳寅恪明確表示支持並為孔宋最終倒台而稱快。
此時目盲畏寒、身體多病的陳寅恪，再度面臨窮困潦倒、朝不保夕的境地。時在北大任教的季羨林前去探望，悲不自勝，當天即向胡適做了稟報。名滿天下的胡氏對學界確有成就的知識分子，總體上還保留著尊重、愛護、同情之心，當年王國維到清華國學研究院任教，胡曾出過力氣。胡氏這種行為無論於公於私，都為時人和後學所稱道。陳寅恪早年的《王觀堂先生輓詞》詩作「魯連黃鷂績溪胡，獨為神州惜大儒。學院遂聞傳絕業，園林差喜適幽居」即頌其事。胡適是安徽績溪人，詩中的「績溪胡」自然是指胡適。正由於胡氏對神州大儒王國維的愛惜尊崇，加之陳寅恪的詩作問世，胡適薦王國維進清華的故事遂成為後人常言不衰的一段佳話。
對於1947年的胡適而言，沉湖的王大儒早已駕鶴西行，已無須他於滾滾紅塵中給予什麼關照和愛惜了，只是尚活在神州大地的另一位大儒陳寅恪，卻急需他這個身居北大校長高位的績溪才子加學界領袖憐惜一把。而從以往的交誼看，胡陳兩家親屬在台灣駐守時，曾有過一段因緣際會。儘管胡適暴得大名之後在政學兩界樹敵不少，特別是北大浙江派對其多有惡言，但陳胡之間的友誼卻一直保持下來，否則當年在重慶選舉中研院院長時，陳寅恪不會公開放言「本人不遠千里來重慶，只為了投胡適一票」。這種明顯帶有向其他窺視者挑戰意味的話語，若不是二者心心相印，彼此尊敬，以陳寅恪的性格和為人處世的態度，他是不會公開做如是說的。據鄧廣銘說：陳寅恪每次參加中央研究院評議會都「如徐庶進曹營一樣，在會上他總是一言不發的。他曾說，在任何一次評議會的紀錄本上，決不會找得到他的一次發言」。49若此說當真，重慶選舉當是個異數，由此可見胡氏在他心目中舉足輕重的位置和份量。
當然，胡適也不是糊塗蟲一個，或者作為投桃報李，或者出於內心的真摯感情，若有機會乃會知恩並設法報答。陳寅恪攜家重返清華園，作為北大校長的胡適多次前來拜望自是不在話下，只是隨著國民政府即將崩盤，北大學潮洶湧，面臨即將再度散板兒的混亂局面，夾在其間的胡適上下奔波，已是心力交瘁，無力他顧。而清華與北大如同兩家人過日子，各有難言之隱和不便與人道處。作為北大校長，自然不便經常往清華教授家中奔跑，因而陳家的具體生活情形就漸漸淡出他的視線，直到季羨林向其稟報，胡氏才覺得該做點兒什麼了。他驅車出城直奔陳宅，欲把自己在美出任大使與在各大學演講所得數目可觀的美元贈予陳，以助陳渡過難關，不料此舉被陳寅恪拒絕。在無其他辦法的情況下，雙方相商，陳寅恪以賣掉自己藏書的代價換取胡氏手中的美元，用以買煤取暖，買米做飯，度過嚴冬。協議達成後，胡便派季羨林乘坐自己的轎車——也是北大唯一的一輛校長專用車，赴陳宅提書。據季羨林回憶：「我到清華陳先生家裝了一車西文關於佛教和中亞古代語言的極為珍貴的書。陳先生只收二千美元。這個數目在當時雖不算少，然而同書比起來，還是微不足道的。在這一批書中，僅一部《聖彼得堡梵德大詞典》市價就遠遠超過這個數目了。這一批書實際上帶有捐贈的性質。而寅恪師於金錢的一介不取的狷介性格，由此可見一斑了。」50
1948年，葉企孫（左）與陳寅恪（右）在清華園陳宅院內喝茶
陳寅恪於窮困中賣書換煤之事傳出後，一個號曰「天吁」的人激憤難抑，於某報發表詩詞並序，以悲天憫人的情懷放言道：「陳寅恪教授賣書買煤，為之意苦者久之。」詩云：
錚錚國士名，矻矻寒窗苦。
生事困樵薪，珍襲歸書賈。
燎原戰火燃，斷續炊煙舞。
何異又焚書，風教委塵土。51
用文學的眼光看，這首詩算不得上乘，但可明顯地見出知識分子的困境與苦難，以及國人對國民黨政府與世道不平的憤懣之情。
