1853年5月以後，太平軍的精銳部隊分別調往北伐、西征戰場，天京附近兵力大為減弱，以致經常受到江北、江南大營清軍的威脅。1854年7月，清廷從廣東所調的五十隻紅單船陸續駛抵鎮江一帶江面，太平軍的「龜船」１和部分營壘相繼被其擊毀，對天京的水上運輸威脅甚大。1855年，形勢更趨嚴重。繼北伐軍於當年5月全軍覆沒之後，天京西翼重鎮太平府和蕪湖又於7月被清軍攻佔。11月，皖北重鎮廬州失陷，天京的東方屏障鎮江及其對岸的瓜洲，也屢遭清軍進攻，使天京受到日益嚴重的威脅。好在自1855年初起，西征戰場轉敗為勝，太平軍又重新奪回了武漢以及湖北、江西部分地區，湘軍陷入了兵分數處，被動挨打的局面。這就使天京當局有可能從西征前線抽調大軍東援，摧毀江北、江南大營，改善天京處境。
太平軍擊破江北、江南大營之戰，歷時四月有餘。整個作戰過程大致分為打通天京與鎮江的聯繫、攻破江北大營、擊敗鎮江外圍之敵、攻破江南大營四個階段。
一、打通天京與鎮江的聯繫
清軍於1853年5月就開始圍攻金陵下游的咽喉要地鎮江。1855年4月，江蘇巡撫吉爾杭阿在鎮壓了上海小刀會起義之後，率清軍七八千人到達鎮江外圍，加緊對鎮江的圍攻。鎮江城內米糧、火藥漸感缺乏，形勢十分嚴重。所以，太平軍調兵回援後，首先東援鎮江。
鎮江城內有太平軍約萬人，守將為檢點吳如孝。太平軍東援時，由吉爾杭阿統領的鎮江外圍清軍兵力已增至萬餘人，分別駐紮於城西南之九華山和城東之京峴山一帶，另由提督余萬清率兵一部駐於下蜀街，總兵虎嵩林率兵一部駐於高資，準備阻截由天京東援的太平軍。
1856年初，冬官正丞相陳玉成，地官副丞相李秀成等奉命自皖西率部返回天京。2月1日，秦日綱、陳玉成、李秀成等率太平軍數萬人自天京分兩路東進：一由天京東北的觀音門沿江至棲霞一帶，直趨鎮江；一由神策門至紫金山東面的仙鶴門，以為掩護。清軍一面在仙鶴門一帶迎戰，一面由鎮江方面派兵防堵。雙方連日接戰，不分勝負，後相持於龍潭、下蜀之間。鎮江守將吳如孝得知天京派兵東援，曾多次派兵出城接應，均被清軍堵回。
為了打破僵局，秦日綱等商定由陳玉成率少數精兵於夜間乘小船順長江「捨死直衝到鎮江」，「與吳如孝計及抽軍由內打出」１，以便東西兩面夾攻清軍。4月1日晨，秦日綱等率大軍由倉頭一帶向東直進，清軍迎戰。至午間，戰鬥正酣，先一日抄小路迂迴至下蜀清軍後路的李秀成所率三千人突然發起攻擊。清軍腹背受敵，陣勢大亂。這時，陳玉成、吳如孝也率鎮江守軍趕到，兩支太平軍勝利會師。次日，太平軍又大敗吉爾杭阿等部清軍，連破敵營十六座，直抵鎮江，屯紮於金山、金雞嶺、九華山腳，與九華山的吉爾杭阿大營對峙。
太平軍會師鎮江後，連夜調集船隻，載大部軍隊由金山渡江至瓜洲，另留夏官又正丞相周勝坤一軍扼守倉頭後路。
二、攻破江北大營
