從1853年5月中旬太平軍自天京出發西征，到1856年4月石達開由江西率軍回援天京，為太平軍西征時期。西征的戰略意圖，在於奪取皖贛，進圖湘鄂，控制安慶、九江、武漢等軍事要地，以屏蔽天京，並解決天京軍民的財糧供應問題。其過程大致可分勝利進軍、被迫退卻、轉敗為勝和乘勝反攻四個階段。
一、勝利進軍
（一）占安慶，圍南昌
1853年5月19日，即北伐軍出發幾天之後，太平天國的領導者又派出春官正丞相胡以晃和夏官副丞相賴漢英，率領戰船千餘艘、步軍二三萬人，由天京溯長江西征。
西征軍首先佔領安徽和州，繼經太平、池州，於6月10日佔領長江北岸重鎮安慶１。此後，胡以晃即坐鎮安慶，指揮西征戰事。賴漢英率檢點曾天養、指揮林啟容以下萬餘人進軍江西，於13日攻佔彭澤，接著連克湖口、南康（今星子）、吳城鎮，前鋒於6月24日直抵南昌城下。
江西巡撫張芾率兵勇六千餘人駐守南昌。太平軍圍城前夕，新任幫辦江南大營軍務、湖北按祭使江忠源自九江率楚勇一千三百人先期趕到南昌２，與張芾共同據城防守，並焚燒城外民房，防止太平軍穴地攻城。
太平軍進抵南昌外圍後，稍事準備，即行攻城，為敵軍炮火所阻。江忠源等多次督軍出城迎戰，並炮轟太平軍船隻，企圖打退太平軍的進攻，均未得逞。7月9日，太平軍用地雷轟塌城牆，隨即衝入缺口。由於江忠源已先督楚勇數百人於缺口處堵擊，未能攻入城內。7月28日，太平軍再次轟塌城牆，發起衝鋒，因遭清軍堵截，且受繞出城外的清軍背後襲擊，攻城又未成功。由於僵持不下，雙方都向南昌增兵，準備進一步展開爭奪戰。
8月初，國宗石祥禎（一作石貞祥）、石鳳魁、韋志俊等率增援部隊萬餘人、船隻近千艘，自天京抵達南昌城外。賴、石等部聯合發起進攻，又未得手，便決定一面圍城，一面進攻外圍各州縣，以孤立南昌清軍。於是由曾天養率領一支部隊，於8月上旬至9月中旬先後攻佔了南昌外圍的豐城、瑞州（今高安）、饒州（今波陽）、樂平、景德鎮等州縣。沿途徵集了不少糧食，用以支援進攻南昌的太平軍和接濟天京。在進佔瑞州時，曾擊潰自湖南來援的訓導江忠淑所部楚勇二千餘人。
8月中下旬，清軍各路援軍亦陸續到達，計有從江南大營派來的雲南兵一千二百人（由總兵音德布率領），從湖南派來的湘勇三千六百人（由知州朱孫詒、訓導羅澤南等率領）。8月28日，清援軍在南昌守軍的配合下，對圍城的太平軍發起反攻。太平軍先則佯敗誘敵，繼則兩翼包抄，將敵擊退。此後，雙方又處於相持狀態。
由於久攻不下，楊秀清決定撤南昌之圍，轉攻皖北和湖北。9月24日，太平軍撤離南昌。
其實，太平軍如能審時度勢，及早採取圍城打援戰法，著重殲滅清軍援兵，不僅可以改變長期頓兵堅城之下的不利態勢，而且可以在不斷殲滅援敵的情況下攻克南昌。根據當時雙方實力對比以及清軍援軍到達時間不一等情況，太平軍是有可能做到這點的。可惜，太平軍南昌前線的指揮者計不及此，只一味強攻堅城，以致鈍兵挫銳，並陷入兩面應敵的被動處境，以致圍城三月，終於被迫撤圍。
（二）取九江，克廬州（參見附圖三）
太平軍自南昌撤圍後，兵分兩路：一路由石祥禎率領，西取湖北；一路由曾天養率領，回安慶併入胡以晃部，進攻皖北。1853年9月25日，天京派石達開率兵五六千人至安慶，主持西征事宜。
石祥禎等所率太平軍約萬餘人於9月29日攻佔九江，留林啟容率部分兵力駐守，大隊繼續西進。署湖廣總督張亮基急令前武昌府同知勞光泰統率炮船前往鄂東田家鎮（今廣濟西北）扼守，並派署按察使唐樹義前往督師。清軍編造巨筏，上置火炮，橫列江面，妄圖阻止太平軍船隻西進。10月8日，太平軍一舉佔領田家鎮對岸的要隘半壁山，為突破清軍江防創造了條件。10月15日黎明，太平軍水陸並舉，猛攻田家鎮清軍，半壁山上的大炮居高臨下地轟擊敵人。守軍近萬人（連同前一日由南昌回援的江忠源部）死傷逃亡幾盡，戰船炮位全部為太平軍所獲。田家鎮既破，入鄂之水陸門戶洞開，於是，太平軍乘勝攻克湖北蘄州、黃州（今黃岡），直趨武漢。當時，新任湖廣總督吳文鎔以武昌「官弁倉皇無計，眾心渙散」１，只得閉城株守。「存城兵千餘名，不敷分佈」２。由於武漢清軍兵力空虛，西征太平軍於10月20日即輕而易舉地第二次攻佔漢口、漢陽。為了集中兵力於安徽戰場，太平軍在漢陽、漢口一帶僅停留了半個月， 11月6日即主動撤離，由石祥禎、韋志俊等率一部兵力留守黃州、蘄州，主力隨即轉向皖北。
西征軍除以部分兵力留守安慶、九江和黃州等地外，集中了一萬餘人，由胡以晃、曾天養率領，向安徽北部進軍。11月14日占桐城，29日占舒城，斬督辦安徽團練、工部侍郎呂賢基，直逼廬州（今合肥市）。廬州當時為安徽臨時省城，太平軍如攻佔該城，不僅可以成為天京的西部屏障，而且可以北出魯豫，西進湖北，南援安慶。廬州城垣周長三十餘里，守城清軍不滿三百，鄉勇不滿五千。由南昌跟蹤太平軍至湖北的新任安徽巡撫江忠源，自漢口經安徽六安，急馳廬州，於12月10日率兵二千七百餘人進入城內。同時，清廷還從河南陳州（今淮陽）、江蘇徐州、安徽定遠等地調兵萬餘增援。江忠源入城後，按照防守南昌的辦法佈置廬州城守，但城內兵力、物資均不及南昌充足，只得寄希望於援兵的到來。
