明朝初年，與中國一衣帶水的日本進入封建割據的南北朝時期，諸侯為了爭權奪利而戰。一些戰敗的封建主一改往日與中國的友好交往，組織一些武士、商人和浪人在中國沿海地區燒殺搶掠，這些人被稱為「倭寇」。倭寇之患萌芽於元順帝時期，元順帝至元二年（1336年），曾經協助日本後醍醐天皇平定叛亂的足利尊氏廢黜了後醍醐天皇，另立新君，自任征夷大將軍，並在京都設立了幕府。後醍醐天皇南逃，在吉野建立了「南朝」，與在京都的「北朝」對立。自此以後，日本就開始了南、北兩個朝廷混戰的局面。他們除了相互征戰之外，還經常支持和勾結海盜騷擾中國沿海地區，掠奪財物，形成了元末明初的倭患。
朱元璋在位時，為了消除倭患，不斷派使者到日本，可惜都毫無結果。洪武二十五年（1392年），北朝統一日本。失敗的南朝諸侯失去了依托，於是盤踞海島，不時侵擾中國沿海，甚至挖墳掘墓，使得從遼東、山東到廣東的漫長海岸線上的居民深受其害。明朝修築了十多座防禦工事來抵擋倭寇，取得了一些成效。與此同時，統一日本的足利幕府第三代將軍足利義滿也想肅清南朝的殘餘勢力，並通過與明朝進行貿易往來以獲取豐厚的利潤，也開始積極地剿捕倭寇，於是中日兩國又恢復了邦交。成化年間（1465～1487年），足利幕府衰弱，一些沒有權利與明朝進行貿易的守護大名開始進行海盜活動，破壞了中日雙方的正常貿易。到了嘉靖時期，中日官方貿易完全中斷，倭寇又開始在中國沿海地區猖獗起來。他們與一些不顧朝廷「海禁」命令的中國海盜以及官僚狼狽為奸，大肆侵擾閩、浙沿海地區。
嘉靖二十七年（1548年），朱褲受明朝任命，封鎖了福建海面，擊殺了近百名通倭者，侵犯了當地官僚、富豪的利益。這些官僚、富豪指使一些在朝的官僚彈劾朱褲擅殺，導致朱褲被迫自殺。自此以後，倭寇更加猖獗，在中國犯下了滔天的罪行，給中國人民帶來了深重的災難。
倭寇長期為患，激起了中國人民的憤慨，在抗倭鬥爭中湧現出了許多愛國將領，其中以戚繼光為代表。
戚繼光（1528～1588年）字元敬，山東登州（今山東蓬萊）人，嘉靖三十四年（1555年）調到浙江任參將，鎮守寧波、紹興、台州三府，抵禦江浙倭寇的侵略。戚繼光到任之後，發現當地官兵惡習氾濫，根本沒有作戰能力，但是人民卻英勇抗戰，於是出榜招兵，招募到了以義烏農民和礦工為主的三四千名新軍，並更新了戰艦、火器等軍事裝備，然後對新軍將士進行了嚴格的軍事訓練，還教將士們排練鴛鴦陣，以期能夠殺賊保民。
鴛鴦陣是戚繼光在研究了地形、倭寇的武器裝備和作戰特點之後自創而成的。當時，戚繼光注意到江南地區多沼澤，道路又彎曲，兵力不易展開，再加上倭寇善於埋伏且使用的是倭刀等短武器，就自創了著名的鴛鴦陣。鴛鴦陣的一個陣由十一名士兵組成，其中一名士兵是隊長，另外十名士兵每五名排成一個縱隊站在隊長兩邊。隊長負責指揮作戰。排成縱隊的十名士兵持有五種武器：盾牌、標槍、狼筅、長矛、短刀。盾牌兵負責掩護自己和身後的戰友，並首先投擲標槍以發起進攻。狼筅兵站在盾牌兵身後，他們負責掩護盾牌兵。狼筅兵後面是四名長矛兵，他們是隊伍的攻擊主力，看見敵人就用長矛向前刺去。隊伍的最後是兩名短刀手，他們的主要任務是從側翼保護長槍手，防止對手迂迴。這十一名士兵互相配合，組成了五道攻擊線，再加上此陣還可以變換陣型，因此大大地提高了戰鬥力。新軍不僅訓練有素、驍勇善戰，而且紀律嚴明，所以得到了百姓的大力支持，甚至連少數民族都願意為之誓死效命。正因為如此，這支軍隊才能屢立戰功，令倭寇聞風喪膽，被譽為「戚家軍」。