1853年底，太平軍為籌組北伐援軍而放棄揚州之後，瓜洲一帶仍由賴漢英等率兵一部駐守。由於這一帶地勢平坦，駐該處的太平軍全恃木城、深壕，引水環繞防守，多次擊退江北大營清軍的進攻。1854年秋，琦善病死於揚州軍中，清廷以江寧將軍托明阿繼任欽差大臣，而以陳金綬、雷以諴幫辦軍務。清軍為防止瓜洲太平軍北進，西自儀征的新城，東至運河邊的施家橋，築長牆一道。後為了進攻瓜洲，又在長牆以南，從八里鋪向東西兩側延伸，加築土牆一道，綿亙四十餘里。土牆築成後，江北大營也前移至八里鋪，並沿土牆修築營盤和炮台各二十餘座。
1856年4月2日，吉爾杭阿派人向江北大營通報了太平軍將渡江北上的情報，但未引起托明阿等的重視。當晚，秦日綱、陳玉成、李秀成等率大軍渡江，到達瓜洲。4月3日拂曉，太平軍對土橋發起猛烈進攻，清軍大敗。秦日綱等督軍乘勝猛進，連破虹橋、樸樹灣等清軍營盤。敵人望風披靡，爭相逃命，潰散大半，炮械旗帳盡棄，托明阿等逃奔三汊河。太平軍一鼓作氣，次日又大敗三汊河之敵，連破敵營一百二十餘座。清軍餘部千餘人退守秦家樓、蔣王廟一帶。托明阿僅帶數十騎連夜逃往揚州東北的邵伯鎮。5日，太平軍乘揚州城防空虛，兵不血刃地再克揚州。至此，經營了三年之久的江北大營被太平軍一舉摧毀，萬餘清軍作鳥獸散。
秦日綱等率軍北攻揚州，主要目的在於徵集糧食，以濟鎮江、瓜洲守軍的急需。因此，在攻破江北大營並完成糧食徵集任務後，為了回軍天京進攻江南大營，隨即率部南返，僅留少數兵力駐守揚州，致使這個江北米糧集聚要地又於4月17日被清軍江南大營所派援兵及江北大營的敗兵再佔。
秦日綱等本欲率軍自瓜洲南渡，因得悉據守倉頭的周勝坤部被清軍所敗，由南岸返回天京之路已被切斷，乃於4月14日率兵自揚州西進，前隊於16日攻佔浦口，準備由此渡江南返。但就在當天，欽差大臣向榮派總兵張國梁率兵勇二千四百名由南岸棲霞附近之石埠橋渡江，配合北岸清軍於4月22日攻陷浦口，27日又進佔江浦，致使太平軍由浦口南渡之路被阻。秦日綱等只得於28日折而東返，經儀征至三汊河，並在此休整二十餘天，於5月27日由瓜洲渡江，屯駐金山。於是，大江以北仍僅有瓜洲一地為太平軍所據守。
清廷因揚州之敗，將托明阿等革職查辦，任命副都統德興阿為欽差大臣，統率江北諸軍。
三、擊敗鎮江外圍之敵
秦日綱等率太平軍南渡之後，5月29日攻佔黃泥洲，並乘勝猛攻高資清營，擬打通回京之路。吉爾杭阿聞警，自九華山大營率隊往援。6月1日，太平軍大敗高資清軍，並擊斃吉爾杭阿（一說吉自殺）。3日，太平軍圍攻九華山，清軍見主帥已死，不戰自潰，三十餘座營盤全部瓦解，提督余萬清負傷後逃往京峴山大營。6日夜，太平軍從地道攻入京峴山清軍西營，守敵早已潰逃。次日，太平軍繼續進攻東營。由於鎮江告急，向榮派署江寧將軍福興和總兵張國梁率馬步兵三千人自龍潭出發，經上塘、河陽繞至鎮江以東的丹徒鎮，於6月10日向圍攻京峴山的太平軍進攻。秦日綱等見防守龍潭的清軍主力已前來鎮江，不積極打擊授兵，反而盡棄九華山營壘，於13日經高資、下蜀、龍潭返抵天京東北的燕子磯、觀音門，給鎮江的防禦帶來了不利影響。
四、摧毀江南大營（參見附圖四）