太平軍進抵廬州後，先行圍城。從12月12日開始攻城，連攻數日，均未得手。到12月18日，由東關援廬的清軍壽春鎮總兵玉山等部二千餘人接近廬州。太平軍迎擊於威武門外，陣斬玉山，並殲其所部大半。次日，又擊潰由六安出援的總兵音德布等所部清軍四五千人。從此，清軍其它各部援兵均裹足不前。自陳州出援的陝甘總督舒興阿所部四千餘人，遲至1854年1月4日才進抵廬州西北的岡子集；自徐州出援的新任江南提督和春部一千人，則於1月12日才趕到廬州東北的梁園。但各路援軍均不敢逼近城池，因此，太平軍得以從容部署攻城。太平軍以城外民房為掩護，挖掘地道。江忠源督軍從城內對挖，先後將太平軍攻城地道破壞九處。太平軍雖曾兩次炸塌城牆，但均未能攻入。其後，太平軍改用新法，「於南門月城之旁，另掘數處，形如曲突，又疊為上下層。戒曰：初發時，聞聲不必相應，俾其用力堵之；堵而後發，則無及矣。」１1月14日夜，大霧迷漫，咫尺不辨，上層地雷轟發，毀城牆五六丈，守城清軍連忙搶堵，不久，下層地雷又發，鄉勇爭相下城，投奔太平軍，清軍驚恐大亂。太平軍攻擊部隊乘勢由缺口衝入，守軍紛紛潰退。與此同時，小南門、小東門方向的太平軍也緣梯而上，攻入城內，與清軍展開巷戰。至15日晨，守城清軍全部被殲，知府胡元煒降，廬州城為太平軍佔領。自廣西起一直與太平軍為敵的江忠源投水自殺。清廷予救援不力的舒興阿以革職處分。之後，各路援軍全歸和春統帶。
太平軍攻佔廬州後，沒有乘勝追殲清軍援兵，擴大戰果，僅留胡以晃率近萬人駐守，而將曾天養部調往湖北戰場，急於開闢新區。2月20日，石達開又派國宗石達英等率部由安慶過長江，經東流、建德（今東至東北）佔領祁門。這樣，清軍得以逐漸集結了三萬兵力，對廬州進行長圍久困，使太平軍無法與當地的捻軍結合起來，擴大佔領區，在皖北開創新的局面。這不能不說是西征軍作戰指導上的一次失策。
（三）進軍湖北
1853年底，當西征軍集中主力攻打廬州時，留駐湖北黃州等地的太平軍基本上採取守勢。1854年1月29日，湖廣總督吳文鎔率兵七千進駐黃州以北二十餘里的堵城，並命唐樹義督水師扼守上游，妄圖攻佔黃州。這時，由國宗韋以德、地官副丞相黃再興、春官又副丞相林紹璋、丞相張子朋等率領的水陸大軍已由下游開到，曾天養所率太平軍也已由廬州到達黃州，連同原有守軍，共約四萬人。2月初，正值太平天國天歷新年，黃州城內舉行祝賀活動，吳文鎔以為有機可乘，遂連續三次督兵進攻，但均未得逞。堵城「濱江臨壑，三面皆水，（清軍）大營十一座，排比屯紮，已犯兵家之忌。」１加之連日大雪，清軍鬥志甚低。太平軍派出部隊，繞至清軍大營之後，蔭蔽埋伏，敵人毫無察覺。2月12日，黃州城內太平軍全部出動，從正面猛攻清軍；同時伏兵齊起，縱火焚燒清軍營寨。清軍前後受敵，紛紛潰逃，湖廣總督吳文鎔、總兵德亮、知府蔡潤深等皆被殺。唐樹義見陸路覆滅，急率水師上駛金口（後被太平軍全部殲滅）。
太平軍取得堵城之捷後，便乘勢沿江發動進攻，於2月16日第三次攻佔漢口、漢陽，並進圍武昌。同時，又分兵兩路，向湖南和鄂北進軍。南路軍二萬餘人由石祥禎及林紹璋指揮，直指長沙；北路軍萬餘人由曾天養指揮，進逼荊襄；留下攻武昌者僅萬餘人。
湖廣總督吳文鎔被擊斃後，清廷立即命荊州將軍台湧接任（暫駐德安府——今安陸縣），並以青麟為湖北巡撫，率兵千餘據守武昌。同時，從四川調兵四千東下援鄂，並一再催促兩廣總督速調紅單船１進入長江，以威脅太平軍的長江航道和天京安全。
1854年3月至4月，北路太平軍連下湖北孝感、雲夢、安陸、隨州（今隨縣）、鍾祥。5月2日，攻破荊門，準備由此南下，進圍荊州。荊州城內僅有旗綠兵丁二千人，適有奉調援鄂的雲南兵一部（由游擊王國才等率領）路過該地，新任荊州將軍官文便截留協守。太平軍向荊州進逼時，官文派王國才率兵一千二百人及練勇五百人迎戰。5月9日，雙方戰於龍會橋，太平軍稍退，清軍隨即分三路夾攻。太平軍不支，曾天養等率部轉趨上游，經當陽，於5月18日攻佔宜昌。官文立派副都統貴升等率兵千餘前往，會同宜昌鎮總兵納欽等率部反攻。5月27日，太平軍棄宜昌，接著連下宜都、枝江，擬再攻荊州。6月8日，在離府城數十里處遭王國才等所部清軍堵截，乃南下進入湖南境內，以便與南路太平軍會師。
（四）挺進湖南
南路太平軍水陸並進，挺進湖南，於2月27日占岳州，3月4日占湘陰，7日占靖港，11日占寧鄉。這時，新建的地主武裝湘軍已經組成，太平軍南下，受到了湘軍的阻擊。
1.湘軍的興起
早在1852年，太平軍出廣西，進湘鄂，所向披靡，清廷深感綠營和八旗兵已不足用，便飭令各省舉辦團練，以助「攻剿」。1853年1月21日，因母喪回湖南湘鄉守制的禮部右侍郎曾國藩奉命幫同湖南巡撫張亮基督辦湖南團練。後來，曾國藩認為團練不足恃，決定組建一種新的軍隊，這就是「湘軍」（也稱「湘勇」）。
湘軍大體上仿照明朝戚繼光的營制，以營為基本單位，直接受「大帥」統轄（後增設統領，各統率若干營）。每營編營官一、哨官四、勇丁五百人，另配長夫一百八十人，合計每營六百八十五人。每哨設八隊，火器隊與刀矛隊各半。火器主要有抬槍、鳥槍。全營有劈山炮隊二，直隸於營官。湘軍水師籌組的時間略晚於陸師。水師每營編快蟹船一、長龍船十、舢板船十，共二十一隻，員額為四百四十七人。１每隻長龍船安炮七門，舢板船安炮四門，均為六百斤至千斤的洋炮。各船還配有火槍、刀矛，以備近戰。此外，湘軍還設有營務處和糧台，分別管理全軍的軍務與後勤。
