一、北京政府的平亂決策及川滇
兩軍的作戰部署
正當西藏親英分子驅趕駐藏川軍之際，川邊地區的藏族上層分子，由於趙爾豐實行的「改土歸流」政策危及他們的統治，加之受西藏親英分子的指使１，於1912年5月也發動了叛亂，並得到西藏叛亂武裝的直接支持。兩月之內，川邊地區的不少州縣先後落入當地和西藏的叛亂武裝之手。巴塘、昌都被圍，乍丫（今西藏察雅東）、江卡（今西藏芒康東）、鄉城、稻城、理塘相繼失陷，河口（今四川雅江）岌岌可危，川藏交通因之斷絕。滇、川兩督屢請北京政府出兵西征。全國各族人民一致譴責英國勾結西藏親英分子分裂中國的罪行，猛烈抨擊北京政府的對外妥協政策。在輿論的壓力下，北京政府於1912年6月14日正式電令四川都督尹昌衡率川軍入藏平亂，令雲南都督蔡鍔派滇軍入藏增援；同時，通告英國駐華公使，聲明「此次川軍入藏全為平亂，至希英國嚴守局外中立」１。
尹昌衡接電後，迅速作了西征的準備。其作戰計劃共分兩個階段。第一階段：採取南北兩路「首尾夾攻」的方針，首先控制川邊重鎮理塘和進藏咽喉要地昌都，而後分別南下，奪取稻城、鄉城、乍丫、江卡等地，以鞏固川邊地區。第二階段：從打箭爐（今四川康定）以西的十餘營邊軍中，選拔「有志之精兵」數百名為前鋒，其餘各軍繼後，乘勝直趨拉薩。同時派得力喇嘛前往拉薩勸說達賴脫離英國的羈絆，維護祖國的統一。
蔡鍔接令後，命滇軍參謀廳總長殷承為西征軍司令，率隊進發。蔡鍔考慮到川滇兩軍如先會師巴塘，再行進藏，不僅糧秣難繼，而且可能擴大由辛亥革命以來所引起的川滇兩軍之間的矛盾，因此主張滇軍經維西及西藏東南地區直趨拉藏。這樣，既可縮短路程，又可形成軍事上的有利態勢，使「滇犄其南，川搗其東，首尾策應，形勢都歸掌握」２。北京政府不同意蔡鍔的主張，而令滇軍取道中甸北上，先支援巴塘，以固滇邊門戶。
二、擊退藏軍向川邊的首次進攻
1912年初秋，川滇兩軍按既定計劃分路開進。
7月上旬，尹昌衡率川軍從成都出發。原計劃出兵八個團，因「器械不備，師皆未練，餉亦無儲」１，遂先以朱森林團為先鋒，尹自率三個營為本隊，總兵力約三千人（一說五千人），兼程西進。其部署是：朱森林率所部兩個營及先遣隊陳步三一個營為南路，由打箭爐直趨理塘；副官劉瑞麟率蒯書禮營為北路，經甘孜進援昌都；本隊三個營駐雅安，相機應援。朱森林以南路藏軍勢大，設防堅固，力請集中兵力於南路，尹昌衡未允。朱部至打箭爐後，以軍孤勢單，遲疑不敢前進。尹
昌衡遂親赴打箭爐進行動員，指出：今川邊部隊盡被圍困，損失甚重，急需支援，只要川軍進展神速，出藏軍之不意，兵力雖少，必能起到救援作用。經過動員後，川軍遂分兩路並進。
8月，被尹昌衡破格提升為北路督隊官的劉瑞麟，率蒯書禮營由打箭爐出發，日行百餘里，往攻道塢（今四川道孚）。沿途揚言尹都督率師十萬親征，即將到達。藏軍聞訊，不戰而潰，道塢、瞻對（今四川新龍）之圍遂解。劉瑞麟便令邊軍牛運隆部守道塢，劉筱廷部守瞻對；令杜培基、劉贊廷率部從間道馳援巴塘；自率所部及顧復慶、時傳文、朱憲文等營往援昌都。當時，駐守巴塘的顧占文部四五百人，已被圍三月有餘，
糧彈將盡，水源斷絕，處境十分危急。援軍到後，內外夾擊，迅速解圍。劉瑞麟率部突然逼近昌都時，藏軍不戰而逃，防守昌都的彭日昇立即率全部三百人出城追擊，繳獲輜重無算，並俘藏軍首領呼圖克圖１。與此同時，朱森林率南路各營亦順利完成了既定任務。其先鋒部隊兩個營，先在河口擊敗藏軍，又於8月12、14兩日收復了麻蓋宗、剪子灣、西俄洛三要隘，繼而向理塘進逼。圍攻理塘之藏軍聞風潰逃。至是，川軍西進未及三月，即以破竹之
勢收復了理塘、巴塘、昌都諸要地。於是，尹昌衡令顧占文部守巴塘，劉瑞麟部守昌都，分援乍丫、江卡、鹽井等地；令營長鄒衍貴肅清河口一帶殘存藏軍。
在川軍進軍川邊之際，滇省西征軍司令殷承率新軍一混成協、防軍十九營，從滇西北取道鹽井支援巴塘。8月15日，前衛司令李學詩率部進至溜筒江附近。該地藏軍依險據守。經李部奮力攻擊，藏軍退守隔江之墨裡村，並斫斷江上溜索，以阻滇軍前進。李學詩派人另架溜索，命防軍、土軍各四個排溜渡過江，迂迴墨裡村。藏軍又將村外木橋砍斷，據險死守。16日，滇軍發起猛攻，於下午3時將該村攻佔。
