外敵穩定了，國家政策也制定好了，秦始皇又開始對如何治理這個龐大的國家感到頭疼，丞相王綰帶領一群大臣和官員請示秦始皇按照西周的分封制度，把幾位皇子派到燕、魏、趙、齊等地為王。王綰覺得這麼做可以鞏固秦朝的統治，畢竟天下統一不久，秦朝根基還不是很穩固。這時，有一個人站出來反對，他就是李斯。李斯認為春秋時期諸侯國戰亂的根本原因就在於分封制，要想坐穩江山，皇帝必須要擁有絕對的權力，如果秦朝繼續沿襲分封制的話，一定會再次出現戰亂的局面。
秦始皇很贊同李斯的看法，他利用郡縣制來管理國家，並且封李斯為丞相。公元前214年，秦始皇進軍嶺南（今廣東、廣西），接著派蒙恬將軍北上驅趕匈奴，至此，秦朝一共有四十個郡，全部歸秦始皇直接管理。
秦始皇焚書坑儒圖 這幅帛畫向我們展現了秦始皇當年焚書坑儒的情形，圖中在朝堂之上秦始皇巍然高坐，儒士戰戰兢兢求命於下，朝堂之外已有許多儒士被系，或被埋入坑中，或被押在坑邊。
始皇三十四年（公元前213年），秦朝建立的第八年，秦始皇在咸陽宮舉行宮廷大宴。朝廷官員淳於越在宴會上提出自己的治國政策，他請求秦始皇撤銷當時的“郡縣制”，重新啟用分封制，認為只有這樣才能讓秦國真正強大起來。他還舉例說任何一個國家都要按照古人的經驗來處理事情，從沒聽說有誰違背老祖宗的訓誡還能走得長久。秦始皇聽後沒有表示贊同或反對，而是把淳於越的主張說給諸位大臣聽，他想知道大臣們對此事有什麼看法。李斯堅決不認可淳於越的說法，他認為讀書人不應該用那些陳舊的思想來禁錮一個嶄新的國家，古人錯誤的思想會導致國家走向衰落和滅亡。李斯請求秦始皇嚴加管束人民的思想，若放任自流的話，總有一天會釀成大禍。秦始皇便問李斯有什麼好一點的方法，李斯於是提出了幾點建議：
一、《秦記》之外的各國史記統統燒燬，百姓家中的《詩》、《書》等書籍也要全部上交並燒燬，只保留醫學、占卜和農業方面的書籍。要是一個月內不把書籍全部上交，一旦被搜查出來就處以黥刑，還要服刑五年做苦力。
二、全國任何百姓都不能私下討論被禁書籍的內容，也不能宣揚禁書裡的思想，違令者處以死刑。不能討論當今國家政策，尤其是提議恢復以前的政策，認為現今政策不好的，同樣要處以死刑。官員發現這些情況要及時上報，如果怠慢或者隱瞞的話，同死。
三、百姓不准私自學習法典，如果一定要學的話，應該請官員親自指導。秦始皇聽了，覺得這些措施很不錯。他也知道，當時的百姓在經歷了春秋百家爭鳴的局面後，難免會存有不同的思想主張，何不趁此機會把全國百姓的思想統一起來？這樣以後再也不會出現反對自己的人。於是他頒令把異於統治思想的書都燒掉。就這樣，秦朝之前的許多古書化成了灰燼，不過秦始皇早已在朝廷的藏書閣裡保存了復本。
第二年，也就是公元前212年，兩個方士盧生、侯生和秦始皇說，他們可以找來不死仙藥，這讓秦始皇龍心大悅。因為在統一江山後，秦始皇手握大權，天天享受著榮華富貴，他害怕失去這一切，妄想長生不老，好讓自己永遠坐享富貴。他在全國下令尋找能讓人永遠不死的藥，盧生和侯生就是在這時出現在秦始皇的面前。秦始皇給予他們豐厚的回報，但他們對仙藥的事情一拖再拖，等到事情不能再拖下去之後，他們便悄悄地逃跑了。當時秦朝有明確律令規定，撒謊不能兌現者，或者進獻的藥品沒有功效的話，都要被判處死刑。盧生和侯生在逃跑過程中還不忘四處散播秦始皇的壞話，百姓們從他們口中得知秦始皇是個荒婬暴虐、剛戾自用、貪圖享樂和權勢的人。秦始皇自認為已經很尊重這些方士，沒想到他們如此誹謗自己。他暴跳如雷，以妖言惑眾的罪名下令抓捕他們，還把咸陽城裡的方士和儒生都抓起來嚴刑拷問，逼他們說出盧生和侯生的下落，可憐那些文弱的書生被折磨得死去活來。最後秦始皇命人挖了一個大坑，把相關聯的460名方士和儒生統統活埋在坑裡。這就是歷史上記述的坑儒事件。
後世統稱這兩件事情為焚書坑儒。秦始皇本想統一全國百姓的思想和言行，遏制舊思想的復興，但焚書坑儒帶來了極大的惡劣後果：首先是秦朝以前的珍貴書籍許多被銷毀，給中國文化造成巨大損失，還讓春秋之後蓬勃發展的思想運動遭到了致命打擊，很多學派也因此消失。