針對綠營兵的流弊，曾國藩在組建湘軍時採取了某些改革措施：一是薪餉較高２，並專配長夫，自帶帳篷，以利於加強訓練和作戰。二是實行募兵制，採用自上而下的辦法，首先選定統領，然後由統領挑選營官，由營官挑選哨弁，由哨弁挑選什長，由什長挑選勇丁，以便相互熟悉和層層控制。勇丁挑選的對象主要是年青力壯的農民。應募者須有人具保，並編造清冊，填寫籍貫、住址和父母、兄弟、妻子姓名。它實際上是把「連坐法」應用於對軍隊的統治。這樣，在伍時可以防止勇丁逃亡，解散時可以各有所歸。此外，曾國藩所選將領除所謂「誠樸」的讀書人外，還從綠營中挑選少數精於武藝的將弁為營官，以便訓練水陸兵丁，教會他們掌握技藝和陣法。曾國藩還強調「嚴刑峻法」，並建立嚴密的稽查制度，以申軍紀，同時，向兵士灌輸「忠勇奮發」、「盡忠報效」、絕對服從官長等思想，鼓勵湘軍士卒大肆屠殺起義人民，為封建統治階級賣命。
至1854年初，曾國藩已練成湘軍陸師十五營、水師十營（擁有戰船二百四十隻、坐船二百三十隻），官弁、勇盯長夫等共一萬七千餘人。這支軍隊實際上是只聽命於曾國藩的私人武裝，它開創了近代軍閥擁兵自重的先例，表明清王朝已經衰朽到難以維護其統一軍權的地步。
2.湘潭、靖港之戰
自西征太平軍進軍皖鄂以來，清廷屢飭曾國藩率湘軍赴援。曾國藩以戰船尚未辦齊、在廣東購置的火炮（千餘門）尚未解到為由，遲不應命。當西征太平軍再次溯江而上，進軍武漢時，清廷又催促曾國藩率湘軍出湖南，迅抵武漢，以阻遏太平軍的攻勢。曾國藩隨即復奏，堅持必俟粵炮解到方可起程，並提出必先掃清湖北江面方可援皖，必力保武昌上遊方可進戰的方略。１
1854年2月25日，曾國藩督率全部湘軍分水陸兩路自衡州起程，到湘潭集結，隨後開赴長沙。3月上旬，陸路湘軍自長沙開赴靖港、喬口，阻截南下的太平軍。由於湘軍陸續北上，太平軍難以抗衡，因而一度放棄岳州等處，自湖南撤回湖北。4月初，太平軍加強兵力之後，由湖北蒲圻方向重新發起進攻，7日再克岳州。曾國藩在湘軍「陸路既已失利，水軍亦無固志」的情況下，不得已「乘風上駛，退保省城」。１太平軍乘勝進至喬口、靖港等地，逼近長沙，並在4月21日、22日於靖港擊敗曾國藩派出的湘軍水師。鑒於長沙防守嚴密，南路太平軍決定由石祥禎率部分兵力扼守靖港，由林紹璋率主力近二萬人由陸路繞經寧鄉，疾趨長沙西南數十里的湘潭，以便南北夾擊，圍攻長沙。22日，林紹璋所率太平軍大敗扼守寧鄉的三營湘軍（共一千八百人），殲其營官三人及勇丁五百餘名。當補用副將塔齊布率湘軍一千三百餘人馳援寧鄉時，太平軍已由間道直赴湘潭，並於24日佔領了湘潭城，對長沙湘軍後路構成嚴重威脅。林紹璋等督飭太平軍於城北趕築木城，防敵進攻，又收民船數百隻，編組水營，控制湘江江面。
4月25日，塔齊布率部趕到湘潭城外，營官江忠淑等率部二千六百名繼至。塔齊布認為，太平軍「每用以守為戰、反客為主之法，若不及時速剿，俟賊營壘既定，攻克為難」２，於是立即對太平軍展開猛攻。太平軍出城迎擊，雙方在湘潭北郊連日激戰。塔齊布令兵勇聞炮即伏，炮止即進，直衝太平軍營壘。面對湘軍的瘋狂進攻，太平軍進行了頑強的抵抗，但由於初到湘潭，紮營未穩，且又孤立無援，漸呈難以抵禦之勢。
27日，曾國藩又派湘軍水師總統、知府褚汝航等率水師五營馳援湘潭，在湘江內與太平軍水營展開激戰。湘軍水師憑借船炮的優勢，往返衝擊。由民船倉卒組建的太平軍水營，難以抵擋湘軍水師的進攻，三天之內被毀大小船數百隻，傷亡逾千人。
由於連日接戰不利，加之太平軍內部新老戰士之間相互埋怨，甚至發生械鬥，林紹璋等決定留兵一部守城，自率大隊向湘江上游轉移。29日，在擊退湘軍的進攻後，立即集中船隻，裝載財物，乘風上駛。次日午間抵達下灄司時，不意為湘軍水師追及，因拒戰失利，便棄船登岸，由陸路折回湘潭。這時，湘軍已在湘潭城外設下伏兵。5月1日，當守城太平軍戰士緣梯而下，準備接應城外太平軍入城時，湘軍伏兵驟起，將出城之太平軍戰士砍死，乘勢奪梯登城，打開城門。大隊湘軍立即衝入，奪佔了湘潭城。自下灄司折回的太平軍見城已失守，只得分道撤退：林紹璋率部北返靖港，另一部經醴陵東走。湘潭之戰，太平軍傷亡和逃散甚眾，損失慘重。
此前，曾國藩得悉湘軍在湘潭水陸初勝，即於4月28日親率水師五營（大小戰船四十隻）、陸勇八百人，由長沙進襲靖港，企圖使太平軍首尾不能相顧。當天中午，南風驟起，水流迅急，湘軍戰船順風闖入靖港，遭太平軍岸上炮火猛烈轟擊，指揮船被擊傷，各般連忙降下風帆，到靖港對岸之銅官渚躲避。太平軍立即出動二百餘隻小划船，對湘軍水師發起攻擊，毀敵船十餘隻。湘軍水勇不支，紛紛棄船上岸。這時，坐鎮白沙洲（距靖港二十里）指揮的曾國藩，急率陸師向靖港方向增援。但湘軍陸勇見水師失利，又見太平軍大批出動，便紛紛後退，曾國藩執劍督戰，也不能遏止。靖港一戰，湘軍水陸皆敗，戰艦損失三分之一，炮械損失四分之一。曾國藩羞憤交加，兩次投水自殺，皆被隨員救起，最後狼狽逃回長沙。