當秦日綱等率軍東援鎮江之際，石達開率領的二三萬太平軍於5月2日佔領安徽寧國府（今宣城），11日克蕪湖， 18日進攻秣陵關。向榮見江南大營受到威脅，急忙派總兵張國梁率部前往阻截。
這時的形勢對太平軍十分有利。江南大營原有兵力二三萬人，由於太平軍東援鎮江和進攻江北大營時向榮已從江南大營抽兵往援，石達開部取道皖南回京時，向榮又分調清軍數千進行防堵，因而其部隊被迫分佈於孝陵衛、鎮江、廣德、溧水、寧國等寬廣的地區，各處兵力都很薄弱。向榮在奏折中訴苦說：「臣軍精銳，盡已調出，存營不滿五千，除去疲病守營，出隊僅一千餘人……。」１向榮為了要求迅即增兵，難免誇大其詞，但江南大營兵力空虛，確是實情。
為了調動敵人，石達開採取聲東擊西的戰法，令其南路部隊於6月13日攻佔溧水。「溧水咫尺東壩，接連溧陽，均系入蘇常要道」50000061_0151_1２。而屏蔽蘇、常，是江南大營的主要任務之一，太平軍攻佔溧水，向榮認為「大局攸關」，立即調兵遣將：令江長貴部一千四百人由句容前往堵截，「先遏內犯之路」；令明安泰部「星夜拔隊，由湖熟趕往援剿」；並由大營抽調親軍千名、義勇五百名「先往助仗」，隨後又令得力干將張國梁選帶精兵，「馳往統領督剿」，「迅圖克復」。３這樣一來，天京附近的清軍兵力更形空虛。
秦日綱等率軍回抵燕子磯、觀音門後，本欲進入天京，但東王楊秀清見清軍江南大營已危如累卵，嚴令他們必須攻破孝陵衛江南大營後方准入城。陳玉成、李秀成等進京當面向楊秀清申述：「向營久紮營堅，不能速戰進攻。」楊秀清厲聲說：「不奉令者斬！」於是陳玉成等「不敢再求，即而行戰」。１
太平軍選定孝陵衛東北的仙鶴門為主攻方向，西北的龍脖子（地保城）為助攻方向。6月17日，秦日綱、陳玉成、李秀成等率部自燕子磯移營仙鶴門。天京太平軍一隊數千人越過龍脖子，另一隊七八千人自神策門、太平門出城，佔據大小水關及馮家邊一帶，離仙鶴門數里築壘，與秦日綱軍相呼應。向榮派總兵王浚統帶馬步兵二千人前往仙鶴門防堵。18日，雙方接戰，未分勝負。當天，另一隊太平軍三四千人自龍脖子衝出，搖旗吶喊，牽制和吸引清軍注意力。同日，石達開軍北支隊也趕到仙鶴門、堯化門一帶，築壘數十處，前鋒抵達紫金山東面的黃馬群，切斷了江南大營赴仙鶴門的必由之路。向榮見大營危在旦夕，急令張國梁抽帶兵勇千餘名由溧水星夜趕回大營，並從丹陽、秣陵關調兵一千三百人回援；同時，嚴令王浚等「加意固守待援」，密令都司馮子材帶廣勇五百名，「多帶火彈，夤夜潛赴黃馬群」，焚燒太平軍新築各壘，以便「與仙鶴門之營通氣」。２
6月19日拂曉，太平軍四五千人直撲仙鶴門敵營，接著又出動數千人分七八隊進行包抄，王浚等部清軍潰退。與此同時，龍脖子方面的太平軍也出動二三千人，排立山腳，向榮不得不從大營抽兵六百前往抵禦。當天，張國梁率兵一千二百名趕至大營，但懾於太平軍的聲勢，不敢應戰，只是連夜在青馬群（黃馬群南）一帶築壘，妄圖阻止太平軍的進攻。