嘉靖四十年（1561年），約有一萬名倭寇突襲浙江台州等地。戚繼光聞訊之後，當即部署兵力抗擊倭寇，並親自率兵前往寧海，與當地居民一起抗擊倭寇。倭寇在戚家軍的攻勢下一觸即潰，只得退到溫州西面的雁門嶺，妄圖借助險要的地勢打敗抗倭軍民。戚家軍乘勝追擊，經過一番激戰之後全殲了雁門嶺的倭寇殘餘。接著，戚繼光又立刻趕往台州救急。戚繼光先命令士兵以火器進攻，接著又親自率領大隊人馬攻入敵陣，鼓舞了士氣，使得士兵們都義無反顧地殺入敵陣，就連倭寇故意扔到地上的金銀財寶都不能阻擋他們的抗敵決心。戚家軍越戰越勇，很快就殲滅了這股倭寇。此後不久，又有一股倭寇企圖突襲台州。戚繼光敏銳地洞察到敵軍的意圖，派出一支軍隊埋伏在倭寇的必經之地上峰嶺。倭寇被打得傷亡慘重，只有驚慌失措地逃到附近的百姓家裡，隨後被百姓全部消滅。戚繼光在浙江抗倭期間，九戰九捷，清除了浙東一帶的倭寇。當戚家軍凱旋時，台州人民組成了一條二十多里長的長龍，歡慶抗倭英雄勝利歸來。
次年，浙江溫州、廣東南澳一帶的倭寇來到福建，與盤踞在福建境內的倭寇互為聲援，使得福建頻頻告急。戚繼光又率部來到福建，搗毀了倭寇在福建橫嶼（今寧德東北）的巢穴。倭寇一路北逃，逃到了江蘇興化。戚繼光乘勝追擊，斬殺了無數的倭寇，受到了興化人民的熱烈歡迎。此後，戚繼光又班師回到福建，殲滅了在福清登陸的二百名倭寇，與另一名抗倭將領劉顯一起消滅了盤踞在福建境內的倭寇，然後才率部返回浙江。
戚繼光返回浙江之後不久，倭寇又大肆侵擾福建沿海地區，並攻陷了興化府，在城中燒殺、奸婬、掠奪了兩個多月，直到把興化城變成一座空城才離開。接著，這些倭寇經由岐頭攻陷了平海衛（今福建莆田平海），再次威脅福建人民。明朝派遣俞大猷為新任福建總兵，又調來先期援閩的廣東總兵劉顯，命令二人率部與戚繼光一起抗擊閩倭。抗倭將士在福建莆田一帶與倭寇展開激戰，斬殺了二萬多名倭寇。
戚繼光在浙、閩、粵沿海諸地抗擊倭寇長達十餘年，總共經歷了大大小小的戰爭共八十多場，終於解除了東南沿海的倭患。戚繼光去世之後，以戚家軍為種子的浙兵依然是明朝國防力量的主力。
倭寇的侵擾極大地破壞了東南沿海地區的人民生活和社會經濟。倭患平定之後，人民才得以安居樂業，發展生產。在平定倭亂的過程中，明朝的一些官員認識到「海禁」既不能限制私人海上貿易，也不能防止倭寇，反而會迫使沿海居民冒險與倭寇勾結，給國家帶來很大的危害。嘉靖末年，有遠見的官僚紛紛建議朝廷解除「海禁」命令，發展海上貿易。隆慶年間（1567～1572年），朝廷廢除了「海禁」命令，准許對外通商，促進了東南沿海商品經濟的發展。