太平軍雖在靖港獲勝，但無法抵償湘潭之戰所遭受的損失。湘潭失利的直接原因，首先是對戰鬥力較強的湘軍尚缺乏瞭解，因而在思想上和軍事上都缺乏與強敵作戰的準備；其次是孤軍冒進，立足未穩，遭敵猛攻，措手不及；再就是臨時編組起來的水營，抵擋不住經過訓練和裝備有洋炮的湘軍水師，以致連連失利，影響了整個作戰。
西征軍自1853年從天京出發，到進軍湘潭，前後不足一年，先後玫佔了安慶、廬州、九江、漢口、漢陽、岳州等重鎮，有效地保障了天京上游的安全和糧食物資的供應，取得了重大勝利。但戰線拉得太長，兵力過於分散，且不懂得鞏固既得陣地，只顧長驅直進，以致既未能有計劃地大量殲滅敵人，驟遇強敵時又不能集中優勢決戰決勝。此後不久，西征軍便被迫由進攻轉入防禦，在湘軍的進攻下，節節後退，幾至不能遏止，對整個西征作戰影響甚大。
湘潭、靖港之戰，湘軍損失也很嚴重。曾國藩承認：水師僅存湘潭五營二千餘人，陸師僅存湘潭與留防平江之勇二千餘人。１因此，急需招募兵員，修造戰船，購置槍械，進行休整補充。太平軍方面，自湘潭戰敗後，不得不於5月4日自靖港等地退守岳州。後由林紹璋率部西向，連克湖南龍陽（今漢壽）、常德、桃源。6月中旬，林部與由湖北南下的曾天養部在常德會師，後乘船越洞庭湖回到岳州，於是西征前線的兵力才得以相對集中。
南路太平軍在湘潭失利後，率軍圍攻武昌的韋志俊等恐湘軍長驅北上，湖北難保，便將分散於鄂北各地的太平軍調回，併力進攻武昌城，而由石祥禎、林紹璋分軍活動於通城、岳州、常德等地，牽制和阻遏湘軍。當時，武昌城內清軍由於被圍日久，餉絀糧盡，巡撫青麟束手無策；總督台湧仍然株守德安府，不敢南下救援；荊州將軍官文則受北路太平軍牽制，無暇東顧。在此情況下，太平軍終於在6月26日攻克武昌，青麟等僥倖突圍，繞道逃往荊州。在攻城戰鬥中，年僅十八歲的太平軍將領陳玉成率五百壯士，奮勇當先，表現非常突出。清廷以武昌失守，將台湧革職，青麟軍前「正法」。
二、被迫退卻
（一）岳州爭奪戰
湘軍經過兩個多月的休整補充後，戰鬥力又得到恢復。1854年7月上旬，曾國藩以二萬之眾，自長沙北上，水陸並進，再次對太平軍發動進攻。水路以水師總統褚汝航等率水師四營二千人進泊岳州南六十里的鹿角，扼岳州太平軍南進之路。陸路以署提督塔齊布所部為中路，增派知州羅澤南、魁聯之湘勇二千人為助，由新牆直趨岳州；以道員胡林翼所部為西路，由常德向北推進；以同知林源恩、江忠淑等部為東路，出平江，取道通城、崇陽，直逼武昌。湘軍以湖南為大後方，其兵員、糧餉的籌集與供應事宜，均由湖南巡撫駱秉章和左宗棠等負責，基本上無後顧之憂。
7月16日，當塔齊布率陸師自新牆向民州前進時，曾天養率部迎戰不利，仍退守岳州。23日，太平軍水師在東洞庭湖君山、雷公湖一帶遭湘軍水師伏擊，損失不少船隻。太平軍水陸連敗，形勢十分不利，遂於25日主動放棄岳州，退守岳州以北二十餘里之城陵磯。
湘軍進佔岳州之後，太平軍決定乘其立營未穩，組織反攻。7月27日，曾天養等督戰船四百隻，在陸路配合下反攻岳州。湘軍分五路迎戰。太平軍水陸皆敗，失戰船七十六隻，炮二百八十餘門，傷亡逾千人，曾天養只得率餘部退守臨湘。7月30日，韋志俊率部自武昌來援，與曾天養、林紹璋等率戰船五六百隻，再次反攻岳州。湘軍水師迎擊於城陵磯。開始勝負未分，後由於湘軍水師營官楊載福率舢板繞至太平軍水師之後，乘風縱火，太平軍戰船被焚百餘隻，傷亡千餘人，不得不撤出戰鬥。
8月8日，曾國藩親率總兵陳輝龍所部廣東水師四百餘人自長沙進抵岳州（道員李孟群所部粵桂水師一千人不久也由長沙開到）。8月9日，陳輝龍督隊進擊太平軍。出發前，曾國藩告以「下游水急，進易退難，如遇南風，不必開仗，且沿江港汊，慮有埋伏，獲勝後仍勿窮追」１。陳輝龍深以為然。及至城陵磯，與太平軍相遇，雙方前鋒開始交戰。此時，南風忽起，湘軍水師船隻順流而下，難以自控。曾天養見此情景，令大隊戰船埋伏於旋湖港，另出小舢板誘戰。湘軍水師中計，陷入重圍，進退兩難。陳輝龍見風勢愈大，急欲收隊，但恐前隊有失，不得不親自趕往救援，由於坐船笨重，激戰中擱淺。太平軍將士蜂擁而上，當即陣斬陳輝龍。湘軍水師總統褚汝航率船救援，也被太平軍擊斃。同時被殲的還有同知夏鑾、游擊沙鎮邦、千總何若澧以下數百人。陳輝龍一營船炮盡失，其餘各營亦損失不少戰船。曾國藩聞報，「傷心隕涕」，哀歎經營多時的船械一天之內損失將半。
8月11日，曾天養率兵三千由城陵磯登岸，準備據險紮營，牽制湘軍北上，不意塔齊布率兵猝至，來勢兇猛。年近花甲的曾天養單槍匹馬衝入敵陣，直奔塔齊布。塔連忙躲閃，僅傷坐騎，而曾天養反為湘軍所傷，落馬犧牲。塔齊布乘勢揮軍衝擊，太平軍因主將陣亡，且戰且走，從水路撤回，傷亡數百人。曾天養驍勇善戰，夙有「虎頭軍」之稱。此次作戰，其勇敢精神誠屬可嘉，但作為一軍主將，脫離部隊，單騎陷陣，則是一種魯莽行為。曾天養陣亡後，太平軍在韋志俊率領下，於城陵磯一帶與敵相持十餘日，接戰五次，敗多勝少，遂於8月25日撤往武漢。
（二）放棄武漢