6月20日晨，各路太平軍發起總攻。仙鶴門方向的太平軍多路齊出，將敵營團團圍困；另一路太平軍二三千人翻過紫金山，從後路直插清營。與此同時，天京城內又派數千人出通濟門，直撲七橋甕。向榮親率大營兵勇一千二百名趕赴七橋甕，名為抗擊，實則為逃跑作準備。這時，紫金山上又一支太平軍四五千人由靈谷寺下山，攻破滿洲馬隊營盤，縱火焚燒；同時，洪武（今光華門）、朝陽（今中山門）等門太平軍亦分路出擊，連下清軍營寨二十餘座，進而攻破孝陵衛大營。清軍大潰，死傷副將以下千餘人。向榮、張國梁等連夜敗走淳化鎮，21日又經句容逃往丹陽。至此，威脅天京達三年之久的清軍江南大營也被太平軍徹底摧毀。
摧毀江南大營之後，楊秀清即令秦日綱統軍追擊殘餘清軍，韋昌輝主持江西軍政，石達開前往湖北，解武漢之圍。
秦日綱、陳玉成、李秀成等率部於6月27日占句容，7月3日進抵丹陽城外，與清軍相持月餘。8月9日，向榮恐清廷治罪，自殺於丹陽營中（一說憂鬱而死），欽差大臣由江南提督和春繼任。
太平軍先後攻破江北、江南大營，打破了清軍對鎮江的圍困，拔掉了威脅天京的兩個釘子，大大改善了天京的處境。太平軍這一重要的軍事行動，是集中了各戰場的主力進行的。它雖然取得了相當大的勝利，但從戰爭全局來看，在進攻時機的選擇上並不十分恰當。因為，在西征軍正由節節退卻轉入勝利反攻的時候，驟然將主力抽出，使湖北、江西戰場停止了對敵人的進攻，特別是放過了處於垂敗狀態的曾國藩湘軍，這不能不說是指導上的失策。此外，太平軍在作戰過程中大都是打的擊潰戰，殲滅敵人有生力量不多；特別是在擊潰江北大營和解鎮江之圍的作戰中，都放過了追殲逃敵和攻殲援敵的有利戰機，因而江北大營不久就又恢復，鎮江則仍處於敵軍包圍之中，並於次年年底被清軍攻陷。
自1851年初金田起義到1856年夏季天京解圍，太平天國革命戰爭取得了偉大的勝利，但也遭受了幾次大的挫折。從戰略指導上看，在佔領金陵之前，太平軍基本上是集中兵力向著一個戰略方向實行進攻的，而其所選定的戰略方向，是關係著敵人的要害而又是敵人防禦薄弱的方向，是可以得到廣大群眾支持和易於取得人力物力補充的方向，因而能比較順利地打破清軍的圍追堵截，長驅直進，勢如破竹，取得了一連串的勝利，並迅速壯大了革命隊伍。佔領金陵之後，迅速攻佔鎮江、揚州，切斷北京的糧運孔道，取得拱衛天京的屏障，這一決策也是正確的。但洪、楊等對跟蹤包圍自己的敵軍卻未及時予以殲滅，而聽其建成江南、江北兩座大營；同時，違背集中兵力的原則，分兵北伐與西征，冀圖以有限的兵力，在兩個互不聯繫的戰略方向上同時取勝，以致一支軍隊全軍覆滅，另一支軍隊也遭受很大挫折，使整個戰局陷入被動地位（如果沒有西征軍的湖口之捷，則局勢將會迅速惡化）。這是太平天國領導者在定都金陵之後滋長了驕傲輕敵情緒的結果，也是缺乏通觀和駕馭全局能力的表現。軍事戰略上的這種失策還是可以改正和彌補的，而革命領導集團內部自相殘殺，才是致命的。1856年秋開始的天京內訌，終於導致革命形勢的急轉直下，太平軍從此在戰略上一步步地陷入了被動應付的不利地位。