扁鵲是勃海郡鄭（今河北任丘）人，姓秦，名越人，傳說他是齊國盧邑（今山東長清）人，因此又號盧醫。
秦越人年輕時幫別人管理旅社，職位名為捨長，並且一幹就是十幾年。在這期間，有位叫長桑君的老者到處遊歷，經常在他管理的旅社裡住宿。長桑君是位神醫，但別人覺得他和普通人沒什麼兩樣，只有秦越人認為他絕不是碌碌無為的平庸之人，因此十幾年來一直都對他非常恭敬，從不怠慢。長桑君非常感動，同時十幾年的來往，他也意識到秦越人不是個尋常之人。有一天，長桑君把秦越人叫去，將自己珍藏的醫藥秘方全部傳授給他。從此以後，秦越人就離開賓館，奔波於各地懸壺行醫，有時在齊國，有時在趙國。
秦越人盡得長桑君秘傳，醫術高超，反對巫術治病，以豐富的醫療實踐和前人經驗為基礎，總結出看氣色、聽聲音、問病情、按脈搏的診斷疾病方法，也就是中醫裡望、聞、問、切的四診法，應用砭刺、針灸、按摩、湯液、熱熨等法治療疾病，對中醫藥學的發展做出了特殊的貢獻，由此被尊為中國傳統醫學的鼻祖。
秦越人最擅長的是望診和切診，切脈技術高超，一生遊歷四方行醫，去過很多地方，很快就聲明遠播。傳說古人認為醫生治病救人，走到哪就把健康和安樂帶到哪裡，就好像給人們傳遞喜訊的喜鵲，因此人們稱呼那些藝術精湛，品德高尚的醫生為「扁鵲」。上古黃帝時期就有個神醫名叫扁鵲。而秦越人醫術高明、學識淵博，遊歷四方，治病病救人，人們為了表示對他的尊敬，就用「扁鵲」的名號來稱呼他。
扁鵲的稱呼由此沿用下來，成為春秋戰國時代的名醫。扁鵲精於內、外、婦、兒、五官各科。他雲遊各國，為各地的人看病除疾。到了趙國的都城邯鄲，他得知當地人尊重婦女，便做了帶下醫，就是現在的婦科醫生；到了周都洛邑，得知周人敬愛老人，他就做專治耳聾眼花四肢痺痛的五官科醫生。
扁鵲來到虢國，正碰上虢太子死去，即將下葬。扁鵲發現虢國的百姓們不幹別的事，都在舉行除邪去病的祭祀，便來到宮門前，問一位官員太子是因為什麼病死的。那位官員告訴他，太子是因為體內正氣抑制不住邪氣，邪氣外沖，陰脈急迫，猝死的。他還告訴扁鵲太子死了不到半天，還沒收殮。於是扁鵲斷定太子還沒有死，便告訴他自己能救活太子。這個官員把這話告訴了虢國的國君，國君十分驚訝，出宮接見扁鵲，請他救活自己的兒子。
扁鵲先用針灸使太子甦醒，開方下藥將藥物敷在太子肋下，不一會兒，太子就能坐起來了。接下來，就讓他吃了二十天的湯劑，太子就完全康復了。於是，天下人盛傳，扁鵲可以起死回生，但扁鵲自己說，自己也沒辦法讓死人復活，只是他並沒有死，而自己讓他康復了。
扁鵲來到齊國，當時齊國的國君是田氏代齊以後的第三位國君——齊桓公田午。這個齊桓公和「春秋五霸」之一的姜姓齊國的齊桓公小白稱呼相同，為了區分開史稱「田齊桓公」或「齊桓公午」，又因為當時蔡國已亡，而齊國以上蔡為都城，因此也稱蔡桓公。蔡桓公把扁鵲視為上賓。
扁鵲入朝拜見蔡桓公，站了一會兒，對他說：「您有小病在皮膚的紋理之間，如不就醫，將會加重。」蔡桓公說：「寡人沒病。」扁鵲走後，蔡桓公對左右的人說：「醫生就喜歡給沒病的人治病，醫治後就說能治癒都是自己的功勞。」過了幾天，扁鵲再去拜見蔡桓公，對他說：「您的病已經深入到血脈之中，再不治療會更加嚴重。」蔡桓公還是說：「寡人沒病。」扁鵲退出，蔡桓公很不高興。又過了幾天，扁鵲又去拜見蔡桓公，這次他說：「您的病已經到了腸胃中，還不醫治，將會更加嚴重。」這次蔡桓公對扁鵲不理不睬。扁鵲無奈，搖頭退出，蔡桓公更加不高興。又過了幾天，扁鵲入朝，遠遠望見蔡桓公後，轉身就退出來跑了。蔡桓公不解，特別派人去問他為什麼要跑。扁鵲說：「疾病在皮膚紋理之間，用藥物熱敷就可治癒；疾病達到肌膚，用針灸也可治療；疾病深入腸胃，就需要熬煮湯藥才能治療；如今疾病已經深入骨髓，醫藥已經不能再起作用，那就不是我力所能及的了，所以我不敢請求治療，只能跑開了。」幾天後，蔡桓公病情加重，渾身疼痛，派人尋找扁鵲，但扁鵲已經逃跑前往秦國去了。於是，蔡桓公就死去了。
扁鵲來到秦國，得知秦國人喜歡孩子，就在這裡做了兒科醫生。秦武王生病，知道扁鵲是名醫，就請扁鵲為自己治病。武王的近臣說：「大王的病在在耳目之間，治療沒有把握能治好，稍有差池，還可能使耳朵失聰，眼睛失明。」秦武王將這話告訴了扁鵲。扁鵲聽後，非常生氣，把針石丟在地上，怒道：「君王請懂醫術的人來治病，卻和無知的人討論病情。從這一點就可知道秦國內政如何，長此以往，恐怕隨時可能亡國！」秦國的太醫令李醢自知醫術不如扁鵲，很妒忌扁鵲，又害怕扁鵲會威脅自己的地位，於是暗中派人刺殺了扁鵲。
扁鵲死後，曾被他救活的虢國太子感其再造之恩，便將他收葬。