太平軍撤離城陵磯後，湘軍水陸並進，直指武漢：水師於9月4日占嘉魚，15日進抵武昌西南六十餘里的金口；陸師由塔齊布等率領，9月5日從岳州出發，因沿途受到太平軍阻擊，遲至10月6日才抵達武昌南六十里的紙坊（今武昌縣）。曾國藩於10月2日抵金口，不久，與塔齊布、羅澤南等共同商定了進攻武漢的計劃：先以水師控制江面，隔斷武昌與漢陽之間的聯繫；以陸師塔齊布部四千人由紙坊進攻洪山，羅澤南部三千人由金口進攻武昌花園，副都統魁玉、已革總兵楊昌泗率荊州兵四千三百人進攻漢陽。
太平軍於6月26日克武昌後，由韋以德、石鳳魁、黃再興等率軍約二萬人防守。三個多月來，在外圍修築了大量防禦工事。於花園一帶立大營三座，掘深溝寬二丈，長約三里，溝的內側立木城，實以沙土，中開炮眼，溝外側立木樁，交互連釘，樁外密佈竹籤，環以荊棘。木城之內，又有磚城內壕，安炮百餘門。漢陽的防禦工事也相當堅固。
10月12日，清軍開始總攻。當日，曾國藩督水陸兩軍自金口沿長江三路齊下：李孟群等率水師為中路，其前隊闖過鹽關，直抵鸚鵡洲，出現於太平軍水師之後；當鹽關太平軍戰船回援鸚鵡洲時，湘軍水師後隊又至，對太平軍水師實行前後夾擊，燒燬其戰船三百餘隻。羅澤南部合荊州派來的李光榮部川勇共四千人為右路，進攻花園。他們分路撲向太平軍營壘，縱火焚燒，太平軍不支敗退。魁玉等所率的荊州清軍為左路，進攻漢陽蝦蟆磯，衝進土城，並破鸚鵡洲太平軍營壘。同日，塔齊布部湘軍也進扼武昌城東的洪山。
13日，湘軍水師直下武昌塘角等地，又焚太平軍戰船三百餘隻，前鋒進至青山。羅澤南等部破武昌魚套附近太平軍營壘六座。漢陽方面，魁玉、楊昌泗部毀太平軍晴川閣木柵及大別山（即龜山）木壘。至此，武漢江面無太平軍船隻，城外無太平軍營壘，武漢三鎮暴露在湘軍的直接威脅之下。太平軍守將石鳳魁、黃再興等（當時韋志竣石祥禎、韋以德等已東返天京）匆忙決定放棄武漢，於14日晨開始撤離。撤退過程中，武昌太平軍在城東的洪山遭湘軍塔齊布部截擊，損失千餘人；泊於漢水中的太平軍水師戰船千餘隻，因來不及下駛，被湘軍焚燒殆荊
武漢地處天京上游，南控湘贛，北扼荊襄，它的失守，對西征戰局的影響甚大。武漢失守的主要原因有三：首先，當太平軍在城陵磯阻擊湘軍時，武漢方面一再派出援軍，損失精銳不少，使防守武昌、漢陽的兵力逐漸減少。其次，自曾天養陣亡後，西征戰場前線缺乏適當的統帥人物，負責駐守武昌的國宗石鳳魁，「粗通文墨，不諳軍務」１，協助防守的地官副丞相黃再興，系辦文案出身，同樣不長於軍事，而石達開則一直遠離前線，鞭長莫及，無法進行有效的指揮。再次，西征太平軍自湖南敗退後，士氣大挫，一時失去了與湘軍作戰的信心。在湘軍水師前鋒剛剛佔領金口時，國宗韋以德即托故先回天京；待湘軍水師進至武漢江面並戰敗太平軍水師時，武昌太平軍倉皇撤離，駐防漢陽、漢口的太平軍也隨之棄城而走。此外，曾國藩注意到了沿江作戰的特點，先以優勢的水師從中路突破，取得江面主動權，將兩岸太平軍分隔開來，以便陸路各個擊破，這也是設防堅固的武漢之所以迅速易手的原因之一。
（三） 田家鎮、半壁山防線被突破
湘軍佔領武漢後，聲名大噪。清廷賞曾國藩兵部侍郎銜，辦理軍務。曾國藩於得意之餘，即籌劃大舉東犯，並決定以奪取九江為第一目標。他與新任湖廣總督楊霈商定了一個水陸並進，夾江而下，首先突破太平軍田家鎮、半壁山江防，進而奪佔九江的三路進軍計劃。其兵力部署是：南路由新任湖南提督塔齊布和知府羅澤南分統湘軍兵勇沿長江南岸進攻鄂東大冶、興國（今陽新）；北路由楊霈督陝西提督桂明率綠營兵進攻蘄州、廣濟（今蘄春東南）；中路以水師順江而下，由參將楊載福、同知彭玉麟率部先發，曾國藩與李孟群率後隊繼進。預定三路會師於田家鎮，總兵力約萬餘人。
太平軍方面，楊秀清已於10月15日將湖北軍事委託給燕王秦日綱統理（秦奉命巡查河道，當時已到九江），命其在湖北田家鎮、半壁山一線加緊設防。太平軍在田家鎮至蘄州一段四十里之江岸修築了一些土木城，安置炮位；在田家鎮與南岸半壁山之間橫架鐵鏈二道，兩鏈相距約十餘丈，鐵鏈之下排列小船數十隻，配以槍炮；在半壁山扎大營一座、小營四座，山下挖掘三四丈寬的深溝，內側建立木柵、炮台，外側密釘竹籤、木樁。為了加強該處防禦，楊秀清還專門派人從天京送來一座木簰１，作為江中堡壘。此時，從武漢退回和從下游來援的太平軍總數又達數萬，號稱十萬人。他們設防雖較嚴密，但在作戰指導上卻採取消極防禦的方針。
太平軍浮筏為營圖
1854年10月底至11月初，清軍自武漢分批出發。自武昌起程的南路湘軍分為兩支：一支由塔齊布率領，經武昌縣（今鄂城）趨大冶；一支由羅澤南率領，經金牛鎮趨興國。11月11日，兩支湘軍分別陷大冶、興國。不久，羅澤南部進扎半壁山下，塔齊布部進扎半壁山東南十里之富池鎮。
半壁山孤峰峻峙，俯瞰大江，北麓尤為陡峭，形勢險要，是太平軍重點守備之地。曾國藩認為，「先攻田鎮對岸之半壁山，奪其要隘，則鐵鎖（鏈）一岸無根，當易拔去。」１11月20日起，雙方於半壁山進行了十分激烈的攻防戰，太平軍作戰不利。23日，秦日綱親自督軍二萬，與羅澤南等部湘軍再戰，復大敗，傷亡數千人，餘部退至田家鎮，半壁山隨即失陷。湘軍派百餘人縋崖而下，將橫江鐵鏈砍斷。適國宗韋志竣石鎮侖、韋以德等自蕪湖率援軍趕到，24日配合秦日綱督軍自田家鎮分路渡江，進攻佔據半壁山之敵。鏖戰竟日，太平軍各路俱敗，石鎮侖、韋以德等千餘人陣亡，秦日綱和韋志俊率餘部退回長江北岸。次日，太平軍又將江中鐵鏈鉤聯於南岸半壁山下。