8月19日，殷承率部抵麗江，隨即作了如下部署：以鄭開文為左縱隊長，率步兵四大隊，騎兵一分隊，炮兵、機槍兵各一小隊１及李學詩的西防國民軍，取維西大道直趨鹽井；以姜梅齡為右縱隊長，率步兵三中隊，騎兵一分隊，炮兵、機槍兵各一小隊及楊汝盛的西防國民軍，取中甸大道直趨鄉城；司令部及其餘各隊暫駐麗江，相機進止。
滇軍經充分準備後，於8月26日夜突襲侵佔鹽井之藏軍。經激烈戰鬥，將藏軍擊潰，並俘其指揮官魯宗甲約，遂克鹽井。
當滇軍向川邊進軍時，懷有軍閥割據思想的尹昌衡竟發電阻止，聲稱「川軍圍攻理塘，不日可下，滇軍無須由維（西）援巴（塘），請由原議，直抵拉薩」２。滇軍收復鹽井後，尹再次電阻，並令顧占文部向鹽井一帶開進。蔡鍔則連電北京政府，以速克巴塘、理塘，「早日規復西藏」為由，要求繼續向川邊進軍。川、滇兩軍互相攻訐，矛盾加深。後尹昌衡以「若滇軍兼進，釀成（英國）交涉，則咎不在川」１為辭，要挾中央。北京政府恐「兩軍逼處，別生枝節」，遂於9月致電蔡鍔，令滇軍酌留陸軍一大隊及防軍一、二營，專顧滇省門戶，余悉撤回。滇軍的平亂作戰至此遂告結束。
當川軍第一階段的作戰計劃基本完成後，尹昌衡認為：「控邊制藏，非同時並舉，無以全領土、維國權」２。根據這一方針，他對下一階段的軍事行動作了如下部署：命鄒衍貴營駐打箭爐、河口，保護川軍的後方供應線；命朱森林團為南路，駐巴塘、理塘，相機進攻稻城、鄉城；命團長向樹榮率所部兩個營及陳步三營為北路，進攻甘孜、登科（今四川鄧柯）；從朱、向兩團中各抽一營駐昌都，作為機動部隊；以打箭爐為大本營，隨時策應南北兩路。不久，南北兩路部隊連戰皆捷，惟鄉城久攻不下。之後，尹昌衡任命黃煦昌為司令，由他指揮集中於昌都一帶的川邊部隊，命張茂林為前鋒，率部進據江達，待命入藏。
三、英國脅迫北京政府停止向西藏進軍
西征軍在川邊作戰中取得重大勝利，引起了英帝國主義和西藏親英分子的極度恐慌。為了制止川軍入藏平亂，英國於1912年8月17日令駐華公使朱爾典出面干涉，以「不承認中華民國，並以實力助藏『獨立』」１相威脅。袁世凱的北京政府正急欲獲得各帝國主義國家的「承認」，遂屈從於英國的威脅，於9月下旬一再電令川軍停止入藏，以江達為界，「先行肅清川邊，萬勿越境深入，致啟外釁」１，從而喪失了進軍西藏的良機。
四、擊退藏軍向川邊的第二次進攻
1912年底至1913年初，藏軍經波密竄至川邊，再次向川軍發動進攻。乍丫、江卡、鹽井等地首當其衝。川軍陳桂亭營敗退巴塘，舒雲山營被圍於南墩（鹽井東北約四十公里）。巴塘守軍糧食已絕，正欲撤退。尹昌衡急令嵇廉率部馳援，才守住巴塘。不久，黃煦昌率部至乍丫，與顧占文部夾擊東犯之藏軍。激戰十餘次，將其擊退，乍丫、江卡、南墩之圍遂解。藏軍戰敗後，在嘉裕橋（今西藏洛隆東北之嘉玉橋）以西密佈碉卡，駐紮重兵，進行防禦，並派人四出煽動藏民，準備伺機再行進攻。尹昌衡根據北京政府提出的「步步穩進，以期慎固封城」２的方針：令劉瑞麟部守昌都，西遏藏軍，南控江卡；顧占文部守巴塘，南防鹽井，東控鄉城、稻城；朱森林部守理塘，西援顧軍，南防稻壩；劉筱廷部駐甘孜，鎮守北路。以上各部，有事互相救援，無事堅守不動。另由嵇廉率兵六百於鄉城一帶游動，以牽制該地藏軍。
1913年初春，藏軍連續向嘉裕橋、江卡發動進攻，均被川軍擊敗，遂退守煙袋塘（乍丫西），並繼續增兵。劉瑞麟見藏軍勢眾，遂調昌都彭日昇、時傳文兩營由西北方向，傅青雲、牛運隆兩營由乍丫方向，對煙袋塘藏軍實行夾攻。2月28日，傅、牛兩營首先發動進攻，將憑借碉房、哨卡頑抗的藏軍擊退。3月3日，彭、時兩營進至距煙袋塘十餘里處，發現藏軍據守山頂，碉卡密佈，難以從正面進攻，遂派數十人繞至山後，實行偷襲。藏軍猝不及防，驚惶逃竄。彭、時率部追擊，與傅、牛兩營會師，將煙袋塘之藏軍擊潰。上萬藏軍紛紛西撤。至此，藏軍的第二次進攻又被粉碎。