1948年12月初，由東北南下的解放軍已推至昌平一線，原西南聯大訓導長，後成為國民黨青年部長的陳雪屏奉命匆匆由南京飛北平，召集梅貽琦、胡適等清華北大校長教授開會，商討「搶救學人」實施辦法，並稱南京已派飛機至北平南苑機場待命，被「搶救」者隨時可以登機南飛。在場者相顧無言，均不置可否，會議不了了之。
12月12日晨，北平北郊槍炮聲甚密，時聞炸彈落地爆炸之聲。陳寅恪在清華國學院時的助手、後為清華中文系代主任浦江清，聞槍炮聲急忙赴陳宅報告時局並提出添聘教員孫蜀丞事，徵求意見。浦氏在日記中記載：「陳先生說，此刻時局艱危，不宜在此時提出。他雖然雙目失明，如果有機會，他願意即刻離開。……那時候左右分明，中間人難於立足。他不反對共產主義，但他不贊成俄國式共產主義。我告訴他，都是中國人，中國共產黨人未必就是俄國共產黨人。學校是一個團體，假如多數人不離開，可保安全，並且可避免損失和遭受破壞。他認為我的看法是幻想。」這個記錄，與抗戰時期陳寅恪在成都燕大與學生石泉所談極其相似，此一思想觀念伴隨了陳氏一生。當浦江清說到陳雪屏已來北平並欲「搶救」有名望之學人時，「陳謂他早已知道此消息，並已洽梅公云云」。52此時，清華校長梅貽琦已隱晦地向清華文學院院長馮友蘭表達了自己去意已決。梅說道：「我是屬牛的，有一點兒牛性，就是不能改。以後我們就各奔前程了。」53馮友蘭深知這是梅對自己所說的最後道別話，不禁黯然神傷，又不知如何言說，只好相望不語，握手含淚道別。
12月14日晨，北平北郊槍炮聲更緊，一群群國民黨軍與拖兒帶女的難民向北平方向潰退逃亡。中午，解放軍已進至清河鎮一帶，向清華園方向疾速推進。清華師生紛紛登上宿舍樓頂平台北望觀戰，伴有嗆人血腥味兒的煙塵隨著強勁的北風飄向清華園，令每一個人身心都感到了戰爭的慘烈。在一片混亂倉皇中，梅貽琦鑽入汽車，冒著濃烈的炮火硝煙，悄然離開清華園向城內疾駛而去，自此與清華師生永訣。
就在梅氏離開清華的同時，胡適驅車滿面焦慮地來到北大校長辦公室不掛名的秘書鄧廣銘家中，急切地詢問能否找到陳寅恪，並謂昨日南京政府來電，說今日派專機抵達南苑機場，「搶救」胡與陳寅恪等著名教授離平。胡打電話至清華問詢陳氏的情況，告之已回城內，但不知具體落腳何處。鄧廣銘聽罷，當即答道可能找得到，估計在他的大嫂家中。送走胡適後，鄧急奔北大西語系教授俞大縝（俞大維胞妹）家中詢問陳寅恪大嫂（陳師曾遺孀）在城內的住處。待問明後，鄧廣銘趕往城內，果然在其嫂家中找到了陳寅恪及其一家。鄧把胡適的囑托向陳複述一遍，並問是否願意與胡氏一起離平南飛。陳寅恪頗為乾脆地回答：「走。前許多天，陳雪屏曾專機來接我。他是國民黨的官僚，坐的是國民黨的飛機，我決不跟他走！現在跟胡先生一起走，我心安理得。」54
平津戰役打響後，傅作義的部隊騎著蒙古馬試圖保衛南苑機場，在記者拍下這張照片的兩天後，解放軍拿下機場
陳寅恪向來有午休的習慣，待決心下定後，令鄧廣銘先去胡宅覆命，他稍事午休即僱車前去東廠胡同胡宅會合。當鄧廣銘來到胡家，胡適即告之飛機已抵達南苑機場，時間緊迫，令鄧趕緊回去催促。鄧正要出門，見陳寅恪已攜家趕到，胡陳兩家立即攜帶簡單行李，乘胡適汽車向南苑機場飛奔而去。車到宣武門，城門緊閉，守門官兵不准出行。胡適只好用電話與北平守軍總司令傅作義聯繫，無奈傅正忙於與解放軍代表談判，根本聯繫不上。胡陳兩家只好乘車返回東廠胡同暫住，等待第二天早晨再次行動。