湘軍水師東下時，太平軍檢點陳玉成部將敵前鋒阻截於蘄州。半壁山被湘軍攻陷後，陳玉成於11月29日令水營突圍下駛，於是湘軍水師得以順流而下。12月1日，楊載福與塔齊布等商討進攻田家鎮的計劃，鑒於太平軍江防堅固，確定將戰船分為四隊：一隊專管斬斷鐵鏈；二隊專管攻擊太平軍炮船；三隊待鐵鏈破除後直趨下游，焚燒太平軍船隻；四隊守衛老營，防太平軍襲擊。12月2日，湘軍戰船出動，塔齊布督同羅澤南等率陸師六千人，排列南岸，以助水師聲威。湘軍水師傍南岸急槳而下，直至鐵鏈之前，「以洪爐大斧，且熔且椎，須臾鎖斷」１。當太平軍炮船前往救護時，湘軍水師第二隊隨即上前發炮轟擊，毀太平軍炮船二艘。待湘軍水師第一隊將江中鐵鏈破壞後，其第三隊舢板船飛槳下駛，太平軍水師陣勢遂亂，紛紛敗退。湘軍舢板船疾駛武穴（今廣濟）、龍坪一帶，從下游縱火焚燒太平軍戰船。時值東南風大作，太平軍上游之船無法下撤，被燒燬不少。12月3日，秦日綱、韋志俊等自焚田家鎮營壘，率部東退黃梅。至此，太平軍苦心經營的田家鎮、半壁山江防被湘軍徹底突破。
太平軍從湘潭作戰失利到田家鎮、半壁山防線被突破，以水師的損失最為慘重，前後有近萬艘船隻被敵軍焚燬、擊沉，從而使湘軍水師得以在天京上游江面橫行無忌。這不僅直接影響了西征戰場上的陸路作戰，而且使天京受到愈來愈大的威脅。
三、轉敗為勝
（一）九江之戰
湘軍攻佔田家鎮、半壁山後，水師前鋒在彭玉麟率領下於12月8日進至九江江面。這時，太平軍主力大部集中於長江北岸，清軍僅憑魁玉、桂明的部隊無法取勝，曾國藩乃命南路之塔齊布、羅澤南所部湘軍於12月9日渡江。曾國藩亦於次日抵田家鎮，指揮北岸的作戰。當日，太平軍冬官正丞相羅大綱也由江西饒州率軍近萬人渡江至九江對岸之小池口，支援秦日綱等部，抗擊清軍的進攻。12月20日至31日，太平軍先後與敵軍戰於鄂東雙城驛、黃梅、濯港、孔壟驛，接連失利，只得退入安徽境內。
1855年1月2日，羅大綱率部渡江，退守湖口。這時，石達開已帶領胡以晃等自安慶抵湖口，曾國藩也由田家鎮進抵九江城外。雙方主帥俱臨贛北前線，戰事逐漸由江北移向江南。
湖口位於鄱陽湖入長江口之東岸，依山傍水，形勢險要。湖口之西對岸為梅家洲，再西五十里，即為古城九江。石達開等鑒於湘軍氣勢正盛，水師更佔優勢，便決定扼守要點，伺機退敵。具體部署是：石達開坐鎮湖口；林啟容仍率部守九江；羅大綱率部守梅家洲。
為了集中力量進攻九江，湘軍加緊從江北向南岸轉移兵力。1月6日，塔齊布部從上游琵琶亭渡江，次日移駐九江南門外。8日，新任湖北按察使胡林翼也率黔勇二千趕到，分扎要隘。9日，羅澤南部從下游白水港渡江。曾國藩又調副將王國才所部三千餘人為預備隊。這樣，圍攻九江的清軍總兵力達到一萬五千人。
九江北枕長江，東北有老鸛塘、白水港，西南有甘棠湖，西有龍開河，湖汊縱橫，東南多山，地勢險要，易守難攻。太平軍守將林啟容督軍於四周嚴密設防，東南尤為堅固。1月14日，塔齊布、胡林翼率部進攻西門，三戰皆敗，死傷甚眾。18日，清軍發起全面進攻，塔齊布部攻西門，胡林翼部攻南門，羅澤南部攻東門，王國才率兵七百由長江水路登岸攻九華門。太平軍沉著應戰，待塔齊布部進抵城西時，「眾炮齊放，子若飛蝗」。敵人冒死進攻，「奈地險而路曲，難以仰攻」，終未得逞。進攻其它各門之敵，也「因城上槍炮木石交施，屢次搶登，不能得手」。１於是，曾國藩輕取九江的計劃宣告失敗。
曾國藩攻九江不下，改勸捨堅而攻瑕」的方針，留塔齊布等部繼續圍攻九江，派胡林翼、羅澤南等率部進駐梅家洲南八里之盔山（今灰山），企圖先取梅家洲，佔領九江外圍要點。太平軍守將羅大綱在這裡「立木城二座，高與城等，炮眼三層，周圍密排；營外木樁、竹籤廣佈十餘丈，較之武昌、田鎮更為嚴密；掘壕數重，內安地雷，上用大木，橫斜搭架，釘鐵蒺藜其上。」２1月23日，清軍分路向梅家洲發起進攻。太平軍憑借工事奮勇抗擊，斃敵數百人，擊退了清軍的進攻。
（二）湖口大捷
由於清軍進攻九江和梅家洲均未得逞，曾國藩等決定改攻湖口，企圖憑借水師優勢，先擊破鄱陽湖內太平軍水營，切斷外援，爾後再攻九江。
1855年1月3日，當湘軍陸師尚未南渡之際，李孟群、彭玉麟即率湘軍水師進抵湖口，分泊鄱陽湖口內外江面。羅大綱鑒於湘軍水師佔優勢，難以力勝，決定採用疲敵戰法。1月8日夜，「用小船百餘號，或二三隻一聯，或五隻一聯，堆積柴草，實以硝藥，灌以膏油，分十餘起，縱火下放，炮船隨之。兩岸出隊千餘人，呼聲鼎沸，兼放火箭火球」，對湘軍水師實施火攻。由於湘軍預有準備，未能取得多大戰果。此後，太平軍常以類似戰法襲擾和疲憊敵人，使其「徹夜戒嚴，不敢安枕」。１太平軍還在鄱陽湖口江面設置木簰數座，四周環以木城，中立望樓。木簰上安設炮位，與兩岸守軍相犄角，嚴密封鎖湖口，多次擊退湘軍水師的進犯。２1月23日，湘軍水師乘陸師進攻梅家洲之機，擊壞太平軍設於鄱陽湖口的木簰。石達開、羅大綱等將計就計，令部下用大船載以沙石，鑿沉水中，堵塞航道，僅在靠西岸處留一隘口，攔以篾纜。1月29日，湘軍水師營官蕭捷三等企圖肅清鄱陽湖內太平軍戰船，貿然率舢板等輕舟一百二十餘隻，載兵二千，衝入湖內，直至大姑塘以上。待其回駛湖口時，太平軍已用船隻搭起浮橋二道，連結壘卡，阻斷出路。湘軍水師遂被分割為二：百餘「輕捷之船」，二千「精健之卒」，陷於鄱陽湖內；留於長江內者，「多笨重船隻，運棹不靈，如鳥去翼，如蟲去足」，致使曾國藩「實覺無以自立」。３太平軍乘此有利時機，即於當晚以小船數十隻，圍攻泊於長江內的湘軍大船，並派一支小划船隊，插入湘軍水師大營，焚燒敵船。岸上太平軍數千人也施放火箭噴筒，配合進攻。湘軍大船因無小船護衛，難以抵禦，結果被毀數十隻，其餘敗退九江附近江面。
