1903年，英國派兵入侵西藏，遭到當地愛國軍民的無情打擊。以後，英國便加緊採取在西藏統治集團內部尋找代理人的政策。1905年，英國以所謂會見英國皇太子的名義，用武力劫持班禪九世去印度，優禮款待，百般籠絡，企圖以班禪取代達賴，充當英國傀儡，結果遭到班禪的拒絕。此後，英國把注意力轉向拉攏拉薩地方當局。以大貴族夏扎·邊覺多吉為首的一部分封建領主，由於在對英貿易中獲得了許多好處，便越來越傾向英國侵略者，並影響了徘徊於內地的達賴十三世的政治態度。
英軍於1903年發動侵藏戰爭後，主張抗英的達賴於1904年英軍侵佔拉薩前，在沙俄間諜德爾智的慫恿下離開西藏，準備前往俄國，後在外蒙庫倫被清政府阻留。1908年10月，達賴輾轉到達北京。由於他在抗英鬥爭中未能得到駐藏大臣的幫助以及其它原因，對清政府懷有某些不滿情緒。英國駐華公使朱爾典乘機進行拉攏，大肆挑撥西藏地方和清朝中央政府的關係，使達賴的對英態度有所轉變。1909年12月21日，達賴返回拉薩，後在西藏親英分子的影響下，逐漸傾向英帝國主義，疏遠中央政府。
清政府鑒於英軍多次入侵西藏，逐漸意識到加強西藏的治理和防禦帝國主義侵略的緊迫性，於1906年4月命張蔭棠領副都統銜，以駐藏幫辦大臣的身份入藏，「查辦藏事」。張抵拉薩後，參革了在抗英戰爭中嚴重失職的駐藏大臣有泰等十餘名官員，獲得西藏各階層人民的擁護，隨後即著手整頓西藏內政，推行「新政」。1909年（宣統元年）夏，清政府接受駐藏大臣聯豫的建議，派川軍二千人，編為三營，由知府鍾穎統率，從成都出發，取道昌都開赴拉薩。同時，命駐藏大臣兼川滇邊務大臣趙爾豐進駐昌都，屯兵據守，以便策應入藏之川軍。這些，本為中國內政，英國卻公然表示反對，並乘機煽動西藏上層中的親英分子發動叛亂。達賴回藏後，亦下令藏軍阻擊入藏之川軍。
1910年2月初，鍾穎率領川軍在西藏江達（今太昭）擊敗了藏軍的阻攔，於2月12日進駐拉薩。達賴於當夜與少數親英分子離開拉薩，逃往印度。清政府革去達賴的名號，下令通緝隨同叛逃的幾個西藏地方政府高級官員。達賴逃印後，英帝國主義以幫助西藏「獨立」為誘餌，百般拉攏。3月5日，英國政府竟然為川軍入藏和達賴被革一事向中國政府提出「抗議」，粗暴地干涉中國內政。6月，英國又派步兵兩個縱隊及工兵一部（攜炮四門），進駐印藏邊境，並叫嚷「倘若達賴回藏，藏境發生變化」，英軍「則須入藏以當保護之任」，公開對中國進行武力威脅。１
1911年，武昌起義的消息傳到拉薩後，駐藏官員和川軍內部分成維護帝制與贊成共和兩派，內訌不已，並危及藏民生命財產的安全。英帝國主義決定利用這種局勢，實現其分裂西藏之陰謀。英印總督與達賴密談後，隨即派遣親英分子達桑占東（又名擦絨）潛回西藏，策劃武裝叛亂。與此同時，英國還在西藏邊境一帶集結軍隊，以為聲援。西藏部分大農奴主乘機以達賴名義發佈了實際上是脫離祖國的「驅漢」命令，大肆驅殺漢人，並組織以達桑占東為總司令的「民軍」（即藏軍）萬餘人，圍攻拉薩、日喀則、江孜的川軍，且進擾川邊地區。在親英分子的操縱和毒害下，具有反帝愛國傳統的藏軍，竟成了破壞祖國統一的工具。
1912年春，達桑占東調集五千藏軍向江孜進攻。駐守江孜的川軍百餘人，固守依山的造紙廠，並向拉薩求援。由於糧食不濟，援兵不至，該部川軍在英商務專員及尼泊爾駐藏代表的「調停」下，被迫以槍支彈藥換取路費，離開江孜，經印度返回內地。不久，日喀則守軍也被迫放下武器。同年4月，達桑占東又調集大批藏軍圍攻駐拉薩的川軍。鍾穎率千餘人據險防禦，等待援軍。經數月苦戰，傷亡不斷增加，糧食亦將告罄，處境異常危險。藏軍雖人數眾多，但戰鬥力不強，一時也難於攻破川軍防線。後經尼泊爾駐藏官員「調停」，雙方達成協
議：川軍交出武器，由漢、藏、尼三方共同封存，不得擅取；川軍全部退伍，經印度回國；中央政府派出的官員照舊駐藏，並保留一定數量的衛隊。8月中旬，川軍交出毛瑟槍一千五百支、開花炮三門、機槍一挺、子彈八十箱。此時，鍾穎已被北京政府任命為駐藏辦事長官，但西藏親英分子拒不承認，屢次促其起程。鍾穎因未得中央同意，執意不走。雙方遂復開戰。此時，鍾穎所部僅約二百人，糧彈俱缺，處境更加困難。後經尼泊爾駐藏官員再次「調停」，鍾穎及其所部終於被迫離開西藏。
駐拉薩川軍被繳械撤離後，英帝國主義於1912年底武裝護送達賴回到拉薩。達賴周圍的一小撮親英賣國分子，公開策劃西藏「獨立」，並以極其野蠻的手段鎮壓堅持反帝愛國的僧俗人士。英軍亦以「護商」為名，由江孜侵入拉薩。西藏人民和一些愛國上層人士，堅決反對親英分子分裂祖國的罪行，為維護祖國的統一和獨立展開了各種形式的鬥爭，表現出熱愛祖國的堅定決心。