王莽新朝末年，全國戰亂，硝煙四起。當時的衛將軍王林是王莽的堂弟，為了幫助哥哥鞏固政權，王林開始在全國招募驍勇善戰的人才。扶風茂陵（今陝西興平東北）有兩個人被王林選拔出來，他們是馬援和原涉。馬援的祖先是戰國時期的趙國大將軍趙奢，趙國被秦國滅亡後，趙氏子孫為了躲避秦王的追殺，便以趙奢的名號「馬服君」改姓為馬。
王林把馬援和原涉推薦給王莽，兩人被封為鎮戎大尹（新朝改太守為大尹）和新城（今陝西安康）大尹。新朝滅亡後，馬援和哥哥馬員跑到涼州躲避戰亂。劉秀建立東漢後，馬員去投奔他，得到了官職，馬援則被扣留在西州。
當時的西州被隗囂佔領著，他自封為西州大將軍，並且封馬援為綏德將軍，十分器重馬援。隗囂希望能歸順一個可靠的統治者，剛好公孫述在蜀地自封為帝，馬援和公孫述是同鄉，於是隗囂派馬援去蜀郡打探消息。
馬援到了蜀郡，原以為公孫述會熱烈迎接他，沒想到公孫述當了皇帝後變得趾高氣揚。在見馬援之前，公孫述吩咐士兵在大廳裡一字排開，又對大廳做了許多裝飾，這才把馬援請進來；馬援進來後才行了一個禮，話都沒說幾句，公孫述就讓下人把他安置到外面的旅館裡休息；隨後請來裁縫給馬援做衣服和帽子。等衣服帽子做好後，公孫述便在宗廟裡大擺筵席，帶著文武百官一齊歡迎馬援的到來。為了顯示自己身份高貴，公孫述把歡迎儀式搞得非常隆重，自己也擺出一副高高在上的模樣。席間公孫述說了很多炫耀的話，旁邊的大臣媚笑著附和，馬援只是靜靜地聽著。後來公孫述表示要封馬援為侯爵，還要冊封他為大將軍。這些話讓馬援的隨同十分高興，以為公孫述是一位明君。馬援卻冷冷地和隨從說：「周公吐哺，天下歸心。公孫述驕傲自大，必定不會長久。」
回到西州後，馬援對隗囂說公孫述不是一個能夠依靠的擁有宏圖偉志的皇帝，隗囂便打消了歸附蜀郡的想法。
公元28年，馬援奉隗囂之命去東漢面見光武帝。劉秀高興地說：「早就聽說過先生的大名，今天一見，果然不同凡響。」馬援感到很奇怪，問道：「陛下如何相信我就是馬援呢，如果我是刺客呢？」光武帝說：「先生一看就是為國為民之人，怎麼會是刺客？」從這時起，馬援便打心眼裡認定劉秀是個優秀的皇帝。光武帝劉秀也很賞識馬援，南巡的時候都讓馬援隨侍左右，又封他為待詔，經常向他請教處理國家大事的方法。
馬援準備回西州時，光武帝很捨不得，可又不好挽留，便派太中大夫舉行隆重的歡送儀式相送。回到西州後，馬援把在東漢收集來的情況一一告訴給隗囂，並勸隗囂歸附東漢，隗囂答應了。為了表示誠意，隗囂把自己的兒子隗恂派到洛陽去做人質，馬援也帶著自己的家人來到了洛陽。
可是馬援在洛陽等了很久，也沒等到隗囂的到來。原來隗囂受到了部下王元的挑唆，打算霸佔隴西自立為皇帝，馬援立刻寫了一封信，勸阻隗囂打消念頭。可是隗囂反而認為馬援背叛了自己，竟然公開反對東漢。馬援無奈之下只好給光武帝上了一份奏章，說自己本是遵照隗囂的指示前來依附漢朝，對光武帝忠心耿耿，願意為東漢拼盡全力。可如今隗囂被奸人引誘，與漢朝為敵，還遷怒於我，令我十分傷心。如果光武帝不嫌棄我，就讓我留在東漢吧。光武帝被馬援的誠心感動，就把他留在了洛陽，後來光武帝同隗囂作戰，都是馬援在出謀劃策。隗囂打不過東漢的軍隊，乾脆跑到蜀郡和公孫述合作，共同對抗漢朝。
公元32年，隗囂進攻略陽，城中守將拚死抵抗。劉秀率領眾軍前去增援，將士們認為應該在遠處紮營，否則離得太近會有危險。恰好馬援也帶軍趕來，劉秀急忙問他有什麼好辦法。馬援把當時的情況分析一通後，果斷決定在第二天早上圍攻略陽城外的隗囂軍隊，打他們一個措手不及。果然，隗囂的軍隊在漢軍的猛烈進攻下四處逃散，隗囂趁機跑出包圍圈。這次交戰給他帶來巨大損失，隗囂的勢力再也沒能恢復過來。
公元33年，馬援被封為太中大夫，帶領將士們收復了涼州，眾人遂推舉他為涼州地方官。
公元35年，馬援擔任隴西太守。這一年夏天，羌族侵犯中原，馬援率領三千騎兵迎戰，俘虜了八千多敵人，追回了被羌族人搶走的糧食和牲畜。但他自己也受了傷，漢光武帝賞賜了很多財物給他，還寫了一封詔書表彰他的功績。
公元36年，光武帝率軍進攻蜀郡，公孫述在戰爭中受了重傷，不久就死去了，蜀地終於歸入東漢管理之中。長久的分裂戰亂終於得以平息。
馬援在光武帝一統中原的過程中做出了很大的貢獻，不過他沒有因為自己功績顯著而驕傲自大，對待下屬和奴僕永遠是恭謙和睦的樣子，還鼓勵下屬官員監督自己的工作。因此馬援在朝中的人緣很好，名望也高，加上他足智多謀，自然得到了光武的賞識和重用。
公元41年，交趾郡發生叛亂，馬援向皇帝請命要求出征。公元43年，交趾亂軍被馬援斬殺大半，還俘虜了很多士兵，首領也被馬援殺死。消息傳到了洛陽，光武帝冊封馬援為新息侯，賞賜了大批財物，還散發了很多錢財給士兵。等到馬援帶領大軍勝利回朝後，光武帝又賞給他一輛製作考究，用來應戰的馬車。
公元47年，武陵（今湖南常德西）有一個名叫五溪蠻的部落起兵攻打東漢。當時馬援已經六十多歲高齡了，光武帝便打算找別人帶兵出征，沒想到馬援得知消息後，穿著全身鎧甲，急匆匆跑到大殿，站在皇帝面前說：「老臣還有能力帶兵打仗，男兒志在四方，就請皇帝准許我為國家做出最後一份貢獻吧。」馬援全副武裝的樣子看不出一點年老力衰的跡象，光武帝再一次佩服他，就答應了他的請求。
馬援不負眾望，成功凱旋，可是他自己卻在路途中患了一場大病，沒多久就去世了。
東漢的開國功臣，馬援可以算得上其中一位，他的大半生都是在戰爭中度過，一腔熱血為國家，值得後世人們學習和敬仰。馬援進入東漢朝廷時，全憑自己個人的能力，他沒有找人推薦自己，也不屑於阿諛奉承，靠著實力一步步爬上高高的位置；即使位列高官，依然是一副平易近人的模樣，實屬難得。