在湖口大捷的同一天，江北秦日綱、韋志竣陳玉成所部太平軍自安徽宿松西進，擊敗清軍參將劉富成部，佔領黃梅。2月2日，羅大綱派部進佔九江對岸之小池口。曾國藩以「水師既陷於內河，陸軍復挫於小池口」，遂調胡林翼、羅澤南二部由湖口回攻九江，駐於南岸官牌夾。為了給湘軍水師以進一步的打擊，羅大綱乘勢於2月11日率大隊渡江前往小池口。當夜三更，林啟容自九江、羅大綱自小池口以輕舟百餘隻，再次襲擊泊於江中的湘軍水師，「火彈噴筒，百枝齊放」，焚燬大量敵船（其餘敵船紛紛逃至武穴以上），並繳獲曾國藩的坐船。曾國藩事先乘小船逃走，後入羅澤南陸營，復欲尋死，被羅澤南等勸止。
太平軍取得湖口之戰的勝利，打破了曾國藩奪取九江、直逼金陵的狂妄企圖，開始扭轉了西征戰場上的被動態勢，從而成為西征作戰的又一轉折點。西征軍自湘潭戰敗後，棄岳州，失武漢，節節退卻，直至九江、湖口，形勢十分不利。但另一方面，由於清軍的進攻，太平軍被迫縮短了戰線，集中了兵力，加強了指揮，消除了戰線過長、兵力分散的弱點。湘軍雖然節節勝利，卻預伏著種種危機：由於擄獲甚多，「飽則思颺」；由於屢勝，驕傲輕敵；由於長驅直進，離後方供應基地越來越遠，運輸補給日益困難。正是在這種情況下，石達開等堅守要點以疲憊敵人，並利用有利地形，抓住有利時機，機智果斷地分割湘軍水師，進而立即主動出擊，取得了重創湘軍水師的重大勝利，使整個西征戰場的形勢為之一變。
四、乘勝反攻
（一）再克武昌
西征太平軍取得湖口大捷之後，石達開、胡以晃等決定乘勝發起反攻。
2月16日，秦日綱、陳玉成等乘清軍後路空虛，率部西進，擊潰湖廣總督楊霈所部清軍萬餘人於廣濟。接著，連占蘄州、黃州，於23日第四次佔領漢陽，楊霈逃往安陸。韋志俊率部自田家鎮渡江，25日進佔興國，不久又進佔通山、崇陽、咸寧，與秦日綱部會攻武昌。3月下旬，羅大綱率部復占江西饒州府，不久又回安慶，與皖南太平軍范汝傑部會合，進佔徽州府（今歙縣）等地。
湘軍水師自遭太平軍打擊之後，又於2月20日遭暴風襲擊，沉船二十二隻，毀壞二十一隻，曾國藩令其餘七十餘隻全數撤往武漢，「名為速剿上犯之賊，實則修整已壞之船」１。這時，曾國藩的湘軍已被分割於五處：水師之一部開赴武漢整修；一部困在鄱陽湖內，由曾國藩坐鎮南昌，親自督造大船，添募水勇，準備配 合江西水師伺機出擊；陸師塔齊布部五千人留駐九江外圍，準備繼續攻城；李元度部三千人留駐湖口外圍；羅澤南部三千人往援贛東。此外，胡林翼部二千餘人和王國才部三千餘人則先後回援武昌。顯然，曾國藩所統清軍由於兵力分散，已被迫由進攻轉入防禦，由主動陷於被動。
從3月21日起，秦日綱、陳玉成部太平軍圍攻武昌。困守武昌的二千清軍由新任湖北巡撫陶恩培督率。武昌被圍後，清軍急抽兵增援。數日內，城外援兵已達萬人。4月3日，秦日綱與韋志俊等督軍猛攻武昌。城內清軍「爭縋城走，外兵亦走」，而「水師固不任城守事」，僅「自保而已」。太平軍直奔城下，「用縋城繩引而上」，佔領武昌城，殺陶恩培等多人（一說陶赴水自殺）。２
1855年4月18日，清廷以胡林翼署理湖北巡撫，以李孟群為湖北按察使。胡林翼統率湖北清軍，「屯金口，倚水師自保」，並「增募二千六百人，合王國才等軍，號六千。」３
太平軍佔領武昌後，陳玉成立即率兵一部進軍鄂北，於4月上旬攻佔安陸（後又失守）和雲夢。5月12日，再次攻克安陸，楊霈退守隨州。17日，西安將軍札拉芬及副都統常亮在清廷一再督促下，率援軍自河南抵隨州。31日，陳玉成率軍往攻，大敗札拉芬等部於隨州東南之五里墩，陣斬札拉芬。楊霈經棗陽逃往襄陽。6月11日，清廷將楊霈革職，湖廣總督由荊州將軍官文接任。14日，又命曾與北伐太平軍作戰的西凌阿為欽差大巨，督辦湖北軍務，並從山東抽調鎮壓北伐太平軍的所謂「得勝之師」四千五百人至湖北，一千五百人至河南，加強這些地區的「堵剿」兵力。
6月10日，署湖北巡撫胡林翼督軍四千餘人分三路反攻武昌，與此同時，王國才率部反攻漢陽，彭玉麟部水師則助攻兩岸。太平軍略有損失，但擊退了敵人的進攻。20日，秦日綱自武昌派太平軍繞襲金口，抄胡林翼部後路，迫使胡部回援。其後，雙方又多次交戰，互有傷亡。9月7日，韋志俊率部自武昌出發，在通城、崇陽等地太平軍的配合下，於9月12日攻佔金口，同時擊敗李孟群部水師，迫使其退守新堤（金口西南）。9月18日，湖北太平軍自漢陽分兵八路圍攻胡林翼和王國才部於漢陽西南之奓山。清軍大潰，經大軍山退往新堤。太平軍沒有乘勝追擊，致使胡林翼得以重整旗鼓，捲土重來，實屬失策。
（二）轉戰江西
