《尚書》是我國最古老的一部歷史文獻，它保存了許多殷周時代的原始材料，具有根高的史料價值。但是，由於《尚書》的版本和內容經歷過曲折離奇的變化，所以圍繞著《尚書》，產生了種種的疑問和爭端。兩千年來，數以百計的學者，參加了《尚書》問題的辯論。
引起爭論的第一個問題，是漢代《尚書》的今古文版本問題。
《尚書》的成書是在先秦，最早的本子應該是用古文字寫的。然而，這種古文字本《尚書》，由於秦代的統一文字、焚燒詩書以及秦末的戰火而亡佚了。西漢初年，曾在秦始皇時擔任過博士的伏生傳出一個《尚書》殘本，先是流傳於齊魯民間，文帝時由晁錯筆錄，帶回朝廷。這個本子是用當時通行的隸書寫的，故而被稱為今文《尚書》。不久，魯恭王劉余在孔子故宅中又發現了另一個《尚書》殘本，由孔安國加以整理，獻給了朝廷。這個本子，據說是用古文字寫的，所以被稱為古文《尚書》。今文《尚書》，古文《尚書》，究竟哪一個本子是先秦的真本呢？複雜的爭端就此開始了。
西漢時，相信今文《尚書》的人在學術界佔絕對優勢，官方的博士都是今文派，古文《尚書》只在民間流傳，沒有立於學官。到西漢末，劉向、劉歆父子因為看到了中秘書裡的古文本子，遂竭力提倡，要求把古文《尚書》也立於學官。劉歆的《移讓太常博士書》，就是和當時的今文博士進行辯論的名文。這場辯論，以劉歆的失敗而告終。整個西漢一代，相信古文《尚書》的人始終是少數。東漢時，形勢逐漸發生了逆轉，雖然官方仍然只承認今文《尚書》，但是在學術界，經過杜林、賈逵、馬融、鄭玄等經學大師的倡導，古文《尚書》日趨風行，今文《尚書》卻顯得暗淡無光了，到漢末魏初，古文派鄭玄的《尚書注》，不僅立於學官，而且風靡一時，伏生所傳的今文《尚書》，則由於失勢而流傳日少，到西晉永嘉之亂以後，就徹底失傳了。
不久，社會上又出現了一部標榜為孔安國真本的偽古文《尚書》。這部偽書，不僅在短期內取得了和鄭注《尚書》並行的地位，而且越來越得勢，排擠了鄭注《尚書》。漸漸地東漢以來的古文《尚書》也失傳了。
盡避今、古文《尚書》本子相繼失傳，但爭論卻並未結束。宋、元、明、清的學者，如吳棫、朱熹、吳澄、梅賾、閻若璩、孫星衍等，在辨析偽古文《尚書》的時候，都力求把《尚書》的版本還原成馬融、鄭玄等人所注的本子，即東漢流傳的古文《尚書》，他們相信那就是孔安國所傳的《尚書》真本。但是從清中葉起，又出現了另一種意見，不少學者對漢代的古文《尚書》表示了懷疑。例如，龔自珍在《總論漢代古文今文名實》一文中提出，無論是孔安國的《尚書》，還是伏生的《尚書》，未讀之前都是古文，已讀之後都是今文，這就好像翻譯外國書，原本是一個，只是譯主不同。因此，他認為漢代不存在什麼古文《尚書》的問題。魏源在《書古微》一書中，則否認東漢古文《尚書》的可靠性，認為這個本子並非西漢孔安國所獻的那一種。
康有為的《新學偽經考》乾脆連孔安國獻古文《尚書》的事也加以否定，認為這是劉歆編造的謊言，而所謂古文《尚書》，乃是劉歆一手偽造出來的，只有伏生所傳的今文《尚書》，才是唯一可靠的《尚書》真本。
西漢究竟有沒有孔安國獻古文《尚書》的事？如果有，那麼孔安國所獻的古文《尚書》和伏生所傳的今文《尚書》，哪一種是先秦的真本？東漢流傳的古文《尚書》，是否就是孔安國獻的那個本子？這一系列的問題，由於漢代今古文《尚書》的失傳，都成了千古不解之謎。
引起爭議的另一個問題，是對傳世的《尚書》本子的看法。
我們今天看到的《尚書》，是南朝梁代以後流行的一部偽書，據說，它是東晉元帝時豫章內史梅賾獻出來的。它出現之後，很快就獲得了學術界的信任，當時的學者如蔡大寶、巢甝、費甝等，都曾替它作過疏。陳朝陸德明的《經典釋文》，以它為注音對象，唐代孔穎達的《五經正義》，也以它為標準注本。因此，從唐初到北宋末500多年間，它一直被公認為先秦的《尚書》真本，無人懷疑。
然而，從南宋起，它的馬腳暴露了。最先發難的是吳棫和朱熹。此後數百年間，幾十位學者對它進行辨偽、考訂和質疑，日益深入地把書中的偽作一一抉剔出來。盡避有些衛道者曾大呼小叫，毛奇齡的《古文尚書冤詞》也曾為其鳴冤叫屈，但它是一部偽書，在學術界算是鐵案如山了。
但接踵而來的問題是，這部偽書的製造者是誰呢？開始人們相信是獻書的梅賾，後來梅賾在《尚書考異序》中，認為是皇甫謐，丁晏在《尚書余論》中，認為是王肅、程廷祚的《晚書訂疑》，則徹底否定了梅賾獻書之說，他認為即使真有梅賾獻書之事，所獻也並非此書，此書的出現不在東晉初，而在劉宋元嘉年間。這個問題，一直到今天也沒能夠解決。
總之，今天所見的《尚書》是一部偽書，學術界雖然取得了一致的意見，但其中哪些是先秦的原始文獻，哪些是後人偽作，見解仍有分歧，而該書的作偽者是誰，更是眾說紛壇。此外，圍繞著《尚書》還有許多疑團，例如書序問題、孔傳問題、泰誓問題等等。尚書可以說是一部充滿疑竇、長年聚訟的奇書。（長弘）