當晚，鄧廣銘到東廠胡同與陳寅恪話別，陳對鄧意味深長地說了下面一段話：「其實，胡先生因政治上的關係，是非走不可的；我則原可不走。但是，聽說在共產黨統治區大家一律吃小米，要我也吃小米可受不了。而且，我身體多病，離開美國藥也不行。所以我也得走。」55
這個話與胡適所言相似，又有差別。胡適走時曾留給北大同人三句話：「在蘇俄，有麵包，沒有自由；在美國，又有麵包，又有自由；他們來了，沒有麵包，也沒有自由。」56吃慣了洋麵包的胡適，自是想麵包與自由兼得。只是想不到胡適的次子胡思杜不同意父親的看法，他願意留在即將被解放軍佔領的北平繼續生活。胡思杜明確表示不隨父母南飛，自己留下來暫住親戚家中，看局勢發展再決定行止。胡適無奈，只好遂了這位他呼曰「小三」的兒子的意願。想不到這一別，再也未能相見。胡適直至去世，都未獲悉留在大陸的那個後來號稱與他斷絕父子關係的胡思杜，已於1957年在政治運動中自殺身亡的消息。晚年的胡適在遺囑中，竟還為這個小兒子留下了一份小小的遺產——人世間命運之殘酷莫過於此。
當夜11時，胡適接通了傅作義的電話，約定明早到中南海「剿總」司令部換乘傅氏本人的汽車，並下令屆時守衛宣武門的官兵放行。15日清晨，胡陳兩家趕至中南海等候，傅作義下令城外部隊組織兵力向南苑機場攻擊，不惜一切代價奪回機場，完成「搶救學人」的計劃。經過兩個輪次的浴血苦戰，解放軍退縮，國民黨軍暫時奪回了機場的控制權。下午，南京派出的飛機在南苑機場降落，傅作義命人通知胡適立即前往登機。於是，胡陳兩家立即從中南海勤政殿門前換乘傅總司令的座駕順利穿過宣武門抵達南苑機場，乘機飛離北平。同行者尚有北大和清華的錢思亮、英千里、黃金鰲等著名教授。
透過飛機舷窗，古城北平漸漸隱去，面對匆匆掠過的北國大地，胡適與眾位教授思緒萬千，百感交集。雙目失明的陳寅恪隨著機翼的搖晃顛簸，更是淒惶愴然，不知何處才是自己的歸宿。於是，在八千米高空，陳寅恪留下了一首政治態度鮮明、對後世研究陳氏生平思想至關重要、標題長達38個字的「亂離永訣詩」：
戊子陽曆12月15日於北平中南海公園勤政殿門前等車至南苑乘飛機途中作並寄親友
臨老三回值亂離，（北平盧溝橋事變、香港太平洋戰爭及此次）
蔡威淚盡血猶垂。
眾生顛倒誠何說，殘命維持轉自疑。
去眼池台成永訣，銷魂巷陌記當時。
北歸一夢原知短，如此匆匆更可悲。57
當胡、陳等人及其家眷乘坐的飛機抵達南京明故宮機場時，王世傑、朱家驊、傅斯年、杭立武、蔣經國等前往機場迎接。亂世紛紜中，陳寅恪只在南京住了一個晚上，第二天便攜家眷悄然赴上海，在俞大維弟弟俞大綱家中住了下來。關於陳寅恪落腳南京又匆匆離開的這一短暫時間，陳傅二人除了禮節性的寒暄，還交談過什麼深層的問題，對國民黨前途的看法有何異同，歷史沒有留下可供後人查考的確切憑據，故無從言說。可以肯定的是，此時正日理萬機、左顧右盼的傅斯年，不會對陳給予更多的關照，也不會靜下心來促膝長談——嚴峻的局勢已不允許他這樣做。同時還可以大膽猜測推斷的是，在傅斯年心中，既然陳寅恪一家已離平抵京，即表明陳與共產黨的決絕態度，日後陳寅恪附在國民黨這個幾乎被拔光了毛的驥尾上流徙千里，自在情理之中。待穩住陣腳，自有秉燭長談、敘古論今的機會。只是傅斯年沒有料到，南京一別，竟成永訣。
一個月後，陳寅恪沒有踏上赴台的船板，而是轉赴廣州嶺南大學任教，其兄陳隆恪贈《六弟自北京避兵南來留滬兼旬之廣州別賦一律》詩一首：
危城突走掠風霜，寇亂流離事未忘。
又遣銅駝淹草莽，不求金篦看滄桑。
幾年伏櫪心難死，一夢聯床鬢已蒼。
莫厭絃歌驚歲晚，披襟好對海茫茫。58