當西征軍在湖北戰場上捷報頻傳之際，活動於安徽、江西邊境的太平軍范汝傑部，於1855年4月中旬連占安徽婺源和江西弋陽，後又連克江西興安（今橫峰）、上饒、玉山等地。4月14日，湘軍羅澤南部三千餘人自九江經南昌馳援贛東，於5月6日陷弋陽，12日陷上饒，並在這一帶與太平軍周旋，直至7月18日才回駐南昌，後又奉命西援武昌。
10月上旬，羅澤南率湘軍五千人（除羅部外，曾國藩加撥參將彭三元等部一千五百人隨往）由江西義寧州（今修水）進入湖北，於中下旬佔領通城、崇陽，直逼武昌。當時，秦日綱已奉命由湖北返回天京；石達開、胡以晃、黃玉昆率領的太平軍二萬餘人正自安慶進援湖北。11月1日，石達開軍在武昌縣之樊口登岸後，經金牛鎮前往咸寧，以阻截羅澤南所率湘軍。4日，石達開親率二萬人大敗羅澤南部於崇陽壕頭堡，彭三元等所部千餘人全軍覆沒。5日，太平軍克復崇陽。羅部退至蒲圻西南之羊樓洞，並與胡林翼派去的援軍取得了聯繫。14日，石達開軍復通城。
當石達開軍進攻崇陽時，韋志俊率軍近二萬人由紙坊進抵蒲圻。石、韋二人約定分路攻取湖南，抄襲湘軍的老巢。但是，石達開不久便改變上述計劃，他見湘軍全力救援武漢，江西兵力空虛，決定採用「圍魏救趙」之策，進軍江西，威脅曾國藩的南昌大營，以調動湘軍，減輕湖北太平軍的壓力。石達開把對付羅澤南部湘軍的任務交給韋志俊（韋部不久即敗退武昌），自率三萬人於11月24日折入江西。
12月9日，石達開軍進佔江西新昌（今宜豐），與從廣東北上的天地會起義武裝周培春、葛耀明等部數萬人會師，聲勢更壯。接著，分兵連佔上高、瑞州、新喻（今新余）、峽江、樟樹鎮（今清江）等地，威逼南昌。坐鎮南昌的曾國藩，因石達開部逼近，於12月下旬急調圍攻九江的周鳳山部湘軍（塔齊佈於8月30日暴病而死，由副將周鳳山接統九江外圍湘軍）五千人回援南昌，並調鄱陽湖內水師防守贛江。於是，被敵人圍困幾近兩年的九江得以解圍。
鑒於南昌敵軍兵力增強，石達開所率各部繼續進攻南昌周圍各府縣，先後佔領新淦（今新干）、奉新、分宜、宜春、吉水、永豐等地，以切斷南昌清軍與外圍的聯繫，斷絕其後方供應。
1856年（咸豐六年）1月11日，湘軍周鳳山部攻佔樟樹鎮。2月9日，由武漢經衡州潛行至江西星子的道員彭玉麟也率內湖水師趕到樟樹鎮。22日，湖南巡撫駱秉章派補用知府劉長佑、同知蕭啟江分別率部自醴陵、瀏陽增援江西，3月18日占萍鄉，準備繼續東進。「樟樹鎮者，西近瑞（州）、臨（江），東接撫（州）、建（昌），（贛江）兩岸之關鍵，省城（南昌）之咽喉」。因此，曾國藩「用全力扼守樟樹鎮，以保東岸，以衛省垣」。１有鑒於此，石達開集中兵力，從3月22日起，向樟樹鎮發起攻擊。24日，太平軍四路圍攻，盡破周鳳山所部湘軍營壘，殺敵千餘。周鳳山率殘部逃奔南昌。曾國藩驚恐萬狀，再次奏請調回羅澤南所部湘軍，力言「羅澤南在鄂，一時尚難得手」，「與其頓兵堅城，攻遙遙無期之湖北，又不如移師腹地，救岌岌將殆之江西。武漢兩岸，三萬餘人，即無羅澤南一軍，亦尚足敷防剿；江省西南與湖南、廣東接壤，若不迅速殄除，實系三省無窮之患」。２
石達開率軍由湖北轉戰江西，先後攻佔數十座城鎮，使西征戰場上出現了一派大好形勢。但是，正當南昌指日可下，曾國藩「呼救無從」、「魂夢屢驚」之際，洪秀全、楊秀清等從西征戰場大量抽調太平軍回救天京。4月，石達開率部二三萬人經江西安仁（今余江東北）、萬年（今萬年西）、樂平出江西境，取道皖南，回援天京。太平軍江西軍務由衛天侯黃玉昆主持（後由韋昌輝接替）。此後，江西太平軍基本上停止了進攻，從而給了困處南昌的曾國藩以絕路逢生的機會。太平軍的西征作戰，至此也就告一段落。
太平軍歷時三年的西征，經過浴血奮戰，終於佔領和保住了天京上游的安慶、九江、武漢三個重鎮，以及安徽、江西、湖北的部分地區。這不僅在軍事上使天京有了可靠的屏障，而且在經濟上保證了天京的糧食供應，為爾後堅持更艱苦的鬥爭創造了一定的條件。
西征作戰之所以出現由勝到敗和轉敗為勝的曲折過程，既有其客觀原因，也與雙方前線將領的作戰指導密切關聯。西征之初，太平軍連戰皆捷，便產生了輕敵速勝思想。武昌未下，即急於分兵，北攻荊襄，南下湘岳，將僅有的三四萬軍隊，分向三處作戰，結果南路軍在湘潭驟遇強敵受挫，被迫節節後退，整個戰局為之變壞。直至湖口之戰，太平軍集中了兵力，加強了指揮，並利用了湘軍指揮上的錯誤，才得以轉敗為勝。
太平軍在西征作戰指導方面所產生的一些失誤，自然與太平天國的領導者在定都金陵之後所作出的戰略決策有關。僅以數萬兵力，就想一舉奪取皖、贛、湘、鄂四省，明顯地存在著戰略目標過大與兵力不足的矛盾。在輕敵思想支配下，必然產生分兵冒進的錯誤。而西征總指揮部又設在安慶，遠離前線，不能及時準確地瞭解情況，實施正確有力的指揮，使多路分兵的後果更為嚴重；加之某些前敵將領缺乏獨當一面的指揮才能，因而自湘潭戰敗後，便節節敗退，幾至不可收拾。轉入反攻後，仍未克服多路分兵的缺點，雖然在湖北、江西戰場上取得了不少勝利，但擊潰敵人多，殲滅敵人少。由於以上種種失誤，以致未能給尚處於初建階段的湘軍以徹底殲滅的打擊，終於使這支凶狠的地主武裝得以不斷發展，成為爾後致太平軍以死命的勁敵。